单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28877 篇文献，本页显示第 5981 - 6000 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5981 | 2025-02-13 |
A multi-omic single-cell landscape of the aging mouse ovary
2025-Feb-11, GeroScience
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s11357-025-01556-2
PMID:39934558
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研究论文 | 本研究结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）技术，描绘了小鼠年轻和年老卵巢的多组学单细胞图谱，揭示了卵巢衰老过程中的细胞类型特异性转录变化及其调控元件 | 首次结合scRNA-seq和scATAC-seq技术，全面描绘了小鼠卵巢衰老的多组学单细胞图谱，并揭示了TGF-beta信号通路和ER应激在衰老过程中的关键作用 | 研究仅限于小鼠模型，未涉及人类卵巢衰老的直接证据 | 探究卵巢衰老的分子机制，以理解女性年龄相关的生育功能障碍 | 小鼠年轻和年老卵巢 | 生物信息学 | 生殖系统疾病 | scRNA-seq, scATAC-seq | NA | 单细胞多组学数据 | 小鼠年轻和年老卵巢样本 |
| 5982 | 2025-02-13 |
Integrative Multi-omics Analysis and Mendelian Randomization Reveal Potential Therapeutic Targets and their Stratification in Lung Squamous Cell Carcinoma
2025-Feb-06, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学分析和孟德尔随机化方法，识别了肺鳞状细胞癌（LUSC）的潜在治疗靶点，并对其进行了分层 | 结合了bulk RNA测序、WGCNA、生存分析、孟德尔随机化、LASSO回归、PPI网络分析、免疫浸润评估、单细胞RNA测序和伪时间分析等多种技术手段，全面探索了LUSC的治疗靶点 | 未提及具体样本量，可能影响结果的普适性 | 识别肺鳞状细胞癌（LUSC）的新型治疗靶点，以改善其治疗策略 | 肺鳞状细胞癌（LUSC） | 数字病理 | 肺癌 | bulk RNA测序、WGCNA、孟德尔随机化、LASSO回归、PPI网络分析、单细胞RNA测序、伪时间分析 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 5983 | 2025-02-13 |
Integrative mapping of human CD8+ T cells in inflammation and cancer
2025-Feb, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02530-0
PMID:39614111
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scAtlasVAE的深度学习模型，用于整合大规模单细胞RNA测序数据并进行跨图谱比较，构建了一个广泛的人类CD8 T细胞图谱 | 开发了scAtlasVAE模型，能够整合大规模单细胞RNA测序数据，构建了包含1,151,678个细胞的人类CD8 T细胞图谱，揭示了不同细胞亚型之间的联系及其表型和功能转变 | NA | 研究人类CD8 T细胞在炎症和癌症中的克隆景观和动态变化 | 人类CD8 T细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | VAE（变分自编码器） | 单细胞RNA测序数据 | 1,151,678个细胞，来自961个样本，涵盖68项研究和42种疾病条件 |
| 5984 | 2024-12-01 |
Human CD8+ T cell map with single-cell transcriptome and TCR information
2025-Feb, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02529-7
PMID:39614112
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5985 | 2024-12-01 |
Publisher Correction: Massively parallel single-cell sequencing of diverse microbial populations
2025-Feb, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02570-6
PMID:39614113
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5986 | 2025-02-13 |
Capture of Totipotency in Mouse Embryonic Stem Cells in the Absence of Pdzk1
2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202408852
PMID:39630006
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研究论文 | 本研究通过删除单个基因Pdzk1，在胚胎干细胞（ESCs）中建立了全能性 | 首次通过删除Pdzk1基因在胚胎干细胞中实现全能性，突破了胚胎和胚胎外组织之间的屏障 | 研究仅限于小鼠胚胎干细胞，尚未在人类细胞中验证 | 探索胚胎干细胞的全能性扩展及其分化潜能 | 小鼠胚胎干细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组分析，bulk RNA-seq | NA | RNA-seq数据 | NA |
| 5987 | 2025-02-13 |
SYISL Knockout Promotes Embryonic Muscle Development of Offspring by Modulating Maternal Gut Microbiota and Fetal Myogenic Cell Dynamics
2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202410953
PMID:39680624
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研究论文 | 本研究探讨了SYISL基因敲除如何通过调节母体肠道微生物群和胎儿肌源性细胞动态来促进胚胎肌肉发育 | 揭示了SYISL基因敲除通过改变母体肠道微生物群组成和提高胚胎血清中的丁酸水平，进而通过丁酸-HDAC-H3K9ac/H3K27ac途径调节肌肉生成的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类或其他动物模型中进行验证 | 探讨SYISL基因敲除对胚胎肌肉发育的影响及其机制 | 小鼠胚胎 | 生物医学 | 肌肉疾病 | RNA-seq, ChIP-seq, scRNA-seq | 小鼠模型 | 基因表达数据, 表观遗传数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 5988 | 2025-02-13 |
Mesenchymal Stem Cells Prevent SLC39A14-Dependent Hepatocyte Ferroptosis through Exosomal miR-16-5p in Liver Graft
2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202411380
PMID:39680749
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研究论文 | 本文研究了间充质干细胞通过外泌体miR-16-5p预防肝移植中SLC39A14依赖的肝细胞铁死亡 | 首次发现SLC39A14在肝移植中的促铁死亡作用，并揭示了hBMSCs通过外泌体miR-16-5p下调SLC39A14表达的治疗机制 | 未提及具体样本量及实验设计的局限性 | 探究肝移植中肝细胞损伤的机制及间充质干细胞的治疗作用 | 肝移植中的肝细胞及人骨髓来源的间充质干细胞 | 生物医学 | 肝移植相关疾病 | 单细胞RNA测序分析 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 5989 | 2025-02-13 |
Aberrant Chitinase 3-Like 1 Expression in Basal Cells Contributes to Systemic Sclerosis Fibrosis
2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202310169
PMID:39686726
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了系统性硬化症（SSc）中基底细胞异常表达的几丁质酶3样1（Chi3L1）在纤维化过程中的作用，并探讨了其作为潜在生物标志物和治疗靶点的可能性 | 首次在SSc患者中识别出高表达Chi3L1的基底细胞亚群，并揭示了Chi3L1通过IL-17RA介导的纤维化机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人体临床试验中验证Chi3L1和IL-17RA作为治疗靶点的有效性和安全性 | 探讨系统性硬化症纤维化的分子机制，并寻找潜在的治疗靶点 | 系统性硬化症患者的皮肤细胞和小鼠模型 | 生物医学研究 | 系统性硬化症 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | RNA测序数据 | SSc患者和健康对照的皮肤细胞样本 |
| 5990 | 2025-02-13 |
A Bi-Specific T Cell-Engaging Antibody Shows Potent Activity, Specificity, and Tumor Microenvironment Remodeling in Experimental Syngeneic and Genetically Engineered Models of GBM
2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.18.628714
PMID:39763755
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研究论文 | 本文研究了一种双特异性T细胞接合抗体（BTE）在实验性同源和基因工程胶质母细胞瘤（GBM）模型中的活性、特异性及肿瘤微环境重塑效果 | 在具有完整免疫系统的原位和基因工程小鼠模型中评估BTE的功能，填补了以往研究主要在免疫缺陷动物模型中进行的空白 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证 | 探讨BTE在胶质母细胞瘤中的治疗机制和效果 | 胶质母细胞瘤（GBM） | 生物医学 | 胶质母细胞瘤 | 多色流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、多重免疫荧光、多参数磁共振成像（MRI） | NA | 实验数据 | 多个GBM临床前模型中的小鼠 |
| 5991 | 2025-01-23 |
Finding and Profiling Renal Cells with Spatial Transcriptomics
2025-Jan-22, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000000632
PMID:39836482
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5992 | 2025-02-13 |
TGFBR2 High mesenchymal glioma stem cells phenocopy regulatory T cells to suppress CD4+ and CD8+ T cell function
2025-Jan-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.07.631757
PMID:39829747
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研究论文 | 本研究通过多方面的分析方法，揭示了TGFBR2高表达的间充质胶质瘤干细胞（GSCs）通过模仿调节性T细胞（Tregs）来抑制CD4+和CD8+ T细胞功能的机制 | 首次发现并描述了TGFBR2驱动的免疫抑制性GSC状态，并确定了其与TGF-β II型受体的特异性关联 | 研究主要基于体外实验和患者来源的细胞，尚未在体内模型中验证这些发现 | 探索胶质母细胞瘤（GBM）中肿瘤微环境的免疫抑制机制，特别是GSCs在其中的作用 | 胶质母细胞瘤中的间充质胶质瘤干细胞（GSCs） | 肿瘤免疫学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞测序，生物信息学分析，分子和药理学操作 | NA | 临床和实验数据集，单细胞测序数据 | 患者来源的GBM神经球和临床GBM标本 |
| 5993 | 2025-02-13 |
Differentiation signals induce APOBEC3A expression via GRHL3 in squamous epithelia and squamous cell carcinoma
2025-Jan, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-024-00298-9
PMID:39548236
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序研究了APOBEC3A和APOBEC3B在健康和恶性黏膜上皮中的表达，并通过免疫组织化学、空间转录组学和功能实验验证了关键观察结果 | 研究发现APOBEC3A的表达主要局限于终末分化细胞，并需要grainyhead-like转录因子3（GRHL3），而在鳞状细胞癌中，GRHL3的表达和活性扩展到一部分进行DNA复制的细胞，同时APOBEC3A的表达也扩展到增殖细胞 | 研究未涉及APOBEC3A和APOBEC3B在其他类型癌症中的表达和作用 | 研究APOBEC3A和APOBEC3B在健康和恶性黏膜上皮中的表达及其在肿瘤发展中的作用 | 健康和恶性黏膜上皮细胞 | 分子生物学 | 鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序、免疫组织化学、空间转录组学 | NA | RNA测序数据、免疫组织化学数据、空间转录组数据 | NA |
| 5994 | 2025-02-13 |
Multi-omics analysis reveals distinct gene regulatory mechanisms between primary and organoid-derived human hepatocytes
2025-Jan-01, Disease models & mechanisms
IF:4.0Q1
DOI:10.1242/dmm.050883
PMID:39878507
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研究论文 | 本文通过整合单细胞转录组和染色质可及性分析，揭示了原代人肝细胞和肝类器官来源的肝细胞之间基因调控机制的差异 | 首次揭示了AP-1因子与肝细胞特异性转录因子（如HNF4A）在调控区域共定位的潜在合作机制，并发现ELF3在肝类器官来源的肝细胞中独特表达且与肝标志基因表达负相关 | 研究主要基于体外模型，可能无法完全反映体内肝细胞的复杂调控网络 | 研究肝细胞发育和疾病的基因调控机制 | 原代人肝细胞和肝类器官来源的肝细胞 | 基因组学 | 肝病 | 单细胞转录组分析，染色质可及性分析 | NA | 单细胞RNA-seq数据，染色质可及性数据 | NA |
| 5995 | 2025-02-13 |
iGTP: Learning interpretable cellular embedding for inferring biological mechanisms underlying single-cell transcriptomics
2024-Nov-25, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2024.03.29.24305092
PMID:39649598
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研究论文 | 本文介绍了一种名为iGTP的新型可解释生成转录程序框架，用于推断单细胞转录组学背后的生物学机制 | iGTP框架能够建模转录程序空间和不同生物状态之间的蛋白质-蛋白质相互作用的重要性，超越了其他深度学习模型和传统生物信息学方法 | 未明确提及具体限制 | 开发一种能够推断单细胞转录组学背后生物学机制的深度学习模型 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 深度学习，图神经网络 | Variational AutoEncoder, 图神经网络 | 单细胞转录组数据 | 未明确提及样本数量 |
| 5996 | 2025-02-13 |
Spatial transcriptomic revealed intratumor heterogeneity and cancer stem cell enrichment in colorectal cancer metastasis
2024-Oct-10, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2024.217181
PMID:39159882
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术，揭示了结直肠癌（CRC）原发和转移组织中的肿瘤内异质性，并发现转移组织中癌症干细胞（CSCs）的富集 | 首次应用空间转录组学技术全面分析CRC原发和转移组织的转录组，发现FOXD1作为新的转移性CSCs标志物，并揭示了转移过程中的去分化-分化过程 | 研究样本量较小，仅包括两对原发和转移组织，可能限制结果的普适性 | 探索结直肠癌转移的机制，特别是肿瘤内异质性和癌症干细胞的作用 | 结直肠癌原发组织和匹配的肝转移组织 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 空间转录组学（ST） | NA | 转录组数据 | 两对原发和转移组织 |
| 5997 | 2025-02-13 |
Inferring pattern-driving intercellular flows from single-cell and spatial transcriptomics
2024-Oct, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02380-w
PMID:39187683
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研究论文 | 本文提出了一种名为FlowSig的方法，通过图形因果建模和条件独立性，从单细胞RNA测序（scRNA-seq）或空间转录组学（ST）数据中推断出由通信驱动的细胞间流动 | FlowSig方法首次结合图形因果建模和条件独立性，从scRNA-seq或ST数据中推断出由通信驱动的细胞间流动，填补了现有方法论的空白 | NA | 开发一种能够从scRNA-seq或ST数据中推断出由通信驱动的细胞间流动的方法 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）数据 | 生物信息学 | COVID-19 | scRNA-seq, 空间转录组学 | 图形因果建模 | 基因表达数据 | 新生成的实验性皮质器官样数据和数学建模生成的合成数据 |
| 5998 | 2025-02-13 |
Endothelial Heterogeneity in the Response to Autophagy Drives Small Vessel Muscularization in Pulmonary Hypertension
2024-Aug-06, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本文研究了内皮细胞在缺氧条件下对自噬的不同反应如何导致肺动脉高压中的小血管肌肉化 | 揭示了自噬激活在肺动脉内皮细胞（PAECs）和微血管内皮细胞（MVECs）中的不同作用，以及这种差异如何导致血管重塑 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究 | 探讨内皮细胞在肺动脉高压中的异质性反应及其对血管重塑的影响 | 小鼠、大鼠和人类的内皮细胞 | 生物医学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据、组织样本 | 小鼠、大鼠和人类肺组织样本 |
| 5999 | 2025-02-13 |
Single-cell RNA sequencing reveals placental response under environmental stress
2024-Aug-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-50914-9
PMID:39095385
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了小鼠胎盘在砷暴露下的反应，揭示了细胞类型特异性基因表达、功能和病理变化 | 首次在26种胎盘细胞类型中发现Prap1基因显著上调，并揭示了PRAP1在砷暴露下的性别偏向性增加及其在胎盘中的定位 | 研究主要基于小鼠模型，人类胎盘的反应可能有所不同 | 研究环境压力（如砷暴露）对胎盘的影响 | 小鼠胎盘细胞 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 小鼠胎盘细胞 |
| 6000 | 2025-02-13 |
Identifying proteomic risk factors for overall, aggressive, and early onset prostate cancer using Mendelian Randomisation and tumour spatial transcriptomics
2024-Jul, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105168
PMID:38878676
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研究论文 | 本研究通过孟德尔随机化和肿瘤空间转录组学方法，识别与前列腺癌总体、侵袭性和早发性风险相关的蛋白质组学风险因素 | 结合孟德尔随机化和空间转录组学数据，首次系统性地识别了与前列腺癌风险相关的蛋白质，并验证了其在肿瘤侵袭性中的作用 | 研究依赖于遗传预测的蛋白质水平，可能无法完全反映实际蛋白质表达情况 | 揭示循环蛋白质在前列腺癌风险中的作用，识别新的癌症预防靶点 | 前列腺癌患者（总体、侵袭性和早发性） | 生物信息学 | 前列腺癌 | 孟德尔随机化（MR）、空间转录组学 | NA | 遗传数据、转录组数据 | 2002种遗传预测的循环蛋白质水平，两个独立的癌症GWAS数据集（欧洲和非洲血统） |