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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5981 | 2026-04-04 |
Hypothyroidism impairs skeletal muscle regeneration after injury by altering myogenic and nonmyogenic pathways
2026-Mar-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.197761
PMID:41869726
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和细胞周期报告小鼠模型,揭示了甲状腺功能减退通过改变肌源性及非肌源性通路损害骨骼肌损伤后再生过程 | 首次结合单细胞转录组测序与FUCCI细胞周期报告系统,系统阐明甲状腺功能减退对肌源性细胞多样性、细胞周期进程及非肌源性微环境(FAPs与巨噬细胞)的双重调控机制 | 研究基于小鼠模型,临床转化需进一步验证;未探讨甲状腺激素替代治疗的干预效果 | 探究甲状腺激素信号在骨骼肌损伤修复过程中的具体调控通路 | 小鼠胫骨前肌的骨骼肌干细胞、纤维脂肪祖细胞及巨噬细胞等 | 单细胞组学 | 甲状腺功能减退相关肌病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、细胞周期荧光报告系统(FUCCI)、转录组分析 | NA | 单细胞转录组数据、细胞周期成像数据 | 小鼠胫骨前肌损伤模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5982 | 2026-04-04 |
Macrophages expressing macrophage receptor with collagen structure attenuate liver fibrosis through a tissue restoration phenotype
2026-Mar-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.193172
PMID:41869728
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术,揭示了MARCO+巨噬细胞在肝脏纤维化中通过促进组织修复表型来减轻纤维化的作用机制 | 首次在肝脏纤维化模型中识别出MARCOhi巨噬细胞亚群,并证明其通过增强吞噬作用和抗炎基因表达,直接与肝星状细胞相互作用减少胶原沉积,为肝脏纤维化治疗提供了新的潜在靶点 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类临床样本中验证;MARCO+巨噬细胞的具体分子调控机制仍需进一步探索 | 探究巨噬细胞在肝脏纤维化中的作用,特别是MARCO+巨噬细胞对纤维化进程的影响 | 小鼠肝脏纤维化模型中的巨噬细胞和肝星状细胞 | 单细胞组学 | 肝脏纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠肝脏纤维化模型样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5983 | 2026-04-04 |
[Mechanism of MDA5 in macrophages in SiO(2)-induced epithelial-mesenchymal transition]
2026-Mar-20, Zhonghua lao dong wei sheng zhi ye bing za zhi = Zhonghua laodong weisheng zhiyebing zazhi = Chinese journal of industrial hygiene and occupational diseases
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研究论文 | 本研究探讨了巨噬细胞来源的MDA5在二氧化硅诱导的肺上皮细胞上皮-间质转化中的调控作用及分子机制 | 首次在矽肺模型中结合单细胞RNA测序和体外细胞实验,系统阐明了巨噬细胞MDA5通过促炎级联反应调控肺上皮细胞EMT的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和THP-1/A549细胞系,尚未在人体组织或原代细胞中进行验证;体内实验样本量较小 | 探究二氧化硅暴露下巨噬细胞MDA5对肺上皮细胞EMT的调控机制 | C57BL/6小鼠、THP-1细胞系、A549细胞系 | 单细胞组学 | 肺纤维化/矽肺 | 单细胞RNA测序、Western blot、qRT-PCR、siRNA敲低 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质表达数据、基因表达数据 | 16只C57BL/6雄性小鼠(每组8只),THP-1细胞实验设3个重复 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5984 | 2026-04-04 |
Targeting the MICA-mediated oxidative stress-immune axis: a novel therapeutic strategy for ankylosing spondylitis
2026-Mar-18, Clinical and experimental rheumatology
IF:3.4Q2
DOI:10.55563/clinexprheumatol/ngvjin
PMID:41930655
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学分析,揭示了MICA蛋白作为强直性脊柱炎风险的关键调节因子,其作用部分通过特定T细胞亚群介导 | 首次通过整合基因组学、蛋白质组学和单细胞转录组学,系统阐明了氧化应激相关基因(尤其是MICA)通过免疫失调途径驱动强直性脊柱炎的因果机制 | 研究主要基于生物信息学分析和公共数据集,实验验证部分相对有限;介导分析的结果需要更大样本的独立队列进一步验证 | 阐明氧化应激与免疫失调在强直性脊柱炎发病中的分子联系,并寻找新的治疗靶点 | 强直性脊柱炎患者相关的基因表达数据、蛋白质数据和免疫细胞表型 | 生物信息学与计算生物学 | 强直性脊柱炎 | mRNA微阵列、孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序、Western blotting | 逻辑回归模型、孟德尔随机化模型 | 基因表达数据、蛋白质丰度数据、单细胞转录组数据 | 731个免疫表型的遗传信息,以及未明确数量的临床样本和单细胞数据 | NA | 单细胞RNA-seq, mRNA微阵列 | NA | NA |
| 5985 | 2026-04-04 |
Confidence-Based Batch Ordering in Continual Learning: A Curriculum Learning Approach for Single-Cell RNA Sequencing Data
2026 Mar-Apr, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3654772
PMID:41543966
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研究论文 | 本研究提出了一种基于置信度的批量排序策略,用于单细胞RNA测序数据的持续学习,通过按置信度升序排列训练批次来提升分类性能 | 引入置信度估计来优先处理训练样本,首次在持续学习中系统研究批量排序对学习效率和模型性能的影响 | 未探讨自适应置信度指标在动态数据集中的应用,且策略在其他领域的扩展性有待验证 | 优化持续学习算法在数据密集型任务中的工作流程,提高模型在单细胞RNA测序数据上的分类性能和泛化能力 | 单细胞RNA测序数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 持续学习算法 | 基因表达数据 | 多个单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5986 | 2026-04-04 |
scDGCL: A Dual-Level and Graph-Constrained Contrastive Learning Method for Single-Cell RNA Sequencing Data Clustering
2026 Mar-Apr, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3655670
PMID:41557577
|
研究论文 | 本文提出了一种名为scDGCL的双层图约束对比学习方法,用于单细胞RNA测序数据的聚类分析 | 该方法通过同时考虑细胞和簇级别的相似性与差异性,并利用图的关系先验对齐表示,从而优化细胞表示并提升聚类性能 | NA | 提升单细胞RNA测序数据的聚类性能 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 对比学习 | 基因表达数据 | 12个真实数据集和8个模拟数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5987 | 2026-04-04 |
From noise to models to numbers: Evaluating negative binomial models and parameter estimations in single-cell RNA-seq
2026-Mar, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1014014
PMID:41838800
|
研究论文 | 本文通过计算高效的模型选择技术,评估了负二项分布模型在单细胞RNA测序数据中的适用性及其参数估计的准确性 | 揭示了负二项分布近似模拟数据的条件范围,并指出其在多种参数机制下适用,无需仅指示转录爆发 | 在稳态条件下,基因特异性参数估计即使经过技术噪声校正,仍可能显示较大的相对误差 | 评估负二项模型在单细胞RNA测序数据中的拟合效果及参数估计的可靠性 | 单细胞RNA测序数据中的转录计数分布 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 负二项分布、Beta-Poisson(Telegraph)、Poisson模型 | 模拟数据和scRNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5988 | 2026-04-04 |
Bayesian Hyperspherical Graph Mixture-of-Experts Deciphers Cell-Cell Interaction in Spatial Transcriptomics
2026 Mar-Apr, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3660060
PMID:41628049
|
研究论文 | 本文提出了一种名为B-HGME的无监督贝叶斯框架,用于从空间转录组数据中联合推断空间域和细胞-细胞相互作用网络 | 提出了首个结合超球面嵌入和贝叶斯混合专家模型的框架,用于无监督地推断具有方向性和长程性的细胞-细胞相互作用,并提供了原则性的不确定性量化 | 未明确说明模型的计算复杂度或在大规模数据集上的可扩展性限制 | 开发一种计算框架,以无监督和可解释的方式从空间转录组数据中准确推断细胞-细胞相互作用和空间域 | 空间转录组数据中的细胞及其相互作用 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 贝叶斯超球面图混合专家模型 | 空间转录组数据 | 来自六个主要空间转录组平台的多个数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5989 | 2026-04-04 |
scDBic: a novel deep learning-based biclustering algorithm for analyzing scRNA-seq data
2026-Feb-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag095
PMID:41746287
|
研究论文 | 本文提出了一种名为scDBic的新型深度学习双聚类算法,专门用于分析单细胞RNA测序数据,以改善细胞聚类性能并识别关键基因 | scDBic结合了深度自编码器进行细胞聚类、基因聚类以及使用反向策略识别关键基因簇,解决了传统聚类算法在捕获局部一致性和双聚类算法在细胞丢失、高维数据适应性及迭代选择方面的不足 | NA | 开发一种针对单细胞RNA测序数据的深度学习双聚类算法,以更有效地发现细胞群并识别其关键基因 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度自编码器 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5990 | 2026-03-01 |
Single-cell RNA sequencing of adenoid cystic carcinoma of the breast reveals cellular heterogeneity and tumor microenvironment features
2026-Feb-27, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-026-02329-2
PMID:41761191
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5991 | 2026-04-04 |
TGF-β regulated Tim-3 sustains macrophage phagocytic function and confers protection in Plasmodium yoelii NSM-infected mice
2026-Feb-27, Parasites & vectors
IF:3.0Q1
DOI:10.1186/s13071-026-07287-3
PMID:41761269
|
研究论文 | 本研究揭示了在疟疾感染中,TGF-β调控的Tim-3通过维持巨噬细胞的吞噬功能发挥保护作用 | 首次揭示了TGF-β-Tim-3轴在疟疾感染中调控巨噬细胞功能的新机制,并证明Tim-3在巨噬细胞上的保护性作用 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,尚未在人体中得到验证 | 探究Tim-3在疟疾感染期间调控巨噬细胞功能的作用及其上游调控机制 | 约氏疟原虫NSM感染的小鼠模型、脾脏巨噬细胞、体外共培养系统 | 免疫学 | 疟疾 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、功能测定 | NA | 单细胞转录组数据、流式细胞数据、功能实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5992 | 2026-04-04 |
Tumor-infiltrating lymphocytes demonstrate potent anti-tumor efficacy and synergize with PD-1 blockade in bladder cancer
2026-Feb-26, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-07924-6
PMID:41749249
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研究论文 | 本研究评估了从膀胱癌患者中分离并扩增的肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)的抗肿瘤功效,并探索了其与PD-1抑制剂Nivolumab联用的协同效应 | 首次在膀胱癌中系统评估TIL的扩增、表型特征及其与PD-1阻断的协同抗肿瘤作用,并利用患者来源类器官(PDO)作为功能评估平台 | 研究样本量有限(48例),且体内验证仅使用了细胞系来源的异种移植模型,缺乏患者来源的异种移植模型验证 | 评估TIL在膀胱癌中的抗肿瘤潜力及其与免疫检查点抑制剂联用的协同疗效 | 膀胱癌患者的肿瘤浸润淋巴细胞、膀胱癌细胞系、患者来源的膀胱癌类器官 | 肿瘤免疫学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序、T细胞受体测序、流式细胞术、细胞活力检测、细胞因子释放测定、细胞凋亡检测 | NA | 单细胞转录组数据、T细胞受体序列数据、流式细胞术数据、体外功能测定数据 | 48例膀胱癌患者样本(其中33例成功扩增TIL) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5993 | 2026-04-04 |
Single-cell hdWGCNA and experimental validation identify an innovative T-cell-associated prognostic model and immune microenvironment in lung adenocarcinoma with lymph node metastasis
2026-Feb-25, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-026-15649-4
PMID:41742055
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和高维加权基因共表达网络分析,构建了一个基于T细胞相关基因(CD69、GOLGA8A、IL16)的预后模型,用于评估淋巴结转移性肺腺癌患者的预后 | 首次结合单细胞RNA测序和高维加权基因共表达网络分析(hdWGCNA)构建T细胞相关预后模型,并整合临床变量提升模型可解释性 | 研究依赖于公共数据库数据,样本量可能有限,且实验验证主要在细胞系中进行,需进一步临床验证 | 建立基于T细胞的预后模型,评估淋巴结转移性肺腺癌患者的预后并优化治疗策略 | 淋巴结转移性肺腺癌患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、高维加权基因共表达网络分析(hdWGCNA)、差异表达分析、Cox/LASSO回归、qRT-PCR、免疫组化、多重免疫荧光 | 预后风险模型 | 单细胞RNA测序数据、基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5994 | 2026-04-04 |
Decoding muscle-resident Schwann cell dynamics during neuromuscular junction remodeling
2026-Feb-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.195917
PMID:41433107
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,通过比较稳定神经支配模型与部分或完全去神经支配后的再神经支配模型,揭示了肌肉驻留施万细胞在神经肌肉接头重塑中的作用 | 发现了多种不同的施万细胞亚型,包括一个在去神经-再神经循环中起关键作用的终末施万细胞亚型,并确定了SPP1信号通路是调节神经肌肉接头动态、促进施万细胞增殖和肌肉再神经支配的关键调控因子 | 未在摘要中明确说明 | 阐明肌肉驻留施万细胞在神经肌肉接头重塑中的贡献 | 肌肉驻留施万细胞 | 单细胞组学 | 神经肌肉疾病、神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5995 | 2026-02-17 |
IL-8 positive cancer-associated fibroblasts drive breast cancer progression and immune evasion: insights from GWAS and single-cell transcriptomics
2026-Feb-16, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-026-15716-w
PMID:41692739
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5996 | 2026-04-04 |
Aging-induced decrease in progenitor B cells enhances the osteoclastogenesis of bone marrow macrophages via ROS-activated Fos/CCL3 signaling pathway
2026-Feb-10, Immunity & ageing : I & A
IF:5.2Q1
DOI:10.1186/s12979-026-00561-z
PMID:41668199
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研究论文 | 本研究揭示了衰老过程中骨髓微环境中ROS水平升高导致祖B细胞减少,进而通过激活Fos/CCL3信号通路促进破骨细胞生成,从而引发老年性骨质疏松的机制 | 首次通过单细胞RNA测序等多组学整合策略,阐明了骨髓微环境中ROS诱导的祖B细胞减少通过Fos/CCL3-CCR1轴促进破骨细胞生成的新机制 | 研究主要基于SAMP6小鼠模型,人体内的验证尚需进一步研究;体外细胞实验使用了BaF3和RAW 264.7细胞系,可能与体内原代细胞存在差异 | 探究免疫细胞改变在老年性骨质疏松中的机制作用 | SAMP6衰老加速小鼠、SAMR1对照小鼠、BaF3细胞系、RAW 264.7细胞系 | 数字病理学 | 老年性疾病 | 单细胞RNA测序、转录组测序、流式细胞术、微CT、分子生物学、组织学技术、多色免疫荧光、多重细胞因子分析 | NA | 基因表达数据、图像数据、细胞计数数据 | SAMP6与SAMR1小鼠模型,具体数量未在摘要中明确 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 5997 | 2026-04-04 |
Short-Chain Fatty Acid Supplementation After Traumatic Brain Injury Attenuates Neurologic Injury Via the Gut-Brain-Microglia Axis
2026-Feb-01, Shock (Augusta, Ga.)
DOI:10.1097/SHK.0000000000002706
PMID:40961414
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研究论文 | 本研究探讨了补充短链脂肪酸(SCFAs)对创伤性脑损伤(TBI)后神经损伤的改善作用及其通过肠道-大脑-小胶质细胞轴的潜在机制 | 首次系统性地研究了TBI后补充SCFAs(乙酸盐、丁酸盐和丙酸盐)对神经损伤的改善作用,并揭示了其通过调节肠道微生物组、保护白质连接性、改变小胶质细胞转录谱以及诱导神经保护性热休克蛋白表达等多重机制发挥作用 | 研究仅使用雄性C57BL/6小鼠模型,样本量相对有限(n=52),且未探讨SCFAs补充的最佳剂量、时间窗口或长期效果,也未在人类或更复杂的动物模型中进行验证 | 探究创伤性脑损伤(TBI)后补充短链脂肪酸(SCFAs)是否能够减轻神经损伤并阐明其作用机制 | 14周龄雄性C57BL/6小鼠 | 神经科学 | 创伤性脑损伤 | 16s rRNA基因扩增子测序,单细胞RNA测序(scRNAseq),3D对比增强磁共振成像 | NA | 微生物组测序数据,神经影像数据,行为学数据,单细胞转录组数据 | 52只14周龄雄性C57BL/6小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5998 | 2026-04-04 |
Genetic Association Between Polymyositis/Dermatomyositis and Epilepsy: Insights From Mendelian Randomization and Bioinformatic Analyses
2026-Jan, Brain and behavior
IF:2.6Q3
DOI:10.1002/brb3.71148
PMID:41466027
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研究论文 | 本研究通过孟德尔随机化和生物信息学分析,探讨了多发性肌炎/皮肌炎与癫痫之间的遗传关联及免疫介导机制 | 首次结合孟德尔随机化与单细胞转录组学,揭示了多发性肌炎与癫痫之间的因果关联及免疫细胞浸润模式 | 研究主要基于公开数据库数据,缺乏大规模临床队列验证,且皮肌炎与癫痫的关联未得到证实 | 探索多发性肌炎/皮肌炎与癫痫之间的潜在因果联系及免疫介导机制 | 多发性肌炎、皮肌炎和癫痫患者相关的基因组和转录组数据 | 生物信息学 | 多发性肌炎/皮肌炎和癫痫 | GWAS, 孟德尔随机化, 转录组分析, 单细胞转录组学, PCR | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 基于公开GWAS数据库的汇总数据,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5999 | 2026-04-04 |
The Role of Sphingolipid Metabolism and Neuron Death in Ischemic Stroke: A New Perspective from Bioinformatics
2026-Jan, Brain and behavior
IF:2.6Q3
DOI:10.1002/brb3.71172
PMID:41474773
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研究论文 | 本研究通过生物信息学方法探讨了鞘脂代谢与神经元死亡在缺血性脑卒中中的作用 | 结合bulk和单细胞转录组学数据,首次系统分析了鞘脂代谢通路在缺血性脑卒中中的变化,并鉴定了与神经元死亡相关的关键基因App | 研究主要基于生物信息学分析,体内验证仅限于MCAO大鼠模型,缺乏临床样本的直接验证 | 探索鞘脂代谢与神经元死亡在缺血性脑卒中发病机制中的关系 | 缺血性脑卒中患者和小鼠模型的转录组数据,以及MCAO大鼠模型 | 生物信息学 | 缺血性脑卒中 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序, 基因集富集分析, 免疫浸润分析, 蛋白质-蛋白质相互作用网络分析 | NA | 转录组数据 | 人类外周血bulk数据(GSE16561)和MCAO小鼠外周血scRNA-seq数据(GSE225948),以及MCAO大鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 6000 | 2026-04-04 |
Molecular modulation of cell migration via chitosan-based hydrogels: Toward smart biomaterial for wound regeneration
2026 Jan-Dec, Journal of applied biomaterials & functional materials
IF:3.1Q3
DOI:10.1177/22808000261431513
PMID:41930473
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综述 | 本文综述了壳聚糖基水凝胶通过调控生化和生物物理信号来协调细胞迁移,以促进伤口再生的设计原理与应用 | 系统分析了通过可逆共价键和超分子组装精确调控水凝胶粘弹性以影响YAP/TAZ核定位及下游信号通路,从而差异促进角质形成细胞迁移、成纤维细胞增殖和内皮血管生成,并提出了结合单细胞转录组学、先进成像和AI建模的转化路线图 | 文中指出的关键挑战包括体内机械与分子影响的定量解耦、改性壳聚糖衍生物的长期生物相容性,以及高通量筛选数据向临床转化的困难 | 开发用于伤口再生的下一代个性化智能生物材料 | 壳聚糖基水凝胶及其对细胞迁移的分子调控 | 生物材料与组织工程 | 伤口愈合(糖尿病足溃疡、烧伤) | 单细胞转录组学、先进成像、AI建模 | AI驱动建模 | 转录组数据、成像数据 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |