单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5981	2024-12-11	Left/right asymmetrically expressed ephrin and Flamingo proteins regulate lateralized axon growth in C. elegans 2025-Jan, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.09.014 PMID:39341445	研究论文	研究揭示了在C. elegans神经系统中左右不对称表达的ephrin和Flamingo蛋白如何调控轴突生长的分子机制	首次发现ephrin蛋白EFN-2和Flamingo蛋白FMI-1在AIY神经元谱系中左右不对称表达，并协同调控轴突生长的左右不对称性	研究仅限于C. elegans神经系统，未探讨这些分子不对称性在其他物种中的作用	探讨左右不对称分子在神经系统中的表达及其功能后果	C. elegans神经系统的AIY神经元谱系中的ephrin和Flamingo蛋白	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	C. elegans的AIY神经元谱系
5982	2024-12-11	Identification of cancer-associated fibrolast subtypes and distinctive role of MFAP5 in CT-detected extramural venous invasion in gastric cancer 2025-Jan, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.102188 PMID:39531783	研究论文	研究报告了MFAP5+癌症相关成纤维细胞（CAFs）在胃癌（GC）中通过调节乳酸化修饰促进CT检测到的壁外静脉侵犯（EMVI）的形成	首次揭示了MFAP5+ CAFs在胃癌中通过调节乳酸化修饰促进EMVI形成的作用，为胃癌的诊断和治疗提供了新的参考	研究样本量较小，仅涉及13名胃癌患者，可能影响结果的普适性	探讨癌症相关成纤维细胞在胃癌中的作用及其对壁外静脉侵犯的影响	胃癌患者的病理样本和癌症相关成纤维细胞	数字病理学	胃癌	单细胞测序、免疫组化、慢病毒敲低	NA	基因表达数据、图像	13名胃癌患者的病理样本
5983	2024-12-11	Machine learning-derived natural killer cell signature predicts prognosis and therapeutic response in clear cell renal cell carcinoma 2025-Jan, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.102180 PMID:39536695	研究论文	本文通过整合多种机器学习算法，建立了一个与自然杀伤细胞相关的风险模型，用于预测透明细胞肾细胞癌患者的预后和治疗反应	本文创新性地整合了十种不同的机器学习算法，建立了包含18个基因的风险模型，能够准确预测透明细胞肾细胞癌患者的预后，并揭示了自然杀伤细胞与其他细胞亚群之间的复杂信号相互作用	本文主要基于TCGA和GEO数据库的数据进行分析，未涉及大规模的临床验证	研究自然杀伤细胞在透明细胞肾细胞癌中的作用，并建立预测患者预后和治疗反应的风险模型	透明细胞肾细胞癌患者的转录组数据、临床数据以及自然杀伤细胞的功能和表达模式	数字病理学	肾细胞癌	单细胞测序、qRT-PCR、IHC、CCK8检测、流式细胞术	Coxboost plus plsRcox	转录组数据	TCGA数据库中的透明细胞肾细胞癌转录组数据和临床数据，以及GEO数据库中的单细胞测序数据
5984	2024-12-11	Pronounced early differentiation underlies zebra finch gonadal germ cell development 2025-Jan, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.08.006 PMID:39214328	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术比较了鸡和斑胸草雀的生殖细胞发育差异	发现了斑胸草雀中存在两种早期生殖细胞类型，而鸡中只有一种，揭示了鸟类生殖细胞发育策略的多样性	研究仅限于鸡和斑胸草雀两种鸟类，其他鸟类的生殖细胞发育情况尚未涉及	探讨不同鸟类生殖细胞发育策略的差异，为基因编辑和生殖技术在其他鸟类中的应用提供依据	鸡和斑胸草雀的早期胚胎生殖细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	鸡和斑胸草雀的早期胚胎生殖细胞样本
5985	2024-12-11	Cordycepin enhances the Anticancer efficacy of PD-L1 blockade by modulating the tumor microenvironment of colon cancer 2024-Dec-15, European journal of pharmacology IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.ejphar.2024.177089 PMID:39489279	研究论文	研究评估了抗PD-L1抗体与虫草素联合治疗结肠癌的效果及其机制	首次探讨了虫草素通过调节肿瘤微环境增强PD-L1阻断的抗肿瘤效果	NA	评估抗PD-L1抗体与虫草素联合治疗结肠癌的疗效	结肠癌及其肿瘤微环境	NA	结肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
5986	2024-12-11	Leukemia inhibitory factor receptor inhibition by EC359 reduces atherosclerotic stenosis grade in Ldlr-/- mice 2024-Dec-15, European journal of pharmacology IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.ejphar.2024.177121 PMID:39528103	研究论文	本研究探讨了白血病抑制因子（LIF）受体在动脉粥样硬化发展中的作用，并通过实验验证了LIF受体抑制剂EC359在减少动脉粥样硬化狭窄程度方面的潜力	首次深入研究了LIF及其受体在动脉粥样硬化中的作用，并证明了LIF受体抑制剂EC359在减少动脉粥样硬化斑块大小和降低胆固醇水平方面的效果	研究仅在Ldlr-/-小鼠模型中进行，结果的普遍性和在人类中的适用性尚需进一步验证	探讨LIF受体信号在动脉粥样硬化发展中的作用，并评估LIF受体抑制剂EC359的疗效	LIF受体在动脉粥样硬化中的作用及EC359对动脉粥样硬化的影响	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	实验涉及30只Ldlr-/-小鼠，分为两组，每组15只
5987	2024-12-11	Identify critical genes of breast cancer and corresponding leading natural product compounds of potential therapeutic targets 2024-Dec-10, Molecular diversity IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s11030-024-11035-z PMID:39656376	研究论文	本文通过多组学研究，识别乳腺癌的关键基因、治疗靶点和潜在的天然产物疗法	本文首次结合多组学数据，包括基因共表达网络分析、染色质免疫沉淀测序、单细胞RNA测序和空间转录组学，识别乳腺癌的关键基因和潜在治疗靶点，并筛选出针对squalene epoxidase的天然产物化合物	本文的局限性在于研究主要基于数据分析，尚未进行临床试验验证其发现的有效性	识别乳腺癌的关键基因和潜在治疗靶点，探索天然产物疗法	乳腺癌的关键基因、治疗靶点和天然产物化合物	数字病理学	乳腺癌	基因共表达网络分析（WGCNA）、染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据	乳腺癌细胞系和患者样本
5988	2024-12-11	Multi-Omics Biomarkers for Predicting Efficacy of Biologic and Small-Molecule Therapies in Adults With Inflammatory Bowel Disease: A Systematic Review 2024-Dec-10, United European gastroenterology journal IF:5.8Q1 DOI:10.1002/ueg2.12720 PMID:39656426	综述	本文系统回顾了用于预测炎症性肠病患者对生物制剂和小分子药物治疗反应的多组学生物标志物	本文整合了多种组学数据，强调了多组学模型在预测治疗反应中的影响，并评估了可能对多种治疗干预产生不同效果的特定生物标志物	NA	探讨用于预测炎症性肠病患者对生物制剂和小分子药物治疗反应的生物标志物	炎症性肠病患者的生物标志物	NA	炎症性肠病	多组学方法（包括基因组学、转录组学、蛋白质组学、微生物组学和代谢组学）	多组学整合模型	多组学数据	NA
5989	2024-12-11	Increased spatial coupling of integrin and collagen IV in the immunoresistant clear-cell renal-cell carcinoma tumor microenvironment 2024-Dec-05, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03435-z PMID:39639369	研究论文	本文通过空间转录组学研究了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）肿瘤微环境中整合素和胶原蛋白IV的空间耦合，以更好地理解免疫治疗耐药性	本文首次使用细胞分辨率的空间转录组学技术，分析了免疫治疗前后ccRCC肿瘤微环境中的分子变化，并发现免疫治疗后肿瘤中胶原蛋白IV和整合素αV的表达显著增加	本文仅分析了21个肿瘤样本，样本量较小，且未探讨潜在的治疗策略	研究透明细胞肾细胞癌肿瘤微环境中免疫治疗耐药性的分子机制	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）肿瘤及其微环境	数字病理学	肾癌	空间转录组学	NA	空间分子图像	21个ccRCC肿瘤样本
5990	2024-12-11	Nonepithelial Gene Expression Correlates With Symptom Severity in Adults With Eosinophilic Esophagitis 2024-Dec, The journal of allergy and clinical immunology. In practice DOI:10.1016/j.jaip.2024.05.015 PMID:38768900	研究论文	本文研究了非上皮基因表达与嗜酸性食管炎（EoE）症状严重程度之间的相关性	首次揭示了非上皮细胞（如成纤维细胞）在EoE症状严重程度中的潜在作用	样本量有限，且仅限于成人患者	探讨EoE症状严重程度与食管基因表达之间的关系	嗜酸性食管炎患者的食管基因表达与症状严重程度	NA	消化系统疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	146名成人EoE患者
5991	2024-12-11	Single-cell transcriptome analysis of the mouse lungs during the injury and recovery periods after lipopolysaccharide administration 2024-Dec, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.] IF:4.8Q2 DOI:10.1007/s00011-024-01951-z PMID:39377802	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析了小鼠肺部在脂多糖处理后损伤和恢复期的细胞和分子变化	首次通过单细胞RNA测序揭示了脂多糖诱导的急性肺损伤（ALI）期间细胞间相互作用及Dpp4在其中的关键作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨急性肺损伤（ALI）期间细胞和分子变化，并寻找有效的治疗靶点	小鼠肺部在脂多糖处理后损伤和恢复期的细胞和分子变化	数字病理学	肺部疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自损伤（第3天）和恢复（第6天）小鼠的肺泡组织样本
5992	2024-12-11	Doxorubicin resistance involves modulation of interferon signaling, transcriptional bursting, and gene co-expression patterns of U-ISGF3-related genes 2024-12, Neoplasia (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.neo.2024.101071 PMID:39405604	研究论文	研究了多柔比星（DOX）在人结肠癌细胞中诱导的转录组变化，揭示了与U-ISGF3相关基因的表达变化及其在化疗耐药中的潜在作用	首次揭示了U-ISGF3相关基因在多柔比星耐药中的作用，并发现HSH2D作为不良预后标志物在耐药细胞中的高表达	研究仅限于人结肠癌细胞，未探讨其他癌症类型中的适用性	探讨多柔比星诱导的化疗耐药机制及其潜在治疗靶点	人结肠癌细胞在亚毒性多柔比星处理后的转录组变化	数字病理学	结肠癌	单细胞RNA测序	数学模型	转录组数据	人结肠癌细胞
5993	2024-12-11	Systematic analysis of human colorectal cancer scRNA-seq revealed limited pro-tumoral IL-17 production potential in gamma delta T cells 2024-12, Neoplasia (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.neo.2024.101072 PMID:39454432	研究论文	本研究重新分析了九个已发表的人类结直肠癌全组织单细胞RNA测序数据集，揭示了γδ T细胞在结直肠癌肿瘤微环境中产生促肿瘤IL-17的潜力有限	首次系统分析了人类结直肠癌中单细胞RNA测序数据，发现γδ T细胞在肿瘤微环境中主要表现为细胞毒性效应细胞，而非IL-17产生细胞	研究仅基于已发表的数据集，未进行新的实验验证	探讨γδ T细胞在结直肠癌肿瘤微环境中产生促肿瘤IL-17的作用	γδ T细胞在结直肠癌肿瘤微环境中的功能	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	165名结直肠癌患者的肿瘤和邻近正常组织中的951,785个细胞，其中18,483个为γδ T细胞
5994	2024-12-11	Elucidating tobacco smoke-induced craniofacial deformities: Biomarker and MAPK signaling dysregulation unraveled by cross-species multi-omics analysis 2024-Dec, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2024.117343 PMID:39549573	研究论文	本研究使用斑马鱼幼体模型，通过多组学分析揭示了烟草烟雾引起的颅面畸形与MAPK信号通路失调之间的关系	首次通过跨物种多组学分析揭示了烟草烟雾引起的颅面畸形相关的新型生物标志物和MAPK信号通路的失调	研究主要基于斑马鱼模型和人类胚胎腭间充质细胞，可能需要进一步的人体临床研究验证	揭示烟草烟雾引起的颅面畸形的发生机制，并寻找相关的生物标志物和信号通路	斑马鱼幼体和人类胚胎腭间充质细胞	NA	NA	多组学分析（mRNA-miRNA分析、单细胞转录组学、定量实时PCR）	NA	基因、蛋白质、代谢物	斑马鱼幼体和人类胚胎腭间充质细胞
5995	2024-12-11	Fate (or state) of CA2 neurons in a mineralocorticoid receptor knockout 2024-Nov-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.29.626110 PMID:39651204	研究论文	研究了矿皮质激素受体（MR）条件性敲除对海马CA2区神经元命运（或状态）的影响	首次通过空间转录组学方法揭示了MR缺失导致CA2神经元获得类似CA1的分子表型	研究仅限于小鼠模型，未探讨MR敲除对人类CA2神经元的影响	探讨MR条件性敲除对CA2神经元命运或状态的影响	海马CA2区神经元及其在MR敲除后的变化	神经科学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	小鼠模型
5996	2024-12-11	Single cell RNA-sequencing reveals no evidence for meiotic sex chromosome inactivation in the threespine stickleback fish 2024-Nov-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.26.625488 PMID:39651240	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，探讨了三刺鱼中减数分裂性染色体失活（MSCI）现象的存在与否	首次在三刺鱼中发现MSCI现象不存在，并揭示了Y染色体基因在精子发生多个阶段的表达模式与哺乳动物不同	研究仅限于三刺鱼，未涉及其他鱼类物种	探讨三刺鱼中减数分裂性染色体失活现象的存在与否	三刺鱼的X和Y染色体在减数分裂中的基因表达模式	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
5997	2024-12-11	PIEZO1 overexpression in hereditary hemorrhagic telangiectasia arteriovenous malformations 2024-Nov-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.27.625696 PMID:39651206	研究论文	本文研究了PIEZO1在遗传性出血性毛细血管扩张症（HHT）动静脉畸形（AVM）中的过度表达及其作用	首次揭示了PIEZO1在HHT2中的过度表达及其信号传导对AVM形成的关键作用，并提出了通过阻断PIEZO1来预防AVM的潜在治疗方法	研究主要基于小鼠模型和人类病变样本，尚未在临床试验中验证PIEZO1阻断疗法的有效性	探讨ALK1突变相关的血管疾病机制，并寻找预防AVM形成的新疗法	遗传性出血性毛细血管扩张症（HHT）患者及其动静脉畸形（AVM）	NA	遗传性出血性毛细血管扩张症	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠视网膜的单细胞RNA测序数据及人类HHT病变样本
5998	2024-12-11	Childhood-onset lupus nephritis is characterized by complex interactions between kidney stroma and infiltrating immune cells 2024-Nov-27, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adl1666 PMID:39602512	研究论文	本文利用空间转录组技术生成儿童期狼疮性肾炎（cLN）患者肾脏组织的空间分辨单细胞图谱，揭示了肾脏间质与浸润免疫细胞之间的复杂相互作用	首次通过空间转录组技术解析了cLN患者肾脏组织中免疫细胞的空间分布及其与肾脏间质细胞的相互作用	组织学评分与单个肾小球细胞转录组特征之间的相关性较低	研究儿童期狼疮性肾炎中肾脏间质与浸润免疫细胞之间的相互作用	儿童期狼疮性肾炎患者的肾脏组织	NA	自身免疫性疾病	空间转录组	NA	单细胞转录组数据	8名cLN患者和4名对照个体
5999	2024-12-11	OrthologAL: A Shiny application for quality-aware humanization of non-human pre-clinical high-dimensional gene expression data 2024-Nov-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.25.625000 PMID:39651293	研究论文	本文介绍了一个名为OrthologAL的Shiny应用程序，用于将非人类临床前高维基因表达数据进行质量控制的人类同源转换	OrthologAL利用BioMart数据库访问Ensembl的不同基因集，无需用户生成代码即可实现服务器间的交互，并能高效转换单细胞、单核和空间转录组数据	NA	开发一个工具，将非人类临床前研究中的基因表达数据转换为人类同源数据，以便利用现有的人类注释数据库进行功能性小分子预测	单细胞、单核和空间转录组数据，来自常见临床前模型，如髓母细胞瘤的患者来源同种异体移植模型以及小鼠和大鼠的脊髓损伤模型	生物信息学	NA	单细胞和空间转录组学	NA	基因表达数据	包括髓母细胞瘤的患者来源同种异体移植模型以及小鼠和大鼠的脊髓损伤模型
6000	2024-12-11	Key Regulatory Elements of the TGFβ-LRRC15 Axis Predict Disease Progression and Immunotherapy Resistance Across Cancer Types 2024-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.22.624939 PMID:39651139	研究论文	本文研究了TGFβ-LRRC15轴的关键调控元件，揭示其在不同癌症类型中预测疾病进展和免疫治疗抵抗的潜力	本文通过结合功能性化合物筛选和单细胞RNA测序，揭示了调控TGFβ增加LRRC15表达的关键基因特征，并验证了这些基因在预测免疫治疗反应中的潜力	本文主要基于细胞模型进行验证，尚未在临床试验中验证其效果	揭示TGFβ-LRRC15轴的关键调控元件，并探索其在个性化免疫治疗中的应用	TGFβ-LRRC15轴的关键调控基因及其在癌症进展和免疫治疗抵抗中的作用	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	基因调控网络	基因表达数据	细胞模型