单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
581	2025-07-21	Comparison of CD30L and OX40L Reveals CD30L as a Promising Therapeutic Target in Atopic Dermatitis 2025-Feb, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.16412 PMID:39589186	研究论文	比较CD30L和OX40L在特应性皮炎中的作用，发现CD30L是一个有潜力的治疗靶点	首次提出CD30-CD30L轴作为特应性皮炎的新治疗靶点，并与已知的OX40-OX40L轴进行比较	研究主要基于小鼠模型，人类临床效果尚需进一步验证	探索CD30L作为特应性皮炎治疗靶点的潜力	特应性皮炎患者皮肤病变样本和小鼠模型	免疫学	特应性皮炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠AD模型	RNA-seq数据	多个特应性皮炎患者皮肤病变的scRNA-seq数据集和小鼠模型
582	2025-07-21	BRD4 inhibition rewires cardiac macrophages toward a protective phenotype marked by low MHC class II expression 2025-Feb-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology DOI:10.1152/ajpheart.00438.2024 PMID:39716819	research paper	研究BRD4抑制如何通过改变心脏巨噬细胞的表型，减少炎症反应并促进心脏修复	揭示了BRD4抑制通过调控巨噬细胞的MHC-II表达和NF-κB信号通路，促进心脏修复的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索BET抑制剂JQ1改善心脏结构和功能的细胞机制	心脏巨噬细胞和单核细胞	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq	小鼠缺血/再灌注损伤模型	基因表达数据	小鼠心脏组织及培养的巨噬细胞
583	2025-07-21	Variants and vaccines impact nasal immunity over three waves of SARS-CoV-2 2025-Feb, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-02052-z PMID:39833605	研究论文	研究探讨了SARS-CoV-2变体和宿主疫苗接种状态如何影响人类鼻黏膜的细胞反应	首次通过单细胞RNA测序(scRNA-seq)分析了Delta和Omicron变体感染下鼻黏膜的细胞组成变化，并比较了疫苗接种对细胞反应的影响	研究样本可能不足以代表所有人群，且未考虑其他潜在影响因素	了解SARS-CoV-2不同变体和疫苗接种状态对鼻黏膜免疫反应的影响	接种和未接种疫苗的成年人鼻咽拭子样本	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	来自Delta和Omicron感染患者的鼻咽拭子样本，并与原始SARS-CoV-2感染数据整合
584	2025-07-21	Robust Cluster Prediction Across Data Types Validates Association of Sex and Therapy Response in GBM 2025-Jan-28, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17030445 PMID:39941811	研究论文	本研究利用稳健的集成机器学习方法，训练了一个基于基因微阵列数据的模型，能够在RNA-seq和潜在的单细胞RNA-seq等多平台上进行预测	利用‘遗留数据’训练模型，实现跨平台预测，并发现性别特异性预测特征	预测特征仅对女性患者有效，男性患者结果出乎意料	验证性别与胶质母细胞瘤治疗反应的关联	胶质母细胞瘤患者	机器学习	胶质母细胞瘤	基因微阵列, RNA-seq, 潜在的单细胞RNA-seq	集成机器学习	基因表达数据	NA
585	2025-07-21	Mechanism of enhancing chemotherapy efficacy in pancreatic ductal adenocarcinoma with paricalcitol and hydroxychloroquine 2025-Jan-21, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101881 PMID:39730001	研究论文	探讨帕立骨化醇和羟氯喹在增强胰腺导管腺癌化疗效果中的分子机制	首次揭示了帕立骨化醇和羟氯喹联合使用通过调节自噬和内质网应激相关转录物，增强吉西他滨对胰腺导管腺癌的治疗效果	研究主要基于体外和小鼠模型，临床样本量有限	阐明帕立骨化醇和羟氯喹联合使用增强胰腺导管腺癌对吉西他滨敏感性的分子机制	胰腺导管腺癌(PDAC)	肿瘤学	胰腺癌	蛋白质组学、单细胞RNA测序(RNA-seq)	NA	分子生物学数据、临床数据	体外实验、原位小鼠模型、患者来源的异种移植模型(PDX)及临床试验(NCT04524702)中的配对活检样本
586	2025-07-21	Low fucosylation defines the glycocalyx of progenitor cells and melanocytes in the human limbal stem cell niche 2025-01-14, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.11.008 PMID:39706176	研究论文	本研究揭示了人类角膜缘干细胞微环境中前体细胞和黑色素细胞糖萼的低岩藻糖基化特征	首次发现角膜缘上皮前体细胞和黑色素细胞表面存在低AAL结合特性，并证实岩藻糖基化调控对干细胞增殖潜能的影响	研究主要基于体外实验，需要进一步体内验证	探究成人干细胞糖萼的独特组成及其在干细胞自我更新和分化中的作用	人类角膜缘、毛囊上皮和睑板腺导管的分层上皮基底细胞	干细胞生物学	眼科疾病	荧光激活细胞分选技术、单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据、流式细胞数据	人类角膜缘组织样本
587	2025-07-21	Robust single-nucleus RNA sequencing reveals depot-specific cell population dynamics in adipose tissue remodeling during obesity 2025-Jan-13, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.97981 PMID:39804687	研究论文	本文提出了一种稳健的单核RNA测序技术，用于研究肥胖期间脂肪组织重塑中的细胞群动态	开发了一种适用于多种组织类型的核分离技术，显著提高了snRNA-seq数据质量，并首次全面描述了肥胖期间脂肪组织重塑的细胞动态	研究主要基于小鼠模型，人类脂肪组织的适用性尚需验证	探究肥胖过程中脂肪组织重塑的细胞分子机制	小鼠脂肪组织中的各种细胞类型	基因组学	肥胖	单核RNA测序(snRNA-seq), 批量核RNA测序	NA	RNA测序数据	多种小鼠脂肪组织样本
588	2025-07-21	Deep topic modeling of spatial transcriptomics in the rheumatoid arthritis synovium identifies distinct classes of ectopic lymphoid structures 2025-Jan-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.08.631928 PMID:39829741	研究论文	本研究利用空间转录组学技术分析了类风湿性关节炎滑膜中的异位淋巴结构，并开发了一种名为DeepTopics的无参考解卷积方法	开发了DeepTopics方法，用于从空间转录组数据中识别疾病相关的微环境，并揭示了类风湿性关节炎滑膜中异位淋巴结构的两种不同细胞模式	研究样本量较小，仅包括6名患者的8个滑膜组织样本	揭示类风湿性关节炎滑膜中细胞类型的相互作用及微环境对细胞状态的影响	类风湿性关节炎患者的滑膜组织样本	数字病理学	类风湿性关节炎	空间转录组学(ST)	Dirichlet变分自编码器	空间转录组数据	6名患者的8个滑膜组织样本
589	2025-07-21	scProAtlas: an atlas of multiplexed single-cell spatial proteomics imaging in human tissues 2025-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae990 PMID:39526396	研究论文	本文介绍了一个名为scProAtlas的多重单细胞空间蛋白质组学成像图谱，旨在帮助用户全面理解不同组织类型在单细胞分辨率和多尺度下的空间背景	构建了一个全面的空间蛋白质组学功能注释知识库，整合了多种分析模块和多模态数据，提供了详细的空间功能注释	空间蛋白质组学检测的蛋白数量相比空间转录组学有限	研究组织在单细胞分辨率和多尺度下的空间结构	人类组织中的单细胞空间蛋白质组学数据	数字病理学	NA	空间蛋白质组学成像技术	NA	空间蛋白质组学成像数据	17,468,394个细胞，来自945个感兴趣区域，涵盖15种组织的8种空间蛋白质成像技术数据
590	2025-07-21	Spatial Expression of Long Non-Coding RNAs in Human Brains of Alzheimer's Disease 2025-Jan-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.27.620550 PMID:39554066	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，分析了阿尔茨海默病（AD）患者大脑中长链非编码RNA（lncRNA）的空间表达模式	首次在老年人大脑中绘制了lncRNA的空间表达图谱，并揭示了lncRNA在AD发病机制中的潜在功能作用	样本量相对较小（21名参与者），且仅分析了背外侧前额叶皮层	探索lncRNA在阿尔茨海默病发病机制中的空间表达模式和功能作用	21名ROSMAP参与者的78个死后大脑切片	空间转录组学	阿尔茨海默病	空间转录组学	统计建模	转录组数据	21名参与者的78个大脑切片
591	2025-07-21	Unveiling Cancer-Related Metaplastic Cells in Both Helicobacter pylori Infection and Autoimmune Gastritis 2025-Jan, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2024.08.032 PMID:39236896	研究论文	本研究通过小鼠模型和人类参与者，探究了幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎引发的胃化生细胞的差异及其与癌症风险的关系	发现了一种与癌症相关的新型化生细胞亚型，该亚型在幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎中均存在，并表达癌症相关生物标志物ANPEP/CD13	研究样本量未明确说明，且仅针对两种特定胃炎类型进行研究	探究幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎引发的胃化生细胞的差异及其与癌症风险的关系	小鼠模型和人类胃活检样本	数字病理学	胃癌	单细胞转录组学、免疫荧光	NA	转录组数据、组织病理学图像	未明确说明（包括小鼠模型和人类活检样本）
592	2025-07-21	Induction of a Müller Glial Cell-Specific Protective Pathway Safeguards the Retina From Diabetes-Induced Damage 2025-Jan-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db24-0199 PMID:39446557	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析糖尿病对大鼠视网膜不同细胞类型的转录变化，揭示了Müller胶质细胞通过Zfp36基因发挥保护作用的机制	首次发现Müller胶质细胞通过Zfp36基因在糖尿病视网膜病变中发挥保护作用，并验证了该基因的过表达可以减缓病变发展	研究仅在大鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	阐明糖尿病视网膜病变中细胞特异性反应的分子机制	大鼠视网膜细胞（特别是Müller胶质细胞、视杆细胞和无长突细胞）	分子生物学	糖尿病视网膜病变	单细胞转录组学、腺相关病毒工具	NA	转录组数据	糖尿病大鼠模型视网膜细胞
593	2025-07-21	Characterizing the immune infiltrate in secondary syphilis: implications for transmission and pathology 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1549206 PMID:40201184	研究论文	该研究通过免疫组织化学、批量RNA测序和单细胞RNA测序等方法，分析了二期梅毒皮肤病变中的免疫浸润特征及其对传播和病理的影响	揭示了表皮TLR通过MYD88感知对梅毒感染宿主反应的贡献，强调了梅毒螺旋体通过皮肤逃避免疫反应的机制	研究主要基于皮肤活检样本，可能无法全面反映全身免疫反应	研究梅毒感染中的免疫逃避机制和宿主免疫反应	二期梅毒患者的皮肤活检样本、健康个体的PBMCs以及原代或MyD88敲除的角质形成细胞	免疫学	梅毒	免疫组织化学(IHC)、批量RNA测序、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据、免疫组织化学图像	二期梅毒患者的皮肤活检样本、健康个体的PBMCs
594	2025-07-21	FlyPhoneDB2: A computational framework for analyzing cell-cell communication in Drosophila scRNA-seq data integrating AlphaFold-multimer predictions 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.06.032 PMID:40677242	research paper	介绍FlyPhoneDB2，一个用于分析果蝇单细胞RNA测序数据中细胞间通讯的计算框架，整合了AlphaFold-multimer预测	FlyPhoneDB2显著扩展了知识库，包括更多的配体-受体对，整合了哺乳动物物种的注释和AlphaFold-Multimer的结构预测，并优化了算法性能和噪声过滤	FlyPhoneDB的实用性受到可用配体-受体对数量较少的限制	开发一个计算框架，用于分析果蝇单细胞RNA测序数据中的细胞间通讯	果蝇单细胞RNA测序数据	computational biology	tumor-induced cachexia	single-cell RNA-sequencing, AlphaFold-Multimer	NA	scRNA-seq data	whole-body single-nuclei RNA-seq datasets from flies with gut tumors induced by the Yorkie oncogene
595	2025-07-21	Medulloblastoma: biology and immunotherapy 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1602930 PMID:40677711	综述	本文讨论了髓母细胞瘤的生物学特性及免疫治疗的最新进展	总结了髓母细胞瘤的分子特征和免疫微环境，探讨了新旧免疫治疗方法的结合应用	未提及具体临床试验数据或治疗效果的具体数据	探讨髓母细胞瘤的生物学特性和免疫治疗的应用	髓母细胞瘤及其免疫微环境	肿瘤免疫学	髓母细胞瘤	单细胞转录组学	NA	NA	NA
596	2025-07-21	Spatial transcriptomic analysis of 4NQO-induced tongue cancer revealed cellular lineage diversity and evolutionary trajectory 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1592044 PMID:40678065	研究论文	利用空间转录组学和AI算法研究4NQO诱导的舌癌细胞谱系多样性和进化轨迹	首次结合AI分类器和空间转录组学技术，详细描绘了化学诱导舌癌的时空演变和瘤内异质性	研究基于化学诱导的舌癌模型，可能与自然发生的舌癌存在差异	阐明舌癌的细胞行为特征和肿瘤进化过程	4NQO诱导的舌癌模型	数字病理学	舌癌	空间转录组测序	AI分类器	空间转录组数据	未明确说明样本数量（舌癌组织）
597	2025-07-21	FN1 from cancer-associated fibroblasts orchestrates pancreatic cancer metastasis via integrin-PI3K/AKT signaling 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1595523 PMID:40678072	研究论文	本研究探讨了癌症相关成纤维细胞（CAFs）中的FN1基因通过整合素-PI3K/AKT信号通路促进胰腺导管腺癌（PDAC）转移的分子机制	发现FN1作为PI3K通路中的关键枢纽基因，通过整合素受体激活PI3K/AKT通路，影响细胞侵袭和免疫微环境，并揭示了其双重作用	研究主要基于体外实验和临床数据分析，缺乏体内实验验证	阐明CAFs在PDAC转移中的作用及其分子机制	胰腺导管腺癌（PDAC）及其肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	肿瘤生物学	胰腺癌	转录组测序、单细胞测序、Transwell迁移实验、Western blotting、qRT-PCR	体外共培养模型	转录组数据、单细胞测序数据、临床数据	NA
598	2025-07-21	Cooling Blood and Detoxicating Formula Treats Psoriasis Through RHCG-Related Mechanisms 2025, International journal of genomics IF:2.6Q2 DOI:10.1155/ijog/5132158 PMID:40678620	研究论文	本研究探讨了凉血解毒方（CBDF）通过RHCG相关机制治疗银屑病的潜力	结合网络药理学、单细胞RNA测序和空间转录组学技术，首次揭示了CBDF中槲皮素和山奈酚等活性成分通过RHCG靶点调控炎症通路的作用机制	需要进一步的临床验证和机制研究	探索凉血解毒方治疗银屑病的分子机制	银屑病模型	分子药理学	银屑病	网络药理学、scRNA-seq、空间转录组学、分子对接	NA	基因表达数据	NA
599	2025-07-21	Evaluating transcriptional tumour microenvironment response to immunotherapy using microarray analysis: From harvesting tumours to data analysis 2025, Methods in cell biology DOI:10.1016/bs.mcb.2025.01.004 PMID:40683680	研究论文	本文介绍了一种使用微阵列转录组分析评估肿瘤对免疫疗法反应的实验方法	提出了一种成本效益高的微阵列转录组分析方法，用于评估免疫疗法的肿瘤微环境反应	该方法在需要详细转录组信息时可能不如scRNA-seq精确	评估肿瘤微环境对免疫疗法的转录反应	肿瘤微环境中的细胞和非细胞成分	数字病理学	癌症	微阵列转录组分析	NA	转录组数据	NA
600	2025-07-21	Next-generation deconvolution of the tumor microenvironment with omnideconv 2025, Methods in cell biology DOI:10.1016/bs.mcb.2025.01.003 PMID:40683686	研究论文	介绍了一种名为omnideconv的R包，用于整合多种解卷积方法，简化其使用并统一语义，以量化乳腺癌患者RNA-seq数据的细胞组成	开发了omnideconv，一个整合多种解卷积方法的R包，解决了现有方法在编程语言、计算流程和输入/输出数据方面的多样性问题	未提及具体的性能比较或在实际应用中的局限性	开发一个统一的计算工具，用于从批量RNA-seq数据中估计细胞类型比例	乳腺癌微环境中的恶性细胞和正常细胞	数字病理学	乳腺癌	RNA-seq, scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	一个乳腺癌患者队列的批量RNA-seq数据