单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
581	2025-07-12	Large-Scale Production of Expandable Hepatoblast Organoids and Polarised Hepatocyte Organoids From hESCs Under 3D Static and Dynamic Suspension Conditions 2025-Jul, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.70001 PMID:39921573	研究论文	开发了一种新的培养系统，用于在3D静态和动态悬浮条件下从人类胚胎干细胞(hESCs)大规模生产可扩展的肝母细胞类器官(HB-orgs)和成熟的极化肝细胞类器官(P-hep-orgs)	使用低浓度Matrigel支持的3D悬浮条件，开发了新的培养系统，能够大规模生产功能性的肝细胞类器官	NA	开发大规模生产功能性hESC衍生肝细胞的方法，用于细胞治疗、疾病建模、药理学和毒理学研究	人类胚胎干细胞(hESCs)	细胞生物学	NA	scRNA-seq	NA	NA	NA
582	2025-07-12	Klotho Regulates Club Cell Senescence and Differentiation in Chronic Obstructive Pulmonary Disease 2025-Jul, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.70000 PMID:39930762	研究论文	探讨Klotho（KL）在慢性阻塞性肺疾病（COPD）中调节俱乐部细胞衰老和分化的作用	首次揭示了KL通过调节hnRNPA2/B1和neddylation影响俱乐部细胞衰老的机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证有限	阐明KL在COPD炎症和俱乐部细胞衰老中的作用机制	COPD患者肺组织和香烟烟雾诱导的COPD小鼠模型	呼吸系统疾病研究	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），SA-β-gal染色	KL基因敲除小鼠模型	基因表达数据，组织病理学数据	未明确说明具体样本数量，涉及人类COPD肺组织和小鼠模型
583	2025-07-12	Single-Cell Analysis Clarifies Pathological Heterogeneity in Tenosynovial Giant Cell Tumor and Identifies Biomarkers for Predicting Disease Recurrence 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202415835 PMID:40126353	研究论文	通过单细胞RNA测序分析弥漫型和局限型腱鞘巨细胞瘤的转录差异，揭示病理异质性并鉴定预测疾病复发的生物标志物	发现D-TGCT中独特的肿瘤细胞簇及其通过COL6A3-(ITGAV+ITGB8)相互作用调控成纤维细胞分化的机制，并鉴定出预测复发的生物标志物ROR1和PRKD1	样本来源和数量未明确说明，机制验证实验需进一步开展	阐明弥漫型腱鞘巨细胞瘤侵袭性行为的分子机制并寻找治疗靶点	人类弥漫型(D-TGCT)和局限型(L-TGCT)腱鞘巨细胞瘤病变组织	单细胞组学	腱鞘巨细胞瘤	scRNA-seq(单细胞RNA测序)	NA	单细胞转录组数据	NA
584	2025-07-12	CeiTEA: Adaptive Hierarchy of Single Cells with Topological Entropy 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202503539 PMID:40245302	研究论文	介绍了一种基于拓扑熵的自适应层次聚类算法CeiTEA，用于分析单细胞RNA测序数据中的细胞类型和亚型复杂层次结构	提出了一种结合自底向上和自顶向下策略的新算法，通过最小化拓扑熵构建多叉分割树，优化细胞类型关系和多样性的表示	未提及算法在大规模数据集上的计算效率或内存消耗问题	解决现有聚类方法难以捕捉细胞类型复杂层次结构的问题	单细胞RNA测序数据中的细胞类型和亚型	生物信息学	肿瘤异质性	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	自适应层次聚类算法	基因表达数据	模拟和真实世界的scRNA-seq数据集（具体数量未提及）
585	2025-07-12	CellNEST reveals cell-cell relay networks using attention mechanisms on spatial transcriptomics 2025-Jul, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02721-3 PMID:40481363	research paper	介绍了一种名为CellNEST的新方法，用于在空间转录组学中检测细胞间通讯网络	提出了一种新的中继网络通讯检测方法，能够识别配体-受体-配体-受体的通讯模式	未明确提及具体局限性	解决当前单细胞RNA测序和空间转录组学方法在检测细胞间通讯时的高假阳性率和局限性	人类淋巴结中的T细胞归巢信号、肺腺癌和结直肠癌中的侵袭性癌症通讯、胰腺癌中的中继网络通讯	空间转录组学	癌症、糖尿病	单细胞RNA测序、空间转录组学	注意力机制	空间转录组数据	NA
586	2025-07-12	MatriCom, a single-cell RNA-sequencing data mining tool to infer cell-extracellular matrix interactions 2025-Jul-01, Journal of cell science IF:3.3Q3 DOI:10.1242/jcs.263927 PMID:40501363	研究论文	介绍了一个名为MatriCom的网络应用和R包，用于从单细胞RNA测序数据推断细胞外基质（ECM）成分之间以及不同细胞群体与ECM之间的通讯	开发了MatriCom工具，利用独特的MatriComDB数据库和超过25,000个经过筛选的相互作用来推断ECM通讯，首次构建了人类肾脏基质通讯网络	NA	推断细胞外基质（ECM）成分之间以及细胞与ECM之间的通讯，以揭示ECM组装和细胞-ECM相互作用的保守和多样化机制	单细胞RNA测序数据集中的细胞外基质（ECM）成分和细胞群体	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	单细胞RNA测序数据	46个健康成人组织的scRNA-Seq数据集
587	2025-07-12	Understanding disease-associated metabolic changes in human colonic epithelial cells using the iColonEpithelium metabolic reconstruction 2025-Jul, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013253 PMID:40609069	研究论文	本研究通过构建首个特定细胞类型的人类结肠上皮细胞基因组尺度代谢模型iColonEpithelium，探索了结肠上皮细胞在健康和疾病状态下的代谢特征	首次构建了人类结肠上皮细胞特异性基因组尺度代谢模型iColonEpithelium，并包含独特的运输反应区室以模拟与肠道微生物组的代谢相互作用	研究仅初步验证了模型在探索宿主与肠道菌群代谢相互作用中的应用潜力	解析人类结肠上皮细胞的详细代谢活动及其在炎症性肠病中的变化	人类结肠上皮细胞及其在克罗恩病和溃疡性结肠炎中的代谢特征	代谢组学	炎症性肠病	基因组尺度代谢模型(GEM), 单细胞RNA测序	iColonEpithelium代谢网络模型	单细胞RNA测序数据	克罗恩病和溃疡性结肠炎样本的scRNA-seq数据
588	2025-07-12	IGF2BP2 binding to CPSF6 facilitates m6A-mediated alternative polyadenylation of PUM2 and promotes malignant progression in ovarian cancer 2025-Jul, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70388 PMID:40629911	研究论文	本研究揭示了m6A通过IGF2BP2和CPSF6的相互作用调控卵巢癌中PUM2的选择性多聚腺苷酸化，从而促进恶性肿瘤进展的新机制	首次发现m6A通过IGF2BP2与CPSF6的相互作用调控APA加工，揭示了PUM2通过m6A甲基化和APA处理促进卵巢癌恶性进展的机制	研究主要基于体外实验和公共数据库分析，临床样本验证有限	探究m6A依赖性APA调控在卵巢癌中的作用机制	卵巢癌细胞和临床样本	分子生物学	卵巢癌	RNA甲基化测序、单细胞测序、RNA pull-down、免疫沉淀、质谱分析、PAS-seq、eCLIP-seq、RIP-seq、meRIP-seq等	NA	RNA测序数据、蛋白质相互作用数据	公共数据库中的临床样本和实验室培养的卵巢癌细胞
589	2025-07-12	Underlining the Molecular Mechanism of Nonalcoholic Fatty Liver Disease and Coronary Artery Disease in Lipid Metabolism by Combining Multiple Sets of Data Sets 2025-Jul, IUBMB life IF:3.7Q2 DOI:10.1002/iub.70040 PMID:40631874	研究论文	本研究通过整合多组数据集，揭示了非酒精性脂肪肝病（NAFLD）和冠状动脉疾病（CAD）在脂质代谢中的共享遗传特征和分子机制	确定了GPD1、MVK和PIK3R2作为NAFLD和CAD在脂质代谢中的关键基因，并发现它们与相关调控基因的显著相关性	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	阐明NAFLD和CAD在脂质代谢中的共享分子机制	非酒精性脂肪肝病（NAFLD）和冠状动脉疾病（CAD）患者	生物信息学	非酒精性脂肪肝病和冠状动脉疾病	单细胞测序分析	NA	基因表达数据	NA
590	2025-07-12	Single-Cell Transcriptome Analysis Uncovers La Ribonucleoprotein 6 (LARP6) as a Dual Regulator of Proliferation and Immune Infiltration in Triple-Negative Breast Cancer 2025-Jul, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70709 PMID:40635123	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示La核糖核蛋白6（LARP6）在三阴性乳腺癌中作为增殖和免疫浸润的双重调节因子	首次发现LARP6在三阴性乳腺癌中显著上调，并揭示其在细胞增殖和免疫浸润中的双重作用	研究主要基于已有数据集，缺乏实验验证	识别三阴性乳腺癌特异性标记物以推进治疗方法开发	三阴性乳腺癌（TNBC）细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	超过260,000个细胞，来自ER阳性、HER2阳性和TNBC样本
591	2025-07-12	Investigating the dynamic signaling pathways involved in the specialization and differentiation of epiblast cells in early human embryos 2025-Jun-26, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2025.05.014 PMID:40581241	研究论文	研究人类胚胎早期外胚层细胞特化和分化过程中涉及的动态信号通路	通过单细胞RNA测序数据分析了胚胎植入前、植入后、原肠胚形成前和早期原肠胚形成阶段的信号通路，揭示了外胚层细胞发育的潜在调控机制	需要进一步的蛋白质水平和功能验证	探究胚胎外组织如何影响外胚层(EPI)的发育	人类胚胎早期发育阶段的外胚层细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	涵盖人类胚胎的多个发育阶段
592	2025-07-12	[Analysis of the number, type, and functional heterogeneity of senescent cells in the radiation-induced skin wounds in mice] 2025-Jun-20, Zhonghua shao shang yu chuang mian xiu fu za zhi DOI:10.3760/cma.j.cn501225-20240604-00209 PMID:40588406	研究论文	本研究通过实验和生物信息学分析，探讨了辐射诱导小鼠皮肤伤口中衰老细胞的数量、类型和功能异质性	揭示了辐射剂量和时间对衰老细胞积累的依赖性，以及不同类型衰老细胞在功能和SASP表达谱上的明显差异	研究仅针对小鼠模型，结果可能无法直接推广到人类	研究辐射诱导皮肤损伤中衰老细胞的特性和功能	p16转基因小鼠的皮肤组织	生物医学	皮肤损伤	免疫荧光法、流式细胞术、生物信息学分析	NA	实验数据、单细胞转录组测序数据	49只p16转基因小鼠（40只用于主要实验，9只用于补充实验）
593	2025-07-12	Transcriptomic profiling of vitiligo patients shows polar immune dysregulation in involved and uninvolved skin 2025-Jun-11, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.06.002 PMID:40513622	研究论文	通过转录组分析揭示白癜风患者病变和非病变皮肤的免疫失调特征	发现白癜风皮肤免疫失调不仅涉及TH1/干扰素轴，还包括TH2和TH17/22轴的激活，且非病变皮肤已出现免疫异常	样本量较小（15例白癜风患者和14例健康对照）	全面了解白癜风皮肤病变的免疫学特征	白癜风患者的病变和非病变皮肤组织	皮肤病学	白癜风	RNA测序（bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq）、实时PCR、免疫组织化学	NA	转录组数据	15例白癜风患者的病变和非病变皮肤样本，14例匹配的健康对照
594	2025-07-12	Single-cell RNAseq of Angiotensin II-induced abdominal aortic tissue identifies aneurysm-associated cell clusters in C57BL/6J mice 2025-05-28, Bioscience reports IF:3.8Q2 DOI:10.1042/BSR20241235 PMID:40440080	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究血管紧张素II诱导的腹主动脉组织中与动脉瘤相关的细胞群	识别出一种由内皮细胞转化的特殊细胞群（恶性ECs），并发现Cxcl12-Cxcr4/Ackr3轴可能在AAA形成中发挥作用	研究仅基于C57BL/6J小鼠模型，未在人类样本中验证	探究腹主动脉瘤（AAA）形成过程中特定细胞群的作用	C57BL/6J小鼠的腹主动脉组织	数字病理	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	不同年龄和不同血管紧张素II剂量的C57BL/6J小鼠，具体数量包括14周龄（未形成AAA）、20周龄（21只中有6只形成AAA）和32周龄（7只中有4只形成AAA）
595	2025-07-12	Study on the mechanism of action of the active ingredient of Calculus Bovis in the treatment of sepsis by integrating single-cell sequencing and machine learning 2025-Apr-18, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000042184 PMID:40258762	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和机器学习，探讨了牛黄活性成分在治疗脓毒症中的作用机制	结合网络药理学、RNA测序和多种机器学习模型（XGBoost、SVM、决策树、KNN）分析牛黄活性成分的治疗机制，并通过分子对接和分子动力学模拟验证结合亲和力与稳定性	研究依赖于公共数据库数据，未进行实验验证	探索牛黄活性成分在脓毒症治疗中的作用机制	牛黄活性成分及脓毒症相关基因	机器学习	脓毒症	RNA测序、单细胞RNA测序、分子对接、分子动力学模拟	XGBoost、SVM、Decision Tree、KNN	基因表达数据	来自中国国家基因库数据库的脓毒症数据及GSE65682数据库的预后相关基因数据
596	2025-07-12	FLASH radiation reprograms lipid metabolism and macrophage immunity and sensitizes medulloblastoma to CAR-T cell therapy 2025-Mar, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00905-6 PMID:39910249	研究论文	本文探讨了FLASH放疗对髓母细胞瘤中巨噬细胞免疫和脂质代谢的重编程作用，以及其对CAR-T细胞疗法的增敏效果	首次揭示了FLASH放疗通过调节巨噬细胞脂质代谢逆转肿瘤免疫抑制的机制，并展示了其与CAR-T细胞疗法的协同效应	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探究FLASH放疗对肿瘤免疫微环境的影响及其与免疫治疗的协同作用	髓母细胞瘤小鼠模型中的巨噬细胞和CAR-T细胞	肿瘤免疫治疗	髓母细胞瘤	单细胞转录组分析，CAR-T细胞疗法	基因工程小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量的小鼠模型
597	2025-07-12	Conserved patterns of transcriptional dysregulation, heterogeneity, and cell states in clear cell kidney cancer 2025-01-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115169 PMID:39792555	研究论文	通过单细胞转录组学分析透明细胞肾癌中的转录失调模式和细胞状态	识别了肿瘤和血管系统中保守的转录失调模式及其上游调控因子，揭示了与转移潜力相关的Chr14q缺失的亚克隆转录后果，以及预后显著的肿瘤内转录异质性模式	样本量相对较小（75个多区域活检），且仅针对透明细胞肾癌	理解透明细胞肾癌中转录程序的保守模式和细胞状态，以推动新的癌症治疗方法	透明细胞肾癌肿瘤组织和正常肾脏组织的多区域活检样本	数字病理学	肾癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	75个多区域活检样本（来自肾肿瘤和正常肾脏）
598	2025-07-12	Targeting mitophagy in diabetic retinopathy: novel insights into SQSTM1/BNIP3L pathway regulated by luteolin 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1593213 PMID:40635752	研究论文	本研究探讨了木犀草素通过SQSTM1/BNIP3L通路激活线粒体自噬在糖尿病视网膜病变中的治疗潜力	揭示了木犀草素通过SQSTM1/BNIP3L通路激活线粒体自噬的新机制，并建立了单核细胞活性与DR进展之间的新联系	木犀草素的具体分子机制尚未完全阐明	探索木犀草素对糖尿病视网膜病变的治疗作用及其分子机制	糖尿病视网膜病变患者的外周血单核细胞和视网膜组织	医学研究	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、分子对接模拟、DCFDA测定、H&E和PAS染色、ELISA、免疫荧光、免疫组化、Western blotting	NA	单细胞RNA测序数据、蛋白质表达数据	糖尿病视网膜病变患者的外周血单核细胞和视网膜组织样本
599	2025-07-12	Integrated single-cell and bulk RNA dequencing to identify and validate prognostic genes related to T Cell senescence in acute myeloid leukemia 2025, Frontiers in bioinformatics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fbinf.2025.1606284 PMID:40635996	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，识别并验证了与急性髓性白血病（AML）中T细胞衰老相关的预后基因	结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别了与AML进展相关的T细胞衰老基因，并构建了一个新的AML风险模型	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	探索T细胞衰老相关基因在AML进展中的作用，并构建预测模型	急性髓性白血病（AML）患者	生物信息学	急性髓性白血病	scRNA-seq, RNA-seq, RT-qPCR	风险模型	RNA测序数据	来自TCGA数据库的AML患者数据，以及GSE116256、GSE114868和GSE71014数据集
600	2025-07-12	Single-cell transcriptome and multi-omics integration reveal ferroptosis-driven immune microenvironment remodeling in knee osteoarthritis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1608378 PMID:40636124	研究论文	本研究通过单细胞转录组和多组学整合揭示了铁死亡驱动的膝关节骨关节炎免疫微环境重塑	首次在单细胞分辨率下探索铁死亡与免疫功能障碍的相互作用，并鉴定出KOA的诊断生物标志物	样本量相对较小（单细胞数据n=11，批量RNA-seq队列分别为20/18和8/4）	解析铁死亡驱动的免疫重塑并鉴定KOA的诊断生物标志物	膝关节骨关节炎（KOA）患者的软骨细胞和免疫微环境	生物信息学	膝关节骨关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）	LASSO-SVM诊断模型	转录组数据	单细胞数据11例，批量RNA-seq队列分别为20例KOA/18例对照和8例KOA/4例对照