单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新，已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价10元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 28955 篇文献，本页显示第 581 - 600 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 581 | 2025-06-13 |
eIF5A maintains intestinal epithelial homeostasis by sustaining intestinal stem cells
2025-Jun-09, Cell regeneration (London, England)
DOI:10.1186/s13619-025-00243-z
PMID:40488929
|
研究论文 | 本文探讨了真核翻译起始因子5A（eIF5A）在维持肠道上皮稳态中的作用，特别是在肠道干细胞（ISCs）的维持方面 | 揭示了eIF5A通过调控线粒体翻译维持肠道干细胞的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和肠道类器官，人类相关性的验证尚不充分 | 阐明eIF5A在肠道上皮稳态维持中的分子机制 | 小鼠肠道上皮细胞和肠道类器官 | 细胞生物学 | 肠道疾病 | 条件性基因敲除、质谱分析、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、蛋白质组数据 | 小鼠肠道上皮细胞和肠道类器官 |
| 582 | 2025-06-13 |
Prognostic and immune modulatory effects of ammonia-induced cell death in head and neck squamous cell carcinoma
2025-Jun-09, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02508-0
PMID:40490575
|
research paper | 本研究探讨了氨诱导的细胞死亡（ACD）在头颈部鳞状细胞癌（HNSC）中的预后意义及免疫调节作用 | 首次将氨死亡特征（ADS）确立为HNSC的新型预后生物标志物，并揭示了其与肿瘤进展和免疫抑制的关联 | 研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证 | 探究ACD在HNSC中的预后价值和免疫调节机制 | 头颈部鳞状细胞癌（HNSC） | digital pathology | head and neck squamous cell carcinoma | 随机生存森林（RSF）、单样本基因集富集分析（ssGSEA）、肿瘤免疫表型追踪（TIP）分析、单细胞RNA测序 | RSF | 转录组数据 | NA |
| 583 | 2025-06-13 |
Single-cell chromatin accessibility profiling reveals regulatory mechanisms and evolution in pig brains
2025-Jun-09, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-025-02263-2
PMID:40490756
|
研究论文 | 通过单细胞染色质可及性分析，揭示了猪脑的调控机制及其进化特征 | 首次在猪脑中进行大规模单细胞染色质可及性分析，并比较了家猪与野猪的细胞类型特异性调控景观 | 研究仅聚焦于大脑皮层和小脑，未涵盖其他脑区 | 探索猪脑的调控机制及其在进化过程中的变化 | 家猪和野猪的大脑皮层及小脑细胞 | 生物医学 | 神经退行性疾病（如阿尔茨海默病） | 单细胞染色质可及性分析、单细胞RNA测序 | NA | 单细胞测序数据 | 71,798个细胞（来自家猪和野猪的大脑皮层及小脑） |
| 584 | 2025-06-13 |
Comprehensive analysis of immunoglobulin expression in the mouse brain from embryonic to adult stages
2025-Jun-09, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03457-9
PMID:40490799
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据和Ig库分析，揭示了从小鼠胚胎到成年阶段大脑中免疫球蛋白（Ig）的表达谱 | 首次全面描述了Ig在大脑中从胚胎到成年阶段的表达谱，并发现小胶质细胞和第六层皮质丘脑神经元中Ig的表达模式及其对脂多糖的反应与B细胞不同 | 研究仅基于小鼠模型，尚未验证在人类大脑中的表达情况 | 阐明Ig在小鼠大脑中从胚胎到成年阶段的表达情况及其可能的非经典免疫功能 | 小鼠大脑中的免疫球蛋白（Ig）表达 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序、Ig库分析 | NA | RNA测序数据 | 从小鼠胚胎到成年阶段的多个发育时期的大脑样本 |
| 585 | 2025-06-13 |
Single-cell profiling of lichen planus reveals type I interferon response triggering the interface dermatitis reaction
2025-Jun-09, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.04.043
PMID:40499747
|
research paper | 该研究通过单细胞RNA测序揭示了扁平苔藓（LP）中I型干扰素反应触发界面皮炎反应的机制 | 首次在扁平苔藓病变皮肤中发现I型干扰素富集环境，并揭示了I型干扰素对炎症性角质形成细胞和成纤维细胞的独特影响 | 研究主要基于体外模型，可能需要更多体内实验验证 | 研究扁平苔藓的免疫发病机制及其驱动界面皮炎反应的潜在机制 | 扁平苔藓患者的病变皮肤与健康对照皮肤 | 免疫学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序 | 体外共培养模型 | RNA测序数据 | 未明确说明样本数量（LP患者和健康对照的皮肤样本） |
| 586 | 2025-06-13 |
Primitive Hepatoblasts Driving Early Liver Development
2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.08.658502
PMID:40501632
|
research paper | 该研究识别并描述了一种在早期肝芽发育过程中源自Cdx2阳性内胚层祖细胞的原始肝母细胞群 | 发现了一种新的原始肝母细胞群，揭示了其在早期肝发育中的贡献以及WNT抑制和RA许可对原始肝母细胞出现的调控机制 | 原始肝母细胞在晚期胎儿和出生后发育中的贡献减弱，具体机制尚不明确 | 研究早期肝脏发育过程中的细胞谱系异质性 | 小鼠和人类的原始肝母细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组学、谱系追踪、表观遗传和功能扰动研究 | NA | 转录组数据 | 小鼠和人类样本 |
| 587 | 2025-06-13 |
Evidence for Transcriptomic Conservation Between the Main Cells of the Drosophila Prostate-Like Accessory Gland and Basal Cells of the Mammalian Prostate
2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.05.658085
PMID:40501690
|
research paper | 该研究通过单细胞RNA测序数据比较了果蝇前列腺样附属腺体与哺乳动物前列腺基底细胞的转录组相似性 | 提供了果蝇前列腺样附属腺体与哺乳动物前列腺基底细胞之间转录组相似性的新证据 | 不确定这些相似性是否反映共同的进化同源性，还是由于共享组织功能而独立衍生的特征 | 探索果蝇前列腺样附属腺体与哺乳动物前列腺基底细胞之间的转录组相似性 | 果蝇前列腺样附属腺体和哺乳动物前列腺基底细胞 | 生物信息学 | 前列腺疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 来自Fly Cell Atlas和哺乳动物成人前列腺单细胞数据集的数据 |
| 588 | 2025-06-13 |
Robust self-supervised machine learning for single cell embeddings and annotations
2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.05.658097
PMID:40502088
|
研究论文 | 本文提出了一种名为DR-GEM的自监督元算法，用于改进单细胞和空间基因组学研究中的降维和聚类方法 | DR-GEM结合了分布鲁棒优化和平衡共识机器学习的原理，通过自监督机制提高对稀有细胞类型和状态的检测能力，并减少技术噪声的影响 | NA | 改进单细胞基因组学中的降维和聚类方法，以更好地支持数据驱动的发现 | 单细胞和空间基因组学数据 | 机器学习 | NA | 单细胞分辨率空间转录组学、Perturb-seq | 自监督元算法（DR-GEM） | 单细胞组学数据 | 合成和真实世界的单细胞组学数据集 |
| 589 | 2025-06-13 |
Exploring the causal links between inflammation-related genes and atherosclerosis through Mendelian randomization analysis
2025-Jun-06, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000042584
PMID:40489880
|
研究论文 | 本研究通过孟德尔随机化分析探讨炎症相关基因与动脉粥样硬化之间的因果关系 | 利用多个数据集综合分析动脉粥样硬化斑块中的基因表达谱和分子机制，并通过单细胞RNA测序数据揭示不同细胞类型中的基因表达特征 | 研究依赖于公开数据集，可能受限于数据的质量和样本量 | 探讨炎症相关基因在动脉粥样硬化中的作用及其潜在治疗靶点 | 动脉粥样硬化斑块中的基因表达和分子机制 | 生物信息学 | 心血管疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析 | DESeq2, clusterProfiler, Cytoscape, TwoSampleMR | 基因表达数据 | 多个公开数据集（GSE198600, GSE120521, GSE253903, GSE224273） |
| 590 | 2025-06-13 |
Reference Vector-guided Evolutionary Algorithm for cluster analysis of single-cell transcriptomes
2025-Jun-06, Computer methods and programs in biomedicine
IF:4.9Q1
DOI:10.1016/j.cmpb.2025.108873
PMID:40499345
|
研究论文 | 本文提出了一种基于参考向量引导的进化算法（RVEA-CAST），用于单细胞转录组数据的聚类分析 | 采用多目标优化视角解决单细胞RNA测序数据的聚类问题，设计了三个问题感知的变异算子以优化聚类偏差、聚类紧凑性和Davies-Bouldin指数 | NA | 解决单细胞RNA测序数据聚类这一具有挑战性的任务 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | RVEA-CAST（基于参考向量引导的进化算法） | 基因表达数据 | 十个真实的scRNA-seq数据集 |
| 591 | 2025-06-13 |
Fine particulate matter exacerbates asthma by activating STC2-mediated mitophagy through METTL3/YTHDF2-dependent m6A methylation
2025-Jun-06, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.138854
PMID:40499413
|
研究论文 | 本研究探讨了细颗粒物（PM）通过激活STC2介导的线粒体自噬加剧哮喘的分子机制，重点关注m6A甲基化、线粒体自噬以及STC2和SQSTM1的调控作用 | 揭示了PM通过METTL3/YTHDF2依赖的m6A甲基化上调STC2表达并激活线粒体自噬的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人体样本仅检测了血清标志物水平 | 阐明PM加剧哮喘的分子机制 | 哮喘小鼠模型和哮喘患者外周血样本 | 分子生物学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 小鼠哮喘模型 | 基因表达数据、血清标志物数据 | 未明确说明小鼠数量，哮喘患者样本跨季节采集 |
| 592 | 2025-06-13 |
CXCR4-LASP1-G9a-SNAIL axis drives NEPC transdifferentiation via induction of EMT and downregulation of REST
2025-Jun-06, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.100916
PMID:40499539
|
研究论文 | 该研究通过纵向单细胞RNA测序，揭示了CXCR4-LASP1-G9a-SNAIL轴在前列腺癌神经内分泌转化中的关键作用 | 首次发现CXCR4-LASP1-G9a-SNAIL轴通过诱导EMT和下调REST驱动NEPC转化，并验证了CXCR4或G9a抑制可逆转NEPC细胞表型 | 研究主要基于LTL331 PDX模型，需要在更广泛的临床样本中验证 | 探究前列腺癌神经内分泌转化的早期调控信号 | LTL331前列腺腺癌患者来源的异种移植模型(PDX) | 癌症生物学 | 前列腺癌 | 纵向单细胞RNA测序 | PDX模型 | RNA测序数据 | NA |
| 593 | 2025-06-13 |
Cell-surface proteomic profiling identifies CD72 as a regulator of microglial tiling
2025-Jun-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.02.657480
PMID:40501958
|
研究论文 | 通过细胞表面蛋白质组学分析，识别出CD72作为调节小胶质细胞平铺现象的关键分子 | 首次将细胞表面邻近标记与质谱技术结合，系统性分析稳态下小胶质细胞表面蛋白质组，并开发基于图像的六项形态/空间指标的功能筛选方法 | 研究主要基于体外模型和脑片实验，尚未在完整生物体内验证CD72的调控机制 | 揭示小胶质细胞平铺现象（非重叠突触空间分布）的分子调控机制 | 小胶质细胞的表面蛋白质组及其空间分布特征 | 神经科学 | NA | 细胞表面邻近标记技术、质谱分析、单细胞RNA测序、磷酸化蛋白质组学 | NA | 蛋白质组数据、转录组数据、显微图像数据 | NA（未明确说明具体样本数量） |
| 594 | 2025-06-13 |
NOTCH3 Drives Fatty Acid Oxidation and Ferroptosis Resistance in Aggressive Meningiomas
2025-Jun-04, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6779386/v1
PMID:40502769
|
research paper | 该研究探讨了NOTCH3在侵袭性脑膜瘤中驱动脂肪酸氧化和抗铁死亡的作用机制 | 首次揭示了NOTCH3通过调控脂肪酸氧化代谢重编程促进脑膜瘤恶性表型的新机制 | 研究主要基于细胞系模型，临床样本验证有限 | 探究NOTCH3信号在脑膜瘤代谢重编程中的作用 | NOTCH3+人脑膜瘤细胞系和患者来源的原代脑膜瘤细胞 | 肿瘤代谢 | 脑膜瘤 | 单细胞RNA测序，代谢组学，脂质组学，bulk RNA测序 | 细胞系模型(CH157-MN) | 基因表达数据，代谢数据 | 未明确说明具体样本数量，涉及多组细胞系实验 |
| 595 | 2025-06-13 |
Novel mouse model reveals neurodevelopmental origin of PMM2-CDG brain pathology
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.01.657261
PMID:40501776
|
research paper | 该研究通过新型小鼠模型揭示了PMM2-CDG脑病理的神经发育起源 | 通过配对flox等位基因和催化失活的knock-in等位基因，模拟患者相关的复合杂合致病变异，克服了全身敲除导致的胚胎致死性 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床数据的验证有限 | 探究PMM2-CDG脑病理的神经发育机制 | PMM2-CDG患者和小鼠模型 | 神经遗传学 | 先天性糖基化障碍 | 多组学分析（代谢组学、糖组学、单细胞转录组学、蛋白质组学、糖蛋白组学） | 小鼠模型 | 多组学数据 | 小鼠模型和PMM2-CDG患者死后小脑组织 |
| 596 | 2025-06-13 |
Spatial Heterogeneity of Macrophages in the Human Lung
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.30.657106
PMID:40501812
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术，研究了人类肺部不同解剖结构中巨噬细胞的分布及其在吸烟状态下的变化 | 首次报告了人类肺部巨噬细胞亚群在不同解剖结构中的积累比例，并提出了一个新的三级层次命名法来区分转录定义的肺部巨噬细胞亚群 | 样本量较小，仅包括8名无肺部疾病的捐赠者（4名吸烟者和4名非吸烟者） | 确定转录定义的人类巨噬细胞在主要肺部解剖结构中的分布，并识别吸烟引起的分布和编程变化 | 人类肺部巨噬细胞亚群 | 生物医学研究 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和免疫荧光显微镜 | NA | 基因表达数据 | 8名人类捐赠者的肺部组织（4名吸烟者和4名非吸烟者） |
| 597 | 2025-06-13 |
Dissecting crosstalk induced by cell-cell communication using single-cell transcriptomic data
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.31.657197
PMID:40501904
|
research paper | 该论文介绍了一种基于机器学习的SigXTalk方法，用于分析单细胞RNA测序数据中的细胞间通讯（CCC）诱导的途径间串扰 | 提出了一种新的机器学习方法SigXTalk，专注于量化信号保真度和特异性，以分析CCC途径间的串扰，并利用超图学习方法编码调控途径中的高阶关系 | 未提及具体的数据集规模或实验验证的局限性 | 研究细胞间通讯（CCC）诱导的调控网络，特别是途径间的串扰 | 单细胞RNA测序数据中的受体、转录因子和靶基因 | machine learning | NA | scRNA-seq | hypergraph learning | RNA-seq data | NA |
| 598 | 2025-06-13 |
Deciphering the combinatorial expression pattern and genetic regulatory mechanisms of Beats and Sides in the olfactory circuits of Drosophila
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.31.657193
PMID:40502011
|
research paper | 该研究通过分析果蝇嗅觉回路中Beats和Sides基因家族的组合表达模式及其遗传调控机制，揭示了这些基因在嗅觉神经元及其突触目标神经元中的特异性表达 | 首次全面描述了Beats和Sides基因家族在果蝇嗅觉回路中的组合表达模式，并探索了这些基因在神经元识别和突触发育中的潜在作用 | 虽然发现了基因组合表达模式，但破坏Beat-IIa-Side-IV相互作用并未导致显著的突触错配，表明可能存在其他补偿机制 | 探究Beats和Sides基因家族在果蝇嗅觉回路组装中的作用 | 果蝇的嗅觉受体神经元(ORNs)及其突触目标投射神经元(PNs) | 神经生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 基因陷阱转基因驱动系 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 599 | 2025-06-13 |
Highly sensitive and scalable time-resolved RNA sequencing in single cells with scNT-seq2
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.03.657745
PMID:40502146
|
research paper | 介绍了一种高灵敏度和可扩展的单细胞时间分辨RNA测序方法scNT-seq2 | 通过系统优化第二链cDNA合成步骤，显著提高了读取对齐率、减少了背景突变并增强了文库复杂性 | 未提及具体的技术应用限制或样本类型的局限性 | 开发一种更高效的工具以在单细胞分辨率下解析基因表达动态 | 4sU标记的K562细胞 | 基因组学 | NA | scNT-seq2, 时间分辨单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 未明确提及具体样本数量，仅提到4sU标记的K562细胞 |
| 600 | 2025-06-13 |
Single-cell transcriptomics reveals probiotic reversal of neonatal morphine-induced gene disruptions underlying adolescent pain hypersensitivity
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.30.657034
PMID:40502161
|
research paper | 该研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了新生儿期吗啡暴露对青少年小鼠中脑基因表达的影响以及益生菌干预的潜在逆转作用 | 首次提供了新生儿吗啡暴露及益生菌干预后青少年中脑的单细胞RNA测序数据集，揭示了益生菌对吗啡诱导的转录组改变的缓解作用 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证 | 探究早期阿片类药物暴露对神经发育的影响及益生菌干预的治疗潜力 | 青少年小鼠的中脑细胞 | 神经科学 | 疼痛敏感 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 107,427个中脑单细胞 |