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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 581 | 2026-05-28 |
RNA polymerase II pausing is essential during spermatogenesis for appropriate gene expression and completion of meiosis
2024-01-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45177-3
PMID:38287033
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研究论文 | 利用稳态、新生和单细胞RNA测序策略全面表征雄性生殖细胞群体的基因表达,揭示RNA聚合酶II暂停在精子发生和减数分裂中的关键作用 | 首次发现RNA聚合酶II暂停在精子分化早期建立基因活性景观的必要性,并揭示其在减数分裂中调控双链断裂形成和修复的新功能 | 未提供具体实验限制信息 | 解析雄性生殖细胞发育中基因表达的调控机制,为男性不育症治疗提供新见解 | 雄性小鼠生殖细胞群体 | 机器学习和基因组学 | 男性不育症 | RNA-seq | NA | RNA表达数据(稳态、新生和单细胞) | NA | NA | RNA-seq | NA | NA |
| 582 | 2026-05-28 |
Cebp1 and Cebpβ transcriptional axis controls eosinophilopoiesis in zebrafish
2024-01-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45029-0
PMID:38280871
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研究论文 | 利用斑马鱼模型研究嗜酸性粒细胞的发育模式与调控机制 | 首次鉴定eslec为嗜酸性粒细胞谱系特异性标志物,建立Tg(eslec:eGFP)报告品系;通过单细胞RNA测序揭示嗜酸性粒细胞从祖细胞到成熟细胞的发育轨迹;发现Cebp1-Cebpβ转录轴调控嗜酸性粒细胞谱系决定和分化,并证明斑马鱼Cebp1是人C/EBPε的功能直系同源物 | 主要基于斑马鱼模型,结论向哺乳动物和人类的推广需进一步验证 | 解析嗜酸性粒细胞的发育模式、分布及转录调控机制 | 斑马鱼嗜酸性粒细胞谱系细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序系统 |
| 583 | 2026-05-28 |
The origin and structural evolution of de novo genes in Drosophila
2024-01-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45028-1
PMID:38280868
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研究论文 | 本研究结合高质量全基因组比对和计算结构建模,分析了果蝇中新生基因的起源、进化及蛋白质结构变化,鉴定出555个新生基因候选。 | 首次系统性结合全基因组比对与计算结构建模,揭示果蝇亚科特异性新生基因的起源与蛋白质结构演化,并发现早期精原细胞在新生基因起源中的潜在重要角色 | 可能受限于基因组比对质量和结构预测准确性,部分候选基因的结构变化未充分捕捉 | 研究新生基因的起源、进化及蛋白质结构变化 | 果蝇(D. melanogaster)中果蝇亚科特异性新生基因 | 计算生物学, 基因组学 | NA | 全基因组比对, 计算结构建模, 祖先序列重建, 单细胞RNA-seq | 计算结构模型 | 基因组序列, 蛋白质结构数据, 单细胞转录组数据 | 果蝇属多个物种的基因组比对数据及果蝇睾丸单细胞RNA-seq数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 584 | 2026-05-28 |
Trajectory inference across multiple conditions with condiments
2024-01-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-44823-0
PMID:38280860
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研究论文 | 提出condiments方法,用于跨多个条件的单细胞RNA测序数据轨迹推断与比较 | 首次提出一种统一框架,整合多条件下细胞轨迹的推断、比较及基因表达差异分析,支持大规模发育进程变化及细微基因行为改变的检测 | NA | 开发一种跨多个生物条件(如野生型与基因敲除)进行单细胞RNA测序轨迹推断与比较的方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞分化轨迹,特别是干细胞分化过程中的细胞状态连续体 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq) | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 585 | 2026-05-28 |
A potential defensive role of TIM-3 on T lymphocytes in the inflammatory involvement of diabetic kidney disease
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1365226
PMID:38812511
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研究论文 | 探讨T淋巴细胞上TIM-3分子在糖尿病肾病炎症发展中的潜在保护作用 | 首次发现外周血CD3+TIM-3+ T细胞比例与糖尿病肾病严重间质单核细胞浸润呈显著负相关,提示TIM-3可能具有保护性免疫调节功能 | 未明确TIM-3保护作用的具体分子机制,且研究仅基于糖尿病患者和动物模型数据,缺乏干预实验验证 | 阐明TIM-3在T淋巴细胞上对糖尿病肾病炎症进展的调控作用及其作为生物标志物的潜力 | 糖尿病肾病患者及糖尿病肾病小鼠模型 | 免疫学 | 糖尿病肾病 | 流式细胞术、免疫荧光染色、单细胞测序 | NA | 外周血样本、肾组织样本、单细胞测序数据 | 360例成人糖尿病肾病患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 586 | 2026-05-28 |
Single-cell RNA-seq reveals T cell exhaustion and immune response landscape in osteosarcoma
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1362970
PMID:38629071
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示骨肉瘤中T细胞耗竭和免疫反应景观 | 首次系统性地利用单细胞RNA-seq数据分析骨肉瘤微环境中CD8+ T细胞的耗竭情况,并基于三个耗竭相关基因(RAD23A, SAC3D1, PSIP1)构建预后模型,该模型在多个数据集中验证了其预测骨肉瘤预后的能力 | 研究主要依赖公共数据库数据,可能受限于数据质量和样本代表性,且T细胞耗竭模型需在更大规模前瞻性队列中进一步验证 | 探究骨肉瘤中T细胞耗竭与免疫抑制及肿瘤进展的关系,并构建预后模型 | 骨肉瘤患者肿瘤微环境中的CD8+ T细胞及其耗竭相关基因 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | GEO数据库中的骨肉瘤单细胞RNA-seq数据,以及TARGETs和Meta队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 来自GEO数据库的单细胞RNA-seq数据 |
| 587 | 2026-05-28 |
Cell-Specific Targeting of the Endothelium in the Cardiorenal Syndrome
2024, Cardiorenal medicine
IF:2.4Q2
DOI:10.1159/000537764
PMID:38342088
|
综述 | 本文探讨了心肾综合征中血管内皮的细胞特异性靶向策略,包括基于基因、细胞和纳米技术的新型疗法,以及空间转录组学等技术在靶向治疗中的应用 | 提出通过细胞特异性内皮靶向的病毒载体进行基因治疗,可避免脱靶效应并改善治疗耐药性 | 未提及具体实验数据或临床验证,缺乏对靶向技术实际应用中的安全性及长期效果的深入讨论 | 阐述心肾综合征中内皮细胞作为治疗靶点的潜力,并介绍新兴的靶向治疗方法 | 血管内皮细胞及心肾疾病模型 | 机器学习 | 心血管疾病, 肾脏疾病 | 测序, 空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 588 | 2026-05-28 |
Coupled scRNA-seq and Bulk-seq reveal the role of HMMR in hepatocellular carcinoma
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1363834
PMID:38633247
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和批量RNA测序揭示HMMR在肝细胞癌中的作用 | 首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序全面分析HMMR在肝细胞癌中的诊断、预后和治疗价值 | 未提及在动物模型或临床样本中验证HMMR的功能 | 探究HMMR在肝细胞癌中的作用及其作为分子标志物的潜力 | 肝细胞癌患者组织样本及细胞系 | 机器学习 | 肝细胞癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, qRT-PCR | NA | 基因表达数据 | 多个队列研究及组织微阵列中的肝细胞癌样本 | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 589 | 2026-05-28 |
Engrailed transcription factors direct excitatory cerebellar neuron diversity and survival
2023-Dec-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.30.569445
PMID:38077070
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和空间表达分析,揭示了EN1/2转录因子在兴奋性小脑神经元多样性和存活中的保守作用 | 首次定义胚胎期小脑核内侧兴奋性神经元的分子亚域,并揭示EN1/2在三种小脑兴奋性神经元类型中调控TBR2表达、神经元分化和存活的保守功能 | NA | 阐明EN1/2转录因子在小脑兴奋性神经元多样性和存活中的功能机制 | 小鼠胚胎期小脑核兴奋性神经元 | 分子神经生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间表达分析 | NA | 基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 590 | 2026-05-28 |
The origin and structural evolution of de novo genes in Drosophila
2023-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.13.532420
PMID:37425675
|
研究论文 | 结合全基因组比对、生物信息学和计算结构建模,系统性研究了果蝇属新基因的起源、演化及蛋白质结构特征 | 首次系统揭示果蝇谱系特异性新基因的蛋白质结构起源与演化规律,发现大多数潜在折叠良好的蛋白质在诞生时即已折叠,并观察到少数无序蛋白在短时间内转变为有序结构 | 基于计算预测的蛋白质结构缺乏实验验证,且研究局限于果蝇属,结论的普适性有待验证 | 解析新基因在果蝇属中的起源机制、演化过程及蛋白质结构变化规律 | 果蝇属(Drosophila)中555个谱系特异性新基因候选者 | 机器学习和生物信息学交叉 | NA | 全基因组比对、生物信息学分析、Alphafold2、ESMFold、分子动力学模拟、祖先序列重构、单细胞RNA-seq | Alphafold2, ESMFold | 基因组序列、蛋白质结构预测数据、单细胞转录组数据 | 果蝇属555个新基因候选者,以及睾丸单细胞RNA-seq数据 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 用于果蝇睾丸组织的单细胞RNA-seq分析 |
| 591 | 2026-05-28 |
RNA polymerase II pausing is essential during spermatogenesis for appropriate gene expression and completion of meiosis
2023-May-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.08.539879
PMID:37215034
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研究论文 | 本研究利用稳态、新生和单细胞RNA测序策略全面分析雄性生殖细胞群体的基因表达,揭示RNA聚合酶II暂停在精子发生过程中对基因表达调控和减数分裂完成的关键作用 | 首次发现RNA聚合酶II暂停在精子分化的早期阶段对建立基因活性图谱至关重要,并揭示了Pol II暂停在减数分裂过程中对SPO11介导的双链断裂形成的新调控作用 | 未在摘要中明确说明研究局限性 | 阐明RNA聚合酶II暂停在雄性生殖细胞分化和减数分裂中的调控机制 | 雄性生殖细胞(包括未成熟和成熟精子细胞) | 机器学习 | 不育症 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 新生RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 592 | 2026-05-28 |
Astroglial toxicity promotes synaptic degeneration in the thalamocortical circuit in frontotemporal dementia with GRN mutations
2023-03-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI164919
PMID:36602862
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研究论文 | 通过比较单细胞转录组学揭示星形胶质细胞毒性在GRN突变导致的额颞叶痴呆丘脑皮质回路突触变性中的关键作用 | 首次发现并验证GRN突变引起的星形胶质细胞病理特征(GJA1、AQP4、APOE上调及SLC1A2下调)是跨物种突触变性的保守机制 | 未明确星形胶质细胞毒性与TDP-43蛋白病之间的上下游因果关系 | 阐明GRN突变导致额颞叶痴呆的丘脑皮质回路神经退行性机制 | Grn-/-小鼠及FTLD-GRN患者的丘脑和额叶皮层 | 数字病理学 | 额颞叶痴呆 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | Grn-/-小鼠及FTLD-GRN患者样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 593 | 2026-05-28 |
Mechanical tension mobilizes Lgr6+ epidermal stem cells to drive skin growth
2022-04-29, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abl8698
PMID:35476447
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研究论文 | 使用受控组织扩张系统结合机器学习辅助三维重建和单细胞RNA测序,揭示机械张力通过Hippo通路激活Lgr6+表皮干细胞驱动小鼠皮肤生长的细胞与分子机制 | 首次在哺乳动物中系统揭示机械张力通过优先激活Lgr6+表皮干细胞驱动皮肤生长的机制,并利用机器学习三维重建和单细胞RNA测序技术构建器官大小动态变化的平台 | 主要基于小鼠模型,在人体中的适用性需要进一步验证;部分机制如Hippo通路的具体作用细节尚待阐明 | 阐明成年哺乳动物皮肤显著尺寸变化的细胞与分子基础 | 小鼠皮肤组织及Lgr6+表皮干细胞 | 机器学习, 数字病理学 | NA | RNA-seq | CNN | 图像, 文本 | 小鼠皮肤样本,具体数量未在摘要中提及 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 594 | 2026-05-28 |
The landscape of human tissue and cell type specific expression and co-regulation of senescence genes
2022-01-09, Molecular neurodegeneration
IF:14.9Q1
DOI:10.1186/s13024-021-00507-7
PMID:35000600
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研究论文 | 对人类组织及细胞类型中衰老基因的表达与共调控网络进行了系统分析 | 首次通过整合网络分析揭示健康人类组织中衰老基因的共表达模块和细胞类型特异性 | 主要依赖公开数据库,未进行实验验证;对衰老细胞在组织中的实际分布缺乏直接证据 | 阐明人类组织中衰老基因的共表达模式及其细胞类型特异性 | 健康人类组织中的衰老基因及其在不同细胞类型中的表达特征 | 机器学习和生物信息学 | 衰老相关疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 基因共表达网络分析 | 转录组数据 | 50个人体组织的GTEx队列数据 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 595 | 2026-05-28 |
Caspases and therapeutic potential of caspase inhibitors in moderate-severe SARS-CoV-2 infection and long COVID
2022-01, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.14907
PMID:33993490
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研究论文 | 研究半胱天冬酶在中度至重症SARS-CoV-2感染及长新冠中的表达及其抑制剂的治疗潜力 | 首次在单细胞水平揭示COVID-19患者免疫细胞中半胱天冬酶的独特表达模式,并发现泛半胱天冬酶抑制剂可减轻长新冠患者CD4+ T细胞中caspase-1活性 | 初步结果需进一步临床相关性验证,样本量有限可能影响结论普适性 | 探索半胱天冬酶在COVID-19疾病谱中的作用及其作为治疗靶点的可能性 | COVID-19急性期和恢复期患者血液细胞,以及伴有合并症的非COVID-19对照组 | 机器学习 | COVID-19 | 单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | 基因表达数据、细胞表型数据 | COVID-19患者及非COVID-19对照者血液样本(具体数量未提及) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台用于免疫细胞转录组分析 |
| 596 | 2026-05-28 |
Categorization of lung mesenchymal cells in development and fibrosis
2021-Jun-25, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.102551
PMID:34151224
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析,对小鼠和人类肺发育及纤维化过程中的间充质细胞进行分类 | 首次系统鉴定并描绘了胚胎、出生后、成年及老化纤维化肺中间充质细胞的转录组特征,发现了一种表达特定基因的新细胞亚群,并描述了亚型选择性转录因子及发育过程中的分化路径 | 未明确说明局限性 | 阐明肺间充质细胞在发育和纤维化过程中的异质性 | 小鼠和人类肺间充质细胞 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多种发育阶段(胚胎、出生后、成年、老化)及纤维化状态的小鼠和人类肺组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 597 | 2026-05-28 |
Obtaining purified human intestinal epithelia for single-cell analysis and organoid culture
2021-06-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100597
PMID:34169291
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研究论文 | 描述从人类胎儿和儿童肠道组织制备高活性上皮单细胞悬液并用于单细胞RNA测序和类器官培养的协议 | 提供了从人类胎儿和儿童肠道组织中高效分离纯化上皮细胞以进行单细胞分析和类器官培养的详细方案 | 未明确说明 | 开发从人类肠道组织获得纯化上皮单细胞用于单细胞分析和类器官培养的标准化协议 | 人类胎儿和儿童肠道组织及由该组织产生的肠道类器官 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序、类器官培养 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 人类胎儿和儿童肠道组织样本(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 598 | 2026-05-28 |
Collection and preprocessing of fine needle aspirate patient samples for single cell profiling and data analysis
2021-06-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100581
PMID:34151301
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研究论文 | 本文描述了对皮肤细针穿刺样本进行采集、预处理以用于单细胞RNA测序和数据分析的协议 | 提出了一种从细针穿刺样本中获取高质量单细胞测序数据的系统方法,包括活细胞生物库建立和预处理流程 | 未提及具体的局限性 | 建立细针穿刺样本的单细胞分析方法,实现临床样本中细胞异质性的高通量检测 | 皮肤细针穿刺样本中的单细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 599 | 2026-05-28 |
Charting human development using a multi-endodermal organ atlas and organoid models
2021-06-10, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2021.04.028
PMID:34019796
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研究论文 | 通过构建多内胚层器官图谱和类器官模型,描绘人类发育过程中的细胞动态和分子机制 | 首次整合多器官单细胞转录组图谱与类器官模型,系统揭示呼吸和胃肠道内胚层器官发育的细胞状态、转录因子及间质-上皮互作,并利用图谱作为高维搜索空间评估类器官培养条件 | 未提及具体限制,可能包括样本数量有限、类器官模型无法完全模拟体内复杂环境等 | 利用单细胞图谱和类器官技术解析人类内胚层器官发育的细胞多样性和分子调控 | 内胚层器官的细胞状态、转录因子及器官特异性上皮干细胞和间充质相互作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个发育中的人体呼吸和胃肠道内胚层器官样本 | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 600 | 2026-05-28 |
Naive stem cell blastocyst model captures human embryo lineage segregation
2021-06-03, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2021.04.031
PMID:33957081
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研究论文 | 通过自我组织生成人类胚胎模型(囊胚样结构),模拟自然囊胚的谱系分离 | 首次通过短暂诱导滋养外胚层在3天内形成具有三种组织层的囊胚样结构,且单细胞转录组分析证实其高保真度模拟人类胚胎 | 未在摘要中提及模型在长期发育或植入后阶段的适用性及潜在局限性 | 建立可扩展的体外人类胚胎模型以研究早期谱系分离 | 人类原始多能细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未在摘要中明确样本数量,但涉及多批次囊胚样结构 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |