单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
581	2025-07-20	Gene trajectory inference for single-cell data by optimal transport metrics 2025-Feb, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-024-02186-3 PMID:38580861	研究论文	本文提出了一种名为GeneTrajectory的新方法，通过最优传输度量从单细胞数据中推断基因轨迹	GeneTrajectory方法通过计算基因分布在细胞-细胞图上的最优传输距离，提取基因程序并定义其基因伪时间顺序，而非传统的细胞轨迹推断	未明确提及具体局限性	解决单细胞RNA测序数据中基因动态顺序推断的挑战	单细胞RNA测序数据中的基因动态	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	最优传输度量	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本量
582	2025-07-20	Multimodal hierarchical classification of CITE-seq data delineates immune cell states across lineages and tissues 2025-Jan-27, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100938 PMID:39814026	研究论文	本文介绍了一种名为MMoCHi的多模态分类器层次结构，用于跨多种单细胞模态的精确细胞类型分类	MMoCHi是一种基于标记的方法，不依赖于参考图谱，能够整合多模态数据进行细胞类型注释，并在识别不易分辨的免疫细胞亚群方面优于现有方法	NA	开发一种能够整合单细胞转录组和表面蛋白质组数据的分类器，以更准确地进行细胞类型注释	免疫细胞亚群	生物信息学	NA	CITE-seq, scRNA-seq	MMoCHi	单细胞转录组和表面蛋白质组数据	分类的T淋巴细胞亚群和跨组织人类免疫细胞数据集
583	2025-07-20	CD8 + T cells mediate vaccination-induced lymphatic containment of latent Mycobacterium tuberculosis infection following immunosuppression, while B cells are dispensable 2025-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.23.634479 PMID:39896630	研究论文	本研究探讨了CD8 + T细胞在疫苗接种诱导的潜伏结核分枝杆菌感染淋巴管控制中的作用，而B细胞则非必需	揭示了CD8 + T细胞在预防潜伏结核感染再激活中的关键作用，并发现B细胞在此过程中非必需	研究基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	解析潜伏结核感染控制与再激活的免疫学机制	潜伏感染结核分枝杆菌的小鼠模型	免疫学	结核病	空间转录组学、多参数成像、网络分析、生物信息学整合	小鼠模型	组织病理学图像	多种免疫细胞缺陷小鼠品系
584	2025-07-20	Distinct causes of three phenotypic hallmarks of hematopoietic aging 2025-Jan-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.14.632900 PMID:39868295	research paper	该研究探讨了造血衰老的三个表型特征及其与NFkappaB活性的关系	提出了一个实验模型（IkappaBminus）来解析NFkappaB在造血衰老表型中的作用，并发现不同的调控机制	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证有限	解析造血衰老表型的分子机制	造血干细胞（HSC）和骨髓微环境	生物医学	造血系统疾病	scRNA-seq	IkappaBminus模型	转录组数据	小鼠和人类HSC数据集
585	2025-07-20	Aberrant Activation of Wound-Healing Programs within the Metastatic Niche Facilitates Lung Colonization by Osteosarcoma Cells 2025-Jan-17, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-0049 PMID:39540841	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等方法，揭示了骨肉瘤细胞如何通过诱导肺微环境中的异常伤口愈合程序促进肺转移，并评估了抗纤维化药物nintedanib在抑制转移中的作用	首次揭示了骨肉瘤肺转移中肿瘤细胞与肺微环境的相互作用机制，并验证了抗纤维化药物nintedanib的治疗潜力	研究主要基于小鼠模型和人类异种移植模型，临床转化效果仍需进一步验证	阐明骨肉瘤肺转移微环境形成的细胞和分子机制，并寻找潜在的治疗靶点	骨肉瘤细胞及其诱导的肺转移微环境	肿瘤生物学	骨肉瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、多参数免疫荧光	小鼠转移模型和人类异种移植模型	转录组数据、蛋白质表达数据、空间分布数据	免疫活性小鼠模型、免疫缺陷人类异种移植模型及患者样本
586	2025-07-20	Single-cell analysis reveals Mycobacterium tuberculosis ESX-1-mediated accumulation of permissive macrophages in infected mouse lungs 2025-Jan-17, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adq8158 PMID:39813329	研究论文	通过单细胞分析揭示了结核分枝杆菌ESX-1在感染小鼠肺部促进易感巨噬细胞积累的作用	首次使用多种单细胞RNA测序技术研究了ESX-1在MNP异质性和反应中的作用，并发现ESX-1依赖的免疫逃逸转录特征	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究结核分枝杆菌ESX-1对肺单核吞噬细胞(MNPs)招募和分化的影响	小鼠和鼠骨髓源性巨噬细胞(BMDM)	单细胞分析	结核病	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据	小鼠和鼠骨髓源性巨噬细胞样本
587	2025-07-20	Exploring the utility of snRNA-seq in profiling human bladder tissue: A comprehensive comparison with scRNA-seq 2025-Jan-17, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111628 PMID:39850354	研究论文	本文探讨了snRNA-seq在人类膀胱组织分析中的应用，并与scRNA-seq进行了全面比较	首次在人类膀胱组织中比较了snRNA-seq和scRNA-seq的优缺点，发现scRNA-seq提供更具区分性的基因集，而snRNA-seq有助于捕获先前代表性不足的细胞类型	研究仅针对人类膀胱组织，结果可能不适用于其他组织类型	确定snRNA-seq和scRNA-seq在表征下尿路细胞类型方面的优势和局限性	人类膀胱组织	基因组学	NA	scRNA-seq, snRNA-seq	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
588	2025-07-20	Single Cell Transcriptomic Profiling of MYBPC3-Associated Hypertrophic Cardiomyopathy Across Species Reveals Conservation of Biological Process But Not Gene Expression 2025-Jan-07, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.124.035780 PMID:39719426	研究论文	通过单细胞转录组测序技术，研究MYBPC3相关肥厚型心肌病在不同物种间的生物学过程保守性及基因表达差异	首次跨物种（猫、人类和小鼠）比较MYBPC3相关肥厚型心肌病的单细胞转录组差异，揭示生物学过程保守但驱动基因存在物种特异性	小鼠模型未能完全复现人类HCM的所有特征，跨物种比较的样本量有限	阐明MYBPC3相关肥厚型心肌病的跨物种病理通路异同，评估小鼠模型的临床相关性	携带MYBPC3变异的猫、人类和小鼠心脏组织	单细胞转录组学	心血管疾病	单核RNA测序（snRNA-seq）	MAST（单细胞转录组模型分析算法）	单细胞转录组数据	猫、人类和小鼠的MYBPC3变异阳性/阴性心脏组织样本（具体数量未明确说明）
589	2025-07-20	FlyRNAi.org 2025 update-expanded resources for new technologies and species 2025-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae917 PMID:39435987	研究论文	本文介绍了FlyRNAi数据库2025年更新，扩展了支持新技术和物种的资源	新增了单细胞转录组学数据挖掘和分析的资源，并将CRISPR试剂和基因中心生物信息学方法应用于传染病媒介节肢动物	NA	支持功能基因组学研究，促进生物和生物医学理解	果蝇和其他节肢动物	生物信息学	NA	CRISPR, 单细胞转录组学	NA	组学数据	NA
590	2025-07-20	Multi-Omics Atlas-Assisted Discovery of Transcription Factors for Selective T Cell State Programming 2025-Jan-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.03.522354 PMID:36711632	研究论文	通过多组学图谱辅助发现转录因子，用于选择性T细胞状态编程	构建了九种CD8 T细胞分化状态的转录和表观遗传图谱，用于预测转录因子活性，并发现了新的TEX特异性转录因子如ZSCAN20、JDP2和ZFP324	研究主要关注CD8 T细胞，可能不适用于其他类型的免疫细胞	精确编程T细胞状态以改善病毒感染和癌症中的免疫反应	CD8 T细胞的分化状态，特别是终末耗竭T细胞（TEX）和组织驻留记忆T细胞（T）	免疫学	癌症	CRISPR筛选结合单细胞RNA测序（Perturb-seq）	NA	转录组和表观遗传数据	九种CD8 T细胞分化状态
591	2025-07-20	CellChat for systematic analysis of cell-cell communication from single-cell transcriptomics 2025-Jan, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01045-4 PMID:39289562	研究论文	本文介绍了CellChat v2，一个用于从单细胞转录组数据中推断和分析细胞间通讯网络的更新计算工具	CellChat v2增加了额外的比较功能，扩展了配体-受体对数据库，并提供了丰富的功能注释和交互式CellChat Explorer	需要基本的R语言和单细胞数据分析知识，但对专业生物信息学培训没有要求	系统分析细胞间通讯网络，识别不同生物条件下改变的细胞间通讯、信号和细胞群体	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	基于质量作用定律的简化模型	单细胞转录组数据	NA
592	2025-07-20	CRISPR-based genetic screens in human pluripotent stem cells derived neurons and brain organoids 2025-Jan, Cell and tissue research IF:3.2Q3 DOI:10.1007/s00441-024-03934-2 PMID:39585363	review	本文总结了基于CRISPR的功能基因组学筛选方法在人类多能干细胞衍生的神经元和脑类器官中的应用	结合CRISPR基因筛选与单细胞RNA测序技术，揭示神经发育障碍的发病机制	当前方法仍面临一些挑战，如技术限制和样本复杂性	研究神经发育障碍的遗传机制并探索潜在治疗策略	人类多能干细胞衍生的神经元和脑类器官	功能基因组学	神经发育障碍（如小头畸形和自闭症谱系障碍）	CRISPR, scRNA-seq	NA	基因组数据, 转录组数据	NA
593	2025-07-20	Single-Cell Profiling of Lineages and Cell Types in the Vertebrate Brain 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_15 PMID:39745647	研究论文	本文介绍了一种结合CRISPR-Cas9编辑和单细胞RNA测序的技术scGESTALTv2，用于在斑马鱼大脑发育过程中进行细胞谱系追踪和转录组分析	开发了scGESTALTv2技术，将CRISPR-Cas9谱系追踪与单细胞RNA测序相结合，实现了大规模单细胞分辨率的谱系追踪	研究仅限于斑马鱼模型，尚未在其他生物体中验证	开发新的细胞谱系追踪技术并研究脊椎动物大脑中的细胞类型和谱系关系	斑马鱼大脑发育过程中的细胞	单细胞组学	NA	CRISPR-Cas9编辑, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	scGESTALTv2	单细胞转录组数据	数千个大脑细胞和数十种细胞类型
594	2025-07-20	Single-cell analysis of CD14+CD16+ monocytes identifies a subpopulation with an enhanced migratory and inflammatory phenotype 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1475480 PMID:40051633	研究论文	通过单细胞RNA测序分析CD14+CD16+单核细胞，发现了一个具有增强迁移和炎症表型的亚群	首次在CD14+CD16+单核细胞中鉴定出具有特定炎症和迁移特性的亚群（Group 1 monocytes）	研究主要基于体外实验，未在体内模型中验证Group 1 monocytes的功能	探究CD14+CD16+单核细胞亚群在神经炎症疾病中的作用	人类CD14+CD16+单核细胞	单细胞分析	HIV相关神经认知障碍（HIV-NCI）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
595	2025-07-20	Single-cell technologies and spatial transcriptomics: decoding immune low - response states in endometrial cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1636483 PMID:40672944	研究论文	本文探讨了单细胞测序和空间转录组学在解码子宫内膜癌免疫低反应状态中的应用	结合单细胞测序和空间转录组学技术，进行整合多组学分析，以开发免疫疗法并改善预后和诊断	存在道德和法律问题	解决子宫内膜癌中缺乏可靠预测生物标志物的问题，改善免疫疗法效果	子宫内膜癌，特别是无特定分子谱（NSMP）亚型伴随p53突变的宫颈癌	数字病理学	子宫内膜癌	单细胞测序，空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据，空间组织数据	NA
596	2025-07-20	Multi-omics analysis reveals glutathione metabolism-related immune suppression and constructs a prognostic model in lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1608407 PMID:40672941	研究论文	通过多组学分析揭示了谷胱甘肽代谢相关的免疫抑制，并构建了肺腺癌的预后模型	揭示了谷胱甘肽代谢与肺腺癌免疫微环境的关系，构建了基于关键基因的预后模型	研究结果需要进一步在更大样本和临床实践中验证	探究谷胱甘肽代谢与肺腺癌免疫微环境的关系及其临床意义	肺腺癌患者及其免疫微环境	肿瘤免疫学	肺腺癌	GWAS, scRNA-seq, WGCNA, LASSO-Cox回归, qRT-PCR	预后风险模型	基因组数据, 转录组数据, 单细胞RNA测序数据	TCGA数据库和两个独立的GEO数据集中的肺腺癌样本
597	2025-07-20	Integrated single-cell chromatin and transcriptomic analyses of peripheral immune cells in patients with alopecia areata 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1565241 PMID:40672948	研究论文	通过整合单细胞染色质和转录组分析，研究斑秃患者外周免疫细胞的系统免疫失调	首次整合单细胞RNA测序和染色质可及性测序技术，全面分析斑秃患者外周免疫细胞的转录和表观遗传变化	研究样本量相对较小，且仅关注外周血单个核细胞，未涉及病变皮肤组织	探索斑秃患者外周免疫细胞的系统免疫失调机制	斑秃患者和健康对照者的外周血单个核细胞	单细胞组学	斑秃	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞转录组数据, 染色质可及性数据	32,453个高质量细胞，涵盖36种免疫细胞亚型
598	2025-07-20	Prediction and immune landscape study of potentially key autophagy-related biomarkers in preeclampsia with gestational diabetes mellitus 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1571795 PMID:40672961	研究论文	本研究通过生物信息学分析探讨了妊娠期糖尿病合并子痫前期中自噬相关基因的表达变化	整合多组学方法，识别了新的生物标志物和治疗靶点，并利用单细胞RNA测序验证了结果	需要进一步实验验证和更大样本量的研究	探讨妊娠期糖尿病合并子痫前期的分子机制，寻找潜在生物标志物	妊娠期糖尿病合并子痫前期的患者	生物信息学	妊娠期糖尿病和子痫前期	基因表达谱分析、WGCNA、GO和KEGG富集分析、机器学习建模、免疫浸润分析、单细胞RNA测序、RT-qPCR	机器学习模型	基因表达数据	胎盘样本（具体数量未提及）
599	2025-07-20	Precancerous pathways to gastric cancer: a review of experimental animal models recapitulating the correa cascade 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1620756 PMID:40673273	综述	本文全面分析了胃癌前病变的动物模型，评估了各类模型的优缺点及其在模拟人类胃癌发生Correa级联中的能力	重点介绍了遗传工程特别是胃特异性诱导Cre重组酶系统的最新进展，这些模型能忠实再现人类胃癌亚型的谱系及转移性疾病特征	现有模型主要产生表达解痉多肽的化生而非真正的肠化生，限制了其转化相关性	研究胃癌前病变的发病机制以制定有效的预防和治疗策略	胃癌前病变的动物模型	病理学	胃癌	单细胞RNA测序、类器官模型	遗传工程小鼠模型（GEMMs）	实验数据	NA
600	2025-07-20	Cellular communication network factor 2 regulates smooth muscle cell transdifferentiation and lipid accumulation in atherosclerosis 2024-Dec-31, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae215 PMID:39365752	研究论文	本研究探讨了细胞通讯网络因子2（CCN2）在动脉粥样硬化中调节平滑肌细胞转分化和脂质积累的功能及机制	揭示了CCN2在平滑肌细胞转分化中的保护作用及其调控机制	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证有限	阐明CCN2在动脉粥样硬化中调节平滑肌细胞可塑性的功能及机制	人类和小鼠的动脉粥样硬化模型	心血管疾病	动脉粥样硬化	单细胞RNA测序	小鼠基因敲除模型	基因表达数据	人类和小鼠的主动脉平滑肌细胞