单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
581	2025-04-25	Malignant Hepatoblast-Like Cells Sustain Stemness via IGF2-Dependent Cholesterol Accumulation in Hepatoblastoma 2025-Apr-24, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202407671 PMID:40271711	研究论文	通过单细胞转录组分析识别出一种独特的恶性肝母细胞样细胞亚群，并揭示了IGF2依赖的胆固醇积累在维持其干细胞特性中的作用	首次在肝母细胞瘤中鉴定出恶性肝母细胞样细胞亚群，并阐明IGF2通过SREBF2促进胆固醇积累以维持干细胞特性的机制	研究主要基于单细胞转录组数据，需要进一步的体内外实验验证	探索肝母细胞瘤的发病机制，特别是低分化晚期肿瘤的分子基础	肝母细胞瘤中的恶性肝母细胞样细胞亚群	肿瘤生物学	肝母细胞瘤	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据	NA
582	2025-04-25	Pathway Enrichment-Based Unsupervised Learning Identifies Novel Subtypes of Cancer-Associated Fibroblasts in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2025-Apr-24, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-025-00705-7 PMID:40272703	研究论文	提出了一种基于通路富集的无监督学习方法scPathClus，用于识别胰腺导管腺癌中癌症相关成纤维细胞的新亚型	开发了scPathClus方法，通过将单细胞基因表达矩阵转换为通路富集矩阵并生成潜在特征矩阵，克服了现有单细胞聚类方法基于基因表达易受scRNA-seq数据中丢失事件影响的局限性	未明确说明方法在其他类型癌症或数据集上的适用性	改进单细胞聚类方法，识别胰腺导管腺癌中癌症相关成纤维细胞的新亚型	胰腺导管腺癌(PDAC)中的癌症相关成纤维细胞(CAFs)	生物信息学	胰腺癌	scRNA-seq, 空间转录组分析, 拟时序分析, 批量转录组分析	基于社区检测的无监督聚类方法	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 批量转录组数据	未明确说明具体样本数量，但使用了PDAC的scRNA-seq数据集
583	2025-04-25	Establishing the causative link between CFAP221 variants and asthenoteratozoospermia in humans 2025-Apr-24, Journal of assisted reproduction and genetics IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10815-025-03472-y PMID:40272718	research paper	该研究通过全外显子测序和生物信息学分析，确定了CFAP221基因变异与男性不育症之间的因果关系	首次发现CFAP221基因的双等位基因变异是导致男性不育的新遗传原因，并证实ICSI治疗可有效解决由此引起的不育问题	研究样本仅来自两个中国家庭，可能无法代表更广泛人群的遗传多样性	探索男性不育症中弱畸精子症的新型遗传病因	两个无关的中国不育男性家庭	遗传学	男性不育症	全外显子测序(WES)、Sanger测序、扫描电子显微镜(SEM)、透射电子显微镜(TEM)、免疫荧光染色、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、显微镜图像、RNA测序数据	两个不育男性家庭的外周血样本和精子样本
584	2025-04-25	Multi-omics Analysis Revealed the Diagnostic and Therapeutic Value of Immunogenic Cell Death-derived SCN5A in Hepatocellular Carcinoma 2025-Apr-24, Molecular biotechnology IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s12033-025-01444-2 PMID:40272736	research paper	本研究探讨了SCN5A作为免疫原性细胞死亡相关基因在肝细胞癌中的诊断和治疗潜力	首次将SCN5A作为免疫原性细胞死亡相关基因与肝细胞癌的预后和免疫微环境调控联系起来，并发现丙胺苯丙酮作为SCN5A的高亲和力结合剂具有抗肿瘤效果	研究主要基于数据库分析和体外实验，需要进一步的体内实验和临床验证	探索SCN5A在肝细胞癌中的诊断和治疗价值	肝细胞癌（HCC）	computational biology and experimental oncology	hepatocellular carcinoma	multi-omics analysis, single-cell RNA sequencing, bulk RNA sequencing, machine learning, molecular docking	machine learning-based prognostic models	RNA sequencing data, clinical data	四个数据库的综合分析，HepG2细胞实验
585	2025-04-25	Glial changes and gene expression in Alzheimer's disease from snRNA-Seq and spatial transcriptomics 2025-Apr-23, Journal of Alzheimer's disease : JAD DOI:10.1177/13872877251330320 PMID:40267277	research paper	该研究整合单核RNA测序和空间转录组学数据，量化阿尔茨海默病(AD)前额叶皮层和颞回中的细胞变化	首次整合SEA-AD单核测序数据与空间转录组学，揭示AD进展中胶质细胞的关键作用	研究仅关注前额叶皮层和颞回，未涵盖AD影响的其他脑区	理解AD病理过程中细胞水平的变化	AD患者前额叶皮层和颞回的细胞	digital pathology	geriatric disease	snRNA-Seq, spatial transcriptomics	NA	RNA sequencing data	来自SEA-AD数据库的样本(具体数量未明确说明)
586	2025-04-25	Single-Cell and Spatial Transcriptomic Analysis of Maize Embryo Development: a Sample Preparation Protocol 2025-Apr-23, Cold Spring Harbor protocols DOI:10.1101/pdb.prot108645 PMID:40268304	研究论文	本文描述了一种用于玉米胚胎发育研究的单细胞和空间转录组分析的样本制备协议	首次将单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组分析技术应用于玉米胚胎发育研究	仅提供了样本制备协议，未展示实际应用结果	研究玉米胚胎发育的细胞水平机制	玉米胚胎	植物发育生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 空间转录组分析	NA	转录组数据	未明确说明样本数量
587	2025-04-25	Single-Cell and Spatial Transcriptomic Analysis of Maize Embryo Development 2025-Apr-23, Cold Spring Harbor protocols DOI:10.1101/pdb.top108468 PMID:40268305	review	本文综述了单细胞RNA测序和空间转录组学在玉米胚胎发育研究中的联合应用及其协同效果	结合单细胞RNA测序和空间转录组学两种技术研究玉米胚胎发育，提供了高分辨率的基因表达模式和调控网络分析	单细胞技术难以识别特定细胞簇，而空间转录组学通常无法达到单细胞分辨率且检测到的转录本较少	研究玉米胚胎发育的基因表达模式和调控网络，以促进植物发育机制的理解和农业改良	玉米胚胎发育过程中的细胞和组织	植物生物学	NA	单细胞RNA测序 (RNA-seq), 空间转录组学	NA	转录组数据	NA
588	2025-04-25	Long-chain sulfatide enrichment is an actionable metabolic vulnerability in intraductal papillary mucinous neoplasm (IPMN)-associated pancreatic cancers 2025-Apr-23, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2025-335220 PMID:40268349	研究论文	该研究通过跨物种空间评估转录组和代谢组变化，揭示了胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤（IPMN）向胰腺导管腺癌（PDAC）恶性进展的分子和生化驱动因素	发现长链羟基化硫酸酯在IPMN/PDAC肿瘤上皮中特异性富集，并证实UGT8抑制可通过神经酰胺介导的代偿性线粒体自噬和内在凋亡途径发挥抗癌作用	研究样本量较小（n=23），且主要基于小鼠模型，临床转化需进一步验证	揭示IPMN向PDAC恶性进展的分子机制并寻找潜在治疗靶点	人类切除的IPMN/PDAC组织（23例）及Kras;Gnas突变小鼠模型的胰腺组织	肿瘤代谢	胰腺癌	MALDI质谱空间成像、Visium空间转录组学、CRISPR/cas9基因编辑、siRNA干扰、药理学抑制	Kras;Gnas和Kras;Tp53;Gnas突变小鼠模型	转录组数据、代谢组数据、组织影像数据	23例人类IPMN/PDAC组织样本及小鼠模型组织
589	2025-04-25	Decoding the crossroads of aging and cancer through single-cell analysis: Implications for precision oncology 2025-Apr-23, International journal of cancer IF:5.7Q1 DOI:10.1002/ijc.35456 PMID:40268523	综述	本文探讨了单细胞分析在理解衰老与癌症之间复杂关系中的应用及其对精准肿瘤学的意义	整合单细胞技术与人工智能等先进工具，揭示衰老在肿瘤微环境中的异质性及其对治疗的影响	未涉及具体实验数据或样本量的详细分析	阐明衰老如何影响癌症的发生、进展和治疗抵抗，以推进精准肿瘤学	衰老与癌症的相互作用机制，特别是肿瘤微环境中的细胞异质性	精准医学	癌症	单细胞分析、空间转录组学、分子探针	NA	单细胞数据	NA
590	2025-04-25	Diminished SUV3 expression and its functional implications in the IFN-enriched monocyte subset of childhood Sjögren's Disease 2025-Apr-23, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keaf193 PMID:40268748	研究论文	本研究探讨了儿童干燥综合征（cSjD）中干扰素富集单核细胞亚群中SUV3表达降低的分子和功能影响	揭示了SUV3通过线粒体双链RNA介导的PKR激活导致先天免疫功能缺陷的新机制	研究主要基于体外实验，需要更多体内研究验证	阐明SUV3表达降低在cSjD发病机制中的作用	儿童干燥综合征患者的干扰素富集CD14+单核细胞	分子免疫学	干燥综合征	单细胞RNA测序、fCLIP-qPCR、TEM、J2抗双链RNA抗体检测	基因敲低模型	RNA测序数据、显微镜图像	未明确说明患者数量（比较组阳性率为39% vs 0.08%）
591	2025-04-25	Cadmium exposure following early-life respiratory syncytial virus infection promotes lung fibrosis through autophagy inhibition 2025-Apr-23, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology IF:3.4Q2 DOI:10.1093/toxsci/kfaf054 PMID:40268749	研究论文	研究探讨了镉暴露与早期呼吸道合胞病毒感染后通过抑制自噬促进肺纤维化的机制	揭示了mTORC1激活-自噬抑制通路在镉暴露与早期呼吸道合胞病毒感染后加剧炎症反应和肺纤维化中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探究mTORC1在慢性低剂量镉暴露与早期呼吸道合胞病毒感染后对肺纤维化的影响	小鼠模型	呼吸系统疾病研究	肺纤维化	代谢组学分析、单细胞RNA测序	NA	代谢组数据、基因表达数据	小鼠实验组（具体数量未提及）
592	2025-04-25	USP14-IMP2-CXCL2 axis in tumor-associated macrophages facilitates resistance to anti-PD-1 therapy in gastric cancer by recruiting myeloid-derived suppressor cells 2025-Apr-23, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03425-w PMID:40269263	research paper	该研究揭示了USP14-IMP2-CXCL2轴在肿瘤相关巨噬细胞中通过招募髓源性抑制细胞促进胃癌抗PD-1治疗耐药性的机制	首次揭示了USP14通过去泛素化稳定m6A阅读器IMP2，进而增强CXCL2表达和分泌的分子机制，并提出了通过抑制USP14/IMP2/CXCL2信号轴增强抗PD-1治疗敏感性的新策略	研究主要基于胃癌患者样本和小鼠模型，尚未在更广泛的癌症类型中验证该机制的普适性	探究胃癌抗PD-1治疗耐药性的分子机制并寻找潜在治疗靶点	胃癌患者内镜活检样本和小鼠模型中的肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	动物模型	基因表达数据	抗PD-1治疗耐药和敏感的胃癌患者样本
593	2025-04-25	Single-cell profiling in ovarian germ cell and sex cord-stromal tumours 2025-Apr-23, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03012-6 PMID:40269311	research paper	通过单细胞RNA测序技术，研究了罕见卵巢生殖细胞肿瘤和性索间质肿瘤的肿瘤微环境	首次构建了OGCT和SCST的单细胞水平免疫和基质微环境蓝图，揭示了不同亚型肿瘤的免疫特征	样本量相对较小（12个新鲜肿瘤样本），且某些亚型样本数量有限（如jGSCT仅1例）	探究卵巢生殖细胞肿瘤和性索间质肿瘤的免疫和基质微环境特征	卵巢生殖细胞肿瘤（OGCT）和性索间质肿瘤（SCST）	digital pathology	ovarian cancer	scRNA-seq, bulk RNA sequencing	NA	single-cell RNA sequencing data	12个新鲜肿瘤样本（共66,919个细胞），包括7例aGSCT、1例jGSCT、1例SL肿瘤、2例IT和1例DG
594	2025-04-25	Elucidating Cellular Senescence-related Genes in Benign Prostatic Hyperplasia through Mendelian Randomization and Single-cell RNA Sequencing 2025-Apr-23, The journals of gerontology. Series A, Biological sciences and medical sciences DOI:10.1093/gerona/glaf073 PMID:40269514	research paper	通过孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，研究良性前列腺增生中与细胞衰老相关的基因及其调控网络	首次结合孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，识别与良性前列腺增生因果关联的细胞衰老基因，并揭示其在不同前列腺细胞中的表达模式和调控网络	研究依赖于现有数据库的样本和数据，可能受到样本量和数据质量的限制	探究细胞衰老相关基因在良性前列腺增生中的因果作用及其分子机制	良性前列腺增生患者及前列腺细胞	生物信息学	前列腺疾病	孟德尔随机化(MR), 单细胞RNA测序(scRNA-seq), SCENIC分析	NA	基因表达数据	来自eQTLGen数据库、FinnGen Consortium和UKB数据库的样本
595	2025-04-25	Single-cell multiome reveals root hair-specific responses to salt stress 2025-Apr-23, The New phytologist DOI:10.1111/nph.70160 PMID:40269556	研究论文	利用单细胞测序技术，研究非结球白菜根尖在盐胁迫下的转录和染色质可及性变化	首次创建了非结球白菜根尖在正常和盐胁迫条件下的单细胞转录和染色质可及性图谱	研究仅针对非结球白菜，未涉及其他植物物种	探究植物对盐胁迫的响应机制	非结球白菜根尖细胞	植物分子生物学	NA	单细胞测序	NA	单细胞转录组和染色质可及性数据	未明确提及具体样本数量
596	2025-04-25	The spatial and single-cell landscape of skin: Charting the multiscale regulation of skin immune function 2025-Apr-22, Seminars in immunology IF:7.4Q1 DOI:10.1016/j.smim.2025.101958 PMID:40267702	综述	本文综述了单细胞RNA测序和空间转录组学技术在揭示皮肤免疫功能的分子和细胞特征方面的应用	利用scRNA-seq和ST技术，系统性地研究了皮肤免疫的分子和细胞特征，揭示了维持稳态的细胞类型及疾病中异常的细胞间相互作用	NA	探讨皮肤免疫功能的分子和细胞特征及其在疾病中的作用	皮肤的免疫细胞及其空间组织	生物医学	皮肤病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	NA
597	2025-04-25	Latent epigenetic programs in Müller glia contribute to stress and disease response in the retina 2025-Apr-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.014 PMID:39753128	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序和单细胞转座酶可及染色质测序数据，揭示了Müller胶质细胞中潜在的染色质可及性与基因表达的关系	发现了Müller胶质细胞中存在转录沉默但染色质可及的基因启动子，这些基因被称为'可塑性基因'，有助于细胞快速响应视网膜损伤	研究主要基于人类和小鼠的发育数据，可能不适用于其他物种或疾病状态	探究视网膜发育过程中细胞类型特异的染色质结构变化及其功能意义	人类和小鼠的视网膜Müller胶质细胞	表观遗传学	视网膜疾病	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞测序数据	人类和小鼠的视网膜样本
598	2025-04-25	Glutathione accelerates the cell cycle and cellular reprogramming in plant regeneration 2025-Apr-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.019 PMID:39755116	研究论文	本文研究了谷胱甘肽（GSH）在植物细胞周期和细胞重编程中的作用	揭示了GSH在细胞周期G1期退出和细胞重编程中的关键作用，并提出了一个模型解释其在伤口附近的细胞快速分裂和重编程中的机制	研究仅限于拟南芥根部细胞，未在其他植物或组织中验证	探究细胞周期在细胞重编程中的作用	拟南芥根部细胞	植物生物学	NA	单细胞RNA测序和活体成像	NA	RNA测序数据和图像数据	拟南芥根部细胞样本
599	2025-04-25	NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S8 expression and functional significance in non-small cell lung cancer 2025-Apr-21, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07638-5 PMID:40258810	研究论文	本研究探讨了NDUFS8在非小细胞肺癌(NSCLC)中的表达及其功能意义	揭示了NDUFS8作为线粒体复合物I的关键亚基在NSCLC中的促肿瘤作用，并展示了通过基因沉默或过表达对NSCLC细胞功能的影响	研究主要基于体外细胞实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探究NDUFS8在NSCLC发生发展中的分子机制及其作为潜在治疗靶点的可能性	非小细胞肺癌细胞系、原代NSCLC细胞和小鼠移植瘤模型	肿瘤生物学	肺癌	shRNA沉默、CRISPR/Cas9基因敲除、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、细胞功能实验数据	多种NSCLC细胞系和裸鼠移植瘤模型
600	2025-04-25	Deconvolution of cell types and states in spatial multiomics utilizing TACIT 2025-Apr-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58874-4 PMID:40258827	research paper	该文章介绍了一种名为TACIT的无监督算法，用于空间多组学数据中的细胞类型和状态去卷积	TACIT是一种无需训练数据的无监督算法，通过无偏阈值区分阳性细胞与背景，专注于相关标记物识别多组学检测中的模糊细胞	尽管TACIT在五个数据集上表现优于现有无监督方法，但其在更广泛细胞类型和疾病中的应用仍需验证	解决空间生物学中细胞类型和状态识别的时间消耗大、易出错的问题	细胞类型和状态在空间多组学数据中的识别	空间生物学	炎症性腺体疾病	空间转录组学和蛋白质组学	无监督算法	空间多组学数据	5,000,000个细胞，51种细胞类型，来自三个生态位（脑、肠、腺体）