单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
581	2025-05-21	Heterogeneous pericoerulear neurons tune arousal and exploratory behaviours 2025-May-07, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08952-w PMID:40335695	research paper	该研究揭示了蓝斑核周围异质性GABA能神经元如何调控觉醒和探索行为	首次在蓝斑核树突区发现转录、空间和功能多样的GABA能神经元群体，并阐明其通过调控蓝斑核放电模式来控制全局觉醒水平	研究主要基于小鼠模型，在人类中的适用性需要进一步验证	探索局部神经调节输入如何控制蓝斑核功能及其在觉醒调控中的作用	蓝斑核(LC)及周围(peri-LC)的神经元	神经科学	神经精神疾病	病毒追踪技术、单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据、神经电生理数据	行为实验小鼠
582	2025-05-21	Oncogene aberrations drive medulloblastoma progression, not initiation 2025-May-07, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08973-5 PMID:40335697	研究论文	本研究利用单细胞技术探讨了3/4组髓母细胞瘤中癌基因畸变和拷贝数变异在肿瘤进化和治疗抵抗中的作用	揭示了大规模染色体畸变是肿瘤发生的早期事件，而单基因癌基因事件则发生在晚期，并且MYC在疾病进展中可成为克隆性驱动因素	研究仅针对已知MYC、MYCN和PRDM6改变的3/4组髓母细胞瘤病例	解析3/4组髓母细胞瘤中癌基因畸变和拷贝数变异在肿瘤进化和治疗抵抗中的相互作用	3/4组髓母细胞瘤	数字病理学	髓母细胞瘤	单核RNA测序（snRNA-seq）、单核转座酶可及染色质测序（snATAC-seq）和空间转录组学	群体遗传学模型	单细胞测序数据、空间转录组数据	一组已知MYC、MYCN和PRDM6改变的3/4组髓母细胞瘤病例
583	2025-05-21	Impact of mechanotransduction on gene expression changes in periodontal ligament during orthodontic tooth movement 2025-May, Journal of bone and mineral metabolism IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s00774-025-01581-3 PMID:39893595	研究论文	研究机械转导对正畸牙齿移动过程中牙周韧带基因表达变化的影响	首次通过单细胞RNA测序揭示了Mkx在机械刺激下的功能及细胞群变化，并发现Mkx可能对牙周韧带在机械刺激中具有保护作用	研究仅基于大鼠模型，人类样本仅进行了RT-qPCR验证，样本量和多样性有限	阐明Mkx在机械转导中的作用及牙周韧带在正畸牙齿移动中的细胞和分子变化	野生型大鼠牙周韧带及人类牙周韧带细胞	生物医学	牙科疾病	单细胞RNA测序, RT-qPCR	NA	基因表达数据	野生型大鼠牙周韧带在0天、1周和2周后的样本，人类牙周韧带细胞
584	2025-05-21	Integrating Single-Cell Sequencing and Transcriptome Analysis to Investigate the Role of Ferroptosis in Ischemic Stroke and the Molecular Mechanisms of Immune Checkpoints 2025-May, World neurosurgery IF:1.9Q2 DOI:10.1016/j.wneu.2025.123908 PMID:40118372	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和转录组分析，探讨了铁死亡在缺血性卒中中的作用及免疫检查点的分子机制	首次结合单细胞测序和机器学习算法识别了与缺血性卒中相关的关键铁死亡基因，并验证了其诊断价值	研究仅基于公开数据集GSE247474，未进行独立队列验证	探索铁死亡在缺血性卒中中的分子机制并寻找早期诊断标志物	缺血性卒中患者的星形胶质细胞和T细胞亚群	生物信息学	缺血性卒中	单细胞转录组测序	Lasso回归和支持向量机	基因表达数据	来自GSE247474数据集的样本（具体数量未说明）
585	2025-05-21	Glial changes and gene expression in Alzheimer's disease from snRNA-Seq and spatial transcriptomics 2025-May, Journal of Alzheimer's disease : JAD DOI:10.1177/13872877251330320 PMID:40267277	研究论文	该研究通过整合单核RNA测序数据和空间转录组学数据，量化了阿尔茨海默病(AD)中前额叶皮层和颞叶回中的细胞变化	首次整合SEA-AD的单核测序数据与空间转录组学来量化AD中的细胞变化，并揭示了胶质细胞在AD进展中的关键作用	研究仅关注前额叶皮层和颞叶回区域，可能无法完全代表AD在所有脑区的病理变化	理解阿尔茨海默病进展中的细胞动态变化	前额叶皮层和颞叶回中的神经元、胶质细胞和免疫细胞	数字病理学	阿尔茨海默病	单核RNA测序(snRNA-Seq)和空间转录组学	NA	基因表达数据	来自SEA-AD数据库的样本(具体数量未明确说明)
586	2025-05-21	The cell-intrinsic circadian clock is dispensable for lateral posterior clock neuron regulation of Drosophila rest-activity rhythms 2025-May, Neurobiology of sleep and circadian rhythms DOI:10.1016/j.nbscr.2025.100124 PMID:40386580	研究论文	研究果蝇休息-活动节律中侧后时钟神经元（LPNs）的分子钟功能和神经元活动的作用	使用遗传工具进行高度选择性的细胞特异性操作，发现LPNs在缺乏细胞内在分子钟的情况下仍能传递昼夜节律信息	研究仅针对果蝇的LPNs，结果可能不适用于其他物种或神经元类型	探究侧后时钟神经元在调节休息-活动节律中的作用	果蝇的侧后时钟神经元（LPNs）	神经科学	NA	基因沉默、CRISPR	NA	行为数据	果蝇的约240个大脑时钟神经元
587	2025-05-21	Identification of druggable genetic targets for prostate cancer risk based on mendelian randomization and single-cell RNA sequencing 2025-Apr-30, International urology and nephrology IF:1.8Q3 DOI:10.1007/s11255-025-04525-y PMID:40304996	研究论文	本研究通过孟德尔随机化、共定位分析和单细胞RNA测序技术，识别与前列腺癌风险相关的可药物化遗传靶点	整合多种高级遗传分析技术（MR、共定位、单细胞RNA测序）进行靶点验证，首次发现BAK1等5个基因在前列腺癌T细胞/巨噬细胞中富集	BAK1靶点可能引起血小板计数增加的副作用，其他靶点的临床转化潜力需进一步验证	识别可作为治疗靶点或诊断标志物的前列腺癌相关可药物化基因	2608个可药物化基因（来自eQTLs与可药物基因组数据库交叉筛选）	生物信息学	前列腺癌	孟德尔随机化(MR)、共定位分析、单细胞RNA测序、表型全基因组关联研究(PheWAS)	NA	基因组数据（GWAS、eQTLs）、单细胞转录组数据	NA（基于公共GWAS数据库和单细胞测序数据）
588	2025-05-21	Selective inhibition of stromal mechanosensing suppresses cardiac fibrosis 2025-Apr-30, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08945-9 PMID:40307543	研究论文	研究通过抑制基质机械感知和TGFβ信号通路，探索治疗心血管纤维化的新策略	首次证明在持续激活的心脏成纤维细胞中抑制基质机械感知，与TGFβ通路可溶性调节剂协同作用，能显著促使细胞向静息状态转变	研究主要基于小鼠模型和工程化心脏组织，尚未在人体临床试验中验证	探索治疗心血管纤维化的新方法	心脏成纤维细胞和心肌组织	心血管疾病	心血管疾病	单细胞测序、药物抑制实验	小鼠心脏衰竭模型、工程化心脏组织模型	基因表达数据、组织形态数据	公共人类和小鼠单细胞测序数据集
589	2025-05-21	Single-cell transcriptomics reveal how root tissues adapt to soil stress 2025-Apr-30, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08941-z PMID:40307555	研究论文	利用单细胞RNA测序和空间转录组学方法，研究水稻根部在不同土壤条件下细胞水平的适应性变化	首次在单细胞分辨率下揭示了根部组织如何通过细胞间的通讯和适应性变化来应对不同土壤条件	研究仅针对水稻，未涉及其他植物种类	探究根部组织在单细胞尺度上如何适应不同的土壤条件和压力	水稻根部细胞	植物生物学	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据	未明确提及样本数量，但涉及水稻根部细胞在凝胶和土壤条件下的比较
590	2025-05-21	Single-cell RNA sequencing for characterizing the immune communication and iron metabolism roles in CD31+ glioma cells 2025-Apr-30, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-2025-377 PMID:40386270	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了CD31+免疫细胞在胶质瘤微环境中的作用，特别是巨噬细胞和T细胞的功能	揭示了CD31+细胞中铁蛋白在铁代谢和免疫调节中的双重作用，并识别了SPP1和MHC-II等关键通路	研究仅关注CD31+细胞，可能忽略了其他细胞类型在胶质瘤微环境中的作用	探讨CD31+免疫细胞在胶质瘤微环境中的功能及其潜在治疗靶点	CD31+免疫细胞（巨噬细胞和T细胞）	数字病理学	胶质瘤	scRNA-seq	CellChat, Monocle3	RNA测序数据	NA
591	2025-05-21	scRNA-seq reveals chemotherapy-induced tumor microenvironment changes in pancreatic ductal adenocarcinoma 2025-Apr-30, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-2025-103 PMID:40386264	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了化疗对胰腺导管腺癌肿瘤微环境的影响，并探讨了优化免疫治疗反应的策略	发现化疗后LYZ在肿瘤细胞中的显著增加，揭示了化疗对肿瘤微环境中抗原呈递机制和PVR信号通路的改变	研究基于公开可用的单细胞RNA测序数据，可能受限于原始数据的样本量和质量	研究化疗诱导的肿瘤微环境变化并优化胰腺导管腺癌的免疫治疗反应	胰腺导管腺癌（PDAC）的肿瘤微环境	数字病理学	胰腺癌	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	公开可用的PDAC单细胞RNA测序数据集（含化疗与未化疗样本）
592	2025-05-21	Single cell sequencing technology reveals the correlation between B lymphocytes and vascular inflammatory symptoms of Kawasaki disease 2025-Apr-30, Translational pediatrics IF:1.5Q2 DOI:10.21037/tp-2025-19 PMID:40386362	研究论文	本研究通过单细胞测序技术揭示了B淋巴细胞与川崎病血管炎症症状之间的相关性	首次利用单细胞测序技术分析川崎病患者免疫细胞激活状态，并发现CD19+ B细胞与血管炎症持续时间的关系	样本量相对较小（10例单细胞测序样本），且对照组设计存在一定局限性	探索川崎病早期血管炎症症状期间的免疫细胞激活情况，寻找潜在诊断标志物并指导IVIG治疗时机	川崎病患儿（95例）和对照组儿童（182例）	数字病理学	川崎病	单细胞测序（SCS）、流式细胞术、定量PCR（qPCR）	NA	单细胞RNA测序数据、流式细胞数据、PCR数据	单细胞测序：10例（7例KD+3对照）；验证队列：277例（95KD+12健康对照+170发热患儿）
593	2025-05-21	Identification and Exploration of Pyroptosis-Related Genes in Macrophage Cells Reveal Necrotizing Enterocolitis Heterogeneity Through Single-Cell and Bulk-Sequencing 2025-Apr-24, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26094036 PMID:40362275	研究论文	本研究通过单细胞和批量测序技术，识别和探索了巨噬细胞中与细胞焦亡相关的基因，揭示了坏死性小肠结肠炎的异质性	发现了一种新的巨噬细胞亚群，并证实了TREM1在细胞焦亡中的关键作用及其作为潜在治疗靶点的可能性	研究中提到的五个潜在诊断标记基因未具体命名，可能影响结果的明确性	探究坏死性小肠结肠炎中细胞焦亡的遗传和分子机制，并寻找潜在的治疗靶点	巨噬细胞和坏死性小肠结肠炎相关基因	数字病理学	坏死性小肠结肠炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序, 加权基因共表达网络分析(WGCNA), 免疫荧光染色, PCR, Western blot	NA	RNA测序数据, 图像数据	未明确提及具体样本数量
594	2025-05-21	scVAEDer: integrating deep diffusion models and variational autoencoders for single-cell transcriptomics analysis 2025-Mar-21, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03519-4 PMID:40119479	研究论文	介绍了一种名为scVAEDer的深度学习模型，结合变分自编码器和深度扩散模型，用于单细胞转录组数据分析	结合变分自编码器和深度扩散模型，学习保留全局结构和局部变化的低维表示	未提及具体局限性	改进单细胞数据的下游分析	单细胞转录组数据	机器学习	NA	scRNA-seq	变分自编码器(VAE)和深度扩散模型	单细胞转录组数据	NA
595	2025-05-21	Genomic determinants of antigen expression hierarchy in African trypanosomes 2025-Mar-12, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08720-w PMID:40074895	研究论文	本研究通过建立高灵敏度的单细胞RNA测序方法，揭示了非洲锥虫抗原表达层次性的基因组决定因素	首次在单细胞水平上追踪了锥虫抗原转换过程中的转录组变化和基因组重排，揭示了修复序列可用性在抗原选择机制中的关键作用	研究仅限于模型原生动物寄生虫Trypanosoma brucei，结果在其他病原体中的普适性尚待验证	揭示非洲锥虫抗原表达层次性的分子机制	Trypanosoma brucei寄生虫	基因组学	寄生虫病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	单个锥虫细胞
596	2025-05-21	Divergence in cellular markers observed in single-cell transcriptomics datasets between cultured primary trabecular meshwork cells and tissues 2025-Feb-14, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-04528-5 PMID:39952952	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序比较了原代人类小梁网细胞培养物与小梁网组织的细胞标记差异	首次报道了原代人类小梁网细胞培养物与组织的单细胞RNA测序比较研究	研究样本量相对较小(14个样本)，且仅包含4个青光眼患者样本	探究原代人类小梁网细胞培养物与组织在细胞标记上的差异	人类小梁网细胞和组织	单细胞转录组学	青光眼	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	14个原代人类小梁网细胞培养样本(包含4个青光眼患者样本)
597	2025-05-21	Single-Cell RNA Sequencing on Formalin-Fixed and Paraffin-Embedded (FFPE) Tissue Identified Multi-Ciliary Cells in Breast Cancer 2025-01-29, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14030197 PMID:39936988	研究论文	评估福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本和新鲜固定（FF）样本在单细胞RNA测序（scRNAseq）中的适用性	首次在乳腺癌中鉴定并验证了多纤毛肿瘤细胞（MCCs）这一先前认知不足的亚群	仅分析了两种乳腺癌亚型（IDC和ILC）的四个样本，样本量有限	评估FFPE和FF样本在scRNAseq中的适用性，并探索乳腺癌细胞亚群	乳腺癌组织样本（包括IDC和ILC）	数字病理学	乳腺癌	scRNAseq, IHC, FISH, 电子显微镜	NA	RNA测序数据, 图像数据	4个乳腺癌样本（2种亚型）用于主要分析，214个ER阳性浸润性癌用于FOXJ1验证
598	2025-05-21	Smooth Muscle Cells and Fibroblasts in the Proximal Thoracic Aorta Exhibit Minor Differences Between Embryonic Origins in Angiotensin II-driven Transcriptional Alterations 2025-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.23.610985 PMID:39896657	研究论文	研究探讨了血管紧张素II（AngII）对近端胸主动脉中平滑肌细胞和成纤维细胞的转录组影响，并比较了不同胚胎起源细胞的差异	揭示了AngII诱导的转录组变化在不同胚胎起源的平滑肌细胞和成纤维细胞中的差异，并发现了一个新的成纤维细胞亚群	研究仅关注了AngII诱导的胸主动脉病变的病理前期阶段，未涉及更长期的病理变化	探究AngII对不同胚胎起源的平滑肌细胞和成纤维细胞转录组的影响	近端胸主动脉中的平滑肌细胞和成纤维细胞	心血管疾病	胸主动脉病变	单细胞RNA测序	Mef2c-Cre R26R mT/mG小鼠模型	转录组数据	未明确提及具体样本数量，但使用了Mef2c-Cre R26R mT/mG小鼠
599	2025-05-21	A panoramic view of cell population dynamics in mammalian aging 2025-Jan-17, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adn3949 PMID:39607904	研究论文	本文通过单细胞转录组图谱PanSci，揭示了哺乳动物衰老过程中细胞群体动力学的全景视图	提出了PanSci单细胞转录组图谱，分析了超过2000万细胞，揭示了3000多种细胞状态和200多个与衰老相关的细胞群体，发现了器官、谱系和性别特异性的细胞动力学变化	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类衰老过程	阐明衰老相关的细胞群体动力学	小鼠组织中的细胞群体	单细胞组学	衰老相关疾病	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	超过2000万细胞，来自623个小鼠组织样本
600	2025-05-21	Cholecystokinin (CCK) Is a Mediator Between Nutritional Intake and Gonadal Development in Teleosts 2025-01-08, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14020078 PMID:39851506	research paper	该研究探讨了胆囊收缩素（CCK）在鱼类营养摄入与性腺发育之间的中介作用	首次发现CCK通过下丘脑-垂体-性腺（HPG）轴调控鱼类繁殖，并揭示了CCK对GnRH3和FSH的刺激作用	研究主要基于草鱼模型，结果在其他鱼类中的普适性尚需验证	阐明营养摄入影响性腺发育的分子机制	草鱼的下丘脑-垂体-性腺轴	NA	NA	单细胞RNA测序、原代细胞培养	NA	基因表达数据	NA