单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
581	2025-05-03	Molecular mechanisms after optic nerve injury: Neurorepair strategies from a transcriptomic perspective 2025-Apr-29, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00794 PMID:40313107	综述	本文综述了视神经损伤后的分子机制，并从转录组学角度探讨了神经修复策略	利用单细胞转录组学技术揭示了视神经损伤和青光眼诱导的神经元退化的分子机制，并识别了与视网膜神经节细胞保护和再生相关的基因	未来研究需要整合先进的单细胞测序与多组学方法，以更全面地研究视网膜神经节细胞损伤和再生的细胞特异性反应	探讨视神经损伤后的分子机制及神经修复策略	视网膜神经节细胞	神经科学	青光眼	单细胞RNA测序、转录组分析、芯片分析、CRISPR-Cas9筛选、ATAC-seq分析	NA	转录组数据	NA
582	2025-05-03	Interpretable Machine Learning reveals the Role of PANoptosis in the Diagnosis and Subtyping of NAFLD 2025-Apr-26, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152909 PMID:40311345	research paper	该研究利用可解释的机器学习揭示了PANoptosis在非酒精性脂肪肝病（NAFLD）诊断和分型中的作用	首次整合多组数据集和可解释机器学习方法，揭示PANoptosis在NAFLD中的关键作用，并识别出9个枢纽基因及潜在治疗候选药物	研究结果需要进一步实验验证，且样本来源和数量可能影响结论的普适性	探究PANoptosis在NAFLD诊断、分型及免疫微环境重塑中的作用	非酒精性脂肪肝病（NAFLD）患者	machine learning	liver disease	interpretable machine learning, single-cell sequencing, molecular docking	diagnostic model	gene expression data	多个数据集（具体数量未明确说明）
583	2025-05-03	Molecular mechanisms and clinical significance of perineural invasion in malignancies: the pivotal role of tumor-associated Schwann cells in cancer progression and metastasis 2025-Apr-22, Medical oncology (Northwood, London, England) DOI:10.1007/s12032-025-02729-x PMID:40259163	综述	本文综述了恶性肿瘤中神经周围侵袭（PNI）的分子机制及其临床意义，特别强调了肿瘤相关雪旺细胞（SCs）在癌症进展和转移中的关键作用	揭示了肿瘤相关雪旺细胞通过促进上皮-间质转化（EMT）、细胞外基质（ECM）重塑和免疫调节等机制在PNI中的关键作用，并探讨了针对神经生长因子介导的信号传导和SC-肿瘤相互作用的新兴治疗策略	目前对雪旺细胞的异质性及其在不同恶性肿瘤PNI中的分子亚型理解仍存在显著研究空白	阐明PNI的分子机制及其临床意义，探索潜在治疗靶点	恶性肿瘤中的神经周围侵袭（PNI）现象和肿瘤相关雪旺细胞（SCs）	肿瘤学	恶性肿瘤	单细胞转录组学、分子分析	NA	分子数据、临床数据	NA
584	2025-05-03	Direct microglia replacement reveals pathologic and therapeutic contributions of brain macrophages to a monogenic neurological disease 2025-Apr-21, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.03.019 PMID:40311614	研究论文	本研究通过直接替换小胶质细胞，揭示了脑巨噬细胞在单基因神经系统疾病中的病理和治疗作用	使用单细胞测序揭示了早期干扰素反应特征，并通过直接替换小胶质细胞改善了疾病模型	研究主要基于小鼠模型，人类应用的可行性和效果尚需进一步验证	探究巨噬细胞在Krabbe病病理生理和造血干细胞移植中的作用	Krabbe病小鼠模型和人类脑标本	神经科学	Krabbe病（单基因神经系统疾病）	单细胞测序、CNS单核细胞注射	twitcher (Galc) 小鼠模型	基因表达数据、组织病理数据	小鼠模型和人类脑标本（具体数量未提及）
585	2025-05-03	Fibroblast hierarchy dynamics during mammary gland morphogenesis and tumorigenesis 2025-Apr-11, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-025-00422-3 PMID:40216939	研究论文	通过单细胞转录组分析，研究了小鼠乳腺中成纤维细胞在发育和肿瘤发生过程中的动态变化	揭示了正常乳腺和乳腺癌中成纤维细胞的多样性和层次结构，并发现Wnt9a在CD34+肌纤维母细胞样CAFs衰老中的调控作用	研究主要基于小鼠模型，人类乳腺组织的适用性需要进一步验证	理解乳腺发育和肿瘤发生过程中成纤维细胞的动态变化	小鼠乳腺组织中的成纤维细胞	单细胞生物学	乳腺癌	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据	超过45,000个成纤维细胞，涵盖5个不同发育阶段和肿瘤发生过程
586	2025-05-03	Novel approaches to CAR T cell target identification in acute myeloid leukemia 2025-Apr-08, Current opinion in pharmacology IF:4.0Q1 DOI:10.1016/j.coph.2025.102524 PMID:40311558	review	本文综述了急性髓系白血病（AML）中CAR T细胞靶点识别的新方法	介绍了结构表面组学识别肿瘤特异性蛋白构象和AI驱动的单细胞RNA测序整合多源数据的新方法	未提及具体实验数据或临床验证结果	提高CAR T细胞在AML治疗中的特异性和安全性	急性髓系白血病（AML）	癌症免疫治疗	急性髓系白血病	结构表面组学、单细胞RNA测序、细胞表面捕获技术	AI驱动	RNA测序数据、蛋白质构象数据	NA
587	2025-05-03	Integrated genetic analysis and single cell-RNA sequencing for brain image-derived phenotypes and Parkinson's disease 2025-Apr-02, Progress in neuro-psychopharmacology & biological psychiatry IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.pnpbp.2025.111317 PMID:40081564	研究论文	通过整合遗传分析和单细胞RNA测序技术，研究脑影像衍生表型与帕金森病之间的遗传和生物学联系	首次全面分析了624个脑影像衍生表型与帕金森病之间的遗传关联和因果关系，并利用单细胞RNA测序技术揭示了潜在的共享基因和生物学机制	研究结果主要基于统计关联分析，需要进一步的实验验证	揭示脑影像衍生表型与帕金森病之间的遗传和生物学联系	帕金森病患者和脑影像衍生表型	生物信息学	帕金森病	GWAS, scRNA-seq, LDSC, 双向孟德尔随机化, MAGMA, PLACO, FUMA, Metascape	NA	基因组数据, 单细胞RNA测序数据	624个脑影像衍生表型
588	2025-05-03	Chronic Rejection After Kidney Transplantation 2025-04-01, Transplantation IF:5.3Q1 DOI:10.1097/TP.0000000000005187 PMID:39192468	research paper	该文章探讨了肾移植后慢性排斥反应的机制及潜在治疗方法	研究发现NK细胞在抗体介导的排斥反应中的关键作用，并探索了靶向CD38的单克隆抗体felzartamab的治疗潜力	目前许多临床试验结果仍为阴性，有效治疗方法尚未得到批准	研究肾移植后慢性排斥反应的机制及开发有效治疗方法	肾移植患者及相关的免疫机制	NA	肾移植排斥反应	免疫组织化学、批量转录组学、空间转录组学、功能遗传学	NA	分子和形态学数据	NA
589	2025-05-03	IL-25 Enhances B Cell Responses in Type 2 Inflammation Through IL-17RB Receptor 2025-Apr, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.16472 PMID:39829150	研究论文	研究IL-25通过IL-17RB受体增强B细胞在2型炎症中的反应	揭示了IL-25通过IL-17RB受体对B细胞的作用机制，并发现IL-17RB+ B细胞在2型炎症中具有独特的转录特征和增强的抗体产生能力	研究主要基于体外实验和有限的组织样本，需要进一步在体内模型中验证	探究IL-25受体(IL-17RB)在B细胞中的诱导和表达，以及IL-17RB表达B细胞对IL-25的反应	外周血来源的B细胞和鼻息肉组织中的B细胞	免疫学	慢性鼻窦炎伴鼻息肉(CRSwNP)和其他2型炎症性疾病	流式细胞术、RT-PCR、单细胞RNA测序	NA	细胞和分子数据	外周血来源的B细胞和鼻息肉组织样本
590	2025-05-03	A multi-view graph convolutional network framework based on adaptive adjacency matrix and multi-strategy fusion mechanism for identifying spatial domains 2025-Mar-29, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf172 PMID:40233119	research paper	提出了一种基于自适应邻接矩阵和多策略融合机制的多视图图卷积网络框架STMGAMF，用于识别空间转录组学中的空间域	STMGAMF通过自适应邻接矩阵动态调整边权重以捕捉复杂空间结构，并通过多策略融合机制优化嵌入特征	未明确提及具体局限性	解决空间转录组学中空间域识别的挑战，如高噪声水平和数据稀疏性	空间转录组学数据	digital pathology	NA	spatial transcriptomics	multi-view graph convolutional network (GCN)	spatial transcriptomics data	多个空间转录组学数据集（未明确提及具体数量）
591	2025-05-03	Protocol for mitochondrial variant enrichment from single-cell RNA sequencing using MAESTER 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103564 PMID:39817913	研究论文	提出一种从单细胞RNA测序数据中富集线粒体DNA变体的协议，以同时探究细胞状态和克隆信息	通过富集线粒体DNA变体，同时获取细胞状态和克隆结构信息，弥补了传统scRNA-seq的不足	需要特定的实验步骤和计算分析工具，可能对实验条件要求较高	开发一种能够同时分析细胞状态和克隆结构的单细胞RNA测序方法	人类原代组织中的细胞状态和克隆动态	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), mtDNA富集, 配对末端测序	NA	单细胞RNA测序数据	NA
592	2025-05-03	An augmented GSNMF model for complete deconvolution of bulk RNA-seq data 2025-Mar-14, Mathematical biosciences and engineering : MBE DOI:10.3934/mbe.2025036 PMID:40296800	研究论文	本文提出了一种增强的GSNMF模型，用于全面解卷积批量RNA-seq数据，以获得细胞类型特异性基因表达谱和相对细胞丰度	开发了一种新的伪批量组织数据增强、几何结构引导的NMF模型（GSNMF+），通过统计分布模拟伪细胞组成和单细胞RNA-seq数据生成伪批量组织数据，并与原始数据集混合，从而满足NMF的弱可解性条件	尽管在某些数据集上的估计结果与真实值相比表现良好，但对于如何规避不适定性和提高解的精度的全面理解仍然不足	提高批量RNA-seq数据的全面解卷积分析的准确性和可解性	批量RNA-seq数据和单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	RNA-seq, scRNA-seq	GSNMF+, NMF	基因表达数据	多个真实的批量组织数据集
593	2025-05-03	CRISPRi-based screens in iAssembloids to elucidate neuron-glia interactions 2025-Mar-05, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.12.016 PMID:39814010	研究论文	该研究开发了一种名为iAssembloids的3D共培养系统，用于研究神经元和胶质细胞之间的相互作用及其对神经元存活的影响	利用CRISPRi筛选技术结合iPSC衍生的神经元和胶质细胞3D共培养系统，揭示了GSK3β抑制NRF2介导的氧化应激反应的机制，并研究了APOE-ε4在阿尔茨海默病中的作用	研究依赖于体外培养系统，可能无法完全模拟体内复杂的脑环境	探究神经元和胶质细胞之间的相互作用机制及其在神经元存活中的作用	iPSC衍生的神经元和胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	CRISPRi筛选、单细胞转录组学	iAssembloids（3D共培养系统）	基因表达数据	NA
594	2025-05-03	The Microscope and Beyond: Current Trends in the Characterization of Kidney Allograft Rejection From Tissue Samples 2025-03-01, Transplantation IF:5.3Q1 DOI:10.1097/TP.0000000000005153 PMID:39436268	review	本文综述了当前和新兴的创新工具在肾移植排斥反应组织样本表征中的应用	讨论了数字化病理工作流程、深度学习、多重免疫组化、单细胞转录组学和空间转录组学等新兴技术在肾移植排斥反应表征中的潜在应用	Banff分类系统目前仍以活检为中心，主要依赖半定量组织学评分系统，缺乏可重复性和精细度	增强肾移植排斥反应的组织样本表征	肾移植排斥反应的组织样本	digital pathology	kidney disease	multiplex immunohistochemistry, transcriptomics, single-cell transcriptomics, spatial transcriptomics	deep learning	image, transcriptomic data	NA
595	2025-05-03	Biological and clinical significance of tumour-infiltrating lymphocytes in the era of immunotherapy: a multidimensional approach 2025-Mar, Nature reviews. Clinical oncology DOI:10.1038/s41571-024-00984-x PMID:39820025	综述	本文探讨了肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）在免疫治疗时代的生物学和临床意义，并提出了一个系统性研究TILs的概念框架	提出了一个系统性研究TILs的多维方法，强调了TILs在免疫治疗中的关键作用及其作为生物标志物的潜力	目前大多数研究仅关注主要TIL亚群的丰度，缺乏标准化的量化策略，且未分析其功能特征、空间分布、肿瘤抗原反应性等重要方面	探讨TILs在免疫治疗中的生物学特性和作为生物标志物的潜力，支持该领域未来的发展	肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）及其在免疫治疗中的作用	肿瘤免疫学	多种实体瘤	单细胞转录组学、蛋白质组学、高维空间平台、先进计算模型	NA	NA	NA
596	2025-05-03	Intratumoral Collagen Deposition Supports Angiogenesis Suggesting Anti-angiogenic Therapy in Armored and Cold Tumors 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202409147 PMID:39823457	research paper	该研究分析了胶原沉积与肿瘤血管生成之间的关系，并探讨了抗血管生成治疗在特定肿瘤亚型中的潜在应用	揭示了胶原沉积通过SOX18上调促进血管生成的机制，并提出了抗血管生成治疗在装甲&冷肿瘤中的新应用框架	研究主要基于LUAD数据，其他癌症类型的普遍性需要进一步验证	探究胶原沉积对肿瘤血管生成的影响及其治疗意义	多种癌症类型（重点关注肺腺癌）中的肿瘤微环境	肿瘤生物学	肺腺癌（LUAD）及其他多种癌症	单细胞转录组学、空间转录组学、体外实验	NA	转录组数据、实验数据	多种癌症类型的样本（具体数量未明确说明）
597	2025-05-03	YTHDF2-mediated m6A modification of ONECUT2 promotes stemness and oxaliplatin resistance in gastric cancer through transcriptionally activating TFPI 2025-Mar, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy IF:15.8Q1 DOI:10.1016/j.drup.2024.101200 PMID:39823826	research paper	研究发现YTHDF2介导的ONECUT2 m6A修饰通过转录激活TFPI促进胃癌干性和奥沙利铂耐药性	揭示了ONECUT2+TFPI+细胞亚群在奥沙利铂耐药性中的作用及其分子机制，并验证了ONECUT2小分子抑制剂的治疗效果	研究主要基于细胞和小鼠模型，尚未在临床患者中验证	探索胃癌奥沙利铂耐药性的分子机制并寻找新的治疗靶点	胃癌细胞和小鼠模型	肿瘤学	胃癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	NA
598	2025-05-03	Investigating subpopulation dynamics in clonal CHO-K1 cells with single-cell RNA sequencing 2025-Mar, Journal of biotechnology IF:4.1Q2 DOI:10.1016/j.jbiotec.2025.01.010 PMID:39824362	research paper	通过单细胞RNA测序研究克隆CHO-K1细胞中亚群的动态变化	首次在克隆CHO-K1细胞中应用单细胞RNA测序技术，揭示了不同稳定性表型细胞中亚群的存在及其基因表达差异	研究仅针对两个克隆CHO-K1细胞群体，未进行多组学分析以更全面表征细胞异质性	探究克隆CHO-K1细胞中亚群的动态变化及其对细胞稳定性的影响	两个具有不同稳定性表型的克隆CHO-K1细胞群体	生物技术	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	两个克隆CHO-K1细胞群体在90天培养期间的样本
599	2025-05-03	EGR1 regulates oxidative stress and aldosterone production in adrenal cells and aldosterone-producing adenomas 2025-Mar, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2025.103498 PMID:39826326	研究论文	本文探讨了早期生长反应蛋白1（EGR1）在肾上腺细胞生物学中的双重作用，即调节氧化应激和醛固酮生成	揭示了EGR1在氧化应激和醛固酮生成中的新机制，并发现其在醛固酮生成腺瘤（APAs）中的表达下调	研究主要基于细胞和动物模型，人类样本的临床相关性需要进一步验证	研究EGR1在肾上腺细胞氧化应激和醛固酮生成中的作用及其在APAs发病机制中的潜在意义	人类肾上腺细胞、醛固酮生成腺瘤（APAs）患者肾上腺组织、继发性醛固酮增多症猪的肾上腺皮质	内分泌学	醛固酮增多症	RNA测序、空间转录组学、免疫组化	NA	基因表达数据、组织样本	人类肾上腺细胞、APAs患者肾上腺组织、继发性醛固酮增多症猪的肾上腺皮质
600	2025-05-03	Parenchymal and inflammatory responses to ozone exposure in the aging healthy and surfactant protein C mutant lung 2025-Mar-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00261.2024 PMID:39832482	研究论文	本研究探讨了臭氧暴露对健康老龄小鼠和表面活性蛋白C突变小鼠肺部的结构和免疫反应的影响	结合老龄化和表面活性蛋白C突变因素，研究臭氧暴露对肺部的影响，并利用空间转录组学分析炎症和细胞外基质组织信号的变化	研究仅关注急性臭氧暴露的影响，未涉及长期暴露的效果	理解老龄化和遗传突变对臭氧暴露肺部反应的影响	年轻、中年和老年小鼠，以及表面活性蛋白C突变小鼠	呼吸病理学	呼吸系统疾病	流式细胞术、空间转录组学	NA	基因表达数据、流式细胞数据	年轻（8-14周）、中年（44-52周）和老年（>80周）小鼠