单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
581	2025-04-24	A cost- and time-efficient method for high-throughput cryoprocessing and tissue analysis using multiplexed tissue molds 2025-Apr-21, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101023 PMID:40262526	research paper	介绍了一种高效、低成本的高通量冷冻处理和组织分析方法，使用多路复用组织模具（MTMs）	提出了多路复用组织模具（MTMs），显著降低了成本和工作量（高达96%），同时能处理不同大小和来源的组织	未提及具体的技术限制或潜在问题	开发一种更高效、更经济的组织处理方法，以促进常规和诊断应用	小鼠组织和神经类器官	digital pathology	NA	cryosectioning, multiplexed tissue molds (MTMs)	NA	tissue sections	19种不同的小鼠组织和约110个不同年龄和大小的神经类器官
582	2025-04-24	Single-cell analysis unveils immune dysregulation and EBV-driven lymphoproliferative disorder in pediatric liver transplant recipients 2025-Apr-21, Human immunology IF:3.1Q3 DOI:10.1016/j.humimm.2025.111309 PMID:40263002	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了小儿肝移植受者中EBV驱动的淋巴增殖性疾病的免疫失调情况	首次使用scRNA-seq技术详细描述了小儿肝移植后淋巴增殖性疾病(PTLD)的免疫微环境变化，特别是与EBV感染相关的细胞和分子改变	研究样本仅限于小儿肝移植受者，结果可能不适用于成人患者或其他器官移植受者	阐明小儿肝移植后EBV相关淋巴增殖性疾病的免疫失调机制	小儿肝移植受者的外周血单个核细胞(PBMC)	免疫学	淋巴增殖性疾病	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	四组研究对象：EBV感染的PTLD患者、EBV阳性非PTLD移植受者、EBV阴性移植受者和健康儿童
583	2025-04-24	Next-generation sequencing in cancer diagnosis and treatment: clinical applications and future directions 2025-Apr-20, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01816-9 PMID:40253661	综述	本文全面概述了下一代测序（NGS）在肿瘤诊断和治疗中的临床应用及其未来发展方向	强调了NGS在精准医疗中的重要作用，包括肿瘤基因组分析、遗传性癌症综合征检测、微小残留病监测以及免疫治疗指导	讨论了数据解释的复杂性、生物信息学支持的需求、成本考虑以及与基因检测相关的伦理问题	探讨NGS在肿瘤诊断和治疗中的临床应用及其未来发展方向	肿瘤患者及其基因组数据	数字病理学	癌症	NGS, 单细胞测序, 液体活检	NA	基因组数据	NA
584	2025-04-24	Reversible downregulation of HLA class I in adenoid cystic carcinoma 2025-Apr-20, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011380 PMID:40254393	研究论文	本研究探讨了腺样囊性癌（ACC）中HLA I类分子的可逆性下调及其对免疫治疗反应的影响	发现ACC肿瘤中B2M/HLA I类分子表达极低，揭示了其免疫冷肿瘤特性，并证实通过干扰素-γ或STING激动剂可恢复HLA I类分子表达	临床样本量较小，仅包含1例接受STING激动剂联合治疗的病例	阐明ACC对免疫检查点抑制剂反应低下的机制并探索潜在治疗策略	腺样囊性癌肿瘤组织、转移灶及正常唾液腺/乳腺组织	肿瘤免疫学	腺样囊性癌	多重免疫荧光（mIF）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组分析	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据、空间转录组数据	包含原发ACC组织、转移灶及正常组织的多组学分析，1例临床治疗病例
585	2025-04-24	NR2F2 and its contribution to lymph node metastasis in oral squamous cell carcinoma 2025-Apr-20, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111814 PMID:40262715	研究论文	研究NR2F2在口腔鳞状细胞癌(OSCC)淋巴结转移(LNM)中的作用及其生物学意义	首次将NR2F2与OSCC中的癌症干细胞(CSCs)及其在淋巴结转移中的作用联系起来，并验证了NR2F2通过促进肿瘤细胞增殖和迁移影响LNM的机制	研究主要基于细胞和动物实验，临床样本验证相对有限	探究NR2F2在OSCC淋巴结转移中的分子机制	口腔鳞状细胞癌(OSCC)及其淋巴结转移灶	肿瘤生物学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、免疫组化、免疫荧光、Western blot、功能实验、体内实验、批量RNA测序	CytoTRACE算法、irGSEA和GSVA R包	RNA测序数据、免疫组化数据、免疫荧光数据、功能实验数据	未明确说明具体样本数量，但包括OSCC患者样本、细胞系和动物模型
586	2025-04-24	Single-cell RNA Sequencing of Pig Lung Transplantation Reveals Macrophage Ferroptosis in Lung IschemiaReperfusion Injury 2025-Apr-20, The Journal of heart and lung transplantation : the official publication of the International Society for Heart Transplantation DOI:10.1016/j.healun.2025.04.011 PMID:40262727	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究猪肺移植中的巨噬细胞铁死亡现象，揭示其在肺缺血再灌注损伤中的作用	首次在猪肺移植模型中应用单细胞RNA测序技术，发现巨噬细胞铁死亡在肺缺血再灌注损伤中的关键作用	研究仅针对猪模型，尚未在人体中进行验证	探究肺移植后缺血再灌注损伤的机制及潜在治疗策略	猪肺移植模型中的巨噬细胞	数字病理学	肺疾病	scRNA-seq, TEM	猪原位左肺移植模型	RNA测序数据, 电子显微镜图像	未明确说明样本数量（猪肺移植模型）
587	2025-04-24	CellSP: Module discovery and visualization for subcellular spatial transcriptomics data 2025-Apr-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.12.632553 PMID:39868198	研究论文	介绍了一个名为CellSP的计算框架，用于识别、可视化和表征mRNA的亚细胞空间模式	提出了'基因-细胞模块'的概念，能够识别多个细胞中协调的亚细胞转录分布基因集	NA	解决亚细胞空间转录组数据中功能相关空间模式的识别和解释问题	亚细胞空间转录组数据	空间转录组学	阿尔茨海默病、肾癌	空间转录组学	NA	mRNA分布数据	多种组织和小鼠模型
588	2025-04-24	Systemic inflammation impairs myelopoiesis and interferon type I responses in humans 2025-Apr-18, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-025-02136-4 PMID:40251340	research paper	该研究通过LPS诱导的系统性炎症模型，揭示了急性高炎症期和晚期免疫抑制期的机制，并提出了IFNβ治疗的潜在应用	发现了一个炎症性单核细胞样亚群(infMono)，并揭示了其在系统性炎症中的作用，以及IFNβ治疗对恢复免疫反应的潜力	研究主要基于LPS诱导的炎症模型，可能无法完全反映所有系统性炎症条件的复杂性	理解系统性炎症的急性高炎症期和晚期免疫抑制期的机制	人类系统性炎症模型及患者队列（细菌性败血症和冠状病毒病患者）	免疫学	细菌性败血症, 冠状病毒病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	人类LPS诱导炎症模型及患者队列
589	2025-04-24	Asian diversity in human immune cells 2025-Apr-17, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.02.017 PMID:40112801	research paper	该研究构建了亚洲免疫多样性图谱（AIDA），一个多国单细胞RNA测序健康参考图谱，用于研究人类免疫细胞的多样性	首次在单细胞基因组学背景下系统研究亚洲人群免疫细胞的多样性，并发现亚大陆多样性、年龄和性别对免疫细胞特性的广泛影响	研究主要关注亚洲人群，可能无法完全代表全球其他人群的免疫多样性	研究人类免疫细胞的多样性及其与生物医学表型的关系	619名健康捐赠者的1,265,624个循环免疫细胞	基因组学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	619名捐赠者，涵盖5个亚洲国家的7个人群组和6个对照组
590	2025-04-24	Epidemiological characteristics of thyroid cancer worldwide and construction of a machine learning diagnostic model 2025-04-16, Advances in clinical and experimental medicine : official organ Wroclaw Medical University IF:2.1Q3 DOI:10.17219/acem/199327 PMID:40237525	研究论文	本研究分析了全球甲状腺癌的流行病学特征，并构建了一个基于机器学习的诊断模型	结合全球疾病负担数据和机器学习算法开发高精度诊断模型，并通过单细胞RNA测序探索肿瘤微环境	NA	分析甲状腺癌的全球发病趋势并开发诊断工具	全球甲状腺癌患者	机器学习	甲状腺癌	单细胞RNA测序	LASSO, Ridge回归	流行病学数据, 基因表达数据	1990-2021年全球疾病负担数据库数据
591	2025-04-24	Dual states of murine Bmi1-expressing intestinal stem cells drive epithelial development utilizing non-canonical Wnt signaling 2025-Apr-16, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.03.014 PMID:40262610	research paper	该研究揭示了小鼠肠道发育中Bmi1表达肠道干细胞的功能及其通过非经典Wnt信号调控增殖状态的动态变化	首次发现Bmi1细胞作为功能性干细胞存在于早期小鼠肠道发育阶段，并揭示其通过非经典Wnt信号调控增殖状态的动态转换机制	研究局限于小鼠模型，人类肠道发育中的类似机制仍需验证	探究肠道干细胞在发育过程中的调控机制及其对组织稳态的影响	小鼠肠道Bmi1表达干细胞	发育生物学	NA	谱系追踪、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
592	2025-04-24	Integration of Single-Cell and Bulk RNA-seq Data to Identify the Cancer-Associated Fibroblast Subtypes and Risk Model in Glioma 2025-Apr, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-024-10751-3 PMID:38536568	research paper	该研究通过整合单细胞和批量RNA-seq数据，识别了胶质瘤中与癌症相关成纤维细胞（CAFs）相关的亚型和风险模型	结合单细胞RNA-seq和批量RNA-seq数据，开发了一个新的CAF相关特征（CRS）模型，用于预测胶质瘤患者的预后和治疗反应	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本选择的限制	识别胶质瘤中CAFs的预后标志物，并开发个体化治疗策略	胶质瘤患者和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	digital pathology	glioma	RNA-seq, RT-qPCR	LASSO回归模型	RNA-seq数据	1333个胶质瘤样本（来自TCGA和CGGA数据集）
593	2025-04-24	Single-Cell Analysis Reveals Histone Deacetylation Factor Guide Intercellular Communication of Tumor Microenvironment that Contribute to Colorectal Cancer Progression and Immunotherapy 2025-Apr, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-024-10730-8 PMID:38637426	research paper	通过单细胞RNA-seq数据分析组蛋白去乙酰化因子（HDF）在结直肠癌（CRC）肿瘤微环境（TME）中的作用及其对免疫治疗的贡献	揭示了HDF相关基因在TME细胞亚群中的表达特征及其对肿瘤上皮细胞异质性的分子调控机制，并提出了HDF-TME评分对CRC患者预后和免疫治疗效果的预测能力	研究依赖于公开数据库的数据，可能受限于数据的质量和完整性	探索HDF在CRC肿瘤微环境中的调控作用及其对免疫治疗的影响	结直肠癌肿瘤微环境中的基质细胞、巨噬细胞、T淋巴细胞和B淋巴细胞	digital pathology	colorectal cancer	single-cell RNA-seq	NA	RNA-seq数据	公共数据库中的CRC组织转录组和免疫治疗队列数据
594	2025-04-24	Single-cell atlas profiling revealed cellular characteristics and dynamic changes after PD-1 blockade therapy of brain metastases from laryngeal squamous cell carcinoma 2025-Apr, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3 DOI:10.1007/s11010-024-05064-3 PMID:39085744	研究论文	通过单细胞RNA测序分析喉鳞状细胞癌脑转移患者在PD-1阻断治疗前后的细胞特征和动态变化	首次使用单细胞RNA测序技术分析PD-1阻断治疗前后喉鳞状细胞癌脑转移的细胞特征和动态变化，揭示了治疗对癌细胞和免疫细胞功能的影响	样本量有限，且仅针对喉鳞状细胞癌脑转移患者	研究PD-1阻断治疗对喉鳞状细胞癌脑转移的细胞特征和动态变化的影响	喉鳞状细胞癌脑转移患者的肿瘤样本	数字病理学	喉鳞状细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), bulk RNA测序	NA	RNA测序数据	配对的转移性肿瘤样本（治疗前后）和原发性喉鳞状细胞癌数据集
595	2025-04-24	Endothelial RUNX3 controls LSEC dysfunction and angiocrine LRG1 signaling to prevent liver fibrosis 2025-Apr-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001018 PMID:39042837	研究论文	研究探讨了内皮RUNX3在控制肝窦内皮细胞(LSEC)功能障碍和血管分泌LRG1信号传导中的作用，以预防肝纤维化	首次揭示了RUNX3在LSEC中的功能及其通过调节LRG1分泌影响肝纤维化的机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类临床应用的转化仍需进一步验证	探究RUNX3在肝纤维化中的作用及其分子机制	肝窦内皮细胞(LSEC)和肝纤维化	分子生物学	肝纤维化	单细胞RNA测序、定量RT-PCR	小鼠模型	基因表达数据	小鼠模型和人类肝病患者样本
596	2025-04-24	Unveiling the dynamics of B lymphocytes in systemic lupus erythematosus patients treated with belimumab through longitudinal single-cell RNA sequencing 2025-Apr-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keae364 PMID:39037931	研究论文	通过纵向单细胞RNA测序揭示系统性红斑狼疮患者在接受belimumab治疗期间B淋巴细胞的动态变化	首次利用纵向单细胞RNA测序技术分析系统性红斑狼疮患者在接受抗BAFF治疗期间B细胞的动态变化和亚群特异性反应	样本量较小（仅4名患者），且仅限于韩国人群	探究抗BAFF治疗在系统性红斑狼疮患者中的免疫学机制	系统性红斑狼疮患者的B淋巴细胞	单细胞组学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	4名韩国SLE患者的PBMCs（超过73,000个细胞），以及22名日本SLE患者的批量转录组数据
597	2025-04-24	Crosstalk between endothelial cells and dermal papilla entails hair regeneration and angiogenesis during aging 2025-Apr, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.05.006 PMID:38718895	research paper	研究揭示了内皮细胞（ECs）和真皮乳头（DP）之间的相互作用如何调节衰老过程中的血管生成和毛发再生	发现了ECs分泌的EDN1与DP表达的EDNRA结合增强牛磺酸（TA）代谢促进毛发再生，以及DP分泌的CTF1与ECs表达的IL6ST结合激活α-亚麻酸（ALA）代谢促进血管生成的新信号通路	研究主要基于小鼠模型和体外器官培养，人类组织中的验证尚未进行	探索毛发和血管在衰老过程中如何通过相互作用调节血管生成和毛发再生	内皮细胞（ECs）和真皮乳头（DP）	细胞生物学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CellChat、CellCall、单细胞代谢分析（scMetabolism）、iPATH	小鼠毛发拔除模型和器官培养模型	单细胞转录组数据、代谢数据	NA
598	2025-04-24	Tolerogenic dendritic cell-mediated regulatory T cell differentiation by Chinese herbal formulation attenuates colitis progression 2025-Apr, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.04.023 PMID:38677546	research paper	研究探讨了中药配方CDD-2103及其生物活性成分在结肠炎小鼠模型中调节免疫的机制	揭示了CDD-2103通过促进耐受性树突状细胞积累和功能上调电子传递链相关基因，从而增加调节性T细胞分化的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探讨CDD-2103及其生物活性成分在调节免疫耐受中的作用	结肠炎小鼠模型	免疫学	溃疡性结肠炎	单细胞转录组分析、液相色谱-质谱联用(LC-MS)	小鼠结肠炎模型	转录组数据、质谱数据	两种实验性结肠炎模型小鼠
599	2025-04-24	Mesenchymal stem cells alleviate mouse liver fibrosis by inhibiting pathogenic function of intrahepatic B cells 2025-Apr-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000831 PMID:38546278	research paper	该研究探讨了间充质干细胞（MSCs）通过抑制肝内B细胞的致病功能来缓解小鼠肝纤维化的机制	发现了一种新的幼稚B细胞亚型（B-II），并揭示了MSCs通过外泌体调控MAPK和NF-κB信号通路抑制B细胞的增殖和细胞因子产生的机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索MSCs治疗肝纤维化的新机制	小鼠肝纤维化模型和肝内B细胞	细胞治疗	肝纤维化	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	NA
600	2025-04-24	Integrative Analyses of Bulk and Single-Cell RNA Seq Identified the Shared Genes in Acute Respiratory Distress Syndrome and Rheumatoid Arthritis 2025-Apr, Molecular biotechnology IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s12033-024-01141-6 PMID:38656728	研究论文	通过整合分析批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，识别急性呼吸窘迫综合征（ARDS）和类风湿性关节炎（RA）之间的共享基因	首次通过整合分析批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，识别出ARDS和RA之间的共享基因，并揭示了这些基因与免疫细胞的关联	研究主要依赖于公共数据库的数据，可能受到样本来源和数量的限制	识别ARDS和RA之间的共享基因，为临床药物发现提供潜在靶点	急性呼吸窘迫综合征（ARDS）和类风湿性关节炎（RA）的基因表达数据	生物信息学	急性呼吸窘迫综合征和类风湿性关节炎	批量RNA测序、单细胞RNA测序、差异表达基因分析、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、随机森林（RF）和最小绝对收缩和选择算子（LASSO）算法	随机森林（RF）、LASSO	基因表达数据	来自Gene Expression Omnibus数据库的批量RNA测序数据以及ALI小鼠的肺组织转录组测序数据