单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
581	2025-06-09	Scalable inference of transcriptional variability with BASiCS 2025-Jun-05, Journal of theoretical biology IF:1.9Q3 DOI:10.1016/j.jtbi.2025.112157 PMID:40479909	research paper	本文介绍了一种扩展的BASiCS方法，用于单细胞RNA测序数据的可扩展贝叶斯推断	引入了分治推理方案，使BASiCS能够处理大规模数据集，同时保持其解释性和灵活性	未明确提及具体的数据集大小限制或计算资源需求	开发一种可扩展的贝叶斯推断方法，用于分析单细胞RNA测序数据	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	BASiCS (贝叶斯层次模型), MCMC, ADVI	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
582	2025-06-09	Treatment with senolytic drugs ameliorates steroid-induced osteonecrosis of the femoral head by inhibiting osteoclastogenesis 2025-Jun-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114963 PMID:40480005	研究论文	本研究探讨了通过清除衰老细胞来改善类固醇诱导的股骨头坏死（ONFH）的治疗效果	揭示了巨噬细胞中的细胞衰老促进破骨细胞过度活化和ONFH进展的新机制，并展示了使用senolytic药物（Dasatinib和Quercetin）的治疗潜力	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人体中进行验证	探索细胞衰老在ONFH发病机制中的作用及senolytic药物的治疗效果	股骨头坏死（ONFH）患者和小鼠模型，以及骨髓来源的巨噬细胞（BMDMs）	骨科疾病研究	股骨头坏死	单细胞测序、TRAP染色、SA-β-gal染色	小鼠ONFH模型	基因表达数据、细胞染色数据	未明确提及具体样本数量，涉及ONFH患者数据和小鼠模型
583	2025-06-09	SPaSE: Spatially resolved pathology scores using optimal transport on spatial transcriptomics data 2025-Jun-03, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101301 PMID:40480226	research paper	提出了一种基于最优传输的空间转录组数据分析算法SPaSE，用于量化疾病组织中的病理影响	SPaSE算法通过最优传输方法比较疾病和对照组织的空间转录组数据，为每个点计算病理评分，创新性地量化了病理影响	NA	开发一种能够量化空间变异病理影响的分析方法	小鼠心肌梗死后的心脏组织、人类心肌梗死后的数据、创伤性脑损伤和杜氏肌营养不良小鼠模型	digital pathology	cardiovascular disease	spatial transcriptomics (ST)	optimal transport-based algorithm	spatial transcriptomics data	小鼠和人类的心肌梗死后数据、创伤性脑损伤和杜氏肌营养不良小鼠模型数据
584	2025-06-09	Distinct molecular patterns in R6/2 HD mouse brain: Insights from spatiotemporal transcriptomics 2025-Jun-02, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2025.05.014 PMID:40482637	研究论文	通过时空转录组学分析R6/2亨廷顿病小鼠脑部的分子模式	整合10× Genomics Visium空间转录组学和单核RNA测序技术，揭示了亨廷顿病小鼠脑部区域、时间和细胞类型特异的调控通路	研究仅针对R6/2小鼠模型，结果可能不完全适用于人类亨廷顿病	理解亨廷顿病的发病机制	R6/2亨廷顿病小鼠模型	转录组学	亨廷顿病	10× Genomics Visium空间转录组学, 单核RNA测序(snRNA-seq)	NA	转录组数据	R6/2小鼠脑部组织(出生后0天[P0], 4周和12周)
585	2025-06-09	ICOSL, OX40L, and CD30L control persistence of asthmatic CD4 tissue-resident memory CD4 T cells 2025-Jun, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.12.1097 PMID:39921040	research paper	研究探讨了ICOSL、OX40L和CD30L这三种共刺激分子在控制哮喘CD4组织驻留记忆T细胞持久性中的作用	首次发现联合抑制ICOSL与OX40L或CD30L能有效减少肺部炎症性Trm细胞的积累，并提出潜在的治疗哮喘的新方法	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的可行性和效果尚需进一步验证	寻找控制过敏原诱导的记忆CD4 T细胞再激活的共刺激分子，并评估其靶向治疗对哮喘相关记忆T细胞群体的影响	哮喘患者和小鼠模型中的肺CD4 T细胞	免疫学	哮喘	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
586	2025-06-09	Adulthood outcomes of thymic transplantation in a case of congenital athymia due to FOXN1 mutation 2025-Jun, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.02.006 PMID:39956280	research paper	报道一例因FOXN1突变导致先天性无胸腺症患者接受胸腺移植后19年的临床和免疫学结果	首次详细描述了异体胸腺移植后长期免疫重建的临床和分子特征	仅基于单一病例研究，结果可能不具有普遍性	评估先天性无胸腺症患者胸腺移植后的长期免疫重建效果	一名R255X纯合FOXN1突变导致的先天性无胸腺症成人患者	免疫学	先天性免疫缺陷	高维光谱流式细胞术、单细胞RNA测序、T细胞受体测序	NA	临床数据、流式细胞数据、单细胞转录组数据	1名患者+年龄匹配对照
587	2025-06-09	Injury and obesity differentially and synergistically induce dysregulation of synovial immune cells in osteoarthritis 2025-Jun, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1016/j.ard.2025.03.001 PMID:40188009	研究论文	研究探讨了损伤和肥胖如何差异性和协同性地影响骨关节炎（OA）中滑膜免疫细胞的失调	揭示了损伤和肥胖独立及协同作用对滑膜免疫细胞景观失调的影响，为OA发病机制提供了新见解	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性有待验证	探究损伤和肥胖对骨关节炎滑膜免疫细胞的影响	小鼠膝关节囊中的免疫细胞	免疫学	骨关节炎	单细胞转录组学、免疫分析、转基因小鼠模型、遗传命运图谱方法	转基因小鼠模型	转录组数据、免疫分析数据	未明确提及具体样本数量，但使用了对照组和肥胖组小鼠
588	2025-06-09	Identification of MAGE-A10 specific T cell receptor promising in immunotherapy of hepatocellular carcinoma 2025-Jun, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.144243 PMID:40379175	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和TCR测序技术，鉴定了针对肝细胞癌（HCC）中MAGE-A10抗原的特异性T细胞受体（TCR），为HCC的TCR-T免疫治疗提供了新策略	首次鉴定了针对HCC中MAGE-A10抗原的特异性TCR，并通过功能验证证实了其识别和杀伤HCC细胞的能力	研究样本量有限，且未进行体内实验验证TCR-T的治疗效果	探索肝细胞癌的新型免疫治疗方法	肝细胞癌患者样本中的T细胞受体	免疫治疗	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、TCR测序（scTCR-seq）、NetMHCpan、DLpTCR	NA	单细胞转录组数据、TCR序列数据	肝细胞癌患者样本（具体数量未说明）
589	2025-06-09	Spatial and genomic profiling of residual breast cancer after neoadjuvant chemotherapy unveil divergent fates for each breast cancer subtype 2025-May-30, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102164 PMID:40482645	研究论文	通过单细胞空间转录组学和基因组分析，研究乳腺癌新辅助化疗后残留癌症的基因组和微环境特征及其对不同亚型乳腺癌预后的影响	揭示了不同亚型乳腺癌在新辅助化疗后残留癌症的基因组和微环境特征如何影响其预后，特别是发现了TNBC和非TNBC中不同的免疫细胞相互作用和肿瘤内在特征	研究样本可能有限，且未涉及所有乳腺癌亚型	探索乳腺癌新辅助化疗后残留癌症的基因组和微环境特征及其与预后的关系	乳腺癌患者在新辅助化疗后的残留癌症组织	数字病理学	乳腺癌	单细胞空间转录组学、基因组分析	NA	基因组数据、转录组数据	未明确提及具体样本数量
590	2025-06-09	SpaLinker identifies phenotype-associated spatial tumor microenvironment features by integrating bulk and spatial sequencing data 2025-May-29, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100893 PMID:40480216	研究论文	介绍SpaLinker，一种创新的集成框架，利用空间转录组学数据在分子、细胞和组织结构水平上解析空间分辨的肿瘤微环境，并通过整合大量RNA测序数据评估空间定义特征的预后意义	开发了SpaLinker框架，首次实现了空间转录组学数据与临床表型的定量关联，显著提升了空间测序技术的临床应用价值	空间测序样本的临床注释稀缺可能影响分析结果的可靠性	建立空间分辨的肿瘤微环境特征与临床表型之间的关联	肿瘤微环境	数字病理学	泛癌	空间转录组学(ST), bulk RNA-seq	NA	空间转录组数据, bulk RNA-seq数据	多种肿瘤ST数据集
591	2025-06-09	HMG Box-containing Protein 1 (HBP1) Protects Against Pancreatic Injury in Acute Pancreatitis but Promotes Neoplastic Progression 2025-May-20, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101536 PMID:40404099	research paper	该研究探讨了HMG盒包含蛋白1（HBP1）在急性胰腺炎（AP）和胰腺导管腺癌（PDAC）中的作用	首次揭示了HBP1在急性胰腺炎中的保护作用及其在致癌KRAS存在下促进胰腺上皮内瘤变（PanIN）进展的双重功能	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类样本验证有限	阐明HBP1在胰腺炎和胰腺癌早期进展中的功能角色	人类胰腺炎样本、cerulein诱导的AP小鼠模型、胰腺特异性条件性HBP1敲除小鼠	分子病理学	胰腺癌	空间转录组学、多重蛋白检测、组织学分析、免疫染色	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据、组织学图像	人类慢性胰腺炎样本、小鼠模型、诱导性HBP1过表达的人胰腺导管上皮细胞
592	2025-06-09	Case report: single-cell transcriptome sequencing reveals the clonal origin of mature plasmacytoid dendritic cell proliferation in early T-cell precursor lymphoblastic leukemia 2025-May, Annals of hematology IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s00277-025-06301-5 PMID:40085211	病例报告	通过单细胞转录组测序揭示早期T细胞前体淋巴细胞白血病中成熟浆细胞样树突状细胞增殖的克隆起源	首次报告了与淋巴恶性肿瘤相关的MPDCP病例，并利用单细胞RNA测序技术揭示了T-ALL原始细胞与pDCs之间的转录连续性	需要进一步研究以确认这些发现并探索其临床意义	探讨MPDCP在淋巴恶性肿瘤中的存在及其与淋巴细胞分化和发育的潜在联系	一名69岁男性患者，诊断为早期T细胞前体急性淋巴细胞白血病伴MPDCP	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	1例患者
593	2025-06-09	Identification of molecular clusters and a risk prognosis model for diffuse large B-cell lymphoma based on lactate metabolism-related genes 2025-May, Annals of hematology IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s00277-025-06321-1 PMID:40186663	research paper	本研究基于乳酸代谢相关基因（LMRGs）识别了弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）的分子簇，并构建了一个风险预后模型	开发了一个包含五个LMRGs的风险预后模型，揭示了高风险患者的不良预后与免疫微环境及治疗反应的关系，并通过单细胞RNA测序发现B细胞中高LMRG风险评分可能通过MIF-CD74/CXCR4通路促进免疫抑制	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	探索LMRGs与DLBCL预后及免疫微环境的关系，构建风险预后模型	弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者	digital pathology	lymphoma	Cox回归、LASSO回归、单细胞RNA测序	风险预后模型	基因表达数据	来自GSE10846和GSE87371数据集的样本
594	2025-06-09	Novel diagnostic biomarkers regulating macrophages autophagy in ischemic cardiomyopathy: An analysis integrating bulk RNA sequencing with single-cell RNA sequencing 2025-May, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152907 PMID:40300424	研究论文	本研究通过整合bulk RNA测序和单细胞RNA测序数据，探索了缺血性心肌病(ICM)中巨噬细胞自噬相关的新型诊断生物标志物	首次整合bulk RNA测序和单细胞RNA测序分析ICM中巨噬细胞自噬相关生物标志物，鉴定出6个具有诊断意义的hub基因	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于大鼠模型	探索缺血性心肌病中巨噬细胞自噬相关的生物标志物及其相关通路	缺血性心肌病患者和大鼠模型的基因表达数据	生物信息学	心血管疾病	bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, RT-qPCR	WGCNA, PPI网络分析	基因表达数据	两个公共数据集(GSE46224和GSE116250)和大鼠模型
595	2025-06-09	Single-cell RNA and TCR repertoire analysis identify markers of virus-specific T cells 2025-May, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152904 PMID:40305898	研究论文	该研究通过单细胞RNA和TCR库分析，识别了病毒特异性T细胞的标记物	发现了7个上调基因作为增殖抗原特异性T细胞的标记物，并验证了其在早期分离病毒抗原反应性T细胞中的准确性	研究样本来自健康供体，未在患者群体中验证标记物的适用性	识别用于抗原特异性T细胞鉴定的生物标记物，以改进过继性细胞疗法	健康供体的外周血单个核细胞和CD3/CD8 T细胞	免疫学	病毒感染	单细胞RNA测序、TCR库分析	NA	RNA测序数据、TCR序列数据	健康供体的外周血单个核细胞
596	2025-06-09	Interpretable Machine Learning reveals the Role of PANoptosis in the Diagnosis and Subtyping of NAFLD 2025-May, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152909 PMID:40311345	研究论文	本研究通过整合多组数据集和可解释的机器学习方法，揭示了PANoptosis在非酒精性脂肪肝病（NAFLD）诊断、分型和免疫微环境重塑中的关键作用	首次将PANoptosis（一种由细胞焦亡、凋亡和坏死性凋亡协同作用的过程）与NAFLD的诊断和分型联系起来，并构建了高准确度的诊断模型（AUC=0.976）	研究依赖于现有数据集，可能未涵盖所有NAFLD亚型的多样性	探索PANoptosis在NAFLD中的诊断价值和治疗潜力	非酒精性脂肪肝病（NAFLD）患者	机器学习	非酒精性脂肪肝病	可解释机器学习、单细胞测序、分子对接	诊断模型	基因表达数据、单细胞数据	多个数据集整合（具体样本数未明确说明）
597	2025-06-09	M-band wavelet-based multi-view clustering of cells 2025-May, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013060 PMID:40408513	研究论文	本文提出了一种基于M-band小波的单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据多视图聚类方法(WMC)，用于细胞类型、身份和功能状态的多视图聚类	该方法首次将M-band小波分析与UMAP相结合应用于scRNA-seq数据，能够以高分辨率发现稀有细胞类型	未提及方法在大规模数据集上的计算效率或可扩展性	开发新的scRNA-seq数据分析方法以提高细胞类型鉴别的分辨率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	小波分析, UMAP	基因表达数据	一组单细胞测序数据集(未说明具体数量)
598	2025-06-09	Ectopic Expansion of Pulmonary Vasculature in Fibrotic Lung Disease and Lung Adenocarcinoma Marked by Proangiogenic COL15A1+ Endothelial Cells 2025-Apr, Pulmonary circulation IF:2.2Q3 DOI:10.1002/pul2.70102 PMID:40463493	research paper	该研究通过单细胞RNA测序数据比较了多种进行性间质性肺疾病（ILD）和非小细胞肺癌（NSCLC）中血管内皮细胞（EC）群体的共同和独特特征	识别了在ILD和NSCLC中扩展的两种EC亚型'Bronch-1'和'Bronch-2'，并发现支气管循环的扩张是ILD和NSCLC中血管细胞组成的最显著变化之一	样本量相对较小，特别是NSCLC样本仅有8例	比较多种肺疾病中血管内皮细胞群体的特征，探索支气管血管在疾病进展中的作用	健康肺组织、间质性肺疾病（ILD）、慢性阻塞性肺疾病（COPD）和非小细胞肺癌（NSCLC）患者	digital pathology	lung cancer, idiopathic pulmonary fibrosis	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	健康肺组织59例，ILD 97例，COPD 22例，NSCLC 8例
599	2025-06-09	Addressing the mean-variance relationship in spatially resolved transcriptomics data with spoon 2024-Nov-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.04.621867 PMID:39574747	research paper	该论文提出了一种名为spoon的统计框架，用于解决空间分辨转录组学数据中的均值-方差关系问题，以更准确地识别空间变异基因（SVGs）	使用Empirical Bayes技术消除技术偏差（均值-方差关系），从而更准确地优先排序SVGs	NA	解决空间分辨转录组学数据中的均值-方差关系问题，提高SVGs识别的准确性	空间分辨转录组学数据	生物信息学	NA	Empirical Bayes技术	NA	空间转录组学数据	模拟和真实空间转录组学数据
600	2025-06-09	Machine learning for the identification of neoantigen-reactive CD8 + T cells in gastrointestinal cancer using single-cell sequencing 2024-Jul, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02737-0 PMID:38849478	研究论文	本研究开发了一种基于机器学习的26基因模型，用于从单细胞转录组中识别胃肠道癌症中的新抗原反应性CD8+T细胞	利用机器学习模型快速识别新抗原反应性T细胞及其T细胞受体，克服了传统方法耗时且复杂的缺点	NA	开发一种高效识别新抗原反应性T细胞的方法，以促进癌症免疫治疗	胃肠道癌症患者肿瘤浸润的新抗原反应性CD8+T细胞	机器学习	胃肠道癌症	单细胞测序	机器学习模型	转录组数据	数千个肿瘤浸润淋巴细胞