单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 30093 篇文献，本页显示第 581 - 600 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 581 | 2025-07-22 |
Single-cell transcriptomic and chromatin dynamics of the human brain in PTSD
2025-Jul, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09083-y
PMID:40533550
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组和染色质动力学分析，揭示了创伤后应激障碍（PTSD）在人脑中的分子调控机制 | 首次在单细胞水平上详细描绘了PTSD患者前额叶皮质的分子响应，并识别了特定细胞类型中的基因表达变化和转录调控因子 | 研究样本均为死后收集的脑组织，可能无法完全反映活体状态下的分子变化 | 探究PTSD在人脑中的细胞特异性分子调控机制 | 111例人类大脑的背外侧前额叶皮质组织（包括PTSD患者、抑郁症患者和健康对照） | 神经科学 | 创伤后应激障碍 | 单细胞转录组测序、染色质动力学分析、空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据、表观基因组数据、空间转录组数据 | 超过200万个细胞核，来自111例人类大脑样本 |
| 582 | 2025-07-22 |
HECLIP: histology-enhanced contrastive learning for imputation of transcriptomics profiles
2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf363
PMID:40569046
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research paper | 该论文提出了一种名为HECLIP的深度学习框架，用于从H&E染色的组织学图像中推断空间基因表达谱 | HECLIP采用以图像为中心的对比学习策略，能够直接从H&E图像中预测基因表达，减少了对空间转录组数据的依赖 | NA | 开发一种可扩展的计算方法，以弥合组织学图像与转录组学之间的差距 | H&E染色的组织学图像和空间基因表达谱 | digital pathology | NA | 对比学习 | 深度学习框架 | 图像和基因表达数据 | 公开可用数据集 |
| 583 | 2025-07-22 |
Technologies for Decoding Cancer Metabolism with Spatial Resolution
2025-Jul-01, Cold Spring Harbor perspectives in medicine
IF:7.8Q1
DOI:10.1101/cshperspect.a041553
PMID:39284668
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review | 本文讨论了三种新兴的代谢组学技术在解码癌症代谢空间分辨率中的应用 | 介绍了空间代谢组学、单细胞代谢组学和细胞器代谢组学这三种新兴技术 | 未提及具体实验数据或样本量的限制 | 研究癌症细胞代谢途径的适应性和重编程机制 | 癌症细胞及其代谢产物 | 癌症代谢研究 | 癌症 | 质谱技术、空间代谢组学、单细胞代谢组学、细胞器代谢组学 | NA | 代谢物数据 | NA |
| 584 | 2025-07-22 |
Noncanonical Differentiation of Memory B Cells Drives Latent Tuberculosis Infection Reactivation Upon Tumor Necrosis Factor-Alpha Inhibitor Therapy: An Integrative Transcriptomic Study
2025-Jul, International journal of rheumatic diseases
IF:2.4Q2
DOI:10.1111/1756-185X.70311
PMID:40686471
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研究论文 | 本研究通过整合转录组学分析，探讨了肿瘤坏死因子抑制剂（TNFi）治疗期间潜伏结核感染（LTBI）再激活的机制 | 揭示了记忆B细胞在结核病进展和TNFi治疗中的非经典分化轨迹及其代谢重编程的作用 | 研究仅基于六个转录组数据集，样本量有限 | 探索TNFi治疗期间LTBI再激活的分子机制 | 记忆B细胞在结核病进展和TNFi治疗中的作用 | 生物信息学 | 结核病 | 转录组分析、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 六个转录组数据集 |
| 585 | 2025-07-22 |
A spatial transcriptomic atlas of the host response to oropharyngeal candidiasis
2025-Jun-30, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.00849-25
PMID:40586608
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研究论文 | 利用空间转录组学技术构建宿主对口腔念珠菌病反应的图谱，揭示免疫细胞间的相互作用和新型抗菌蛋白家族 | 首次应用10× Visium空间转录组学技术，在保持组织空间完整性的同时，高分辨率映射宿主微环境，发现2型免疫反应、M2巨噬细胞和血小板脱颗粒在疾病缓解中的新作用，并鉴定出一类新型富含脯氨酸的抗菌蛋白家族 | 研究基于小鼠模型，结果向人类转化需进一步验证 | 探究口腔念珠菌病感染过程中宿主免疫反应的平衡机制 | 小鼠口腔念珠菌病模型中的舌组织 | 空间转录组学 | 口腔念珠菌病 | 10× Visium空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA |
| 586 | 2025-07-22 |
Guanylate-Binding Proteins Promote Host Defense Against Leishmania major by Balancing iNOS/Arg-1 in Myeloid Cells
2025-Jun-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.26.661809
PMID:40631203
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研究论文 | 该研究探讨了鸟苷酸结合蛋白（GBPs）在皮肤利什曼病（CL）中对宿主防御的作用，特别是在调节iNOS/Arg-1平衡中的重要性 | 首次详细研究了GBPs在皮肤利什曼病中的免疫调节作用，揭示了其在调节iNOS和Arg-1表达中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证 | 探究GBPs在皮肤利什曼病宿主防御中的具体作用机制 | C57Bl/6小鼠及其骨髓来源的巨噬细胞（BMDMs） | 免疫学 | 皮肤利什曼病 | RNA-Seq, 单细胞RNA-Seq | GBPChr3敲除小鼠模型 | RNA测序数据 | C57Bl/6小鼠及其GBPChr3敲除小鼠的巨噬细胞和单核细胞 |
| 587 | 2025-07-22 |
A scalable, all-optical method for mapping synaptic connectivity with cell-type specificity
2025-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.25.661552
PMID:40667305
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研究论文 | 本文提出了一种可扩展的全光学方法，用于绘制具有细胞类型特异性的突触连接图谱 | 利用光学工具和空间转录组学技术，实现了高灵敏度、高通量和细胞类型特异性的长程突触连接检测 | 该方法目前仅在小鼠运动皮层中进行了验证，尚未在其他脑区或物种中广泛应用 | 开发一种高通量的光学方法来绘制神经环路中细胞类型特异性的突触连接图谱 | 小鼠运动皮层中的神经元及其长程突触连接 | 神经科学 | NA | 光学成像、空间转录组学 | NA | 光学信号、基因表达数据 | 超过1000个运动皮层神经元 |
| 588 | 2025-07-22 |
Protocol for deep-learning-driven cell type label transfer in single-cell RNA sequencing data
2025-Jun-20, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.103768
PMID:40232935
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研究论文 | 提出了一种使用SIMS在单细胞RNA测序数据中进行细胞类型标签转移的深度学习协议 | 开发了SIMS协议，用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型标签转移，提供了数据准备、模型训练和预测解释的详细步骤 | 未提及 | 开发一种深度学习协议，用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型标签转移 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | SIMS | RNA测序数据 | 未提及 |
| 589 | 2025-07-22 |
Identifying condition-related cell-cell communication events using supervised tensor analysis
2025-Jun-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.15.571918
PMID:38168391
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研究论文 | 介绍了一种名为STACCato的监督张量分析工具，用于识别与生物条件相关的细胞间通讯事件 | STACCato通过张量回归模型调整混杂因素和细胞间通讯事件的依赖性，提供了更清晰的统计推断 | 未提及具体的样本量限制或数据类型的局限性 | 开发一种新方法来识别与生物条件（如疾病状态、组织类型）相关的细胞间通讯事件 | 细胞间通讯事件 | 生物信息学 | 狼疮和自闭症 | scRNA-seq | 张量回归模型 | scRNA-seq数据 | NA |
| 590 | 2025-07-22 |
Lineage-resolved analysis of embryonic gene expression evolution in C. elegans and C. briggsae
2025-Jun-19, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adu8249
PMID:40536976
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序比较秀丽隐杆线虫和布氏隐杆线虫胚胎发育过程中基因表达的进化约束 | 利用单细胞RNA测序技术系统分析两种线虫胚胎发育中同源细胞的基因表达模式，揭示基因表达进化的约束条件 | 研究仅针对两种线虫，结果可能不适用于其他物种 | 探究发育过程中基因表达模式进化的约束机制 | 秀丽隐杆线虫(C. elegans)和布氏隐杆线虫(C. briggsae)的胚胎发育过程 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 两种线虫的胚胎细胞 |
| 591 | 2025-07-22 |
ChemPerturb-seq screen identifies a small molecule cocktail enhancing human beta cell survival after subcutaneous transplantation
2025-Jun-19, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.06.002
PMID:40562034
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研究论文 | 本研究结合化学筛选与单细胞RNA测序（scRNA-seq）开发了ChemPerturb-seq平台，用于系统性分析小分子处理后人β细胞的分子变化，并发现了一种能增强人β细胞皮下移植后存活的小分子混合物 | 开发了ChemPerturb-seq平台，结合化学筛选与单细胞RNA测序，系统性分析小分子处理后的分子变化，并发现性别特异性增强移植β细胞存活的小分子混合物 | 发现的小分子混合物在雌性小鼠中效果显著，但在雄性小鼠中效果不明显，存在性别差异 | 开发一种新方法筛选能增强人β细胞移植后存活的小分子混合物 | 人β细胞和原代胰岛 | 生物医学工程 | 糖尿病 | scRNA-seq, ChemPerturb-seq | AI | 单细胞RNA测序数据 | 人β细胞和原代胰岛，移植到雌性和雄性小鼠 |
| 592 | 2025-07-22 |
Multiomics identifies tumor-intrinsic SREBP1 driving immune exclusion in hepatocellular carcinoma
2025-Jun-15, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-011537
PMID:40518290
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研究论文 | 通过多组学分析鉴定出肝细胞癌中肿瘤固有的SREBP1驱动免疫排斥 | 发现SREBP1作为免疫排斥的中心调控因子，并通过实验验证其在调节肿瘤微环境中的作用 | 研究主要基于体外实验和有限的患者样本，需要进一步的体内实验和更大规模的临床验证 | 寻找克服肝细胞癌免疫检查点抑制剂耐药的新治疗靶点 | 肝细胞癌患者样本和体外培养的肿瘤细胞 | 肿瘤免疫学 | 肝细胞癌 | RNA-seq, 蛋白质组学, 单细胞RNA-seq, 成像质谱细胞术, MALDI空间脂质组学 | 3D共培养模型, CRISPR介导的基因敲除 | RNA-seq数据, 蛋白质组数据, 单细胞RNA-seq数据, 成像数据 | 900+人类样本, 31个肿瘤单细胞RNA-seq样本 |
| 593 | 2025-07-22 |
Epigenetic Reprogramming of Autophagy Leads to Uncovering a Novel Therapeutic Target for Mutant IDH1 Astrocytomas
2025-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.08.584091
PMID:38559270
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研究论文 | 本文揭示了自噬在mIDH1胶质瘤中的关键作用，并通过阻断该途径在体内外诱导放射敏感性 | 发现自噬是mIDH1胶质瘤生存的关键途径，并通过抑制自噬增强放射敏感性 | 研究主要基于体外和动物模型，临床转化潜力尚需进一步验证 | 探索mIDH1胶质瘤的治疗新靶点 | 人类和小鼠的mIDH1胶质瘤细胞及患者样本 | 肿瘤学 | 胶质瘤 | RNA-seq, ChIP-seq, scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 人类和小鼠的mIDH1胶质瘤细胞及患者样本 |
| 594 | 2025-07-22 |
How single-cell transcriptomics of Hydractinia is informing the evolution of cnidarian sensory systems
2025-Jun-12, Integrative and comparative biology
IF:2.2Q1
DOI:10.1093/icb/icaf090
PMID:40504553
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研究论文 | 本文利用单细胞转录组学技术研究水螅（Hydractinia）的感官系统进化 | 更新了水螅成虫的单细胞转录组图谱，探索其细胞生物学和细胞类型表达谱，并验证细胞类型特异性标记的空间表达模式 | NA | 深入了解水螅的细胞生物学及其感官系统的进化 | 水螅（Hydractinia）的细胞类型和感官细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组学、CRISPR/Cas9基因敲除、shRNA敲低、合成RNA过表达 | NA | 转录组数据 | 两种水螅物种（H. symbiolongicarpus 和 H. echinata）的实验室克隆系 |
| 595 | 2025-07-22 |
Patterns of intra- and inter-tumor phenotypic heterogeneity in lethal prostate cancer
2025-Jun-10, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI186599
PMID:40493417
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研究论文 | 本研究旨在定义致死性前列腺癌中肿瘤间和肿瘤内异质性的模式、程度和后果 | 结合原位组织学和测序方法，分析了来自52名转移性前列腺癌患者的630多个肿瘤样本，揭示了患者、转移和细胞水平的表型异质性 | 样本量相对有限，且研究主要聚焦于致死性前列腺癌，可能不适用于其他类型的前列腺癌 | 探索转移性前列腺癌中肿瘤间和肿瘤内异质性的模式和影响 | 52名转移性前列腺癌患者的630多个肿瘤样本 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 原位组织学和测序方法 | NA | 组织样本和测序数据 | 52名患者的630多个肿瘤样本 |
| 596 | 2025-07-22 |
Radiotherapy promotes cuproptosis and synergizes with cuproptosis inducers to overcome tumor radioresistance
2025-Jun-09, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.031
PMID:40215978
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研究论文 | 本文揭示了放疗通过上调铜转运蛋白1和消耗线粒体谷胱甘肽诱导铜死亡，并与铜死亡诱导剂协同克服肿瘤放疗抵抗 | 首次揭示放疗诱导铜死亡的机制，并发现通过靶向铜死亡克服肿瘤放疗抵抗的治疗策略 | 研究主要基于食管癌，其他癌症类型的适用性尚需验证 | 探索放疗诱导铜死亡的机制及其在克服肿瘤放疗抵抗中的应用 | 癌细胞、患者肿瘤样本、细胞系和患者来源的异种移植模型 | 肿瘤学 | 食管癌 | RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 包括放疗不敏感的食管癌患者肿瘤样本及细胞系和异种移植模型 |
| 597 | 2025-07-22 |
A multi-step immune-competent genetic mouse model reveals phenotypic plasticity in uveal melanoma
2025-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.04.657841
PMID:40502063
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研究论文 | 开发了一种多步骤免疫能力遗传小鼠模型，用于研究葡萄膜黑色素瘤的表型可塑性 | 创建了一种新的遗传工程小鼠模型，能够逐步模拟人类葡萄膜黑色素瘤的进展，并保留了免疫能力以研究肿瘤免疫微环境和治疗干预 | NA | 研究葡萄膜黑色素瘤的生物学特性、候选驱动基因的功能特征以及开发免疫治疗策略 | 葡萄膜黑色素瘤 | 肿瘤生物学 | 葡萄膜黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | 遗传工程小鼠模型 | 基因表达数据 | NA |
| 598 | 2025-07-22 |
Habitual Exercise Modulates Neuroimmune Interaction to Mitigate Aortic Stiffness
2025-Jun-06, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325656
PMID:40304034
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研究论文 | 研究探讨了习惯性运动如何通过调节神经免疫相互作用来减轻主动脉硬化 | 揭示了运动通过调节交感神经与免疫细胞的相互作用来减轻主动脉硬化的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证 | 探究运动对主动脉硬化中神经免疫相互作用的调节作用 | C57BL/6小鼠 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，免疫组织化学 | 小鼠模型 | 基因表达数据，生理参数 | 未明确说明具体数量，使用C57BL/6小鼠进行实验 |
| 599 | 2025-07-22 |
Transcriptomic profiling after B cell depletion reveals central and peripheral immune cell changes in multiple sclerosis
2025-Jun-02, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI182790
PMID:40067358
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，探索了B细胞耗竭疗法如何调节多发性硬化症患者的免疫景观 | 首次使用单细胞RNA-Seq技术全面分析B细胞耗竭治疗后多发性硬化症患者免疫景观的变化，揭示了特定免疫细胞亚群的转录组特征和功能改变 | 研究样本量有限，且仅关注了B细胞耗竭治疗的短期效果 | 探究B细胞耗竭疗法对多发性硬化症患者免疫系统的调节机制 | 多发性硬化症患者的脑脊液巨噬细胞和外周血单核细胞 | 免疫学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA-Seq | NA | 转录组数据 | 未明确说明样本数量 |
| 600 | 2025-07-22 |
Glioblastoma shift from bulk to infiltrative growth is guided by plexin-B2-mediated microglia alignment in invasive niches
2025-May-29, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-025-00985-4
PMID:40442367
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research paper | 该研究通过免疫活性小鼠模型，揭示了胶质母细胞瘤（GBM）侵袭过程中肿瘤相关小胶质细胞和巨噬细胞（TAMs）的相互作用及其在引导肿瘤集体迁移中的作用 | 发现了plexin-B2在TAMs中的关键作用，解决了细胞碰撞问题，引导GBM细胞排列并重组细胞外基质，从而影响GBM的生长模式 | 研究主要基于小鼠模型，虽然结果在人类GBMs中得到验证，但直接应用于临床仍需进一步研究 | 探索GBM侵袭性生长的机制及其与TAMs的相互作用 | 胶质母细胞瘤（GBM）及其肿瘤相关小胶质细胞和巨噬细胞（TAMs） | digital pathology | glioblastoma | single-cell RNA sequencing | immunocompetent murine model | RNA-seq data, imaging data | 小鼠模型及人类GBMs样本 |