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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 581 | 2026-05-25 |
SpaceBar enables clone tracing in spatial transcriptomic data
2025-Feb-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.10.637514
PMID:39990434
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研究论文 | 报道了一种名为SpaceBar的细胞条形码策略,可同时在空间转录组数据中进行克隆追踪和基因表达分析 | 首次将合成条形码库与成像空间转录组技术结合,实现单细胞水平的克隆追踪和空间基因表达同步分析 | 条形码库仅包含96个合成序列,可能限制大规模克隆追踪的分辨率 | 开发一种能够同时追踪克隆动态和空间基因表达的方法 | 黑色素瘤细胞在肿瘤异种移植模型中的克隆和基因表达 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 空间转录组测序 | NA | 图像和基因表达数据 | 黑色素瘤异种移植模型中的肿瘤样本 | NA | 空间转录组学 | seqFISH | 使用seqFISH技术进行成像空间转录组检测 |
| 582 | 2026-05-25 |
Blockade of purine metabolism reverses macrophage immunosuppression and enhances anti-tumor immunity in non-small cell lung cancer
2025-01, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy
IF:15.8Q1
DOI:10.1016/j.drup.2024.101175
PMID:39608215
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研究论文 | 本研究揭示了嘌呤代谢阻断可逆转巨噬细胞免疫抑制并增强非小细胞肺癌的抗肿瘤免疫 | 首次发现非小细胞肺癌细胞分泌的CXCL8通过激活嘌呤代谢促进巨噬细胞PD-L1表达,并揭示NLRP3/caspase-1/IL-1β信号通路在嘌呤代谢介导的巨噬细胞免疫抑制中的作用 | NA | 评估巨噬细胞是否通过代谢串扰调节非小细胞肺癌进展并影响免疫治疗疗效 | 非小细胞肺癌组织中的巨噬细胞 | 数字病理学 | 非小细胞肺癌 | 单细胞测序, 流式细胞术, 免疫荧光, 多重检测, ELISA, RNA-seq | NA | 图像, 文本 | 非小细胞肺癌组织样本及C57BL/6J小鼠肿瘤模型 | 10x Genomics, NA | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞测序系统 |
| 583 | 2026-05-25 |
Interleukin-1β Drives Disease Progression in Arrhythmogenic Cardiomyopathy
2024-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.11.628020
PMID:39763850
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研究论文 | 通过单核RNA测序和空间转录组学分析,揭示IL-1β在致心律失常性心肌病疾病进展中的驱动作用 | 首次在人类ACM样本中采用单核RNA测序和空间转录组学联合分析,鉴定出疾病相关的炎症-纤维化空间微环境,并证明抗IL-1β中和抗体在ACM小鼠模型中可减轻纤维化、保护心脏功能 | 主要基于小鼠模型验证治疗策略,人类样本数量有限且未进行干预性临床试验验证 | 阐明IL-1β在ACM发病机制中的作用并评估其作为治疗靶点的潜力 | 人类ACM心肌样本和Dsg2突变小鼠模型 | 数字病理学 | 致心律失常性心肌病 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | 人类ACM患者与对照供体的心肌样本,以及Dsg2基因纯合突变小鼠 | 10x Genomics | 单核RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Genomics单核RNA测序和Visium空间转录组学平台 |
| 584 | 2026-05-25 |
Local Controlled Delivery of IL-4 Decreases Inflammatory Bone Loss in a Murine Model of Periodontal Disease
2024-Dec-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2400332
PMID:39465979
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研究论文 | 通过局部控制释放IL-4减少牙周炎小鼠模型中的炎症性骨丢失 | 首次证明使用可控药物递送策略局部释放IL-4可逆转炎症性骨丢失并促进骨再生,并利用单细胞RNA测序揭示其通过将巨噬细胞转向修复表型的作用机制 | 未提及具体局限性,但可能包括小鼠模型与人类的差异、递送系统的长期效果及安全性需进一步验证 | 评估使用可控药物递送策略靶向口腔巨噬细胞治疗慢性炎症的可行性 | 牙周炎小鼠模型中的巨噬细胞和牙周组织 | 数字化病理学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 牙周炎小鼠模型,具体数量未在摘要中提及 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 585 | 2026-05-25 |
CRISPRi-based screens in iAssembloids to elucidate neuron-glia interactions
2024-Nov-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.26.538498
PMID:37163077
|
研究论文 | 开发iAssembloids三维共培养系统并结合CRISPRi筛选,揭示神经元与胶质细胞相互作用机制 | 首次在三维类脑体结构中进行大规模CRISPRi筛选,发现GSK3β抑制NRF2介导的氧化应激保护反应的新机制 | 未提及具体局限性 | 阐明神经元-胶质细胞相互作用在脑健康与疾病中的分子机制 | 人类诱导多能干细胞衍生的神经元和胶质细胞 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | CRISPRi筛选 | na | 单细胞转录组数据 | 未提及具体样本量 | 10x Genomics | 单细胞转录组测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 试剂盒 |
| 586 | 2026-05-25 |
Spatial transcriptomics data and analytical methods: An updated perspective
2024-03, Drug discovery today
IF:6.5Q1
DOI:10.1016/j.drudis.2024.103889
PMID:38244672
|
综述 | 综述空间转录组学数据分析方法的最新进展与未来展望 | 系统总结了基于深度学习模型在空间转录组数据处理中的最新应用,并指出了提升生物学相关性的持续需求 | 未提供具体实验验证或量化比较不同方法的性能 | 探讨空间转录组学数据分析技术的现状及未来在生物医学中的应用前景 | 空间转录组数据及相关分析方法和数据库 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 深度学习 | 图像、转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 587 | 2026-05-25 |
Tissue nanotransfection causes tumor regression by its effect on nanovesicle cargo that alters microenvironmental macrophage state
2023-05-03, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2022.11.003
PMID:36380587
|
研究论文 | 本研究首次通过纳米级荧光可视化,揭示肿瘤来源携带miR-126的细胞外囊泡如何改变肿瘤相关巨噬细胞状态,促进肿瘤形成,并通过组织纳米转染技术实现肿瘤消退 | 首次实现肿瘤来源细胞外囊泡及其miR-126 cargo的纳米级荧光可视化,并阐明其通过诱导肿瘤相关巨噬细胞向血管生成状态转变来促进肿瘤形成的新机制,同时利用局部组织纳米转染技术有效靶向该过程 | 研究基于小鼠血管肿瘤模型,结论向人类肿瘤的转化尚需验证;未明确组织纳米转染技术应用于深层肿瘤的可行性 | 探究肿瘤来源细胞外囊泡携带的miR-126如何通过改变肿瘤微环境中的巨噬细胞状态来促进肿瘤形成,并评估局部组织纳米转染技术作为治疗手段的效果 | 小鼠致死性血管肿瘤模型中的肿瘤细胞、肿瘤相关巨噬细胞及肿瘤来源细胞外囊泡 | 数字病理学 | 肿瘤(血管肿瘤) | NA | NA | 图像(纳米级荧光可视化)、测序数据(单细胞RNA-seq) | 小鼠模型,未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 588 | 2026-05-25 |
Improving cellular phylogenies through the integrated use of mutation order and optimality principles
2023, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.07.018
PMID:37602230
|
研究论文 | 开发了一种整合突变顺序和最优性原则的计算方法,用于从单细胞测序数据中推断细胞系统发育关系 | 首次将标准系统发育最优性原则与序列变异共现模式整合应用于单细胞测序数据,生成更准确且更完整的细胞系统发育树 | 未提及具体局限性 | 提高单细胞测序数据的系统发育推断准确性,用于肿瘤演化研究 | 单细胞测序数据中的体细胞变异及CRISPR/Cas9基因编辑数据集 | 机器学习 | 肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 序列数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 589 | 2026-05-25 |
Processing single-cell RNA-seq data for dimension reduction-based analyses using open-source tools
2021-06-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100450
PMID:33982010
|
研究论文 | 演示使用开源软件构建模块化单细胞RNA测序数据分析流程 | 提供模块化、灵活的开源数据分析流程,克服商业平台的固定性限制 | 未提及通用解决方案区分信息性或非信息性包裹细胞材料,流程灵活性优先但无特定创新方法 | 构建并展示单细胞RNA测序数据的完整分析流程 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | RNA-seq | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 590 | 2026-05-25 |
Cell population analysis of the adult murine subependymal neurogenic lineage by flow cytometry
2021-06-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100425
PMID:33899012
|
protocol | 本文提供了一个基于流式细胞术的协议,用于成体小鼠室管膜下神经源性谱系的细胞群体分析 | 无需报告小鼠即可将成体啮齿类动物室膜下区神经源性谱系的所有细胞分类和分离为不同细胞群体,包括三个具有与单细胞转录组学一致的分子特征的神经干细胞组分 | NA | 提供一种基于流式细胞术的分类和分离方法,用于研究成体神经干细胞群体的循环异质性和静止-激活转换 | 成体小鼠室膜下区神经源性谱系细胞,包括三个神经干细胞组分 | machine learning | NA | 流式细胞术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 591 | 2026-05-25 |
Spatial transcriptomics of the nematode Caenorhabditis elegans using RNA tomography
2021-06-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100411
PMID:33870220
|
protocol | 本文介绍了一种结合mRNA测序与冷冻切片技术的RNA断层扫描方法,用于在秀丽隐杆线虫中生成近乎细胞分辨率的前后轴基因表达图谱 | 将该技术适配到线虫模型,并提供了两种实验方案:一种最大化灵敏度,另一种适用于部分自动化以节省时间 | 未明确说明局限性信息 | 提供详细的RNA tomography实验协议,用于线虫空间转录组分析 | 秀丽隐杆线虫(Caenorhabditis elegans) | NA | NA | RNA tomography (tomo-seq), mRNA sequencing, cryo-sectioning | NA | gene expression data | NA | NA | spatial transcriptomics | NA | NA |
| 592 | 2026-05-25 |
Single-cell RNA sequencing of human liver reveals hepatic stellate cell heterogeneity
2021-Jun, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2021.100278
PMID:34027339
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示人类肝脏中肝星状细胞的异质性 | 首次在人类肝脏中描绘出肝星状细胞存在两种具有独特基因表达特征和不同小叶内定位的亚群 | 未提及具体局限性 | 利用单细胞RNA测序揭示人类肝细胞尤其是肝细胞和肝星状细胞的异质性 | 新鲜分离的人类肝脏细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 约25,000个新鲜分离的人类肝脏细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 使用基于液滴的RNA测序技术 |
| 593 | 2026-05-25 |
TCF7 is not essential for glucose homeostasis in mice
2021-06, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2021.101213
PMID:33741532
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研究论文 | 在小鼠中研究转录因子7在肝细胞和胰岛β细胞中对葡萄糖稳态的代谢重要性 | 通过条件性基因敲除和单细胞RNA-seq分析,首次明确TCF7主要在胰岛免疫细胞中表达,而非β细胞,且对葡萄糖稳态并非必需 | 主要基于小鼠模型,结论可能不完全适用于人类;未涉及TCF7在胰腺发育或其他代谢条件下的潜在作用 | 探讨TCF7在肝细胞和胰岛β细胞中对葡萄糖稳态的相对代谢重要性 | 成年小鼠 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA-seq, 腺病毒Cre重组, 基因敲除 | NA | 基因表达数据, 组织学数据 | 包括野生型小鼠、Tcf7β细胞特异性敲除小鼠、全身Tcf7敲除小鼠和免疫缺陷Rag2-/-Il2rg-/-小鼠的数量未明确指定 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 594 | 2026-05-25 |
Induced lineage promiscuity undermines the efficiency of all-trans-retinoid-acid-induced differentiation of acute myeloid leukemia
2021-May-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.102410
PMID:33997692
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析,比较急性髓系白血病两种细胞类型在ATRA处理下的分化轨迹,揭示谱系混杂机制 | 首次利用单细胞转录组揭示非APL型AML对ATRA分化的耐药机制——分化不完整且伴随淋巴和髓系基因程序共诱导的谱系混杂 | 仅比对NB4和HL60两种细胞系,未涵盖更多AML亚型,缺乏体内模型验证 | 阐明非APL型AML对全反式维甲酸分化诱导耐受的细胞类型特异性机制 | NB4细胞(APL/AML-M3)和HL60细胞(AML-M2) | 机器学习 | 急性髓系白血病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 两种人白血病细胞系(NB4和HL60) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 595 | 2026-05-25 |
Development of an optimal protocol for molecular profiling of tumor cells in pleural effusions at single-cell level
2021-May, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.14821
PMID:33484069
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研究论文 | 开发一种用于胸水内肿瘤细胞单细胞水平分子谱分析的最优方案 | 通过阴性选择与微流体介电泳阵列富集浮游肿瘤细胞,并结合全基因组扩增与精确单细胞突变检测器消除扩增错误,实现了高精度体细胞突变检测 | 未明确提到局限性,但可能涉及样本量小或WGA相关错误的完全消除仍有挑战 | 开发优化方案实现胸水内浮游肿瘤细胞的单细胞测序,作为临床实验室检测方法 | 从胸水样本中分离的浮游肿瘤细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞测序、全基因组扩增、下一代测序 | NA | 单细胞基因组数据 | 两个病例(Case 1和Case 2),涉及19个和20个单细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 使用磁性活化细胞分选系统进行负选,微流体介电泳阵列进行正选 |
| 596 | 2026-05-25 |
Single-cell RNA-seq reveals dynamic change in tumor microenvironment during pancreatic ductal adenocarcinoma malignant progression
2021-Apr, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2021.103315
PMID:33819739
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序揭示胰腺导管腺癌恶性进展过程中肿瘤微环境的动态变化 | 发现了一种新的癌症相关成纤维细胞亚型——补体分泌型CAFs,并鉴定出多种新的肿瘤浸润免疫细胞标志基因 | 样本量有限,且仅基于11个样本进行分析,可能无法完全代表肿瘤微环境的全部异质性 | 探究胰腺导管腺癌恶性进展过程中肿瘤微环境组分的动态变化 | 胰腺导管腺癌患者的肿瘤组织样本 | 机器学习和数字病理学 | 胰腺导管腺癌 | 单细胞RNA测序 | 加权基因共表达网络分析 | 单细胞转录组数据 | 11个样本(4例PDAC I期、4例PDAC II期、3例PDAC III期) | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 597 | 2026-05-25 |
Single-cell transcriptomics reveal the intratumoral landscape of infiltrated T-cell subpopulations in oral squamous cell carcinoma
2021-04, Molecular oncology
IF:5.0Q1
DOI:10.1002/1878-0261.12910
PMID:33513276
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研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示口腔鳞状细胞癌中浸润T细胞亚群的肿瘤内景观 | 首次系统描绘口腔鳞状细胞癌中14个T细胞亚群及其发育轨迹,发现TOX是T细胞功能障碍的关键调节因子,并揭示PRDM1通过结合TOX启动子基序调控其表达 | 样本量较小(仅3例患者),需更多样本验证;体外实验模型可能无法完全模拟体内微环境 | 解析口腔鳞状细胞癌肿瘤浸润T细胞的亚群组成、功能状态及分子调控机制 | 口腔鳞状细胞癌患者的肿瘤组织和配对癌旁正常组织中的T细胞 | 单细胞转录组学 | 口腔鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 3例口腔鳞状细胞癌患者的11866个单T细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 598 | 2026-05-25 |
Characteristics of B lymphocyte infiltration in HPV+ head and neck squamous cell carcinoma
2021-Apr, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.14834
PMID:33529452
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研究论文 | 探讨HPV阳性头颈部鳞状细胞癌中B淋巴细胞浸润的特征及其与预后的关系 | 首次通过单细胞测序分析HPV阳性HNSCC中B淋巴细胞亚群的趋化因子,并揭示CD4 T淋巴细胞通过CXCL13/CXCR5轴影响B淋巴细胞及其亚群 | 样本人群主要来自公共数据库,且免疫组化和免疫荧光样本量较小 | 检测HPV相关HNSCC中B淋巴细胞亚群的浸润情况及其与预后的相关性 | HPV阳性与阴性头颈部鳞状细胞癌患者 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 转录组分析、免疫组化、免疫荧光、单细胞测序 | NA | 基因表达数据、组织切片图像 | 124例HPV阳性及513例HPV阴性HNSCC样本(来自GEO和TCGA数据库);7例HPV阳性和13例HPV阴性HNSCC组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 599 | 2026-05-25 |
Chromosome 8 gain is associated with high-grade transformation in MPNST
2021-03-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.146351
PMID:33591953
|
研究论文 | 通过患者来源的异种移植物模型研究恶性外周神经鞘瘤中8号染色体获得与高级别转化的关联 | 首次在MPNST中鉴定出8号染色体获得是复发性基因组事件,并通过PDX、FISH和单细胞测序进行验证,发现其与软组织肉瘤的较差总生存率相关 | 未明确说明研究的局限性 | 理解MPNST的基因组异质性并建立包含该异质性的临床前模型 | NF1相关恶性外周神经鞘瘤及其患者来源的异种移植物 | 基因组学 | 神经纤维瘤病1型相关恶性外周神经鞘瘤 | 拷贝数分析、全外显子组测序、RNA测序、FISH、单细胞测序 | NA | 基因组数据、RNA测序数据 | 未明确说明样本数量 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 600 | 2026-05-25 |
Tristetraprolin expression by keratinocytes protects against skin carcinogenesis
2021-03-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.140669
PMID:33497366
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研究论文 | 本研究揭示了角质形成细胞中三脯氨酸锌指蛋白(TTP)的表达对皮肤癌发生的保护作用 | 首次通过调控过表达和条件性敲除模型,证明TTP在皮肤化学致癌过程中是关键调控因子,并识别出Areg为TTP在角质形成细胞中的直接靶点 | 未提及具体局限性 | 探究TTP在皮肤肿瘤发生中的调控作用及机制 | 小鼠皮肤角质形成细胞及人类恶性角质形成细胞 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |