单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
581	2025-06-10	Targeting CD39 boosts PD-1 blockade antitumor therapeutic efficacy via strengthening CD8 + TILs function and recruiting B cells in cervical cancer 2025-Jun-03, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03500-0 PMID:40462160	research paper	该研究探讨了靶向CD39如何通过增强CD8+TILs功能和招募B细胞来提高PD-1阻断在宫颈癌中的抗肿瘤疗效	发现CD39在耗竭的CD8+T细胞中高表达，并验证了CD39抑制不仅能增强CD8+TILs的细胞毒性，还能通过增加CXCL13分泌促进B细胞浸润，从而放大PD-1阻断的抗肿瘤免疫	样本量较小（仅10名宫颈癌患者），且研究主要基于体外实验和皮下肿瘤模型，未涉及临床试验	寻找增强免疫检查点阻断（ICBs）对宫颈癌患者疗效的新型联合治疗策略	宫颈癌患者和皮下肿瘤模型	肿瘤免疫治疗	宫颈癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据和临床数据	10名宫颈癌患者及TCGA数据库中的队列
582	2025-06-10	PSMB10 maintains the stemness of chemotherapeutic drug-resistant leukemia cells by inhibiting senescence and cytotoxic T lymphocyte-mediated killing in a ubiquitinated degradation manner 2025-Jun-03, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03420-9 PMID:40462177	研究论文	本文研究了PSMB10在化疗耐药白血病细胞中通过抑制衰老和细胞毒性T淋巴细胞介导的杀伤作用来维持其干性的机制	首次揭示了PSMB10通过泛素化降解方式调控耐药白血病干细胞的干性维持，并提出了PSMB10作为消除耐药白血病干细胞的新靶点	研究主要基于体外实验和动物模型，临床转化应用仍需进一步验证	探索耐药白血病干细胞通过衰老和免疫调控维持干性的分子机制	急性髓系白血病(AML)患者样本、人AML异种移植模型和PSMB10敲除同源小鼠骨髓移植模型	肿瘤生物学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序、RT-qPCR、流式细胞术、免疫共沉淀、荧光素酶报告基因检测、多核糖体分析、定量蛋白质组学等	NA	基因表达数据、蛋白质数据、细胞功能数据	AML患者临床样本、人AML细胞系和小鼠模型
583	2025-06-10	A resource for whole-body gene expression map of human tissues based on integration of single cell and bulk transcriptomics 2025-Jun-03, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03616-4 PMID:40462185	研究论文	本文通过整合单细胞和批量转录组学数据，提供了人体各主要组织和器官中蛋白质编码基因的全基因组表达图谱	结合单细胞和批量转录组学数据，首次实现了对人体各主要组织和器官中蛋白质编码基因的全基因组表达图谱的扩展分析	研究仅关注了蛋白质编码基因，未涉及非编码RNA等其他基因类型	构建人体各组织和器官的全基因组基因表达图谱	人体31种主要组织和器官	基因组学	NA	单细胞转录组学、批量转录组学、抗体标记分析	NA	转录组数据	31种人体组织
584	2025-06-10	Transcriptional landscape of aniridia-associated keratopathy through single-cell RNA sequencing 2025-Jun-03, The ocular surface DOI:10.1016/j.jtos.2025.05.008 PMID:40473205	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示无虹膜相关角膜病变的转录组景观	首次使用单细胞RNA测序技术分析无虹膜相关角膜病变患者的角膜上皮细胞基因表达谱	研究仅基于一个病例样本，结果可能不具有普遍性	阐明无虹膜相关角膜病变的分子机制	先天性无虹膜患者的角膜上皮细胞	数字病理学	角膜病变	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	1例48岁女性先天性无虹膜患者的角膜上皮组织
585	2025-06-10	Tumor-associated Schwann cells promote salivary adenoid cystic carcinoma stem-like reprogramming via IGF2/IGF1R induced histone H3 lysine 18 lactylation 2025-Jun-02, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217847 PMID:40466903	研究论文	研究探讨了唾液腺腺样囊性癌（SACC）中肿瘤相关雪旺细胞（TA-SCs）通过IGF2/IGF1R诱导的组蛋白H3赖氨酸18乳酸化促进肿瘤干细胞样重编程的机制	揭示了TA-SCs通过IGF2/IGF1R-H3K18la轴促进SACC进展和干细胞样重编程的新机制，并提出了潜在的治疗靶点	未明确TA-SCs重编程的具体分子机制是否适用于其他类型的癌症	探究TA-SCs在SACC进展和干细胞样重编程中的作用及分子机制	唾液腺腺样囊性癌（SACC）及其肿瘤微环境中的雪旺细胞（SCs）	肿瘤生物学	唾液腺腺样囊性癌	组织透明化三维成像、单细胞RNA测序	NA	图像数据、转录组数据	NA
586	2025-06-10	Targeting the Epigenetic Regulator CBX5 Promotes Fibroblast Metabolic Reprogramming and Inhibits Lung Fibrosis 2025-Jun, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2024-0255OC PMID:39642371	research paper	该研究揭示了表观遗传调节因子CBX5在肺纤维化中的作用，通过调控成纤维细胞的代谢重编程影响纤维化进程	首次发现CBX5在肺纤维化中作为连接表观遗传改变与代谢异常的关键调节因子，并证明其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未进行临床试验验证	探究CBX5在肺纤维化发病机制中的作用及其作为治疗靶点的可能性	肺成纤维细胞和特发性肺纤维化(IPF)组织	分子病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序、免疫组织化学分析、RNA测序分析	NA	基因表达数据、组织样本	IPF患者肺组织样本和体外培养的成纤维细胞
587	2025-06-10	Exploring the Molecular Mechanisms of Fisetin in Treating Periodontitis Through Multiomics and Network Pharmacology 2025-Jun, International dental journal IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.identj.2024.12.012 PMID:39755534	research paper	本研究通过网络药理学分析确定了非瑟酮治疗牙周炎的分子靶点，并在动物模型和体外实验中验证了其治疗效果，同时利用单细胞和空间转录组学技术鉴定了牙周炎中的关键细胞群及其空间分布	首次结合网络药理学、动物模型、体外实验以及单细胞和空间转录组学技术，全面探索非瑟酮治疗牙周炎的分子机制	研究尚未在临床环境中验证非瑟酮的疗效	探索非瑟酮治疗牙周炎的分子机制及其潜在治疗效果	牙周炎动物模型和人牙周膜成纤维细胞(PDLFs)	分子生物学与药理学	牙周炎	网络药理学分析、单细胞转录组学、空间转录组学	动物模型	转录组数据	NA
588	2025-06-10	Genomic determinants of antigen expression hierarchy in African trypanosomes 2025-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08720-w PMID:40074895	研究论文	本文报道了一种高灵敏度的单细胞RNA测序方法，用于研究非洲锥虫抗原表达层次的基因组决定因素	开发了一种高灵敏度的单细胞RNA测序方法，揭示了抗原转换过程中单个细胞内发生的基因组重排	研究仅针对模型原生动物寄生虫Trypanosoma brucei，结果可能不适用于其他病原体	揭示非洲锥虫抗原表达层次的基因组决定因素	Trypanosoma brucei寄生虫	基因组学	寄生虫病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	单个细胞水平的研究
589	2025-06-10	Characterizing resistant cellular states in nasopharyngeal carcinoma during EBV lytic induction 2025-Jun, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03341-z PMID:40133476	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了鼻咽癌细胞在EBV裂解诱导下的不同反应状态，特别是发现了一种与癌症干细胞相似的抗诱导细胞状态	首次在单细胞水平上鉴定了EBV裂解诱导不敏感的细胞状态，并发现SOX2和NTRK2在这一状态中的关键作用	研究仅使用了NPC43细胞系，未在更多临床样本或体内模型中验证	探究鼻咽癌细胞对EBV裂解诱导疗法的不同反应机制	EBV阳性的鼻咽癌细胞系NPC43	肿瘤生物学	鼻咽癌	单细胞转录组学	体外细胞模型	基因表达数据	NPC43细胞系
590	2025-06-10	sEV-mediated intercellular transformation from MGAT4AHigh to MGAT4ALow tumor cells via the HOTAIRM1/miR-196b-5p axis promotes apoptosis resistance in CTCL 2025-Jun, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03356-6 PMID:40155530	研究论文	该研究揭示了sEV介导的MGAT4A高表达与低表达肿瘤细胞间通过HOTAIRM1/miR-196b-5p轴促进CTCL中凋亡抗性的机制	首次发现HOTAIRM1/miR-196b-5p/MGAT4A轴在CTCL中的调控作用，并开发了工程化sEVs用于靶向治疗	研究主要基于体外和动物模型，临床转化效果需进一步验证	探究CTCL中凋亡抗性的分子机制并开发靶向治疗策略	皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL)细胞和良性CD4+T细胞	肿瘤生物学	皮肤T细胞淋巴瘤	全转录组测序、scRNA-Seq	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
591	2025-06-10	Mitochondrial genetic landscape and its correlation with immune cell infiltration in preeclampsia: Insights from bioinformatics 2025-Jun, Journal of reproductive immunology IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.jri.2025.104527 PMID:40203595	研究论文	通过生物信息学方法研究线粒体相关基因与子痫前期（PE）的关联及其与免疫细胞浸润的相关性	识别了五个关键线粒体相关基因（MOCS1、CYP11A1、GATM、SFXN3和BCL2L11），并发现它们与PE的诊断准确性及免疫细胞浸润相关，其中CYP11A1可能是HELLP综合征的潜在生物标志物	研究依赖于公开的基因表达数据集，可能受限于样本量和数据质量	探索线粒体相关基因在子痫前期中的作用及其调控机制	子痫前期（PE）患者及其胎盘组织	生物信息学	子痫前期	LASSO回归分析、基因集富集分析（GSEA）、单细胞测序分析、免疫荧光染色	LASSO回归	基因表达数据	多个GEO数据集（GSE114691、GSE190971、GSE75010、GSE25906）
592	2025-05-10	Insights and perspectives on the role of APOC1 inhibition in modulating immunotherapy outcomes in HCC: Commentary on Inhibition of APOC1 promotes the transformation of M2 into M1 macrophages via the ferroptosis pathway and enhances anti-PD1 immunotherapy in hepatocellular carcinoma based on single-cell RNA sequencing 2025-Jun, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2025.103564 PMID:40339430	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
593	2025-06-10	Spatial Transcriptomics Shows a Distinctive Tumour Microenvironment in the Invasive Versus Premalignant Portion of Early Cutaneous Squamous Cell Carcinoma 2025-Jun, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.70125 PMID:40462294	研究论文	通过空间转录组学技术研究早期皮肤鳞状细胞癌（SCC）侵袭部分与前恶性部分的肿瘤微环境差异	首次使用NanoString GeoMx Digital Spatial Profiler（DSP）技术对早期皮肤SCC的侵袭和前恶性部分的基因表达模式进行空间转录组学比较	样本量较小（17例患者），且为回顾性研究	探究皮肤SCC从前期病变（AK）向恶性转变过程中肿瘤微环境的基因表达变化	早期皮肤SCC组织样本中的肿瘤细胞、免疫细胞和成纤维细胞	数字病理学	皮肤癌	空间转录组学（NanoString GeoMx DSP）	NA	基因表达数据	17例早期皮肤SCC患者的组织样本
594	2025-06-10	DDR2-mediated autophagy inhibition contributes to angiotensin II-induced adventitial remodeling 2025-Jun, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70361 PMID:40468620	研究论文	研究DDR2在血管紧张素II诱导的外膜重塑中通过抑制自噬促进成纤维细胞表型转换的作用	揭示了DDR2通过PI3K/Akt/mTOR通路抑制自噬，进而促进成纤维细胞表型转换和外膜重塑的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	探究DDR2在血管紧张素II诱导的外膜重塑中的作用机制	血管外膜成纤维细胞(AFs)	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	野生型小鼠(具体数量未明确说明)
595	2025-06-10	Cardiac Fibroblasts regulate myocardium and coronary vasculature development via the collagen signaling pathway 2025-May-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.11.612512 PMID:39314489	研究论文	本研究通过RNA染色和单细胞mRNA测序技术，揭示了心脏成纤维细胞通过胶原信号通路调控心肌和冠状血管发育的机制	首次系统性地揭示了心脏成纤维细胞通过胶原信号通路调控心肌细胞和血管内皮细胞发育的分子机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类心脏发育中进行验证	探究心脏成纤维细胞在心肌和冠状血管发育中的作用机制	心脏成纤维细胞、心肌细胞和血管内皮细胞	发育生物学	心血管疾病	RNA染色、单细胞mRNA测序(scRNA-seq)、Pdgfra-CreER控制的DTA系统	NA	基因表达数据	不同发育阶段的小鼠心脏组织
596	2025-06-10	Longitudinal scRNA-seq of retinal organoids derived from Stargardt disease patient with ABCA4 mutation 2025-May-27, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-05079-5 PMID:40425564	研究论文	本研究通过从携带ABCA4基因突变的Stargardt病患者诱导多能干细胞(iPSCs)生成视网膜类器官，并进行单细胞RNA测序(scRNA-seq)，以研究Stargardt病的发病机制	使用患者来源的iPSCs生成视网膜类器官，并进行纵向scRNA-seq分析，为研究Stargardt病提供了新的模型和数据集	研究仅针对中国STGD患者中最常见的ABCA4变异，可能无法涵盖所有突变类型	研究Stargardt病(ABCA4基因突变相关)的发病机制和视网膜发育过程	从患者iPSCs生成的视网膜类器官	遗传病研究	Stargardt病(遗传性视网膜变性)	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 诱导多能干细胞(iPSCs)技术	视网膜类器官模型	单细胞转录组数据	多个发育阶段(40, 90, 150, 200和260天)的视网膜类器官样本
597	2025-06-10	Selective GSK3α Inhibition Promotes Self-Renewal Across Different Stem Cell States 2025-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.16.653860 PMID:40463072	研究论文	本文研究了选择性抑制GSK3α如何通过BRD0705促进不同类型干细胞（包括小鼠胚胎干细胞、外胚层干细胞和神经干细胞）的长期自我更新	发现选择性抑制GSK3α（而非泛GSK3α/β抑制）能独立于β-catenin信号通路促进干细胞的自我更新，并开发了一种BRD0705/IWR1混合培养系统，可稳定共培养多种多能干细胞状态	研究主要基于小鼠干细胞模型，尚未在人类干细胞中验证	探索GSK3α选择性抑制对干细胞自我更新的调控机制	小鼠胚胎干细胞（ESCs）、外胚层干细胞（EpiSCs）和神经干细胞（NSCs）	干细胞生物学	NA	单细胞转录组学、表观基因组分析、功能实验	NA	转录组数据、表观基因组数据	多种小鼠干细胞系
598	2025-06-10	Single-cell meta-analysis of T cells reveals clonal dynamics of response to checkpoint immunotherapy 2025-May-14, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100842 PMID:40187353	research paper	通过单细胞元分析揭示T细胞克隆在免疫检查点抑制剂治疗中的动态变化及其与临床结果的关联	发现了基于扩增的CD8克隆的响应特征，能够区分响应者与非响应者，并揭示了克隆转录状态与患者响应之间的差异	研究仅涉及6种癌症类型，样本量虽大但可能不足以覆盖所有癌症类型的T细胞克隆动态	探究T细胞克隆在免疫检查点抑制剂治疗中的动态变化及其与临床结果的关联	767,606个T细胞，来自460个样本，涵盖6种癌症类型	digital pathology	cancer	single-cell RNA sequencing, T cell receptor sequencing	NA	RNA-seq data	767,606个T细胞，460个样本，6种癌症类型
599	2025-06-10	Enhanced interpretation of immune cell phenotype and function through a rhesus macaque single-cell atlas 2025-May-14, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100849 PMID:40233746	research paper	该研究通过构建首个以免疫为重点的猕猴单细胞多组织图谱（RIRA），对比转录谱与免疫谱系，揭示了单细胞RNA测序在免疫细胞分类中的优势和局限性	首次构建猕猴免疫参考图谱（RIRA），并识别了具有高判别/诊断价值的基因程序，包括模拟T/NK细胞成熟的多基因特征	无监督聚类在功能不同的T细胞和NK细胞亚群中可能导致系统性混合，许多功能不同的亚群缺乏明确的标记基因	准确解读单细胞RNA测序数据，理解其与免疫细胞功能和谱系定义的差异和限制	猕猴免疫细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	多组织猕猴样本（具体数量未提及）
600	2025-06-10	Atlas-scale metabolic activities inferred from single-cell and spatial transcriptomics 2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.09.653038 PMID:40463045	research paper	提出了一种名为scCellFie的计算框架，用于从人和小鼠的转录组数据中推断单细胞和空间分辨率的代谢活动	开发了scCellFie框架，能够从转录组数据中推断代谢活动，填补了直接测量单细胞和空间分辨率代谢活动的技术空白	依赖于转录组数据推断代谢活动，可能无法完全反映实际的代谢状态	开发一种计算工具，用于从转录组数据中推断代谢活动，以研究细胞功能和通讯	人和小鼠的细胞	computational biology	endometriosis, endometrial carcinoma	single-cell transcriptomics, spatial transcriptomics	scCellFie	transcriptomic data	约3000万个细胞图谱