单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
581	2025-06-07	Transcriptional analysis of metastatic hormone-naïve prostate cancer primary tumor biopsies reveals a relevant role for SOX11 in prostate cancer cell dissemination 2025-Jun-03, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03623-5 PMID:40462200	research paper	该研究首次对转移性激素初治前列腺癌（mHNPC）的原发肿瘤样本进行了广泛的转录组学表征，揭示了SOX11在触发异型通讯中的核心作用	首次提供了mHNPC的广泛转录组学特征，并发现了SOX11在转移性特性获得中的关键作用	研究主要基于转录组学数据，可能未涵盖所有分子机制	深入理解mHNPC的分子特征及其对患者管理的影响	转移性激素初治前列腺癌（mHNPC）的原发肿瘤样本	digital pathology	prostate cancer	bulk and single-cell RNA-seq	NA	RNA-seq data	未明确提及具体样本数量
582	2025-06-07	Colorectal Liver Metastasis Pathomics Model (CLMPM): Integrating Single cell and Spatial Transcriptome Analysis with Pathomics for Predicting Liver Metastasis in Colorectal Cancer 2025-Jun-03, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2025.100805 PMID:40473111	研究论文	该研究整合单细胞和空间转录组分析与病理组学，开发了一个预测结直肠癌肝转移风险的深度学习模型CLMPM	通过整合单细胞RNA测序和空间转录组分析，识别了肝转移触发恶性细胞（LMTMCs），并开发了基于ResNet18架构的深度学习模型CLMPM	模型在外部验证集SWMU-ATCMH中的AUC为0.72，性能有所下降	提高结直肠癌肝转移风险的识别和预测	结直肠癌患者	数字病理学	结直肠癌	scRNA-seq, ST, 多组学细胞通讯分析, OCLR算法	ResNet18	全切片图像（WSIs）, bulk RNA-seq数据	TCGA-CRC组织学图像内部测试集，以及外部独立验证集SWMU-AH和SWMU-ATCMH队列
583	2025-06-07	Multi-omics characterization of oncosis in spinal cord injury 2025-Jun-02, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106982 PMID:40467009	研究论文	本研究通过多组学方法表征脊髓损伤中的肿胀性坏死（oncosis）过程，揭示了相关基因的表达动态和细胞定位	首次提供了脊髓损伤后肿胀性坏死基因调控的时空图谱，并确定了潜在的治疗靶点	研究主要基于大鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	阐明肿胀性坏死在脊髓损伤中的作用机制	脊髓损伤后的肿胀性坏死相关基因	多组学分析	脊髓损伤	bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, qRT-PCR, 免疫荧光, TEM	大鼠脊髓损伤模型	RNA测序数据, 显微镜图像	五个不同时间点的脊髓损伤样本
584	2025-06-07	Emerging technologies of single-cell multi-omics 2025-Jun-01, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2022.282557 PMID:39911109	review	本文概述了单细胞多组学技术的原理、历史发展及不断扩展的工具集，旨在帮助研究者选择最适合其研究需求的平台	强调了单细胞多组学技术在揭示遗传克隆性和转录异质性方面的创新应用	未具体提及技术的局限性，但暗示了技术选择的复杂性	概述单细胞多组学技术的原理和发展，指导研究者选择合适的技术平台	造血系统的正常和恶性细胞	分子生物学	NA	单细胞多组学技术	NA	单细胞测序数据	NA
585	2025-06-07	scDMSC: Deep Multi-View Subspace Clustering for Single-Cell Multi-Omics Data 2025-Jun, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3532784 PMID:40031269	研究论文	提出了一种基于深度多视图子空间学习的无监督聚类算法scDMSC，用于单细胞多组学数据的聚类分析	通过加权重构协调组学数据的异质性，并利用深度子空间学习识别共享的潜在特征，阐明组学间的相关性	NA	解决单细胞多组学数据的高维度、稀疏性和异质性带来的聚类分析挑战	单细胞多组学数据	生物信息学	NA	单细胞多组学测序技术	深度多视图子空间学习	单细胞多组学数据	多个真实和模拟数据集
586	2025-06-07	Consensus nonnegative matrix factorization reveals metastatic gene expression program and identifies E74-like ETS transcription factor 3 confers to the lymph nodes metastasis in papillary thyroid cancer 2025-Jun, Endocrine IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s12020-025-04205-y PMID:40048012	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，利用共识非负矩阵分解方法识别甲状腺乳头状癌中的基因表达程序，并发现ELF3基因在淋巴结转移中的关键作用	使用共识非负矩阵分解(cNMF)方法识别与淋巴结转移相关的基因表达程序，并发现ELF3作为驱动肿瘤侵袭和血管生成的关键基因	研究主要基于转录组数据，未涉及蛋白质水平验证	探索甲状腺乳头状癌的转录异质性及其与淋巴结转移的关系	甲状腺乳头状癌(PTC)的恶性细胞	生物信息学	甲状腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(bulk RNA-seq)	共识非负矩阵分解(cNMF), 机器学习框架	RNA测序数据	未明确说明样本数量
587	2025-06-07	Molecular Mechanisms of Intervertebral Disc Degeneration: Significance of SPARC Gene Expression 2025-Jun-01, Journal of musculoskeletal & neuronal interactions IF:1.7Q4 PMID:40452200	研究论文	探讨SPARC基因在椎间盘退变中的作用，结合生物信息学分析和体外实验	发现SPARC基因在退变的髓核细胞中显著上调，并与COL2A1和ACAN表达变化相关	未提及样本量大小或实验设计的潜在局限性	探索椎间盘退变的分子机制，特别是SPARC基因的作用	椎间盘退变（IDD）中的髓核细胞	生物信息学	椎间盘退变	单细胞测序、RT-qPCR、Western blot、免疫荧光、免疫组化	NA	基因表达数据	NA
588	2025-06-07	CXCL10highTNFαhighKi67+ Microglia Recruit and Activate CD8+ T Cells in the Brainstem During Experimental Cerebral Malaria 2025-Jun, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70425 PMID:40457525	研究论文	本研究探讨了实验性脑疟疾(ECM)中小胶质细胞的异质性及其在招募和激活CD8+ T细胞中的作用	发现了一种独特的ECM相关小胶质细胞亚型CXCL10highTNFαhighKi67+，并揭示了其通过持续相互作用介导CD8+ T细胞招募和持续激活的机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究小胶质细胞在实验性脑疟疾神经炎症发病机制中的作用	C57BL/6J小鼠、小胶质细胞、CD8+ T细胞	神经免疫学	脑疟疾	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫荧光染色、电子显微镜、transwell实验、粘附实验、细胞毒性测试	小鼠脑疟疾模型	基因表达数据、显微镜图像	未明确说明小鼠数量，但使用了单细胞RNA测序等技术
589	2025-06-07	Single-cell and spatial transcriptome profiling identifies cellular heterogeneity and immunosuppressive tumor microenvironment in inflammatory breast cancer 2025-Jun-01, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.05.061 PMID:40460936	研究论文	通过单细胞和空间转录组分析，揭示了炎症性乳腺癌（IBC）的细胞异质性和免疫抑制性肿瘤微环境	首次在单细胞和空间水平上分析IBC的免疫细胞群和信号通路，并发现CXCL13的表达与患者预后相关，同时筛选出具有免疫调节潜力的天然产物	研究样本量未明确说明，且体外和体内实验的转化效果需进一步验证	探究IBC的病理和分子基础，开发精准医疗策略	炎症性乳腺癌（IBC）和非IBC样本	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq, qRT-PCR, 荧光染色, NanoString GeoMx Digital Spatial Profiler, 肿瘤-免疫细胞共培养实验	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	NA
590	2025-06-07	Spatial transcriptomics from pancreas and local draining lymph node tissue reveals a lymphotoxin-β signature in human type 1 diabetes 2025-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.19.654940 PMID:40475580	研究论文	本研究利用空间转录组学技术探索了1型糖尿病（T1D）自然病程中胰腺及胰腺引流淋巴结（pLN）的炎症反应	整合空间转录组学与单细胞RNA测序数据，揭示了T1D发病过程中胰腺和pLN的转录变化及潜在的炎症特征	样本来源有限，仅包括非糖尿病患者和高易感性非糖尿病自身抗体阳性个体	研究1型糖尿病发病机制中的炎症反应	胰腺和胰腺引流淋巴结（pLN）组织	空间转录组学	1型糖尿病	空间转录组学（ST），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	非糖尿病患者和高易感性非糖尿病自身抗体阳性个体的胰腺及pLN样本
591	2025-06-07	A multi-omics resource of B cell activation reveals genetic mechanisms for immune-mediated diseases 2025-May-27, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.05.22.25328104 PMID:40475139	研究论文	本研究提供了一个B细胞激活的多组学资源，揭示了免疫介导疾病的遗传机制	首次全面表征了B细胞在不同激活状态下的基因表达、剪接效应和染色质可及性，并揭示了这些变化与免疫介导疾病遗传风险的关联	研究仅纳入了26名健康女性捐赠者的B细胞，样本量和多样性可能有限	探索B细胞激活状态对免疫介导疾病遗传风险的分子机制	人类B细胞	基因组学	免疫介导疾病	RNA-seq, 单细胞RNA-seq(CITE-seq), ATAC-seq	NA	基因组数据	26名健康女性捐赠者的B细胞
592	2025-06-07	Barcoded monoclonal embryoids are a potential solution to confounding bottlenecks in mosaic organoid screens 2025-May-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.23.655669 PMID:40475436	研究论文	本文探讨了在胚胎体（EBs）中进行CRISPR筛选的方法，并提出了单克隆胚胎体作为解决嵌合体筛选中的瓶颈问题的潜在方案	开发了一种可扩展的单克隆胚胎体协议，通过遗传条形码技术解决了嵌合体筛选中的克隆复杂性降低问题	研究结果在生物学重复中不可重现，表明EB分化过程中存在细胞瓶颈	探索基因组学与发育生物学交叉领域的发现，特别是转录因子在谱系规范中的作用	小鼠胚胎干细胞（mESCs）和胚胎体（EBs）	发育生物学	NA	CRISPR筛选、scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
593	2025-06-07	Evaluating the practical aspects and performance of commercial single-cell RNA sequencing technologies 2025-May-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.19.654974 PMID:40475448	研究论文	本文对商业单细胞RNA测序技术的实用性和性能进行了全面评估	对七种最新可用的单细胞转录组测序试剂盒和两种包含TCR分析的试剂盒进行了标准化比较，提供了性能与实用因素的平衡依据	研究仅基于PBMCs样本，可能不适用于其他细胞类型或组织	评估和比较不同商业单细胞RNA测序技术的性能和实用性	多种供体的标准化PBMCs样本	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多个不同供体的标准化PBMCs样本
594	2025-06-07	Patient-Derived Three-Dimensional Lung Tumor Models to Evaluate Response to Immunotherapy 2025-May-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.19.654890 PMID:40475675	research paper	开发了一种新型患者来源的三维肺肿瘤模型（3D-LTM），用于评估免疫检查点抑制剂（ICI）的快速反应	该模型保持了人类细胞外基质、细胞间相互作用和组织结构的特征，能够重现非小细胞肺癌（NSCLC）患者对免疫治疗的异质性反应	未明确提及具体局限性	评估免疫治疗反应并开发预测NSCLC患者早期反应的生物标志物	非小细胞肺癌（NSCLC）患者	digital pathology	lung cancer	spatial transcriptomics	3D-LTM	gene expression data	未明确提及具体样本数量
595	2025-06-07	A Multimodal Spatial and Epigenomic Atlas of Human Adult Lung Topography 2025-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.23.655666 PMID:40475598	research paper	本文介绍了一个整合的多模态单核人类肺图谱（snHLA），通过分析来自11名健康成年人的746,047个细胞核，绘制了临床相关的远端气道、肺泡和间质的高分辨率参考图谱	整合了snRNA-seq和SNARE-seq2技术，同时分析了同一细胞核的染色质可及性和基因表达，识别了70个分子上不同的细胞群体和332,846个可及染色质区域，提出了新的转录调控因子	研究仅基于11名健康成年人的样本，可能无法完全代表所有人群的肺组织结构	开发高分辨率的肺疾病易感空间参考图谱，以减轻肺疾病的深远影响	人类肺组织的远端气道、肺泡和间质	digital pathology	lung cancer	snRNA-seq, SNARE-seq2, MERFISH, 多重免疫荧光	NA	单核RNA测序数据、空间转录组数据、染色质可及性数据	746,047个细胞核，来自11名健康成年人的49个肺组织块
596	2025-06-07	Exploring the immune environment of glioblastoma through single-cell RNA sequencing in humanized mouse models 2025-May-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.17.654526 PMID:40475625	研究论文	通过在人源化小鼠模型中进行单细胞RNA测序，探索胶质母细胞瘤的免疫环境	建立了一种独特的人源化胶质母细胞瘤小鼠模型，该模型利用患者来源的异种移植（PDXs）在人源化小鼠中，增强了肿瘤多样性并模拟了复发性人类胶质母细胞瘤的免疫细胞特征	研究中使用的免疫缺陷小鼠模型可能无法完全模拟人类免疫系统的复杂性	分析胶质母细胞瘤的肿瘤免疫景观并评估新疗法，特别是免疫疗法	人源化小鼠模型中的胶质母细胞瘤患者来源的异种移植（PDXs）	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、免疫组织化学	人源化小鼠模型	RNA测序数据、图像数据	两种免疫缺陷小鼠模型，使用人脐带血来源的CD34+造血干细胞祖细胞进行人源化
597	2025-06-07	3D organoids containing endothelial and neural cells generation by serial inductions of differentiation on human iPSC-derived embryoid bodies 2025-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.20.653559 PMID:40475416	研究论文	通过在人iPSC衍生的胚胎体上连续诱导分化，生成包含内皮细胞和神经细胞的3D器官样体	开发了一种新型3D器官样体，同时包含神经细胞和内皮细胞，模拟了体内神经和内皮细胞的发育过程	NA	研究人脑发育和神经障碍中内皮细胞与神经细胞的相互作用	人iPSC衍生的胚胎体	数字病理学	神经障碍	scRNA-Seq, RNA-Seq, siRNA处理	3D器官样体模型	基因表达数据	NA
598	2025-06-07	Mapping satellite glial cell heterogeneity reveals distinct spatial organization and signifies functional diversity in the dorsal root ganglion 2025-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.19.654813 PMID:40475507	research paper	该研究首次全面描述了小鼠背根神经节（DRG）中卫星胶质细胞（SGCs）的异质性，并通过单细胞RNA测序、免疫组化和先进成像技术识别、验证并空间定位了不同的SGC亚群	首次在小鼠DRG中识别并空间定位了四种不同的SGC亚群，揭示了它们在感觉处理中的潜在功能多样性	研究主要基于小鼠模型，人类DRG的发现仅为初步观察，需要进一步验证	探索背根神经节中卫星胶质细胞的异质性及其功能意义	小鼠和人类背根神经节中的卫星胶质细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序、免疫组化、杂交和先进成像技术	NA	基因表达数据和图像数据	NA
599	2025-06-07	Oncogenic drivers shape the tumor microenvironment in human gliomas 2025-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.16.654515 PMID:40475555	研究论文	本文通过多组学和空间转录组学分析，研究了人类胶质瘤中致癌驱动因素对肿瘤微环境的影响	揭示了致癌基因扩增方式（线性染色体增益与ecDNA）如何塑造不同的肿瘤结构和转录动态，以及IDH突变型胶质瘤与胶质母细胞瘤在微环境中的差异	样本量相对较小（93个胶质瘤样本），且仅针对特定类型的胶质瘤进行了分析	探讨基因组改变如何影响胶质瘤微环境	人类胶质瘤（IDH突变型胶质瘤和IDH野生型胶质母细胞瘤）	数字病理学	胶质瘤	全基因组测序、染色质构象捕获（Hi-C）、RNA-seq、单细胞空间转录组学（Xenium）	NA	基因组数据、转录组数据、空间转录组数据	93个胶质瘤样本（来自69名患者，包括46个IDH突变型胶质瘤和47个IDH野生型胶质母细胞瘤）
600	2025-06-07	Single-cell transcriptome of retinal myeloid cells in response to transplantation of human neurons reveals reversibility of microglial activation 2025-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.16.654622 PMID:40475635	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，探讨了视网膜髓系细胞在人类神经元移植后的反应，揭示了小胶质细胞激活的可逆性	首次展示了视网膜髓系细胞在移植后的双向激活轨迹，并发现其激活过程与神经退行性疾病中的小胶质细胞激活模式相似	研究仅观察了移植后3天的细胞反应，缺乏长期跟踪数据	探究视网膜髓系细胞在神经元移植后的激活机制及其异质性	视网膜小胶质细胞/巨噬细胞和移植的人类视网膜神经节细胞(RGC)	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 10X Genomics Chromium平台, RNA Velocity分析	NA	单细胞转录组数据, 免疫荧光图像	3-6月龄knock-in小鼠视网膜样本，每个样本最多10,000个活细胞用于测序