单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
581	2025-09-03	SEC61G promotes colorectal cancer progression by regulating cytosolic Ca2+ concentration 2025-Sep, Journal of gastroenterology IF:6.9Q1 DOI:10.1007/s00535-025-02259-3 PMID:40413702	研究论文	本研究揭示SEC61G通过调节胞质钙离子浓度促进结直肠癌进展的机制	首次阐明SEC61G通过钙离子-CaM-EGFR信号轴驱动结直肠癌进展的具体分子通路	机制研究主要基于细胞和动物模型，临床转化价值需进一步验证	探究SEC61G在结直肠癌进展中的功能及分子机制	结直肠癌细胞系、肿瘤组织及患者预后数据	癌症生物学	结直肠癌	生物信息学分析、qPCR、免疫组化、scRNA-seq、ST-seq	NA	基因组数据、转录组数据、空间转录组数据	TCGA数据集及实验验证样本（未明确数量）
582	2025-09-03	Spatial omics technology potentially promotes the progress of tumor immunotherapy 2025-Sep, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03075-5 PMID:40456924	综述	本文综述了空间组学技术在肿瘤免疫治疗中的潜在推动作用及其应用进展	强调空间组学相比单细胞测序在保留空间背景和多模态分析方面的优势，并探讨其在揭示肿瘤微环境异质性和三级淋巴结构中的新应用	NA	促进空间组学技术与其他技术结合，实现癌症精准免疫治疗	肿瘤微环境（TME）、B细胞与T细胞的表型差异、三级淋巴结构	空间组学	肿瘤	空间组学分析	NA	多模态空间数据	NA
583	2025-09-03	Folliculin Deletion in the Mouse Kidney Results in Cystogenesis of the Loops of Henle via Aberrant TFEB Activation 2025-Sep, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2025.05.010 PMID:40499782	研究论文	本研究通过小鼠模型揭示Folliculin基因缺失通过异常激活TFEB导致Henle袢囊肿形成的机制	首次证明Flcn缺失通过TFEB（而非TFE3）异常激活引起全肾单位囊肿形成，尤其在Henle袢最显著	研究基于小鼠模型，人类肾脏疾病可能存在物种差异	探究Folliculin基因在肾单位发育中的功能及其与囊肿形成的关系	基因敲除小鼠的肾脏组织	分子病理学	肾脏囊肿疾病	单细胞RNA测序、基因敲除技术	NA	基因表达数据、组织形态学数据	多种基因敲除小鼠模型（Flcn敲除、Flcn/Tfe3双敲除、Flcn/Tfeb双敲除）
584	2025-09-03	Using proteomics and single-cell sequencing to analyze the pathogenesis of recurrent implantation failure associated with uterine natural killer cells 2025-Sep, Archives of gynecology and obstetrics IF:2.1Q2 DOI:10.1007/s00404-025-08074-8 PMID:40514455	研究论文	本研究结合蛋白质组学和单细胞测序技术，分析子宫自然杀伤细胞在复发性种植失败中的作用机制	首次整合蛋白质组学与单细胞测序数据，鉴定出AMPD3、H6PD和PAK2三个关键基因，并发现HR转录因子对PAK2的强调控作用	样本量较小（仅6例患者和6例对照），需更大规模研究验证	探究复发性种植失败（RIF）的分子机制，特别是子宫NK细胞的作用	人类子宫内膜组织（来自RIF患者和健康对照）	生殖医学	不孕症	蛋白质组学分析、单细胞测序	NA	蛋白质组数据、单细胞测序数据	12例子宫内膜组织样本（6例RIF患者，6例对照）
585	2025-09-03	Multi-omics reveals the polyethylene terephthalate carcinogenicity: Cancer progression and immune microenvironment 2025-Sep-01, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118522 PMID:40532600	研究论文	通过多组学方法揭示聚乙烯对苯二甲酸酯（PET）的致癌机制及其对癌症进展和免疫微环境的影响	整合网络毒理学、机器学习、分子对接和单细胞技术，首次系统阐明PET通过三条协同通路驱动癌变的分子机制，并建立计算-实验结合的环境毒物评估框架	NA	探究PET的致癌分子机制及其在肿瘤发生中的作用	PET相关致癌靶点、22个核心基因、肿瘤细胞及免疫微环境	计算生物学与分子毒理学	癌症	网络毒理学、机器学习、分子对接、单细胞RNA测序、空间转录组学、克隆形成实验、Western blotting	机器学习算法	多组学数据（基因组、转录组、蛋白组）	NA（涉及22个核心基因的泛癌分析及实验验证）
586	2025-09-03	Insights into tissue- and cell type-specific effects of Grb10 on pig skeletal muscle growth by multi-omics analysis 2025-Sep, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-024-2910-7 PMID:40545505	研究论文	通过多组学分析揭示Grb10基因在猪骨骼肌生长中的组织和细胞类型特异性效应	结合基因组学、转录组学、表观基因组学和单细胞转录组学，首次鉴定出GRB10的肌肉特异性启动子及其转录因子KLF15，并发现该调控机制在人类中可能保守	NA	探究肥胖型和瘦肉型猪肌肉组织发育的关键基因及调控机制	家猪（肥胖型和瘦肉型品种）的肌肉组织和细胞	基因组学	肥胖症	基因组学、转录组学、表观基因组学、单细胞转录组学、双荧光素酶报告实验、染色质免疫沉淀（ChIP）	NA	基因组、转录组、表观遗传和单细胞RNA测序数据	肥胖型和瘦肉型猪品种的肌肉组织和细胞样本
587	2025-09-03	Deciphering the role of IGF2BP2 and PRMT5 in gallbladder cancer progression: insights from multi-omics analysis 2025-Sep, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03062-w PMID:40555776	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了IGF2BP2-PRMT5轴通过m6A修饰调控胆囊癌进展的分子机制，包括代谢重编程和免疫逃避	首次发现IGF2BP2通过m6A修饰稳定PRMT5表达，并阐明该轴通过AKT/mTOR通路激活脂质代谢重编程和免疫调节的双重作用机制	NA	阐明驱动胆囊癌进展的分子机制并识别新的治疗靶点	胆囊癌细胞及人源化小鼠模型	多组学分析	胆囊癌	单细胞转录组学、高通量测序、蛋白质组学、功能实验	NA	转录组数据、蛋白质组数据、体内实验数据	NA
588	2025-09-03	CD8+GZMK+CD27+CCR7+ T cells mobilized by splenic sympathetic nerves aggravate brain ischemia‒reperfusion injury via CCL19-positive endothelial cells 2025-Sep, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-025-01311-9 PMID:40659887	研究论文	本研究揭示脾交感神经通过动员特定CD8+ T细胞亚群经CCL19-CCR7轴加剧脑缺血再灌注损伤的机制，并提出靶向治疗策略	首次发现并命名卒中相关T（Tsa）细胞亚群，阐明脾交感神经-ADRB2信号通路驱动其动员以及CCL19-CCR7化学趋化轴介导脑浸润的新机制	机制研究主要基于小鼠模型，临床转化需进一步验证；靶向肽的治疗效果和安全性需更多临床前评估	探究脾交感神经在脑缺血再灌注损伤中通过免疫细胞调控的作用机制	急性缺血性卒中患者和小鼠模型（tMCAO）	神经免疫学	脑血管疾病	单细胞RNA测序，外科去神经术，肽抑制剂开发	NA	基因表达数据，病理学数据	急性缺血性卒中患者队列及tMCAO小鼠模型
589	2025-09-03	Global Pangenome Analysis Highlights the Critical Role of Structural Variants in Cattle Improvement and Identifies a Unique Event as a Novel Enhancer in IGFBP7+ Cells 2025-Sep-01, Molecular biology and evolution IF:11.0Q1 DOI:10.1093/molbev/msaf205 PMID:40828965	研究论文	基于泛基因组图平台分析全球牛群中结构变异（SVs）和单核苷酸多态性（SNPs）对种群结构和表型形成的影响	揭示约40.14%的SVs未被附近SNPs标记，这些“孤儿”SVs可能代表新的遗传信号，并发现一个特异性SV作为IGFBP7+细胞中的新型增强子调控脂肪沉积	NA	探究结构变异在牛遗传改良和适应性进化中的关键作用	全球82个品种的2,409头牛	基因组学	NA	泛基因组图分析、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、RNA测序数据	2,409头牛（涵盖82个品种）
590	2025-09-03	Expression profile of the ADHD risk gene ADGRL3 during human neurodevelopment and the effects of genetic variation 2025-Sep, The world journal of biological psychiatry : the official journal of the World Federation of Societies of Biological Psychiatry DOI:10.1080/15622975.2025.2520518 PMID:40552428	研究论文	本研究探讨了ADHD风险基因ADGRL3在人类神经发育过程中的表达模式及其遗传变异的影响	首次在人类诱导多能干细胞衍生的皮质神经元中研究ADGRL3功能，发现该基因在神经发育早期表达高峰并定位生长锥结构	研究限于体外细胞模型，未涉及完整生物体环境	阐明ADGRL3基因在神经发育中的作用及其与ADHD发病机制的关联	人类诱导多能干细胞衍生的皮质神经元	神经发育生物学	注意缺陷多动障碍（ADHD）	hiPSC技术、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
591	2025-09-03	Mast Cells Drive Ferroptosis in Gastric Tumors as Key Players in the Tumor Immune Microenvironment 2025-Sep, Omics : a journal of integrative biology IF:2.2Q3 DOI:10.1177/15578100251366980 PMID:40831393	研究论文	本研究通过整合转录组分析揭示肥大细胞在胃癌肿瘤微环境中通过旁分泌信号促进铁死亡的新机制	首次发现肥大细胞作为肿瘤免疫微环境中的关键调控者，通过旁分泌信号（如annexin和cyclophilin A）促进铁死亡	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证机制细节和临床转化潜力	探究铁死亡与特定免疫细胞类型（尤其是肥大细胞）在胃癌中的功能联系	胃癌组织样本和细胞共培养体系	肿瘤免疫学	胃癌	RNA-seq（包括bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq），单样本基因集富集分析	NA	转录组数据	TCGA-STAD数据集412例，GSE66229数据集300例，GSE223179共培养数据
592	2025-09-03	Mitochondrial One-Carbon Metabolism Drives CD34-Lineage Cells to Differentiate Into T Follicular Helper Cells to Form Tertiary Lymphoid Organs in Transplant Arteriosclerosis 2025-Aug-26, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.125.073691 PMID:40552421	研究论文	本研究揭示线粒体一碳代谢通过驱动CD34谱系细胞分化为滤泡辅助T细胞，促进移植动脉粥样硬化中三级淋巴器官的形成	首次发现CD34谱系细胞是移植动脉中T细胞分化的主要来源，并证实线粒体一碳代谢关键酶MTHFD2调控Tfh细胞分化的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究移植动脉粥样硬化中T滤泡辅助细胞的起源和调控机制	小鼠模型中的CD34谱系细胞和T滤泡辅助细胞	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫荧光染色、超高效液相色谱-高分辨质谱代谢组学	基因敲除小鼠模型	基因组数据、代谢组数据、细胞图像数据	移植后2周和4周的小鼠动脉组织样本
593	2025-09-03	Perturb-Multimodal: A platform for pooled genetic screens with imaging and sequencing in intact mammalian tissue 2025-Aug-21, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.05.022 PMID:40513557	研究论文	开发了一种结合成像和测序的平台Perturb-Multi，用于在完整哺乳动物组织中进行大规模多模态基因型-表型图谱构建	首次实现原位组织中的 pooled 遗传扰动与多模态（成像+测序）表型分析的整合	NA	解析体内遗传调控对细胞和组织表型的影响机制	小鼠肝脏组织中的数百种遗传扰动	计算生物学	肝脏疾病	成像技术、单细胞测序、全转录组分析	NA	图像、基因表达数据	数百种遗传扰动的小鼠肝脏细胞
594	2025-09-03	Cholinergic neuronal activity promotes diffuse midline glioma growth through muscarinic signaling 2025-Aug-21, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.05.031 PMID:40541184	研究论文	本研究揭示中脑胆碱能神经元活动通过毒蕈碱信号通路促进弥漫性中线胶质瘤生长	首次发现脑干胆碱能神经元通过特定神经环路调控DMG增殖，并证实M1/M3受体在其中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究胆碱能神经元活动对弥漫性中线胶质瘤生长的调控机制	弥漫性中线胶质瘤（DMG）细胞、少突胶质前体细胞（OPCs）、小鼠模型	神经肿瘤学	脑胶质瘤	光遗传学刺激、单细胞RNA测序、药理学阻断	动物模型（小鼠）、细胞共培养模型	基因表达数据、细胞增殖数据、电生理数据	原发性DMG样本（具体数量未明确说明）、DMG荷瘤小鼠模型
595	2025-09-03	Single-cell epigenomic and transcriptomic analysis unveils the pivotal role of GATA5/ISL1+ fibroblasts in cardiac repair post-myocardial infarction 2025-Aug-14, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvaf101 PMID:40460294	研究论文	通过单细胞表观基因组和转录组分析揭示GATA5/ISL1+成纤维细胞在心肌梗死后心脏修复中的关键作用	首次整合scRNA-seq和scATAC-seq技术鉴定出心肌梗死后心脏组织中两个新型成纤维细胞亚群，并发现GATA5/ISL1+成纤维细胞通过调控Wnt信号通路促进心脏修复	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	阐明心肌梗死后心脏组织的基因组调控景观及修复机制	心肌梗死小鼠模型及人类心肌梗死患者的心脏组织	单细胞组学	心血管疾病	scRNA-seq, scATAC-seq, RNA sequencing, 蛋白质组学分析	NA	单细胞转录组数据、表观基因组数据、蛋白质组数据	心肌梗死小鼠在1、3、7、14天多个时间点的心脏组织，以及人类心肌梗死患者的瘢痕组织
596	2025-09-03	Single-cell analysis of ovarian myeloid cells identifies age-associated changes in macrophages and signaling dynamics† 2025-Aug-13, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioaf122 PMID:40459236	研究论文	通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析年轻与老年小鼠卵巢中的髓系细胞，揭示衰老相关的巨噬细胞亚群和信号通路变化	首次在老年小鼠卵巢中发现独特的Cx3cr1lowCd81hi巨噬细胞亚群，并揭示ANNEXIN和TGFβ信号通路的年龄相关性改变	研究仅限于小鼠模型，人类卵巢中的适用性尚需验证	探究髓系细胞在卵巢衰老过程中的功能特征和分子机制	年轻（3月龄）和老年（14-17月龄）小鼠的卵巢CD45+ CD11b+髓系细胞	单细胞生物学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞术	NA	基因表达数据，细胞表型数据	年轻组和老年组小鼠卵巢髓系细胞（具体数量未明确说明）
597	2025-09-03	CXCR4-LASP1-G9a-SNAIL axis drives NEPC transdifferentiation via induction of EMT and downregulation of REST 2025-Aug-13, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100916 PMID:40499539	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了CXCR4-LASP1-G9a-SNAIL轴通过诱导EMT和抑制REST驱动神经内分泌前列腺癌（NEPC）转分化的机制	首次发现CXCR4-LASP1-G9a-SNAIL轴作为NEPC转分化的关键调控通路，并证明其通过表观遗传重编程促进肿瘤表型转换	研究基于单一PDX模型（LTL331），需在更多临床样本中验证	探究前列腺癌神经内分泌转分化的分子调控机制	LTL331前列腺腺癌患者来源异种移植（PDX）模型	癌症生物学	前列腺癌	单细胞RNA测序	PDX模型	基因表达数据	NA
598	2025-09-03	CREB Drives Acinar to Ductal Cells Reprogramming and Promotes Pancreatic Cancer Progression in Preclinical Models of Alcoholic Pancreatitis 2025-Aug-12, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101606 PMID:40812683	研究论文	本研究探讨了在酒精性慢性胰腺炎背景下，CREB与致癌Kras协同驱动腺泡细胞向导管细胞重编程并促进胰腺癌进展的机制	揭示了CREB在炎症驱动胰腺癌中的关键作用，并证明靶向CREB可抑制肿瘤进展	研究基于小鼠模型，临床转化需进一步验证	解析CREB与Kras在慢性炎症环境下促进胰腺癌发展的分子机制	转基因小鼠模型（Ptf1aCreERTM/+;LSL-KrasG12D/+）及CREB缺失模型	癌症生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、Western blotting、磷酸激酶阵列、qPCR、谱系追踪	NA	基因表达数据、组织学图像、蛋白质印迹数据	多种遗传工程小鼠模型，包括KC和KCC-/-基因型
599	2025-09-03	Gene print-based cell subtypes annotation of human disease across heterogeneous datasets with gPRINT 2025-Aug-07, Protein & cell IF:13.6Q1 DOI:10.1093/procel/pwaf001 PMID:40083145	研究论文	开发gPRINT算法用于跨异构单细胞数据集统一注释疾病特异性细胞亚型	受语音识别启发，将基因位置和表达信息转化为独特“基因指纹”模式，并集成神经网络减少背景噪声影响	NA	实现跨数据集的疾病特异性细胞亚型自动统一注释	人类疾病细胞亚型，特别是纤维化相关疾病和肌腱病中的成纤维细胞亚型	生物信息学	纤维化疾病	单细胞测序	神经网络	单细胞基因表达数据	跨不同供体、测序平台和疾病亚型的多个数据集
600	2025-09-03	Human Dermal Microvascular Arterial and Venous Blood Endothelial Cells and Their Use in Bioengineered Dermo-Epidermal Skin Substitutes 2025-Aug, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401588 PMID:39871784	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析人皮肤微血管内皮细胞标记物，并成功在三维水凝胶中生物工程化动脉和静脉毛细血管	首次在生物工程组织中同时构建动脉、静脉丛及淋巴毛细血管网络，并证明其与宿主血管快速吻合	NA	开发生物工程血管网络用于再生医学应用	人胎儿和青少年皮肤中的微血管内皮细胞	再生医学	NA	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	转录组数据、蛋白质表达数据	人胎儿和青少年皮肤样本