单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
581	2025-09-14	Defining the host dependencies and the transcriptional landscape of RSV infection 2025-Sep-10, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.01010-25 PMID:40815167	研究论文	本研究结合全基因组CRISPR敲除筛选和单细胞RNA测序技术，探索RSV感染的宿主依赖因素和转录调控特征	首次在单细胞分辨率下同时分析RSV感染细胞和未感染旁观者细胞的宿主反应，并通过跨病毒比较揭示RSV特异性宿主因子	研究主要基于体外实验，未涉及动物模型或临床验证	阐明RSV感染的宿主分子机制并识别关键宿主因子	呼吸合胞病毒（RSV）感染的宿主细胞	功能基因组学	呼吸道感染	全基因组CRISPR敲除筛选，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	涉及29项已发表筛选数据和17种其他病毒的对比分析
582	2025-09-14	Integrated single-cell atlas of human atherosclerotic plaques 2025-Sep-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63202-x PMID:40931012	研究论文	构建了一个集成的人类动脉粥样硬化斑块单细胞图谱，包含约25万个高质量注释细胞	通过专家共识和表面蛋白测量验证了稳健的细胞类型注释，识别了斑块中性粒细胞独特标记、晚期病变中富集的促血管生成内皮细胞簇以及特化巨噬细胞亚群	现有数据集通常缺乏全面覆盖和一致注释，限制了下游分析的效用	阐明动脉粥样硬化斑块进展的免疫机制和结构细胞转化	人类动脉粥样硬化斑块	生物信息学	心血管疾病	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	约250,000个高质量注释细胞
583	2025-09-14	GPR91 mediates low shear stress-induced endothelial ferroptosis via EGR1-dependent GPX4 repression 2025-Sep-10, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.112127 PMID:40939914	研究论文	本研究揭示了低剪切应力通过GPR91/EGR1/GPX4信号轴诱导血管内皮细胞铁死亡的新机制	首次发现GPR91作为机械敏感受体连接低剪切应力与铁死亡信号通路，并阐明EGR1介导的GPX4转录抑制机制	NA	探究低剪切应力导致动脉粥样硬化内皮损伤的分子机制	血管内皮细胞、HEK293T细胞、动脉粥样硬化斑块	分子生物学	心血管疾病	scRNA-seq, ChIP-qPCR, RNA-seq, 平行板流动腔系统	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	NA
584	2025-09-14	Comparative efficacy and safety of PSCA CAR-engineered Vδ1 γδ T cells for immunotherapy of pancreatic cancer 2025-Sep-09, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011890 PMID:40930745	研究论文	比较PSCA CAR-Vδ1 γδ T细胞在胰腺癌免疫治疗中的疗效和安全性	首次直接比较CAR工程化Vδ1 γδ T细胞、Vδ2 γδ T细胞和传统αβ T细胞在实体瘤中的安全性和有效性	临床前研究，尚未进行人体试验；样本来源限于外周血，Vδ1细胞丰度低且体外扩增困难	评估CAR工程化Vδ1 γδ T细胞治疗胰腺癌的潜力和安全性	表达PSCA的胰腺肿瘤细胞和免疫细胞亚群	免疫治疗	胰腺癌	CAR工程、单细胞RNA测序、体外细胞毒性试验、异种移植小鼠模型	NA	体外实验数据、体内动物模型数据、转录组数据	人源血液衍生免疫细胞及胰腺癌异种移植模型
585	2025-09-14	EP300 as a potential mediator of stress-induced sleep disruption through blood-brain barrier dysfunction and neuroinflammation 2025-Sep-09, Sleep medicine IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.sleep.2025.106802 PMID:40939466	研究论文	本研究通过生物信息学分析和实验验证，揭示了EP300基因在应激诱导睡眠障碍中通过血脑屏障功能障碍和神经炎症的潜在作用	首次发现EP300基因在睡眠障碍中的潜在作用，并验证其通过影响小胶质细胞、血脑屏障和IL-1β表达介导睡眠障碍	研究主要基于小鼠模型，人类临床验证尚需进一步研究	识别影响睡眠障碍的关键基因并提供新的理解和治疗视角	基因表达数据、慢性不可预测应激小鼠模型的前额叶皮层组织	生物信息学	睡眠障碍	差异表达分析、加权基因共表达网络分析、KEGG/GO富集分析、孟德尔随机化、qPCR、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、RNA测序数据	371个关键基因，5个枢纽基因，慢性应激小鼠模型
586	2025-09-14	Multi-omics investigation of Bisphenol A in gastrointestinal carcinogenesis: a network toxicology and molecular docking approach 2025-Sep-08, Environment international IF:10.3Q1 DOI:10.1016/j.envint.2025.109785 PMID:40939530	研究论文	本研究通过多组学整合与分子对接方法系统探讨了双酚A在胃肠道肿瘤发生中的潜在致癌机制	首次通过多组学方法揭示BPA通过干扰能量代谢、激活CAF重塑肿瘤微环境及增强癌细胞增殖的三重致癌机制，并识别出特定癌症的预后生物标志物	NA	系统研究双酚A（BPA）在三种胃肠道肿瘤（肝内胆管癌、结直肠癌和食管癌）中的潜在致癌机制	肝内胆管癌（ICC）、结直肠癌（CRC）和食管癌	生物信息学	胃肠道癌症	转录组学、单细胞转录组学、网络毒理学、分子对接	NA	多组学数据	NA
587	2025-09-14	The RNA-Binding Protein RBMX Mediates the Immunosuppressive Microenvironment of Osteosarcoma by Regulating CD8+T Cells 2025-Sep-06, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17172928 PMID:40941025	研究论文	本研究探讨RNA结合蛋白RBMX通过调控CD8+T细胞介导骨肉瘤免疫抑制微环境的机制	首次揭示RBMX通过调控H2-K1和THBS1表达影响CD8+T细胞浸润的分子机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床验证仍需进一步开展	探究RBMX在骨肉瘤免疫微环境中的调控作用	骨肉瘤细胞系、小鼠皮下移植瘤模型	肿瘤免疫学	骨肉瘤	单细胞转录组测序、多重免疫荧光、流式细胞术、PCR	NA	转录组数据、蛋白质表达数据	人类骨肉瘤数据库分析和小鼠模型实验
588	2025-09-14	Long Noncoding RNAs as Emerging Regulators of Seed Development, Germination, and Senescence 2025-Sep-06, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26178702 PMID:40943616	综述	本文综述了长链非编码RNA在种子发育、萌发和衰老过程中的调控作用及其机制	整合了lncRNA的表观转录组修饰（如m6A甲基化）和lncRNA-蛋白质凝聚物形成等新兴调控机制，并探讨了单细胞转录组学等前沿方法的应用	NA	系统阐述lncRNAs在种子关键生理阶段的调控功能与分子机制	植物种子（涵盖胚胎发生、成熟、休眠、萌发和衰老过程）	植物分子生物学	NA	单细胞转录组学、空间转录组学、直接RNA测序、RNA-染色质互作图谱	NA	转录组数据、表观遗传数据	NA（文献综述未涉及具体样本量）
589	2025-09-14	Application of Single-Cell Sequencing and Machine Learning in Prognosis and Immune Profiling of Lung Adenocarcinoma: Exploring Disease Mechanisms and Treatment Strategies Based on Circadian Rhythm Gene Signatures 2025-Sep-05, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17172911 PMID:40941008	研究论文	本研究结合单细胞测序和机器学习，基于昼夜节律基因特征探索肺腺癌的预后和免疫特征，并验证关键基因ARNTL2的功能	首次在bulk组织和单细胞水平系统研究昼夜节律基因在肺腺癌中的作用，并开发基于机器学习的高性能预后模型	研究主要依赖公共数据库数据，实验验证部分仅聚焦于ARNTL2基因	探索昼夜节律基因在肺腺癌发展中的作用机制并开发预后预测模型	肺腺癌患者组织样本和细胞系	生物信息学	肺腺癌	单细胞测序，RNA-seq，qRT-PCR	Stepwise Cox回归，SuperPC	转录组数据，单细胞数据	来自TCGA和GEO数据库的多个数据集
590	2025-09-14	An Update on Single-Cell RNA Sequencing in Illuminating Disease Mechanisms of Cutaneous T-Cell Lymphoma 2025-Sep-05, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17172921 PMID:40941016	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在皮肤T细胞淋巴瘤疾病机制研究中的最新应用进展	识别出对诊断、预后和治疗靶点具有潜力的关键标志物	NA	更新单细胞RNA测序在皮肤T细胞淋巴瘤研究中的应用现状	皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL）	生物信息学	皮肤T细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
591	2025-09-14	PIAS1 Shapes a Tumor-Suppressive Microenvironment by Suppressing Immune Evasion in Oral Squamous Cell Carcinoma 2025-Sep-04, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17172905 PMID:40941002	研究论文	本研究探讨了SUMO E3连接酶PIAS1在口腔鳞状细胞癌肿瘤微环境中的表达及其功能，揭示其通过抑制免疫逃逸塑造抑瘤微环境的作用	首次系统阐明PIAS1在非恶性基质和免疫细胞中的功能，发现其表达与改善生存相关并促进免疫激活型微环境形成	研究主要基于相关性分析，功能性验证实验有待进一步深入	阐明PIAS1在口腔鳞癌肿瘤微环境中的表达特征和功能意义	口腔鳞状细胞癌患者组织样本及单细胞RNA测序数据	肿瘤免疫学	口腔鳞状细胞癌	免疫组织化学(IHC), 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 差异基因表达分析, IPA通路分析, GSEA, 细胞间通讯推断	NA	组织切片图像, 基因表达数据	口腔鳞癌组织微阵列和单细胞RNA测序数据集（具体样本量未明确说明）
592	2025-09-14	Unraveling the developmental heterogeneity of human retinal ganglion cells within the developing retina to study to the continuity of maturation 2025-Sep-03, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2025.08.025 PMID:40912448	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术解析人视网膜发育过程中视网膜神经节细胞的连续成熟轨迹	提出视网膜神经节细胞成熟是连续非离散过程的假设，并通过伪时间分析构建了首个高时间分辨率的人胎儿视网膜细胞成熟图谱	研究仅涵盖胎儿8-27周的发育阶段，尚未验证成年视网膜的成熟过程	解析人视网膜发育的细胞异质性，特别关注视网膜神经节细胞的成熟连续性	人胎儿视网膜组织，特别是视网膜神经节细胞（RGC）	单细胞基因组学	NA	scRNAseq（单细胞RNA测序），伪时间分析，计算生物学方法	NA	单细胞转录组数据	人胎儿8-27周视网膜样本的单细胞转录组图谱
593	2025-09-14	Machine Learning Integration of Bulk and Single-Cell RNA-Seq Data Reveals Cathepsin B as a Central PANoptosis Regulator in Influenza 2025-Sep-02, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26178533 PMID:40943452	研究论文	通过整合bulk和单细胞RNA测序数据，结合机器学习方法鉴定出组织蛋白酶B（CTSB）是流感感染中PANoptosis的关键调控因子	首次整合bulk和scRNA-seq数据解析流感感染中PANoptosis的细胞异质性和转录动态，并利用多种机器学习算法识别出CTSB作为核心调控因子	研究主要基于小鼠模型，人类临床验证尚待进行；机制研究仍需进一步实验验证	解析流感病毒感染中PANoptosis的分子调控机制，寻找关键调控因子	流感A病毒（IAV）感染的小鼠模型，巨噬细胞和中性粒细胞	生物信息学	流感	bulk RNA-seq, scRNA-seq, AUCell, ssGSEA, AddModuleScore	SVM, Random Forest, LASSO	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，但包含bulk和单细胞RNA-seq数据集
594	2025-09-14	BMP5 signalling in beta cells and the impact on insulin secretion in the context of type 2 diabetes 2025-Sep, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-025-06457-9 PMID:40471239	研究论文	本研究探讨了BMP5信号在胰岛β细胞中的功能及其对2型糖尿病胰岛素分泌的影响	首次揭示BMP5是β细胞中主要表达的BMP配体，并证明其信号增强会损害β细胞功能	NA	探究BMP5在维持β细胞功能中的作用及其与2型糖尿病的关联	人类胰岛细胞和EndoC-βH1细胞系	分子生物学	2型糖尿病	scRNA-seq, 慢病毒介导的基因敲低, 葡萄糖刺激胰岛素分泌测试	NA	RNA测序数据, 基因表达数据	来自有无2型糖尿病供体的人类胰岛细胞scRNA-seq数据集
595	2025-09-14	CXCL6 Is a Novel Biliary Marker and a Downstream Target of MMP7 in Biliary Atresia 2025-Sep, Hepatology research : the official journal of the Japan Society of Hepatology IF:3.9Q1 DOI:10.1111/hepr.14217 PMID:40515742	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等技术发现CXCL6是MMP7的下游靶点，并证实其作为胆道闭锁新型胆汁标志物的潜力	首次发现CXCL6是MMP7在胆道闭锁中的下游靶点，并揭示其在肝纤维化中的潜在病理作用	机制研究主要基于体外实验，需进一步体内验证	探究MMP7在胆道闭锁发病机制中的下游信号通路	胆道上皮细胞及胆道闭锁患者肝组织和血清样本	分子病理学	胆道闭锁	scRNA-seq, QRT-PCR, 免疫组化, western blot, ELISA, 免疫荧光	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	胆道闭锁患者、非胆道闭锁胆汁淤积患者及正常对照的肝组织和血清样本
596	2025-09-14	Heterogeneity in Osteosarcoma Revealed by scRNA Sequencing: CLU+ Endothelial Cells as Key Players in Tumor Progression 2025-Sep, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70138 PMID:40623412	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示骨肉瘤的空间异质性，发现CLU+内皮细胞在肿瘤进展中的关键作用	首次在骨肉瘤中通过空间区域（中心区与周边区）配对样本的单细胞分析揭示CLU+内皮细胞通过ITGB1和Nectin2-TIGIT通路促进转移并诱导T细胞耗竭	样本量较小（仅6例患者），需更大队列验证	探究骨肉瘤瘤内异质性及其在肿瘤进展中的作用机制	骨肉瘤患者的配对肿瘤组织样本（中心区与周边区）	单细胞组学	骨肉瘤	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	6例骨肉瘤患者的配对肿瘤样本
597	2025-09-14	Investigating cytotoxic and inflammatory human IL-7 receptor low effector memory CD8+ T cells in lupus 2025-Sep, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105898 PMID:40857939	研究论文	本研究通过分析狼疮患者中IL7Rlow效应记忆CD8+ T细胞的异质性，探讨其在炎症和组织损伤中的作用	发现IL7Rlow效应记忆CD8+ T细胞亚群在狼疮外周血和肾脏中积累，并证实其通过TNF-α和IFN-γ诱导中性粒细胞胞外诱捕网形成	NA	探究CD8+ T细胞在狼疮发病机制中的临床和生物学意义	狼疮患者的外周血和肾脏组织样本	免疫学	狼疮	scRNA-seq, RNA-seq, 微阵列, Imaging Mass Cytometry (IMC)	NA	基因表达数据, 组织图像数据	来自狼疮患者和正常肾脏组织的样本（具体数量未明确说明）
598	2025-09-14	Hematopoietic EphA4 Deficiency Alters Microglial Heterogeneity and Improves Chronic Spatial Memory After Brain Injury 2025-Aug-29, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-7265717/v1 PMID:40909780	研究论文	本研究探讨造血细胞中EphA4缺失如何通过调节小胶质细胞异质性改善脑损伤后的长期空间记忆功能	首次揭示外周免疫来源的EphA4信号通过调节小胶质细胞动态影响神经免疫重塑和功能恢复的新机制	研究局限于小鼠模型，尚未在人类中验证；长期效应机制需进一步探索	探究EphA4在调节脑损伤后小胶质细胞反应和功能恢复中的作用	造血特异性EphA4敲除的骨髓嵌合小鼠模型	神经免疫学	脑损伤	单细胞RNA测序，骨髓嵌合模型，控制性皮质撞击(CCI)	基因敲除动物模型	基因表达数据，行为学数据，形态学数据	使用造血特异性EphA4敲除的骨髓嵌合小鼠进行实验
599	2025-09-14	Neuromodulatory Signaling in Chronic Pain Patients: A Narrative Review 2025-Aug-27, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14171320 PMID:40940732	综述	本文综述了神经调节信号在慢性疼痛病理机制中的作用及潜在治疗靶点	整合转录组分析、功能神经影像和单细胞RNA测序等新技术揭示患者特异性神经调节功能障碍模式	NA	探讨神经调节系统在慢性疼痛中的作用机制并指导精准治疗策略	慢性疼痛患者（如纤维肌痛症患者）的神经调节通路	神经科学	慢性疼痛	转录组分析、功能神经影像、单细胞RNA测序	NA	临床观察数据与临床前研究数据	NA
600	2025-09-14	Artificial Intelligence in Ocular Transcriptomics: Applications of Unsupervised and Supervised Learning 2025-Aug-26, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14171315 PMID:40940727	综述	本文综述了2019至2025年间人工智能在眼科转录组学中的应用，重点探讨无监督与监督学习方法在生物标志物发现、细胞类型分类及眼病模型构建中的进展	系统整合了AI在眼科转录组学中的最新应用，涵盖从传统机器学习到深度学习框架的多模态整合方法	模型可解释性与标准化存在挑战	推动精准眼科医学发展	眼组织转录组数据（包括视网膜、角膜等）	自然语言处理	眼科疾病（如黄斑变性、糖尿病视网膜病变、青光眼等）	微阵列、bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq	PCA, t-SNE, UMAP, WGCNA, LASSO, SVM, RF, 变分自编码器, 神经网络	基因表达数据	NA