单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
581	2025-08-10	Identification and characterization of early human photoreceptor states and cell-state-specific retinoblastoma-related features 2025-Aug-06, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.101918 PMID:40767624	research paper	该研究通过深度全长单细胞RNA测序（scRNA-seq）区分了人类视锥细胞和视杆细胞的发育状态，并识别了与视网膜母细胞瘤发生相关的视锥细胞特异性特征	揭示了以前未解决的视锥细胞前体状态，并提出了早期视锥前体内在表达在视网膜母细胞瘤起始中的作用	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能未涵盖所有细胞状态或功能	理解人类视锥细胞和视杆细胞发育的差异及其与视网膜母细胞瘤发生的关系	人类视锥细胞和视杆细胞的发育状态	digital pathology	retinoblastoma	full-length single-cell RNA-sequencing (scRNA-seq)	NA	RNA-seq data	NA
582	2025-08-10	WGCNA and single-cell analysis reveal ferroptosis-related gene signatures for hepatocellular carcinoma prognosis and therapy 2025-Aug-06, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03335-z PMID:40767898	研究论文	通过WGCNA和单细胞分析揭示铁死亡相关基因特征在肝细胞癌预后和治疗中的作用	首次结合WGCNA和单细胞RNA测序技术分析铁死亡相关基因在肝细胞癌中的表达异质性及其与临床预后的关联	研究主要基于公共数据库的回顾性数据，缺乏实验验证	探索铁死亡相关基因在肝细胞癌中的表达特征及其临床意义	肝细胞癌患者及其基因表达数据	生物信息学	肝细胞癌	WGCNA, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自TCGA和GEO数据库的肝细胞癌样本
583	2025-08-10	Aging affects reprogramming of pulmonary capillary endothelial cells after lung injury in male mice 2025-Aug-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62431-4 PMID:40769983	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，比较了年轻和老年雄性小鼠在肺损伤后肺毛细血管内皮细胞（PCEC）的转录组变化，探讨了衰老如何影响肺损伤后的再生过程	首次揭示了衰老如何通过改变特定PCEC亚群的转录组特征，干扰肺祖细胞分化过程，从而促进纤维化病理过程	研究仅针对雄性小鼠，未考虑性别差异的影响	探究衰老对肺损伤后组织再生的影响机制	年轻和老年雄性小鼠的肺毛细血管内皮细胞	分子生物学	肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	转录组数据	年轻和老年雄性小鼠在三个时间点的肺组织样本（纤维化高峰期、再生期和消退期）
584	2025-08-10	The role of cellular heterogeneity in thyroid cancer: a multi-modal analysis approach with Mendelian randomization 2025-Aug-06, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03348-8 PMID:40770155	研究论文	本研究通过孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，探讨了炎症蛋白基因与甲状腺癌风险的因果关系，并描述了甲状腺癌微环境中的细胞组成和分化轨迹	结合孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，首次揭示了AXIN1_AXIN1表达与甲状腺癌风险的正向因果关系，并详细描述了甲状腺癌微环境中的细胞异质性	研究样本量未明确说明，且仅针对特定炎症蛋白基因进行分析，可能遗漏其他重要基因	探究炎症蛋白基因与甲状腺癌风险的因果关系，并分析甲状腺癌微环境中的细胞异质性	甲状腺癌患者样本	生物医学	甲状腺癌	孟德尔随机化(MR), 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	MR Egger, 加权中位数, 逆方差加权, 简单模式, 加权模式	基因表达数据	NA
585	2025-08-10	Penthorum chinense Pursh extract ameliorates lupus nephritis disease in MRL/lpr mice via the PPARγ/NFκB signaling axis 2025-Aug-06, Journal of ethnopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.jep.2025.120379 PMID:40780476	research paper	研究探讨了Penthorum chinense Pursh提取物通过PPARγ/NFκB信号轴改善MRL/lpr小鼠狼疮性肾炎的疗效	首次揭示了PGF通过调节PPARγ/NFκB信号轴在肾脏巨噬细胞中的作用机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探索PGF对狼疮性肾炎的治疗潜力及其分子机制	MRL/lpr小鼠、Raw264.7巨噬细胞和HK2细胞	药理学	狼疮性肾炎	UPLC-Q-TOF/MS、转录组学、代谢组学、单细胞RNA测序、Western blotting、双荧光素酶报告基因检测、RT-qPCR	NA	分子生物学数据、组织病理学数据	MRL/lpr小鼠模型、Raw264.7巨噬细胞和HK2细胞系
586	2025-08-10	Molecular insights into the causal role of TG/IDL in rheumatoid arthritis: Integrating Mendelian randomization and single-cell RNA sequencing 2025-Aug-05, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123883 PMID:40754101	研究论文	本研究通过整合孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，探讨了TG/IDL与类风湿性关节炎（RA）之间的因果关系及其分子机制	首次结合孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，揭示了TG/IDL作为RA风险因子的分子机制，并鉴定出关键基因ABCA1、PLTP和GAS6	研究结果主要基于动物模型和体外细胞实验，尚未进行临床验证	阐明TG/IDL在RA发病中的因果作用及其分子机制	类风湿性关节炎患者滑膜组织和胶原诱导性关节炎小鼠模型	分子生物学	类风湿性关节炎	孟德尔随机化（MR）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	胶原诱导性关节炎（CIA）小鼠模型	基因组数据、转录组数据	未明确说明样本量，使用了GWAS数据集和RA患者滑膜组织
587	2025-08-10	Cancer stem cells: landscape, challenges and emerging therapeutic innovations 2025-Aug-05, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02360-2 PMID:40759634	综述	本文综述了癌症干细胞（CSCs）的特性、挑战及新兴治疗策略	探讨了单细胞测序、空间转录组学和多组学整合在理解CSCs异质性和代谢适应性方面的最新进展，并提出了双代谢抑制、合成生物学干预和免疫治疗等新兴策略	缺乏普遍可靠的CSCs生物标志物，以及在不影响正常干细胞的情况下靶向CSCs的挑战	探索癌症干细胞的生物学特性及其在肿瘤治疗中的挑战与创新策略	癌症干细胞（CSCs）	肿瘤生物学	癌症	单细胞测序、空间转录组学、多组学整合、3D类器官模型、CRISPR功能筛选、AI驱动的多组学分析	NA	NA	NA
588	2025-08-10	The spatial landscape of glial pathology and T cell response in Parkinson's disease substantia nigra 2025-Aug-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62478-3 PMID:40759663	研究论文	本研究通过单核RNA测序、空间转录组学和T细胞受体测序技术，分析了帕金森病患者脑组织中T细胞和胶质细胞的状态	揭示了帕金森病黑质中CD8+ T细胞的克隆扩增及其与CD44+星形胶质细胞的空间相关性，提出了CD44作为潜在治疗靶点	研究基于死后脑组织，可能无法完全反映活体状态下的病理过程	探究帕金森病中适应性免疫反应的特性及其在神经退行性变中的作用	帕金森病患者死后脑组织中的T细胞和胶质细胞	神经科学	帕金森病	单核RNA测序、空间转录组学、T细胞受体测序	NA	RNA序列数据	帕金森病患者死后脑组织样本
589	2025-08-10	Comprehensive analysis of the PLXNA3 gene on prognosis and immune characteristics in breast cancer 2025-Aug-04, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-13843-1 PMID:40760011	研究论文	本文通过RNA测序和生存分析，探讨了PLXNA3基因在乳腺癌中的预后和免疫特征	首次全面分析了PLXNA3基因在乳腺癌中的生物学意义及其与免疫特征的关联	研究主要基于体外实验和测序数据，缺乏体内实验验证	探索PLXNA3基因在乳腺癌预后和免疫治疗反应中的作用	乳腺癌细胞和肿瘤免疫微环境	癌症研究	乳腺癌	bulk RNA测序, 单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
590	2025-08-10	OmniCellAgent: Towards AI Co-Scientists for Scientific Discovery in Precision Medicine 2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.31.667797 PMID:40766492	研究论文	本文介绍了一种新型的代理AI模型OmniCellAgent，旨在通过整合大规模单细胞RNA测序数据、组学数据分析工具、累积的生物医学知识和文献搜索，促进精准医学中的自主科学发现	开发了首个专门设计的代理AI模型OmniCellAgent，能够系统整合大规模单细胞RNA测序数据、组学数据分析工具、生物医学知识和文献搜索，为非计算专家用户提供专家级的生物医学研究能力	未提及具体的性能评估或与其他方法的比较结果	促进精准医学中的自主科学发现	非计算专家用户（如患者、家庭成员、临床医生和湿实验室研究人员）	精准医学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	代理AI模型（OmniCellAgent）	单细胞RNA测序数据	NA
591	2025-08-10	Elucidating prognostic significance of purine metabolism in colorectal cancer through integrating data from transcriptomic, immunohistochemical, and single-cell RNA sequencing analysis 2025-Aug, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.70010 PMID:40017120	研究论文	本研究通过整合转录组、免疫组化和单细胞RNA测序数据，探讨嘌呤代谢在结直肠癌中的预后意义	首次通过免疫组化验证嘌呤代谢作为结直肠癌预后标志物的临床相关性，并发现五个嘌呤代谢相关基因的低表达与不良预后相关	嘌呤代谢反应的可逆性可能影响标志物的稳定性	评估嘌呤代谢在结直肠癌中的临床预后价值	结直肠癌患者及其肿瘤组织	数字病理学	结直肠癌	转录组分析、免疫组化(IHC)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据、免疫组化图像、单细胞RNA测序数据	结直肠癌患者亚群（包括TP53野生型、TP53突变型和微卫星稳定表型患者）
592	2025-08-10	Exploration of heterogeneity and recurrence signatures in hepatocellular carcinoma 2025-Aug, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.70012 PMID:40018995	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习技术，探索了肝细胞癌的异质性和复发特征，并开发了一个复发肿瘤细胞相关风险评分模型	揭示了复发HCC中恶性细胞与免疫细胞的相互作用机制，并开发了一个新的术后复发预后模型	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能受到样本量和数据质量的限制	研究肝细胞癌的异质性和复发特征，以设计更有效的抗癌疗法	肝细胞癌（HCC）的原发性和早期复发性肿瘤	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序，RT-qPCR，机器学习	机器学习模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但包括原发性和早期复发性HCC样本
593	2025-08-10	Time, the final frontier 2025-Aug, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.70025 PMID:40126098	research paper	本文主张将时间动态整合到癌症研究中，强调从传统的终点实验转向数据驱动的连续方法	提出将时间动态纳入癌症研究，开发先进的活体成像技术、创新的时间组学方法和新型计算工具	时间维度在肿瘤研究中的探索仍然不足	推动癌症研究中时间动态的整合	肿瘤及其微环境	digital pathology	cancer	live imaging, temporal omics	NA	omics data, imaging data	NA
594	2025-08-10	Human CD4+ T cells regulate peripheral immune responses in rheumatoid arthritis via insulin-like growth factor-like family member 2 2025-Aug, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adr3838 PMID:40749037	研究论文	本文揭示了人类CD4+ T细胞通过胰岛素样生长因子样家族成员2（IGFL2）在类风湿性关节炎（RA）中调节外周免疫反应的机制	首次发现IGFL2在人类T细胞中的特异性表达及其在RA发病机制中的作用，提出IGFL2作为RA疾病严重程度的潜在生物标志物	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序，需要进一步的体内实验验证	阐明人类CD4+ T细胞在自身免疫性疾病中的免疫调节机制	类风湿性关节炎患者的CD4+ T细胞和单核细胞	免疫学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序, CRISPR-Cas9基因敲除	NA	RNA测序数据, 蛋白质水平数据	血清阳性类风湿性关节炎患者的滑膜组织
595	2025-08-10	Unravelling Osteoporosis: Key Genes and Potential Therapies 2025-Aug, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70759 PMID:40764749	研究论文	通过孟德尔随机化和多组学分析，识别与骨质疏松症相关的关键基因及其潜在治疗靶点	首次利用孟德尔随机化结合GWAS数据鉴定出FMO4、PSMA4和VEGFA三个骨质疏松症相关基因，并系统解析其分子机制与免疫微环境调控网络	研究基于欧洲人群（FinnGen联盟）数据，结论在其他种族的普适性需进一步验证	发现骨质疏松症的新型治疗靶点并解析其分子机制	骨质疏松症患者遗传数据与免疫微环境	生物医学	骨质疏松症	孟德尔随机化(MR)、GWAS、scRNA-seq、免疫浸润分析、基因集富集分析	NA	基因组数据、转录组数据	FinnGen联盟GWAS数据集（具体样本量未明确说明）
596	2025-08-10	Integrating Single-Cell Transcriptomics and Machine Learning to Define an ac4C Gene Signature in Lung Adenocarcinoma 2025-Aug, Thoracic cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1111/1759-7714.70140 PMID:40767620	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组学和机器学习，定义了肺腺癌中的ac4C基因特征	首次将单细胞转录组学与机器学习结合，开发了ac4C相关基因特征(ARGSig)模型，用于肺腺癌预后预测和个性化治疗指导	研究基于公共数据库数据，缺乏实验验证	探究ac4C修饰在肺腺癌中的作用并开发预后预测模型	肺腺癌患者	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序	机器学习(10种算法)	转录组数据	多个独立队列的公共数据库数据
597	2025-08-10	Tumor-resident probiotic Clostridium butyricum improves aPD-1 efficacy in colorectal cancer models by inhibiting IL-6-mediated immunosuppression 2025-Jul-29, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.07.012 PMID:40780216	研究论文	研究发现益生菌Clostridium butyricum通过抑制IL-6介导的免疫抑制增强抗PD-1疗法在结直肠癌模型中的疗效	首次发现C. butyricum通过结合GRP78受体并抑制PI3K-AKT-NF-κB通路来减少IL-6分泌，从而增强抗PD-1疗法的效果	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证	探索增强结直肠癌免疫检查点阻断疗法效果的策略	结直肠癌模型（包括MSI-H和MSS亚型）和免疫细胞	肿瘤免疫治疗	结直肠癌	单细胞RNA测序、人源化小鼠模型、患者来源类器官-CTLs共培养系统	NA	基因表达数据、细胞功能数据	多种结直肠癌小鼠模型（包括AOM/DSS诱导模型和无菌小鼠）和患者来源类器官
598	2025-08-10	Amlodipine as an immunomodulator to enhance dendritic cell activation in cancer therapy with tumor-associated antigens 2025-Jul-23, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.07.030 PMID:40702728	研究论文	本研究探讨了氨氯地平作为免疫调节剂在增强树突状细胞活化和抗肿瘤免疫中的作用	揭示了氨氯地平通过促进树突状细胞成熟和增强CD8 T细胞活化来增强抗肿瘤免疫的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未进行临床试验	探索氨氯地平在癌症免疫治疗中的潜在应用	树突状细胞和肿瘤相关抗原	癌症免疫治疗	乳腺癌和结肠癌	流式细胞术、ELISA、单细胞RNA测序	小鼠模型（4T1乳腺癌和CT26结肠癌）	细胞和分子数据	NA
599	2025-08-10	Single-Cell Sequencing Reveals Circadian Sensitivity of Noise-Induced Hearing Loss Mediated by Macrophage-Driven NLRP3 Inflammasome Activation 2025-Jul-20, Neuroscience bulletin IF:5.9Q1 DOI:10.1007/s12264-025-01440-1 PMID:40684422	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序揭示了噪声性听力损失的昼夜节律敏感性，主要由巨噬细胞驱动的NLRP3炎症小体激活介导	首次在单细胞水平上揭示了巨噬细胞在噪声性听力损失中的昼夜节律敏感性及其通过NLRP3炎症小体激活的机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究噪声性听力损失的昼夜节律敏感性机制	小鼠耳蜗细胞	生物医学	听力损失	单细胞RNA测序，多重免疫组化	小鼠模型	RNA测序数据，免疫荧光数据	97,043个耳蜗细胞
600	2025-08-10	Discovery of protein lactylation-associated biomarkers and their potential pathogenic mechanisms in recurrent spontaneous abortion 2025-Jul-18, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.146004 PMID:40685048	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，结合机器学习方法，鉴定了与复发性自然流产(RSA)相关的蛋白质乳酸化生物标志物及其潜在致病机制	首次揭示了乳酸化修饰在RSA中的调控作用，并鉴定了四个乳酸化相关枢纽基因，阐明了S100A11通过p38 MAPK-TGF-β1-SMAD-IL-10信号通路调控免疫和滋养细胞功能的机制	研究样本量有限，且未在独立队列中进行验证	探索蛋白质乳酸化修饰在复发性自然流产中的分子机制	复发性自然流产患者	生物信息学	复发性自然流产	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 机器学习	NA	RNA测序数据	三个公共数据集(GSE214607, GSE26787, GSE165004)