单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27901 篇文献，本页显示第 581 - 600 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 581 | 2025-05-14 |
MHCIIhiLYVE1loCCR2hi Interstitial Macrophages Promote Medial Fibrosis in Pulmonary Arterioles and Contribute to Pulmonary Hypertension
2025-May-13, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326173
PMID:40357547
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research paper | 该研究探讨了间质巨噬细胞（iMΦ）在肺动脉高压（PH）中促进肺动脉纤维化的机制 | 首次发现MHCIIhiLYVE1loCCR2hi iMΦs通过WNT11/PCP通路促进肺动脉平滑肌细胞向成纤维细胞样表型转变 | 研究主要基于动物模型和体外实验，人类样本验证有限 | 阐明肺动脉高压中肺动脉纤维化的细胞和分子机制 | 肺动脉高压患者和实验性PH动物的肺组织样本 | 病理学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序、谱系追踪、组织学分析、共培养实验、转基因动物实验 | NA | 基因表达数据、组织学图像 | 患者和实验动物样本（具体数量未明确说明） |
| 582 | 2025-05-14 |
Cambridge Neoadjuvant Cancer of the Prostate (CANCAP03): A Window Study into the Effects of Olaparib ± Degarelix in Primary Prostate Cancer
2025-May-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-1304
PMID:40358364
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研究论文 | 研究PARP抑制剂和雄激素阻断联合治疗在原发性前列腺癌中的作用及其生物学机制 | 首次在无同源重组修复通路突变的患者中研究PARP抑制剂与雄激素阻断联合治疗的临床效果及生物学机制 | 样本量较小，且仅观察了短期治疗效果 | 探究PARP抑制剂与雄激素阻断联合治疗在原发性前列腺癌中的效果及作用机制 | 原发性前列腺癌患者 | 肿瘤学 | 前列腺癌 | IHC, 肿瘤基因测序, 突变分析, RNA-seq (包括bulk和single-cell RNA-seq) | NA | 组织样本, 基因表达数据 | NA (未明确提及具体样本数量) |
| 583 | 2025-05-14 |
RETRACTION: Single-Cell Transcriptome Sequencing Analysis Reveals Intra-Tumor Heterogeneity in Esophageal Squamous Cell Carcinoma
2025-May-13, Environmental toxicology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/tox.24542
PMID:40358431
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撤稿声明 | 该文章因提交和同行评审过程存在问题，且作者未回应验证肿瘤样本和细胞系来源的要求，被撤稿 | NA | 文章因提交和同行评审过程被破坏，且作者未提供样本来源验证，导致撤稿 | NA | NA | NA | 食管鳞状细胞癌 | 单细胞转录组测序 | NA | NA | NA |
| 584 | 2025-05-14 |
Epigenetic dynamics and molecular mechanisms in oncogenesis, tumor progression, and therapy resistance
2025-May-13, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-025-04217-5
PMID:40358685
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综述 | 本文综述了癌症进展中遗传、表观遗传和分子机制的动态相互作用，重点关注致癌基因和肿瘤抑制基因的遗传改变、表观遗传修饰及其对肿瘤发生、发展和治疗抵抗的影响 | 整合了分子、遗传和表观遗传视角，强调了创新靶向治疗方法的必要性，并探讨了CRISPR-Cas9介导的表观基因组编辑和单细胞RNA测序等前沿技术在癌症研究中的应用 | 作为综述文章，未提出新的实验数据或临床验证 | 探讨癌症发生、发展和治疗抵抗的分子机制，为开发更有效的治疗方法提供理论基础 | 癌症细胞及其微环境 | 肿瘤生物学 | 癌症 | CRISPR-Cas9介导的表观基因组编辑、单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 585 | 2025-05-14 |
Characterization of ROMK cellular heterogeneity along the mouse kidney thick ascending limb
2025-May-13, Pflugers Archiv : European journal of physiology
DOI:10.1007/s00424-025-03086-4
PMID:40358700
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和多重免疫荧光成像技术，揭示了小鼠肾脏厚升支（TAL）中ROMK通道的细胞异质性及其与分子标记的关联 | 首次发现ROMK蛋白在TAL细胞中的分布与分子标记（Ptger3和Foxq1 mRNA）相关，揭示了TAL细胞的功能异质性 | 研究仅基于小鼠模型，未在人类样本中验证 | 探究肾脏厚升支（TAL）中ROMK通道的细胞异质性及其功能意义 | 小鼠肾脏厚升支（TAL）细胞 | 分子生物学 | NA | RNAscope原位杂交（ISH）、迭代间接免疫荧光成像（4i多重标记）、机器学习 | NA | RNA测序数据、图像数据 | 未明确提及样本数量，但使用小鼠肾脏组织 |
| 586 | 2025-05-14 |
Multi-omics Analysis Reveals the Propagation Mechanism of Ferroptosis in Acute Kidney Injury
2025-May-13, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-025-02311-7
PMID:40358793
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研究论文 | 通过多组学分析揭示了急性肾损伤中铁死亡的传播机制 | 首次揭示了GPX4、FTH1和FTL基因在急性肾损伤中铁死亡传播中的关键作用，并发现KLF6作为铁死亡相关基因的抑制因子 | 研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本数据，需要在更大规模的人类研究中验证 | 探究急性肾损伤中铁死亡的传播机制 | 急性肾损伤患者的肾脏组织和双侧肾缺血再灌注损伤小鼠模型 | 生物医学 | 急性肾损伤 | snRNA-seq、空间转录组学、染色质可及性分析 | 小鼠模型 | 基因表达数据、空间转录组数据 | 未明确说明样本数量，包括AKI患者和健康人的肾脏组织以及小鼠模型 |
| 587 | 2025-05-14 |
Cancer-associated fibroblasts and metabolic reprogramming predict pathologic response to neoadjuvant PD-1 blockade in resected non-small cell lung cancer
2025-May-13, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-025-01067-4
PMID:40358847
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研究论文 | 研究探讨了癌症相关成纤维细胞（CAFs）和代谢重编程在预测非小细胞肺癌（NSCLC）新辅助PD-1阻断治疗病理反应中的作用 | 发现了CAFs和T细胞亚群在免疫治疗中的功能变化，以及甲硫氨酸循环作为T细胞分化和良好病理反应的预测因子 | 研究依赖于已发表的单细胞RNA测序数据集和局部队列，可能受限于样本量和数据来源的多样性 | 揭示免疫治疗抵抗的潜在机制，以改善非小细胞肺癌患者的治疗效果 | 非小细胞肺癌患者，特别是接受新辅助免疫治疗的III期患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 两个已发表的scRNA-seq数据集和一个局部队列，以及四个公共ICI转录组队列 |
| 588 | 2025-05-14 |
Dissecting multilayer cell-cell communications with signaling feedback loops from spatial transcriptomics data
2025-May-12, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279857.124
PMID:40262896
|
研究论文 | 本文提出了一种名为stMLnet的方法，用于从空间转录组数据中解析多层细胞间通讯及信号反馈环路 | stMLnet方法首次整合了空间信息和多层信号调控机制，以识别空间转录组数据中的多层细胞间通讯及信号反馈环路 | NA | 开发一种能够整合空间信息和复杂信号机制的方法，以推断功能性细胞间通讯 | 空间转录组数据中的多层细胞间通讯及信号反馈环路 | 空间转录组学 | COVID-19感染的肺组织 | seqFISH+, Slide-seq v2, MERFISH, Stereo-seq | stMLnet | 空间转录组数据 | 多种空间分辨率和基因覆盖率的ST数据 |
| 589 | 2025-05-14 |
A Machine Learning-Based Strategy Predicts Selective and Synergistic Drug Combinations for Relapsed Acute Myeloid Leukemia
2025-May-12, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-3840
PMID:40354625
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research paper | 该研究开发了一种基于机器学习的策略，用于预测复发/难治性急性髓系白血病（AML）患者的个性化药物组合 | 利用单细胞转录组学和单药反应谱数据，通过机器学习优先考虑最有前景的药物组合，针对治疗耐药的白血病细胞进行个性化治疗 | 初步实验仅在临床试验样本中进行，需要进一步验证 | 提高复发/难治性急性髓系白血病患者的治疗效果 | 复发/难治性急性髓系白血病（AML）患者 | machine learning | acute myeloid leukemia | single-cell transcriptomics | machine learning | transcriptomics data, drug response profiles | primary patient samples from clinical trials |
| 590 | 2025-05-14 |
Inhibition of DOCK1 suppresses Notch signalling pathway and impairs leukaemogenesis
2025-May-12, British journal of haematology
IF:5.1Q1
DOI:10.1111/bjh.20140
PMID:40355246
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研究论文 | 本研究探讨了DOCK1在急性髓系白血病(AML)中的临床和致病作用，并验证了其作为治疗靶点的潜力 | 首次揭示了DOCK1在AML中的病理作用及其通过Notch信号通路促进白血病发生的机制 | 研究主要基于细胞系和小鼠模型，临床样本数量有限(341例) | 探究DOCK1在AML发生发展中的作用及其分子机制 | 急性髓系白血病(AML)患者样本、细胞系、异种移植模型和Dock1条件性敲除小鼠 | 肿瘤生物学 | 急性髓系白血病 | 转录组分析、单细胞RNA测序 | Dock1条件性敲除小鼠模型 | 基因表达数据、临床数据 | 341例新发非M3型AML患者样本、细胞系和小鼠模型 |
| 591 | 2025-05-14 |
STCC enhances spatial domain detection through consensus clustering of spatial transcriptomics data
2025-May-12, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280031.124
PMID:40355284
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research paper | 提出了一种名为STCC的新型共识聚类框架，用于整合多种空间转录组学数据分析工具的结果，以提高空间域检测的准确性和稳定性 | 开发了STCC框架，通过多种共识策略（如Onehot-based、average-based、hypergraph-based和wNMF-based方法）整合现有工具的结果，显著提高了空间域检测的准确性和稳定性 | 未明确提及具体局限性，但可能包括对不同实验平台和数据类型的适应性有待进一步验证 | 提高空间转录组学数据中空间域检测的准确性和稳定性 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 共识聚类策略（Onehot-based、average-based、hypergraph-based、wNMF-based） | NA | 空间转录组学数据 | 模拟数据和真实数据（未明确提及具体样本数量） |
| 592 | 2025-05-14 |
Simultaneous single-cell sequencing of RNA and DNA at scale with DEFND-seq
2025-May-12, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/s41576-025-00853-y
PMID:40355601
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 593 | 2025-05-14 |
Upregulation of YY1/EZH2 and MLH1 as Therapeutic Targets for Adult T-Cell Leukemia/Lymphoma
2025-May-12, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.70095
PMID:40355804
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了YY1/EZH2和MLH1在成人T细胞白血病/淋巴瘤（ATLL）中的调控作用，并探讨了其作为治疗靶点的潜力 | 首次在ATLL中鉴定出YY1/EZH2表观遗传调控轴，并发现MLH1的下调与YY1/EZH2抑制相关，为治疗侵袭性ATLL提供了新策略 | 研究主要基于体外实验和有限的患者样本，需要更大规模的临床研究验证这些发现 | 探索ATLL的表观遗传调控机制并寻找新的治疗靶点 | 成人T细胞白血病/淋巴瘤（ATLL）细胞 | 肿瘤生物学 | 白血病/淋巴瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、计算机启动子分析（in silico promoter analysis） | NA | RNA测序数据、流式细胞数据 | 原发性ATLL细胞和ATLL细胞系 |
| 594 | 2025-05-14 |
Anti-Müllerian hormone signalling sustains circadian homeostasis in zebrafish
2025-May-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-59528-1
PMID:40348785
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研究论文 | 该研究揭示了抗穆勒氏管激素（Amh）信号在维持斑马鱼昼夜节律稳态中的重要作用 | 首次发现Amh信号通路通过激活Smad1/5/9磷酸化来调控昼夜节律基因表达，揭示了新的激素信号通路在昼夜节律稳态中的作用 | 研究仅基于斑马鱼模型，尚未在高等生物中验证 | 探索维持昼夜节律稳态的关键信号通路 | 斑马鱼的昼夜节律系统 | 生物节律研究 | NA | 基因敲除、单细胞转录组分析 | 斑马鱼模型 | 基因表达数据、行为数据 | NA |
| 595 | 2025-05-14 |
KDELR3 and YOD1 proteins as critical endoplasmic reticulum stress mediators and potential therapeutic targets in diabetic foot ulcers: An integrated bioinformatics analysis
2025-May-10, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.144095
PMID:40354856
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research paper | 该研究通过生物信息学方法鉴定了与糖尿病足溃疡(DFU)相关的内质网应激反应蛋白，并评估了其作为生物标志物和治疗靶点的潜力 | 首次系统鉴定了32个DFU相关内质网应激蛋白，发现KDELR3和YOD1等关键蛋白的诊断价值，并确定甲硝唑作为潜在治疗药物 | 研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于qRT-PCR，需要更多体内外实验进一步验证 | 探索内质网应激反应蛋白在糖尿病足溃疡发病机制中的作用并寻找新的生物标志物和治疗靶点 | 糖尿病足溃疡患者组织样本及相关基因表达数据 | 生物信息学 | 糖尿病足溃疡 | WGCNA, 机器学习算法, 分子对接, 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析, qRT-PCR | 机器学习算法 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的DFU数据集 |
| 596 | 2025-05-14 |
Air pollutants and lung regeneration: impact on the fate of lung stem cells
2025-May-09, Environment international
IF:10.3Q1
DOI:10.1016/j.envint.2025.109525
PMID:40354720
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review | 本文综述了空气污染物对肺干细胞命运的影响及其在肺疾病中的作用 | 从组织再生的角度探讨吸入污染物与肺干细胞的相互作用，并介绍了类器官和单细胞测序技术在这一领域的应用 | NA | 探讨空气污染物如何影响肺干细胞的再生能力及其在肺疾病中的作用 | 肺干细胞和空气污染物 | 毒理学 | 肺疾病 | 单细胞测序技术 | NA | NA | NA |
| 597 | 2025-05-14 |
scMINER: a mutual information-based framework for clustering and hidden driver inference from single-cell transcriptomics data
2025-May-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-59620-6
PMID:40341143
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研究论文 | 介绍了一个基于互信息的框架scMINER，用于单细胞转录组数据的聚类和隐藏驱动因子推断 | scMINER在细胞聚类和网络推断方面表现出更高的准确性，特别是在区分密切相关的细胞群和揭示关键转录因子驱动因子方面优于现有方法 | NA | 解决单细胞转录组数据由于固有的随机性和稀疏性带来的聚类和网络推断挑战 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组测序 | 互信息框架 | 单细胞转录组数据 | NA |
| 598 | 2025-05-14 |
Patient-derived models of UBA5-associated encephalopathy identify defects in neurodevelopment and highlight potential therapeutic avenues
2025-May-07, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adn8417
PMID:40333994
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研究论文 | 本研究开发了患者来源的皮质类器官模型，用于研究UBA5相关脑病的神经发育缺陷及潜在治疗途径 | 首次建立了人类神经元模型研究UBA5致病变异的细胞和分子后果，并评估了两种潜在治疗方式 | 研究仅基于两名患者的样本，样本量较小 | 研究UBA5相关脑病的神经发育缺陷及潜在治疗方法 | UBA5相关脑病患者来源的皮质类器官 | 神经科学 | 脑病 | 单细胞RNA测序、CRISPRa、SINEUP | 皮质类器官模型 | RNA测序数据 | 两名患者的皮质类器官 |
| 599 | 2025-05-14 |
Extended culture of 2D gastruloids to model human mesoderm development
2025-May-07, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02669-4
PMID:40335707
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research paper | 该研究扩展了2D胃泌素样体的培养时间，以模拟人类中胚层发育 | 发现了在2至4天期间高度可重复的形态发生阶段，并揭示了中胚层分化和形态发生的空间组织 | NA | 研究人类中胚层发育的模型 | 人类多能干细胞衍生的2D胃泌素样体 | 干细胞研究 | NA | 单细胞转录组学 | 2D胃泌素样体模型 | 转录组数据 | NA |
| 600 | 2025-05-14 |
A retinoic acid:YAP1 signaling axis controls atrial lineage commitment
2025-May-07, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115687
PMID:40343798
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research paper | 该研究揭示了视黄酸（RA）与YAP1信号轴在心脏祖细胞（CPCs）中调控心房谱系基因表达和心房细胞命运决定的机制 | 发现了Hippo效应子YAP1和TEAD4与心房转录因子增强子网络的整合，以及YAP1在CPCs中激活RA增强子的新功能 | 研究主要基于人类胚胎干细胞（hESC）和小鼠模型，尚未在更复杂的生理系统中验证 | 阐明视黄酸信号在心脏祖细胞中诱导心房谱系分化的分子机制 | 心脏祖细胞（CPCs）、人类胚胎干细胞（hESC）和小鼠胚胎 | 发育生物学 | 心血管疾病 | scRNA-seq和snATAC-seq | hESC-derived CPCs和小鼠胚胎模型 | 基因组学和转录组学数据 | 未明确说明样本数量，涉及hESC来源的CPCs和小鼠胚胎 |