单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
581	2025-05-02	Vitamin A treatment restores vision failures arising from Leber's hereditary optic neuropathy-linked mtDNA mutation 2025-Apr-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.188962 PMID:40036074	research paper	该研究探讨了维生素A治疗对Leber遗传性视神经病变（LHON）相关mtDNA突变引起的视力障碍的恢复作用	揭示了LHON相关mtDNA突变导致视网膜细胞特异性缺陷的机制，并首次证明维生素A补充能显著改善视网膜功能和结构	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探索LHON相关mtDNA突变的视网膜细胞特异性效应机制并寻找有效治疗方法	携带LHON相关ND6P25L突变的小鼠模型	mitochondrial retinopathy	Leber hereditary optic neuropathy (LHON)	single-cell RNA sequencing, electrophysiological analysis	mouse model	RNA sequencing data, electrophysiological data, morphological data	未明确说明小鼠数量
582	2025-05-02	SGTB: A graph representation learning model combining transformer and BERT for optimizing gene expression analysis in spatial transcriptomics data 2025-Apr-21, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108482 PMID:40306096	研究论文	提出了一种结合Transformer和BERT的图表示学习模型SGTB，用于优化空间转录组学数据中的基因表达分析	整合了图卷积网络（GCN）、Transformer和BERT语言模型，以优化空间转录组学数据的表示能力	未提及具体的数据集或实验规模限制	优化空间转录组学数据的表示能力，提高细胞类型分类和基因调控网络构建等任务的准确性	空间转录组学数据	数字病理学	NA	空间转录组学（ST）	GCN, Transformer, BERT	基因表达矩阵	NA
583	2025-05-02	Spatial transcriptomics delineates potential differences in intestinal phenotypes of cardiac and classical necrotizing enterocolitis 2025-Apr-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112166 PMID:40201118	研究论文	通过空间转录组学比较心脏性和经典坏死性小肠结肠炎（NEC）的肠道表型差异	首次使用空间转录组学揭示心脏性和经典NEC在免疫和上皮细胞层面的通路和网络差异	样本量较小，未明确说明具体样本数量	探究心脏性和经典坏死性小肠结肠炎的潜在病理机制差异	坏死性小肠结肠炎患者的回肠组织	数字病理学	坏死性小肠结肠炎	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
584	2025-05-02	Regulatory T Cell Mimicry by a Subset of Mesenchymal GBM Stem Cells Suppresses CD4 and CD8 Cells 2025-04-14, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14080592 PMID:40277917	研究论文	本研究揭示了胶质母细胞瘤（GBM）中一类具有免疫抑制特性的间充质胶质瘤干细胞（GSCs）通过模仿调节性T细胞（Tregs）抑制CD4+和CD8+T细胞的机制	首次发现间充质GSCs通过TGFBR2依赖的机制模仿Tregs，形成免疫抑制性Treg样（ITL）状态，并鉴定出六基因ITL特征	研究主要基于体外实验和患者来源的细胞模型，临床样本验证仍需进一步扩展	阐明GBM免疫抑制微环境中GSCs的分子机制及其对T细胞功能的抑制作用	胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）、CD4+和CD8+T细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞测序、生物信息学分析、转基因表达、shRNA干扰	患者来源的GBM神经球模型	测序数据、临床数据、实验数据	患者来源的GSCs和临床GBM标本
585	2025-05-02	Integration of Transcriptomic and Single-Cell Data to Uncover Senescence- and Ferroptosis-Associated Biomarkers in Sepsis 2025-Apr-11, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13040942 PMID:40299574	研究论文	该研究通过整合转录组学和单细胞数据，揭示了脓毒症中与衰老和铁死亡相关的生物标志物	首次结合WGCNA和scRNA-seq技术，识别脓毒症中铁死亡和衰老相关的关键基因，并评估其诊断潜力及药物相互作用	需要进一步的临床验证和精准医学应用研究	揭示脓毒症的病理生理机制，并寻找诊断和靶向治疗的生物标志物	脓毒症患者	生物信息学	脓毒症	WGCNA, scRNA-seq, 分子对接	ROC分析	转录组数据, 单细胞RNA测序数据	公共数据集（GSE57065, GSE65682, GSE26378）
586	2025-05-02	Comprehensive Integrated Analysis Reveals the Spatiotemporal Microevolution of Cancer Cells in Patients with Bone-Metastatic Prostate Cancer 2025-Apr-09, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13040909 PMID:40299503	研究论文	该研究通过单细胞转录组学系统性地分析了前列腺癌骨转移的异质性和微环境适应性	整合了迄今为止最大的单细胞转录组数据集，揭示了前列腺癌骨转移的关键进化轨迹和新型上皮亚群NEndoCs	传统聚类方法在处理癌症上皮细胞显著异质性时面临挑战	系统表征前列腺癌骨转移的异质性和微环境适应性	前列腺癌骨转移患者的癌细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞转录组学	无监督聚类	单细胞转录组数据	124个样本（包括原发前列腺肿瘤、骨转移部位和非恶性组织），602,497个高质量单细胞转录组
587	2025-05-02	Immune Regulation and Disulfidptosis in Atherosclerosis Influence Disease Progression and Therapy 2025-Apr-09, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13040926 PMID:40299531	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和生物信息学方法，探讨了免疫调节和二硫键死亡在动脉粥样硬化中的作用及其对疾病进展和治疗的影响	首次全面绘制了动脉粥样硬化斑块中免疫细胞的富集和相互作用图谱，并鉴定了CTSC、TGFBI和GMFG作为关键生物标志物	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能忽略了其他潜在的分子机制	研究动脉粥样硬化的分子机制及其潜在治疗靶点	动脉粥样硬化斑块中的平滑肌细胞和巨噬细胞亚型	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, WGCNA, 机器学习	诊断风险评分模型	单细胞RNA测序数据	未明确说明样本数量
588	2025-05-02	Exploring Immune-Related Ferroptosis Genes in Thyroid Cancer: A Comprehensive Analysis 2025-Apr-08, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13040903 PMID:40299520	research paper	该研究探索了甲状腺癌中免疫相关铁死亡基因（IRFGs），以发现新的治疗靶点	整合了bulk和单细胞RNA测序数据，构建了一个稳健的预后模型，为甲状腺癌患者提供了新的治疗靶点和预后评估方法	NA	探索甲状腺癌中免疫相关铁死亡基因（IRFGs），以发现新的治疗靶点	甲状腺癌样本	digital pathology	thyroid cancer	CIBERSORTx, WGCNA, LASSO Cox regression, scRNA-seq, qRT-PCR	prognostic risk score model	RNA sequencing data	甲状腺癌样本（具体数量未提及）
589	2025-05-02	Integrative bioinformatics analysis reveals mitochondrial-Immune crosstalk in depression and stroke: a multi-omics mechanistic exploration 2025-Apr-02, Progress in neuro-psychopharmacology & biological psychiatry IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.pnpbp.2025.111308 PMID:40058518	research paper	该研究通过生物信息学分析揭示了线粒体代谢与免疫微环境在抑郁症和中风发病机制中的相互作用	首次整合多组学数据探索线粒体-免疫串扰在抑郁症和中风中的作用机制，并识别了10个潜在治疗靶点药物	研究主要基于生物信息学分析，需要后续实验验证	阐明线粒体代谢和免疫微环境在抑郁症和中风发病机制中的相互作用	抑郁症和中风患者的基因表达数据	生物信息学	抑郁症,中风	基因表达分析,单细胞RNA测序	蛋白-蛋白相互作用网络分析	基因表达数据	来自抑郁症和中风数据集的多个基因表达谱
590	2025-05-02	Application of bioinformatic tools in cell type classification for single-cell RNA-seq data 2025-Apr, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2024.108332 PMID:39793515	研究论文	本文比较和评估了支持向量机（SVM）四种不同核函数在单细胞RNA测序数据细胞类型分类中的性能	通过实验证明SVM的线性和sigmoid核函数在细胞分类中具有高准确率（约99%），且线性核函数计算速度显著快于其他核函数	仅测试了三种标准scRNA-seq数据集，可能无法代表所有情况	评估不同SVM核函数在单细胞RNA测序数据细胞类型分类中的性能	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	支持向量机（SVM）	基因表达数据	三种标准scRNA-seq数据集
591	2025-05-02	PcoCas12a: A novel CRISPR enzyme from Prevotella copri enhancing TCR-T-cell tumor suppression 2025-Apr, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.139740 PMID:39800033	研究论文	本研究鉴定了一种新型基因编辑酶CRISPR/PcoCas12a，源自Prevotella copri，并展示了其在TCR-T细胞中增强肿瘤抑制的能力	发现了一种新型CRISPR酶PcoCas12a，具有更广泛的编辑位点和更高的编辑效率，特别是在TCR-T细胞中增强肿瘤抑制效果	未提及具体局限性	寻找并验证一种高效的基因编辑酶用于免疫细胞编辑，特别是T细胞治疗	CRISPR/PcoCas12a酶及其在TCR-T细胞中的应用	基因编辑	肿瘤	CRISPR基因编辑技术	NA	基因序列数据	未提及具体样本数量
592	2025-05-02	Update on mast cell biology 2025-Apr, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.12.1092 PMID:39800266	review	本文综述了2022年至2024年间关于肥大细胞（MCs）生物学的重要研究进展	揭示了肥大细胞亚群与免疫细胞、神经元和组织结构细胞的新相互作用，改变了对其在驱动和帮助解决组织炎症、重塑组织微环境及影响宿主行为中作用的理解	NA	探讨肥大细胞在健康和疾病中的表型及其作用	肥大细胞（MCs）	NA	过敏炎症性疾病	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
593	2025-05-02	Characterization of NK Cells Using Single-Cell RNA Sequencing in Patients With Acute-On-Chronic Liver Failure 2025-Apr, Journal of gastroenterology and hepatology IF:3.7Q2 DOI:10.1111/jgh.16870 PMID:39800654	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究急性慢性肝衰竭患者中NK细胞的特性及其在炎症反应中的作用	首次在急性慢性肝衰竭患者中通过单细胞RNA测序揭示了NK细胞亚群的异质性及其与疾病进展的关系，并发现CEMIP2作为疾病进展的潜在分子标志物	研究样本量相对较小，且仅关注了外周血中的NK细胞，未涉及其他免疫细胞或组织中的NK细胞	探究急性慢性肝衰竭患者中NK细胞亚群的特征及其在炎症反应中的作用	急性慢性肝衰竭患者和健康对照者的外周血NK细胞	免疫学	急性慢性肝衰竭	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和流式细胞术	NA	RNA测序数据	14,751个NK细胞，来自急性慢性肝衰竭患者和健康对照者
594	2025-05-02	ODSEI Chip: An Open 3D Microfluidic Platform for Studying Tumor Spheroid-Endothelial Interactions 2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202410659 PMID:39805002	研究论文	介绍了一种新型开放式3D微阵列平台ODSEI芯片，用于研究肿瘤球体与内皮细胞的相互作用	开发了一种能够阵列超过1000个肿瘤球体并允许单球体水平药物抗性分析的新型3D微流控平台	未明确提及研究的局限性	研究肿瘤球体与内皮细胞的相互作用及其在药物抗性中的作用	乳腺癌肿瘤球体和血管内皮细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、蛋白质阵列	3D微流控芯片	基因表达数据、蛋白质数据	超过1000个肿瘤球体
595	2025-05-02	Unleashing the Power of Multiomics: Unraveling the Molecular Landscape of Peripheral Neuropathy 2025-Apr, Annals of clinical and translational neurology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/acn3.70019 PMID:40126913	review	本文回顾了基因组技术在周围神经病变（PN）研究中的演变，强调了NGS在揭示遗传复杂性中的关键作用，并探讨了多组学技术在PN病理生理学中的潜在应用	强调了下一代测序（NGS）和新兴多组学技术在PN研究中的革命性作用，挑战了以往关于致病性的假设	讨论了将这些技术标准化用于临床的挑战和问题，指出需要制定强有力的指南以最大化其临床效用	旨在通过基因组和多组学技术深入了解周围神经病变的病理生理学，以改善诊断、预后评估和个性化治疗策略	周围神经病变（PN）及其相关的分子机制	基因组学	周围神经病变	NGS, 长读长/单细胞测序, RNA测序, 蛋白质组学	NA	基因组数据, 转录组数据, 蛋白质组数据	NA
596	2025-05-02	Flow-Cytometric Quantification of Urine Kidney Epithelial Cells Specifically Reflects Tubular Damage in Acute Kidney Diseases 2025-Apr, Kidney international reports IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.ekir.2025.01.037 PMID:40303202	研究论文	本研究通过流式细胞术量化尿液中的肾脏上皮细胞，特别反映了急性肾脏疾病中的肾小管损伤	利用单细胞测序和流式细胞术结合CITE-Seq技术，开发了一种非侵入性检测肾小管损伤的标记物	样本量相对较小，且仅针对特定类型的急性肾脏疾病进行了验证	建立尿液中的肾小管上皮细胞作为肾小管损伤的临床标记物	急性肾损伤（AKI）、COVID-19感染、ANCA相关性血管炎（AAV）患者及健康对照	数字病理学	急性肾损伤	单细胞测序、流式细胞术、CITE-Seq	NA	尿液样本、肾脏活检样本	243名患者（包括8名用于测序的AKI和肾小球疾病患者，235名用于验证的患者）
597	2025-05-02	Investigating the Prognostic Role of Telomerase-Related Cellular Senescence Gene Signatures in Breast Cancer Using Machine Learning 2025-Mar-30, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13040826 PMID:40299459	研究论文	本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，建立了一个与端粒维持和细胞衰老相关的基因特征，用于乳腺癌的预后预测	提出了一个包含19个关键端粒和衰老相关基因的新型预后特征，并验证了其在多个独立队列中的预测准确性	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本选择的限制	研究端粒酶相关细胞衰老基因特征在乳腺癌预后中的作用	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	RNA测序, 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 免疫组织化学 (IHC)	随机生存森林, 岭回归	RNA测序数据, 单细胞转录组数据	来自TCGA和GEO数据库的多个独立队列
598	2025-05-02	Migrasome-Related Genes as Potential Prognosis and Immunotherapy Response Predictors for Colorectal Cancer 2025-Mar-26, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13040799 PMID:40299331	research paper	该研究通过生物信息学分析迁移体相关基因，识别出T1MP1、CXCL8和MGP作为结直肠癌预后和免疫治疗反应的潜在生物标志物	首次探索迁移体相关基因在结直肠癌预后和免疫治疗反应中的作用，并识别出关键基因和细胞类型	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探索迁移体相关基因在结直肠癌预后和免疫治疗反应中的作用	结直肠癌患者和迁移体相关基因	digital pathology	colorectal cancer	RNA-seq, WGCNA, 单细胞RNA-seq	风险模型	基因表达数据	TCGA-CRC数据集和GSE231559单细胞RNA-seq数据集
599	2025-05-02	Migrasome Marker Epidermal Growth Factor Domain-Specific O-GlcNAc Transferase: Pan-Cancer Angiogenesis Biomarker and the Potential Role of circ_0058189/miR-130a-3p/EOGT Axis in Hepatocellular Carcinoma Progression and Sorafenib Resistance 2025-Mar-22, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13040773 PMID:40299340	research paper	本研究系统性地探讨了EOGT在多种癌症中的致癌机制，特别是在肝细胞癌（HCC）进展和索拉非尼耐药性中的作用	首次将EOGT确立为泛癌血管生成生物标志物，并揭示了其通过外泌体circRNA介导的调控在治疗耐药性中的作用	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探究EOGT在癌症生物学中的功能及其治疗意义	33种癌症类型的TCGA/GTEx数据、10个HCC队列、Huh7细胞模型	cancer biology	hepatocellular carcinoma	multi-omics analysis, RNA sequencing, ceRNA network construction, drug sensitivity analysis, immune microenvironment assessment	NA	genomic data, transcriptomics data, exosomal RNA	33种癌症类型的TCGA/GTEx数据、10个HCC队列
600	2025-05-02	Protocol for transcriptomic and epigenomic analyses of tip-like endothelial cells using scRNA-seq and ChIP-seq 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103326 PMID:39799578	研究论文	本文介绍了一种用于分析培养的内皮细胞中尖端样细胞的转录组和表观基因组分析的实验方案	提出了一种可扩展的实验方案，适用于包括蛋白质组学和代谢组学在内的多种组学研究	实验方案的具体执行细节需要参考Miyamura等人的完整说明	研究内皮细胞在血管生成过程中的转录组和表观基因组变化	人类脐静脉内皮细胞（HUVECs）	生物信息学	NA	scRNA-seq, ChIP-seq	NA	转录组数据, 表观基因组数据	NA