单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-08-11	Taurine from tumour niche drives glycolysis to promote leukaemogenesis 2025-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09018-7 PMID:40369079	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了骨髓基质微环境中的牛磺酸-牛磺酸转运体(TAUT)轴在促进白血病干细胞(LSCs)生长和白血病发生中的关键作用	首次系统性地描绘了白血病进展过程中基质信号的动态变化，并鉴定出牛磺酸作为髓系恶性肿瘤的关键调节因子	研究主要聚焦于髓系白血病，对其他类型白血病的适用性尚需验证	探索骨髓微环境信号在白血病发生发展中的作用机制	白血病干细胞(LSCs)和骨髓基质细胞	肿瘤微环境研究	急性髓系白血病(AML)	单细胞RNA测序(scRNA-seq), CRISPR筛选, 多组学分析	TAUT基因功能缺失小鼠模型	单细胞转录组数据, 患者来源的AML细胞数据	患者来源的AML细胞和小鼠模型
42	2025-08-11	Association of DNA damage response signals and oxidative stress status with nivolumab efficacy in patients with Head and Neck Squamous Cell Carcinoma 2025-Aug, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03032-2 PMID:40410274	研究论文	研究DNA损伤反应信号和氧化应激状态与头颈部鳞状细胞癌患者对nivolumab疗效的关联	首次在头颈部鳞状细胞癌患者中，通过外周血单核细胞（PBMCs）测量DNA损伤反应信号和氧化应激状态，发现这些指标与免疫检查点抑制剂的疗效相关	样本量较小（50名患者），需要进一步验证	探索DNA损伤反应信号和氧化应激状态作为预测头颈部鳞状细胞癌患者对nivolumab疗效的生物标志物	头颈部鳞状细胞癌患者和健康对照者的外周血单核细胞（PBMCs）及组织活检样本	肿瘤免疫学	头颈部鳞状细胞癌	空间转录组学	NA	RNA原位数据和PBMCs测量数据	50名头颈部鳞状细胞癌患者和26名健康对照者
43	2025-08-11	Temporal control of progenitor competence shapes maturation in GABAergic neuron development in mice 2025-Aug, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01999-y PMID:40629142	研究论文	本研究探讨了小鼠胚胎中GABA能神经元发育过程中祖细胞能力的时间控制如何影响其成熟和分化	揭示了神经发生的时间进程如何影响神经节隆起祖细胞的成熟能力，以及染色质重塑和转录因子NFIB及其靶基因如何调控晚期出生神经元的成熟能力	研究仅限于小鼠模型，未涉及其他物种	理解GABA能神经元发育过程中祖细胞能力的时间控制机制	小鼠胚胎中的GABA能投射神经元和中间神经元	神经发育生物学	NA	单细胞转录组学、染色质可及性分析、谱系追踪、出生日期标记、跨发育阶段移植和扰动测序	NA	转录组数据、染色质可及性数据	小鼠胚胎
44	2025-08-11	A molecular cell atlas of mouse lemur, an emerging model primate 2025-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09113-9 PMID:40739356	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术创建了小鼠狐猴的转录组图谱，定义了超过750种分子细胞类型及其基因表达谱	首次系统地描述了小鼠狐猴的细胞和分子生物学特征，并发现了数十种以前未识别或描述不足的细胞类型	研究仅基于四只捐赠者的样本，样本量相对有限	为研究这种新兴的灵长类模型生物提供细胞和分子基础	小鼠狐猴的27个器官中的226,000个细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA测序（droplet-based和plate-based）	NA	转录组数据	来自四只小鼠狐猴捐赠者的27个器官中的226,000个细胞
45	2025-08-11	Mouse lemur cell atlas informs primate genes, physiology and disease 2025-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09114-8 PMID:40739355	研究论文	该研究通过大规模单细胞RNA测序构建了鼠狐猴细胞图谱，揭示了其基因、生理和疾病特征	首次构建了鼠狐猴的细胞图谱，发现了数千个新基因和剪接位点，并系统探索了其免疫系统特征	研究主要基于鼠狐猴，结果向其他灵长类动物的推广性需要进一步验证	探索鼠狐猴的基因特征、生理功能和疾病机制	鼠狐猴的27个器官的细胞	基因组学	子宫内膜癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	27个器官的细胞
46	2025-08-11	Multi-omics profiling identifies TNFRSF18 as a novel marker of exhausted CD8⁺ T cells and reveals tumour-immune dynamics in colorectal cancer 2025-Aug, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70425 PMID:40770837	研究论文	该研究通过多组学分析揭示了结直肠癌(CRC)中CD8⁺ T细胞耗竭的动态模式及其与肿瘤免疫逃逸的关系	首次发现TNFRSF18作为CD8⁺ T细胞耗竭的新标志物，并揭示了核糖体干性在肿瘤免疫逃逸中的作用	样本量较小(仅6名患者)，需要在更大队列中验证	探究结直肠癌中CD8⁺ T细胞耗竭的动态演变及其临床意义	结直肠癌患者肿瘤组织和癌旁组织中的CD8⁺ T细胞	肿瘤免疫学	结直肠癌	scRNA-seq, scVDJ-seq, 空间转录组学, 免疫荧光	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 免疫组化数据	6名CRC患者的20个组织样本(涵盖不同TNM分期)
47	2025-08-11	scCOSMIX: A Mixed-Effects Framework for Differential Coexpression and Transcriptional Interactions Modeling in Single-Cell RNA-Seq 2025-Aug, Statistics in medicine IF:1.8Q1 DOI:10.1002/sim.70213 PMID:40772737	研究论文	本文提出了一种混合效应框架scCOSMiX，用于在单细胞RNA测序数据中建模差异共表达和转录相互作用	scCOSMiX框架考虑了单细胞实验中常见的多主体层次设计，通过基于copula的方法允许零膨胀、边缘和关联参数作为协变量的函数建模，并包含主体级随机效应	未明确提及具体局限性	开发一个能够系统研究单细胞分辨率下基因-基因相互作用的统计框架	单细胞RNA测序数据中的基因共表达和转录相互作用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	混合效应模型	基因表达数据	两个scRNA-seq数据集(GSE266919和GSE108989)
48	2025-08-11	CXCL16 Producing Tumor Clones Are Shaping Immunosuppressive Microenvironment in Squamous Cell Carcinoma via CXCR6 Regulatory T Cell 2025-Aug, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.71060 PMID:40776410	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组分析，揭示了鳞状细胞癌中CXCL16产生肿瘤克隆通过CXCR6调节性T细胞塑造免疫抑制微环境的机制	首次发现SCC特异性COL6A1+/ITGA5+癌细胞产生CXCL16，并通过CXCL16/CXCR6轴招募Tregs形成免疫抑制微环境	样本量较小（5例BCC、3例SCCIS和2例SCC），需要更大规模验证	探究鳞状细胞癌肿瘤演化的详细机制和免疫微环境形成	皮肤鳞状细胞癌（cSCC）和基底细胞癌（BCC）	肿瘤免疫学	鳞状细胞癌	scRNA-seq, TCR克隆分析, 空间转录组分析(GeoMx DSP)	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	5例BCC、3例SCCIS和2例SCC样本，共计117,663个细胞
49	2025-08-11	Molecular Subtypes and Risk Prediction Model Based on Malignant Cell Differentiation Trajectories in Breast Cancer 2025-Aug, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70680 PMID:40778650	研究论文	基于乳腺癌恶性细胞分化轨迹的分子亚型和风险预测模型研究	整合单细胞RNA-seq、空间转录组和大块RNA-seq数据，构建了新的乳腺癌分层系统和预后模型	模型的预测准确度中等（AUC=0.708），需要进一步验证	解析乳腺癌的分子景观，开发新的分子分层和预后预测方法	乳腺癌患者及其恶性细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA-seq、空间转录组、大块RNA-seq	LASSO回归	RNA-seq数据	1097例TCGA-BRCA队列样本和2493个恶性位点
50	2025-08-11	Tranquillyzer: A Flexible Neural Network Framework for Structural Annotation and Demultiplexing of Long-Read Transcriptomes 2025-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.25.666829 PMID:40766630	research paper	介绍了一种名为Tranquillyzer的灵活神经网络框架，用于长读长转录组的结构注释和解复用	采用混合神经网络架构和全局上下文感知设计，能够精确识别结构元素，即使在元素移位、部分降解或由于测序噪声或文库构建变异性重复时也能处理	未明确提及具体限制，但可能依赖于用户定义的标签模式进行训练，且需要标准GPU支持	开发一个灵活、可扩展的框架，用于处理长读长单细胞RNA测序数据	长读长单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	Oxford Nanopore Technologies (ONT) 长读长单细胞RNA测序	混合神经网络	RNA测序数据	NA
51	2025-08-11	Impact of integration on persistent homology clustering and biological signal detection in scRNA-seq data 2025-Jul-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.24.666637 PMID:40766507	研究论文	本研究探讨了在单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中，数据整合对持久同调聚类和生物信号检测的影响	利用拓扑数据分析（TDA）中的持久同调（PH）技术，为高维数据中的结构模式提供了一个变形不变的框架，并评估了数据整合对拓扑特征和生物可解释性的影响	研究仅基于八种组织类型的scRNA-seq数据集，可能无法涵盖所有生物条件和实验协议	评估数据整合对scRNA-seq数据拓扑特征和生物信号检测的影响	八种组织类型的scRNA-seq数据集	生物信息学	NA	scRNA-seq, 持久同调（PH）	NA	scRNA-seq数据	八种组织类型的scRNA-seq数据集
52	2025-08-11	Integrating 12 Spatial and Single Cell Technologies to Characterise Tumour Neighbourhoods and Cellular Interactions in three Skin Cancer Types 2025-Jul-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.25.666708 PMID:40766555	研究论文	整合12种空间和单细胞技术，对三种皮肤癌类型的肿瘤微环境和细胞相互作用进行表征	首次整合12种互补的空间单细胞技术，构建正交验证的细胞特征、空间图谱和相互作用组，并发现CD44-FGF2作为潜在治疗靶点	研究主要聚焦于三种皮肤癌类型，可能不适用于其他癌症类型	深入理解皮肤癌微环境及其细胞相互作用	皮肤鳞状细胞癌(cSCC)、基底细胞癌(BCC)和黑色素瘤	数字病理学	皮肤癌	空间转录组学、蛋白质组学、糖组学、Opal Polaris、RNAScope、邻近连接分析	NA	空间单细胞数据、遗传关联数据	超过500,000个体的遗传关联数据
53	2025-08-11	Multimodal associations between brain morphology, immune-inflammatory markers, spatial transcriptomics, and behavioural symptoms in autism spectrum disorder 2025-Jul-26, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2025.07.021 PMID:40721173	研究论文	本研究探讨了自闭症谱系障碍（ASD）中攻击行为的神经生物学机制，结合了神经内分泌、炎症标志物、脑结构差异和空间转录组学分析	首次在ASD攻击行为研究中整合多模态数据（行为学、神经影像、分子生物学），揭示了前额叶-边缘系统-纹状体网络失衡与神经炎症的关联	样本量较小（n=42），仅纳入男性患者，缺乏纵向数据，未考虑环境因素影响	阐明ASD攻击行为的神经生物学机制并为治疗策略提供依据	11-38岁男性ASD患者（攻击组n=21 vs 非攻击组n=21）	神经科学	自闭症谱系障碍	多重检测（细胞因子/神经肽）、变形形态测量学（DBM）、空间转录组学、MRI	NA	行为量表数据、血浆生物标志物、神经影像数据、基因表达数据	42例男性ASD患者（21例攻击组+21例对照组），其中13例攻击组完成MRI扫描
54	2025-08-11	Single Cell Profiling in the Sox10Dom Hirschsprung Mouse Implicates Hox Genes in Enteric Neuron Trajectory Allocation 2025-Jul-21, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101590 PMID:40701368	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探究了Sox10Dom突变对肠神经系统发育中神经元轨迹分配的影响，并发现Hox基因在此过程中的关键作用	首次将Hox基因表达变化（特别是Hoxa6）与肠神经元轨迹改变相关联	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究Sox10缺乏如何改变肠神经元比例及其在早期肠神经系统发育中的作用	Sox10+/+和Sox10Dom/+同窝小鼠的肠神经系统前体细胞、发育中的神经元和肠胶质细胞	发育生物学	先天性巨结肠症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组化、杂交链式反应（HCR）	小鼠模型	单细胞转录组数据	Sox10+/+和Sox10Dom/+同窝小鼠的肠神经系统细胞
55	2025-08-11	Resolving the design principles that control post-natal vascular growth and scaling 2025-Jul-16, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101324 PMID:40628258	研究论文	本文通过多尺度实验和计算方法，揭示了主动脉在出生后生长和缩放的设计原则	发现了主动脉扩张遵循独特的生长原则，与脊柱成比例，并通过两个时间协调、空间随机的增殖波进行，揭示了内皮细胞挤出对维持主动脉稳态尺寸的重要性	研究主要关注主动脉的生长机制，可能不适用于其他器官的生长过程	探索出生后血管生长和缩放的设计原则	主动脉	生物医学工程	NA	单细胞RNA测序、数学建模	NA	实验数据、计算模型	NA
56	2025-08-11	Long-read RNA sequencing of transposable elements from single cells using CELLO-seq 2025-Jul-16, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-025-01203-2 PMID:40670609	研究论文	介绍了一种名为CELLO-seq的单细胞长读RNA测序协议，用于将转座元件（TEs）来源的读数映射到独特的基因组位点	CELLO-seq通过整合长50核苷酸独特分子标识符和高PCR重复数，实现了对长读的错误校正，从而能够高保真地将表达数据映射到高度序列相似的年轻TEs以及基因和TE异构体	需要具备分子生物学和转录组分析经验的用户，且完成从细胞分离到定量的整个过程需要一周时间	开发一种高保真映射转座元件（TEs）表达数据的方法	转座元件（TEs）和基因	基因组学	NA	长读RNA测序（CELLO-seq）	NA	RNA序列数据	单细胞
57	2025-08-11	Chemical Perturbations Impacting Histone Acetylation Govern Colorectal Cancer Differentiation 2025-Jul-07, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2025.07.003 PMID:40633623	research paper	该研究通过筛选靶向表观遗传调控因子的小分子库，揭示了组蛋白去乙酰化酶HDAC1/2抑制促进结直肠癌分化的分子机制	发现HDAC1/2催化域抑制可促进CRC分化并抑制肿瘤生长，鉴定H3K27ac和H3K9ac为关键调控标记，揭示死亡相关蛋白激酶3参与HDAC1/2抑制诱导的H3K27ac介导的CRC分化	研究主要基于体外模型和患者来源的类器官，临床转化效果需进一步验证	鉴定和表征结直肠癌分化的表观遗传调控因子，揭示重编程癌细胞状态的机制	结直肠癌细胞和小鼠模型、患者来源的CRC类器官	表观遗传学	结直肠癌	小分子筛选、单细胞RNA测序、基于质谱的组蛋白修饰分析、靶向降解	小鼠和人类CRC模型	表观遗传数据、基因表达数据	未明确说明具体样本数量，涉及小鼠模型和患者来源的类器官
58	2025-08-11	Platelet-Rich Plasma in Cardiovascular Regeneration: Mechanistic Insights, Technological Innovations, and Future Directions 2025-Jul, Reviews in cardiovascular medicine IF:1.9Q3 DOI:10.31083/RCM39383 PMID:40776966	综述	本文探讨了富含血小板血浆（PRP）在心血管再生医学中的生物学机制、临床应用及未来发展方向	提出了利用纳米技术、CRISPR编辑的外泌体和AI驱动的个性化治疗策略等创新方法来优化PRP疗法	PRP成分因制备方法不同而存在变异性，且存在安全性问题	探索PRP在心血管再生医学中的治疗潜力及优化策略	富含血小板血浆（PRP）及其在心血管疾病中的应用	心血管再生医学	缺血性心脏病、外周动脉疾病、炎症性心脏病	纳米技术、CRISPR编辑、单细胞RNA测序、AI	NA	NA	NA
59	2025-08-11	Stem cell-derived small extracellular vesicles containing miR-27b-3p attenuated osteoarthritis through inhibition of leukaemia inhibitory factor 2025-Jul, Fundamental research IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.fmre.2023.02.005 PMID:40777809	研究论文	研究发现源自间充质干细胞的小细胞外囊泡（sEVs）通过携带miR-27b-3p抑制白血病抑制因子（LIF）的表达，从而缓解骨关节炎（OA）	首次揭示U-sEVs中的miR-27b-3p通过靶向LIF在FLSs和SFCs中发挥抗OA作用	研究未涉及miR-27b-3p在其他细胞类型中的作用及长期治疗效果	探索MSC-derived sEVs在治疗OA中的具体作用机制	小鼠OA模型中的成纤维样滑膜细胞（FLSs）和软骨表层细胞（SFCs）	细胞治疗	骨关节炎	miRNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠OA模型
60	2025-08-11	The revelation of UCHL1 in malignant epithelial cells of TNBC reinforcing cisplatin resistance by modulating ferroptosis based on single-cell transcriptome data 2025-Jul, Journal of clinical biochemistry and nutrition IF:2.0Q3 DOI:10.3164/jcbn.24-206 PMID:40777820	research paper	该研究基于单细胞转录组数据揭示了UCHL1在TNBC恶性上皮细胞中通过调节铁死亡增强顺铂耐药性的机制	首次发现UCHL1通过抑制铁死亡途径增强TNBC对顺铂的耐药性	研究仅基于9个TNBC样本，样本量较小	探索TNBC化疗耐药性的分子机制	三阴性乳腺癌(TNBC)恶性上皮细胞	digital pathology	breast cancer	scRNA-seq	NA	single-cell transcriptome data	9个TNBC样本