单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-08-04	Systematic characterization of the ovarian landscape across mouse menopause models 2025-Jun-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.10.658920 PMID:40661543	研究论文	本文系统比较了三种小鼠更年期模型，揭示了卵泡丢失、内分泌紊乱和转录重塑的共同及模型特异性特征	通过比较三种小鼠更年期模型，发现了仅靠自然衰老无法捕捉的激素和免疫变化的独特模式	研究局限于小鼠模型，可能不完全反映人类更年期的分子机制	研究更年期的分子机制及其对全身健康的影响	三种小鼠更年期模型（自然衰老、化学卵巢卵泡耗竭、遗传模型）	生物医学研究	更年期相关疾病	组织学、血清激素分析、单细胞转录组学、机器学习	机器学习	分子和表型数据	三种小鼠更年期模型
42	2025-08-04	A Reflux Linked GATA Factor Fulcrum Dictates Lineage Commitment Through GPRC5B During the Esophageal Dysplastic Transition 2025-Jun-07, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101552 PMID:40490196	研究论文	本研究探讨了GATA家族转录因子在食管腺癌（EAC）和Barrett食管（BE）化生-异型增生转变过程中的作用机制	发现了GATA因子在食管腺癌发展中的关键作用，并识别了GATA诱导的GPRC5B作为功能性标记物和可能的驱动因子	研究主要基于体外实验和芯片器官模型，需要进一步的体内验证	阐明GATA家族成员在Barrett食管向食管腺癌转变过程中的分子机制	食管细胞系、病变来源的成体干细胞（ASCs）和癌症基因组图谱数据	癌症生物学	食管腺癌	RNA测序、shRNA或CRISPR介导的基因沉默、空间转录组学、芯片器官研究	NA	基因表达数据、空间转录组数据	癌症基因组图谱中的EAC病例、食管细胞系和病变来源的ASCs
43	2025-08-04	Identifying Immunomodulatory Subpopulations of Adipose Stromal Vascular Fraction and Stem/Stromal Cells Through Single-Cell Transcriptomics and Bulk Proteomics 2025-Jun, Stem cell reviews and reports IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s12015-025-10889-6 PMID:40366552	研究论文	通过单细胞转录组学和批量蛋白质组学识别脂肪基质血管组分和干细胞/基质细胞中的免疫调节亚群	整合单细胞RNA测序和批量蛋白质组学数据，识别出脂肪基质血管组分中具有不同免疫调节表型的干细胞亚群	研究主要基于体外实验，未涉及体内验证	探究脂肪来源干细胞/基质细胞的异质性免疫调节潜力	脂肪基质血管组分和脂肪来源干细胞/基质细胞	单细胞组学	NA	scRNA-seq, 批量蛋白质组学	Scissor算法	转录组数据, 蛋白质组数据	未明确说明样本数量
44	2025-08-04	Distinct single-cell transcriptional profile in CD4+ T-lymphocytes among obese children with asthma 2025-Mar-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00270.2024 PMID:39868576	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了肥胖哮喘儿童与正常体重哮喘儿童CD4+ T细胞的转录组差异	首次在单细胞水平揭示了肥胖哮喘儿童CD4+ T细胞的独特转录特征，发现了与严重哮喘相关的新通路	样本量较小（仅8名参与者），需要在更大队列中验证发现	探究肥胖哮喘儿童CD4+ T细胞的分子特征及其与哮喘严重程度的关系	肥胖哮喘儿童与正常体重哮喘儿童的CD4+ T细胞	免疫学	哮喘	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	8名参与者（4名肥胖哮喘儿童和4名正常体重哮喘儿童）
45	2025-08-04	STANCE: a unified statistical model to detect cell-type-specific spatially variable genes in spatial transcriptomics 2025-Feb-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57117-w PMID:39979358	research paper	提出了一种名为STANCE的统一统计模型，用于在空间转录组学中检测细胞类型特异性空间可变基因（SVGs）	STANCE模型在线性混合效应模型框架下整合基因表达、空间位置和细胞类型组成信息，确保组织旋转不变的结果，并通过两阶段方法进行SVG/ctSVG检测	未提及具体局限性	检测空间转录组学中的细胞类型特异性空间可变基因（ctSVGs）	空间转录组学数据中的基因表达模式	空间转录组学	NA	空间转录组学技术	线性混合效应模型	基因表达数据	公共数据集和广泛模拟
46	2025-08-04	Uncovering the molecular mechanisms of Qingdu Zengye Decoction in the treatment of nasopharyngeal carcinoma: an integrative investigation 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1648294 PMID:40746726	研究论文	本研究通过整合计算药理学、功能实验和单细胞转录组分析，揭示了清毒增液汤（QZD）在治疗鼻咽癌中的分子机制	首次采用单细胞转录组测序（scRNA-seq）技术解析QZD在鼻咽癌肿瘤微环境中的空间靶向定位，并发现其通过多靶点调控发挥抗肿瘤作用	研究主要基于体外实验和计算模拟，缺乏临床疗效验证	阐明清毒增液汤治疗鼻咽癌的作用机制	鼻咽癌细胞及肿瘤微环境	计算药理学	鼻咽癌	网络药理学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、分子对接	NA	转录组数据、蛋白质相互作用数据	未明确说明样本量（基于体外实验和计算分析）
47	2025-08-04	Epiplakin expression is lost in psoriatic skin lesions and is downregulated by IFN-γ in ex vivo skin cultures 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1617737 PMID:40746860	research paper	该研究探讨了epiplakin（EPPK1）在银屑病皮肤病变中的表达缺失及其在体外皮肤培养中被IFN-γ下调的机制	首次揭示了EPPK1在银屑病皮肤病变中的特异性下调及其与IFN-γ的关联	研究主要基于体外实验和动物模型，未涉及大规模临床样本验证	探究EPPK1在炎症性皮肤病（特别是银屑病）中的作用及其调控机制	人类银屑病皮肤样本和小鼠表皮	皮肤病理学	银屑病	单细胞RNA测序（scRNAseq）、免疫荧光、细胞因子处理	NA	RNA测序数据、免疫染色图像	人类银屑病皮肤样本和小鼠表皮样本（具体数量未提及）
48	2025-08-04	Exploring the prognostic significance and therapeutic potential of SUCLG2 in prostate cancer 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1592779 PMID:40747103	研究论文	本研究探讨了SUCLG2在前列腺癌中的预后意义和治疗潜力，并构建了一个基于脂质代谢的风险模型	首次从脂质代谢角度构建了前列腺癌的16基因风险模型，并验证了SUCLG2作为潜在标志物和治疗靶点的作用	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证SUCLG2的具体作用机制	探索前列腺癌的分子发病机制并开发有效的诊断和治疗策略	前列腺癌样本和前列腺癌上皮细胞系22Rv1	数字病理学	前列腺癌	高通量RNA测序、单细胞RNA测序、定量实时聚合酶链反应、免疫荧光检测	Cox比例风险回归模型、LASSO回归	RNA测序数据	497个前列腺癌样本（来自TCGA数据库）和前列腺癌细胞系
49	2025-08-04	Transcriptome combined single-cell sequencing explores molecular mechanisms of ANGPTL4 in sepsis-induced acute lung injury 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0328551 PMID:40743234	研究论文	本研究通过转录组和单细胞测序技术，探索ANGPTL4在脓毒症诱导的急性肺损伤中的分子机制	首次系统分析ANGPTL4在急性肺损伤进展中的时空表达模式和功能网络，并预测其与药物的相互作用	ANGPTL4与Q9BY76-Quercetin的相互作用需要进一步研究，且研究主要基于小鼠模型	阐明ANGPTL4在脓毒症诱导的急性肺损伤中的分子机制	急性肺损伤患者和小鼠模型	分子生物学	急性肺损伤	转录组测序、单细胞测序、分子对接	NA	基因表达数据	来自GEO数据库的急性肺损伤患者数据和小鼠模型
50	2025-08-04	Machine learning combining external validation to explore the immunopathogenesis of diabetic foot ulcer and predict therapeutic drugs 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0328906 PMID:40749079	研究论文	本研究利用机器学习和单细胞方法探索糖尿病足溃疡的免疫机制并识别潜在治疗药物	结合机器学习和单细胞测序技术，识别了糖尿病足溃疡的7个核心基因及潜在治疗药物	研究依赖于外部数据集验证，未进行实验验证	探索糖尿病足溃疡的免疫机制并预测治疗药物	糖尿病足溃疡患者	机器学习	糖尿病足溃疡	单细胞测序, WGCNA, 分子对接	机器学习算法	基因表达数据	GEO数据集和外部数据集GSE147890
51	2025-08-04	Integrating single-cell regulatory atlas and multi-omics data for differential treatment response and multimodal predictive modeling in CDK 4/6 inhibitor-treated breast cancer 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1585574 PMID:40746611	研究论文	本研究整合单细胞调控图谱和多组学数据，解码CDK4/6抑制剂耐药机制并开发预测生物标志物	首次结合单细胞RNA-seq和多组学数据构建肿瘤预后调控因子指数(TPRI)，并开发多模态预测模型	甲基化数据整合的样本量有限	解码CDK4/6抑制剂治疗反应的异质性机制并开发预测模型	HR+/HER2-乳腺癌患者	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA-seq, qPCR, 多组学分析	logistic回归	基因表达数据, miRNA数据	单细胞RNA-seq数据14例, 批量多组学数据1149例(TCGA-BRCA 1059例 + GSE186901 90例)
52	2025-08-04	"Molecular pigeon" network of lncRNA and miRNA: decoding metabolic reprogramming in patients with lung cancer 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1578927 PMID:40746614	综述	本文综述了长链非编码RNA（lncRNA）和微小RNA（miRNA）在肺癌患者代谢重编程中的关键作用，并阐明了相关的复杂lncRNA-miRNA网络	揭示了lncRNA和miRNA通过竞争性内源RNA机制在肺癌代谢重编程中的新作用，为肺癌的诊断和治疗提供了新的靶点和途径	未提及具体实验数据或样本量，可能缺乏实证支持	探讨lncRNA和miRNA在肺癌代谢重编程中的作用及其潜在的治疗和诊断价值	肺癌患者中的lncRNA和miRNA	分子生物学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	NA
53	2025-08-04	A low level of tumor necrosis factor α in tumor microenvironment maintains the self-renewal of glioma stem cells by Vasorin-mediated glycolysis 2024-Dec-05, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae147 PMID:39093693	研究论文	本研究探讨了肿瘤微环境中低水平TNFα通过Vasorin介导的糖酵解维持胶质瘤干细胞自我更新的机制	揭示了低水平TNFα通过VASN介导的糖酵解促进胶质瘤干细胞自我更新的新机制，为GBM治疗提供了新靶点	研究主要基于体外和动物模型，临床转化效果需要进一步验证	探索TNFα在胶质瘤微环境中对胶质瘤干细胞自我更新的调控作用	胶质瘤干细胞(GSCs)和肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤(GBM)	空间转录组学、免疫印迹、RNA测序、单细胞RNA测序、质谱分析	体外和体内模型	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明具体样本数量
54	2025-08-04	Integrated immuno-transcriptomic analysis of ovarian cancer identifies a four-chemokine-dominated subtype with antitumor immune-active phenotype and favorable prognosis 2024-Oct, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02803-7 PMID:39095528	研究论文	该研究通过整合免疫转录组学分析，识别出一种以四种趋化因子为主导的卵巢癌亚型，该亚型具有抗肿瘤免疫活性表型和良好的预后	发现了一个由四种趋化因子（CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13）组成的关键基因面板，这些趋化因子在建立活跃的T细胞浸润抗肿瘤表型中起关键作用，并引入了一种新的卵巢癌免疫分类	研究主要基于转录组数据，虽然进行了免疫组化验证，但仍需更多实验验证趋化因子的具体作用机制	探究卵巢癌中免疫活性表型与临床结果的关系，并识别新的免疫分类标志物	卵巢癌患者	数字病理学	卵巢癌	转录组测序、单细胞RNA测序、免疫组化	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据、免疫组化数据	2850个卵巢癌样本（来自19个数据集）、39个卵巢癌样本（单细胞RNA测序）、39个样本（免疫组化验证）
55	2025-08-04	Basophils Play a Protective Role in the Recovery of Skin Barrier Function from Mechanical Injury in Mice 2024-Aug, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2023.12.024 PMID:38286187	研究论文	本研究探讨了嗜碱性粒细胞在小鼠皮肤机械损伤后屏障功能恢复中的保护作用	揭示了嗜碱性粒细胞通过下调Il17a表达对抗IL-17A对皮肤屏障功能恢复的负面影响的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类皮肤中得到验证	探究皮肤机械损伤后屏障功能恢复的分子机制	小鼠皮肤机械损伤模型	免疫学	皮肤损伤	单细胞RNA测序、流式细胞术	动物模型	基因表达数据、细胞计数数据	未明确说明小鼠数量
56	2025-08-04	Spock2 Functions as a Key Time-Series Gene of Endothelial Cells in Sepsis-Induced Cardiomyopathy 2024-Aug-01, Journal of cardiovascular pharmacology IF:2.6Q2 DOI:10.1097/FJC.0000000000001577 PMID:39115722	研究论文	本研究探讨了脓毒症诱导的心肌病中内皮细胞的关键时间序列基因Spock2的功能	通过时间序列分析和单细胞测序数据，鉴定了内皮细胞特异性时间依赖性差异表达基因Spock2，并验证了其在脓毒症中的保护作用	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类样本验证不足	研究脓毒症诱导的心肌病的发病机制	脓毒症小鼠模型和人脐静脉内皮细胞	分子生物学	心血管疾病	转录组分析、单细胞测序、免疫荧光	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	GSE171546和GSE207363数据集中的小鼠样本和人脐静脉内皮细胞
57	2025-08-04	Data-driven selection of analysis decisions in single-cell RNA-seq trajectory inference 2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae216 PMID:38725155	研究论文	本文介绍了一种名为Escort的新框架，用于评估单细胞RNA测序数据在轨迹推断中的适用性，并量化分析决策对轨迹特性的影响	开发了Escort框架，通过数据驱动评估减少轨迹推断分析中的不确定性和决策负担	未提及具体的数据集限制或框架的适用范围	解决单细胞RNA测序轨迹推断中方法选择和参数不确定性的挑战	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
58	2025-08-04	Single-cell RNA-seq data analysis reveals functionally relevant biomarkers of early brain development and their regulatory footprints in human embryonic stem cells (hESCs) 2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae230 PMID:38739758	研究论文	通过单细胞RNA测序分析人类胚胎干细胞，揭示早期大脑发育的功能相关生物标志物及其调控网络	利用scRNA-seq技术识别早期神经元发育中的差异表达基因，并通过富集分析和构建基因调控网络揭示其功能角色和相互作用	研究仅基于体外培养的hESCs分化数据，可能无法完全反映体内发育的复杂性	阐明早期人类大脑发育的分子机制和转录动态	人类胚胎干细胞（hESCs）及其分化过程中的神经元	生物信息学	神经发育障碍	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	hESCs体外分化至神经元第26天（D26）和第54天（D54）的scRNA-seq数据
59	2025-08-04	Error modelled gene expression analysis (EMOGEA) provides a superior overview of time course RNA-seq measurements and low count gene expression 2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae233 PMID:38770716	研究论文	本文介绍了一种名为EMOGEA的框架，用于分析RNA-seq数据，该框架结合了测量不确定性，并特别适用于监测动态现象的数据	EMOGEA框架通过结合测量不确定性和特殊的时间序列数据建模方法，提供了对RNA-seq数据的更优分析，特别适用于低表达量转录本的研究	NA	改进RNA-seq数据的分析方法，特别是在时间序列和低表达量基因的研究中	时间序列RNA-seq数据，包括批量样本和单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	RNA-seq, scRNA-seq	EMOGEA	RNA-seq数据	斑马鱼胚胎发育的RNA-seq研究和小鼠植入前胚胎的scRNA-seq研究
60	2025-08-04	Revealing cell-cell communication pathways with their spatially coupled gene programs 2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae202 PMID:38706319	研究论文	本文提出了一种名为IGAN的新方法，用于推断细胞间通讯（CCC）及其上下游通路	首次能够估计两个特定空间相邻单细胞之间的基因关联/网络，并探索配体/受体的上下游通路	NA	理解细胞间通讯的调控机制	细胞间通讯及其基因关联网络	空间转录组学	NA	空间转录组学	IGAN	空间转录组数据	多个公共数据集