单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-06-16	Increased ocular plasma cells induce damaging α-synuclein+ microglia in autoimmune uveitis 2025-Jun, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.02.007 PMID:40015479	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和免疫荧光技术，揭示了自身免疫性葡萄膜炎（AIU）中α-突触核蛋白阳性小胶质细胞作为受损眼细胞的主要亚群，并探讨了眼内浸润浆细胞（PCs）在疾病中的作用	首次发现α-突触核蛋白阳性小胶质细胞是AIU中受损眼细胞的主要亚群，并揭示了MUC1 PCs作为主要致病亚群的新作用，以及Rab1A在PCs生存和炎症反应中的调控机制	研究主要基于小鼠模型（EAU），虽然也在VKH患者中验证了部分发现，但人类样本量有限	阐明自身免疫性葡萄膜炎（AIU）中免疫细胞亚群及其对视网膜损伤的贡献机制	实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）小鼠模型和Vogt-Koyanagi-Harada（VKH）患者的浆细胞	免疫学	葡萄膜炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫荧光	EAU小鼠模型	基因表达数据、图像数据	未明确提及具体样本数量，包括EAU小鼠和VKH患者样本
42	2025-06-16	Spatially separated epithelium-associated and lamina propria neutrophils present distinct functional identities in the inflamed colon mucosa 2025-Jun, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.02.008 PMID:40057307	研究论文	该研究揭示了在炎症性肠病（IBD）中，结肠黏膜内空间分离的上皮相关中性粒细胞（EANs）和固有层中性粒细胞（LPNs）具有不同的功能特性	首次研究了定位驱动中性粒细胞（PMN）在IBD中的功能特化，发现EANs和LPNs具有不同的功能身份，EANs可能作为疾病驱动因素	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，可能不完全反映人类IBD的全部复杂性	探究IBD中不同空间定位中性粒细胞的功能差异及其在疾病中的作用	炎症性肠病（IBD）患者和小鼠结肠炎模型中的中性粒细胞	免疫学	炎症性肠病	单细胞RNA测序、空间RNA转录组学、实时活体成像	NA	RNA测序数据、成像数据	UC缓解期患者和小鼠结肠炎模型
43	2025-06-16	Single-cell sequencing reveals the same heterogeneity of neutrophils in heatstroke-induced lung and liver injury 2025-Jun, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.03.005 PMID:40158777	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示热射病诱导的肺和肝损伤中中性粒细胞的异质性	研究发现中性粒细胞通过'Cxcr2-Cxcl2'受体-配体对增强浸润是热射病诱导肺损伤的显著特征，并揭示了Cd177+中性粒细胞在器官损伤中的关键作用及Cebpe作为其分化的关键转录调控因子	研究仅基于小鼠模型，结果在人体中的适用性尚需验证	探索热射病诱导的多器官功能障碍（MODS）的机制	热射病小鼠模型的肺组织和肝组织	数字病理学	热射病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	RNA-seq数据	NA
44	2025-06-16	Photo-Biomodulation of the Hippocampus Using Near-Infrared Laser to Enhance Cognitive Function in Mice 2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202417380 PMID:40190133	研究论文	研究使用近红外激光对小鼠海马进行光生物调节以增强认知功能的效果	首次展示了808 nm近红外激光通过光生物调节显著改善小鼠的学习和记忆能力，并减轻麻醉、手术和脂多糖诱导的认知功能障碍	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索近红外激光光生物调节作为非侵入性认知功能障碍治疗方法的潜力	小鼠海马体	神经科学	认知功能障碍	单细胞RNA测序	NA	行为测试数据、电生理数据、分子生物学数据	未明确说明小鼠数量
45	2025-06-16	Single-Cell Atlas Reveals Tumorigenic Profiles and Immune Dynamics of Adrenal Incidentalomas 2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413493 PMID:40190189	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探究了肾上腺偶发瘤的肿瘤发生特性及免疫微环境动态	揭示了肾上腺皮质细胞亚型的基因表达模式与肿瘤发生的关联，发现Clusterin作为肾上腺皮质腺瘤的潜在生物标志物，以及MYCN阳性簇与嗜铬细胞瘤较差生存率的相关性	NA	探究肾上腺偶发瘤的肿瘤发生特性及免疫微环境动态	肾上腺偶发瘤（包括无功能肾上腺皮质腺瘤、Conn综合征和嗜铬细胞瘤）	数字病理学	肾上腺疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	302,696个细胞
46	2025-06-16	Single-Cell Sequencing-Guided Annotation of Rare Tumor Cells for Deep Learning-Based Cytopathologic Diagnosis of Early Lung Cancer 2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202416921 PMID:40231585	研究论文	本研究利用单细胞DNA测序技术指导罕见肿瘤细胞的标注，开发了一种基于深度学习的细胞病理学诊断模型，用于早期肺癌的诊断	首次将单细胞DNA测序技术用于生成无偏见的、准确标注的数据集，并开发了深度学习模型以提高支气管肺泡灌洗液细胞学诊断的敏感性	模型在外部验证队列中的敏感性仍有提升空间，且样本量相对有限	提高早期肺癌的诊断准确率，特别是通过支气管肺泡灌洗液细胞学检查	支气管肺泡灌洗液中的脱落肿瘤细胞和良性细胞	数字病理学	肺癌	单细胞DNA测序（scDNA-Seq）	深度学习模型	图像	训练集包含580个ETCs和1106个良性细胞，发现队列156例，验证队列158例，外部验证队列141例
47	2025-06-16	Embryological cellular origins and hypoxia-mediated mechanisms in PIK3CA-driven refractory vascular malformations 2025-Jun, EMBO molecular medicine IF:9.0Q1 DOI:10.1038/s44321-025-00235-1 PMID:40234712	研究论文	本研究探讨了PIK3CA驱动的难治性血管畸形的胚胎细胞起源和缺氧介导机制	揭示了Pik3ca在心脏咽中胚层(CPM)中表达导致头颈部血管异常的机制，并通过单细胞RNA测序发现Pik3ca通过HIF介导的缺氧信号上调内皮细胞中Vegf-a的表达	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	探究血管畸形的发病机制并为治疗提供新靶点	小鼠模型和人类血管畸形样本	血管生物学	血管畸形	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体数量，包括小鼠模型和人类样本
48	2025-06-16	Single-cell transcriptomics reveals the interaction between fibroblasts and activated immune cells: an exploratory bioinformatics study of pro-inflammatory mechanisms in slow transit constipation 2025-Jun-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002415 PMID:40265474	研究论文	通过单细胞转录组学揭示了成纤维细胞与激活的免疫细胞之间的相互作用，探索了慢传输型便秘中促炎机制的生物信息学研究	鉴定了STC特异性的XCL2 + CD8 + T细胞，并揭示了它们与其他免疫细胞和肠道基质细胞之间的广泛细胞间通讯	样本量较小，仅包括6例STC病例和6例对照病例	阐明STC患者免疫微环境的潜在机制	慢传输型便秘（STC）患者和对照组的肠道组织	生物信息学	肠道疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	6例STC病例和6例对照病例
49	2025-06-16	Extended culture of 2D gastruloids to model human mesoderm development 2025-Jun, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02669-4 PMID:40335707	研究论文	该研究扩展了二维胃泌类器官的培养时间，以模拟人类中胚层发育	开发了一种可延长至10天的二维胃泌类器官培养模型，揭示了2至4天间高度可重复的形态发生阶段	早期协议中超过2天后组织结构会丧失，限制了观察时间	研究人类中胚层分化和形态发生的模型	人类多能干细胞衍生的二维胃泌类器官	干细胞研究	NA	单细胞转录组学	二维胃泌类器官模型	转录组数据	NA
50	2025-06-16	Inhibition of SIRT1/HSF1 pathway contributes to doxorubicin-induced nephrotoxicity in ovarian tumor-bearing mice 2025-Jun, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-025-02122-z PMID:40347321	研究论文	本研究探讨了SIRT1/HSF1通路在多柔比星(DOX)诱导的卵巢肿瘤小鼠肾毒性中的作用	首次揭示了SIRT1/HSF1信号通路在DOX介导的肾毒性中的关键作用，并发现SIRT1激动剂RSV可以逆转这一过程	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探究DOX诱导肾毒性的分子机制	卵巢肿瘤小鼠模型和鼠足细胞	肿瘤药理学	卵巢癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，生物信息学分析	小鼠肿瘤模型	RNA测序数据，生化指标数据，组织病理学数据	未明确说明小鼠数量，但涉及肾脏组织和足细胞分析
51	2025-06-16	Microglial MS4A4A Protects against Epileptic Seizures in Alzheimer's Disease 2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202417733 PMID:40349168	研究论文	研究发现微胶质细胞中的MS4A4A基因在阿尔茨海默病中对抗癫痫发作具有保护作用	首次揭示了MS4A4A基因通过增强微胶质细胞的吞噬活性来减轻阿尔茨海默病中的癫痫发作	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索阿尔茨海默病中癫痫发作的潜在治疗靶点	阿尔茨海默病小鼠模型和癫痫患者的脑部病变组织	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	NA
52	2025-06-16	Influenza A virus dissemination and infection leads to tissue resident cell injury and dysfunction in viral sepsis 2025-Jun, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105738 PMID:40367638	研究论文	本研究通过建立小鼠病毒性败血症模型，探讨了H1N1流感病毒通过血液传播感染肺外器官的机制及其导致的细胞损伤和功能障碍	揭示了H1N1流感病毒通过血液传播感染肝脾等肺外器官的机制，并比较了病毒性败血症与细菌性败血症在细胞死亡和器官功能障碍方面的差异	研究仅使用雄性C57BL/6J小鼠作为模型，可能无法完全反映人类疾病的复杂性	阐明病毒性败血症中流感病毒传播和器官损伤的病理机制	C57BL/6J雄性小鼠的肺和肝脏组织	病毒病理学	病毒性败血症	单细胞测序	小鼠感染模型	基因表达数据	多组C57BL/6J雄性小鼠在不同感染时间点的肺和肝脏组织
53	2025-06-16	Integrating Spatial and Single-Nucleus Transcriptomic Data to Assess the Effects of Intrauterine Hyperglycemia on Fetal Pancreatic Development 2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202411126 PMID:40387171	研究论文	该研究通过整合空间转录组学和单核RNA测序数据，评估了宫内高血糖对胎儿胰腺发育的影响	首次结合单核RNA测序和空间转录组学技术，揭示了母体PGDM条件下胎儿胰腺细胞功能和细胞间通讯的具体变化	研究仅关注了E16.5和E18.5两个时间点的胎儿胰腺发育，未能涵盖更广泛的发育阶段	探究母体PGDM对胎儿胰腺发育的分子机制	胎儿胰腺（E16.5和E18.5）	生物医学	糖尿病	单核RNA测序, 空间转录组学(ST)	NA	转录组数据, 空间数据	两个发育时间点（E16.5和E18.5）的胎儿胰腺样本
54	2025-06-16	Cell simulation as cell segmentation 2025-Jun, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02697-0 PMID:40404994	研究论文	本文提出了一种名为Proseg的概率分割方法，通过细胞模拟技术改进单细胞空间转录组学中的细胞分割准确性	采用从头细胞模拟方法，提出Proseg算法，显著提高了细胞边界的推断速度和形态学合理性	仅在三种商业平台生成的数据集上进行了基准测试，可能需要更多平台验证	提高单细胞空间转录组学中细胞分割的准确性	单细胞空间转录组数据中的细胞边界	数字病理学	肾细胞癌	单细胞空间转录组学	概率分割模型(Proseg)	空间转录组数据	肾细胞癌患者样本数据
55	2025-06-16	DeepDeconUQ estimates malignant cell fraction prediction intervals in bulk RNA-seq tissue 2025-Jun, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013133 PMID:40465796	研究论文	该研究开发了一个名为DeepDeconUQ的深度神经网络模型，用于基于批量RNA-seq数据估计恶性细胞比例的预测区间	DeepDeconUQ首次将不确定性量化整合到癌细胞比例预测中，使用单细胞RNA测序数据和符合性分位数回归来产生可靠的预测区间	NA	改进癌症组织中恶性细胞比例的估计方法，为癌症诊断、预后和治疗决策提供更可靠的数据	癌症组织中的恶性细胞比例	数字病理学	癌症	批量RNA-seq, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	深度神经网络, 分位数回归神经网络	RNA-seq数据	模拟和真实癌症数据集
56	2025-06-16	Integrating spatial transcriptomics and single-cell RNA-seq dissects immune microenvironment in fatty liver regeneration 2025-Jun, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70365 PMID:40515443	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
57	2025-06-16	siHIF-1α-loaded micellar nanoparticles inhibit M1 macrophage activation to ameliorate chronic rhinosinusitis 2025-May-31, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2025.05.433 PMID:40456494	研究论文	研究通过负载siHIF-1α的胶束纳米颗粒调节巨噬细胞极化和铁死亡，以改善慢性鼻窦炎(CRS)的慢性炎症和免疫失调	首次利用MNP_siHIF-1α纳米颗粒靶向抑制HIF-1α/TFRC-ROS轴，从而调控巨噬细胞极化和铁死亡，为CRS提供了一种新型精准治疗方法	需要进一步验证长期安全性和临床转化潜力	探究MNP_siHIF-1α调控巨噬细胞极化和铁死亡的分子机制，开发CRS新型疗法	慢性鼻窦炎(CRS)小鼠模型和Raw264.7巨噬细胞系	纳米医学	慢性鼻窦炎	scRNA-seq, ChIP, 双荧光素酶报告基因检测, 流式细胞术, DLS, 凝胶阻滞实验	CRS小鼠模型	转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 蛋白质表达数据	CRS小鼠模型（具体数量未明确说明）和Raw264.7细胞系
58	2025-06-16	scDown: A Pipeline for Single-Cell RNA-Seq Downstream Analysis 2025-May-30, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26115297 PMID:40508102	research paper	介绍了一个名为scDown的单细胞RNA测序下游分析流程，用于自动化细胞分化和通讯分析	开发了一个集成多种分析工具（如细胞比例差异分析、细胞间通讯分析、伪时间分析和RNA速度分析）的R包，支持Seurat和Scanpy注释的数据，并在一个罕见遗传性神经发育障碍数据集中发现了新的神经元炎症信号特征	未明确说明流程的计算效率或在大规模数据集上的适用性	开发一个自动化单细胞RNA测序下游分析流程，以促进细胞分化和通讯研究	单细胞RNA测序数据	生物信息学	神经发育障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	一个已发表的数据集（具体样本量未说明）
59	2025-06-16	Modeling the Transitional Phase of Epithelial Cells Reveals Prognostic and Therapeutic Targets in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2025-May-29, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17111813 PMID:40507294	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）进展过程中上皮细胞过渡阶段的特征，并构建了一个基于基因的风险评分模型	识别了PDAC进展中高度增殖的上皮细胞过渡亚群，构建了基因风险评分模型，并揭示了肿瘤微环境中特定成纤维细胞亚群与过渡上皮细胞间的相互作用	研究样本量未明确说明，且模型验证仅限于qPCR，缺乏更广泛的临床验证	寻找PDAC从早期阶段向侵袭性阶段转变的生物标志物，以改善临床管理	胰腺导管腺癌（PDAC）患者的上皮细胞和肿瘤微环境	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），qPCR	Lasso Cox回归模型	基因表达数据	NA
60	2025-06-16	Targeting caseinolytic mitochondrial matrix peptidase, a novel contributor to the pathobiology of high-risk multiple myeloma 2025-May-29, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024024781 PMID:39912779	研究论文	本文通过单细胞转录组学识别了CLPP在高危多发性骨髓瘤中的过度表达及其与不良预后的关联，并探讨了其作为治疗靶点的潜力	首次将CLPP识别为高危多发性骨髓瘤的新型生物标志物和治疗靶点，并展示了其抑制剂与现有疗法的联合治疗效果	研究主要基于体外实验和动物模型，临床疗效尚需进一步验证	探索高危多发性骨髓瘤的发病机制并寻找新的治疗靶点	多发性骨髓瘤患者样本及细胞模型	肿瘤生物学	多发性骨髓瘤	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量，但包括新诊断和复发/难治性患者样本