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当前共找到 34108 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2025-12-16 |
scRegulate: single-cell regulatory-embedded variational inference of transcription factor activity from gene expression
2025-Dec-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf638
PMID:41288963
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为scRegulate的生成式深度学习框架，用于从单细胞RNA测序数据中推断转录因子活性和基因调控网络 | scRegulate通过变分推理整合先验生物学知识与数据驱动推断，能够捕获新颖、动态和上下文特定的调控相互作用，相比现有方法更具可扩展性和生物学基础 | NA | 开发一种从单细胞RNA测序数据中准确推断转录因子活性和基因调控网络的计算方法 | 转录因子活性和基因调控网络 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 生成式深度学习框架，变分推理 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 42 | 2025-12-16 |
Deciphering the Osteoimmune Landscape in Subtalar Arthrodesis: A Single-Cell RNA Sequencing Approach
2025-Dec, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70980
PMID:41381396
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了距下关节融合术患者中免疫细胞动态变化与骨愈合的关系 | 首次应用单细胞RNA测序技术系统性解析距下关节融合术后的骨免疫景观，揭示了单核细胞和NK细胞在骨愈合中的关键作用及功能差异 | 样本量相对较小，仅分析了术后3个月的时间点，未涵盖更长期的愈合过程 | 阐明距下关节融合术后骨愈合的免疫机制，并探索免疫调节对骨修复的潜在影响 | 接受距下关节融合术的患者外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 未明确具体数量，但涉及早期愈合和延迟愈合两组患者的外周血单个核细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 43 | 2025-12-16 |
Comprehensive multi-omics mapping of immune perturbations in autism spectrum disorder
2025-Dec, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70552
PMID:41383128
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研究论文 | 本研究通过整合多组学分析，描绘了自闭症谱系障碍患者的外周免疫图谱，并揭示了免疫失调与临床严重程度之间的关联 | 首次对ASD进行全面的外周免疫多组学图谱绘制，整合了单细胞RNA测序、流式细胞术、血浆蛋白质组学和代谢组学，系统性地揭示了免疫细胞亚群、免疫通路和血浆生物标志物的改变及其与临床症状的关联 | 研究样本量相对有限，且为横断面研究，无法确定观察到的免疫变化是ASD的病因还是继发性表现，未来需要纵向研究和更大规模的队列验证 | 描绘自闭症谱系障碍的外周免疫图谱，并确定免疫和免疫代谢改变与临床严重程度的关系 | 自闭症谱系障碍患者的循环免疫细胞和血浆样本 | 生物信息学 | 自闭症谱系障碍 | 多色流式细胞术，单细胞RNA测序，bulk RNA测序，血浆蛋白质组学，血浆代谢组学 | NA | 单细胞转录组数据，bulk转录组数据，蛋白质组数据，代谢组数据，流式细胞术数据 | 未在摘要中明确说明具体样本数量，涉及自闭症谱系障碍患者的循环免疫细胞和血浆 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 44 | 2025-12-16 |
Hub genes and common pathogenic mechanisms between COPD and H. pylori infection
2025-Dec, Journal, genetic engineering & biotechnology
DOI:10.1016/j.jgeb.2025.100622
PMID:41386886
|
研究论文 | 本研究通过整合生物信息学分析，识别了慢性阻塞性肺疾病（COPD）与幽门螺杆菌（H. pylori）感染之间的共享枢纽基因和共同致病机制 | 首次通过整合多组学数据（包括WGCNA、SVM-RFE、免疫浸润分析和单细胞RNA测序）系统性地识别并验证了连接COPD与H. pylori感染的共享枢纽基因（CCR1和CCL19），并揭示了其在免疫细胞（特别是巨噬细胞）和成纤维细胞中的表达模式及细胞间通讯作用 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据，缺乏实验验证；样本来源和批次效应可能影响结果的普适性；对CCR1和CCL19的具体功能机制尚未进行深入的体内外功能实验探索 | 揭示COPD与H. pylori感染之间共同的分子致病机制，并识别关键的共享基因 | COPD患者和H. pylori感染患者的基因表达数据 | 生物信息学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），加权基因共表达网络分析（WGCNA），支持向量机递归特征消除（SVM-RFE），基因集富集分析（GSEA），CIBERSORT免疫浸润分析 | SVM-RFE | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 45 | 2025-12-16 |
Loureirin B Accelerates Diabetic Wound Healing by Promoting TGFβ/Smad-Dependent Macrophage M2 Polarization: A Concerted Analytical Approach Through Single-Cell RNA Sequencing and Experimental Verification
2025-Dec, Phytotherapy research : PTR
IF:6.1Q1
DOI:10.1002/ptr.8373
PMID:39532388
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和实验验证，揭示了龙血竭提取物龙血素B通过激活TGFβ/Smad信号通路促进巨噬细胞M2极化，从而加速糖尿病伤口愈合的机制 | 首次结合单细胞RNA测序技术与实验验证，系统阐明了龙血素B在糖尿病伤口愈合中通过TGFβ/Smad通路调控巨噬细胞极化的具体分子机制 | 研究主要在动物模型和体外实验中进行，尚未在人体临床试验中验证其疗效和机制 | 探究龙血素B促进糖尿病伤口愈合的分子机制和疗效 | 糖尿病伤口愈合过程中的巨噬细胞和成纤维细胞 | 单细胞组学 | 糖尿病足溃疡 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 糖尿病足溃疡组织样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 46 | 2025-12-16 |
Unveiling the role of the extracellular matrix in the osteosarcoma tumor microenvironment through integrated transcriptomics and experimental validation
2025-Dec, Cancer gene therapy
IF:4.8Q1
DOI:10.1038/s41417-025-00970-0
PMID:41057667
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研究论文 | 本研究通过整合转录组学分析和实验验证，揭示了细胞外基质（ECM）在骨肉瘤肿瘤微环境中的关键作用，并确定了COL5A2基因和C0成骨细胞簇作为重要的ECM相关标志物 | 首次通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，结合实验验证，系统性地揭示了COL5A2基因通过激活黏着斑通路和IGFBP3-TMEM219轴介导的细胞间通讯来驱动骨肉瘤增殖的新机制 | 研究主要基于公共数据库的数据和体外实验，缺乏体内动物模型的验证，并且ECM其他成分的作用有待进一步探索 | 阐明细胞外基质在骨肉瘤肿瘤微环境中的作用机制，并寻找潜在的治疗靶点 | 骨肉瘤肿瘤微环境中的细胞外基质成分及相关细胞类型（如成骨细胞、内皮细胞） | 数字病理学 | 骨肉瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 生物信息学分析, Western blot, CCK-8, 集落形成实验 | 预后模型 | 转录组数据, 实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 47 | 2025-12-16 |
Randomized controlled clinical trial of Shenzhuo Formula in the treatment of macroalbuminuria in diabetic kidney disease and its inflammation-modulating mechanisms
2025-Dec, Precision clinical medicine
IF:5.1Q1
DOI:10.1093/pcmedi/pbaf031
PMID:41393243
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研究论文 | 一项随机对照临床试验，评估肾浊方治疗糖尿病肾病大量蛋白尿的疗效及其抗炎机制 | 采用贝叶斯模型评估疗效，并结合Olink炎症蛋白组学、单细胞RNA测序及体内实验，首次系统揭示了肾浊方通过下调CX3CL1/MCP-1介导的炎症通路来保护肾功能的机制 | 样本量相对较小（120例），且研究周期为24周，长期疗效和安全性需进一步验证 | 评估肾浊方治疗糖尿病肾病大量蛋白尿的疗效，并探索其抗炎作用机制 | 糖尿病肾病伴大量蛋白尿患者（120例）及KK-Ay小鼠肾脏组织 | NA | 糖尿病肾病 | Olink炎症蛋白组学，单细胞RNA测序，体内实验 | NA | 临床数据，蛋白质组学数据，单细胞转录组数据 | 120例患者（肾浊方组57例，厄贝沙坦组63例）及KK-Ay小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 48 | 2025-12-16 |
Targeting B cells in IgA nephropathy: from pathogenic insight to therapeutic horizon
2025-Dec, Clinical kidney journal
IF:3.9Q1
DOI:10.1093/ckj/sfaf322
PMID:41393859
|
综述 | 本文综述了IgA肾病中B细胞的靶向治疗，从致病机制到新兴疗法 | 整合了黏膜免疫学进展，聚焦B细胞靶向治疗的晚期开发及精准工具如单细胞转录组学的应用 | 新兴细胞和双特异性平台仍处于早期开发阶段，长期安全性和真实世界数据尚在积累中 | 探讨IgA肾病中B细胞靶向治疗的机制、疗效及未来方向 | IgA肾病（IgAN）患者及其相关的B细胞、Gd-IgA1和免疫通路 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞转录组学、药物基因组学 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 49 | 2025-12-16 |
Uncovering the genetic architecture of pungency, carotenoids, and flavor in Capsicum chinense via TWAS-mGWAS integration and spatial transcriptomics
2025-Dec, Horticulture research
IF:7.6Q1
DOI:10.1093/hr/uhaf243
PMID:41393923
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研究论文 | 本研究通过整合代谢组学、全基因组关联分析（GWAS）、转录组范围关联分析（TWAS）和空间转录组学，揭示了哈瓦那辣椒果实辛辣度、颜色和风味的遗传与调控基础 | 首次在辣椒中整合GWAS、TWAS和空间转录组学（Stereo-seq）分析，并结合CRISPR/Cas9基因编辑验证候选基因功能 | 研究主要基于哈瓦那辣椒，结果在其他辣椒品种中的普适性有待验证 | 解析辣椒果实辛辣度、类胡萝卜素和风味等品质性状的遗传与调控机制 | 哈瓦那辣椒（Capsicum chinense）的244个不同种质资源及其果实组织 | 植物遗传学与代谢组学 | NA | 代谢组学分析、全基因组关联分析（GWAS）、转录组范围关联分析（TWAS）、空间转录组学（Stereo-seq）、CRISPR/Cas9基因编辑、广泛靶向代谢组学 | NA | 基因组数据、转录组数据、代谢组数据、空间转录组数据 | 244个哈瓦那辣椒种质资源，以及对比种质的果实组织样本 | NA | 空间转录组学 | Stereo-seq | NA |
| 50 | 2025-12-16 |
Optimized protocol for processing murine tumor-bearing lung tissue for flow cytometry and single cell RNA-sequencing
2025-Dec-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.25.690629
PMID:41394615
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研究论文 | 本文介绍了一种从小鼠健康及荷瘤肺组织中分离高质量单细胞悬液的优化实验方案 | 针对KRAS突变非小细胞肺癌小鼠模型，开发了可处理纤维化、异质性荷瘤肺组织并获取高活力单细胞的标准化流程 | 方案目前仅在小鼠模型（Kras突变；tdTomato报告基因）中验证，尚未在人类临床样本或其它肿瘤模型中测试 | 建立适用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）的高质量单细胞悬液制备方法 | 健康及荷瘤（KRAS突变非小细胞肺癌）小鼠的肺组织 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术（FACS） | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 51 | 2025-12-16 |
Uncovering senescent fibroblast heterogeneity connects DNA damage response to idiopathic pulmonary fibrosis
2025-Nov-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.26.690792
PMID:41394576
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研究论文 | 本研究揭示了特发性肺纤维化（IPF）中衰老成纤维细胞的异质性，并连接DNA损伤反应与疾病机制 | 首次在人类原代肺成纤维细胞中展示了DNA损伤后衰老的微妙异质性，并开发了新的衰老相关基因集以识别疾病相关细胞 | 研究主要基于体外细胞模型，可能未完全反映体内复杂环境；样本量有限，需进一步验证 | 探索特发性肺纤维化中衰老成纤维细胞的异质性及其与DNA损伤反应的联系 | 健康供体和特发性肺纤维化患者的原代人类肺成纤维细胞 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），加权基因共表达网络分析（WGCNA） | NA | 基因表达数据 | 健康供体和IPF患者的原代肺成纤维细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 52 | 2025-12-16 |
Characterizing Stage-Specific Cellular Dynamics and Microenvironmental Remodeling in Lung Adenocarcinoma by Single-Cell RNA Sequencing
2025-Nov-28, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202510847
PMID:41313751
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，系统分析了肺腺癌不同阶段的细胞组成和转录状态，揭示了肿瘤微环境从早期免疫激活到晚期免疫抑制的动态重塑过程 | 识别了晚期肺腺癌中一个独特的缺氧适应上皮肿瘤细胞亚群（C5），并揭示了其与转移、侵袭和不良预后的关联；同时，系统描绘了免疫细胞（如LGMN⁺巨噬细胞、STAT1驱动的耗竭CD8⁺ T细胞）和基质细胞（如POSTN⁺ CAFs）在肿瘤进展中的阶段特异性变化 | 研究整合了公开数据集，可能存在批次效应；样本量可能有限，且未涵盖所有LUAD亚型或治疗背景 | 阐明肺腺癌进展过程中肿瘤微环境的阶段特异性细胞动力学和重塑机制，以发现精准免疫治疗靶点 | 肺腺癌患者标本（包括早期和晚期阶段）及其肿瘤微环境中的免疫细胞、基质细胞和肿瘤细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 整合了早期患者标本和公开的晚期疾病数据集，具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 53 | 2025-12-16 |
High-resolution MRI Guided Whole Mouse Brain Cell Type Atlas using Deep Learning
2025-Nov-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.25.690475
PMID:41394590
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研究论文 | 本研究提出了一种深度学习框架，整合高分辨率扩散MRI与三维光片显微镜数据，生成了小鼠全脑细胞类型图谱 | 首次将高分辨率扩散MRI与三维光片显微镜结合，利用深度学习直接预测细胞类型，实现了10微米各向同性分辨率的全脑细胞图谱 | 研究依赖于特定成像技术的配准精度，且方法在其它物种或成像模式中的普适性尚未验证 | 开发高效高分辨率的脑细胞图谱生成方法，探索先进成像技术揭示大脑细胞机制的潜力 | 小鼠全脑 | 计算机视觉 | NA | 扩散MRI、三维光片显微镜、空间转录组学 | 深度学习 | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 54 | 2025-12-16 |
LARIS enables accurate and efficient ligand and receptor interaction analysis in spatial transcriptomics
2025-Nov-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.26.690796
PMID:41394607
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研究论文 | 本文介绍了一种名为LARIS的新方法，用于在空间转录组学中准确高效地分析配体与受体相互作用 | LARIS首次整合空间信息进行细胞间通信推断，兼容所有空间转录组技术，并能量化特异性、推断发送-接收方向性以及检测跨时空的差异相互作用 | 未在摘要中明确提及 | 开发一种能够准确、可扩展地识别细胞类型特异性和空间限制性配体-受体相互作用的方法 | 人类扁桃体和发育中小鼠皮层的空间转录组数据集 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 数十万个细胞 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 55 | 2025-12-16 |
Evaluation of single-cell RNA profiling technologies using FFPE, fresh, and frozen ccRCC tumor specimens
2025-Nov-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.25.690485
PMID:41394662
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研究论文 | 本研究评估了三种10x单细胞RNA分析技术（新鲜肿瘤scRNA-seq、闪冻单核Multiome和FFPE单核Flex）在ccRCC活检样本中的应用，比较了它们在细胞类型识别和转录谱一致性方面的表现 | 首次在ccRCC肿瘤样本中系统比较了基于不同保存方式（FFPE、新鲜、冷冻）的单细胞RNA分析技术，特别是评估了新型FFPE兼容平台10x Genomics Flex的实用性 | 研究仅针对ccRCC一种肿瘤类型，且样本来源有限，可能无法完全代表其他肿瘤或组织类型 | 评估和比较不同单细胞RNA分析技术在人类肿瘤活检样本中的性能，为转化研究提供技术选择指导 | 透明细胞肾细胞癌（ccRCC）活检样本，包括FFPE、新鲜和冷冻保存的标本 | 单细胞转录组学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | ccRCC活检样本（具体数量未明确说明） | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 单核Multiome, 单核Flex | 10x Chromium（推测）, 10x Flex | 10x单细胞RNA分析技术包括新鲜肿瘤scRNA-seq、闪冻单核Multiome和FFPE单核Flex（snFlex） |
| 56 | 2025-11-29 |
Unveiling the temporal and spatial trajectories of early resistance formation during Hylocereus undatus senescence through single-cell transcriptomics
2025-Nov-27, Plant molecular biology
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s11103-025-01663-w
PMID:41310123
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 57 | 2025-12-16 |
MIMYR: Generative modeling of missing tissue in spatial transcriptomics
2025-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.24.690239
PMID:41394599
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研究论文 | 提出了一种名为MIMYR的生成式框架，用于重建空间转录组学数据中未测量组织区域的真实数据 | 通过三个耦合组件（引导扩散预测细胞位置、监督分类分配细胞类型、基于空间和细胞上下文的Transformer生成基因表达谱）解决组织缺失问题，并展示了在阿尔茨海默病数据上的泛化能力 | 未明确说明模型在高度异质组织或更大规模数据集上的性能限制 | 解决空间转录组学中因组织切片损伤或分配导致的区域数据缺失问题，以扩展下游分析 | 小鼠脑组织数据及阿尔茨海默病脑组织数据 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | 生成式模型（引导扩散模型、监督分类器、Transformer） | 空间基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量，但涉及小鼠脑数据和阿尔茨海默病数据 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 58 | 2025-12-16 |
TissueNarrator: Generative Modeling of Spatial Transcriptomics with Large Language Models
2025-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.24.690325
PMID:41394628
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研究论文 | 本文介绍了TissueNarrator框架，该框架将空间转录组学分析重新定义为语言建模问题，利用预训练大语言模型生成空间条件基因表达模式 | 首次将空间转录组学分析重新定义为语言建模问题，利用预训练大语言模型整合生物知识，实现生成式建模和自然语言查询 | 未明确说明模型在处理大规模数据时的计算效率或可扩展性限制 | 开发一个生成式建模框架，用于模拟细胞行为、预测细胞间相互作用并进行扰动分析 | 空间转录组学数据，包括组织切片中的基因表达和空间信息 | 自然语言处理 | NA | 空间转录组学 | 大语言模型 | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | MERFISH, Perturb-FISH, CosMx SMI | NA |
| 59 | 2025-12-16 |
Mapping spatial gradients in spatial transcriptomics data with score matching
2025-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.24.690257
PMID:41394758
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SLOPER的生成模型，用于从空间转录组学数据中学习空间梯度，以增强基因表达测量的空间一致性和特异性 | SLOPER采用基于分数的匹配方法，通过泊松模型建模mRNA转录本的空间分布，并利用新颖的扩散采样方法提升基因表达的空间连贯性 | 未在摘要中明确提及 | 开发一种方法以准确学习空间转录组学数据中的空间梯度，并改进基因表达的空间模式分析 | 空间转录组学数据中的基因表达空间梯度 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | 生成模型（SLOPER） | 空间转录组学数据（二维组织切片中的基因表达） | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 60 | 2025-12-16 |
Vascular dementia increases levels of methylenetetrahydrofolate reductase and cystathionine β-synthase in female patients and changes gene expression of acetylcholine and glutamate clathrin-sculpted transport vesicles
2025-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.21.689865
PMID:41394563
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研究论文 | 本研究通过分析血管性痴呆患者尸检皮层组织，探究一碳代谢相关酶和受体的变化，并结合空间转录组学揭示谷氨酸和乙酰胆碱囊泡运输相关基因的表达改变 | 首次在人类血管性痴呆患者中系统研究一碳代谢酶和受体的性别特异性变化，并结合空间转录组学技术揭示神经递质运输囊泡的基因表达改变 | 样本量较小（空间转录组学仅4个样本），研究基于尸检组织无法反映疾病动态过程，缺乏机制验证实验 | 阐明血管性痴呆中一碳代谢的分子特征及其与神经递质系统的关联 | 血管性痴呆患者和对照的尸检皮层组织 | 空间转录组学 | 血管性痴呆 | 空间转录组学，免疫组织化学 | NA | 组织切片，基因表达数据 | 未明确总样本数，空间转录组学分析4个样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |