单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-07-10	PANoptosis-driven molecular stratification in esophageal squamous cell carcinoma: A multi-omics prognostic model and FGFR-Targeted therapeutic validation 2025-Jul-07, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110688 PMID:40628169	research paper	该研究构建了一个基于PANoptosis的多组学预后模型，用于食管鳞状细胞癌（ESCC）的风险分层，并验证了FGFR抑制剂AZD4547的潜在治疗效果	首次基于PANoptosis构建ESCC预后模型，并验证FGFR抑制剂对特定亚型的治疗潜力	研究结果需要进一步在更大样本和临床试验中验证	探索PANoptosis在ESCC预后和治疗中的作用	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者	digital pathology	esophageal cancer	multi-omics analysis, scRNA-seq, in vitro experiments	LASSO Cox regression model	omics data, RNA-seq data	多个队列（包括外部微阵列队列和独立RNA-seq队列）
42	2025-07-10	spRefine Denoises and Imputes Spatial Transcriptomics with a Reference-Free Framework Powered by Genomic Language Model 2025-Jul-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.22.649977 PMID:40631230	研究论文	介绍了一个名为spRefine的深度学习框架，利用基因组语言模型对空间转录组数据进行去噪和填补	spRefine是一个无参考框架，能够联合去噪和填补空间转录组数据，提高数据整合的鲁棒性，并作为模型预训练和发现新生物信号的强大框架	未明确提及具体局限性	克服空间转录组数据的高噪声和缺失基因测量问题，提高数据质量和分析效果	空间转录组数据	空间转录组学	NA	基因组语言模型	深度学习框架	空间转录组数据	不同规模的数据集
43	2025-07-10	Glioma promotes macrophage immunosuppressive phenotype through ANXA1 in a methionine metabolism-dependent manner 2025-Jul-06, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03112-y PMID:40618309	研究论文	本研究探讨了胶质瘤中甲硫氨酸代谢与肿瘤免疫抑制微环境的关系，揭示了ANXA1在甲硫氨酸代谢依赖的方式下促进巨噬细胞免疫抑制表型的机制	首次揭示了甲硫氨酸代谢通过上调ANXA1表达激活ANNEXIN通路，增强胶质母细胞瘤细胞与巨噬细胞的相互作用，促进M2型巨噬细胞极化	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	探究甲硫氨酸代谢在胶质瘤免疫抑制微环境形成中的作用	胶质瘤患者队列和胶质母细胞瘤细胞	肿瘤免疫学	胶质瘤/胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 甲硫氨酸代谢活性评分(MMA-score)	NA	基因表达数据, 单细胞测序数据	胶质瘤患者队列(未明确数量)
44	2025-07-10	Single-cell transcriptome atlas reveals mitophagy dynamics in acute chemical injury model and the role of MSCs transplantation 2025-Jul-06, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04491-3 PMID:40619426	研究论文	本研究通过单细胞转录组图谱揭示了急性化学损伤模型中线粒体自噬的动态变化以及间充质干细胞移植的作用	首次在单细胞水平上揭示了急性肝衰竭中线粒体自噬的细胞特异性变化，并阐明了间充质干细胞通过调控不同细胞类型的线粒体自噬状态来缓解疾病进展的分子机制	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究间充质干细胞治疗急性肝衰竭过程中肝细胞和巨噬细胞的线粒体自噬状态变化	健康小鼠、急性肝衰竭小鼠和人脐带间充质干细胞移植小鼠的肝组织	单细胞转录组学	急性肝衰竭	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	健康小鼠、急性肝衰竭小鼠和hUC-MSC移植小鼠的肝组织样本
45	2025-07-10	Systematic assessment of microenvironment-dependent transcriptional patterns and intercellular communication 2025-Jul-06, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03677-5 PMID:40619422	研究论文	本研究整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）与空间转录组学（ST），系统评估空间微环境如何影响基因表达和细胞间通讯	首次系统性地结合scRNA-seq和ST技术，评估空间微环境对基因表达和细胞间通讯的影响	研究揭示了scRNA-seq数据在捕捉微环境特异性分子相互作用方面的局限性，即使利用了空间信息	理解细胞间通讯及其对空间组织的依赖性，以揭示组织复杂性和器官功能	乳腺癌、大脑皮层和心脏数据集	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据	多个乳腺癌、大脑皮层和心脏数据集（具体数量未明确说明）
46	2025-07-10	Microgravity modulates keratinocyte, fibroblast, and endothelial cell communication during wound healing 2025-Jul-06, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123842 PMID:40628314	review	该综述探讨了微重力环境下皮肤伤口愈合过程中角质形成细胞、成纤维细胞和内皮细胞之间的相互作用及其影响	揭示了微重力对皮肤伤口愈合关键细胞类型（角质形成细胞、成纤维细胞和内皮细胞）行为的影响，并利用单细胞转录组学等先进技术提供了新见解	主要基于模拟微重力环境的研究，可能无法完全反映真实太空环境的影响	理解微重力环境下皮肤伤口愈合的细胞和分子机制	角质形成细胞、成纤维细胞和内皮细胞	生物医学	伤口愈合障碍	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
47	2025-07-10	Etiological basis for chronic pain genetic variation in brain and dorsal root ganglia cell types 2025-Jul-05, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.07.03.25330832 PMID:40630576	研究论文	该研究通过整合GWAS数据和单细胞RNA测序数据，揭示了慢性疼痛的细胞类型特异性遗传架构	首次在人类大脑和背根神经节中鉴定了与慢性疼痛相关的细胞类型，并揭示了这些细胞类型中的遗传变异富集情况	样本量相对有限，特别是急性或慢性疼痛患者的DRG样本仅12例	探索慢性疼痛的遗传基础及其在特定细胞类型中的表现	人类大脑、背根神经节(hDRG)以及小鼠背角中的细胞类型	遗传学	慢性疼痛	GWAS, scRNA-seq, 单细胞染色质可及性分析	NA	基因组数据, 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据	GWAS样本量1,235,695例，hDRG样本12例
48	2025-07-10	The reprogramming impact of SMAC-mimetic on glioblastoma stem cells and the immune tumor microenvironment evolution 2025-Jul-04, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03452-1 PMID:40616096	research paper	本研究探讨了SMAC模拟物Xevinapant对胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）和肿瘤微环境（TME）的重编程影响	首次在单细胞水平评估Xevinapant对GBM的抗肿瘤和免疫调节作用，并发现其能激活抗肿瘤效应免疫反应	研究主要基于体外和动物模型，临床转化效果尚需进一步验证	开发针对胶质母细胞瘤干细胞同时重编程肿瘤微环境的新型治疗策略	人类和小鼠的胶质母细胞瘤干细胞及肿瘤微环境	肿瘤免疫治疗	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、体外存活实验、原位移植模型	NA	基因表达数据、生存数据	人类和小鼠的GSCs样本及动物模型
49	2025-07-10	The impact of T cells on immune-related liver diseases: an overview 2025-Jul-04, Inflammation and regeneration IF:5.0Q1 DOI:10.1186/s41232-025-00387-0 PMID:40616144	综述	本文综述了T细胞在免疫相关肝病中的作用及其生物学特性	利用单细胞RNA测序和空间转录组学等组学技术，揭示了T细胞在肝纤维化进展和恢复中的作用	免疫相关肝病领域仍存在大量未满足的需求	探讨T细胞在非病毒性肝病中的作用及最新治疗策略	自身免疫性肝炎（AIH）、原发性硬化性胆管炎（PSC）、原发性胆汁性胆管炎（PBC）和代谢相关脂肪性肝炎（MASH）	免疫学	肝病	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	NA	NA
50	2025-07-10	Unraveling the oxidative stress landscape in diabetic foot ulcers: insights from bulk RNA and single-cell RNA sequencing data 2025-Jul-04, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00672-5 PMID:40616164	研究论文	本研究通过生物信息学和初步验证方法揭示了糖尿病足溃疡(DFU)中的氧化应激景观	首次利用单细胞和批量RNA测序数据揭示DFU中的氧化应激相关基因和成纤维细胞的作用	研究结果需要进一步的体内实验验证	揭示糖尿病足溃疡中氧化应激的潜在机制	糖尿病足溃疡患者样本	数字病理学	糖尿病足溃疡	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	SVM-RFE, LASSO, RF	RNA测序数据	31,787个细胞(来自10个不同集群)
51	2025-07-10	Novel NLRP3 inhibitors mitigate acute radiation-induced lung injury by suppressing pyroptosis in alveolar epithelial cells 2025-Jul-04, Toxicology and applied pharmacology IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.taap.2025.117458 PMID:40618790	研究论文	本研究设计并评估了新型NLRP3抑制剂QK-3D和QK-3E，通过抑制肺泡上皮细胞焦亡来减轻辐射诱导的肺损伤	首次报道靶向NLRP3 NACHT结构域的喹喔啉酮衍生物(QK-3D/QK-3E)能特异性抑制NLRP3/GSDMD通路，在体内外模型中显著减轻辐射肺损伤且无毒性	研究主要聚焦早期RILI阶段，对慢性放射性肺纤维化的效果尚未评估	开发靶向NLRP3介导的细胞焦亡的新型抑制剂以治疗辐射性肺损伤	肺泡II型上皮细胞(AT2)和C57BL/6小鼠辐射肺损伤模型	放射医学	肺损伤	分子对接、高通量筛选、单细胞测序分析	体外A549/MLE-12细胞模型和体内小鼠RILI模型	分子生物学数据、病理学图像、细胞因子检测数据	体外细胞实验+小鼠模型(具体数量未明确说明)
52	2025-07-10	Identification of biomarkers and exploration of mechanisms for atopic dermatitis based on transcriptome and scRNA-seq data analysis 2025-Jul-04, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000042291 PMID:40629565	研究论文	本研究通过转录组和单细胞RNA测序数据分析，识别特应性皮炎的生物标志物并探索其机制	结合转录组和单细胞RNA测序数据，识别出7个关键基因作为特应性皮炎的潜在生物标志物，并通过伪时间分析揭示了角质形成细胞在疾病分化过程中的重要作用	研究依赖于公开数据集，未进行实验验证	识别特应性皮炎的生物标志物并探索其发病机制	特应性皮炎患者	生物信息学	特应性皮炎	转录组测序, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	MCC算法, 度算法	基因表达数据	两个转录组数据集(GSE16161和GSE32924)和一个scRNA-seq数据集(GSE180885)
53	2025-07-10	The Dichotomy of Tumor Control by Recruited and Resident Tumor-Associated Macrophages 2025-Jul-04, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6977440/v1 PMID:40630529	research paper	该研究探讨了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）在肿瘤进展中的双重作用，并识别了不同亚群的功能差异	研究发现间质巨噬细胞（IMs）的不同亚群可促进或抑制肿瘤生长，并揭示了CCR5阻断在肿瘤控制中的潜在应用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类肿瘤中的适用性尚需验证	探究肿瘤相关巨噬细胞亚群在肿瘤进展中的功能差异及其治疗潜力	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs），包括招募的巨噬细胞（recMacs）和间质巨噬细胞（IMs）	肿瘤免疫学	肺癌、黑色素瘤	空间转录组学、基因敲除小鼠模型	Pf4ᶜʳᵉCx3cr1ᴰᵀᴿ小鼠模型	基因表达数据、空间分布数据	小鼠模型中的肿瘤组织样本
54	2025-07-10	An Intrinsic-hoc Framework for Heterogeneous Cellular Senescence Elucidation Using Deep Graph Representation Learning and Experimental Validation 2025-Jul-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.01.662364 PMID:40631080	研究论文	本文提出了一种名为DeepSAS的框架，用于通过深度图表示学习和实验验证来阐明衰老细胞的异质性及其相关基因	DeepSAS框架结合深度图表示学习和单细胞RNA-seq数据，能够更准确地识别衰老细胞和相关基因，且在基准测试中表现优于现有方法	研究仅应用于健康眼细胞图谱和特发性肺纤维化数据集，未在其他疾病或组织中验证	理解衰老和年龄相关疾病中衰老细胞的异质性及其相关基因	衰老细胞及其相关基因	数字病理学	特发性肺纤维化	单细胞RNA-seq, Xenium空间转录组学	深度图表示学习	单细胞RNA-seq数据, 空间转录组数据	健康眼细胞图谱和特发性肺纤维化数据集
55	2025-07-10	Single-cell RNA sequencing in Hirschsprung's disease tissues reveals lack of neuronal differentiation in the aganglionic colon segment 2025-Jul-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.01.662516 PMID:40631286	研究论文	通过单细胞RNA测序分析先天性巨结肠症患者的健康和无神经节结肠段，揭示无神经节结肠段神经元分化的缺失	首次在先天性巨结肠症患者中应用单细胞RNA测序技术，揭示了无神经节结肠段中神经前体细胞存在但成熟神经元缺失的现象，并发现关键分化通路基因表达减少	样本量可能有限，且仅关注了转录组层面的变化，未涉及蛋白质或功能层面的验证	探究先天性巨结肠症无神经节结肠段中神经元分化障碍的分子机制	先天性巨结肠症患者的健康和无神经节结肠段组织	单细胞组学	先天性巨结肠症	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 全基因组测序(WGS)	NA	单细胞转录组数据, 基因组数据	未明确说明患者数量，但分析了健康和无神经节结肠段组织
56	2025-07-10	Single-cell analysis of ecto-mesenchymal cells derived from the neural crest reveals the regulatory role of P75NTR in odontogenic and osteogenic differentiation 2025-Jul-03, BMC oral health IF:2.6Q1 DOI:10.1186/s12903-025-06399-z PMID:40611059	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了p75NTR对神经嵴细胞牙源性和成骨分化的调控作用	首次在单细胞水平揭示了p75NTR通过细胞因子调控网络影响细胞间通讯和分化能力	研究仅在小鼠模型中进行，未在人类细胞中验证	探索p75NTR对颌面部发育过程中矿化和分化的影响机制	小鼠胚胎外胚层间充质干细胞(EMSCs)	发育生物学	颌面部发育异常	scRNA-seq, 矿化诱导实验, 伤口愈合实验	基因敲除小鼠模型	单细胞转录组数据	p75NTR敲除和野生型小鼠胚胎EMSCs
57	2025-07-10	Spatial heterogeneity in glioblastoma: Decoding the role of perfusion 2025-Jul-03, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189383 PMID:40614878	综述	本文探讨了胶质母细胞瘤（GBM）中灌注驱动的空间异质性及其对免疫调节和治疗抵抗的影响	聚焦于灌注在GBM空间异质性中的关键作用，并探讨了针对灌注诱导异质性的新兴治疗策略	作为综述文章，未涉及原始实验数据，主要基于现有文献的综合分析	解析GBM中灌注驱动的空间异质性机制及其临床意义	胶质母细胞瘤及其肿瘤微环境	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	第三代基因组学、高分辨率代谢组学、单细胞和空间转录组学	NA	分子生物学数据	NA
58	2025-07-10	PROFET Predicts Continuous Gene Expression Dynamics from scRNA-seq Data to Elucidate Heterogeneity of Cancer Treatment Responses 2025-Jul-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.27.662030 PMID:40631077	research paper	PROFET是一种计算框架，用于从稀疏采样的单细胞RNA测序数据中重建连续、非线性的单细胞基因表达轨迹	开发了PROFET框架，利用Lipschitz正则化梯度流方法和神经力匹配学习全局向量场，重建连续基因表达动态	需要时间标记的样本数据，可能对数据稀疏性敏感	研究单细胞基因表达动态，以解析癌症治疗反应的异质性	激素受体阳性乳腺癌细胞对palbociclib的治疗反应	computational biology	breast cancer	scRNA-seq	neural force-matching	gene expression data	合成数据、小鼠和人类数据集
59	2025-07-10	Ptbp1 is not required for retinal neurogenesis and cell fate specification 2025-Jul-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.02.662808 PMID:40631124	research paper	该研究评估了RNA结合蛋白Ptbp1在视网膜发育神经发生中的作用，发现其对视网膜发育并非必需	通过条件性敲除Ptbp1基因，揭示了其在视网膜神经发生和细胞命运决定中的非必需性，挑战了其作为神经发生主要抑制因子的观点	研究仅关注了视网膜发育过程，未涉及其他神经系统的验证	评估Ptbp1在发育性神经发生中的作用	视网膜祖细胞和Müller胶质细胞	神经生物学	NA	条件性基因敲除、免疫染色、bulk RNA-Seq、scRNA-Seq	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、RNA测序数据	E16胚胎和成熟突变体视网膜组织
60	2025-07-10	Maximum likelihood inference of time-scaled cell lineage trees with mixed-type missing data using LAML 2025-Jul-02, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03649-9 PMID:40604857	研究论文	本文介绍了通过最大似然法（LAML）推断时间分辨细胞谱系树的方法，用于动态谱系追踪技术	提出了一种新的最大似然方法LAML，能够准确推断时间分辨的细胞谱系树，并在模拟数据和实际小鼠模型中表现出优于现有方法的准确性和可扩展性	NA	开发一种能够准确推断时间分辨细胞谱系树的方法，以更好地理解细胞分裂和迁移的动态过程	细胞谱系树	生物信息学	肺癌	动态谱系追踪技术	LAML	单细胞测序数据	模拟数据和小鼠模型中的细胞数据