单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-05-15	Mapping the molecular signature of ABA-regulated gene expression in germinating barley embryos 2025-May-10, BMC plant biology IF:4.3Q1 DOI:10.1186/s12870-025-06654-z PMID:40348990	研究论文	本研究通过整合转录组学、代谢组学和空间转录组学技术，揭示了ABA在发芽大麦胚胎中调控基因表达的分子特征	首次在植物组织中成功应用空间转录组学技术，实现了对胚胎不同区域基因表达的精确定位	空间转录组学技术在植物组织中的应用仍存在技术挑战	探究ABA调控大麦种子发芽的分子机制	ABA处理的大麦(Hordeum vulgare)胚胎	植物分子生物学	NA	Visium Spatial Transcriptomics (10× Genomics), RNA-seq	NA	转录组数据, 代谢组数据	六个胚胎区域
42	2025-05-15	Thioredoxin: a key factor in cold tumor formation and a promising biomarker for immunotherapy resistance in NSCLC 2025-May-10, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03259-w PMID:40349025	研究论文	该研究探讨了硫氧还蛋白（TXN）在非小细胞肺癌（NSCLC）中作为免疫治疗耐药性生物标志物的作用及其在冷肿瘤形成中的关键影响	发现TXN在NSCLC患者中高表达并与冷肿瘤特征相关，揭示了TXN通过调节CD40促进肿瘤免疫逃逸的新机制	研究主要基于体外细胞实验和单细胞RNA测序数据，缺乏体内动物模型的验证	探究TXN在NSCLC免疫治疗耐药性中的作用及其分子机制	非小细胞肺癌（NSCLC）患者组织样本及A549和SK-MES-1细胞系	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NSCLC患者组织样本及两种肺癌细胞系（A549和SK-MES-1）
43	2025-05-15	Piezo1 regulates fibrocartilage stem cell in cartilage growth and osteoarthritis 2025-May-08, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2025.04.013 PMID:40345612	research paper	该研究探讨了机械敏感离子通道Piezo1在颞下颌关节（TMJ）软骨生长和骨关节炎中的作用	首次揭示了Piezo1在颞下颌关节纤维软骨干细胞（FCSC）分化和软骨内骨化中的关键调控作用，并发现其在骨关节炎病理条件下的保护性作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究机械敏感离子通道Piezo1在颞下颌关节发育和骨关节炎中的作用机制	人类颞下颌关节样本和小鼠模型	骨关节疾病研究	颞下颌关节骨关节炎（TMJOA）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、条件性基因敲除（CKO）、组织学和免疫组化分析	Gli1-CreERT2; Piezo1fl/fl条件敲除小鼠	基因表达数据、组织学图像数据	人类TMJ样本（数量未明确）和小鼠模型
44	2025-05-15	Abundance of a metabolically active subpopulation in dedifferentiated adipocytes inversely correlates with body mass index 2025-May-08, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2025.102161 PMID:40348015	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，识别出人类脂肪细胞中一个具有独特基因表达和功能特征的亚群，该亚群与代谢活性增加相关，并与BMI呈负相关	发现了一个新的脂肪细胞亚群（C7∗），该亚群具有肌肉细胞基因特征和更高的代谢活性，且其丰度与BMI呈负相关	研究样本量较小（11名捐赠者），且机制研究仍需进一步深入	探究脂肪组织中不同亚群的细胞组成和功能特性，及其与代谢疾病（如肥胖）的关联	人类去分化脂肪细胞（DFAT）及其亚群	代谢研究	肥胖	单细胞RNA测序（10x Genomics）、FACS、批量RNA测序	NA	RNA测序数据、临床参数数据	11名人类捐赠者的脂肪细胞样本，以及1759名捐赠者的皮下脂肪组织基因表达数据
45	2025-05-15	Blocking LIF and PD-L1 enhances the antitumor efficacy of SBRT in murine PDAC models 2025-May-07, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010820 PMID:40341024	研究论文	研究探讨了在鼠胰腺导管腺癌模型中，通过阻断LIF和PD-L1增强立体定向体部放疗（SBRT）的抗肿瘤效果	首次展示了LIF和PD-L1同时抑制与SBRT联合治疗的显著协同效应，并深入分析了其免疫调节机制	研究仅在鼠模型中进行，尚未进行人体临床试验	探索胰腺导管腺癌的新型联合治疗方案	鼠胰腺导管腺癌模型	肿瘤免疫治疗	胰腺癌	流式细胞术、Luminex检测、bulk RNA测序、单细胞RNA测序	鼠原位胰腺肿瘤模型	基因表达数据、免疫细胞表型数据	多个鼠胰腺肿瘤模型
46	2025-05-15	Transcriptomic Plasticity of Human Alveolar Macrophages Revealed by Single-Cell RNA Sequencing Following Drug Exposure: Implications for Therapeutic Development 2025-May-07, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26094439 PMID:40362676	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究药物暴露后人类肺泡巨噬细胞的转录组可塑性，为治疗开发提供新见解	揭示了肺泡巨噬细胞在不同药物处理下的转录组可塑性，并证实其可通过药物重编程改变表型	研究仅基于体外实验，未验证在体内的实际治疗效果	探究肺泡巨噬细胞的转录组可塑性及其在肺纤维化治疗中的潜在应用	人类肺泡巨噬细胞	单细胞转录组学	肺纤维化	scRNA-seq, qPCR	NA	RNA测序数据	NA
47	2025-05-15	Single-Cell Transcriptomics Reveals Stem Cell-Derived Exosomes Attenuate Inflammatory Gene Expression in Pulmonary Oxygen Toxicity 2025-May-07, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26094462 PMID:40362698	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术研究了干细胞来源的外泌体在减轻肺氧毒性炎症基因表达中的作用及其分子机制	首次揭示了外泌体在肺氧毒性中的作用机制，并整合单细胞RNA测序和批量分析技术，阐明了间充质干细胞外泌体在肺氧毒性模型中的保护效应	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究干细胞外泌体保护肺组织的机制及潜在分子调控网络	小鼠肺氧毒性模型中的细胞群体变化	单细胞转录组学	肺氧毒性	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	NA
48	2025-05-15	NEUROD1 efficiently converts peripheral blood cells into neurons with partial reprogramming by pluripotency factors 2025-May-06, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2401387122 PMID:40299704	研究论文	本研究介绍了一种优化的方法，通过外周血细胞将体细胞转化为神经元，避免了诱导多能干细胞（iPSC）中间步骤	使用NEUROD1和四种Yamanaka重编程因子的独特组合，在3周内生成谷氨酸能神经元，提供了一种非侵入性、高效、快速且便捷的方法	虽然外周血细胞提供了潜在的替代方案，但其在神经元重编程中的广泛应用仍需进一步验证	开发一种非侵入性、高效、快速且便捷的方法，将外周血细胞转化为神经元，用于神经系统疾病建模和药物发现	外周血细胞	细胞重编程	神经系统疾病	单细胞RNA测序、全基因组亚硫酸氢盐测序、Cre-LoxP系统谱系追踪	NA	基因表达数据、甲基化数据	NA
49	2025-05-15	Induced B cell receptor diversity predicts PD-1 blockade immunotherapy response 2025-May-06, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2501269122 PMID:40314973	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和高清空间转录组学等方法，分析了接受抗PD-1治疗的基底细胞癌患者，发现B细胞受体（BCR）克隆多样性的诱导与PD-1抑制治疗的成功反应相关	揭示了B细胞受体克隆多样性在PD-1阻断免疫治疗反应中的动态作用，并开发了基于基线肿瘤RNA测序的机器学习模型来预测PD-1诱导的BCR克隆多样性	研究样本量有限，且需要进一步验证机器学习模型在其他癌症类型中的普适性	探索PD-1阻断免疫治疗反应的机制，并寻找预测治疗反应的生物标志物	局部晚期或转移性基底细胞癌患者，以及胶质母细胞瘤、黑色素瘤和头颈部鳞状细胞癌患者	digital pathology	basal cell carcinoma, glioblastoma, melanoma, head and neck squamous cell carcinoma	单细胞RNA测序, 高清空间转录组学, 空间免疫受体分析	machine learning model	RNA测序数据, 空间转录组数据	一组局部晚期或转移性基底细胞癌患者，以及更大规模的胶质母细胞瘤、黑色素瘤和头颈部鳞状细胞癌患者队列
50	2025-05-15	Vagus nerve modulates acute-on-chronic liver failure progression via CXCL9 2025-May-05, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003104 PMID:38945689	research paper	该研究揭示了迷走神经通过调控CXCL9表达在急性-慢性肝衰竭（ACLF）发展中的作用机制	首次发现迷走神经-巨噬细胞-CXCL9轴的神经免疫通讯机制在ACLF发展中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和有限的患者样本，临床转化需要进一步验证	阐明迷走神经调控ACLF发展的分子机制	急性-慢性肝衰竭（ACLF）小鼠模型和患者样本	神经免疫学	肝病	蛋白质组学分析、scRNA-seq、流式细胞术、免疫组化/免疫荧光染色、CRISPR/Cas9技术	小鼠ACLF模型	蛋白质组数据、单细胞转录组数据、流式细胞数据、组织图像数据	ACLF小鼠模型和患者样本（具体数量未明确说明）
51	2025-05-15	snPATHO-seq: A Detailed Protocol for Single Nucleus RNA Sequencing From FFPE 2025-May-05, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.5291 PMID:40364991	研究论文	介绍了一种名为snPATHO-seq的稳健且适应性强的单核RNA测序方法，用于从FFPE组织中生成高质量的单核转录组数据	snPATHO-seq通过优化的核分离和10× Genomics Flex检测，针对短RNA片段，有效减轻了FFPE相关的RNA降解问题，并在多种FFPE样本中表现出高性能	NA	开发一种能够从FFPE组织中生成高质量单核转录组数据的方法，以推动单细胞组学在转化和临床研究中的应用	FFPE组织样本，包括乳腺癌等病变组织	单细胞组学	乳腺癌	单核RNA测序（snRNA-seq），10× Genomics Flex检测	NA	转录组数据	多种FFPE样本，包括病变组织
52	2025-05-15	A Cold-Active Protease Tissue Dissociation Protocol for the Preservation of the Tendon Fibroblast Transcriptome 2025-May-05, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.5293 PMID:40364987	research paper	本文介绍了一种使用冷活性蛋白酶在4°C下解离斑马鱼肌腱和韧带组织的方法，以保护肌腱纤维母细胞的转录组	使用冷活性蛋白酶解离组织，减少转录细胞应激，提高RNA测序数据的质量，更好地反映体内组织微环境	该方法主要适用于对微环境信号敏感或嵌入细胞外基质的细胞类型，可能不适用于所有组织类型	开发一种减少转录伪影、提高RNA测序数据质量的组织解离方法	斑马鱼肌腱和韧带组织	digital pathology	NA	bulk RNA sequencing	NA	RNA sequencing data	斑马鱼肌腱和韧带组织样本
53	2025-05-15	A Transfer Learning Framework for Predicting and Interpreting Drug Responses via Single-Cell RNA-Seq Data 2025-May-04, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26094365 PMID:40362602	研究论文	本研究提出了一种基于迁移学习的框架，利用单细胞RNA测序数据预测和解释药物反应	设计了一个共享编码器将批量测序和单细胞测序数据映射到统一的潜在空间，并通过先验生物知识引导的稀疏解码器增强模型的可解释性	临床样本获取有限，且单细胞RNA测序药物反应数据的系统性收集和利用仍不充分	提高药物反应预测的准确性和可解释性	单细胞RNA测序药物反应数据	机器学习	癌症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	迁移学习框架	单细胞RNA测序数据	五个精选的单细胞RNA测序数据集
54	2025-05-15	CALB1 and RPL23 Are Essential for Maintaining Oocyte Quality and Function During Aging 2025-May, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.14466 PMID:39748132	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序和蛋白质组分析，揭示了衰老卵母细胞中钙离子稳态失调的关键机制，并发现CALB1和RPL23基因在维持卵母细胞质量和功能中的重要作用	首次在单细胞分辨率下揭示CALB1和RPL23基因在卵母细胞衰老过程中的关键作用，并证明其过表达可部分挽救衰老相关缺陷表型	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类卵母细胞中验证	探究卵母细胞衰老的分子机制	年轻和年老雌性小鼠的卵母细胞	生殖生物学	生殖衰老	单细胞转录组测序、蛋白质组分析	NA	转录组数据、蛋白质组数据	年轻和年老雌性小鼠的卵母细胞（具体数量未明确说明）
55	2025-05-15	Transcriptional Heterogeneity and Differential Response of Rod Photoreceptor Pathway Uncovered by Single-Cell RNA Sequencing of the Aging Mouse Retina 2025-May, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70001 PMID:39954235	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究衰老小鼠视网膜中杆状光感受器通路的转录异质性和差异反应	揭示了视网膜中不同细胞类型在衰老过程中的转录失调动态，并发现了杆状光感受器和双极细胞的转录异质性亚群	研究仅基于小鼠模型，结果在人类视网膜中的适用性尚需验证	探究视网膜衰老的分子机制，寻找与衰老相关视力障碍的生物标志物	小鼠视网膜中的不同细胞类型，特别是杆状光感受器	生物医学	老年性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	3、12、18和24个月大的小鼠视网膜样本
56	2025-05-15	Comprehensive single-cell profiling of T and B cell subsets in mice reveals impacts on memory immune responses in FMDV infection 2025-May, Virology IF:2.8Q3 DOI:10.1016/j.virol.2025.110496 PMID:40090183	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究了FMDV感染对小鼠T和B细胞亚群记忆免疫反应的影响	首次全面分析了FMDV感染对记忆免疫细胞亚群的影响，并揭示了Fos相关基因的关键作用	研究仅限于小鼠模型，未在人类或其他动物模型中验证	探究FMDV感染对记忆免疫反应的影响机制	小鼠脾脏中的T和B细胞亚群	免疫学	口蹄疫	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明的小鼠脾脏细胞样本
57	2025-05-15	Single-Cell Transcriptomics Identifies a Prominent Role for the MIF-CD74 Axis in Myasthenia Gravis Thymus 2025-May, Neurology(R) neuroimmunology & neuroinflammation DOI:10.1212/NXI.0000000000200384 PMID:40117520	研究论文	该研究通过单细胞转录组学揭示了MIF-CD74轴在重症肌无力胸腺中的重要作用	首次构建了EOMG患者胸腺淋巴细胞的单细胞转录组图谱，并揭示了MIF-CD74轴在B细胞存活信号传导中的关键作用	样本量较小(仅11例未接受免疫治疗的患者)，且仅针对早期发病的AChR抗体阳性MG患者	探究重症肌无力胸腺中B细胞增殖和存活的分子机制	11例未接受免疫治疗的早期发病AChR抗体阳性重症肌无力患者的胸腺组织	单细胞转录组学	重症肌无力	单细胞转录组测序、多重组织学染色、ELISA	NA	单细胞转录组数据、组织学图像、蛋白质浓度数据	11例EOMG患者的胸腺样本
58	2025-05-15	Neuronal activity modulates the expression of secretagogin, a Ca2+ sensor protein, during mammalian forebrain development 2025-May, Acta physiologica (Oxford, England) DOI:10.1111/apha.70031 PMID:40165367	研究论文	研究探讨了神经元活动如何调控哺乳动物前脑发育过程中钙离子感应蛋白secretagogin的表达	揭示了secretagogin表达受神经元活动调控的新机制，并发现其在唐氏综合症胎儿中的表达延迟	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本数量有限	阐明secretagogin作为神经元标志物的表达调控机制及其与神经元活动的关系	人类胎儿前脑、小鼠大脑皮层神经元、SH-SY5Y神经母细胞瘤细胞	神经科学	唐氏综合症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫组织化学	Scgn-iCre::Ai9小鼠模型	基因表达数据、组织图像	人类胎儿样本（数量未明确）、小鼠模型和细胞培养
59	2025-05-15	Immune checkpoint TIM-3 regulates microglia and Alzheimer's disease 2025-May, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08852-z PMID:40205047	研究论文	本研究探讨了免疫检查点分子TIM-3在小胶质细胞中的功能及其在阿尔茨海默病中的作用	揭示了TIM-3通过TGFβ信号通路维持小胶质细胞稳态的机制，并提出了靶向小胶质细胞TIM-3治疗阿尔茨海默病的潜在策略	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究TIM-3在小胶质细胞中的功能及其在阿尔茨海默病中的作用机制	小鼠模型中的小胶质细胞和5×FAD转基因小鼠	神经科学	阿尔茨海默病	单核RNA测序和单细胞RNA测序	5×FAD转基因小鼠模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但使用了5×FAD转基因小鼠模型
60	2025-05-15	BDNF-GABA signaling in astrocytes: enhancing neural repair after SCI through MSC therapies 2025-May, Spinal cord IF:2.1Q1 DOI:10.1038/s41393-025-01077-x PMID:40229538	研究论文	本研究通过生物信息学分析探索星形胶质细胞在脊髓损伤（SCI）后的变化，揭示BDNF调控的GABA信号在神经元再生中的关键作用，并评估hUC-MSCs和iPS来源的MSCs在促进神经修复中的潜力	揭示了BDNF调控的GABA信号在星形胶质细胞中对神经元再生的关键作用，并评估了hUC-MSCs和iPS-MSCs通过激活该通路促进神经修复的潜力	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探索SCI后星形胶质细胞的变化及其在神经修复中的作用，评估MSCs治疗的潜力	星形胶质细胞、hUC-MSCs、iPS来源的MSCs	生物信息学	脊髓损伤	scRNA-seq、空间转录组学、bulk RNA-seq、GSEA	NA	转录组数据	来自GEO数据库的scRNA-seq、空间转录组学和bulk RNA-seq数据