单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-06-27	CCN1 Is a Therapeutic Target for Reperfused Ischemic Brain Injury 2025-Aug, Translational stroke research IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s12975-024-01279-0 PMID:39028413	研究论文	本研究探讨了CCN1在缺血再灌注脑损伤中的治疗潜力及其通过脑膜淋巴系统调节系统性炎症的机制	首次揭示了CCN1在脑-CLN轴系统性炎症中的关键作用，并证明其作为缺血再灌注损伤治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	探究脑膜淋巴系统在缺血再灌注阶段调节系统性炎症的作用机制	缺血再灌注脑损伤小鼠模型	神经科学	缺血性脑卒中	单细胞RNA测序	动物模型	基因表达数据	未明确说明样本量（小鼠模型）
42	2025-06-27	From injury to recovery: Spatiotemporal dynamics of the visual pathway during spontaneous structural and functional regeneration after optic nerve transection in zebrafish 2025-Jul-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2025.020 PMID:40567162	研究论文	本研究系统描述了成年斑马鱼在视神经横断后5周内的自发视觉系统再生动态	首次全面揭示了斑马鱼视觉通路再生的时空动态，包括视网膜、视神经和大脑的协同恢复过程	研究仅针对斑马鱼模型，与哺乳动物的再生机制可能存在差异	阐明斑马鱼视觉系统自发再生的时空动态机制	成年斑马鱼的视觉通路（视网膜、视神经和大脑）	神经再生	视神经损伤	苏木精-伊红染色、免疫组化、透射电镜、单细胞RNA测序、视动反应行为评估	斑马鱼模型	组织学图像、转录组数据、行为数据	未明确说明样本数量，研究持续5周时间
43	2025-06-27	The human infertility single-cell testis atlas (HISTA): an interactive molecular scRNA-Seq reference of the human testis 2025-Jul, Andrology IF:3.2Q1 DOI:10.1111/andr.13637 PMID:38577799	研究论文	本文介绍了人类不育单细胞睾丸图谱(HISTA)的生成和使用，这是一个通过scRNA-Seq分析理解人类精子发生的交互式网络工具	整合了来自多个供体、发育年龄和生育状态的scRNA-Seq数据，创建了一个交互式网络工具，支持简单的统计假设检验，并包含机器学习衍生的基因模块	数据来源于12个供体，样本量相对有限，且需要进一步的研究社区输入以更新和优化	构建一个整合的单细胞RNA测序参考图谱，以促进睾丸研究	人类睾丸组织，包括健康成人对照、青少年和多种不育病例	生物信息学	不育症	scRNA-Seq	机器学习	单细胞RNA测序数据	12个供体的scRNA-Seq数据集
44	2025-06-27	Novel Cell-to-Cell Communications Between Macrophages and Fibroblasts Regulate Obesity-Induced Adipose Tissue Fibrosis 2025-Jul-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db24-0762 PMID:40063503	研究论文	本研究探讨了肥胖诱导的脂肪组织纤维化中巨噬细胞与成纤维细胞之间的新型细胞间通讯机制	发现了表达Mincle的巨噬细胞亚群通过分泌Osm调控脂肪组织成纤维细胞胶原基因表达的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明肥胖诱导脂肪组织纤维化的细胞间通讯机制	饮食诱导肥胖小鼠的脂肪组织	细胞生物学	肥胖症	单细胞转录组分析、空间转录组学	NA	转录组数据	饮食诱导肥胖小鼠模型及人类肥胖脂肪组织样本
45	2025-06-27	Applications of spatial transcriptomics in studying spermatogenesis 2025-Jul, Andrology IF:3.2Q1 DOI:10.1111/andr.70043 PMID:40202007	综述	本文综述了空间转录组学在研究精子发生过程中的应用	利用空间转录组学技术研究精子发生过程中的分子特征及细胞间相互作用	NA	探讨空间转录组学在理解精子发生及男性不育症中的应用	哺乳动物睾丸中的细胞类型及其相互作用	基因组学	男性不育症	空间转录组学	NA	分子特征数据	NA
46	2025-06-27	Single-Cell Transcriptomics and Lineage Tracing Unveil Parallels in Lymphatic Muscle and Venous Smooth Muscle Development, Identity, and Function 2025-Jul, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.125.322567 PMID:40371470	研究论文	该研究通过单细胞转录组学和谱系追踪揭示了淋巴肌肉细胞（LMCs）和静脉平滑肌细胞（SMCs）在发育、特性和功能上的相似性	首次揭示了LMCs和静脉SMCs在转录组和功能上的高度相似性，并确定了它们共同的WT1+中胚层祖细胞来源	研究主要基于小鼠模型，人类LMCs的特性可能有所不同	探究淋巴肌肉细胞的分子特征和发育起源	淋巴肌肉细胞（LMCs）和静脉平滑肌细胞（SMCs）	细胞生物学	淋巴水肿	单细胞RNA测序、遗传谱系追踪、全标本免疫染色、活体成像	NA	基因表达数据、图像数据	小鼠后肢和腹股沟-腋窝区域的LMCs和SMCs
47	2025-06-27	Single-Cell and Spatial Transcriptomics Identified Fatty Acid-Binding Proteins Controlling Endothelial Glycolytic and Arterial Programming in Pulmonary Hypertension 2025-Jul, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321173 PMID:40401371	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了脂肪酸结合蛋白FABP4和FABP5在肺动脉高压（PAH）发病机制中的关键作用	首次发现FABP4/5在肺动脉内皮细胞中的异常表达与PAH的发病机制相关，并阐明了其通过调节内皮细胞糖酵解和远端动脉编程促进血管重塑的分子机制	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未在更大规模的人类临床样本中验证	探究内皮细胞FABP4/5在肺动脉高压发病中的分子机制	肺动脉内皮细胞、PAH患者样本、PH大鼠模型和基因敲除小鼠	分子病理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序、空间转录组分析、RNA-seq、免疫组化	Egln1Tie2Cre基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质组数据、影像数据	PAH患者样本、PH大鼠模型和多种基因工程小鼠
48	2025-06-27	Aberrant single-cell phenotype and clinical implications of genotypically defined polyclonal plasma cells in myeloma 2025-Jun-26, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024025643 PMID:40009503	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和B细胞受体分析，探讨了多发性骨髓瘤中残留的多克隆浆细胞的异常表型及其临床意义	首次在基因型水平上鉴定了多克隆浆细胞，并揭示了其在疾病进展中的频率变化以及与肿瘤微环境的异常互作	样本量相对较小（46例患者和21例健康供者），且仅基于转录组数据进行分析	探究多发性骨髓瘤中多克隆浆细胞的表型异常及其临床相关性	多发性骨髓瘤患者和健康供者的浆细胞	数字病理学	多发性骨髓瘤	scRNA-seq, sc B-cell受体分析	NA	单细胞转录组数据	46例PC异常患者样本和21例健康供者样本，共234,789个浆细胞
49	2025-06-27	High-Dimensional Analysis of Type 2 Lymphocyte Dynamics During Mepolizumab or Dupilumab Treatment in Severe Asthma 2025-Jun-26, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.16633 PMID:40566935	研究论文	研究美泊利单抗和度匹鲁单抗对严重哮喘患者循环2型淋巴细胞的影响	揭示了美泊利单抗通过改变2型淋巴细胞的迁移和功能来减少气道炎症的新机制	样本量较小，特别是度匹鲁单抗治疗组仅有7例患者	探究2型生物制剂对严重哮喘患者循环淋巴细胞的影响	40名严重哮喘患者的外周血单个核细胞	免疫学	哮喘	高参数流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞数据、转录组数据	40名患者（美泊利单抗33例，度匹鲁单抗7例），其中3例进行scRNA-seq，3例进行刺激实验
50	2025-06-27	Decellularized small intestinal hydrogel-encapsulated BMSCs attenuate dextran sulfate sodium-induced colitis in mice via immunomodulation and tissue repair 2025-Jun-26, Journal of materials chemistry. B DOI:10.1039/d5tb00706b PMID:40566954	研究论文	本研究开发了一种脱细胞小肠水凝胶递送系统，用于包裹大鼠骨髓间充质干细胞（rBMSCs），通过靶向直肠给药治疗小鼠结肠炎	使用脱细胞小肠水凝胶递送系统显著提高了rBMSCs的存活率，并通过多靶点协同作用减轻炎症、氧化应激和组织损伤，为IBD治疗提供了新方法	未来研究需进一步探讨dSI水凝胶与rBMSCs的相互作用机制，优化给药方案，并利用单细胞RNA测序阐明MSC在肠道微环境中的免疫调节作用	开发一种有效且安全的IBD治疗策略	小鼠模型中的结肠炎病变	组织工程与再生医学	炎症性肠病（IBD）	脱细胞小肠水凝胶递送系统	NA	NA	NA
51	2025-06-27	HECLIP: Histology-Enhanced Contrastive Learning for Imputation of Transcriptomics Profiles 2025-Jun-26, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf363 PMID:40569046	研究论文	提出了一种名为HECLIP的深度学习框架，用于从H&E染色组织学图像中推断空间基因表达谱	采用以图像为中心的对比学习策略，直接从H&E染色图像预测基因表达，减少对空间转录组数据的依赖	NA	开发可扩展的计算方法，弥合成像与转录组学之间的差距	H&E染色组织学图像	数字病理学	NA	对比学习	深度学习框架	图像	公开可用的数据集
52	2025-06-27	CAF-derived LRRC15 orchestrates macrophage polarization and limits PD-1 immunotherapy efficacy in glioblastoma 2025-Jun-26, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf157 PMID:40569145	research paper	该研究探讨了CAF衍生的LRRC15在调节巨噬细胞极化和限制PD-1免疫治疗在胶质母细胞瘤中效果的作用	发现了一个新的CAFs亚群，其高表达LRRC15，并通过激活FAK/SRC/NF-κB通路促进IL8表达，进而影响巨噬细胞的迁移和M2样极化	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证	探索如何通过重编程肿瘤免疫抑制微环境来提高PD-1/PD-L1免疫检查点阻断疗法在胶质母细胞瘤中的效果	癌症相关成纤维细胞(CAFs)和巨噬细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和空间转录组学(stRNA-seq)	小鼠模型	基因表达数据	NA
53	2025-06-27	NOX2 Contributes to High-Frequency Outer Hair Cell Vulnerability in the Cochlea 2025-Jun-26, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202408830 PMID:40569247	研究论文	本文通过单细胞RNA测序首次鉴定出NOX2作为与耳蜗基底转氧化损伤相关的差异表达基因，揭示了NOX2在高频外毛细胞脆弱性中的关键作用	首次发现NOX2在高频外毛细胞脆弱性中的关键作用，并证实其通过Nrf2通路发挥保护效应，同时鉴定出人参皂苷Rg1作为潜在干预化合物	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证NOX2的调控机制	探究耳蜗高频区外毛细胞脆弱性的分子机制	小鼠耳蜗外毛细胞	听觉神经生物学	感音神经性听力损失	单细胞RNA测序，基因敲除	NOX2基因敲除小鼠模型	基因表达数据，组织病理数据	未明确说明实验用小鼠具体数量
54	2025-06-27	GPC2-targeted CAR T cells engineered with NFAT-inducible membrane-tethered IL-15/IL-21 exhibit enhanced activity against neuroblastoma 2025-Jun-26, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0975 PMID:40569285	research paper	研究评估了IL-15和IL-21增强的GPC2靶向CAR T细胞在高负荷神经母细胞瘤中的疗效	采用NFAT诱导型膜锚定IL-15/IL-21共表达的GPC2-CAR T细胞，显著增强了对高负荷神经母细胞瘤的杀伤效果并降低了毒性	需要进一步的研究来验证这些发现	优化CAR T细胞疗法以更有效地治疗高负荷神经母细胞瘤	神经母细胞瘤和高负荷神经母细胞瘤模型	肿瘤免疫治疗	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序	CAR T细胞	RNA测序数据	高负荷神经母细胞瘤异种移植模型小鼠
55	2025-06-27	TET3 facilitates bladder cancer progression through targeted modulation of stemness pathways 2025-Jun-26, Medical oncology (Northwood, London, England) DOI:10.1007/s12032-025-02857-4 PMID:40569530	研究论文	本研究探讨了TET3在膀胱癌进展中的作用及其通过调控干细胞相关通路促进肿瘤生长的机制	首次揭示了TET3通过调节干细胞相关转录因子（如SOX2和NANOG）和降低DNA 5hmC水平来维持膀胱癌细胞的干性	未探讨TET3在其他类型癌症中的作用，且临床样本量有限	阐明TET3在膀胱癌进展中的分子机制及其作为治疗靶点的潜力	膀胱癌细胞及小鼠模型	肿瘤生物学	膀胱癌	单细胞RNA测序、scissor分析、球体形成实验	NA	基因表达数据、组织学数据	未明确说明样本数量，涉及体外细胞实验和小鼠模型
56	2025-06-27	Multimodal transcriptomics identifies metallothionein as a novel pathway in primary sclerosing cholangitis 2025-Jun-25, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001432 PMID:40560681	研究论文	通过多模态转录组学技术，研究发现金属硫蛋白是原发性硬化性胆管炎(PSC)的一个新通路	首次结合空间转录组学和单核转录组学(snRNA-seq)技术，在PSC肝脏样本中识别出金属硫蛋白(MT1E, MT1G, MT1H)作为新的疾病通路，并定位到纤维化病变边缘的APOE+肝细胞亚型	样本量相对有限(23例PSC和7例疾病对照)，且主要使用移植肝脏样本，可能无法完全代表疾病早期阶段	探索原发性硬化性胆管炎(PSC)的潜在疾病通路和分子机制	人类肝脏样本(23例PSC和7例疾病对照)和小鼠模型	数字病理学	原发性硬化性胆管炎	空间转录组学, 单核转录组学(snRNA-seq), 免疫组织化学	NA	转录组数据	30例人类肝脏样本(23 PSC + 7对照)，76,664个空间转录组点，91,891个单核转录组测序核
57	2025-06-27	Podocyte YAP and TAZ hyperactivation drives glomerular epithelial proliferative diseases in mice and humans 2025-Jun-25, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adq3852 PMID:40560997	研究论文	该研究通过免疫染色和空间转录组学分析，揭示了YAP和TAZ在足细胞中的异常激活是导致肾小球上皮细胞增殖性疾病的共同驱动因素	首次发现足细胞中YAP和TAZ的异常激活是多种肾小球上皮细胞增殖性疾病的共同驱动机制	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类样本数量有限	探索肾小球上皮细胞增殖性疾病的共同发病机制	人类肾活检样本和小鼠模型	肾脏病学	肾小球疾病	免疫染色, 空间转录组学	小鼠基因敲除模型	组织样本, 基因表达数据	人类肾活检样本(数量未明确)和小鼠模型
58	2025-06-27	Extracellular vesicle-induced lipid dysregulation drives liver premetastatic niche formation in colorectal cancer 2025-Jun-25, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2025-334851 PMID:40562522	研究论文	本文研究了结直肠癌细胞来源的细胞外囊泡如何通过驱动肝脏脂质积累促进肝脏转移前微环境的形成	揭示了高转移性结直肠癌细胞通过细胞外囊泡诱导肝脏脂质积累的新机制，并提出了通过抑制脂肪酸合成来预防肝转移的新策略	研究主要基于小鼠模型和患者来源的类器官，需要进一步在人体临床试验中验证	阐明高转移性结直肠癌细胞来源的细胞外囊泡促进肝脏转移前微环境形成的机制	结直肠癌细胞、细胞外囊泡、肝脏转移前微环境	肿瘤转移机制研究	结直肠癌	脂质组学、单细胞测序	NA	实验数据、临床样本数据	使用小鼠模型和结直肠癌患者肿瘤样本
59	2025-06-27	ETMR stem-like state and chemo-resistance are supported by perivascular cells at single-cell resolution 2025-Jun-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60442-9 PMID:40562749	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了胚胎性多层玫瑰花结肿瘤（ETMR）的瘤内异质性和肿瘤微环境中的细胞通讯	揭示了PDGFRβ周细胞作为肿瘤微环境中的关键通讯伙伴，通过细胞外基质介导的相互作用支持肿瘤细胞的干细胞信号传导	研究主要基于体外模型和小鼠模型，人类肿瘤的验证仍需进一步研究	探究ETMR肿瘤的瘤内异质性和微环境细胞通讯机制	人类和小鼠的ETMR肿瘤细胞、体外培养细胞及3D前脑类器官模型	肿瘤生物学	脑肿瘤	单细胞RNA测序、免疫组化、空间转录组学	3D类器官模型	单细胞转录组数据、空间转录组数据	约25万个原代人类和小鼠ETMR细胞
60	2025-06-27	Single-cell and spatial transcriptomics of stricturing Crohn's disease highlights a fibrosis-associated network 2025-Jun-25, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02225-y PMID:40562913	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了克罗恩病（CD）纤维化相关的关键转录组和细胞网络	首次结合单细胞和空间转录组学技术，详细描绘了克罗恩病纤维化过程中的细胞和分子网络，并识别了与遗传风险位点相关的空间模块	样本量相对较小（61个样本来自21名CD患者和10名非IBD患者），可能限制统计效力	揭示克罗恩病纤维化的分子机制和细胞网络	克罗恩病患者的肠道狭窄组织	数字病理学	克罗恩病	单细胞转录组学, 空间转录组学	NA	转录组数据	61个样本（21名CD患者和10名非IBD患者）