单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 39582 篇文献,本页显示第 41 - 60 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
41 2026-05-20
CSFeatures improves the identification of cell-type-specific differential features in single-cell and spatial omics data
2026-May-13, Journal of advanced research IF:11.4Q1
研究论文 CSFeatures是一种计算新方法,用于从单细胞和空间组学数据中识别细胞类型特异性的分子特征 提出CSFeatures方法,整合表达水平、分布平滑性和跨细胞群的比例表示,从多模态单细胞和空间组学数据中识别细胞类型特异性特征,并通过多重免疫荧光在蛋白质层面验证其特异性 未明确说明局限性,但可能依赖数据质量和参数选择 开发一种从单细胞和空间组学数据中识别细胞类型特异性分子特征的新方法 模拟数据集和14个真实数据集,涵盖单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、空间转录组学和空间ATAC测序数据 机器学习 NA 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 空间转录组学, 空间ATAC测序, 多重免疫荧光 CSFeatures 基因表达数据, 染色质可及性数据, 空间转录组数据 1个模拟数据集和14个真实数据集 NA 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 空间转录组学, 空间ATAC测序 NA NA
42 2026-05-20
D-SPIN constructs regulatory network models from scRNA-seq that reveal organizing principles of perturbation response
2026-May-12, Cell IF:45.5Q1
研究论文 D-SPIN 框架从单细胞RNA测序数据推断基因调控网络模型,揭示扰动响应的组织原则 引入维度可扩展的单细胞扰动整合网络(D-SPIN),能从数千种扰动条件下的单细胞转录组数据推断具有机械论可解释性的生成式基因调控网络模型,并解释扰动如何通过重配置调控相互作用改变细胞状态比例 未提及具体局限性 建立从单细胞转录组数据推断基因调控网络的计算框架,揭示细胞响应扰动的控制原理 来自Perturb-seq和药物反应数据集的单细胞转录组数据 机器学习 NA scRNA-seq 生成式网络模型 基因表达数据 数千种扰动条件下的单细胞数据集 NA 单细胞RNA测序 NA NA
43 2026-05-20
Optics-free spatial genomics for mapping mammalian brain aging by IRISeq
2026-May-12, Nature neuroscience IF:21.2Q1
研究论文 介绍一种无光学元件的空间基因组学平台IRISeq,用于绘制哺乳动物脑衰老图谱 提出无光学元件的IRISeq平台,通过索引测序实现空间相互作用映射,兼具高吞吐量、成本效益和可调分辨率 未提及具体局限性,可能包括对新鲜组织样本的依赖或分辨率在5-50µm范围内受限 开发一种高通量、低成本的空间转录组学方法,并用于研究小鼠脑衰老中淋巴细胞依赖的基因表达变化 成年和老年小鼠大脑,包括野生型及两种淋巴细胞缺陷模型(Rag1和Prkdc突变体) 空间基因组学 脑衰老 IRISeq NA 基因表达数据 超过70个冠状大脑切片,生成超过46万空间转录组图谱,并整合了78.3万单细胞转录组数据 NA 空间转录组学 IRISeq 无光学元件的索引测序平台,分辨率5-50µm
44 2026-05-20
Low-Strength Type I Interferon Signaling Promotes CAR T Cell Treatment Efficacy
2026-May-11, Cancer immunology research IF:8.1Q1
研究论文 利用单细胞转录组学分析CAR T细胞输注产品,发现低强度I型干扰素信号能够增强CAR T细胞治疗效果 首次发现低强度I型干扰素信号可作为非依赖共刺激的CAR T细胞效能增强剂,并开发了离体制造过程中短暂添加IFN-I的创新策略 仅分析8例患者的输注产品,样本量较小 探索影响CAR T细胞治疗弥漫大B细胞淋巴瘤疗效的决定因素 对axicabtagene ciloleucel有不同临床反应的8例复发/难治性弥漫大B细胞淋巴瘤患者的输注产品 机器学习 弥漫大B细胞淋巴瘤 单细胞转录组测序 NA 单细胞转录组数据 8例复发/难治性弥漫大B细胞淋巴瘤患者的输注产品 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3'
45 2026-05-20
VIDEO - Visual Integration of Drosophila Enhancer Organization: A tool for integrating and visualizing chromatin accessibility, in vivo transcription factor binding and motif occurrence in tissue-specific differentially expressed genes
2026-May-11, Genetics IF:3.3Q2
研究论文 介绍视频——果蝇增强子组织的视觉整合工具,用于整合和可视化染色质可及性、体内转录因子结合以及组织特异性差异表达基因中的基序出现 提出了一个基于网络的交互式分析工具,能够整合转录因子结合基序与转录活性和染色质可及性在组织特异性背景下的可视化,解决了现有工具难以交互式探索和可视化多模态数据的问题 本文摘要未明确提及研究的局限性 开发和展示一个用于整合和可视化果蝇中染色质可及性、转录因子结合及组织特异性基因表达数据的网络分析工具 果蝇(黑腹果蝇)的唾液腺和胚胎后肠组织 生物信息学 NA ATAC-seq, ChIP-seq, RNA-seq NA 基因组数据(染色质可及性、转录因子结合、基因表达数据) NA(未明确提及具体样本数量) NA NA NA NA
46 2026-05-20
Single-cell RNA-seq reveals increased TNFRSF9+ senescent fibroblasts and enhanced crosstalk between TNFRSF9+ fibroblasts and neural cells in keloids
2026-May-11, Burns : journal of the International Society for Burn Injuries IF:3.2Q1
研究论文 利用单细胞RNA测序揭示瘢痕疙瘩中TNFRSF9+衰老成纤维细胞增加及其与神经细胞的增强相互作用 首次通过单细胞RNA测序鉴定出瘢痕疙瘩中TNFRSF9+衰老成纤维细胞亚群,并揭示其与神经细胞的相互作用 未明确说明局限性 揭示瘢痕疙瘩成纤维细胞异质性及其在病理过程中的作用机制 瘢痕疙瘩组织中的成纤维细胞 单细胞组学 瘢痕疙瘩 scRNA-seq NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
47 2026-05-20
Single-cell and spatial omics in liver identify cell-cell communication regulators in aging and insulin resistance
2026-May-09, Metabolism: clinical and experimental
研究论文 利用单细胞RNA、ATAC测序和空间转录组学,研究小鼠肝脏在衰老与胰岛素抵抗过程中细胞组成和分区变化,揭示HGF-HGFAC信号在调节肝脏分区和胰岛素敏感性中的作用 首次通过多组学手段系统解析衰老和胰岛素抵抗过程中肝脏细胞组成和分区动态变化,并发现HGF-HGFAC信号在维持肝脏中央周围区和改善胰岛素抵抗中的关键作用 仅在小鼠模型中验证,需在人类样本中进一步确认 研究肝脏在衰老和胰岛素抵抗过程中细胞-细胞通信的调控机制 年轻胰岛素敏感小鼠和不同程度胰岛素抵抗的老年小鼠的肝脏组织 机器学习 老年性疾病 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 NA 基因表达数据, 染色质开放性数据, 空间转录数据 年轻胰岛素敏感小鼠和老年胰岛素抵抗小鼠的肝脏样本 10x Genomics 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 10x Chromium, 10x Visium 10x Chromium单细胞3'测序平台和10x Visium空间转录组平台
48 2026-05-20
Benchmarking sketching methods on spatial transcriptomics data
2026-May-05, Nucleic acids research IF:16.6Q1
研究论文 系统评估了几种草图绘制方法(均匀采样、杠杆分数采样、Geosketch和scSampler)在空间转录组学数据上的表现,并提出了结合空间信息的改进方案 首次系统比较了多种草图方法在空间转录组学数据中的应用,发现仅依赖表达信息或空间坐标的方法各有缺陷,并创新性地提出了一种空间感知的杠杆分数计算方法,能够在保持组织均匀覆盖的同时恢复稀有细胞状态 评估仅限于少数真实数据集和模拟数据,未涵盖所有可能的空间转录组学平台和样本类型,且提出的空间感知方法仍有改进空间 探索草图绘制方法对空间转录组学数据分析的影响,寻找能平衡全局转录组异质性和组织空间结构保留的最佳策略 多个空间转录组数据集(小鼠卵巢、MERFISH脑组织、人乳腺癌、肺)及模拟数据 机器学习和数字病理学 乳腺癌、肺癌 空间转录组学、主成分分析、随机奇异值分解 NA 空间转录组数据 多个真实数据集(小鼠卵巢、MERFISH脑组织、人乳腺癌、肺)和模拟数据 NA 空间转录组学 NA NA
49 2026-05-20
Single cell RNA sequencing reveals transitional states and signaling shifts in nephron progenitor cells of the late-gestation rhesus macaque kidney
2026-May-04, BMC genomics IF:3.5Q2
研究论文 通过单细胞RNA测序解析晚期妊娠恒河猴肾脏肾元祖细胞的过渡状态与信号转变 首次对晚期妊娠(第二和第三孕期)恒河猴肾脏进行单细胞RNA测序,揭示了晚期妊娠特有的肾元祖细胞诱导分支,并发现WNT和SEMA信号成分的组成性转变可能促进侧支肾发生 尚不确定晚期妊娠肾元祖细胞的变化是时间依赖还是物种依赖 探究晚期妊娠灵长类肾脏中肾元祖细胞如何通过侧支肾发生形成更多肾单位 晚期第二孕期和第三孕期(侧支肾发生期间)的恒河猴胎儿肾脏皮质组织(n=9),以及公开的人类肾脏scRNA-seq数据(8-18周,n=8) 单细胞转录组学 NA 单细胞RNA测序、伪时间分析、差异表达分析、配体-受体相互作用分析、RNAScope验证 NA 单细胞转录组数据 9个恒河猴肾脏样本和8个人类肾脏样本(共64,782个恒河猴细胞,包括7,879个肾元祖细胞) 10x Genomics 单细胞RNA测序(scRNA-seq) 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3'转录组分析
50 2026-05-20
Identification of high-risk cells in single-cell spatially resolved transcriptomics data using Diagnostic Evidence GAuge of Single-cells with spatial smoothing
2026-May-03, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 提出一种名为DEGAS的方法,利用单细胞空间转录组学数据识别高风险细胞和区域 DEGAS通过潜在表示和领域自适应,将疾病属性从患者转移到单个细胞,解决了现有方法无法关联单个细胞的问题,并兼容多种单细胞空间转录组平台 未明确提及,但可能依赖于已知标记物验证,且对新数据集(如Xenium)的适用性需要更多验证 开发一种方法,从单细胞空间分辨率转录组数据中识别高风险细胞和区域,以揭示疾病过程 肝细胞癌和皮肤黑色素瘤组织样本,以及新生成的II型糖尿病Xenium数据集 数字病理学 肝癌, 皮肤黑色素瘤, II型糖尿病 单细胞空间转录组学 领域自适应 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 肝细胞癌和皮肤黑色素瘤组织样本,以及II型糖尿病Xenium数据集 10x Genomics 单细胞RNA测序, 空间转录组学 10x Visium, 10x Xenium 本研究中使用的scSRT平台包括10x Visium和10x Xenium
51 2026-05-20
Single-Cell Transcriptomics Reveals FLS2-Dependent Hypoxia Signaling and ERF13-Mediated Transcription During flg22-Triggered Immunity
2026-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 通过单细胞转录组学揭示拟南芥中FLS2依赖的低氧信号及ERF13介导的转录调控在flg22触发免疫中的作用 首次在单细胞分辨率下系统解析flg22诱导的免疫反应,发现低氧信号与免疫信号通过ERF13整合,并揭示细胞类型特异性转录重编程 未在体内验证所有发现的调控机制,且研究仅限于拟南芥模式植物 阐明flg22触发免疫反应的细胞类型特异性调控机制 拟南芥野生型及突变体(fls2、ate1、prt6、zpr2、erf13、sim smr、e2fabc、cpr5)的叶片细胞 单细胞转录组学 NA 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 拟南芥叶片细胞(具体数量未提及) NA 单细胞RNA-seq NA NA
52 2026-05-20
BGN/MDK Axis in the Melanoma Tumor Microenvironment Strengthens Tumor Malignancy by Modulating Cancer Cells and Cancer-Associated Fibroblasts Crosstalk
2026-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本研究利用空间转录组学和单细胞RNA测序技术,揭示了黑色素瘤肿瘤微环境中BGN/MDK轴通过调节癌细胞与癌症相关成纤维细胞的相互作用来增强肿瘤恶性 首次发现m6A修饰因子以平行非层级方式协同上调BGN表达,并阐明BGN/MDK轴通过AEBP1调控CAFs形成及CD8+ T细胞浸润的分子机制 未说明具体局限性 探究BGN在黑色素瘤肿瘤微环境中的调控网络及其对CAFs形成和肿瘤恶性进展的作用 黑色素瘤细胞、癌症相关成纤维细胞(CAFs)、CD8+ T细胞 数字病理 黑色素瘤 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 体外/体内实验, 功能分析, 分子检测 NA 基因表达数据 NA NA 空间转录组学, 单细胞RNA测序 NA NA
53 2026-05-20
In Vivo CRISPR Screening Identifies the Glutamate Receptor GRIA2 as Promoting Peritoneal Metastasis of Gastric Cancer via Calcium-Dependent β-Catenin Activation
2026-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 通过体内CRISPR筛选发现AMPA型谷氨酸受体亚基GRIA2通过钙依赖性β-连环蛋白激活促进胃癌腹膜转移 首次通过体内全基因组CRISPR/Cas9筛选鉴定GRIA2为胃癌腹膜转移的关键驱动因子,并揭示谷氨酸-GRIA2-GSK-3β-β-连环蛋白信号轴的新机制 未提及具体的局限性信息 寻找胃癌腹膜转移的新治疗靶点 胃癌腹膜转移的分子机制 机器学习 胃癌 CRISPR/Cas9筛选, 单细胞RNA测序, 药理学抑制 NA 基因表达数据, 单细胞转录组数据 细胞系来源和患者来源的类器官异种移植(PDOX)小鼠模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
54 2026-05-20
Single-Cell and Mendelian Randomization Analyses Identify Key Genes Common to COVID-19 and Multiple Sclerosis
2026-May, Viral immunology IF:1.5Q4
研究论文 通过单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析,识别COVID-19与多发性硬化症共有的关键基因 首次结合单细胞RNA测序、全基因组关联研究和表达数量性状位点数据,系统分析COVID-19和多发性硬化症中B细胞相关的共享分子机制 未提及,仅从摘要推断可能包括样本量有限或因果关系的验证需求 阐明B细胞在COVID-19和多发性硬化症发病中的分子机制,以制定更有效的治疗策略 COVID-19患者和多发性硬化症患者的B细胞 机器学习和基因组学 COVID-19与多发性硬化症 单细胞RNA测序、全基因组关联研究、表达数量性状位点分析 NA 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
55 2026-05-20
COVARE for modeling latent random effect correlations to detect genes with specific spatial expression patterns
2026-05, Genomics IF:3.4Q2
研究论文 提出COVARE方法,基于线性混合效应模型检测具有特定空间表达模式的基因,以解决现有方法忽略协变量交互作用的问题 首次在空间转录组分析中引入协变量交互效应,通过线性混合效应模型实现基因空间效应的无偏估计,超越传统基于协变量独立假设的方法 未提及方法在高通量数据或大规模组织样本上的计算效率,以及协变量交互作用选择的潜在主观性 开发能检测空间可变基因并考虑协变量交互效应的新方法,以精确解析复杂疾病机制和识别潜在生物标志物 空间转录组数据中的基因及其空间表达模式 数字病理学 未特指疾病类别 空间转录组学 线性混合效应模型 空间转录组数据 未提及具体样本数量 未提及 空间转录组学 未提及 未提及
56 2026-05-20
OMICX: An AI-powered web platform for integrative analysis of multi-condition single-cell transcriptomics data
2026-05, Genomics IF:3.4Q2
研究论文 介绍OMICX,一个由大语言模型驱动的交互式、无需编程的网络平台,用于多条件单细胞转录组数据的综合分析 利用大语言模型助手(OMICX-Agent)实现通过自然语言对话进行单细胞数据分析,使高级生物信息学分析对非专业用户更易用 未明确说明局限性 开发一个无需编程的智能网络平台,简化多条件单细胞转录组数据的综合分析流程 单细胞转录组数据、批量RNA-seq数据、GWAS汇总统计数据的集成分析案例 自然语言处理, 机器学习 NA 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, GWAS汇总统计 大语言模型 文本, 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, GWAS汇总统计 NA NA
57 2026-05-20
A Decline in Follicle Cell Function Is a Major Driver of Drosophila Ovarian Aging
2026-05, Aging cell IF:8.0Q1
研究论文 发现卵泡细胞功能下降是果蝇卵巢老化的主要驱动因素 首次通过单细胞RNA测序揭示卵泡细胞在卵巢老化中具有最多的差异表达基因,并证实针对卵泡细胞的遗传操作足以改善生殖老化特征 研究仅以果蝇为模型,结果向哺乳动物(如人类)的转化需要进一步验证;具体机制(如Atg8a调控老化的分子通路)未完全阐明 探究果蝇卵巢老化的细胞分子机制,特别是体细胞(卵泡细胞)在老化过程中的作用 果蝇卵巢中的卵泡细胞和生殖细胞 生物信息学 生殖系统老化 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 未明确样本量,涉及年轻与年老果蝇卵巢组织 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞RNA测序平台用于卵巢细胞转录组分析
58 2026-05-20
Single-cell and spatial transcriptomics identify immune-stromal interactions in cardiac allograft vasculopathy
2026-May, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术,揭示心脏移植血管病变中免疫细胞与基质细胞的相互作用 首次整合单细胞RNA测序和空间转录组学,系统描绘人冠状动脉CAV的新生内膜微环境,并鉴定出干扰素信号作为潜在治疗靶点 未提及具体局限性 阐明心脏移植血管病变(CAV)的细胞和分子机制,寻找新的治疗靶点 人心冠状动脉组织(包括CAV、动脉粥样硬化和非病变对照组)及小鼠CAV模型 数字病理学 心血管疾病 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA 基因表达数据 人心冠状动脉样本(CAV组、动脉粥样硬化组、非病变对照组)及小鼠CAV模型 10x Genomics 单细胞RNA测序, 空间转录组学 10x Chromium, 10x Visium 10x Chromium单细胞3'测序, 10x Visium空间转录组学
59 2026-05-20
High-dimensional Spatial Immune Profiling Highlights Microglia-Like Cells in Human Dorsal Root Ganglia
2026-May, European journal of immunology IF:4.5Q2
研究论文 使用高维度成像质谱流式技术对人类背根神经节中的免疫细胞进行空间蛋白水平表征,识别出具有小胶质细胞样特征的髓系细胞 首次在人类背根神经节组织中实现亚细胞分辨率下的高多重蛋白水平免疫空间图谱,并通过41种标志物组合在单细胞层面鉴定出具有典型小胶质细胞标记物(P2RY12、TMEM119、SLC2A5)的细胞亚群及其空间分布 该研究主要基于成像质谱流式技术,可能受到标志物选择范围的限制,且未进行功能验证实验 在蛋白水平上对人类背根神经节中的免疫细胞进行空间映射和表型鉴定 人类背根神经节中的Iba1阳性髓系细胞 数字病理学 慢性疼痛, 周围神经病变 成像质谱流式 FlowSOM聚类 图像 来自人类背根神经节组织的6000多个Iba1阳性细胞 NA 成像质谱流式 NA 41种标志物组成的成像质谱流式面板
60 2026-05-20
Tumor Electric Field Therapy Inhibits Epithelial-Mesenchymal Transition, Invasion, and Migration of Glioblastoma by Targeting the c-FOS/CXCL14 Axis
2026-May, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1
研究论文 本研究揭示了肿瘤电场疗法通过c-FOS/CXCL14轴抑制胶质母细胞瘤上皮-间充质转化的新机制 首次阐明TEFT通过c-FOS/CXCL14轴调控GBM上皮-间充质转化的具体分子机制,并发现CXCL14作为间充质亚型关键标志物及其在TEFT中的靶向作用 未提及具体局限性 探究肿瘤电场疗法抑制胶质母细胞瘤上皮-间充质转化、侵袭和迁移的分子机制 胶质母细胞瘤细胞系U87、U251、T98G,以及裸鼠原位模型和临床患者标本 数字病理学 胶质母细胞瘤 集成的多组学数据分析、单细胞测序、染色质免疫沉淀 NA 组学数据、图像 多种细胞系及动物模型(具体数量未明确) NA 单细胞RNA测序 NA NA
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