单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-07-19	Vagal Stimulation Rescues HFpEF by Altering Cardiac Resident Macrophage Function 2025-Jul-15, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326236 PMID:40662221	research paper	该研究探讨了经皮迷走神经刺激（tVNS）通过改变心脏驻留巨噬细胞功能来改善保留射血分数心力衰竭（HFpEF）的机制	揭示了tVNS通过调节CCR2+心脏驻留巨噬细胞和诱导TLF+/MHC2+ CRM中Igf1的表达来改善HFpEF的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索tVNS改善HFpEF的巨噬细胞介导机制	HFpEF小鼠模型	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术、超声心动图	小鼠HFpEF模型	基因表达数据、细胞数量数据	HFpEF小鼠模型（具体数量未明确说明）
42	2025-07-19	Disruption of cell-intrinsic PCSK9 enhances the antitumor efficacy of CD8+ T cells 2025-Jul-15, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011657 PMID:40664445	研究论文	本研究探讨了细胞内在PCSK9在CD8+ T细胞抗肿瘤功能中的作用及其在癌症免疫治疗中的潜在应用	首次揭示了PCSK9在CD8+ T细胞中的抑制作用，并证明其缺失可增强T细胞的抗肿瘤能力	研究主要基于小鼠模型，人类CAR-T细胞的数据仍需进一步验证	探索PCSK9在CD8+ T细胞抗肿瘤功能中的作用机制	胰腺癌和黑色素瘤模型中的CD8+ T细胞及人类CAR-T细胞	癌症免疫治疗	胰腺癌, 黑色素瘤	单细胞RNA测序, 流式细胞术	NA	基因表达数据, 细胞表型数据	Pcsk9缺陷小鼠模型及体外培养的T细胞
43	2025-07-19	Targeting HK3 in tumor-associated macrophages enhances antitumor immunity through augmenting antigen cross-presentation in cervical cancer 2025-Jul-15, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011948 PMID:40664447	研究论文	本研究探讨了靶向肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）中的HK3如何通过增强抗原交叉提呈来增强抗肿瘤免疫	揭示了HK3在TAMs和CD8+ T细胞之间的交叉调控作用，以及HK3抑制与免疫检查点阻断联合治疗的协同效应	研究主要基于临床前肿瘤模型，尚未在人体临床试验中验证	探索宫颈癌中TAMs的免疫调节机制及潜在治疗策略	宫颈癌患者样本和临床前肿瘤模型	肿瘤免疫学	宫颈癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫共沉淀、共聚焦显微镜成像	NA	RNA测序数据、流式细胞数据、显微镜图像	119名宫颈癌患者样本及临床前肿瘤模型
44	2025-07-19	High-resolution mapping of single cells in spatial context 2025-Jul-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61667-4 PMID:40664667	研究论文	开发了一种名为CMAP的方法，通过整合单细胞和空间数据，高效地将大规模单个细胞映射到其精确的空间位置	CMAP方法通过分而治之的策略整合单细胞和空间数据，解决了基因恢复不足或难以实现完整单细胞分辨率的问题，并能够处理单细胞和空间转录组数据之间的差异	未明确提及具体限制，但可能依赖于单细胞和空间数据的质量和匹配度	开发一种高效的方法，用于在空间背景下映射单个细胞，以解析组织微环境中的分子调控和细胞相互作用	单个细胞及其在组织微环境中的空间位置	空间转录组学	NA	单细胞和空间转录组数据整合	分而治之策略	单细胞数据和空间数据	模拟和真实数据集
45	2025-07-19	A pluripotent stem cell atlas of multilineage differentiation 2025-Jul-15, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-05549-w PMID:40664685	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术构建了一个多谱系分化的人类多能干细胞图谱	首次提供了从多能性到多谱系分化的全面单细胞转录组分析，为体外分化研究提供了新的基准参考	研究仅基于体外培养系统，可能与体内发育存在差异	研究发育信号通路在多谱系分化中的作用机制	人类多能干细胞及其分化过程中的细胞群体	干细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	超过60,000个细胞，涵盖所有胚层的分化时间过程
46	2025-07-19	Exploring the mechanism of metabolic cell death-related genes AKR1C2 and MAP1LC3A as biomarkers in Parkinson's disease 2025-Jul-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-11481-1 PMID:40664780	research paper	该研究探索了代谢细胞死亡相关基因AKR1C2和MAP1LC3A作为帕金森病生物标志物的机制	首次整合帕金森病相关差异表达基因与代谢细胞死亡相关基因，通过蛋白质-蛋白质相互作用网络和机器学习识别关键生物标志物	研究结果需要进一步的实验验证，样本来源可能有限	探索代谢细胞死亡相关基因在帕金森病发病机制中的作用	帕金森病患者和代谢细胞死亡相关基因	生物信息学	帕金森病	蛋白质-蛋白质相互作用网络分析、机器学习、单细胞RNA测序	机器学习	基因表达数据	GSE7621数据集中的样本
47	2025-07-19	A novel cancer-associated membrane signature predicts prognosis and therapeutic response for lung adenocarcinoma 2025-Jul-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-11105-8 PMID:40664871	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组和大块RNA测序数据，识别了肺腺癌特异性膜蛋白，并构建了一个预后标志物LCaMPS，用于预测患者预后和治疗反应	首次在单细胞和空间分辨率水平上揭示了肺腺癌膜表达模式的重要性，并开发了基于9个膜基因的预后模型LCaMPS	研究结果需要在前瞻性临床研究中进一步验证	开发肺腺癌预后预测和治疗分层的生物标志物	肺腺癌患者	数字病理	肺癌	scRNA-seq, 空间转录组, bulk RNA-seq	LCaMPS (基于9个膜基因的预后模型)	RNA测序数据	多个肺腺癌队列数据集
48	2025-07-19	Deciphering cancer therapy resistance via patient-level single-cell transcriptomics with CellResDB 2025-Jul-15, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08457-2 PMID:40664938	research paper	介绍了一个名为CellResDB的患者来源平台，用于研究癌症治疗抵抗的机制	提供了包含近470万个细胞的患者级别单细胞转录组数据，并集成了智能机器人CellResDB-Robot以增强数据可访问性	NA	研究癌症治疗抵抗的潜在机制	1391名患者的样本，涵盖24种癌症类型	digital pathology	cancer	单细胞转录组测序	LLMs	单细胞RNA-seq数据	近470万个细胞，来自1391名患者样本
49	2025-07-19	Unraveling the role of gut microbiota on the formation of nephrolithiasis: insights from integrated analysis of GWAS, single-cell transcriptomics, bulk RNA sequencing and network Pharmacology 2025-Jul-15, Urolithiasis IF:2.0Q2 DOI:10.1007/s00240-025-01809-x PMID:40664942	研究论文	本研究通过整合GWAS、单细胞转录组学、批量RNA测序和网络药理学分析，探讨了肠道微生物群在肾结石形成中的分子机制	首次通过Mendelian randomization等方法确定了35种与肾结石有因果关系的肠道微生物群，并鉴定出PALLD和R3HDM1作为关键基因	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到原始数据质量和样本量的限制	探索与肠道微生物群相关的关键基因在肾结石中的分子机制	肾结石患者和肠道微生物群	生物信息学	肾结石	GWAS, 单细胞转录组学, RNA测序, 网络药理学, Mendelian randomization	NA	基因组数据, 转录组数据	来自公开数据库的数据集(ukb-b-18372, GSE73680, GSE117518, GSE231569)
50	2025-07-19	In silico analysis of the oncogenic role of myoferlin (MYOF) and suggestion of folate as a potential therapeutic for brain cancer in the Caucasian population 2025-Jul-15, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03091-0 PMID:40665025	研究论文	通过生物信息学分析探讨肌铁蛋白（MYOF）在脑癌中的致癌作用，并提出叶酸作为潜在治疗药物	首次全面研究MYOF敲低通过叶酸进行靶向治疗的新方法，结合计算药物发现和生成人工智能实验	研究主要针对高加索人群，可能不适用于其他种族	探讨MYOF在脑癌中的致癌作用及叶酸作为潜在治疗药物的可能性	肌铁蛋白（MYOF）及其在脑癌中的表达和突变	生物信息学	脑癌	生物信息学分析、计算药物发现、空间转录组学、生成人工智能	生成人工智能	基因表达数据、突变数据	NA
51	2025-07-17	Unveiling new therapeutic targets for esophageal cancer treatment through single-cell transcriptomics: pH-responsive nanobubbles enhance the efficacy of 125I radiotherapy 2025-Jul-15, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03552-2 PMID:40665303	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
52	2025-07-19	Tumor-intrinsic ENO1 inhibition promotes antitumor immune response and facilitates the efficacy of anti-PD-L1 immunotherapy in bladder cancer 2025-Jul-15, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03464-x PMID:40665335	研究论文	该研究通过CRISPR cas9体内筛选和RNA测序技术，发现ENO1是调控抗PD-L1治疗效果的关键因子，并揭示了其在膀胱癌免疫逃逸中的作用机制	首次发现ENO1通过SPP1-ITGA4/ITGB1通路调控CD8 T细胞功能和肿瘤相关巨噬细胞极化，为免疫检查点阻断治疗提供了新靶点	研究主要基于膀胱癌模型，在其他癌症类型中的普适性需要进一步验证	探索膀胱癌免疫治疗抵抗机制并寻找新的治疗靶点	膀胱癌组织和肿瘤微环境中的免疫细胞	肿瘤免疫学	膀胱癌	CRISPR cas9筛选、RNA测序、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、单细胞转录组数据	临床膀胱癌样本和动物模型
53	2025-07-19	Integration of scRNA-seq and ST-seq identifies hyperproliferative RRM2+ cells features and therapeutic targets in gastric cancer 2025-Jul-15, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06847-y PMID:40665360	研究论文	该研究通过整合scRNA-seq和ST-seq技术，揭示了胃癌中高增殖性RRM2+细胞的特征及其在肿瘤进展中的作用，并发现了一种潜在的治疗药物osalmid	首次整合scRNA-seq和ST-seq技术解析胃癌中高增殖性RRM2+细胞的微环境特征，并发现osalmid作为RRM2抑制剂可有效触发铁死亡抑制肿瘤生长	样本量相对较小（40个scRNA-seq样本和6个ST样本），且未在更大规模的临床队列中验证osalmid的疗效	揭示胃癌中高增殖性细胞（CHCs）的特征及其在肿瘤进展中的作用，并探索潜在的治疗靶点	人类胃组织样本（包括正常和肿瘤组织）	数字病理学	胃癌	scRNA-seq, ST-seq	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	40个scRNA-seq样本和6个ST样本
54	2025-07-19	Utilizing genomics to identify novel immunotherapeutic targets in multiple myeloma high-risk subgroups 2025-Jul-15, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01503-y PMID:40665393	研究论文	利用基因组学识别多发性骨髓瘤高风险亚群中的新型免疫治疗靶点	提出了一种结合多组学数据和细胞表面潜在靶点知识的新方法，识别了群体水平和亚型特异性免疫治疗靶点，并验证了其表达	研究未涉及这些新靶点在临床治疗中的实际效果验证	识别多发性骨髓瘤中的新型免疫治疗靶点，以应对肿瘤异质性	多发性骨髓瘤患者及其亚群	基因组学	多发性骨髓瘤	多组学数据分析、流式细胞术、免疫印迹、CRISPR-Cas9敲除模型、单细胞RNA-seq	NA	基因组数据、蛋白质表达数据	两个大型数据集中的多发性骨髓瘤样本
55	2025-07-19	Integration of phospho-signaling and transcriptomics in single cells reveals distinct Th17 cell fates 2025-Jul-15, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116006 PMID:40674215	研究论文	本文介绍了一种名为Vivo-seq的创新平台，该平台整合了单细胞RNA测序和细胞内转录组及表位测序，以捕捉转录和磷酸化信号状态	开发了Vivo-seq平台，首次实现了在单细胞水平同时捕捉转录和磷酸化信号状态	未明确提及样本量是否足够大以覆盖所有Th17细胞亚群	研究Th17细胞在发育过程中的信号传导和功能可塑性	T helper 17 (Th17)细胞	单细胞组学	NA	scRNA-seq, 细胞内转录组和表位测序	NA	单细胞转录组数据, 磷酸化信号数据	未明确提及具体样本量
56	2025-07-19	Single-Cell Transcriptional Profiling Reveals PAX5-Mediated Naïve B Cell Differentiation Defect in Severe Adenoid Hypertrophy 2025-Jul-15, Experimental cell research IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.yexcr.2025.114675 PMID:40675241	research paper	本研究通过单细胞RNA测序揭示了严重腺样体肥大中PAX5介导的幼稚B细胞分化缺陷	首次在严重腺样体肥大中发现幼稚B细胞积累和PAX5过表达导致的B细胞分化阻滞	样本量相对有限，且未进行功能验证实验	探究腺样体肥大的分子机制	儿科患者的腺样体组织样本	digital pathology	adenoid hypertrophy	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	45,917个单细胞转录组（来自SHA和MHA患者）
57	2025-07-19	Paneth cells inhibit intestinal stem cell proliferation through the bone morphogenic protein 7 pathway under rotavirus-mediated intestinal injury 2025-Jul-14, World journal of gastroenterology IF:4.3Q1 DOI:10.3748/wjg.v31.i26.107044 PMID:40678707	研究论文	本研究探讨了轮状病毒感染下潘氏细胞通过BMP7通路抑制肠道干细胞增殖的机制	揭示了轮状病毒感染下潘氏细胞通过BMP7信号通路调控肠道干细胞增殖的新机制	研究主要基于小鼠模型和类器官实验，人类临床相关性需进一步验证	阐明轮状病毒感染期间潘氏细胞对肠道干细胞的调控作用	潘氏细胞和肠道干细胞	细胞生物学	肠道感染	单细胞RNA测序、免疫荧光、流式细胞术、RT-qPCR	小鼠模型和类器官	基因表达数据、图像数据	未明确说明样本数量（使用已发表单细胞RNA测序数据和小鼠模型）
58	2025-07-19	OmicsTweezer: A distribution-independent cell deconvolution model for multi-omics Data 2025-Jul-08, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100950 PMID:40675159	研究论文	本文介绍了一种名为OmicsTweezer的分布无关的细胞反卷积模型，用于多组学数据	通过结合最优传输和深度学习，OmicsTweezer在共享潜在空间中对齐模拟和真实数据，有效缓解数据偏移和组学间分布差异	NA	开发一种高效且强大的工具，用于研究疾病微环境	多组学数据（包括RNA-seq、蛋白质组学和空间转录组学）	生物信息学	前列腺癌和结肠癌	RNA-seq、蛋白质组学、空间转录组学	深度学习	多组学数据	模拟和真实数据集
59	2025-07-19	Role of PRC2 in the stochastic expression of Aire target genes and development of mimetic cells in the thymus 2025-Jul-07, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20240817 PMID:40244172	研究论文	本文探讨了PRC2在Aire靶基因随机表达和胸腺模拟细胞发育中的作用	揭示了PRC2通过染色质抑制对Aire介导的随机基因表达及模拟细胞发育的重要作用	未明确PRC2与Aire相互作用的分子机制细节	阐明Aire在胸腺髓质上皮细胞中的耐受性功能机制	胸腺髓质上皮细胞(mTECs)和模拟细胞	分子生物学	自身免疫疾病	单细胞多组学方法结合深度scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	NA
60	2025-07-19	Prenatally derived macrophages support choroidal health and decline in age-related macular degeneration 2025-Jul-07, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20242007 PMID:40261298	研究论文	本研究揭示了人类脉络膜的免疫细胞组成及其在年龄相关性黄斑变性(AMD)中的变化	首次鉴定出两种具有不同FOLR2表达的脉络膜巨噬细胞亚群，并发现FOLR2+巨噬细胞在AMD中的数量减少和功能异常	研究主要基于观察性数据，需要进一步实验验证FOLR2+巨噬细胞功能与AMD发病机制的因果关系	探究人类脉络膜的免疫细胞组成及其在AMD中的作用	人类脉络膜组织和小鼠模型	眼科疾病研究	年龄相关性黄斑变性(AMD)	3D多重免疫荧光、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、流式细胞术	NA	图像数据、基因表达数据	未明确说明样本数量的人类脉络膜组织和小鼠模型