单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-07-18	Targeted Inhibition of cGAS/STING signaling induced by aberrant R-Loops in the nucleus pulposus to alleviate cellular senescence and intervertebral disc degeneration 2025-Jul-14, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03579-5 PMID:40660286	研究论文	该研究通过单细胞RNA-seq数据分析，揭示了异常R-Loops积累如何通过激活cGAS/STING信号通路导致髓核细胞衰老和椎间盘退变，并开发了一种靶向纳米递送平台用于治疗	首次发现R-Loops通过cGAS/STING信号通路导致髓核细胞衰老的机制，并开发了靶向ERCC5的纳米递送治疗平台	研究主要基于大鼠穿刺模型，临床转化效果仍需进一步验证	探索椎间盘退变的分子机制并开发靶向治疗策略	髓核细胞(NPCs)和椎间盘退变(IVDD)大鼠模型	分子生物学与纳米医学	椎间盘退变	单细胞RNA-seq、纳米递送技术	大鼠穿刺模型	基因表达数据	NA
42	2025-07-18	DnaK of Parvimonas micra extracellular vesicles interacts with the host fibroblasts BAG3-IKK-γ axis to accelerate TNF-α secretion in oral lichen planus 2025-Jul-14, Microbiome IF:13.8Q1 DOI:10.1186/s40168-025-02151-5 PMID:40660385	研究论文	本研究揭示了Parvimonas micra及其细胞外囊泡通过DnaK-BAG3-IKK-γ轴在口腔扁平苔藓中抑制自噬并促进TNF-α分泌的机制	首次发现Parvimonas micra是口腔扁平苔藓的关键病原体，并阐明其细胞外囊泡通过DnaK-BAG3-IKK-γ轴调控自噬和TNF-α分泌的分子机制	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，缺乏更深入的体内功能验证	探究口腔扁平苔藓的发病机制	口腔扁平苔藓患者的口腔微生物群和成纤维细胞	微生物学与免疫学	口腔扁平苔藓	微生物组分析、单细胞RNA测序、网络分析、随机森林分析、NetShift分析	NA	微生物组数据、单细胞RNA测序数据	非糜烂型/糜烂型口腔扁平苔藓患者和健康个体的颊黏膜、唇黏膜、舌背和唾液样本
43	2025-07-18	A scRNA-seq reference contrasting living and early post-mortem human retina across diverse donor states 2025-Jul-14, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-025-00796-9 PMID:40660409	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，对比分析了活体和早期死后人类视网膜的细胞状态，为视网膜研究提供了新的参考资源	首次生成了活体人类视网膜的单细胞转录组参考图谱，并对比了活体与死后组织的转录动态差异	样本量相对有限（9个未冷冻样本），且死后样本采集时间窗口较窄（6小时内）	建立人类视网膜细胞类型和状态的单细胞参考图谱	人类视网膜组织（活体和早期死后）	单细胞基因组学	视网膜疾病	scRNA-seq, 10x Genomics 3' RNA-seq, scVI, RNA velocity, CellChat	scVI（单细胞变分推断模型）	单细胞转录组数据	106,829个单细胞（来自9个未冷冻样本，包括5个活体和4个死后样本）
44	2025-07-18	Resolving Microenvironment Complexity and Cellular Heterogeneity in Osteoarthritis via Spatial Transcriptomics 2025-Jul-14, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2025.07.007 PMID:40669534	综述	本文探讨了空间转录组学在解析骨关节炎微环境复杂性和细胞异质性中的应用	利用空间转录组学技术揭示骨关节炎中分区基因表达模式、致病细胞状态及细胞间相互作用	当前技术存在局限性，需要与其他组学和成像模式整合	探索空间转录组学在骨关节炎研究中的应用及其潜力	骨关节炎中的关键关节区域（软骨、滑膜、软骨下骨和关节周围组织）	数字病理学	骨关节炎	空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据	NA
45	2025-07-18	Rs61731397-C in OR2A25 increases the risk of chronic rhinosinusitis in Chinese population 2025-Jul-14, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.06.032 PMID:40669566	研究论文	该研究通过全基因组关联研究(GWAS)在中国人群中发现了与慢性鼻窦炎(CRS)风险相关的遗传变异rs61731397-C，并揭示了其通过下调OR2A25表达影响鼻黏膜免疫反应的潜在机制	首次在中国人群中发现OR2A25基因的rs61731397-C变异与CRS风险显著相关，并通过功能实验证明该变异通过降低OR2A25蛋白稳定性影响免疫反应	研究样本仅来自中国人群，结果可能不适用于其他族群；OR2A25在CRS中的具体作用机制仍需进一步研究	鉴定中国人群慢性鼻窦炎的遗传风险变异并阐明其潜在机制	中国人群中的慢性鼻窦炎患者	遗传学	慢性鼻窦炎	GWAS、scRNA-seq、Western blot	NA	基因组数据、单细胞转录组数据	基于昆山的人群队列和北京的临床队列
46	2025-07-18	Large-scale proteomics analysis identifies plasma protein biomarkers and potential therapeutic targets for rheumatoid arthritis: A prospective study in UK Biobank 2025-Jul-14, Bone IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.bone.2025.117593 PMID:40669587	研究论文	该研究通过大规模蛋白质组学分析，识别了类风湿性关节炎的血浆蛋白生物标志物和潜在治疗靶点	整合了蛋白质组学、全基因组关联研究（GWAS）和单细胞RNA测序数据，系统评估了与RA风险相关的蛋白质，并确定了新的治疗靶点	预测模型的AUC值为0.74，性能中等，且预测窗口为5年	识别类风湿性关节炎的生物标志物和潜在治疗靶点	706名RA患者和1410名对照	蛋白质组学	类风湿性关节炎	蛋白质组学、GWAS、单细胞RNA测序	XGBoost	血浆蛋白质数据	706名RA患者和1410名对照
47	2025-07-18	Molecular pathology of acute spinal cord injury in middle-aged mice 2025-Jul-13, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03494-4 PMID:40653490	研究论文	本研究比较了年轻和中老年小鼠在脊髓损伤后的行为、组织病理学和转录组学结果	首次全面研究中老年小鼠脊髓损伤后的转录组学变化，揭示了细胞亚群的差异	研究仅比较了年轻和中老年两个年龄组，未涵盖更广泛的年龄范围	探究年龄对脊髓损伤病理生物学的影响	年轻(2-4个月)和中老年(10-12个月)小鼠	分子病理学	脊髓损伤	空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、行为数据、组织病理数据	年轻和中老年小鼠各一组(具体数量未说明)
48	2025-07-18	Unveiling the mechanisms of CEBPD-orchestrated TAM polarization through RGS2/PAR2 pathway and its impact on ICB efficacy in clear cell renal cell carcinoma 2025-Jul-13, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010898 PMID:40659446	研究论文	本研究揭示了CEBPD通过RGS2/PAR2通路调控肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）极化状态及其对免疫检查点阻断（ICB）疗效的影响	首次发现CEBPD通过RGS2/PAR2轴调控TAMs极化状态，并影响ICB治疗效果	研究主要基于体外实验和临床样本分析，缺乏更深入的体内机制验证	探索CEBPs在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）免疫微环境中调控TAMs极化的机制及其对ICB治疗的影响	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	肿瘤免疫学	肾细胞癌	单细胞转录组测序、Western blot、免疫荧光、体外极化实验、染色质免疫共沉淀测序、双荧光素酶报告基因检测、电泳迁移率变动分析	NA	转录组数据、蛋白质数据、临床样本数据	未明确提及具体样本数量，但包括ccRCC患者样本和体外实验数据
49	2025-07-18	Cellular basis for cortical network aging in primates 2025-Jul-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.08.663725 PMID:40672262	研究论文	该研究通过整合皮层相似性网络和全脑空间转录组学，揭示了灵长类动物大脑网络老化的细胞基础	首次将皮层相似性网络与全脑空间转录组学相结合，揭示了深层兴奋性神经元和少突胶质细胞在皮层相似性中的主导作用，以及特定细胞类型与区域脆弱性的关联	研究样本仅限于猕猴，人类数据的验证仍需进一步研究	探索大脑网络老化的细胞机制	猕猴大脑皮层网络	神经科学	老年疾病	全脑空间转录组学	NA	转录组数据、影像数据	64只猕猴（年龄1-26岁）
50	2025-07-18	The immunological and prognostic landscape of TFAP4 in cancer: A single-cell RNA sequencing perspective 2025-Jul-11, Archives of biochemistry and biophysics IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.abb.2025.110551 PMID:40653182	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多组学分析，探讨了TFAP4在多种癌症类型中的免疫学和预后意义	揭示了TFAP4在肿瘤微环境中的免疫抑制功能及其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力	研究主要基于单细胞RNA测序数据，缺乏实验验证	探究TFAP4在癌症中的免疫学和预后作用	多种癌症类型中的恶性上皮细胞	癌症研究	癌症	单细胞RNA测序, 多组学分析	NA	RNA测序数据	多种癌症类型的样本
51	2025-07-18	Renin Cells Drive Kidney Neurovascular Development and Arterial Remodeling when Renin Activity is Deficient 2025-Jul-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.08.663706 PMID:40672316	研究论文	该研究通过新型超亮肾素细胞特异性tdTomato报告小鼠、高分辨率3D成像和单细胞RNA测序技术，揭示了肾素细胞在肾脏神经血管发育和动脉重塑中的作用	首次使用超亮肾素细胞特异性tdTomato报告小鼠结合高分辨率3D成像技术，系统描绘了肾素细胞与神经纤维的相互作用模式	研究主要基于小鼠模型，人类肾脏中的相关机制仍需进一步验证	阐明肾素细胞在肾脏神经血管发育和动脉重塑中的关键作用	肾脏中的肾素细胞及其与神经纤维的相互作用	发育生物学	心血管疾病	单细胞RNA-Seq、高分辨率3D成像	tdTomato报告小鼠模型	图像、基因表达数据	NA
52	2025-07-18	Spatiotemporal transcriptomic profiling reveals metabolic dysfunction prior to overt tauopathy in the PS19 mouse model 2025-Jul-10, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6941464/v1 PMID:40671812	研究论文	该研究利用PS19小鼠模型，通过时空转录组分析揭示了在明显tau病变之前出现的代谢功能障碍	揭示了在tau病变可检测之前，易感脑区（如CA3区）已出现代谢基因（如Pgk1）上调及代谢失调，并发现了区域特异性和时间动态的转录模式	研究仅使用了PS19转基因小鼠模型，可能无法完全反映人类神经退行性疾病的复杂性	探究区域易感性与tau病变前转录组变化之间的关系，以及代谢功能障碍在神经退行性疾病中的作用	PS19转基因小鼠模型（P301S tau突变）	神经科学	阿尔茨海默病	空间转录组分析	PS19转基因小鼠模型	转录组数据	PS19小鼠在不同疾病阶段的海马和皮质区域
53	2025-07-18	Comparative ScRNA-Seq Profiling of Antigen-Specific CD4 + T cells in Semi-Allogeneic Transplantation and Pregnancy Reveals Intersecting Signatures of Rejection and Tolerance 2025-Jul-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.06.663404 PMID:40672265	研究论文	通过单细胞RNA测序比较半同种异体移植和妊娠中抗原特异性CD4+T细胞的转录特征，揭示排斥和耐受的共同与差异特征	首次系统比较移植排斥与妊娠耐受中抗原特异性CD4+T细胞的单细胞转录组特征，并发现活化滤泡/非滤泡效应表型在排斥与成功妊娠中的显著重叠	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步扩展	揭示移植免疫与生殖免疫中抗原特异性CD4+T细胞对同种异体冲突的差异化应答机制	内源性供体特异性CD4+T细胞（包括常规T细胞和调节性T细胞）	免疫学	移植排斥/妊娠免疫	单细胞RNA测序（ScRNA-seq）	系统生物学分析	单细胞转录组数据	小鼠模型（未明确数量）及部分人类数据集
54	2025-07-18	DGAT: A Dual-Graph Attention Network for Inferring Spatial Protein Landscapes from Transcriptomics 2025-Jul-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.05.662121 PMID:40672156	research paper	本文提出了一种名为DGAT的双图注意力网络，用于从转录组数据推断空间蛋白质景观	DGAT通过构建整合转录组、蛋白质组和空间信息的异构图，利用图注意力网络学习RNA-蛋白质关系，从而仅从转录组数据预测蛋白质表达	NA	开发一种深度学习框架，从仅含转录组的空间转录组(ST)数据中推断蛋白质表达	空间转录组数据和空间CITE-seq数据集	digital pathology	breast cancer, glioblastoma, malignant mesothelioma	spatial transcriptomics, CITE-seq	Dual-Graph Attention Network (DGAT)	mRNA profiles, protein expression data	包括公开和内部数据集，涵盖扁桃体、乳腺癌、胶质母细胞瘤和恶性间皮瘤样本
55	2025-07-18	Role of PRC2 in the stochastic expression of Aire target genes and development of mimetic cells in the thymus 2025-Jul-07, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20240817 PMID:40244172	研究论文	本文通过多组学单细胞方法结合深度单细胞RNA测序，研究了Aire如何控制其在少数表达Aire的细胞中广泛基因的转录，并揭示了PRC2在Aire介导的随机基因表达和模拟细胞发育中的关键作用	揭示了PRC2在Aire介导的随机基因表达和模拟细胞发育中的关键作用，发现PRC2不仅为Aire的基因诱导创造条件，还独立于Aire控制模拟细胞的组成	NA	阐明Aire的转录靶点及其在髓质胸腺上皮细胞(mTECs)中的表达机制，以理解Aire的耐受性功能	髓质胸腺上皮细胞(mTECs)和Aire的转录靶点	分子生物学	NA	多组学单细胞方法、深度单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞RNA测序数据	NA
56	2025-07-18	Prenatally derived macrophages support choroidal health and decline in age-related macular degeneration 2025-Jul-07, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20242007 PMID:40261298	研究论文	本研究揭示了人类脉络膜的免疫景观，特别是在年龄相关性黄斑变性（AMD）中FOLR2+巨噬细胞的功能和数量变化	首次识别出两种具有不同FOLR2表达的脉络膜巨噬细胞群，并发现它们在AMD中的功能失调和数量减少	研究主要基于观察性数据，需要进一步实验验证FOLR2+巨噬细胞在AMD中的具体作用机制	探索人类脉络膜的免疫细胞组成及其在AMD中的作用	人类脉络膜组织和小鼠模型	眼科病理学	年龄相关性黄斑变性	3D多重免疫荧光、单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	图像数据、基因表达数据	未明确说明样本数量，涉及人类脉络膜组织和小鼠模型
57	2025-07-18	Current insight into HIV-1 persistence from single-cell transcriptome profiling in acutely treated cohorts of infection 2025-Jul-07, Current opinion in HIV and AIDS IF:4.5Q1 DOI:10.1097/COH.0000000000000962 PMID:40638066	综述	本文综述了利用单细胞转录组学技术研究HIV-1感染急性期治疗队列中病毒持久性的最新进展	利用单细胞RNA测序技术揭示HIV-1感染急性期治疗队列中病毒储存细胞的异质性及免疫反应变化	NA	探讨HIV-1病毒在宿主中持久存在的机制及潜在治疗策略	HIV-1感染急性期治疗队列中的单细胞	生物医学	HIV感染	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	数十万单细胞
58	2025-07-18	From scRNA-seq to therapeutic targets: Unveiling the impact of activated mast cells on intestinal dysfunction in acute pancreatitis 2025-Jul-07, World journal of gastroenterology IF:4.3Q1 DOI:10.3748/wjg.v31.i25.107865 PMID:40656612	评论	本文评论了一项关于急性胰腺炎中小肠单细胞转录组分析的研究，强调了激活的肥大细胞及其分泌的CCL5在肠道屏障功能障碍中的关键作用	研究通过整合scRNA-seq和功能分析，揭示了急性胰腺炎相关肠道损伤的细胞和分子机制	评论文章本身未进行实验研究，主要基于对已有研究的解读和未来方向的建议	探讨急性胰腺炎中肠道功能障碍的细胞和分子机制	急性胰腺炎患者的小肠组织	数字病理学	急性胰腺炎	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	NA
59	2025-07-18	SPATIA: Multimodal Model for Prediction and Generation of Spatial Cell Phenotypes 2025-Jul-07, ArXiv PMID:40671942	研究论文	本文介绍了一种名为SPATIA的多尺度生成和预测模型，用于空间转录组学，旨在整合细胞形态、基因表达和空间背景	SPATIA模型通过跨注意力机制融合图像衍生的形态标记和转录组向量标记，并在生态位和组织水平上使用transformer模块聚合这些标记，以捕捉空间依赖性，同时利用生成扩散解码器合成高分辨率细胞图像	NA	学习统一的、具有空间感知能力的表征，整合细胞形态、基因表达和空间背景	细胞形态、基因表达和空间组织	数字病理学	NA	空间转录组学	transformer, 生成扩散模型	图像, 基因表达数据	1700万细胞-基因对, 100万生态位-基因对, 1万组织-基因对, 来自49名捐赠者, 17种组织类型和12种疾病状态
60	2025-07-18	GatorST: A Versatile Contrastive Meta-Learning Framework for Spatial Transcriptomic Data Analysis 2025-Jul-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.01.662625 PMID:40672304	研究论文	介绍了一种名为GatorST的新型多功能对比元学习框架，用于空间转录组数据分析	GatorST通过结合基于图的建模和先进学习策略，生成空间感知的ST数据表示，改进了多种下游任务	依赖伪标签生成，可能引入噪声和不确定性	开发一个能够有效整合空间信息和转录组数据的框架，以改进空间转录组数据的下游分析	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术	对比学习框架，元学习策略	空间转录组数据	14个空间转录组数据集