单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-05-13	Multitissue single-cell analysis reveals differential cellular and molecular sensitivity between fructose and high-fat high-sucrose diets 2025-May-09, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115690 PMID:40349341	研究论文	通过多组织单细胞分析揭示了果糖和高脂高糖饮食在细胞和分子水平上的不同敏感性	首次在单细胞水平上比较了高脂高糖饮食和果糖饮食对代谢综合征的影响，并识别出不同细胞类型和网络靶点	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	阐明不同组织和细胞类型在饮食诱导的代谢综合征中的作用	小鼠的下丘脑、肝脏、脂肪组织和小肠	单细胞测序	代谢综合征	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	小鼠的多个组织样本
42	2025-05-13	Potential key genes for giant cell arteritis revealed based on single-cell sequencing and Mendelian randomization analysis 2025-May-09, International archives of allergy and immunology IF:2.5Q3 DOI:10.1159/000546323 PMID:40349694	研究论文	通过单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，识别与巨细胞动脉炎（GCA）相关的关键基因	首次整合单细胞RNA测序、表达数量性状位点和全基因组关联研究数据，采用两样本孟德尔随机化方法探索CD4+ T细胞中标记基因对GCA发展的因果效应	研究样本量未明确说明，且仅关注了CD4+ T细胞中的基因	识别与GCA相关的关键基因并探索潜在的致病机制	巨细胞动脉炎（GCA）患者	基因组学	巨细胞动脉炎	单细胞RNA测序、表达数量性状位点分析、全基因组关联研究、孟德尔随机化分析	两样本孟德尔随机化方法	基因组数据	NA
43	2025-05-13	Activated Schwann Cells Promote Tumor Growth in Colon Cancer 2025-May-09, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217791 PMID:40349909	research paper	该研究揭示了激活的雪旺细胞在结肠癌中的促肿瘤作用及其机制	首次发现肿瘤相关非髓鞘雪旺细胞在结肠癌中的富集及其与不良预后的关联，并阐明c-Jun依赖的激活机制	未深入探讨雪旺细胞与其他肿瘤微环境成分相互作用的分子细节	探究雪旺细胞在结肠癌进展中的功能角色	结肠癌组织中的雪旺细胞	肿瘤微环境研究	结肠癌	单细胞RNA测序、共培养实验、基因敲除	NA	基因表达数据、临床样本	结肠癌组织样本与正常组织对照
44	2025-05-13	Landscape of spatial disruption of homeostasis in the middle temporal gyrus of epileptic patients 2025-May-09, Brain research IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.brainres.2025.149688 PMID:40350141	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，探讨了癫痫患者中颞叶回（MTG）的细胞和空间稳态破坏	结合单细胞和空间转录组数据，揭示了癫痫患者中颞叶回的神经元网络重组和关键基因的空间域变化	研究样本量未明确说明，可能影响结果的普适性	阐明癫痫患者中颞叶回的细胞和空间稳态破坏机制	癫痫患者的中颞叶回组织	神经科学	癫痫	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）	空间转换张量（STT）算法	基因表达数据、空间转录组数据	NA
45	2025-05-13	Integrative Analysis Reveals Genes Causal Relation with Ovarian Cancer and aging 2025-May-09, Current topics in medicinal chemistry IF:2.9Q3 DOI:10.2174/0115680266358687250507041056 PMID:40353459	研究论文	通过整合分析单细胞RNA测序、GWAS和eQTL数据，识别并验证了与卵巢癌和衰老相关的关键单核细胞亚型基因及其潜在因果关系	首次结合单细胞RNA测序与孟德尔随机化方法，系统鉴定单核细胞亚型中与卵巢癌和衰老存在因果关系的基因	研究样本主要来自欧洲人群，可能限制结果在其他种族的普适性	探索卵巢癌与衰老的分子关联机制，寻找潜在治疗靶点	单核细胞亚型（经典单核细胞、中间型单核细胞、髓系树突细胞）的基因表达谱	计算生物学	卵巢癌	单细胞RNA测序、GWAS、eQTL分析、孟德尔随机化(SMR)	Seurat、singleR、PPI网络分析	单细胞转录组数据、基因组关联数据	123,280个细胞（来自GSE157007和GSE184880数据集）及54,990例GWAS样本（14,049病例+40,941对照）
46	2025-05-13	Abundance of a metabolically active subpopulation in dedifferentiated adipocytes inversely correlates with body mass index 2025-May-08, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2025.102161 PMID:40348015	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术鉴定了人类脂肪细胞中一个具有高代谢活性的亚群，并发现其丰度与体重指数呈负相关	首次在人类去分化脂肪细胞中发现了一个具有肌肉细胞基因特征的高代谢活性亚群，并揭示了其与BMI的负相关性	研究样本量相对较小（11名供体），且机制研究有待深入	探究脂肪组织中不同细胞亚群的代谢特性及其与肥胖等代谢疾病的关系	人类去分化脂肪细胞（DFAT）	代谢组学	肥胖	单细胞RNA测序（10x Genomics）、FACS分选、批量RNA测序	NA	基因表达数据	11名人类供体的脂肪细胞样本，以及1759名供体的皮下脂肪组织基因表达数据
47	2025-05-13	Differential Localization of β-catenin Protein in CTNNB1 Mutant Endometrial Cancers Results in Distinct Transcriptional Profiles 2025-May-08, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2025.100791 PMID:40348058	research paper	该研究探讨了CTNNB1突变子宫内膜癌中β-catenin蛋白的不同定位如何导致不同的转录谱	揭示了β-catenin蛋白在核内或膜/细胞质中的不同定位会导致不同的基因表达谱，并发现了一个新的治疗靶点TROP2	研究仅关注了CTNNB1外显子3突变的子宫内膜癌，可能不适用于其他类型的癌症	确定β-catenin蛋白在核内或膜/细胞质中的不同定位如何影响下游基因表达	CTNNB1外显子3突变的子宫内膜癌样本	digital pathology	endometrial cancer	spatial transcriptomics	NA	gene expression data	NA
48	2025-05-13	WFDC3 identified as a prognostic and immune biomarker in pancreatic cancer 2025-May-08, Biomolecules & biomedicine DOI:10.17305/bb.2025.12444 PMID:40350979	research paper	该研究通过生物信息学分析和实验验证，揭示了WFDC3在胰腺癌中的促癌作用及其作为预后和免疫生物标志物的潜力	首次系统评估WFDCs在胰腺癌中的表达模式，并发现WFDC3通过诱导上皮-间质转化和抑制T细胞毒性促进肿瘤转移和免疫逃逸	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探究WFDCs家族成员在胰腺癌发生发展中的作用机制	胰腺癌组织和细胞	digital pathology	pancreatic cancer	RNA-seq, CCK-8, EdU, transwell, 流式细胞术, Western blotting, qRT-PCR	LASSO regression	RNA-seq数据	TCGA和GEO数据库中的胰腺癌样本
49	2025-05-13	scMUSCL: multi-source transfer learning for clustering scRNA-seq data 2025-May-06, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf137 PMID:40152244	研究论文	提出了一种名为scMUSCL的新型迁移学习方法，用于利用多个注释参考数据集对单细胞RNA测序数据进行聚类	scMUSCL通过深度神经网络提取域和批次不变的细胞表示，无需目标数据集的聚类数量先验知识，也无需源与目标数据集间的批次校正	未明确提及具体限制	提升单细胞RNA测序数据的聚类性能，识别具有生物学意义的细胞簇	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	深度神经网络	RNA测序数据	20个真实数据集
50	2025-05-13	Single-cell MultiOmics and spatial transcriptomics demonstrate neuroblastoma developmental plasticity 2025-May-06, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.04.013 PMID:40347947	research paper	该研究通过单细胞多组学和空间转录组学技术，探索了神经母细胞瘤的发育可塑性和肿瘤内异质性	发现了高危神经母细胞瘤中的发育中间状态，揭示了表观遗传启动及其潜在的状态转换能力，并绘制了增强子基因调控网络和肿瘤微环境	研究主要基于小鼠自发肿瘤模型和人类患者样本，可能无法完全反映所有神经母细胞瘤的复杂性	解析神经母细胞瘤发育状态的转录和表观遗传调控机制	神经母细胞瘤	digital pathology	neuroblastoma	single-cell MultiOmics, spatial transcriptomics	NA	omics data, spatial transcriptomics data	小鼠自发肿瘤模型和人类患者样本
51	2025-05-13	Vagus nerve modulates acute-on-chronic liver failure progression via CXCL9 2025-May-05, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003104 PMID:38945689	研究论文	本研究揭示了迷走神经通过CXCL9调节急性-慢性肝衰竭（ACLF）进展的神经免疫通讯机制	首次发现迷走神经-巨噬细胞-CXCL9轴的神经免疫通讯在ACLF发展中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，临床样本验证仍需扩大	探索ACLF发展中的关键分子机制及迷走神经的调节作用	ACLF模型小鼠和患者	神经免疫学	肝衰竭	蛋白质组学分析、scRNA-seq、流式细胞术、免疫组化、CRISPR/Cas9	ACLF小鼠模型	蛋白质组数据、单细胞转录组数据、流式细胞数据	ACLF模型小鼠和患者样本（具体数量未明确说明）
52	2025-05-13	Mechanistic insights into EIF6 as a target of Apigenin in alleviating chondrocyte senescence 2025-May, Experimental gerontology IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.exger.2025.112725 PMID:40049422	research paper	本研究探讨了芹菜素通过上调EIF6表达减轻软骨细胞衰老的机制，并评估其在膝骨关节炎治疗中的潜力	首次发现EIF6是芹菜素在膝骨关节炎中的潜在靶点，并揭示了其通过上调EIF6表达减轻软骨细胞衰老的机制	研究主要基于体外实验，需要在动物模型和临床试验中进一步验证	探究芹菜素在膝骨关节炎中的潜在靶点和作用机制	芹菜素、EIF6基因、SW1353细胞和人类软骨组织	分子生物学	膝骨关节炎	网络药理学分析、SMR分析、分子对接、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、分子对接数据	人类软骨组织单细胞RNA测序数据、体外培养的SW1353细胞
53	2025-05-13	Targeting p53 for immune modulation: Exploring its functions in tumor immunity and inflammation 2025-May-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217614 PMID:40054656	review	本文综述了p53在肿瘤免疫和炎症中的双重作用及其在免疫调节中的功能	详细探讨了p53在免疫动态中的影响，包括其对多种免疫细胞的作用及其在免疫原性细胞死亡中的关键角色	未提及具体实验数据或样本量，主要基于现有文献综述	探索p53在肿瘤免疫和炎症中的功能及其治疗潜力	p53蛋白及其在免疫细胞（如巨噬细胞、树突状细胞、NK细胞、T细胞和B细胞）中的作用	肿瘤免疫学	肿瘤	单细胞RNA测序、CRISPR筛选	NA	文献数据	NA
54	2025-05-13	Huoxue Tongluo tablet enhances atherosclerosis efferocytosis by promoting the differentiation of Trem2+ macrophages via PPARγ signaling pathway 2025-May, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156579 PMID:40068297	研究论文	活血通络片通过PPARγ信号通路促进Trem2+巨噬细胞分化，增强动脉粥样硬化中的胞葬作用	首次证明活血通络片对巨噬细胞亚群的调节作用及其促胞葬活性	研究机制尚未完全明确，需进一步验证	评估活血通络片在单细胞水平上治疗动脉粥样硬化的效果和机制	ApoE⁻/⁻小鼠	心血管疾病	动脉粥样硬化	UPLC-MS/MS、单细胞测序、qPCR、流式细胞术、免疫荧光染色、Western blotting	NA	转录组数据、蛋白质表达数据	ApoE⁻/⁻小鼠
55	2025-05-13	Irreversible electroporation combined with PD-L1/IL-6 dual blockade promotes anti-tumor immunity via cDC2/CD4+T cell axis in MHC-I deficient pancreatic cancer 2025-May-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217620 PMID:40068706	research paper	研究探讨了不可逆电穿孔（IRE）联合PD-L1/IL-6双重阻断在MHC-I缺陷型胰腺癌中通过cDC2/CD4+T细胞轴促进抗肿瘤免疫的机制	揭示了IRE疗法联合PD-L1/IL-6双重阻断通过激活cDC2-CD4T细胞轴在MHC-I低表达胰腺癌中的补偿性抗肿瘤作用	研究主要基于临床样本和小鼠模型，尚未在更广泛的人群中进行验证	探索MHC-I缺陷型胰腺癌中CD4T细胞的补偿性免疫反应机制及潜在治疗策略	胰腺导管腺癌（PDAC）患者和小鼠模型	肿瘤免疫学	胰腺癌	scRNA-seq, 流式细胞术	小鼠模型	基因表达数据, 细胞表型数据	临床样本和小鼠模型，具体数量未明确说明
56	2025-05-13	Integration of bulk and single-cell RNA sequencing reveals dynamic changes in epidermal cells 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142601 PMID:40158578	研究论文	通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序技术，研究牦牛表皮细胞在毛囊周期中的动态变化	首次结合批量RNA测序和单细胞RNA测序技术，揭示了牦牛毛囊周期中14种不同细胞群体的时空动态变化，并重建了表皮细胞分化的轨迹	研究仅针对牦牛，结果可能不适用于其他物种	探究毛囊周期中表皮细胞行为的分子调控机制	牦牛表皮细胞	分子生物学	NA	批量RNA测序, 单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
57	2025-05-13	Roles of innate immune system and receptor Dectin-1 in synovium and cartilage homeostasis of osteoarthritis 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142669 PMID:40164261	研究论文	本研究探讨了先天免疫系统及其受体Dectin-1在骨关节炎（OA）滑膜和软骨稳态中的作用	揭示了先天免疫相关基因和通路在OA滑膜中的表达模式，并突出了Dectin-1在巨噬细胞中的作用	需要进一步探索先天免疫在OA中的具体机制	研究先天免疫在OA滑膜炎中的机制	OA患者的滑膜组织和软骨	生物医学	骨关节炎	RNA测序、单细胞测序、STRING数据库分析	机器学习算法（113种组合）	RNA测序数据、单细胞测序数据	NA
58	2025-05-13	Hepatic immune environment differences among common mouse strains in models of MASH and liver cancer 2025-May, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2025.101380 PMID:40342632	研究论文	该研究比较了不同小鼠品系在健康和疾病状态下的肝脏免疫环境差异，并进行了小鼠与人类的跨物种免疫比较	揭示了常见小鼠品系在健康和疾病状态下肝脏免疫环境的显著差异，并验证了小鼠模型可以部分重现人类肝脏免疫变化	研究仅涉及三种小鼠品系，可能无法完全代表所有小鼠模型的免疫差异	探究不同小鼠品系在代谢功能障碍相关脂肪性肝炎(MASH)和肝细胞癌(HCC)模型中的肝脏免疫环境差异	C57BL/6、BALB/c和FVB/N小鼠的肝脏免疫细胞	免疫学	肝细胞癌、代谢功能障碍相关脂肪性肝炎	高维光谱流式细胞术、scRNA-seq	NA	流式细胞数据、scRNA-seq数据	每种条件4只小鼠
59	2025-05-13	An overview of computational methods in single-cell transcriptomic cell type annotation 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf207 PMID:40347979	review	本文综述了单细胞转录组细胞类型注释的计算方法	系统性地比较和分类了基于转录组特异性基因表达谱的注释方法，并探讨了深度学习技术在解决罕见细胞类型数据不平衡问题中的潜力	未提及具体方法的性能比较或实验验证结果	综述单细胞RNA测序数据在细胞类型注释中的计算方法	单细胞RNA测序数据	computational biology	NA	single-cell RNA sequencing	supervised learning, deep learning	gene expression profiles	NA
60	2025-05-13	A Germline Heterozygous Dominant Negative IKZF2 Variant Causing Syndromic Primary Immune Regulatory Disorder and ICHAD 2025-Apr-28, Journal of clinical immunology IF:7.2Q1 DOI:10.1007/s10875-025-01882-2 PMID:40295428	research paper	本文详细描述了一例携带IKZF2基因变异的儿科患者的免疫学评估，揭示了该变异导致的免疫失调综合征ICHAD的免疫表型	首次报道了种系显性负性HELIOS缺陷的免疫表型，并在单细胞水平上扩展了对自身免疫性溶血性贫血发病机制的理解	研究仅基于单个病例，样本量有限	研究IKZF2基因变异导致的免疫失调综合征的免疫学特征	携带IKZF2基因变异的儿科患者	免疫学	原发性免疫调节障碍	多参数流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	临床样本数据、单细胞转录组数据	1例儿科患者