本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2026-04-19 |
CD55-expressing myeloid-derived suppressor cells (MDSCs) drive cancer immunoevasion
2026-Apr-10, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-012980
PMID:41963079
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析发现CD55是髓源性抑制细胞介导肿瘤免疫逃逸的关键调节因子,并揭示了其通过代谢重编程发挥作用的机制 | 首次系统鉴定CD55作为MDSCs的保守表面标志物,阐明其通过PYGL磷酸化驱动糖酵解维持免疫抑制表型的新机制,并发现靶向该轴可增强免疫治疗疗效 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,临床转化效果需进一步验证;靶向CD55的长期安全性尚未评估 | 鉴定MDSCs上具有功能重要性的保守表面标志物,并开发靶向免疫抑制微环境的治疗策略 | 髓源性抑制细胞、肿瘤微环境、CD8+ T细胞 | 肿瘤免疫学 | 癌症 | 单细胞RNA测序、RNA测序、染色质免疫沉淀、免疫沉淀-质谱、分子对接、表面等离子共振成像 | 小鼠肿瘤模型、基因敲除模型 | 单细胞转录组数据、蛋白质互作数据、临床样本数据 | 八种癌症类型的公共单细胞数据集、人类患者样本、小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 42 | 2026-04-19 |
Multimodal profiling reveals Mycobacterium tuberculosis restricts lung mitochondrial immunometabolism to promote pathogenesis
2026-Apr-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.07.717012
PMID:41993288
|
研究论文 | 本研究通过多模态分析揭示了结核分枝杆菌通过限制肺部线粒体免疫代谢来促进发病的机制 | 首次定义了与结核感染保护性结局相关的线粒体免疫代谢肺部特征,并发现结核分枝杆菌通过其丝氨酸蛋白酶Hip1诱导线粒体功能障碍以操纵免疫代谢 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据验证尚需进一步扩展 | 阐明结核分枝杆菌感染早期肺部免疫代谢环境如何影响保护性与致病性免疫结局 | 小鼠肺部免疫细胞及结核分枝杆菌感染的人类样本 | 免疫代谢学 | 结核病 | 高维流式细胞术、单细胞转录组学、非靶向代谢组学 | NA | 流式细胞数据、转录组数据、代谢组数据 | 动物模型及人类样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 43 | 2026-04-19 |
RNA helicase SKIV2L impedes tumor immunity by reprogramming arginine metabolism of hepatocellular carcinomas
2026-Apr-09, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-014192
PMID:41956538
|
研究论文 | 本研究揭示了RNA解旋酶SKIV2L通过调控精氨酸代谢促进肝细胞癌免疫逃逸的机制 | 首次发现SKIV2L作为c-Myc转录靶点,通过招募GNL3稳定精氨酸代谢相关mRNA,驱动肿瘤免疫抑制微环境形成 | 研究主要基于体外实验和动物模型,临床转化仍需进一步验证 | 阐明肝细胞癌免疫抑制微环境的分子机制,寻找免疫治疗新靶点 | 肝细胞癌肿瘤微环境、SKIV2L基因功能、精氨酸代谢通路 | 肿瘤免疫学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序、RNA免疫沉淀测序、免疫沉淀-质谱分析、邻近连接实验、流式细胞术 | NA | RNA测序数据、质谱数据、流式细胞数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 44 | 2026-04-19 |
Chemotherapy-Induced Oral Mucosal Injury Is Defined by p53 Activation, Cell Cycle Arrest and Diverse Epithelial Progenitor Dynamics
2026-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.06.716752
PMID:41993375
|
研究论文 | 本研究通过小鼠模型揭示了5-氟尿嘧啶诱导的口腔黏膜炎的机制,重点关注p53激活、细胞周期停滞和上皮祖细胞动态变化 | 首次在口腔黏膜中定义了化疗诱导的细胞周期停滞主导的萎缩机制,并识别出具有p53和AP-1复合物基因特征的化疗耐药祖细胞群 | 研究基于小鼠模型,人类口腔黏膜反应的直接适用性尚需验证 | 阐明化疗诱导的口腔黏膜损伤与修复的分子机制 | 小鼠口腔黏膜组织 | 单细胞转录组学 | 口腔黏膜炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 45 | 2026-04-19 |
A novel deep learning-driven framework for improving lncRNA comprehensive annotation with LncADeep 2.0
2026-Apr-07, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag162
PMID:41923359
|
研究论文 | 本文介绍了一个名为LncADeep 2.0的集成深度学习框架,旨在提高长链非编码RNA(lncRNA)的识别和功能注释的准确性 | LncADeep 2.0在识别模块中引入了新颖的肽特征,并结合序列和结构信息;在功能注释模块中,通过迁移学习策略利用以lncRNA为中心的相互作用网络和基因本体术语,在有限的功能数据下实现稳健的注释性能 | NA | 提高lncRNA的识别准确性和功能注释能力 | 长链非编码RNA(lncRNA) | 自然语言处理 | NA | 深度学习 | 深度学习框架 | 序列数据、结构信息、RNA-seq数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 46 | 2026-04-19 |
Weighted gene coexpression network analysis and machine learning identify mitochondria programmed cell death-related genes as diagnostic biomarkers for septic shock
2026-Apr-02, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiag044
PMID:41902830
|
研究论文 | 本研究整合公共数据集,通过WGCNA和机器学习方法,鉴定出与脓毒性休克相关的线粒体程序性细胞死亡基因作为诊断生物标志物 | 首次系统整合WGCNA、LASSO回归和Boruta算法筛选脓毒性休克诊断基因,并通过单细胞转录组分析和动物模型验证ACSL1的功能作用 | 研究主要基于公共数据集和动物模型,临床样本验证规模有限,需要更大规模的前瞻性研究进一步验证 | 鉴定脓毒性休克的诊断生物标志物并探索其病理机制 | 脓毒性休克患者和CLP诱导的脓毒性休克小鼠模型 | 生物信息学 | 脓毒症 | 加权基因共表达网络分析,机器学习,单细胞转录组分析,qRT-PCR,Western blot,免疫荧光 | LASSO回归,Boruta算法 | 基因表达数据,临床样本数据,动物模型数据 | GEO公共数据集和独立队列的临床血液样本,CLP诱导的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 47 | 2026-04-19 |
Identification of a Novel Mitochondrial-Related Gene Signature for BMSCs in Osteoporosis Combining Single-Cell and Bulk Transcriptome Data
2026-Apr, Biochemical genetics
IF:2.1Q3
DOI:10.1007/s10528-025-11099-y
PMID:40221950
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量转录组数据,识别了骨质疏松症患者骨髓间充质干细胞中与线粒体相关的新型基因特征 | 结合单细胞RNA测序和批量转录组数据,首次在骨质疏松症背景下识别出BMSCs中的线粒体相关基因特征,并确认DUT为关键调控因子 | 研究主要基于公开数据集GSE147287和GSE35956,样本来源可能有限;功能验证主要在细胞水平进行,缺乏体内实验验证 | 识别骨质疏松症患者骨髓间充质干细胞中线粒体相关基因特征,探索其在疾病发展中的作用 | 骨髓间充质干细胞(BMSCs) | 数字病理学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序,RT-qPCR,Western blot,免疫荧光,电子显微镜扫描,siRNA敲低 | LASSO逻辑回归,随机森林 | 转录组数据,图像数据 | 基于公开数据集GSE147287(单细胞)和GSE35956(批量),具体样本数未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 48 | 2026-04-19 |
A multi-kingdom genetic barcoding system for precise clone isolation
2026-Apr, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-025-02649-1
PMID:40399693
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为CloneSelect的多界遗传条形码系统,该系统能够通过条形码特异性CRISPR碱基编辑触发目标细胞克隆表达报告基因,从而实现从复杂群体中分离特定表型的克隆 | 开发了一种可扩展且兼容单细胞RNA测序的多界遗传条形码系统,首次实现了通过CRISPR碱基编辑根据条形码特异性触发报告基因表达来分离目标克隆 | 未在更复杂的原代细胞或体内模型中验证其效率,且未详细讨论可能存在的脱靶编辑风险 | 开发一种能够从异质性细胞群体中精确分离具有特定表型或基因型的目标克隆的技术 | 人类胚胎肾293T细胞、小鼠胚胎干细胞、人类多能干细胞、酵母细胞和细菌细胞 | 单细胞技术 | NA | DNA条形码标记、CRISPR碱基编辑、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、条形码序列数据 | 涉及五种不同物种的细胞类型(人类、小鼠、酵母、细菌) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 49 | 2026-04-19 |
Engineered ETS1-Nanoconjugate Restores Immune Homeostasis through Dual Immune-Vascular Modulation in Relapsing and Progressive Multiple Sclerosis
2026-Apr, Advanced healthcare materials
IF:10.0Q1
DOI:10.1002/adhm.202504951
PMID:41589763
|
研究论文 | 本研究开发了一种名为IMNP的多功能纳米递送平台,通过同时调节内皮细胞和T淋巴细胞,在复发缓解型和继发进展型多发性硬化症模型中恢复免疫稳态 | 开发了一种结合了ETS1质粒DNA、PBAE聚合物、靶向IL7R的肽段以及巨噬细胞膜涂层的仿生纳米平台,首次实现了对血管内皮和免疫细胞的双重协同调节 | 研究主要在动物模型中进行,尚未在人体临床试验中验证其安全性和有效性 | 开发一种能够同时调节血管内皮和免疫系统的纳米疗法,以治疗多发性硬化症 | 内皮细胞、致病性T细胞、多发性硬化症动物模型 | 生物医学工程 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据、动物行为数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 50 | 2026-04-19 |
Engineered TIGIT-Blockade Membrane Vesicles Synergize with Microwave Ablation to Mediate Liver Metastases Eradication
2026-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202522918
PMID:41655262
|
研究论文 | 本文开发了一种工程化TIGIT阻断膜囊泡,结合微波消融治疗肝转移,通过靶向抑制新生血管和恢复CD8 T细胞功能,显著降低转移负担并提高生存率 | 首次利用单细胞RNA测序揭示微波消融后坏死过渡区的免疫抑制微环境,并设计出能特异性靶向肝转移区域的工程化膜囊泡,实现联合免疫治疗新策略 | 研究基于实验性肝转移模型,尚未进行临床试验验证;长期安全性和疗效需进一步评估 | 开发一种联合微波消融和免疫治疗的新方法,以消除肝转移并防止术后复发 | 肝转移模型小鼠及微波消融后的坏死过渡区细胞 | 癌症免疫治疗 | 肝转移 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞术数据 | 实验性肝转移模型小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 51 | 2026-04-19 |
Single-Cell RNA Sequencing of Human Lung Tissues Reveals Metallothionein-Positive T Cells as a Novel Potential Marker of Susceptibility to Chronic Obstructive Pulmonary Disease
2026-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202509332
PMID:41684305
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,在人类肺组织中发现了一种以高表达金属硫蛋白基因为特征的新型T细胞亚群(MT-high T细胞),并揭示了其在慢性阻塞性肺疾病(COPD)进展中的变化规律和免疫调节功能 | 首次在人类肺组织中鉴定出MT-high T细胞这一新型T细胞亚群,并发现其频率随COPD进展而逐渐减少,可作为预测COPD易感性的潜在生物标志物 | NA | 识别COPD高风险人群的生物标志物,并探索疾病发病机制 | 人类肺组织及外周血样本 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 基因表达数据,细胞计数数据 | 来自健康非吸烟者、COPD前期患者和COPD患者的肺组织及外周血样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 52 | 2026-04-19 |
Metabolically reprogrammed eosinophils impair T cell immunity and cause chronic skin infection
2026-Apr, EMBO molecular medicine
IF:9.0Q1
DOI:10.1038/s44321-026-00392-x
PMID:41813911
|
研究论文 | 本研究通过小鼠模型揭示了在慢性皮肤炎症中,代谢重编程的嗜酸性粒细胞通过竞争性葡萄糖摄取抑制Th1细胞功能,从而促进疾病慢性化 | 首次在非肠道组织中发现了具有代谢重编程特性的炎症性嗜酸性粒细胞亚群,并阐明其通过形成竞争性代谢微环境抑制T细胞免疫的新机制 | 研究基于小鼠模型,在人体中的验证尚需进一步研究;单细胞转录组分析仅揭示了转录水平的变化,蛋白质功能验证不足 | 探究皮肤嗜酸性粒细胞在慢性皮肤感染中的功能和转录异质性 | C57BL/6小鼠模型中的皮肤嗜酸性粒细胞和T细胞 | 免疫学 | 皮肤感染 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 53 | 2026-04-19 |
The importance of long-lived IgE plasma cells for protracted allergies
2026-Apr, Trends in immunology
IF:13.1Q1
DOI:10.1016/j.it.2026.01.006
PMID:41846175
|
评论 | 本文讨论了长寿命IgE浆细胞在持久性过敏反应中的重要性,基于遗传命运图谱和单细胞测序技术的最新发现 | 通过遗传命运图谱和单细胞测序技术,揭示了长寿命IgE浆细胞和'2型'记忆B细胞是维持IgE的两个细胞群体,为理解过敏反应的持久性提供了新视角 | NA | 探讨长寿命IgE浆细胞在持久性过敏反应中的作用机制 | IgE浆细胞和'2型'记忆B细胞 | NA | 过敏性疾病 | 遗传命运图谱, 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 54 | 2026-04-19 |
Single-cell spatial transcriptomic analysis of human skin anatomy
2026-Apr, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-026-02552-8
PMID:41872488
|
研究论文 | 本研究构建了正常成人皮肤的单细胞空间转录组图谱,揭示了皮肤细胞类型、空间组织及其在疾病中的变化 | 首次构建了覆盖全身15个解剖部位、包含约120万个细胞的皮肤单细胞空间转录组图谱,定义了10个多细胞邻域,并发现了疾病中免疫改变的空间区室化模式 | 研究仅基于正常成人皮肤样本,未涵盖不同年龄、种族或更广泛的疾病状态,且空间分辨率可能受技术限制 | 解析人类皮肤在全身范围内的细胞和分子空间组织,并探索其在疾病中的变化 | 正常成人皮肤组织 | 空间转录组学 | 皮肤疾病 | 单细胞空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 114个样本,覆盖15个解剖部位,约120万个细胞 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 55 | 2026-04-19 |
Unveiling gene perturbation effects through gene regulatory networks inference from single-cell transcriptomic data
2026-Apr, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1014067
PMID:41984780
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为IGNITE的无监督机器学习框架,用于从单细胞RNA测序数据中推断有向、加权和带符号的基因调控网络,并模拟基因扰动效应 | IGNITE基于统计物理中的逆动力学Ising模型,无需先验知识,直接从非扰动的单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络,并模拟单基因和多基因敲除效应 | 研究仅在两种多能干细胞系统(小鼠和人类)上进行了测试,虽然展示了跨物种和技术的泛化能力,但未涵盖更广泛的细胞类型或疾病模型 | 开发一种从单细胞转录组数据推断基因调控网络的方法,以模拟基因扰动对细胞行为的影响 | 小鼠和人类的多能干细胞,包括从初始态向形成态过渡的小鼠多能干细胞以及向确定内胚层分化的人类多能干细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 逆动力学Ising模型 | 单细胞转录组数据 | NA | 10x Genomics, Fluidigm | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium, Fluidigm C1 | 10x Chromium单细胞RNA测序平台和Fluidigm C1单细胞自动制备系统 |
| 56 | 2026-04-19 |
Study on the Potential Molecular Mechanism of Keloid Disease Associated With Single Cell Combined Mendelian Randomization
2026-Apr, Journal of cosmetic dermatology
IF:2.3Q2
DOI:10.1111/jocd.70849
PMID:41986576
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组学、蛋白质数量性状位点、孟德尔随机化分析等多种方法,探索了瘢痕疙瘩的潜在分子机制 | 首次将单细胞RNA测序与孟德尔随机化分析相结合,识别出SRA1和SSR1作为瘢痕疙瘩的关键保护基因,并揭示了它们在免疫微环境调控和细胞分化中的新作用 | 研究依赖于公开数据库的数据,样本来源可能有限,且功能验证实验未在文中详细描述 | 识别瘢痕疙瘩形成的关键基因和调控网络 | 瘢痕疙瘩病变组织和正常瘢痕样本 | 生物信息学 | 瘢痕疙瘩 | 单细胞RNA测序, 蛋白质数量性状位点分析, 孟德尔随机化分析, 共定位分析 | hdWGCNA, CellChat | 单细胞转录组数据, 批量转录组数据, GWAS汇总统计 | 92,659个高质量细胞,来自GEO数据库的多个数据集(GSE181297, GSE163973, GSE145725) | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 57 | 2026-04-19 |
Hepatic-Differentiated Subpopulation in Clear Cell Renal Cell Carcinoma: A Multi-Omics Analysis of Tumors With Lymphovascular Invasion
2026-Apr, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.71843
PMID:41981779
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析探索了透明细胞肾细胞癌中淋巴血管侵袭的分子基础,发现了一个具有肝系分化特征的肿瘤亚群 | 首次在ccRCC中识别出一个表达肝系转录因子HNF1A和HNF4A的肿瘤亚群,该亚群位于肿瘤演化的终末阶段,并与淋巴血管侵袭和缺氧微环境相关 | 这是一项基于发现的假设生成研究,所有发现需要在临床应用前进行独立的功能验证 | 理解透明细胞肾细胞癌中淋巴血管侵袭的分子基础 | 透明细胞肾细胞癌标本(31例,其中11例LVI阳性,20例LVI阴性) | 数字病理学 | 肾癌 | 全基因组测序,RNA测序,蛋白质组学分析,单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 基因组数据,转录组数据,蛋白质组数据 | 31例ccRCC标本(11例LVI+,20例LVI-),并整合了公共单细胞RNA测序和空间转录组学数据集 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,全基因组测序,RNA测序,蛋白质组学 | NA | NA |
| 58 | 2026-04-19 |
Fibroblast-Driven Fibroblast Growth Factor and Fibronectin 1 Signaling Orchestrates Extracellular Matrix Remodeling for Ovine Mammary Lactation Decline
2026-Apr, Comprehensive Physiology
IF:4.2Q1
DOI:10.1002/cph4.70150
PMID:41998868
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据,揭示了绵羊泌乳衰退期乳腺组织中成纤维细胞通过FGF和FN1信号通路驱动细胞外基质重塑的分子机制 | 首次在绵羊泌乳衰退模型中,利用单细胞RNA测序技术系统解析了成纤维细胞作为关键基质调节者,通过FGF和FN1信号通路协调细胞外基质重塑的细胞和分子网络 | 研究主要基于转录组数据,缺乏蛋白质水平和功能验证实验来确认信号通路的具体作用机制 | 阐明绵羊泌乳衰退期乳腺组织细胞外基质重塑的细胞和分子机制 | 绵羊乳腺组织在泌乳高峰期和晚期阶段的细胞群体 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 绵羊泌乳高峰期和晚期阶段的乳腺组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 59 | 2026-04-19 |
Alpha-ketoglutarate accelerates granulocyte-monocyte progenitor differentiation and atherosclerotic plaque inflammation via oxoglutarate receptor 1
2026-Mar-27, Redox biology
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.redox.2026.104134
PMID:41931905
|
研究论文 | 本文探讨了α-酮戊二酸通过其受体OXGR1加速粒细胞-单核细胞祖细胞分化并促进动脉粥样硬化斑块炎症的机制 | 首次揭示了α-酮戊二酸/OXGR1轴通过上调PNP表达,影响嘌呤合成和NAD代谢,从而扰乱线粒体稳态并加剧动脉粥样硬化炎症 | 研究主要基于小鼠模型,人类相关性仅通过血浆代谢物相关性分析初步验证,需进一步临床研究确认 | 探究代谢物α-酮戊二酸在动脉粥样硬化进展中的作用机制 | Ldlr缺陷小鼠的骨髓细胞、粒细胞-单核细胞祖细胞及动脉粥样硬化斑块 | NA | 心血管疾病 | 靶向代谢组学、单细胞RNA测序、蛋白质组学、骨髓移植实验 | NA | 代谢组数据、单细胞转录组数据、蛋白质组数据 | Ldlr小鼠模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 60 | 2026-04-19 |
Smoothie: efficient inference and integration of spatial co-expression networks from denoised spatial transcriptomics data
2026-Mar-26, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-09898-z
PMID:41888598
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Smoothie的流程,用于对空间转录组数据进行去噪并构建和整合全基因组共表达网络 | 提出了一个结合高斯平滑去噪与并行化计算的高效流程,能够处理超过1亿个空间分辨点的数据集,并实现快速运行和低内存使用 | NA | 从高分辨率空间转录组数据中提取深入的生物学见解,包括基因模块检测、功能注释和跨样本比较 | 空间转录组数据中的基因共表达网络 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 高斯平滑 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |