单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-06-24	Gap junction protein beta 5 interacts with Gαi3 to promote Akt activation and cervical cancer cell growth 2025-Jun-19, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07768-w PMID:40537499	研究论文	本研究探讨了间隙连接蛋白β5（GJB5）在宫颈癌中的表达及其功能意义，揭示了其通过Gαi3促进Akt激活和癌细胞生长的机制	首次发现GJB5与Gαi3的相互作用，并阐明其在Akt-mTOR信号通路激活中的关键作用	研究主要基于体外和动物模型，临床转化仍需进一步验证	寻找宫颈癌的新治疗靶点	宫颈癌细胞和肿瘤组织	癌症生物学	宫颈癌	shRNA、CRISPR/Cas9基因敲除、单细胞RNA测序	NA	mRNA表达数据、蛋白质相互作用数据	TCGA数据库中的宫颈癌组织样本、原代人类宫颈癌细胞、异种移植模型
42	2025-06-24	scExtract: leveraging large language models for fully automated single-cell RNA-seq data annotation and prior-informed multi-dataset integration 2025-Jun-19, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03639-x PMID:40537825	研究论文	介绍了一个名为scExtract的框架，利用大型语言模型自动化单细胞RNA测序数据的分析，包括预处理、注释和整合	利用大型语言模型自动化单细胞RNA测序数据分析，并引入了scanorama-prior和cellhint-prior方法，整合先验注释信息以改进批次校正	NA	自动化单细胞RNA测序数据的分析，提高数据注释和整合的效率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	大型语言模型	单细胞RNA测序数据	14个数据集，共440,000个细胞
43	2025-06-24	Neuroprotective liver portal area macrophages attenuate hepatic inflammation 2025-Jun-19, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-025-02190-y PMID:40537510	研究论文	本研究通过整合全肝叶成像和小鼠肝脏CX3CR1细胞的单细胞RNA测序分析，发现了一种新型的CX3CR1CD63肝门区巨噬细胞（LPAMs），并揭示了其在维持肝脏免疫稳态中的作用	发现了CX3CR1CD63肝门区巨噬细胞（LPAMs）这一新型巨噬细胞亚群，并揭示了其依赖CSF1R生存、与门静脉周围交感神经密切互作以及维持肝脏免疫稳态的功能	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类肝脏中进行验证	探究肝脏不同区域巨噬细胞的异质性及其在肝脏稳态和疾病中的作用	小鼠肝脏CX3CR1细胞，特别是CX3CR1CD63肝门区巨噬细胞（LPAMs）	免疫学	非酒精性脂肪性肝炎	全肝叶成像、单细胞RNA测序	NA	图像数据、基因表达数据	小鼠肝脏组织样本
44	2025-06-24	Single-Cell Sequencing Screening of Biomarkers Associated with Lipophagy in the MPTP Model Mice of Parkinson's Disease 2025-Jun-19, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-025-05014-0 PMID:40537664	研究论文	通过单细胞测序技术筛选与帕金森病模型中脂噬作用相关的生物标志物	首次在帕金森病模型中利用单细胞测序技术筛选与脂噬作用相关的生物标志物，并发现Ubb、Gapdh、Cox4i1和Hsp90aa1作为潜在生物标志物	样本量较小（PD组和对照组各3只小鼠），可能影响结果的普遍性	探索脂噬作用在帕金森病发病机制中的具体作用机制	MPTP诱导的帕金森病模型小鼠脑组织	数字病理学	帕金森病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	MPTP诱导的帕金森病小鼠模型	单细胞转录组数据	6只小鼠（PD组3只，对照组3只）
45	2025-06-24	Single-Cell Transcriptome Patterns of Transposable Elements in Alzheimer's Disease 2025-Jun-19, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-025-05140-9 PMID:40537665	研究论文	本研究通过单细胞核RNA测序技术分析了阿尔茨海默病患者前额叶皮层样本中可转座元件的转录模式	首次报道了阿尔茨海默病不同脑细胞类型中可转座元件转录的特异性模式	研究仅基于前额叶皮层样本，未涵盖其他脑区	探究可转座元件转录在阿尔茨海默病发病机制中的作用	阿尔茨海默病患者前额叶皮层细胞	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞核RNA测序(sc/snRNA-seq), 批量RNA测序(bulk RNA-seq)	NA	RNA测序数据	143,951个细胞
46	2025-06-24	Role of Defense/Immunity Proteins in Non-Obstructive Azoospermia: Insights from Gene Expression and Single-Cell RNA Sequencing Analyses 2025-Jun-19, Reproductive sciences (Thousand Oaks, Calif.) DOI:10.1007/s43032-025-01916-5 PMID:40537735	研究论文	探讨防御/免疫蛋白在非梗阻性无精子症中的作用，通过基因表达和单细胞RNA测序分析揭示其与疾病发病机制的关系	首次通过单细胞RNA测序技术分析非梗阻性无精子症中免疫相关基因的表达模式，并发现多个关键基因的异常表达	研究主要基于基因表达数据，缺乏功能实验验证这些基因在疾病中的具体作用机制	研究非梗阻性无精子症的发病机制，特别是免疫失调在其中的作用	非梗阻性无精子症患者	生殖医学	男性不育症	基因表达分析, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个数据集的分析，具体样本数量未明确说明
47	2025-06-24	Sequence Diversity and Encoded Enzymatic Differences of Monocistronic L1 ORF2 mRNA Variants in the Aged Normal and Alzheimer's Disease Brain 2025-Jun-18, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.2298-24.2025 PMID:40368603	research paper	该研究通过酶功能测定、靶向PacBio HiFi长读长测序和定量空间转录组学，评估了31例阿尔茨海默病（AD）和非疾病（ND）大脑皮层样本中的内源性逆转录酶（RT）活性和L1 mRNA多样性	研究发现大脑中存在大量单顺反子ORF2 mRNA序列变异，其编码的RT和EN活性范围广泛，支持了这些变异在人类大脑中的内源性功能能力	研究样本量相对较小（31例），且主要关注大脑皮层，可能无法全面反映其他脑区的状况	探究正常衰老和阿尔茨海默病大脑中单顺反子L1 ORF2 mRNA变异的序列多样性及其编码的酶活性差异	31例阿尔茨海默病和非疾病人类大脑皮层样本	分子生物学	阿尔茨海默病	PacBio HiFi长读长测序、定量空间转录组学、酶功能测定	NA	RNA序列数据、酶活性数据	31例人类大脑样本（包括AD和ND）
48	2025-06-24	In mice, discrete odors can selectively promote the neurogenesis of sensory neuron subtypes that they stimulate 2025-Jun-18, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.96152 PMID:40531183	研究论文	研究发现特定气味能选择性促进小鼠嗅觉感觉神经元亚型的神经发生	揭示了特定气味体验能选择性‘放大’特定嗅觉感觉神经元亚型，表明持续的神经元发生部分具有适应性功能	研究仅在小鼠中进行，未涉及其他哺乳动物	探究嗅觉刺激如何及为何加速某些嗅觉感觉神经元亚型的神经发生速率	小鼠的嗅觉感觉神经元（OSNs）	神经科学	NA	scRNA-seq和亚型特异性OSN出生日期测定	NA	基因表达数据	小鼠样本
49	2025-06-24	Single-cell transcriptomics showed that maternal PCB exposure dysregulated ER stress-mediated cell type-specific responses in the liver of female offspring 2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.04.657944 PMID:40501930	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术，探讨了母体暴露于环境相关Fox River多氯联苯混合物对雌性后代肝脏发育的细胞类型特异性影响	首次在单细胞分辨率下揭示了母体PCB暴露如何通过内质网应激介导的途径，特异性影响雌性后代肝脏中不同细胞类型的转录组重编程	研究仅关注了雌性后代且仅在出生后第28天进行观察，未探讨性别差异和更长期的影响	探究母体PCB暴露对后代肝脏发育的细胞特异性影响机制	围产期暴露于PCB的雌性小鼠的肝脏组织	毒理学	代谢紊乱	单细胞RNA测序（scRNA-seq），RT-qPCR	NA	单细胞转录组数据	出生后第28天的雌性小鼠肝脏组织
50	2025-06-24	An updated and spatially validated somatic single-cell atlas of Hydractinia symbiolongicarpus 2025-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.03.657738 PMID:40502179	research paper	该研究通过整合新的固定细胞数据集与已发表的活细胞数据，更新了Hydractinia symbiolongicarpus的体细胞单细胞图谱，揭示了细胞类型和发育过程的新见解	发现了新的假定免疫细胞群体、先前未描述的神经亚型、两个空间上不同的腺细胞群体、一个茎部特异性细胞类型，以及完整的刺细胞发育轨迹	之前的图谱在细胞数量和转录组深度上有限，且细胞类型分配主要基于推测	推进对Hydractinia symbiolongicarpus细胞多样性和动态的理解	Hydractinia symbiolongicarpus的喂养多足体和茎部组织	单细胞转录组学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	超过47,000个细胞
51	2025-06-24	A spatial transcriptomic atlas of acute neonatal lung injury across development and disease severity 2025-Jun-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.02.656433 PMID:40502191	research paper	利用基于成像的空间转录组学分析了17个不同发育和损伤阶段的人类婴儿肺组织的基因表达模式，创建了一个包含约120万个细胞的空间转录组图谱	首次创建了人类婴儿肺发育和损伤的空间转录组图谱，揭示了组织结构和分子空间关系在发育过程中的协调及疾病中的破坏	样本量相对有限（17例），且主要关注急性新生儿肺损伤	阐明肺器官发育过程中细胞转变的时序和调控机制	17个不同发育和损伤阶段的人类婴儿肺组织	空间转录组学	新生儿肺损伤	成像基空间转录组学	计算聚类方法	空间转录组数据	17例人类婴儿肺组织，约120万个细胞
52	2025-06-24	New Anti-Fibrotic Strategies for Keloids: Insights From Single-Cell Multi-Omics 2025-Jun, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13818 PMID:39902627	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究瘢痕疙瘩的细胞异质性和分子机制，发现两种成纤维细胞亚群在纤维化过程中的不同作用	首次通过单细胞RNA测序技术鉴定瘢痕疙瘩中POSTN阳性间充质成纤维细胞和IGFBP2阳性成纤维细胞的差异及其在纤维化中的相反作用	样本量较小（仅3个瘢痕疙瘩组织和3个正常皮肤样本），需要更大规模的研究验证	探索瘢痕疙瘩的发病机制并开发新型抗纤维化治疗策略	瘢痕疙瘩组织和正常皮肤组织	单细胞多组学	皮肤疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学分析、流式细胞术	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	3个瘢痕疙瘩组织和3个正常皮肤样本
53	2025-06-24	New insights into the effects of PFOS exposure on rat lung development: morphological, functional, and single-cell sequencing analysis 2025-Jun, Archives of toxicology IF:4.8Q1 DOI:10.1007/s00204-025-04014-2 PMID:40128328	研究论文	本研究探讨了产前暴露于全氟辛烷磺酸（PFOS）对子代大鼠肺发育和功能的影响	首次结合形态学、功能学及单细胞RNA测序分析PFOS对肺发育的细胞和分子机制	研究仅在大鼠模型中进行，结果可能无法完全适用于人类	探究PFOS暴露对肺发育的毒性作用及其机制	子代大鼠的肺组织	毒理学	肺损伤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、形态学数据、功能学数据	妊娠期大鼠（剂量组：0、0.01、0.1、1 mg/kg/day）及其子代（出生后0、4、14、21、60天）
54	2025-06-24	The spatial and single-cell landscape of skin: Charting the multiscale regulation of skin immune function 2025-06, Seminars in immunology IF:7.4Q1 DOI:10.1016/j.smim.2025.101958 PMID:40267702	综述	本文综述了单细胞RNA测序和空间转录组学技术在揭示皮肤免疫系统多层次异质性中的应用	利用scRNA-seq和ST技术系统性地研究了皮肤免疫功能的分子和细胞特征，揭示了细胞类型在维持稳态和疾病中的相互作用	NA	探讨皮肤免疫系统的多层次异质性及其在疾病中的作用	皮肤免疫细胞及其空间组织	生物医学	皮肤疾病	scRNA-seq, ST	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	NA
55	2025-06-24	Selective inhibition of stromal mechanosensing suppresses cardiac fibrosis 2025-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08945-9 PMID:40307543	研究论文	该研究探讨了通过抑制基质机械感知来抑制心脏纤维化的新策略	发现SRC激酶作为成纤维细胞富集的机械传感器，可通过药物抑制模拟基质软化效果，并与TGFβ抑制协同抑制纤维化	研究主要基于小鼠模型和工程化心脏组织，人类临床应用的可行性尚需验证	探索治疗心血管纤维化的新方法	心脏成纤维细胞	心血管疾病	心血管疾病	单细胞测序	小鼠模型和工程化心脏组织	基因表达数据	公共人类和小鼠单细胞测序数据集
56	2025-06-24	Accurate Transcription Factor Activity Inference to Decipher Cell Identity from Single-Cell Transcriptomic Data with MetaTF 2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202410745 PMID:40397381	研究论文	本文介绍了一个名为metaTF的计算框架，用于从单细胞RNA测序数据中推断转录因子活性，以更好地理解细胞的特性和功能	metaTF框架在估计转录因子活性方面优于现有方法，并在小鼠造血干细胞发育和乳腺癌上皮细胞功能特性表征中表现出改进的效果	未明确提及具体局限性	通过推断转录因子活性来更好地理解细胞的特性和功能	单细胞RNA测序数据中的细胞	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	计算框架(metaTF)	单细胞RNA测序数据	NA
57	2025-06-24	Low-dose interleukin-2 induces clonal expansion of BACH2-repressed effector regulatory T cells following acute coronary syndrome 2025-Jun, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00652-y PMID:40461772	研究论文	研究低剂量白细胞介素-2（IL-2）在急性冠状动脉综合征患者中诱导BACH2抑制的效应调节性T细胞克隆扩增的机制	结合单细胞转录组学和T细胞受体分析，揭示IL-2在急性冠状动脉综合征患者中克隆扩增效应T细胞的作用，并发现BACH2作为T效应程序的抑制因子	研究未涉及IL-2治疗对其他免疫细胞类型的影响，且样本量有限	探索IL-2在心血管疾病中的免疫调节作用及其治疗潜力	急性冠状动脉综合征患者的T细胞	免疫学	心血管疾病	单细胞转录组学、T细胞受体分析	NA	转录组数据、T细胞受体序列	急性冠状动脉综合征患者样本
58	2025-06-24	scExploreR: a flexible platform for democratized analysis of multimodal single-cell data by non-programmers 2025-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.28.656649 PMID:40501593	research paper	介绍了一个名为scExploreR的灵活平台，旨在为非程序员提供多模式单细胞数据的民主化分析	scExploreR作为一个打包的R Shiny应用，支持本地运行或服务器部署，提供广泛的绘图定制选项，并能无缝处理多模式数据	虽然scExploreR为非程序员提供了分析单细胞数据的工具，但对于复杂的分析任务，编程经验可能仍是必要的	开发一个平台，使非程序员能够直接探索和分析单细胞数据，弥合生物学和计算科学之间的沟通鸿沟	单细胞测序数据	生物信息学	NA	单细胞测序	R Shiny	单细胞数据	NA
59	2025-06-24	Chevreul: An R Bioconductor Package for Exploratory Analysis of Full-Length Single Cell Sequencing 2025-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.27.656486 PMID:40501968	研究论文	介绍了一个名为Chevreul的开源R Bioconductor包和交互式R Shiny应用，用于处理和可视化单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	Chevreul区别于其他scRNA-seq分析包的特点在于其易用性、分析全长RNA测序数据的能力以及对批次校正的支持	现有分析工具未提供专门的异构体水平分析或可变剪接检测工具	开发一个便于研究人员无需编程经验即可分析全长scRNA-seq数据的工具	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
60	2025-06-24	NKG7 is a Stable Marker of Cytotoxicity Across Immune Contexts and Within the Tumor Microenvironment 2025-Jun, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202551885 PMID:40538191	研究论文	该研究通过大规模单细胞RNA测序图谱，全面分析了免疫亚群和组织中的细胞毒性，发现NKG7是细胞毒性的稳定标记物	发现NKG7作为细胞毒性的新标记物，其表达与细胞毒性活动高度相关（r = 0.97），且比传统标记物如颗粒酶B和穿孔素更可靠	其他人类颗粒酶和细胞毒性成分的作用尚未充分探索	评估NKG7作为细胞毒性标记物的表达模式和功能	免疫亚群和组织中的细胞毒性	免疫学	肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	大规模公开可用的单细胞RNA测序图谱