单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-06-21	Low-dose interleukin-2 induces clonal expansion of BACH2-repressed effector regulatory T cells following acute coronary syndrome 2025-Jun, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00652-y PMID:40461772	研究论文	研究低剂量IL-2在急性冠脉综合征患者中诱导BACH2抑制的效应调节T细胞克隆扩增的机制	结合单细胞转录组学和T细胞受体分析，揭示了IL-2如何克隆扩增效应T细胞，并发现这些细胞上调了关键的免疫抑制和代谢通路	研究未涉及IL-2长期治疗的安全性和有效性	探索IL-2在心血管疾病中的免疫调节作用及其治疗潜力	急性冠脉综合征患者的T细胞	免疫学	心血管疾病	单细胞转录组学、T细胞受体分析	NA	单细胞RNA测序数据	急性冠脉综合征患者
42	2025-06-21	Single-Cell Analysis Reveals Fibroblast-Derived Migrasomes as CXCL12 Carriers Promoting Skin Wound Repair 2025-Jun, Journal of extracellular vesicles IF:15.5Q1 DOI:10.1002/jev2.70112 PMID:40527746	research paper	该研究揭示了成纤维细胞来源的迁移体作为CXCL12载体促进皮肤伤口修复的机制	首次报道迁移体在组织修复中的作用，并发现其通过传递CXCL12促进伤口愈合	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证	探索迁移体在皮肤伤口修复中的作用及其机制	人类和大鼠皮肤、口腔黏膜的成纤维细胞、HaCaT细胞、角质形成细胞和内皮细胞	细胞生物学	皮肤创伤	超分辨率共聚焦显微镜、聚焦离子束扫描电子显微镜、多重免疫荧光染色、活细胞成像、单细胞测序	NA	图像、测序数据	人类和大鼠皮肤及口腔黏膜样本
43	2025-06-21	Narrowing Down Key Players in Autoimmunity via Single-Cell Multiomics 2025-Jun, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202451233 PMID:40534591	review	本文综述了单细胞多组学技术在自身免疫性疾病研究中的应用，重点探讨了疾病相关细胞状态和细胞通讯网络的识别	利用单细胞多组学技术揭示自身免疫性疾病的分子机制，并识别与特定遗传易感位点相关的细胞状态和通讯网络	未提及具体实验样本量或技术细节的局限性	探讨自身免疫性疾病的分子机制和效应细胞	T细胞和B细胞及其抗原受体	生物医学	自身免疫性疾病	单细胞多组学技术	NA	单细胞多组学数据	NA
44	2025-06-21	Spatial transcriptomics from pancreas and local draining lymph node tissue reveals a lymphotoxin-β signature in human type 1 diabetes 2025-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.19.654940 PMID:40475580	研究论文	本研究利用空间转录组学技术探索了1型糖尿病自然病程中胰腺及胰腺淋巴结的炎症反应	首次在1型糖尿病胰腺和区域淋巴结中发现淋巴毒素-β特征，并整合单细胞RNA测序数据进行多尺度分析	样本来源仅限于人类组织，未涉及动物模型验证	揭示1型糖尿病发病机制中的组织特异性炎症特征	非糖尿病患者和具有高易感性的非糖尿病自身抗体阳性个体的胰腺及胰腺淋巴结组织	数字病理学	1型糖尿病	空间转录组学(ST)，单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	空间转录组数据	未明确说明具体样本数量（包含非糖尿病患者和高风险个体）
45	2025-06-21	Identification of core genes in acute kidney injury: evidence from multi-omics human transcriptomic data and in vivo models 2025-May-30, Translational andrology and urology IF:1.9Q3 DOI:10.21037/tau-2024-677 PMID:40529024	研究论文	通过整合多组学数据和实验验证，识别急性肾损伤（AKI）的核心基因并探索其机制	结合人类转录组数据和体内模型，识别出三个与AKI表型和临床肾脏参数显著相关的核心基因（EGF、VCAM1和SUGCT），并揭示了SUGCT在近端小管线粒体代谢和免疫平衡中的作用	样本量相对较小（67例AKI患者和20例对照），且仅在小鼠模型中进行了验证	识别AKI的核心基因并探索其机制，为诊断和治疗提供潜在靶点	急性肾损伤（AKI）患者和小鼠模型	生物信息学	急性肾损伤	转录组分析、WGCNA、CIBERSORT、RT-qPCR、Western blot、免疫组化、单核RNA测序（snRNA-seq）、空间转录组学	nomogram模型	转录组数据	67例AKI患者和20例对照，以及小鼠模型
46	2025-06-21	Development of a prognostic model for overall survival in neuroblastoma based on Schwann cell-specific genes, clinical predictors, and MYCN amplification 2025-May-30, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-2048 PMID:40530123	研究论文	本研究开发了一个结合施万细胞特异性基因、临床因素和肿瘤微环境的神经母细胞瘤预后模型，以提高预测准确性和临床相关性	首次将施万细胞特异性基因与临床因素和肿瘤微环境结合，构建神经母细胞瘤预后模型	模型在测试集中的表现略低于训练集，可能需要更多数据验证	开发更准确的神经母细胞瘤总体生存预后模型	神经母细胞瘤患者	数字病理学	神经母细胞瘤	scRNA-seq, WGCNA, UMAP, Cox回归分析	预后预测模型	基因表达数据, 临床数据	训练集238例, 测试集106例, 单细胞数据16例患者(160,910个细胞)
47	2025-06-21	Apoptosis inhibition reprograms alveolar myofibroblasts toward ductal myofibroblasts 2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.26.654588 PMID:40492191	research paper	研究通过抑制肺泡肌成纤维细胞(AMFs)的凋亡，发现其可重编程为导管肌成纤维细胞(DMFs)，并揭示肺间质细胞的命运可塑性和病理生理趋同性	首次通过诱导BCL2过表达抑制AMFs凋亡，证明其可成熟为DMFs，并揭示了肺间质细胞的命运可塑性和病理生理趋同性	缺乏直接的谱系追踪证据证明AMFs通过凋亡被清除	探究肺泡肌成纤维细胞(AMFs)的凋亡清除及其命运可塑性	肺泡肌成纤维细胞(AMFs)和导管肌成纤维细胞(DMFs)	细胞生物学	哮喘	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 谱系追踪	小鼠模型	基因表达数据	使用三种独立的Cre驱动小鼠品系
48	2025-06-21	Tolerance and heteroresistance to echinocandins in Candida auris: conceptual issues, clinical implications, and outstanding questions 2025-May-27, mSphere IF:3.7Q2 DOI:10.1128/msphere.00161-25 PMID:40237528	review	本文探讨了耳念珠菌对棘白菌素的耐受性和异质性耐药性及其临床意义	提出了耳念珠菌对棘白菌素的耐受性和异质性耐药性作为治疗挑战的新视角	这些机制的临床意义尚不明确，且相关数据有限	理解耳念珠菌对棘白菌素的耐受性和异质性耐药性的机制及其影响	耳念珠菌	微生物学	真菌感染	空间转录组学	NA	NA	NA
49	2025-06-21	3D organoids containing endothelial and neural cells generation by serial inductions of differentiation on human iPSC-derived embryoid bodies 2025-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.20.653559 PMID:40475416	研究论文	通过在人iPSC衍生的胚胎体上连续诱导分化，生成包含内皮细胞和神经细胞的3D器官样体	开发了一种新型3D器官样体模型，该模型同时包含神经细胞和内皮细胞，模拟了体内神经和内皮细胞的发育过程	未提及具体的样本量或实验重复次数	研究人脑发育和神经系统疾病中内皮细胞与神经细胞的相互作用	人iPSC衍生的胚胎体	干细胞与再生医学	神经系统疾病	scRNA-Seq, RNA-Seq, siRNA处理	3D器官样体模型	基因表达数据	NA
50	2025-06-21	Efficient profiling of total RNA in single cells with STORM-seq 2025-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2022.03.14.484332 PMID:40475517	研究论文	本文介绍了一种名为STORM-seq的新型单细胞总RNA测序技术，能够高效检测非编码转录本、全长RNA覆盖并解析转录本水平的复杂性	STORM-seq是一种使用标准实验室设备的随机六聚体引物、核糖体减少的单细胞总RNA测序协议，能够构建迄今为止复杂度最高的scRNA-seq文库，并准确测量单细胞中的转录异构体和临床相关基因融合	NA	开发一种高效的单细胞总RNA测序技术，以解决现有技术在检测非编码转录本、全长RNA覆盖和解析转录本复杂性方面的不足	单细胞中的总RNA，包括非编码转录本、转录异构体、基因融合、转座子元件(TEs)和增强子RNA(eRNAs)	基因组学	NA	sc-total-RNA-seq	NA	RNA测序数据	人类输卵管上皮细胞
51	2025-06-21	Pseudoassembly of k-mers 2025-May-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.11.653354 PMID:40463286	研究论文	介绍了一种通过彩色de Bruijn图识别基因组序列变异的方法	提出了一种名为klue的程序，能够将k-mers组装成与变异感知的伪对齐扩展兼容的序列	NA	识别基因组序列中的变异	小鼠黑色素瘤模型中的单细胞RNA-seq数据	基因组学	黑色素瘤	单细胞RNA-seq	NA	基因组序列	NA
52	2025-06-21	Bridging Large Language Models and Single-Cell Transcriptomics in Dissecting Selective Motor Neuron Vulnerability 2025-May-12, ArXiv PMID:40463696	研究论文	提出了一种利用大型语言模型（LLMs）和NCBI基因数据库的文本注释生成生物学上下文细胞嵌入的新框架	结合单细胞RNA测序数据和基因描述文本，通过表达加权平均生成语义丰富的细胞嵌入表示	未提及具体的数据集验证范围或模型性能比较的局限性	解析选择性运动神经元脆弱性，提升单细胞水平数据的解释性	单细胞RNA测序数据和NCBI基因描述文本	计算生物学	NA	scRNA-seq, LLMs	text-embedding-ada-002, textembedding-3-small, text-embedding-3-large, BioBERT, SciBERT	基因表达数据和文本数据	NA
53	2025-06-21	Reparative immunological consequences of stem cell transplantation as a cellular therapy for refractory Crohn's disease 2025-May-07, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-333558 PMID:39961646	研究论文	本研究探讨了自体造血干细胞移植（SCT）作为难治性克罗恩病（CD）细胞疗法的免疫修复机制	揭示了SCT主要通过影响肠道髓系谱系，恢复能够支持黏膜愈合的巨噬细胞群体，并发现了CD患者造血干细胞（HSCs）的功能异质性	样本量较小（n=19），且研究结果主要基于小鼠异种移植模型，需进一步临床验证	理解SCT后免疫系统重建机制，探索SCT作为细胞疗法恢复免疫细胞功能的潜力	难治性克罗恩病成人患者（n=19）的血液和肠道样本及HSCs	细胞治疗	克罗恩病	CyTOF、scRNA-seq、小鼠异种移植模型	NA	单细胞RNA测序数据、质谱流式细胞数据	19例难治性CD患者
54	2025-06-21	Single-cell transcriptome atlas of spontaneous dry age-related macular degeneration in macaques 2025-May, Fundamental research IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.fmre.2023.02.028 PMID:40528953	研究论文	构建了老年非人灵长类动物自发性干性年龄相关性黄斑变性（SD-AMD）的单细胞视网膜转录图谱，揭示了SD-AMD的分子机制	首次在非人灵长类动物模型中构建SD-AMD的单细胞转录图谱，并发现铁稳态破坏和铁死亡在SD-AMD发病中的作用	研究主要基于非人灵长类动物模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究自发性干性年龄相关性黄斑变性（SD-AMD）的分子机制	老年非人灵长类动物的视网膜组织	数字病理学	年龄相关性黄斑变性	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	老年非人灵长类动物的视网膜组织样本
55	2025-06-21	Advances and challenges in cell-cell communication inference: a comprehensive review of tools, resources, and future directions 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf280 PMID:40536815	综述	本文全面回顾了细胞间通信推断的工具、资源和未来方向，总结了当前的研究现状和挑战	整合了100多种生物信息学工具和近50种资源，创建了集中式网络平台CCC-Catalog	工具和资源的多样性和差异性给用户选择带来挑战，当前方法仍存在局限性和未解决的问题	总结细胞间通信分析的研究现状，提供未来发展方向	单细胞和空间转录组数据	生物信息学	NA	单细胞测序、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
56	2025-06-21	SCassist: An AI Based Workflow Assistant for Single-Cell Analysis 2025-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.22.650107 PMID:40492199	研究论文	介绍了一个名为SCassist的R包，利用大型语言模型（LLM）来指导和增强单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析	将大型语言模型（LLM）集成到scRNA-seq分析的关键步骤中，提供过滤、标准化和聚类参数的建议，以及细胞类型注释和富集分析的智能解释	未提及具体的数据集验证或性能比较	简化单细胞RNA测序数据分析流程，降低技术门槛	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	LLM（如Google's Gemini、OpenAI's GPT、Meta's Llama3）	单细胞RNA测序数据	NA
57	2025-06-21	Stratifin is Necessary for Spasmolytic Polypeptide-Expressing Metaplasia Development After Acute Gastric Injury 2025-Apr-23, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101521 PMID:40280276	研究论文	本研究探讨了Stratifin（SFN）在胃急性损伤后主细胞转分化为表达解痉多肽的化生（SPEM）过程中的作用	首次揭示了SFN通过调节EGFR/ERK信号通路在主细胞转分化和SPEM发展中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类组织中验证	阐明SFN在胃黏膜损伤修复过程中主细胞转分化的分子机制	小鼠胃主细胞和SPEM细胞	分子生物学	胃疾病	单细胞RNA测序，免疫组化	Mist1CreERT2; Sfnflox/flox小鼠模型	基因表达数据，组织学图像	转基因小鼠模型
58	2025-06-21	In mice, discrete odors can selectively promote the neurogenesis of sensory neuron subtypes that they stimulate 2025-Mar-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.10.579748 PMID:38405728	research paper	研究发现特定气味能选择性促进小鼠嗅觉感觉神经元亚型的神经发生	揭示了特定气味经验能选择性‘放大’特定嗅觉感觉神经元亚型，表明持续的神经元发生部分具有适应性功能	研究仅在小鼠中进行，未涉及其他哺乳动物	探究嗅觉刺激如何及为何加速某些嗅觉感觉神经元亚型的神经发生速率	小鼠的嗅觉感觉神经元（OSNs）	神经科学	NA	scRNA-seq和亚型特异性OSN出生日期标记	NA	基因表达数据	小鼠
59	2025-06-21	Spatially resolved transcriptomics reveal the determinants of primary resistance to immunotherapy in NSCLC with mature tertiary lymphoid structures 2025-Feb-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.101934 PMID:39909044	研究论文	该研究通过空间转录组学和多重免疫荧光技术，揭示了非小细胞肺癌(NSCLC)中成熟三级淋巴结构(mTLSs)阳性患者对免疫检查点抑制剂(ICIs)原发性耐药的决定因素	发现了两种特定的癌症相关成纤维细胞(CAFs)亚群在mTLS阳性NSCLC中对ICIs原发性耐药的关键作用，并揭示了这些CAFs与免疫排斥、CD8 T细胞耗竭和调节性CD4 T细胞浸润增加的关联	研究样本量虽然较大(n=509)，但可能仍不足以覆盖所有NSCLC亚型	揭示mTLS阳性NSCLC患者对ICIs原发性耐药的决定因素，以提高免疫治疗效果	非小细胞肺癌(NSCLC)患者，特别是mTLS阳性且接受ICI治疗的患者	数字病理学	肺癌	空间转录组学、多重免疫荧光(mIF)	NA	转录组数据、免疫荧光图像	509名来自BIP研究(NCT02534649)的NSCLC患者
60	2025-06-21	nf-core/marsseq: systematic preprocessing pipeline for MARS-seq experiments 2025, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbaf089 PMID:40438146	research paper	介绍了一个用于MARS-seq实验的系统预处理流程nf-core/marsseq，旨在标准化MARS-seq分析并提高其适用性	改进了原有的MARS-seq2.0流程，使其能够在nf-core框架下实现，增加了RNA速度估计的自定义工作流程	NA	标准化MARS-seq分析并提高其在RNA速度估计中的适用性	MARS-seq实验数据	生物信息学	NA	MARS-seq2.0, scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA