单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-07-24	Single-cell RNA sequencing uncovers abnormal Sertoli-cell elevation and testicular niche impairment in the transfemales's testis 2025-Jul-20, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-025-01445-3 PMID:40685388	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究跨性别女性睾丸中Sertoli细胞异常增多及睾丸微环境损伤	首次在跨性别女性睾丸中发现Sertoli细胞异常增多及β-catenin核转位现象，揭示了生殖细胞-Sertoli细胞互作在睾丸损伤中的作用	样本量相对有限(49,385个单细胞转录组)，且未探讨激素治疗剂量与时间对结果的影响	探究性别肯定激素治疗(GAHT)对跨性别女性睾丸的影响机制	跨性别女性睾丸组织与顺性别男性睾丸组织的单细胞转录组	单细胞组学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫组化、实时定量PCR、免疫染色	NA	单细胞转录组数据	约49,385个单细胞转录组
42	2025-07-24	CXCL12/CXCR4 modulates macrophage efferocytosis to induce glomerular crescent formation and fibrosis via ELMO1/DOCK180/RAC1 signaling in ANCA-associated glomerulonephritis 2025-Jul-19, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-025-05750-5 PMID:40682610	research paper	该研究揭示了CXCL12/CXCR4信号轴在ANCA相关性肾小球肾炎（AAGN）病理过程中的关键调控作用	通过单细胞测序和体内外实验，阐明了CXCL12/CXCR4信号轴通过ELMO1/DOCK180/RAC1通路调控巨噬细胞胞葬作用，促进AAGN新月体形成和纤维化的分子机制	研究主要关注CXCL12/CXCR4信号轴，可能忽略了其他潜在的重要信号通路	探究ANCA相关性肾小球肾炎中单核细胞募集和巨噬细胞极化的调控机制	ANCA相关性肾小球肾炎患者样本和实验动物模型	分子病理学	ANCA相关性肾小球肾炎	单细胞测序、蛋白质相互作用分析	动物模型（EAV模型）	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明样本数量
43	2025-07-24	Cardiomyocyte OTUD1 drives diabetic cardiomyopathy via directly deubiquitinating AMPKα2 and inducing mitochondrial dysfunction 2025-Jul-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61901-z PMID:40683882	研究论文	本文研究了去泛素化酶OTUD1在糖尿病心肌病中的作用及其调控机制	首次发现OTUD1通过直接去泛素化AMPKα2并抑制其磷酸化，从而驱动糖尿病心肌病的发生	研究仅针对雄性小鼠，未涉及雌性动物模型	阐明OTUD1在糖尿病心肌病中的分子机制	糖尿病小鼠心肌细胞	分子生物学	糖尿病心肌病	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质互作数据	雄性糖尿病小鼠（1型和2型）
44	2025-07-24	Multi-cohort analysis identifies a blood-based immune transcriptomic signature for early lung cancer detection 2025-Jul-19, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-01043-z PMID:40684032	研究论文	通过多队列分析鉴定出一种基于血液的免疫转录组特征，用于肺癌的早期检测	发现了一个由6个基因组成的血液免疫基因特征，这些基因在肺癌患者中差异表达，并构建了一个肺癌评分系统	需要进一步临床验证以确认其在早期癌症检测和诊断中的实际应用效果	开发一种基于血液的早期肺癌检测方法	肺癌患者、健康对照及其他疾病患者的血液样本	数字病理学	肺癌	批量血液转录组测序、单细胞RNA测序	诊断分类器	转录组数据	发现阶段：432例肺癌、8154例健康对照和14187例其他疾病样本；验证阶段：371名前瞻性队列受试者（172例肺癌）和454名Framingham心脏研究受试者（42例肺癌）；单细胞RNA测序数据来自260个样本的1022063个细胞
45	2025-07-24	From preneoplastic lesion to heterogenous tumor: recent insights into hepatoblastoma biology and therapeutic opportunities 2025-Jul-19, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02405-8 PMID:40684183	综述	本文综述了肝母细胞瘤生物学的最新发现和治疗机会，包括肿瘤异质性、疾病进展和治疗反应的分子机制	利用单细胞RNA-seq、多组学、空间转录组学和功能基因组学筛查揭示了肝母细胞瘤的复杂性和肿瘤微环境的作用	未提及具体临床应用的限制或挑战	探讨肝母细胞瘤的生物学特性和潜在治疗靶点	肝母细胞瘤细胞、肿瘤相关细胞类型和遗传依赖性	肿瘤生物学	肝母细胞瘤	单细胞RNA-seq、多组学、空间转录组学、功能基因组学筛查	NA	基因组数据、转录组数据	未提及具体样本数量
46	2025-07-24	Spatial-scERA: a method for reconstructing spatial single-cell enhancer activity in multicellular organisms 2025-Jul-19, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf684 PMID:40694852	研究论文	提出了一种名为spatial-scERA的新方法，用于重建多细胞生物中空间单细胞增强子活性	结合了并行报告基因检测、单细胞RNA测序和最优传输的空间重建技术，能够在3D虚拟样本上以单细胞分辨率映射细胞类型特异性增强子活性	NA	准确预测复杂多细胞样本中增强子活性模式并将增强子与其潜在靶基因联系起来	多细胞生物中的候选增强子区域	生物信息学	NA	单细胞RNA测序、最优传输	NA	转录组数据、空间数据	25个候选增强子在果蝇胚胎中进行了评估
47	2025-07-24	GeneSurfer enables transcriptome-wide exploration and annotation of gene co-expression modules in 3D spatial transcriptomics data 2025-Jul-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112713 PMID:40678514	research paper	介绍GeneSurfer，一种用于探索3D空间转录组数据中基因共表达模式的交互式工具	GeneSurfer提供了转录组范围内的基因过滤和基于空间局部共表达的基因聚类功能，支持多切片3D渲染和实时基因本体注释	未明确提及具体局限性	开发工具以探索和分析大规模3D空间转录组数据中的局部基因共表达模式	空间转录组数据和单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	空间转录组学，单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自Allen Brain Cell Atlas的数据
48	2025-07-24	Bering: joint cell segmentation and annotation for spatial transcriptomics with transferred graph embeddings 2025-Jul-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60898-9 PMID:40681510	research paper	提出了一种名为Bering的图深度学习模型，用于在2D和3D空间转录组数据中进行联合噪声感知细胞分割和分子注释	利用转录共定位关系进行细胞分割和分子注释，通过转移学习和自蒸馏构建预训练模型，提高了在新数据中的分割准确性	当前方法仍依赖于细胞核或细胞体染色，可能导致转录组深度的显著损失和空间共定位模式学习能力的限制	提高空间转录组学中的细胞分割和注释准确性	2D和3D空间转录组数据	digital pathology	NA	空间转录组学	graph deep learning model	spatial transcriptomics data	NA
49	2025-07-24	The pro-cancer and immunosuppressive activity of macrophage-transformed cancer-associated fibroblasts in oral squamous cell carcinoma 2025-Jul-18, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.07.027 PMID:40684939	研究论文	本研究探讨了口腔鳞状细胞癌(OSCC)中巨噬细胞转化的癌症相关成纤维细胞(MMT)的促癌和免疫抑制功能	首次揭示了MMT在OSCC中的存在及其通过CXCL10途径促进肿瘤免疫抑制微环境的机制	研究主要基于小鼠模型，人类OSCC中的验证仍需进一步研究	阐明MMT的起源、功能特征及其在OSCC中的作用机制	口腔鳞状细胞癌(OSCC)中的巨噬细胞-肌成纤维细胞转化(MMT)细胞	肿瘤微环境研究	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫荧光、流式细胞术	小鼠皮下OSCC肿瘤模型	基因表达数据、病理切片图像、流式细胞数据	未明确说明具体样本数量，使用OSCC异种移植肿瘤和小鼠模型
50	2025-07-24	Machine learning assisted immune profiling of COPD identifies a unique emphysema subtype independent of GOLD stage 2025-Jul-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112966 PMID:40687815	研究论文	本研究利用机器学习辅助免疫分析，识别出一种独立于GOLD分期的独特肺气肿亚型	通过多层次的免疫炎症特征分析和机器学习算法，揭示了COPD患者中一种独特的免疫特征亚型，该亚型与肺气肿严重程度增加和气体交换参数降低相关	研究中未明确说明样本的具体数量或代表性	探索COPD的免疫炎症特征及其与疾病异质性的关系	慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者	机器学习	慢性阻塞性肺疾病	流式细胞术、细胞因子分析、单细胞转录组学、空间转录组学	机器学习算法	生物医学数据	NA
51	2025-07-24	Single cell immune profiling in ankylosing spondylitis reveals resistance of CD8+ T cells to immune exhaustion 2025-Jul-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112715 PMID:40687839	research paper	该研究通过单细胞免疫分析揭示了强直性脊柱炎中CD8+ T细胞对免疫耗竭的抵抗机制	发现了一种在强直性脊柱炎滑液中克隆扩增的CTL亚群，该亚群表达抑制性受体但保持效应功能，且下调了典型的耗竭标志物	研究样本仅限于强直性脊柱炎患者的滑液，未涉及其他组织或疾病对照	探究强直性脊柱炎中慢性炎症持续存在的免疫学机制	强直性脊柱炎患者的CD8+ T细胞	免疫学	强直性脊柱炎	质谱流式细胞术, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞基因表达数据, 蛋白质表达数据	强直性脊柱炎患者的滑液样本(具体数量未明确说明)
52	2025-07-24	Integrated single-cell and spatial transcriptomics uncover distinct cellular subtypes involved in neural invasion in pancreatic cancer 2025-Jul-17, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.06.020 PMID:40680743	研究论文	通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了胰腺癌神经侵袭中不同细胞亚型的作用	首次整合单细胞和空间转录组学技术，揭示了胰腺癌神经侵袭中独特的细胞亚型和空间组织模式	样本量相对较小（25名患者，62个样本），可能限制结果的普遍性	探索胰腺癌神经侵袭的细胞机制和微环境特征	胰腺导管腺癌（PDAC）患者的肿瘤组织	数字病理学	胰腺癌	sc/snRNA-seq（单细胞/单核RNA测序），空间转录组学	NA	RNA测序数据，空间转录数据	25名PDAC患者的62个样本
53	2025-07-24	The role and mechanisms of macrophages in chronic pain: A peripheral-to-central perspective 2025-Jul-17, Brain research bulletin IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.brainresbull.2025.111470 PMID:40683471	review	本文综述了巨噬细胞在慢性疼痛中的作用及其机制，从外周至中枢的视角进行分析	系统分析了巨噬细胞在外周伤害感受器、背根神经节和中枢神经系统中的不同功能，并提出了未来研究方向	巨噬细胞在许多解剖位置的具体功能角色尚未充分研究，缺乏系统比较	探讨巨噬细胞在慢性疼痛发生和维持中的作用机制	巨噬细胞及其在慢性疼痛中的作用	神经科学	慢性疼痛	单细胞转录组学	NA	NA	NA
54	2025-07-24	Molecular characterization and functional prioritization of CD46, IL6R, KLRC1, LEAP2 and SMOX as candidate targets in acute kidney injury 2025-Jul-17, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.146096 PMID:40683494	研究论文	本研究通过多组学整合框架鉴定并验证了急性肾损伤（AKI）的候选治疗靶点	利用遗传信息筛选和多组学整合方法，鉴定了五个具有生物学合理性和治疗潜力的候选靶点，并进行了体内外验证	研究仅针对五个候选靶点进行了验证，可能忽略了其他潜在的重要靶点	鉴定和验证急性肾损伤的潜在治疗靶点	CD46、IL6R、KLRC1、LEAP2和SMOX五个候选靶点	分子生物学	急性肾损伤	多组学整合分析、bulk和单细胞RNA测序、计算机药物重定位	NA	基因组数据、转录组数据	NA
55	2025-07-24	Gastric cancer adapts high lipid microenvironment via suppressing PPARG-FABP1 axis after arriving in the lymph node 2025-Jul-17, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2025.103759 PMID:40694956	研究论文	本研究探讨了胃癌细胞在淋巴结转移过程中通过抑制PPARG-FABP1轴适应高脂微环境的机制	揭示了胃癌细胞在淋巴结转移中通过代谢重编程适应高脂微环境的新机制，特别是PPARG-FABP1轴的抑制作用	研究主要基于体外实验和部分公共数据库分析，缺乏更多临床样本验证	探究胃癌细胞在淋巴结转移过程中的代谢适应机制，特别是脂质代谢重编程的作用	胃癌细胞及其在淋巴结转移过程中的代谢变化	癌症研究	胃癌	非靶向脂质组测序、肿瘤细胞流式分选、RNA测序、单细胞测序、透射电子显微镜、BODIPY 581/591染色、ChIP-qPCR	NA	测序数据、显微镜图像、染色数据	NA
56	2025-07-24	Cluster-independent multiscale marker identification in single-cell RNA-seq data using localized marker detector (LMD) 2025-Jul-16, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08485-y PMID:40670619	研究论文	介绍了一种名为LMD的新工具，用于在单细胞RNA-seq数据中识别局部基因，以多分辨率和细粒度的方式表征细胞多样性	LMD通过构建细胞-细胞亲和图并在细胞图上扩散基因表达值，基于扩散动力学为每个基因评分，从而识别局部基因	未提及具体限制	提高单细胞RNA-seq数据中细胞标记物的识别准确性，以更好地理解细胞多样性和功能	小鼠骨髓和毛囊真皮凝聚物数据集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	LMD	基因表达数据	十个单细胞RNA测序数据集
57	2025-07-24	Pan-Cancer Spatial Profiling Reveals Conserved Subtypes and Niches of Cancer-Associated Fibroblasts 2025-Jul-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-2181 PMID:40440095	research paper	该研究通过泛癌空间分析揭示了癌症相关成纤维细胞（CAF）的保守亚型和微环境	利用空间多组学数据首次定义了四种基于空间组织和细胞邻域的CAF亚型，为CAF分类提供了新框架	研究主要依赖于空间多组学数据，可能未完全涵盖所有肿瘤类型的CAF异质性	解析肿瘤微环境中CAF的空间异质性及其在治疗反应中的作用	多种癌症类型中的癌症相关成纤维细胞（CAF）	digital pathology	cancer	single-cell spatial multiomics	NA	spatial multiomic data	多种癌症类型的广泛单细胞空间多组学数据集
58	2025-07-24	Single-cell transcriptional profiling reveals PAX5-mediated naïve B cell differentiation defect in severe adenoid hypertrophy 2025-Jul-15, Experimental cell research IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.yexcr.2025.114675 PMID:40675241	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了严重腺样体肥大中PAX5介导的幼稚B细胞分化缺陷	首次在严重腺样体肥大中发现幼稚B细胞积累和PAX5过表达导致的B细胞分化阻滞	样本量相对较小，未进行功能验证实验	探究腺样体肥大的分子机制	儿科腺样体肥大患者的腺样体组织	单细胞转录组学	腺样体肥大	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	45,917个单细胞转录组(来自SHA和MHA患者)
59	2025-07-24	Cell-type-directed network-correcting combination therapy for Alzheimer's disease 2025-Jul-15, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.06.035 PMID:40695276	研究论文	本文介绍了一种基于细胞类型特异性、多靶点的药物发现策略，用于治疗阿尔茨海默病	提出了一种结合单细胞转录组学、药物扰动数据库和临床记录的细胞类型特异性多靶点药物发现策略，并验证了来曲唑和伊立替康组合疗法的效果	研究结果基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	开发针对阿尔茨海默病的细胞类型特异性组合疗法	阿尔茨海默病小鼠模型	精准医学	阿尔茨海默病	单细胞转录组学	NA	转录组数据、临床记录	NA
60	2025-07-24	Exploring the role of neutrophil extracellular traps in colorectal cancer: Insights from single-cell sequencing 2025-Jul-15, World journal of gastrointestinal oncology IF:2.5Q3 DOI:10.4251/wjgo.v17.i7.107589 PMID:40697221	research paper	探讨中性粒细胞胞外诱捕网（NETs）在结直肠癌（CRC）中的生物学功能和分子机制及其对疾病进展的影响，并分析单细胞测序技术（SCS）在该领域的应用	结合SCS技术，靶向NETs的关键调控节点，有望逆转免疫抑制微环境，为开发新型诊断生物标志物和靶向治疗策略提供理论基础	未来研究需进一步探索SCS技术与互补方法的整合，以研究NETs并开发针对NETs的特异性检测方法和治疗策略	研究NETs在CRC中的作用及其对疾病进展的影响，推动CRC精准医学的发展	结直肠癌（CRC）中的中性粒细胞胞外诱捕网（NETs）	digital pathology	colorectal cancer	single-cell sequencing (SCS)	NA	NA	NA