单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-06-08	Characterizing resistant cellular states in nasopharyngeal carcinoma during EBV lytic induction 2025-Jun, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03341-z PMID:40133476	研究论文	本研究利用单细胞转录组学分析了鼻咽癌细胞对EBV裂解诱导的多样化反应，揭示了SOX2和NTRK2高表达的非响应细胞状态	首次在单细胞水平上描述了鼻咽癌细胞对EBV裂解诱导的异质性反应，并鉴定了具有癌症干细胞特性的非响应细胞状态	研究仅使用了NPC43细胞系这一体外模型，未涉及临床样本或其他EBV相关癌症模型	探索鼻咽癌细胞对EBV裂解诱导治疗的异质性反应机制	EBV阳性的鼻咽癌细胞系NPC43	癌症研究	鼻咽癌	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	一个EBV阳性鼻咽癌细胞系(NPC43)
42	2025-06-08	sEV-mediated intercellular transformation from MGAT4AHigh to MGAT4ALow tumor cells via the HOTAIRM1/miR-196b-5p axis promotes apoptosis resistance in CTCL 2025-Jun, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03356-6 PMID:40155530	research paper	该研究探讨了sEVs中封装的ncRNAs在CTCL中通过HOTAIRM1/miR-196b-5p/MGAT4A轴促进凋亡抵抗的机制	发现HOTAIRM1/miR-196b-5p/MGAT4A轴在CTCL中的差异表达及其通过sEVs介导的细胞间转化机制	未明确提及研究的局限性	探究HOTAIRM1在CTCL中的表达及其下游ceRNA网络的作用	CTCL肿瘤细胞和良性CD4+ T细胞	肿瘤生物学	皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL)	全转录组测序和单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	NA	RNA测序数据	未明确提及样本数量
43	2025-06-08	Enhancer Extrachromosomal Circular DNA ANKRD28 Elicits Drug Resistance via POU2F2-Mediated Transcriptional Network in Multiple Myeloma 2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202415695 PMID:40167268	研究论文	本研究揭示了非编码区eccDNA ANKRD28通过POU2F2介导的转录网络在多发性骨髓瘤中引发药物抵抗的机制	首次发现非编码区eccDNA作为增强子在多发性骨髓瘤药物抵抗中的作用，并揭示了POU2F2介导的转录网络机制	研究主要基于体外和动物模型，临床样本量有限	探索多发性骨髓瘤药物抵抗的分子机制	多发性骨髓瘤患者血清样本和VRd耐药细胞系	表观遗传学	多发性骨髓瘤	H3K27ac ChIP-seq, scRNA-seq, scATAC-seq, CUT&Tag, CRISPR/Cas9	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	多发性骨髓瘤患者血清样本和VRd耐药细胞系
44	2025-06-08	Glycolysis-Derived Lactate Induces ACSL4 Expression and Lactylation to Activate Ferroptosis during Intervertebral Disc Degeneration 2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202416149 PMID:40171826	研究论文	本研究揭示了糖酵解衍生的乳酸通过诱导ACSL4表达和乳酰化激活铁死亡在椎间盘退变中的作用机制	首次发现乳酸通过促进Histon H3K18乳酰化转录ACSL4，并增加ACSL4在K412位点的乳酰化，从而激活铁死亡	研究主要基于动物实验，尚未在人体临床试验中验证	探究椎间盘退变过程中髓核细胞的代谢变化及乳酸的作用机制	髓核细胞(NPCs)	细胞生物学	椎间盘退变	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 腺相关病毒9(AAV9)基因沉默	NA	基因表达数据	NA
45	2025-06-08	Inhibiting the Histone Demethylase Kdm4a Restrains Cardiac Fibrosis After Myocardial Infarction by Promoting Autophagy in Premature Senescent Fibroblasts 2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202414830 PMID:40231733	research paper	研究探讨了组蛋白去甲基化酶Kdm4a在心肌梗死后心脏纤维化中的作用及其机制	首次揭示了Kdm4a通过调控Trim44表达促进自噬，进而影响心肌梗死后心脏纤维化的新机制	研究未涉及Kdm4a对心室破裂的影响	探究心肌梗死后心脏纤维化的调控机制	早衰成纤维细胞(PSFs)	心血管疾病	心肌梗死	scRNA-seq, ChIP-seq, ChIP-PCR	NA	基因表达数据	NA
46	2025-06-08	Exploring the Latent Information in Spatial Transcriptomics Data via Multi-View Graph Convolutional Network Based on Implicit Contrastive Learning 2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413545 PMID:40304359	研究论文	本文提出了一种名为STMIGCL的新框架，通过多视图图卷积网络和隐式对比学习来探索空间转录组数据中的潜在信息，以提高空间域识别的准确性	引入了多视图图卷积网络和隐式对比学习方法，结合注意力机制自适应整合不同视图，显著提升了空间域识别的精度	未明确提及具体局限性	提高空间转录组数据中空间域识别的准确性，增强对组织微环境和生物过程的理解	空间转录组数据	生物信息学	NA	多视图图卷积网络、隐式对比学习、注意力机制	GCN（图卷积网络）	空间转录组数据	未明确提及样本数量
47	2025-06-08	MRAS: Master Regulator Analysis of Alternative Splicing 2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202414493 PMID:40323145	研究论文	介绍了一种名为MRAS的计算方法，用于识别在剪接调控网络中起核心作用的关键剪接因子	提出MRAS方法，能够高效识别调控层次顶端的剪接因子，这些因子的异常表达会导致剪接紊乱并驱动表型变异性	未明确说明方法在特定肿瘤类型或数据规模下的局限性	研究剪接调控网络中的关键调控因子及其在疾病表型中的作用	剪接因子及其在肿瘤发生、发展、转移和治疗抵抗中的作用	生物信息学	肿瘤	单细胞RNA测序	计算模型	RNA-seq数据	NA
48	2025-06-08	Immune-epithelial-stromal networks define the cellular ecosystem of the small intestine in celiac disease 2025-Jun, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-025-02146-2 PMID:40328997	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和空间转录组学技术，揭示了乳糜泻（CD）中小肠免疫-上皮-基质网络的细胞生态系统	首次在CD中展示了上皮细胞向祖细胞状态的转变、干扰素驱动的转录反应，以及黏膜T细胞的数值和功能变化，并通过空间转录组学定义了传统组织学评分未捕获的转录生态位	样本量相对较小（35名参与者进行单细胞转录组学，20名进行空间转录组学），且研究结果可能受到活检样本来源的限制	阐明乳糜泻中小肠免疫-上皮-基质相互作用的细胞和分子机制	乳糜泻患者的肠道活检样本	单细胞转录组学	乳糜泻	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	转录组数据	35名参与者（单细胞转录组学），20名参与者（空间转录组学）
49	2025-06-08	A single-cell spatial chart of the airway wall reveals proinflammatory cellular ecosystems and their interactions in health and asthma 2025-Jun, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-025-02161-3 PMID:40399607	研究论文	应用单细胞空间转录组学揭示健康和哮喘状态下气道壁的细胞生态系统及其相互作用	首次通过单细胞空间转录组学技术揭示了气道壁在健康和哮喘状态下的空间细胞景观，发现了促炎细胞生态系统的存在及其独特的空间分布	研究样本可能不足以代表所有哮喘亚型，且未探讨长期治疗对这些细胞生态系统的影响	揭示气道壁在健康和哮喘状态下的细胞空间分布及其相互作用机制	健康和哮喘患者的气道壁组织	单细胞生物学	哮喘	单细胞空间转录组学	NA	空间转录组数据	健康和哮喘患者的气道壁组织样本（具体数量未提及）
50	2025-06-08	Efficacy and biomarker analysis of neoadjuvant disitamab vedotin (RC48-ADC) combined immunotherapy in patients with muscle-invasive bladder cancer: A multi-center real-world study 2025-Jun, iMeta IF:23.7Q1 DOI:10.1002/imt2.70033 PMID:40469503	研究论文	本研究评估了RC48-ADC联合免疫治疗在肌肉浸润性膀胱癌患者中的疗效，并通过单细胞RNA测序探索了潜在的预测生物标志物	首次在真实世界研究中评估RC48-ADC联合免疫治疗对MIBC患者的疗效，并通过单细胞RNA测序发现C3亚群中HER2和HSPA1A的联合检测可作为疗效预测策略	样本量相对有限，特别是单细胞RNA测序仅分析了11个样本	评估RC48-ADC联合免疫治疗的疗效并探索预测生物标志物	肌肉浸润性膀胱癌(MIBC)患者	肿瘤学	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	临床数据和单细胞RNA测序数据	102名患者(整体研究) + 11个样本(单细胞RNA测序)
51	2025-06-08	A multi-centered prospective birth cohort study in Western China 2025-Jun, iMeta IF:23.7Q1 DOI:10.1002/imt2.70049 PMID:40469506	研究论文	中国西部出生队列研究是一项多中心前瞻性出生队列研究，旨在填补中国西部母婴健康研究的关键空白	该研究整合了多种先进的组学测量技术，探索基因与环境的相互作用、健康的早期决定因素以及中国西部多样化人群的长期疾病风险	NA	研究中国西部母婴健康，探索基因与环境的相互作用及长期疾病风险	中国西部五个省份的15,093名孕妇及其生物样本	公共卫生	母婴健康	基因组学、蛋白质组学、外泌体分析、代谢组学、空间转录组学、单细胞RNA测序、培养组学、宏基因组学和病毒组学分析	NA	医疗记录、问卷和生物样本	15,093名孕妇，收集了超过220,000份医疗记录、80,000份问卷和12种不同类型的生物样本
52	2025-06-08	Peripheral blood immune landscape and NXPE3 as a novel biomarker for hypertensive intracerebral hemorrhage risk prediction and targeted therapy 2025-Jun, iMeta IF:23.7Q1 DOI:10.1002/imt2.70030 PMID:40469509	研究论文	通过RNA-seq和scRNA-seq技术分析脑出血患者的免疫失调，发现过度炎症反应、中性粒细胞激活和T细胞功能障碍是脑出血的主要特征，并利用机器学习框架构建高血压患者脑出血风险预测模型	发现NXPE3作为潜在治疗靶点，证实二氢麦角胺（DHE）与NXPE3有强结合亲和力，可降低自发性脑出血发生率并调节免疫炎症反应	NA	研究高血压相关脑出血的免疫失调机制及潜在治疗策略	脑出血患者	生物医学	脑出血	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 分子对接与模拟	多机器学习框架	RNA-seq数据	NA
53	2025-06-08	Comprehensive analysis of multi-omics single-cell data using the single-cell analyst 2025-Jun, iMeta IF:23.7Q1 DOI:10.1002/imt2.70038 PMID:40469516	research paper	介绍了一个用户友好的、基于网络的平台single-cell analyst，用于简化多组学单细胞数据的综合分析	提供了一个无需编程技能即可进行多组学分析的平台，支持多种单细胞组学数据类型，并自动化关键分析步骤	未提及具体的技术局限性或性能瓶颈	解决现有单细胞多组学分析工具复杂且需要编程技能的问题	单细胞多组学数据	生物信息学	NA	scRNA-sequencing, scATAC-seq sequencing, scImmune profiling, single-cell copy number variation, cytometry by time-of-flight, flow cytometry, spatial transcriptomics	NA	单细胞多组学数据	支持不同规模的数据集，分析时间从几分钟到几小时不等
54	2025-06-08	Inhaled PAMAM-based nano-formulation prolonged lung retention for alleviating pulmonary inflammation of COPD 2025-Jun, Materials today. Bio DOI:10.1016/j.mtbio.2025.101845 PMID:40469693	研究论文	本研究开发了一种基于PAMAM的纳米复合物G4-IAA，通过吸入给药延长药物在肺部的滞留时间，用于缓解COPD的肺部炎症	创新性地将IAA与G4 PAMAM树枝状聚合物通过主客体相互作用结合形成纳米复合物，显著提高了IAA的溶解度和生物利用度	研究仅在COPD小鼠模型中进行，尚未进行人体临床试验	开发一种新型纳米药物递送系统，用于治疗COPD的肺部炎症	COPD小鼠模型	纳米医学	慢性阻塞性肺疾病(COPD)	单细胞测序	NA	NA	NA
55	2025-06-08	Macrophage-derived IL-15 imprints peritoneal TRM-like CD8 T cells in cirrhosis and spontaneous bacterial peritonitis 2025-Jun, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2025.101381 PMID:40470117	research paper	该研究探讨了肝硬化患者腹膜CD8 T细胞是否表现出类似组织驻留记忆T细胞（TRM）的功能，并关注炎症事件如何影响其表型和功能	首次发现腹膜CD8 T细胞具有TRM样特性，并在腹膜炎症期间对巨噬细胞来源的IL-15产生反应	研究样本量有限（87例患者），且仅针对肝硬化患者，未涉及其他疾病状态	探究肝硬化患者腹膜CD8 T细胞的TRM样功能及其在腹膜炎症中的作用	肝硬化患者的腹膜CD8 T细胞	免疫学	肝硬化	质谱流式细胞术、流式细胞术、RT-qPCR、单细胞RNA测序、体外培养和细胞因子分析	NA	细胞、细胞因子和基因表达数据	87例肝硬化患者（其中30例发生自发性细菌性腹膜炎）
56	2025-06-08	Single-cell RNA-seq analysis reveals the multi-step process of cellular senescence 2025-Jun, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102042 PMID:40476058	研究论文	通过单细胞RNA-seq分析揭示细胞衰老的多步骤过程	整合单细胞轨迹和转录因子动态变化，解码复制性衰老过程中的阶段特异性分子特征	仅使用HUVECs细胞数据，可能无法完全代表其他细胞类型的衰老过程	阐明细胞衰老的机制，特别是从增殖状态到衰老状态的逐渐转变过程	人类脐静脉内皮细胞(HUVECs)的复制性衰老过程	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	Seurat, Monocle 3, SCENIC	单细胞基因表达数据	公开可用的HUVECs单细胞RNA-Seq数据
57	2025-06-08	Neurodegeneration Promotes Tumorigenesis in Colorectal Cancer: Insights From Single-Cell and Spatial Multiomics 2025-Jun, JCO precision oncology IF:5.3Q1 DOI:10.1200/PO-24-00744 PMID:40479626	研究论文	本研究通过单细胞和空间多组学分析，探讨了神经退行性变在结直肠癌（CRC）肿瘤发生中的作用	首次揭示了神经退行性变通过增强神经元-肿瘤相互作用和EGFR信号传导促进CRC进展的机制，并开发了基于深度学习的预后模型	神经退行性变与CRC进展的具体分子机制仍需进一步验证	探究神经退行性变在结直肠癌肿瘤发生中的作用及其机制	结直肠癌（CRC）患者样本	数字病理学	结直肠癌	单核RNA测序、单细胞RNA测序、空间转录组学（ST）、批量转录组学、多重免疫荧光	DeepSurv	RNA测序数据、空间转录组数据、免疫荧光图像	未明确提及具体样本数量，但涉及多种组学数据整合分析
58	2025-06-08	Single-cell RNA-seq reveals the immune profile changes in patients with diarrhoeal-irritable bowel syndrome 2025-May-31, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167945 PMID:40456298	research paper	通过单细胞RNA测序揭示了腹泻型肠易激综合征患者的免疫特征变化	识别了T淋巴细胞中的新标记物，揭示了HIF-1α、NF-kappa B和IL-17信号通路的失调，并发现FOS信号通路作为潜在治疗靶点	样本量较小，仅包括4名患者和4名健康对照	研究T淋巴细胞在腹泻型肠易激综合征中的作用机制	腹泻型肠易激综合征患者和健康对照的血液样本，以及IBS-D大鼠模型的血清和结肠组织样本	生物信息学	肠易激综合征	单细胞RNA测序(scRNA-seq), ELISA, 三参数荧光分析	NA	RNA测序数据, 血清和组织样本数据	4名IBS-D患者和4名健康对照的血液样本，以及IBS-D大鼠模型的血清和结肠组织样本
59	2025-06-08	Selective GSK3α Inhibition Promotes Self-Renewal Across Different Stem Cell States 2025-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.16.653860 PMID:40463072	研究论文	本文研究了选择性抑制GSK3α如何通过BRD0705促进不同类型干细胞（如小鼠胚胎干细胞、外胚层干细胞和神经干细胞）的长期自我更新，而不依赖于β-catenin信号通路	发现选择性抑制GSK3α（而非泛GSK3α/β抑制）能独立于β-catenin信号通路促进多种干细胞的自我更新，并开发了一种BRD0705/IWR1组合培养系统，可稳定共培养不同状态的干细胞	研究主要基于小鼠干细胞模型，尚未在人类干细胞中验证其适用性	探究选择性GSK3α抑制在调控多种干细胞自我更新中的作用机制	小鼠胚胎干细胞（ESCs）、外胚层干细胞（EpiSCs）和神经干细胞（NSCs）	干细胞生物学	NA	单细胞转录组学、表观基因组分析、功能实验	NA	转录组数据、表观遗传数据	多种小鼠干细胞系（具体数量未明确说明）
60	2025-06-08	Trajectories of macrophage ontogeny and reprogramming in cancer 2025-May-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112498 PMID:40475851	research paper	该研究探讨了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的发育轨迹和重编程在癌症中的作用，特别是在免疫治疗抵抗中的机制	通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析揭示了干扰素-γ（IFNγ）依赖的肿瘤微环境免疫刺激编程，并发现D小鼠中巨噬细胞的发育轨迹被干扰，阻止了免疫抑制和M2样TAM的发展	研究主要基于小鼠模型和有限的癌症患者样本，人类癌症中的结果需要进一步验证	研究肿瘤相关巨噬细胞的发育轨迹及其在免疫治疗中的作用	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	肿瘤免疫学	肺癌	scRNA-seq, 伪时间分析	NA	RNA测序数据	小鼠模型和癌症患者样本