单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-09-07	Regional Transcriptomic Architecture of Glioblastoma Reveals NUCB2 as a Key Orchestrator of Tumour Aggression and Immune Dysfunction 2025-Sep, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70814 PMID:40913484	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序分析揭示了胶质母细胞瘤中NUCB2基因在协调肿瘤增殖和免疫功能障碍中的关键作用	首次发现NUCB2作为多面性调控因子，同时调控肿瘤细胞增殖和免疫抑制功能，并揭示了其在肿瘤中心区域的特异性表达模式	研究基于公共数据集，需要进一步实验验证NUCB2的具体作用机制	阐明胶质母细胞瘤空间分子程序驱动肿瘤进展的机制	胶质母细胞瘤中心和外周区域的细胞群体	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	两个公共数据集中的多样化细胞群体
42	2025-09-07	stImage: a versatile framework for optimizing spatial transcriptomic analysis through customizable deep histology and location informed integration 2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf429 PMID:40905789	研究论文	介绍stImage开源R包，通过深度学习和54种整合策略优化空间转录组分析	首个统一整合基因表达、组织学特征和精确空间坐标的框架，提供多种可定制整合策略	NA	优化空间转录组数据分析，提升组织生物学见解	空间转录组数据（基因表达、组织图像和空间信息）	生物信息学	NA	空间转录组学（ST）、深度学习	深度学习（具体架构未指定）	基因表达数据、组织图像、空间坐标数据	多个数据集（具体样本数量未说明）
43	2025-09-07	Comprehensive in silico analyses of keratin heterodimerisation 2025-Aug-29, European journal of cell biology IF:4.5Q2 DOI:10.1016/j.ejcb.2025.151513 PMID:40912191	研究论文	本研究通过整合多种计算方法系统研究角蛋白异源二聚化机制	开发结合AlphaFold Multimer建模、界面质量评估和能量计算的高通量计算流程，首次系统揭示角蛋白异源二聚化结构原则	计算方法仍需实验数据进一步验证，部分二聚化机制尚未完全阐明	探究角蛋白异源二聚化的特异性配对偏好和分子基础	角蛋白异源二聚体及波形蛋白同源二聚体	计算生物学	NA	AlphaFold Multimer建模、VoroIF-GNN界面评估、相互作用能计算、空间转录组学分析	神经网络（GNN）	蛋白质结构数据、转录组数据	多种角蛋白对及波形蛋白参考体系
44	2025-09-07	Steatohepatitis alters lymphocytes cytotoxicity and localization, accelerating colorectal liver metastases 2025-Aug-28, Neoplasia (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.neo.2025.101222 PMID:40882404	研究论文	本研究探讨代谢相关脂肪肝病（MAFLD）通过改变肝脏免疫细胞毒性和定位促进结直肠癌肝转移的机制	首次揭示西方饮食诱导的MASH通过IL-10和TGF-β1上调抑制CD8+ T细胞和NK细胞的细胞毒性功能，并发现免疫细胞在转移灶中的共定位差异影响其功能	研究基于小鼠模型，结果需在人类中进一步验证；饮食干预的长期效应尚未完全阐明	阐明MAFLD代谢应激下肝脏免疫细胞变化及其对结直肠癌肝转移早期阶段的影响	小鼠模型（MC38癌细胞注射诱导的CRLM模型）和肝脏免疫细胞	免疫肿瘤学	结直肠癌肝转移	scRNA-seq, RT-PCR, 免疫组织化学	NA	基因表达数据、组织图像数据	饮食诱导的MAFLD/MASH小鼠模型（具体数量未明确说明）
45	2025-09-07	Hair follicle epithelial stem cells contribute to interfollicular epidermis during homeostasis 2025-Aug-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.193496 PMID:40627455	研究论文	本研究揭示毛囊KROX20标记的干细胞群体在稳态下对表皮更新的贡献	首次发现毛囊Krox20谱系细胞迁移至表皮并参与其稳态维持	研究仅基于小鼠模型，人类中的适用性尚需验证	探究表皮稳态维持的细胞来源机制	小鼠毛囊和表皮细胞	细胞生物学	NA	谱系追踪、空间转录组学	NA	基因表达数据、显微图像	多种报告基因小鼠品系
46	2025-09-07	Bridging the gap of late-gestation nephrogenesis using a non-human primate model 2025-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.18.670897 PMID:40894529	研究论文	利用非人灵长类模型研究晚期妊娠肾发生的分子机制	首次在恒河猴中发现妊娠晚期特有的分化肾单位祖细胞谱系，并揭示WNT和SEMA信号通路成分的组成性转变	样本量有限（n=9），且依赖公共数据库进行跨物种比较	探究灵长类晚期妊娠肾单位形成的分子基础	恒河猴和人类胎儿肾脏组织	发育生物学	肾脏疾病	scRNA-Seq, RNAScope™, 生物信息学分析	NA	单细胞转录组数据	9个恒河猴胎儿肾脏样本+8个人类公共数据集样本
47	2025-09-07	An engineered glioblastoma model yields macrophage-secreted drivers of invasion 2025-Aug-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.181903 PMID:40857405	研究论文	本研究利用工程化3D水凝胶脑肿瘤微环境模型，揭示M2极化巨噬细胞通过分泌蛋白驱动胶质母细胞瘤干细胞向侵袭性间充质亚型转化	首次结合工程化TME模型与多组学分析，鉴定出TAM分泌的TGFBI等可靶向促侵袭因子	模型系统虽能模拟TME但可能无法完全复现体内复杂性	探究肿瘤相关巨噬细胞（TAM）在胶质母细胞瘤侵袭中的作用机制	胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）和M2极化巨噬细胞	肿瘤微环境研究	胶质母细胞瘤	3D水凝胶模型、蛋白质组学、单细胞转录组学	工程化3D微环境模型	蛋白质组数据、单细胞转录组数据	基于胶质母细胞瘤患者单细胞数据的分析（具体样本数未明确说明）
48	2025-09-07	Single-cell spatial transcriptomics unravels the cellular landscape of abdominal aortic aneurysm 2025-Aug-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.190534 PMID:40857411	研究论文	本研究利用单细胞空间转录组技术解析腹主动脉瘤的细胞空间异质性，揭示GPNMB高表达巨噬细胞通过诱导平滑肌细胞表型转换促进疾病发展	首次应用超高分辨率空间转录组技术Seq-Scope揭示AAA中细胞类型的空间分布特征及细胞间相互作用	研究基于小鼠模型，人类AAA中的适用性需进一步验证	解析腹主动脉瘤的细胞空间组成和分子机制	Apoe-/-小鼠的血管组织	空间转录组学	心血管疾病	Seq-Scope空间转录组技术、scRNA-seq、免疫荧光染色	NA	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据、图像数据	NA
49	2025-09-07	Nitrogen-Driven Orchestration of Lateral Root Development: Molecular Mechanisms and Systemic Integration 2025-Aug-21, Biology DOI:10.3390/biology14081099 PMID:40906392	综述	本文综述了氮素调控植物侧根发育的分子机制与系统整合途径	整合了单细胞转录组学和先进成像技术揭示的细胞异质性，强调碳氮平衡、翻译后修饰和表观遗传调控等新兴领域	NA	解析氮素感知信号传导与侧根发育的调控网络，以提高作物氮素利用效率	植物侧根发育过程（起始、原基形成、出现和伸长）	植物分子生物学	NA	单细胞转录组学、先进成像技术	NA	分子生物学数据、成像数据	NA
50	2025-09-07	Cytoplasmic dynamics are overlooked in single nuclei RNA-seq but can be rescued by CytoRescue, a generative AI model to recover cytoplasm enriched gene 2025-Aug-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.15.670239 PMID:40894560	研究论文	提出一种名为CytoRescue的生成式AI模型，用于从单核RNA测序数据中恢复细胞质富集基因的表达信号	首次开发生成式AI模型解决snRNA-seq中细胞质信号缺失问题，采用raw-in-raw-out设计便于现有流程集成	模型性能依赖于训练数据的质量和代表性，在特定细胞类型或条件下的泛化能力需进一步验证	提升单核RNA测序技术对细胞质转录本的检测能力，实现更全面的转录组分析	单核RNA测序数据，特别是细胞质富集基因的表达信号	生物信息学	肺癌	单核RNA测序(snRNA-seq)	生成式AI模型	基因表达数据	NA
51	2025-09-07	Macrophages drive a fibrogenic gene program of periductal fibroblasts in pediatric primary sclerosing cholangitis 2025-Aug-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.14.670195 PMID:40894696	研究论文	本研究通过多组学方法揭示巨噬细胞通过驱动肝星状细胞的纤维化基因程序促进儿童原发性硬化性胆管炎的胆管周围纤维化	首次整合空间转录组、批量RNA测序和蛋白质组学技术，系统性解析胆管周围纤维化区域的细胞互作网络，并识别出17个巨噬细胞纤维化驱动基因和6个肝星状细胞效应基因	研究主要聚焦儿科患者群体，成年患者中的普适性仍需验证；空间互作机制的因果性需进一步功能实验证实	阐明原发性硬化性胆管炎胆管周围纤维化的细胞互作机制	儿童原发性硬化性胆管炎患者的肝组织样本和血浆样本	空间多组学	自身免疫性肝病	MERSCOPE空间转录组、bulk RNA-seq、SomaScan蛋白质组学、MR弹性成像	NA	空间转录组数据、RNA测序数据、蛋白质组数据、影像数据	包含不同纤维化阶段的PSC患者、自身免疫性肝炎患者及肝硬度异常患者的组织与血浆样本
52	2025-09-07	Spatial and multi-omic profiling reveals genes and pathways associated with cytotoxic lymphocyte infiltration in malignant rhabdoid tumor 2025-Aug-19, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-7303174/v1 PMID:40894019	研究论文	本研究利用空间转录组学和多组学分析揭示恶性横纹肌样瘤中细胞毒性淋巴细胞浸润的相关基因和通路	首次结合空间转录组学与多组学分析MRT免疫细胞浸润，发现骨骼肌发育因子上调与CD8+T细胞浸润相关，并识别肿瘤相关巨噬细胞特异性基因	样本量有限且为观察性研究，需进一步验证机制	探究恶性横纹肌样瘤免疫细胞浸润的分子机制	恶性横纹肌样瘤（MRT）样本	数字病理学	儿科癌症	空间转录组学，多组学分析	NA	转录组数据，空间表达数据	未明确样本数量的MRT肿瘤样本
53	2025-09-07	Human single-cell atlas analysis reveals heterogeneous endothelial signaling 2025-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.15.670370 PMID:40894541	研究论文	通过整合15种人体组织的单细胞RNA测序数据，系统分析内皮细胞异质性及其在组织微环境中的信号交互模式	首次在血管类型和组织微环境双重背景下系统研究内皮细胞异质性，并开发计算流程解析代谢物/蛋白质介导的细胞通讯模式	研究仅基于已有单细胞数据集，未进行实验验证；组织样本类型和数量仍有限	探究人体不同组织中内皮细胞的异质性及其微环境调控机制	人体15种组织中的内皮细胞及其他组织驻留细胞	单细胞基因组学	NA	scRNA-seq, topic modeling	计算分析流程	单细胞转录组数据	超过300万个单细胞，涵盖15种人体组织
54	2025-09-07	Systematic characterization of cell type-specific master metabolic regulators in Alzheimer's disease 2025-Aug-18, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-7207381/v1 PMID:40894034	研究论文	本研究开发了scFUMES算法，系统识别阿尔茨海默病中细胞类型特异性代谢主调控因子	开发了整合多组学数据的scFUMES算法，首次在单细胞水平揭示AD中神经元和小胶质细胞的代谢调控网络差异	NA	识别阿尔茨海默病中脑细胞类型特异性代谢主调控因子	人类大脑组织（中颞回和背外侧前额叶皮层）	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、相互作用组学、基因组学、转录组学、代谢组学	scFUMES算法	多组学数据	来自大型人脑生物样本库的样本
55	2025-09-07	Senolytic treatment with fisetin reverses age-related endothelial dysfunction partially mediated by SASP factor CXCL12 2025-Aug-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.13.670216 PMID:40894771	研究论文	本研究探讨衰老内皮细胞中SASP因子（特别是CXCL12）在年龄相关内皮功能障碍中的作用，并验证fisetin作为senolytic治疗的干预效果	首次通过单细胞转录组学揭示CXCL12是衰老内皮细胞的关键SASP因子，并证明fisetin可通过靶向CXCL12逆转年龄相关的内皮功能障碍	研究主要基于小鼠模型，人类内皮细胞的验证实验相对有限，且fisetin的具体分子机制仍需进一步阐明	识别内皮细胞衰老相关信号通路、SASP因子及其在衰老过程中对内皮功能的影响	年轻（6个月）和年老（27个月）小鼠的主动脉组织、分离的小鼠动脉以及培养的人内皮细胞	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞转录组学、血浆暴露实验、蛋白质添加与抑制实验	NA	转录组数据、蛋白质浓度数据	年轻和年老小鼠的主动脉组织（具体数量未明确说明），采用间歇给药模式的fisetin处理（100 mg/kg/天）
56	2025-09-07	Spatial transcriptomics reveals distinct cell type dynamics following opioid dependence in mice with the common human variant in the μ-opioid receptor, Oprm1 A118G 2025-Aug-18, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-7199524/v1 PMID:40894067	研究论文	利用空间转录组学技术研究携带人类μ-阿片受体常见变异A118G的小鼠在阿片依赖后的细胞类型动态变化	首次结合空间转录组学揭示A118G变异通过胶质细胞（而非神经元）适应介导阿片依赖风险的新机制	NA	探究OPRM1基因A118G变异影响阿片依赖风险的分子机制	携带人类OPRM1 A118G变异的小鼠模型	空间转录组学	阿片使用障碍	空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
57	2025-09-07	The expression of PD-1 ligands in the immune microenvironment was altered in TTF-1-negative lung adenocarcinoma 2025-Aug-18, Human cell IF:3.4Q3 DOI:10.1007/s13577-025-01275-y PMID:40824335	研究论文	本研究探讨TTF-1阴性肺腺癌中肿瘤免疫微环境的特征，特别是PD-L1和PD-L2在肿瘤相关巨噬细胞中的表达变化	首次揭示TTF-1阴性肺腺癌中PD-1配体在肿瘤相关巨噬细胞（而非癌细胞）中的表达下调，并发现其与免疫抑制微环境的相关性	PDCD1LG2（PD-L2）表达模式不一致，单细胞RNA测序数据需要进一步验证	研究TTF-1表达对肺腺癌免疫微环境的影响	肺腺癌组织和肿瘤免疫微环境成分	肿瘤免疫学	肺癌	免疫组织化学（IHC）、单细胞RNA测序、转录组分析	NA	组织样本、基因表达数据	226例肺腺癌标本，另使用癌症基因组图谱（TCGA）LUAD队列数据
58	2025-09-07	TET2-mutant myeloid cells mitigate Alzheimer's disease progression via CNS infiltration and enhanced phagocytosis in mice 2025-Aug-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.06.006 PMID:40609533	研究论文	研究发现TET2突变的克隆性造血可降低阿尔茨海默病风险，并通过小鼠模型揭示其通过外周髓系细胞浸润发挥保护作用的机制	首次发现TET2特异性突变（而非其他CH驱动因子）与AD风险降低47%相关，并证实突变髓系细胞通过增强吞噬和炎症反应渗透中枢神经系统	研究主要基于小鼠模型和UK Biobank数据，人类直接证据仍需进一步验证	探究克隆性造血与阿尔茨海默病的相互作用机制	小鼠AD模型、UK Biobank人群数据、人iPSC来源的小胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、iPSC技术、骨髓移植	NA	基因组数据、转录组数据、行为学数据	UK Biobank队列数据、小鼠模型实验
59	2025-09-07	The urokinase receptor/uPAR is a major effector of p53 gain-of-function mutations in gemcitabine-treated pancreatic ductal adenocarcinoma 2025-Aug-07, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110561 PMID:40759369	研究论文	研究p53功能获得性突变通过上调uPAR表达促进胰腺导管腺癌化疗耐药和侵袭转移的机制	首次揭示TP53功能获得性突变通过持续上调PLAUR/uPAR表达介导吉西他滨化疗后胰腺癌细胞的侵袭性表型	机制研究主要基于细胞系模型，临床样本验证仍需扩展	阐明胰腺导管腺癌化疗耐药和侵袭转移的分子机制	胰腺导管腺癌细胞系（PANC1、MIA PaCa-2）和人类PDAC单细胞测序数据	肿瘤生物学	胰腺癌	scRNA-Seq、基因沉默、TCGA数据挖掘	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	两种PDAC细胞系和TCGA数据库中的PDAC样本
60	2025-09-07	Novel Insights into T-Cell Exhaustion and Cancer Biomarkers in PDAC Using ScRNA-Seq 2025-Aug-07, Biology DOI:10.3390/biology14081015 PMID:40906153	研究论文	利用单细胞RNA测序技术分析PDAC中T细胞耗竭和癌症生物标志物，鉴定出16个新型标志物	首次通过scRNA-seq在PDAC中系统鉴定T细胞和癌细胞的16个新型生物标志物，并揭示其与T细胞耗竭的关联	需要进一步的临床研究验证这些新型标志物作为PDAC潜在治疗靶点的价值	探究胰腺导管腺癌(PDAC)的肿瘤免疫微环境特征，特别是T细胞耗竭机制	人类PDAC肿瘤组织及癌旁正常组织中的细胞	生物信息学	胰腺癌	scRNA-seq, PPI分析, Reactome通路分析	NA	单细胞RNA测序数据	公开的人类PDAC数据集（原发肿瘤和癌旁正常组织细胞）