单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-07-05	Endothelial cells expressing CPE and vWF are involved in the Immunopathogenesis of primary biliary cholangitis 2025-Jul-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-07311-z PMID:40596471	研究论文	本研究探讨了表达CPE和vWF的内皮细胞在原发性胆汁性胆管炎（PBC）免疫发病机制中的作用	发现了一种新定义的CPE vWF内皮细胞亚群，并揭示了其通过APP-CD74轴与胆管细胞相互作用，以及MIF和CD74在PBC中的促炎作用	研究中存在一种未明确的内皮细胞类型，其作用机制尚未完全阐明	探究肝窦内皮细胞（LSECs）在PBC发病机制中的潜在作用	原发性胆汁性胆管炎患者的内皮细胞和胆管细胞	数字病理学	原发性胆汁性胆管炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	PBC患者与对照组（CTR）的比较
42	2025-07-05	Automated integration of multi-slice spatial transcriptomics data in 2D and 3D using VR-Omics 2025-Jul-02, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03630-6 PMID:40598307	研究论文	开发了一个名为VR-Omics的平台无关软件，用于自动化处理和集成多切片空间转录组数据	VR-Omics提供了首个全面且直观的解决方案，用于自动化集成和分析2D和3D多切片数据	未提及具体的技术或应用限制	解决空间转录组学领域缺乏自动化多切片数据集成和分析工具的问题	多切片空间转录组数据	数字病理学	小儿心脏横纹肌瘤	空间转录组学	NA	空间转录组数据	未提及具体样本数量
43	2025-07-05	Gasdermin D aggravates a mouse model of radiation-induced liver disease by promoting chemokine secretion and neutrophil recruitment 2025-Jul-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61397-7 PMID:40603284	研究论文	本研究揭示了GSDMD在辐射诱导的肝病（RILD）中的关键作用，通过促进趋化因子分泌和中性粒细胞招募加剧疾病	首次发现GSDMD在RILD中的上调及其与疾病严重性的正相关性，并阐明其通过STAT5A-CXCL1轴招募中性粒细胞的分子机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	阐明辐射诱导肝病（RILD）的发病机制并探索潜在治疗靶点	小鼠模型和肝细胞	分子病理学	肝病	scRNA-seq、免疫荧光、荧光激活细胞分选	Gsdmd基因敲除小鼠模型	基因表达数据、细胞图像数据	未明确说明具体样本量（小鼠模型和细胞模型）
44	2025-07-05	AKR1C3 enhances radioresistance in esophageal adenocarcinoma via inhibiting ferroptosis through suppressing TRIM21-mediated ubiquitination of HSPA5 2025-Jul-02, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07773-z PMID:40603306	研究论文	本研究揭示了AKR1C3通过抑制铁死亡增强食管腺癌放射抵抗性的机制	首次发现AKR1C3通过抑制TRIM21介导的HSPA5泛素化来稳定GPX4，从而抑制铁死亡并增强放射抵抗性	研究主要基于体外模型和患者来源的类器官，需要进一步的体内实验验证	探索食管腺癌放射抵抗性的分子机制并寻找潜在治疗靶点	食管腺癌细胞和患者来源的类器官	癌症生物学	食管癌	RNA-seq, scRNA-seq, TCGA数据分析, C11-Bodipy染色, 透射电子显微镜	NA	基因表达数据, 显微镜图像数据	未明确说明具体样本数量，包括建立的放射抵抗性EAC体外模型和患者来源的类器官
45	2025-07-05	scICE: enhancing clustering reliability and efficiency of scRNA-seq data with multi-cluster label consistency evaluation 2025-Jul-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60702-8 PMID:40603842	研究论文	本文开发了一种名为scICE的工具，用于评估单细胞RNA测序数据的聚类一致性，并提供一致的聚类结果	scICE在速度上比传统共识聚类方法提高了30倍，并能有效识别所有一致的聚类结果	未明确提及具体局限性	提高单细胞RNA测序数据聚类的可靠性和效率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	48个真实和模拟的scRNA-seq数据集，部分超过10,000个细胞
46	2025-07-05	Machine learning-based integration identifies plasma cells-related gene signature ST6GAL1 in idiopathic pulmonary fibrosis 2025-Jul-02, BMC pulmonary medicine IF:2.6Q2 DOI:10.1186/s12890-025-03696-9 PMID:40604645	研究论文	本研究通过机器学习方法整合分析，识别出与特发性肺纤维化（IPF）预后相关的浆细胞相关基因特征ST6GAL1	开发了一种基于机器学习的整合程序，构建了浆细胞相关基因特征（PCRGS），并识别出核心基因ST6GAL1作为潜在治疗靶点	研究结果需要在更大样本量中进一步验证，且ST6GAL1作为治疗靶点的有效性需要更多实验支持	系统探索与IPF患者预后相关的浆细胞相关基因	特发性肺纤维化（IPF）患者	机器学习	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、批量RNA测序、微阵列数据	机器学习整合方法	RNA测序数据、微阵列数据	未明确说明样本数量，但使用了公开的批量RNA测序和微阵列数据
47	2025-07-05	Association between periodontitis and blood lipid levels: a cross-sectional study 2025-Jul-02, BMC oral health IF:2.6Q1 DOI:10.1186/s12903-025-06341-3 PMID:40604728	研究论文	本研究探讨了血脂水平与牙周炎之间的相关性，并探索了血脂异常与牙周病之间的细胞和分子机制	首次通过单细胞RNA测序(scRNA-seq)分析揭示了免疫细胞（特别是肥大细胞）在牙周炎中的脂质代谢增强及其通过炎症信号通路与成纤维细胞的相互作用	研究为横断面设计，无法确定因果关系	研究血脂水平与牙周炎的相关性及其潜在机制	2009-2014年美国国家健康与营养调查(NHANES)中具有完整血清血脂水平和牙周检查数据的参与者	医学研究	牙周炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 细胞代谢通路分析, CellChat	逻辑回归分析	临床数据, 单细胞转录组数据	5,342名参与者
48	2025-07-05	An orally bioavailable BRD4 inhibitor disrupts expansion of a pathogenic epithelial-mesenchymal niche in bleomycin-induced fibrosis 2025-Jul-02, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03306-6 PMID:40604997	研究论文	研究口服生物可利用的BRD4抑制剂在博来霉素诱导的肺纤维化中如何破坏致病性上皮-间充质生态位的扩展	设计并合成了一种高效、选择性且口服生物可利用的BRD4抑制剂（ZL0969），并证明其在减少肌成纤维细胞形成和致病性肺泡祖细胞群方面的作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探讨BRD4信号在博来霉素诱导的肺损伤中祖细胞扩展中的作用	小鼠模型中的肺泡祖细胞和肌成纤维细胞	病理学	肺纤维化	scRNA-seq	小鼠模型	基因表达数据	C57BL6小鼠
49	2025-07-05	Investigating the potential role of EIF2S2 in OSCC progression through comprehensive bioinformatics analysis and experimental validation 2025-Jul-02, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-025-02830-x PMID:40605071	研究论文	通过综合生物信息学分析和实验验证，研究EIF2S2在口腔鳞状细胞癌（OSCC）进展中的潜在作用	揭示了EIF2S2在OSCC中的表达模式及其与免疫微环境、突变负荷、药物敏感性和预后的关联	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分可能不足	探索EIF2S2在OSCC中的表达模式及其与肿瘤进展和免疫逃逸的关联	口腔鳞状细胞癌（OSCC）组织和相关免疫微环境	生物信息学	口腔鳞状细胞癌	scRNA-seq, 免疫评分, 药物敏感性评估, 分子对接	NA	基因表达数据, 单细胞RNA测序数据	NA
50	2025-07-05	Ex vivo model of functioning human lymph node reveals role for innate lymphocytes and stroma in response to vaccine adjuvant 2025-Jul-02, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115938 PMID:40608517	研究论文	本文描述了一种精确切割的人类淋巴结切片模型，用于研究疫苗佐剂在淋巴组织中的免疫激活过程	开发了一种保留结构完整性的全器官横截面模型系统，结合单细胞转录组学和多路成像技术，揭示了疫苗佐剂激活免疫反应的机制	模型可能无法完全模拟体内复杂环境，且仅研究了早期炎症反应	阐明人类对疫苗佐剂等治疗成分的免疫反应机制	人类淋巴结组织	免疫学	NA	单细胞转录组学、多路成像	精确切割的人类淋巴结切片模型	转录组数据、图像数据	NA
51	2025-07-05	A novel subset of inflammation-related liver NK cells modulates immune responses in a murine model of primary biliary cholangitis 2025-Jul-02, Journal of autoimmunity IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.jaut.2025.103454 PMID:40609234	研究论文	本文发现了一种新型炎症相关自然杀伤细胞（irNK细胞）亚群，其在原发性胆汁性胆管炎（PBC）小鼠模型和患者肝脏中积累，并揭示了其在免疫调节中的关键作用	鉴定了一种新型CD49aCXCR6标记的炎症相关自然杀伤细胞（irNK细胞）亚群，并阐明了其从常规NK细胞（cNK细胞）分化、组织驻留特性及其通过TNF-α促进CD4 T细胞增殖的机制	研究主要基于小鼠模型，人类PBC患者中的验证数据有限	探究PBC发病机制中免疫失调的关键细胞亚群及其作用机制	原发性胆汁性胆管炎（PBC）小鼠模型（ARE-Del小鼠）和PBC患者的肝脏免疫细胞	免疫学	原发性胆汁性胆管炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序	NA	基因表达数据	PBC小鼠模型和患者样本（具体数量未明确说明）
52	2025-07-05	Calpain-2-Mediated Endothelial Focal Adhesion Disruption in Thoracic Aortic Dissection 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202501112 PMID:40171827	研究论文	本文探讨了Calpain-2在胸主动脉夹层（TAD）中通过调节内皮细胞粘附蛋白导致内皮屏障功能障碍的机制	首次揭示了Calpain-2通过调节内皮细胞粘附蛋白（如Integrin alpha-V、vinculin和talin-1）在TAD早期病理过程中的关键作用，并验证了calpain抑制剂在预防TAD中的潜在治疗价值	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证calpain抑制剂的治疗效果	阐明胸主动脉夹层（TAD）早期发病的分子机制并探索潜在治疗靶点	胸主动脉夹层患者样本和小鼠模型	心血管疾病研究	胸主动脉夹层	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	患者单细胞RNA测序数据及BAPN诱导的小鼠TAD模型
53	2025-07-05	Diminished SUV3 expression and its functional implications in the IFN-enriched monocyte subset of childhood Sjögren's disease 2025-Jul-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keaf193 PMID:40268748	研究论文	本研究探讨了儿童干燥综合征(cSjD)中干扰素富集的单核细胞亚群中SUV3表达减少的分子和功能影响	揭示了SUV3通过线粒体双链RNA介导的PKR激活导致先天免疫功能缺陷的新机制	研究主要基于体外实验，需要更多体内研究验证	阐明SUV3表达减少在cSjD发病机制中的作用	儿童干燥综合征患者的干扰素富集CD14+单核细胞	分子免疫学	干燥综合征	单细胞RNA测序, fCLIP-qPCR, TEM, J2抗dsRNA抗体检测	基因敲低模型	RNA测序数据, 显微镜图像	cSjD患者单核细胞样本(具体数量未明确说明)
54	2025-07-05	Harnessing agent-based frameworks in CellAgentChat to unravel cell-cell interactions from single-cell and spatial transcriptomics 2025-Jul-01, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279771.124 PMID:40316422	研究论文	介绍了一种基于代理的模型CellAgentChat，用于从单细胞RNA测序和空间转录组数据中解析细胞间相互作用	采用基于代理的模型（ABM）模拟细胞间相互作用，能够捕捉个体细胞行为的细微差别，并提供动态可视化和灵活的代理行为规则修改功能	未提及具体的样本数量限制或模型在特定条件下的性能局限	深入理解细胞间相互作用，为基于细胞通讯的疗法提供计算机模拟研究支持	单细胞RNA测序和空间转录组数据中的细胞间相互作用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学	ABM (基于代理的模型)	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	在八个不同的单细胞数据集上验证
55	2025-07-05	scCompass: An Integrated Multi-Species scRNA-seq Database for AI-Ready 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202500870 PMID:40317650	研究论文	介绍了一个名为scCompass的综合多物种单细胞RNA测序数据库，旨在为AI研究提供标准化和易于使用的数据资源	提出了一个集成和标准化处理的大规模多物种单细胞转录组数据的数据库，支持AI模型训练和预训练检查点	未提及具体的技术限制或数据覆盖范围的不足	构建一个AI友好的大规模多物种单细胞转录组数据库，以促进单细胞生物学研究	来自13个物种的近1.05亿个单细胞的转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	近1.05亿个单细胞，涵盖13个物种
56	2025-07-05	Single-cell transcriptomics reveals that human milk feeding shapes neonatal immune cell interleukin signaling pathways in a nonrandomized clinical trial 2025-Jul, The American journal of clinical nutrition DOI:10.1016/j.ajcnut.2025.04.024 PMID:40294751	研究论文	通过单细胞转录组学分析，研究母乳喂养与配方奶喂养对新生儿免疫细胞白细胞介素信号通路的影响	首次使用单细胞RNA测序技术比较母乳喂养和配方奶喂养婴儿的免疫细胞基因表达差异，揭示了母乳喂养下调免疫细胞细胞因子转录特征的机制	样本量较小（母乳喂养6例，配方奶喂养3例），且为非随机临床试验	探究母乳喂养对新生儿免疫系统发育的影响机制	3-3.5个月大的健康婴儿（母乳喂养6例，配方奶喂养3例）	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	母乳喂养6例，配方奶喂养3例
57	2025-07-05	Immunotyping the Tumor Microenvironment Reveals Molecular Heterogeneity for Personalized Immunotherapy in Cancer 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202417593 PMID:40433880	研究论文	开发了一种名为TMEclassifier的机器学习工具，用于将肿瘤微环境分为三种亚型，以指导个性化免疫治疗	首次提出TMEclassifier工具，能够将肿瘤微环境分为三种亚型，并通过实验验证了不同亚型对免疫治疗的响应差异	研究主要基于RNA测序数据，可能未涵盖所有肿瘤微环境的复杂性	开发一种高可及性、高通量的方法来定义肿瘤微环境的异质性，以指导个性化免疫治疗	肿瘤微环境及其对免疫治疗的影响	机器学习	癌症	RNA测序（包括bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq）	机器学习分类器	RNA测序数据	前瞻性胃癌队列（TIMES-001）及其他多样化队列
58	2025-07-05	Epigenetic regulation of neural stem cell aging in the mouse hippocampus by Setd8 downregulation 2025-Jul, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-025-00455-8 PMID:40461639	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和ATAC测序技术，探索了小鼠海马神经干细胞（NSCs）在衰老过程中的表观遗传调控机制	揭示了Setd8基因下调通过影响组蛋白H4的单甲基化（H4K20me1）导致海马神经干细胞活性下降的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	阐明表观遗传重塑与转录调控在神经干细胞衰老过程中的关系	小鼠海马神经干细胞及其新生神经元	表观遗传学	老年性疾病	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞转录组数据, 染色质可及性数据	不同发育阶段的小鼠海马神经干细胞和新生神经元
59	2025-07-05	The rules of different B cell subtypes in colorectal cancer: friends or foes? 2025-Jul, Future oncology (London, England) DOI:10.1080/14796694.2025.2511588 PMID:40491002	综述	本文总结了近年来基于单细胞RNA测序在结直肠癌中肿瘤浸润B细胞（TIBs）的研究进展，重点关注了不同B细胞亚群在结直肠癌肿瘤微环境中的特定效应或调节特性	聚焦于结直肠癌肿瘤微环境中不同B细胞亚群的特定效应或调节特性，利用单细胞RNA测序技术揭示其异质性	肿瘤浸润B细胞在肿瘤微环境中与非免疫细胞的相互作用及其影响仍不明确	探讨肿瘤浸润B细胞在结直肠癌肿瘤微环境中的作用及其与其他细胞的相互作用	结直肠癌中的肿瘤浸润B细胞（TIBs）	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
60	2025-07-05	Triggering Mechanisms of Hepatocyte Repopulation during Liver Regeneration 2025-Jul-01, Biomolecules & therapeutics IF:3.0Q2 DOI:10.4062/biomolther.2025.035 PMID:40500106	综述	本文综述了肝再生过程中肝细胞再填充的触发机制及其分子和细胞机制	利用谱系追踪和空间转录组学等先进技术追踪细胞谱系并分析肝再生过程中的细胞组成变化	再生肝细胞的确切来源仍存在争议	阐明肝再生过程中肝细胞增殖的触发机制以及新肝细胞的来源	肝细胞、胆管上皮细胞和肝祖细胞	肝脏再生研究	肝损伤	谱系追踪、空间转录组学	NA	NA	NA