单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-08-29	The unveiled mosaic of intra-tumor heterogeneity in ovarian cancer through spatial transcriptomic technologies: A systematic review 2024-11, Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1016/j.trsl.2024.08.001 PMID:39111726	系统综述	本文系统综述了空间转录组技术在揭示卵巢癌肿瘤内异质性及其微环境组成方面的应用与发现	聚焦空间转录组技术揭示卵巢癌中基因表达的空间分布模式及其对治疗反应和预后的影响	NA	总结空间转录组技术如何增进对卵巢癌肿瘤异质性和微环境的理解	卵巢癌肿瘤组织及其微环境中的细胞类型、状态和相互作用	数字病理	卵巢癌	空间转录组学，单细胞RNA测序	NA	转录组数据，空间分布数据	NA
42	2025-08-29	Perivascular NOTCH3+ Stem Cells Drive Meningioma Tumorigenesis and Resistance to Radiotherapy 2024-Oct-04, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-1459 PMID:38742767	研究论文	研究发现血管周围NOTCH3+干细胞驱动脑膜瘤发生和放疗抵抗，并验证靶向NOTCH3的治疗策略	首次鉴定NOTCH3+干细胞作为脑膜瘤发生和放疗抵抗的关键驱动因素，并开发靶向NOTCH3的抗体治疗	NA	探究脑膜瘤发生和放疗抵抗的细胞类型与信号机制	人类、犬类和鼠类脑膜瘤样本	肿瘤生物学	脑膜瘤	单细胞转录组学、谱系追踪、成像技术、基因工程小鼠模型、异种移植	NA	基因表达数据、影像数据	跨物种（人、犬、鼠）脑膜瘤样本
43	2025-08-29	DC-derived CXCL10 promotes CTL activation to suppress ovarian cancer 2024-10, Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1016/j.trsl.2024.05.013 PMID:38823437	研究论文	本研究探讨树突状细胞（DCs）及其CXCL10标记基因在卵巢癌微环境中激活细胞毒性T淋巴细胞（CTLs）的作用及其对疾病进展的影响	首次通过scRNA-seq和免疫浸润分析明确DC来源的CXCL10作为调控CTL激活的关键因子，并证实其抑制卵巢癌生长和转移的机制	NA	阐明DC来源的CXCL10在卵巢癌免疫微环境中的功能及治疗潜力	卵巢癌微环境中的树突状细胞和细胞毒性T淋巴细胞	肿瘤免疫学	卵巢癌	scRNA-seq, 免疫浸润分析, 体外实验, 动物模型	NA	单细胞RNA测序数据, 实验数据	NA
44	2025-08-29	WITHDRAWN: Single-cell RNA Sequencing Revealing that MMP12+ Macrophages are Associated with Cancer Liver Metastasis 2024-09-12, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673337385240827061539 PMID:39279118	撤稿声明	作者要求撤回一篇关于MMP12+巨噬细胞与癌症肝转移关系的单细胞RNA测序研究论文	NA	NA	NA	NA	NA	癌症肝转移	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
45	2025-08-29	Integration of single-cell RNA sequencing of endothelial cells and proteomics to unravel the role of ICAM1-PTGS2 communication in apical periodontitis: A laboratory investigation 2024-09, International endodontic journal IF:5.4Q1 DOI:10.1111/iej.14080 PMID:38713190	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和蛋白质组学技术，探讨ICAM1-PTGS2信号通路在根尖周炎内皮细胞中的作用机制	首次结合scRNA-seq和蛋白质组学分析根尖周炎内皮细胞异质性，并揭示ICAM1通过调控铁死亡相关蛋白PTGS2影响炎症微环境的新机制	样本量较小（5例CAP样本），且主要基于体外细胞实验（HUVECs和THP-1巨噬细胞），临床直接证据有限	阐明根尖周炎中内皮细胞的多样性及ICAM1-PTGS2通讯在炎症调控中的作用	慢性根尖周炎患者组织样本、人脐静脉内皮细胞（HUVECs）、THP-1来源的巨噬细胞	单细胞组学	根尖周炎	scRNA-seq, 蛋白质组学, 实时PCR, 蛋白质印迹, 免疫荧光染色	NA	单细胞转录组数据, 蛋白质组数据	5例CAP样本（GSE181688和GSE197680数据集），另含体外细胞实验
46	2025-08-29	Inhalable Stem Cell Exosomes Promote Heart Repair After Myocardial Infarction 2024-Aug-27, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.123.065005 PMID:39186525	研究论文	本研究开发了一种通过吸入方式递送干细胞外泌体的非侵入性方法（SCENT），用于促进心肌梗死后的心脏修复	首次提出吸入式外泌体递送方法，并发现内皮细胞CD36敲除通过调节能量代谢改善心脏功能的新机制	研究主要基于动物模型（小鼠和猪），尚未进行人体临床试验	开发一种非侵入性、可重复的心脏修复治疗方法，并探索其作用机制	心肌梗死模型小鼠（C57BL/6）和猪	再生医学	心血管疾病	单细胞RNA测序、心脏磁共振成像、超声心动图	动物疾病模型（小鼠和猪心肌梗死模型）	影像数据、测序数据、组织学数据	小鼠和猪心肌梗死模型，治疗组连续7天接受外泌体吸入治疗
47	2025-08-29	A single-cell transcriptomic map of the developing Atoh1 lineage identifies neural fate decisions and neuronal diversity in the hindbrain 2024-08-19, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.07.007 PMID:39106860	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了小鼠后脑Atoh1谱系神经元的命运决定机制和多样性	首次提供了Atoh1谱系神经元的高分辨率转录组图谱，发现了增殖性单极刷细胞前体细胞群，并证实了其在髓母细胞瘤亚型起源中的潜在作用	研究仅限于小鼠模型，人类相关性需要进一步验证	解析Atoh1转录因子在后脑神经元发育中的命运决定机制和细胞多样性	发育中小鼠后脑的Atoh1谱系神经元	单细胞组学	脑肿瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), ATOH1 DNA结合分析	NA	单细胞转录组数据, DNA结合数据	小鼠后脑Atoh1谱系神经元单细胞样本
48	2025-08-29	Disease-associated astrocyte epigenetic memory promotes CNS pathology 2024-Mar, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07187-5 PMID:38509377	研究论文	本研究识别了一种表观遗传控制的记忆性星形胶质细胞亚群，其在再次刺激时表现出加剧的促炎反应，并促进中枢神经系统病理	首次揭示了星形胶质细胞通过ACLY-p300表观遗传机制形成免疫记忆，并证实其在多发性硬化症病理中的关键作用	主要基于EAE动物模型，人类数据主要来自体外实验和组织样本分析，需要更多临床验证	探究疾病相关星形胶质细胞的稳定性及其对过去刺激事件的整合能力	星形胶质细胞亚群，特别是在多发性硬化症和实验性自身免疫性脑脊髓炎(EAE)模型中的细胞	神经科学	多发性硬化症	单细胞RNA测序，ATAC-seq，ChIP-seq，FIND-seq，体内CRISPR-Cas9基因扰动	NA	基因组学数据，表观遗传学数据，免疫组织化学数据	EAE急性和慢性模型动物，人类星形胶质细胞体外培养，多发性硬化症病变组织样本
49	2025-08-29	deMULTIplex2: robust sample demultiplexing for scRNA-seq 2024-01-30, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03177-y PMID:38291503	研究论文	开发了一种用于单细胞RNA测序样本解复用的新算法deMULTIplex2	采用受条形码交叉污染机制模型启发的算法，使用广义线性模型和期望最大化方法概率性确定细胞样本身份	NA	解决单细胞RNA测序中样本解复用的技术挑战	单细胞RNA测序数据中的样本条形码	生物信息学	NA	scRNA-seq，样本复用技术	广义线性模型，期望最大化算法	基因表达数据	NA
50	2025-08-29	Heat Inactivation of Nipah Virus for Downstream Single-Cell RNA Sequencing Does Not Interfere with Sample Quality 2024-01-09, Pathogens (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/pathogens13010062 PMID:38251369	研究论文	本文验证了在单细胞RNA测序流程中通过热灭活尼帕病毒的有效性，且不影响样本质量	发现并验证在cDNA合成后增加热灭活步骤可有效灭活BSL-4级病原体尼帕病毒，同时保持scRNA-seq数据质量	研究仅针对尼帕病毒和特定商业平台，未测试其他BSL-4病原体或平台	开发适用于BSL-4病原体的单细胞RNA测序安全流程	尼帕病毒（NiV）及感染细胞样本	生物信息学	病毒感染	scRNA-seq, 热灭活	NA	RNA测序数据	未明确具体样本数量，但基于微流控平台测试
51	2025-08-29	Microfluidics-free single-cell genomics with templated emulsification 2023-Nov, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01685-z PMID:36879006	研究论文	提出一种无需微流控设备的单细胞基因组学方法，基于模板乳化实现高效单细胞封装和条形码标记	开发了粒子模板乳化技术，仅需涡旋仪即可生成均匀液滴乳液，摆脱了对专业微流控设备和硬件的依赖	NA	开发更简单、灵活且可扩展的单细胞测序工作流程	单细胞（包括小鼠-人类混合样本、人类乳腺组织和混合表型急性白血病细胞）	基因组学	乳腺癌、急性白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多组学测量	NA	基因组数据、转录组数据	数千个样本或数百万个细胞
52	2025-08-29	Excess pancreatic elastase alters acinar-β cell communication by impairing the mechano-signaling and the PAR2 pathways 2023-07-11, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2023.05.007 PMID:37339634	研究论文	本研究探讨胰腺弹性蛋白酶（PE）通过影响机械信号和PAR2通路调控β细胞存活及其在2型糖尿病中的作用	首次发现PE在T2D患者中上调并通过抑制机械信号和PAR2通路负调控β细胞存活，并鉴定出telaprevir作为有效PE抑制剂	NA	识别β细胞营养因子并开发对抗糖尿病的治疗策略	人类和啮齿类动物的β细胞及T2D患者的胰岛	糖尿病研究	2型糖尿病	高通量筛选、磷酸抗体微阵列、单细胞RNA测序	NA	分子和细胞生物学数据	人类T2D患者胰岛及啮齿类动物模型
53	2025-08-29	deMULTIplex2: robust sample demultiplexing for scRNA-seq 2023-Apr-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.11.536275 PMID:37090649	研究论文	介绍一种用于单细胞RNA测序数据样本解复用的新型计算算法deMULTIplex2	基于标签交叉污染物理机制构建统计模型，采用广义线性模型和期望最大化算法实现高精度样本识别	NA	开发能够处理大规模、噪声数据和样本不平衡的单细胞样本解复用算法	单细胞RNA测序数据中的样本标签和细胞标签	生物信息学	NA	scRNA-seq	广义线性模型, 期望最大化算法	测序数据	大规模和具有挑战性的单细胞数据集
54	2025-08-29	Cisplatin Neurotoxicity Targets Specific Subpopulations and K+ Channels in Tyrosine-Hydroxylase Positive Dorsal Root Ganglia Neurons 2022, Frontiers in cellular neuroscience IF:4.2Q2 DOI:10.3389/fncel.2022.853035 PMID:35586548	研究论文	本研究揭示顺铂通过靶向酪氨酸羟化酶阳性背根神经节神经元亚群及K+通道导致神经毒性	首次在单细胞层面鉴定顺铂特异性靶向TH阳性DRG神经元亚群，并发现K2P18.1钾通道的关键作用	研究局限于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究顺铂化疗诱导外周神经病变的细胞机制和维生素E的神经保护潜力	小鼠酪氨酸羟化酶阳性背根神经节神经元	神经科学	化疗诱导外周神经病变	单细胞转录组分析、电生理记录、异源表达	NA	转录组数据、电生理数据	野生型和维生素E缺乏小鼠的TH阳性DRG神经元
55	2025-08-29	Cell type hierarchy reconstruction via reconciliation of multi-resolution cluster tree 2021-09-20, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkab481 PMID:34125905	研究论文	提出一种名为MRtree的算法，通过整合多分辨率聚类结果构建细胞类型层次树，用于单细胞RNA测序数据分析	开发了灵活的多分辨率调和树算法，能够从不同分辨率的扁平聚类结果中自动构建层次结构，无需人工选择分辨率参数	NA	解决单细胞RNA测序数据聚类分析中分辨率参数选择困难的问题，实现细胞群体的层次化表征	单细胞RNA测序数据中的细胞亚群	生物信息学	NA	scRNA-seq	树构建算法	基因表达数据	多个单细胞RNA测序数据集（包括胎儿脑细胞数据）
56	2025-08-29	Single-Cell RNA-seq Reveals Profound Alterations in Mechanosensitive Dorsal Root Ganglion Neurons with Vitamin E Deficiency 2019-Nov-22, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2019.10.064 PMID:31733517	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示维生素E缺乏对背根神经节机械敏感性神经元的分子和功能影响	发现维生素E缺乏主要影响机械敏感性神经元而非预期中的本体感受神经元，并揭示了电压门控离子通道上调导致兴奋性降低的新机制	研究基于Ttpa基因敲除小鼠模型，人类AVED疾病可能存在物种差异	探究维生素E缺乏对背根神经节神经元分子特征和功能特性的影响	背根神经节神经元（DRGNs），特别是酪氨酸羟化酶阳性（TH+）的机械敏感性神经元	生物医学研究	神经系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	Ttpa基因敲除小鼠模型的背根神经节神经元
57	2025-08-12	Immune landscape of isocitrate dehydrogenase-stratified primary and recurrent human gliomas 2024-Dec-05, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae139 PMID:39126294	研究论文	该研究通过单细胞转录组学和光谱流式细胞术分析了48个人类胶质瘤的免疫景观，揭示了IDH状态分层下原发性和复发性胶质瘤的免疫特征	发现了表达粒细胞溶解素的新型炎症性小胶质细胞亚群，并提出了超越M1/M2范式的巨噬细胞极化基因组框架及胶质瘤特异性肿瘤免疫微环境参考标记(GlioTIME-36)	样本量相对有限(48例胶质瘤)，且未明确说明不同治疗方式对免疫景观的具体影响	解析IDH分层下人类胶质瘤的免疫微环境特征及其在复发过程中的变化	48例人类原发性和复发性胶质瘤样本	肿瘤免疫学	胶质瘤	单细胞转录组测序(scRNA-seq)，光谱流式细胞术	NA	单细胞转录组数据，流式细胞数据	48例人类胶质瘤样本(包含144,678个单细胞转录组数据和超过200万个免疫细胞的流式数据)
58	2025-08-12	ScRNA-seq reveals novel immune-suppressive T cells and investigates CMV-TCR-T cells cytotoxicity against GBM 2024-04-30, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-008967 PMID:38688579	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序揭示了新型免疫抑制性T细胞，并研究了CMV-TCR-T细胞对胶质母细胞瘤的细胞毒性	发现了两种新型免疫细胞亚群：双阳性CD68+SOX2+肿瘤相关巨噬细胞和FXYD6+ T细胞，并证实FXYD6+ T细胞是一种新型免疫抑制性T细胞	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探究CMV感染如何影响GBM肿瘤微环境中的免疫细胞，并开发针对GBM的新型免疫治疗策略	胶质母细胞瘤(GBM)患者肿瘤组织和免疫细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	scRNA-seq, 免疫电子显微镜, 免疫荧光, 液滴数字PCR, 单细胞TCR/BCR测序	人类来源的GBM小鼠模型	基因表达数据, 细胞互作数据	CMV感染的GBM患者样本和小鼠模型
59	2025-08-12	Dysregulation of CD4+ and CD8+ resident memory T, myeloid, and stromal cells in steroid-experienced, checkpoint inhibitor colitis 2024-04-19, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-008628 PMID:38642938	research paper	该研究通过单细胞转录组学和蛋白质组学分析，探讨了类固醇治疗后的检查点抑制剂（CPI）结肠炎中CD4+和CD8+驻留记忆T细胞、骨髓细胞及基质细胞的失调机制	研究发现CD4+驻留记忆T细胞和CD8+细胞毒性T细胞在类固醇治疗后的CPI结肠炎中富集，并揭示了基质细胞代谢紊乱对上皮细胞存活和炎症的影响	研究样本主要来自类固醇治疗后的患者，可能无法完全代表未接受类固醇治疗的患者情况	阐明类固醇治疗后CPI结肠炎的发病机制	CPI结肠炎患者的结肠活检组织和血液样本	免疫学	结肠炎	单细胞转录组学、蛋白质组学	NA	转录组数据、蛋白质组数据	主要来自类固醇治疗后的CPI结肠炎患者的结肠活检和血液样本
60	2025-08-12	Supermultipotency and unpredictability in the developing superior colliculus 2024-04, Trends in neurosciences IF:14.6Q1 DOI:10.1016/j.tins.2024.03.001 PMID:38514350	research paper	该研究结合谱系追踪和单细胞RNA测序技术，揭示了发育中上丘的意外特征	发现上丘发育中极其多能的祖细胞能够生成所有类型的神经元和胶质细胞，且其定位模式非预先确定，展示了上丘发育的高度不可预测性	NA	探索发育中上丘的细胞生成模式和机制	发育中的上丘(SC)	发育生物学	NA	谱系追踪, scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA