单细胞与空转测序相关文章

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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
41 2026-06-04
Spatial Imbalance of Innate-like T-Cell Niches Underlies Clinical Trajectories in Psoriasis
2026-Jan-10, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2
研究论文 利用空间转录组学和CITE-seq技术,揭示银屑病中γδT细胞和MAIT细胞的空间失衡与临床轨迹的关系 首次通过独立队列的空间转录组学描绘银屑病皮肤中γδT和MAIT细胞生态位的层特异性分布,并揭示其与临床严重性的相反动态 NA 探究银屑病炎症中先天样T细胞的空间组织及其与临床病程的联系 银屑病患者皮肤组织和外周血中的γδT细胞和MAIT细胞 自然语言处理 银屑病 空间转录组学,CITE-seq NA 基因表达数据 独立队列中的多份银屑病皮肤样本和外周血样本 10x Genomics 空间转录组学,单细胞RNA-seq 10x 空间转录组,10x Chromium 10x空间转录组技术用于皮肤组织,10x Chromium单细胞CITE-seq用于外周血
42 2026-06-04
Single-Cell Transcriptomic Landscape of Cervical Cancer Cell Lines Before and After Chemoradiotherapy
2026-Jan-08, Cells IF:5.1Q2
研究论文 通过单细胞RNA测序分析宫颈癌细胞系在放化疗前后的转录组景观,揭示化疗耐药机制 首次建立来自同一宫颈癌患者在放疗前后的等基因原代细胞系对(AdMer35和AdMer43),并进行单细胞转录组比较分析,揭示了多层面细胞适应性在化疗耐药中的作用 仅基于一对患者来源的细胞系,样本量有限,需在更多样本和临床队列中验证 阐明宫颈癌化疗耐药的细胞和分子机制 一对等基因的原代宫颈癌细胞系(AdMer35和AdMer43),分别来自同一鳞状细胞癌患者放疗前后的组织 数字病理学 宫颈癌 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 单细胞转录组数据 一对细胞系(AdMer35和AdMer43),来自一名患者 NA 单细胞RNA测序 NA NA
43 2026-06-04
Insights into Cardiomyocyte Regeneration from Screening and Transcriptomics Approaches
2026-Jan-07, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2
综述 通过高通量筛选和转录组学方法揭示心肌细胞再生的机制 整合多种高通量筛选策略与单核RNA测序、空间转录组学等组学技术,系统比较不同模型(如斑马鱼胚胎、啮齿动物心肌细胞、iPSC-CMs和心脏类器官)的优缺点,为发现促心肌细胞增殖靶点提供新框架 仍需进一步工作以确定可转化为临床应用的、能诱导功能性心肌细胞扩增的安全靶点 综述用于鉴定心肌细胞增殖新靶点的高通量筛选策略及转录组学方法,推动心脏再生研究 心肌细胞、斑马鱼胚胎、啮齿动物心肌细胞、iPSC-CMs、心脏类器官 机器学习 心血管疾病 高通量筛选、单核RNA测序、空间转录组学 NA 文本 NA NA 单核RNA测序、空间转录组学 NA NA
44 2026-06-04
Single-Cell RNA-Seq Reveals Conserved Cellular Communication Mechanisms Governing Ocular Lineage Specification from Human iPS Cells
2026-Jan-07, Cells IF:5.1Q2
研究论文 利用单细胞RNA测序解析人类iPS细胞分化形成眼类器官过程中的细胞通讯机制 首次在人类iPS细胞来源的眼类器官模型中系统揭示保守的细胞通讯网络,并鉴定出指导多能性向眼谱系转变的关键信号介质和转录效应器 NA 研究人类iPS细胞自我组织分化为二维眼类器官过程中细胞通讯网络的动态机制 人类诱导多能干细胞(hiPSCs)来源的二维眼类器官 单细胞转录组学 NA 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
45 2026-06-04
Plant bZIPs in Root Environmental Adaptation: From Single-Cell Expression Atlas to Functional Insights
2026-Jan-06, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2
综述 本文综述了植物bZIP转录因子在根系环境适应中的作用,从单细胞表达图谱到功能见解,探讨了bZIP如何通过整合单细胞组学与功能遗传学来协调转录重编程以适应复杂环境 从组织整体分析转向单细胞RNA测序,创建了高分辨率的根bZIPs表达图谱,揭示了bZIP在单个细胞类型中的具体功能,并整合了光照、激素、营养和胁迫信号的调控模块 主要基于现有研究总结,可能缺乏新实验数据验证;对bZIP在作物中的同源基因功能理解尚有限 阐明bZIP转录因子在植物根系环境适应中的调控机制,并为其在培育气候适应性作物中的应用提供理论依据 植物bZIP转录因子家族成员及其在根系细胞中的表达调控 数字病理学、自然语言处理 不适用 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单细胞组学、功能遗传学 不适用 单细胞基因表达数据 不适用 不适用 单细胞RNA测序 不适用 不适用
46 2026-06-04
Chronic Kidney Disease in Metabolic Disease: Regulation of SGLT2 and Transcriptomic-Epigenetic Effects of Its Pharmacological Inhibition
2026-Jan-06, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2
综述 综述SGLT2在代谢疾病相关慢性肾病中的表达调控及其抑制剂转录组-表观遗传效应 聚焦SGLT2抑制剂的分子机制,特别是转录组和表观遗传层面的影响,并首次整合人类单细胞转录组数据揭示SGLT2抑制剂对肾脏代谢重编程的作用 人类单细胞RNA测序数据仅有单一研究来源,缺乏大规模验证;分子机制在临床转化中仍需进一步确认 探讨SGLT2在健康与代谢疾病中的表达调控及其药理学抑制的转录组-表观遗传机制 肾近端小管细胞,代谢疾病相关慢性肾病模型 转录组学,表观遗传学 慢性肾病,代谢疾病(2型糖尿病) 单细胞RNA测序,单细胞转录组学 NA 基因表达数据 人类单细胞RNA测序数据集(样本量未明确说明) NA 单细胞RNA测序 NA NA
47 2026-06-04
PAX6 Deficiency Compromises the Ability of Limbal Epithelial Stem Cells to Properly Differentiate Into Mature Corneal Epithelial Cells
2026-Jan-05, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1
研究论文 利用单细胞RNA测序分析PAX6杂合子小鼠角膜缘干细胞分化缺陷,揭示无虹膜相关角膜病变的分子机制 首次在单细胞分辨率下解析PAX6半倍剂量不足导致角膜缘干细胞异常分化的转录组图谱,发现静止态干细胞和早期瞬时放大细胞簇的异常扩增 仅基于小鼠模型,人体样本验证不足;未阐明PAX6调控下游通路的完整分子机制 阐明PAX6基因缺陷如何影响角膜缘干细胞的分子特征及其分化能力 Pax6杂合子小鼠和野生型小鼠的角膜及角膜缘组织 数字病理学 眼部疾病(无虹膜相关角膜病变) 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据(单细胞转录组) 野生型和Pax6杂合子小鼠角膜/角膜缘组织样本 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'测序平台
48 2026-06-04
Intrahepatic Lymphangiogenesis Is Associated with Early Post-Hepatectomy Liver Regeneration, in Part via IL-6/STAT3 Signaling
2026, International journal of medical sciences IF:3.2Q1
研究论文 该研究探讨了肝内淋巴管生成在部分肝切除术后早期肝再生中的作用及其通过IL-6/STAT3信号通路的机制 首次揭示肝内淋巴管生成对肝再生的促进作用及其部分依赖于IL-6/STAT3信号通路 仅使用小鼠模型,需进一步在人类研究中验证;未探索其他潜在信号通路 阐明肝内淋巴管生成在部分肝切除术后肝再生中的角色和机制 小鼠部分肝切除模型中的肝内淋巴内皮细胞和淋巴管 生物医学 肝脏疾病 单细胞RNA测序、qRT-PCR、Western blotting、免疫荧光染色、AAV载体 小鼠模型 单细胞转录组数据、基因表达数据 小鼠样本,具体数量未明确 未明确 单细胞RNA测序 未明确 未明确
49 2026-06-04
IPO9 Promotes Ovarian Cancer Progression by Suppressing HMOX1-Dependent Ferroptosis
2026, Human mutation IF:3.3Q2
研究论文 该研究整合多组学数据,发现MALAT1上皮细胞是卵巢癌核心细胞亚群,并揭示IPO9通过抑制HMOX1依赖性铁死亡促进肿瘤进展 首次将单细胞RNA测序、scPagwas、BayesPrism和WGCNA相结合,鉴定出MALAT1上皮细胞作为卵巢癌免疫抑制的关键驱动亚群,并发现IPO9作为治疗靶点调控铁死亡机制 未说明具体限制 探索卵巢癌的新型治疗靶点及免疫微环境动态 卵巢癌细胞、MALAT1上皮细胞亚群、IPO9基因 数字病理学 卵巢癌 单细胞RNA测序, 多组学分析 NA 基因表达数据, 突变数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
50 2026-06-04
Exploring the Dynamic Changes of Intercellular Connections in Cervical Cancer: Insights From Transcriptomic Data Combined With Single-Cell Sequencing
2026, Human mutation IF:3.3Q2
研究论文 通过转录组数据与单细胞测序结合,探索宫颈癌细胞间连接的动态变化 首次利用单细胞测序揭示宫颈癌细胞亚群间的PTN信号通路通讯,并基于标志基因构建预后模型,发现COL4A1作为治疗新靶点 未提及临床样本验证及体内实验,且单细胞数据来源的局限性可能影响泛化性 阐明宫颈癌肿瘤微环境中细胞间相互作用的动态变化,并建立预后模型及寻找治疗靶点 宫颈癌细胞及肿瘤微环境中的细胞亚群 数字病理学 宫颈癌 单细胞测序 LASSO回归,Cox比例风险模型 转录组数据,单细胞测序数据 未提及具体样本数量(基于公开数据集) NA 单细胞RNA测序 NA NA
51 2026-06-04
Single-Cell RNA Sequencing Analysis Reveals Correlation Between Immune Cell Composition and Gene Expression in Cervical Cancer
2026-Jan, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2
研究论文 利用单细胞RNA测序分析揭示宫颈癌免疫细胞组成与基因表达之间的相关性 首次通过单细胞RNA测序全面描绘宫颈癌肿瘤微环境中免疫细胞亚群的分布模式,并揭示TNFRSF18等关键基因表达与免疫细胞比例的直接或反向关系 局限在于样本量可能有限,且单细胞RNA测序数据分析方法的选择可能影响结果的鲁棒性 基于单细胞RNA测序数据研究宫颈癌患者免疫细胞亚群的分布模式及其与某些基因表达的相关性 宫颈癌患者的单细胞RNA测序数据及免疫细胞亚群 生物信息学 宫颈癌 单细胞RNA测序,流式细胞术,免疫组化,GO富集分析 UMAP聚类,t-SNE聚类 RNA测序数据,图像数据 宫颈癌样本(具体数量未提及) NA 单细胞RNA测序 NA NA
52 2026-06-04
Unveiling the molecular mechanisms of burn injury through integrated single-cell and bulk transcriptomic analysis
2026, PloS one IF:2.9Q1
研究论文 通过整合单细胞和批量转录组分析,揭示烧伤分子机制 首次利用单细胞RNA测序解析烧伤微环境的细胞景观,并发现巨噬细胞在免疫信号传导中的关键作用,以及AP2A2、CCL7和TF等关键标记基因 样本量较小且缺乏实验验证 研究烧伤微环境的免疫学机制,为靶向免疫治疗策略奠定基础 烧伤微环境中的细胞,包括中性粒细胞、巨噬细胞、T细胞等14个亚群 机器學习 烧伤 单细胞RNA测序、LASSO回归、随机森林选择 LASSO回归、随机森林 单细胞转录组数据 9,248个细胞 NA 单细胞RNA测序 NA NA
53 2026-06-04
Tissue-resident macrophage and dendritic cells drive type I IFN immunity to enteroviruses in the liver
2026-Jan, PLoS pathogens IF:5.5Q1
研究论文 该研究结合小鼠模型和单细胞RNA测序揭示了库普弗细胞和树突状细胞在肝脏中驱动I型干扰素免疫应答以抵抗埃可病毒感染的细胞类型特异性机制 首次利用单细胞RNA测序在体内模型中准确定位了埃可病毒感染的肝细胞类型,并揭示了库普弗细胞和树突状细胞是早期I型干扰素应答的主要驱动者,而非肝细胞自身 该研究主要在转基因小鼠模型中进行,可能不完全反映人类新生儿的免疫反应;另外,I型干扰素对肝细胞的保护作用机制尚需进一步验证 阐明在埃可病毒感染肝脏过程中,不同类型固有免疫细胞对I型和III型干扰素抗病毒信号启动的相对贡献 表达人类新生儿Fc受体(hFcRn)且缺乏Ifnar1、Ifnlr1或两者的小鼠模型,以及肝细胞特异性Ifnar1基因敲除小鼠 NA 埃可病毒感染相关肝衰竭 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 多种基因敲除小鼠模型(具体样本量未在摘要中明确) NA 单细胞RNA测序 NA NA
54 2026-06-04
Revealing the Best Strategies for Rare Cell Type Detection in Multi-Sample Single-Cell Datasets
2025-Dec-29, Genes IF:2.8Q2
研究论文 系统评估多样本单细胞数据集中稀有细胞类型检测方法,提出最优分析策略 首次系统评估多样本设置下稀有细胞检测方法,比较个体样本、合并样本及批次校正后合并样本三种策略,明确批次校正合并分析的最佳效果 仅评估五种检测方法及一种基于scGPT的方法,未涵盖所有可用工具;数据集规模有限,可能影响结果泛化性 系统评估多样本单细胞RNA测序数据中稀有细胞检测方法,确定最有效分析策略 稀有细胞类型检测方法(CellSIUS、GapClust、GiniClust、scCAD、SCISSORS及基于scGPT的离群森林方法) 机器学习 NA 单细胞RNA测序 隔离森林(Isolation Forest)、scGPT 单细胞转录组数据 多个公开可用的单细胞RNA测序数据集(具体样本数未明确说明) NA 单细胞RNA测序 NA NA
55 2026-06-04
scSelector: A Flexible Single-Cell Data Analysis Assistant for Biomedical Researchers
2025-Dec-19, Genes IF:2.8Q2
研究论文 开发了一个名为 scSelector 的交互式软件工具包,帮助生物医学研究人员灵活地选择和分析单细胞 RNA 测序数据中的细胞群体 通过集成套索选择工具和大语言模型(如DeepSeek/Gemini)辅助的细胞类型自动预测,突破了传统依赖聚类的单细胞分析流程的局限性 未明确提及 开发一个灵活的单细胞数据分析平台,使研究人员能基于专业知识直接从低维嵌入中选择细胞群体,并结合AI辅助解释增强分析精度 单细胞RNA测序数据,包括胰腺组织、外周血单核细胞(PBMC)和肝组织等多个公共数据集 机器学习 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq) 大语言模型(DeepSeek/Gemini) 基因表达数据 公共数据集,具体样本量未明确,包括PBMC中极低丰度的血小板和肝组织中仅53个内皮细胞等稀有群体 NA 单细胞RNA测序 NA NA
56 2026-06-04
ULMnet: inferring physical cell-cell communication networks from scRNAseq data using univariate linear models
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 开发ULMnet方法,利用单变量线性模型从scRNAseq数据推断物理细胞-细胞通信网络 通过识别多重细胞(双细胞)来推断物理细胞相互作用,而非传统的配体-受体分析;方法在预测FACS分选双细胞时灵敏度约56%,精确度达99%,优于现有方法 方法依赖多重细胞的检测,可能无法覆盖所有物理相互作用;灵敏度(56%)仍有提升空间 从scRNAseq数据中推断物理细胞-细胞通信网络 scRNAseq数据集,包括细胞对、部分解离组织以及健康和癌症组织的常规scRNAseq数据 计算机视觉 NA scRNAseq(单细胞RNA测序) 单变量线性模型 基因表达数据(scRNAseq) 多种数据集:FACS分选双细胞对(已知成分)、部分解离组织、常规scRNAseq数据集 NA scRNAseq(单细胞RNA测序) NA NA
57 2026-06-04
Liquid-liquid phase separation-driven molecular subtyping and prognostic modeling in colorectal cancer
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究探讨液-液相分离在结直肠癌进展中的作用,并构建基于LLPS的预后模型 首次系统分析液-液相分离相关基因在结直肠癌中的表达和预后价值,并构建风险评分模型 研究主要基于公共数据库和体外实验验证,缺乏大规模临床队列和体内实验验证 阐明液-液相分离在结直肠癌进展中的作用机制,并开发预后预测工具 结直肠癌患者样本的基因表达数据和临床信息 机器学习, 数字病理学 结直肠癌 RNA测序, 空间转录组学 LASSO回归, Cox比例风险模型 基因表达数据, 空间转录组数据 566个结直肠癌样本和19个正常对照 NA NA NA NA
58 2026-06-04
Advances in the identification of novel cell signatures in benign prostatic hyperplasia and prostate cancer using single-cell RNA sequencing
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
综述 本文综述了利用单细胞RNA测序技术在前列腺增生和前列腺癌中发现新型细胞特征的最新进展 利用scRNA-seq技术揭示BPH和PCa共享的细胞亚群和分子特征,为理解疾病机制提供新视角 由于依赖已有研究,可能未涵盖所有新发现,且scRNA-seq技术的成本和分析复杂性限制了广泛应用 探讨BPH和PCa中由scRNA-seq揭示的新型细胞亚群和分子标志物,以改进疾病诊断和治疗 良性前列腺增生和前列腺癌的细胞亚群及分子特征 机器学习 前列腺癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
59 2026-06-04
Cuproptosis-driven reprogramming of fibroblast communication by GK is associated with the immune microenvironment in diabetic foot ulcers
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序分析,发现铜死亡相关基因GK与糖尿病足溃疡中成纤维细胞与免疫细胞的通讯重编程及免疫微环境改变有关 首次揭示铜死亡在糖尿病足溃疡中通过成纤维细胞为中心的细胞通讯网络调控免疫微环境,并鉴定出GK作为潜在的诊断生物标志物 缺乏对GK基因功能机制的深入验证,仅基于生物信息学分析和动物实验,需进一步功能研究确认 探究铜死亡相关基因在糖尿病足溃疡中成纤维细胞-免疫细胞通讯中的作用,并鉴定诊断生物标志物 糖尿病足溃疡患者皮肤组织样本及SD大鼠模型(正常、伤口、糖尿病伤口组) 机器学习 糖尿病足溃疡 单细胞RNA测序 LASSO, SVM-RFE, 随机森林 单细胞转录组数据及批量转录组数据 33,095个细胞(质量控制后25,198个),9只SD大鼠(每组3只) NA 单细胞RNA测序 NA NA
60 2026-06-04
The role of 5-methylcytosine regulator-related genes in diagnostic and immune regulatory functions in atherosclerosis
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 研究5-甲基胞嘧啶调控相关基因在动脉粥样硬化诊断和免疫调节中的作用 首次系统分析m5C修饰及其调控基因在AS中的诊断和免疫调控功能,并通过单细胞RNA测序和体外实验验证NSUN3在巨噬细胞功能中的关键作用 研究主要基于公开微阵列数据集,样本量有限且缺乏大规模临床验证;ceRNA网络仅通过数据库预测,未进行实验验证 探究m5C修饰和相关基因在动脉粥样硬化诊断和免疫调节中的功能 动脉粥样硬化患者样本和THP-1巨噬细胞 数字病理学 心血管疾病 微阵列分析,单细胞RNA测序,实时定量PCR,RNA干扰 LASSO逻辑回归模型,WGCNA 基因表达数据,单细胞RNA测序数据 四个GEO数据集(GSE90074、GSE27034、GSE59421、GSE159677) NA 转录组测序 NA 来自GEO数据库的微阵列平台相关数据
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