单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-10-01	Single-cell RNA sequencing of endometrium uncovers dynamic characteristics and dysregulation of perivascular CD9+SUSD2+ cells in thin endometrium 2025-Sep-26, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04658-y PMID:41013639	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示薄型子宫内膜中血管周围CD9+SUSD2+细胞的动态特征和功能失调	首次在单细胞水平鉴定薄型子宫内膜中血管周围CD9+SUSD2+细胞作为祖干细胞，并揭示其功能异常机制	样本量较小（正常组n=3，薄型子宫内膜组n=3）	探究薄型子宫内膜中CD9+SUSD2+细胞的分子特征和功能机制	人类子宫内膜组织，特别是血管周围CD9+SUSD2+细胞	单细胞生物学	薄型子宫内膜	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，流式细胞术，Western blotting，多重免疫荧光分析	NA	单细胞转录组数据，蛋白质表达数据，组织学图像	6例子宫内膜样本（3例正常，3例薄型子宫内膜），共59,770个细胞
42	2025-10-01	Adenine base editing rescues disrupted BCKDH function and reduces BCAAs toxic accumulation in maple syrup urine disease patient iPSC-hepatic organoids 2025-Sep-26, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04630-w PMID:41013826	研究论文	本研究利用腺嘌呤碱基编辑器ABE8e成功修复MSUD患者iPSC来源肝类器官中的BCKDHB基因突变，恢复BCKDH酶功能并降低支链氨基酸毒性积累	首次在MSUD患者特异性iPSC肝类器官中应用ABE8e碱基编辑技术精准纠正致病突变，并系统评估其功能恢复效果和安全性	研究仅限于体外类器官模型，尚未进行体内动物实验验证	开发基于碱基编辑技术的MSUD基因治疗方法	MSUD患者诱导多能干细胞来源的肝类器官	基因编辑与干细胞研究	枫糖尿症(MSUD)	腺嘌呤碱基编辑(ABE8e)、单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、全基因组测序(WGS)、qRT-PCR、Western blot	iPSC-derived hepatic organoids	基因组数据、转录组数据、蛋白质表达数据	MSUD患者iPSC来源肝类器官及对照样本
43	2025-10-01	Metabolic heterogeneity and survival outcomes in papillary renal cell carcinoma: insights from multi-datasets and machine learning analyses 2025-Sep-26, Hereditas IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s41065-025-00571-9 PMID:41013841	研究论文	本研究通过多数据集和机器学习分析揭示了乳头状肾细胞癌的代谢异质性并建立了预后预测模型	整合90种机器学习算法构建代谢相关特征，并在单细胞水平验证关键基因	研究基于回顾性数据集，需要进一步前瞻性验证	研究肾乳头状细胞癌中代谢相关分子的特征并识别潜在预后生物标志物	肾乳头状细胞癌(KIRP)患者	机器学习	肾癌	加权基因共表达网络分析、差异表达分析、单细胞RNA测序、定量PCR、免疫组化染色	随机生存森林(RSF)、Cox回归	基因表达数据	TCGA-KIRP和GSE2748队列数据集
44	2025-10-01	Mechanosensitive genomic enhancers potentiate the cellular response to matrix stiffness 2025-Sep-25, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adl1988 PMID:40997217	研究论文	本研究通过表观基因组分析鉴定出响应机械微环境的基因组增强子——机械增强子，并证明其编辑可调控细胞对基质硬度的响应	首次系统识别出能响应细胞外基质硬度的机械增强子，并证明通过表观遗传编辑可重编程细胞对机械微环境的响应	机械增强子调控转录的具体分子机制尚未完全阐明	探索机械微环境如何通过表观遗传机制调控基因表达和细胞功能	肺成纤维细胞（来自健康供体和纤维化患者）	表观遗传学	肺纤维化	全基因组表观基因组分析、表观基因组编辑、单细胞RNA-seq CRISPR筛选	NA	基因组表观遗传数据、单细胞转录组数据	健康供体和纤维化患者的肺成纤维细胞样本
45	2025-10-01	A specific gene expression program underlies antigen archiving by lymphatic endothelial cells in mammalian lymph nodes 2025-Sep-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63543-7 PMID:40998762	研究论文	本研究揭示了淋巴结淋巴管内皮细胞通过特定基因表达程序实现抗原长期存档的机制	首次定义了淋巴管内皮细胞抗原存档的特异性转录程序，并证明该程序能预测不同疾病状态和物种中的抗原存档能力	NA	探究淋巴管内皮细胞如何实现持久抗原存档及其独特的转录程序	小鼠和人类淋巴结中的淋巴管内皮细胞和树突状细胞	生物信息学	传染病	单细胞测序、空间转录组学	机器学习	基因表达数据	多个时间点的淋巴结组织样本
46	2025-10-01	Coxsackievirus B infection invokes unique cell-type-specific responses in primary human pancreatic islets 2025-Sep-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116211 PMID:40892543	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了柯萨奇病毒B3在人类胰岛中引发细胞类型特异性反应	挑战了长期以来关于胰岛细胞特异性病毒靶向的假设，发现导管细胞而非β细胞表现出最强的干扰素和HLA相关反应，并首次揭示长链非编码RNA MIR7-3HG在病毒感染中的调控作用	研究使用人类尸体胰岛样本，可能无法完全反映活体生理状态	阐明柯萨奇病毒B感染对人类胰岛不同细胞类型的影响及其与1型糖尿病的关系	人类尸体胰岛中的β细胞、α细胞和导管细胞等主要胰岛细胞类型	单细胞生物学	1型糖尿病	单细胞RNA测序、干细胞衍生胰岛模型	NA	RNA测序数据、功能实验数据	人类尸体胰岛样本（具体数量未明确说明）
47	2025-10-01	SPACE: Spatially variable gene clustering adjusting for cell type effect for improved spatial domain detection 2025-Sep-23, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf936 PMID:40985765	研究论文	提出SPACE框架，通过调整细胞类型混杂效应来基于空间模式分类空间可变基因，以改进空间域检测	无需先验知识即可对空间可变基因进行聚类，通过调整细胞类型混杂效应减少信号混合，增强多样化结构的检测能力	未提及具体的技术局限性	改进空间转录组分析中的空间域检测	空间可变基因(SVGs)	空间转录组学	NA	空间转录组技术	SPACE框架	空间转录组数据	NA
48	2025-10-01	Nodal Spread Prediction in Human Oral Tongue Squamous Cell Carcinoma Using a Cancer-Testis Antigen Genes Signature 2025-Sep-22, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26189258 PMID:41009820	研究论文	本研究开发了一种基于癌-睾丸抗原基因特征的诊断工具，用于预测口腔舌鳞状细胞癌的淋巴结转移	首次整合多组学数据识别与口腔舌癌淋巴结转移相关的癌-睾丸抗原基因特征，并验证其预测价值	样本量较小（16例患者），需要更大规模研究验证	开发能够准确预测口腔舌鳞状细胞癌淋巴结转移的基因诊断工具	口腔舌鳞状细胞癌患者	数字病理	口腔癌	微阵列、bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq、NanoString nCounter RNA分析	决策树、t-SNE、CNN	基因表达数据	16例接受舌切除术和选择性颈清扫术的患者
49	2025-10-01	Investigating the Development of Colorectal Cancer Based on Spatial Transcriptomics 2025-Sep-22, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26189256 PMID:41009818	研究论文	本研究利用空间转录组学技术探索结直肠癌发展的时空动态特征	首次结合小鼠模型和人类TCGA数据，通过空间转录组学解析结直肠癌发展的时空异质性，发现新的潜在生物标志物和治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证相对有限	探究结直肠癌发展的时空动态特征和分子机制	小鼠肠道肿瘤组织和人类结直肠癌患者数据	空间转录组学	结直肠癌	空间转录组学(ST)、TCGA数据库分析	整合降维分析、伪时间轨迹分析	空间转录组数据、基因表达数据	小鼠多时间点肿瘤样本和TCGA人类结直肠癌队列
50	2025-10-01	Multi-omics integrated analysis identifies key biomarkers for hepatocellular carcinoma 2025-Sep-19, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000044642 PMID:40988212	研究论文	通过多组学整合分析鉴定肝细胞癌的关键生物标志物CNIH4	首次将空间转录组学、肿瘤内感染数据和免疫微环境分析与传统转录组分析相结合，发现CNIH4在肝细胞癌中的异质性及其与免疫微环境的关联	需要进一步通过临床样本验证以加强结论的可靠性	探索肝细胞癌的关键病因因素和新的治疗方法	肝细胞癌生物标志物CNIH4及其相关机制	生物信息学	肝细胞癌	转录组全关联研究、孟德尔随机化分析、加权相关网络分析、机器学习、空间转录组学、分子对接、虚拟筛选、表型全关联研究	机器学习	多组学数据	NA
51	2025-10-01	Size-Modulated Mesoderm-Endoderm Divergence and Myocardial Cavitation in Micropatterned Cardioids 2025-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.17.676874 PMID:41000917	研究论文	本研究通过微图案心脏类器官模型探索中胚层与内胚层协同发育机制	整合微图案心脏类器官、CRISPR工程化hiPSCs、深层组织成像和单细胞RNA测序技术研究中胚层-内胚层协同发育	NA	探索中胚层与内胚层在心脏发育过程中的协同发育机制	人类诱导多能干细胞衍生的心脏类器官	发育生物学	心血管疾病	微图案技术、CRISPR基因编辑、深层组织成像、单细胞RNA测序	心脏类器官模型	单细胞转录组数据、成像数据	NA
52	2025-10-01	Alveolar Epithelial Cell Dysfunction in Acute Respiratory Distress Syndrome: Mechanistic Insights and Targeted Interventions 2025-Sep-19, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13092299 PMID:41007859	综述	本综述系统总结了急性呼吸窘迫综合征中肺泡上皮细胞功能障碍的分子机制及靶向干预策略	整合单细胞测序与空间转录组学揭示细胞异质性，提出基于生物标志物的精准医疗策略和新型基因编辑治疗方法	存在纳米毒性、间充质干细胞异质性和基因编辑安全性等转化障碍	阐明ARDS中肺泡上皮细胞功能障碍机制并探索靶向治疗策略	肺泡上皮细胞及其与免疫细胞、内皮细胞的相互作用	病理生理学	急性呼吸窘迫综合征	单细胞测序、空间转录组学、CRISPR-Cas9基因编辑	NA	多组学数据	NA
53	2025-10-01	Single-Cell Transcriptome Reveals the Regulatory Role of STAT3 in Diquat-Induced Oxidative Stress in Piglet Hepatocytes 2025-Sep-19, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26189161 PMID:41009731	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序揭示了STAT3在敌草快诱导的仔猪肝细胞氧化应激中的关键调控作用	首次在仔猪模型中应用单细胞转录组测序技术解析敌草快诱导的肝脏氧化应激的细胞类型特异性响应机制	研究主要基于动物模型和体外细胞实验，尚未进行临床验证	阐明敌草快诱导的氧化应激导致仔猪肝损伤的细胞和分子机制	断奶仔猪肝脏组织和小鼠肝细胞	单细胞转录组学	肝脏损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、基因敲低/过表达、活性氧检测、细胞凋亡检测	NA	单细胞转录组数据、生化指标数据、组织病理学数据	敌草快处理组和盐水对照组仔猪，具体数量未明确说明
54	2025-10-01	Machine Learning Identifies Shared Regulatory Mechanisms of Genes Associated with Ferroptosis in Major Depressive Disorder and Inflammatory Bowel Disease 2025-Sep-19, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes16091111 PMID:41010056	研究论文	本研究通过机器学习方法识别了铁死亡相关基因在重度抑郁症和炎症性肠病中的共同调控机制	首次系统研究铁死亡相关基因在肠脑轴双向调控中的作用，并识别出RPL8作为关键共同生物标志物	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证	探究铁死亡相关基因在重度抑郁症和炎症性肠病中的分子作用机制及潜在治疗策略	铁死亡相关基因在肠脑轴疾病中的表达和调控	生物信息学	精神疾病和消化系统疾病	机器学习算法、单细胞测序、分子对接、分子动力学模拟	四种不同的机器学习算法	基因表达数据	正常和疾病样本的比较分析
55	2025-10-01	Monitoring the Biological Impact and Therapeutic Potential of Intermittent Fasting in Oncology: Assessing Strategies and Clinical Translational Challenges 2025-Sep-18, Diagnostics (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/diagnostics15182369 PMID:41008741	综述	本文评估间歇性禁食在肿瘤学中的生物学影响监测策略及临床转化挑战	提出整合机制性监测与临床反应监测的双层框架，强调将现代诊断技术（如单细胞RNA测序、ctDNA检测）与临床实践相结合	当前先进监测工具因成本与复杂性主要限于临床前研究，需要大规模随机试验验证标准化方案	评估间歇性禁食在肿瘤治疗中的生物学效应监测方法及临床转化路径	肿瘤患者及间歇性禁食干预的生物学机制	肿瘤学	肿瘤	单细胞RNA测序、蛋白质组学、代谢组学、循环肿瘤DNA检测、免疫表型分析	NA	文献数据、生物标志物数据、影像学数据	NA（文献综述未涉及具体样本量）
56	2025-10-01	Diversity, Functional Complexity, and Translational Potential of Glial Cells in the Central Nervous System 2025-Sep-18, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26189080 PMID:41009644	综述	系统综述中枢神经系统中胶质细胞的功能多样性、分子机制及转化医学潜力	重新定义胶质细胞在神经系统中的动态调节作用，整合高分辨率成像和单细胞转录组学等前沿技术	NA	弥合基础神经科学与临床应用之间的鸿沟，为下一代中枢神经系统疗法提供框架	中枢神经系统中的各类胶质细胞（星形胶质细胞、NG2胶质细胞、小胶质细胞）	神经科学	神经退行性疾病	高分辨率活体成像、单细胞转录组学、基因编辑平台	NA	分子机制数据、成像数据、转录组数据	NA
57	2025-10-01	Single-Cell Transcriptomics in Inherited Retinal Dystrophies: Current Findings and Emerging Perspectives 2025-Sep-16, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes16091088 PMID:41010033	综述	本文综述单细胞转录组学在遗传性视网膜营养不良研究中的应用现状与前景	首次系统总结单细胞转录组技术如何揭示特定视网膜细胞簇在疾病进展中的基因表达特征和早期分子变化	作为综述文章，未涉及原始实验数据，主要基于现有文献分析	探讨单细胞转录组学技术如何增强对遗传性视网膜营养不良疾病机制的理解并促进新治疗靶点的发现	遗传性视网膜营养不良疾病模型中的视网膜细胞	数字病理	遗传性视网膜营养不良	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
58	2025-10-01	Investigating Germ Cell Transition Genes in Breast Cancer: Exploring the Genesis of Cancer Testis-Associated Markers 2025-Sep-15, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26188958 PMID:41009526	研究论文	本研究探讨乳腺癌中与男性生殖细胞发育相关基因的表达特征及其在肿瘤发生中的作用	首次系统识别乳腺癌中与胎儿原始生殖细胞相关的过度表达基因，并通过单细胞RNA测序揭示肿瘤异质性	样本量较小（28个肿瘤样本），且主要依赖已发表数据集进行重新分析	探索乳腺癌中生殖细胞转化相关的分子机制和通路	乳腺癌组织样本和相关的基因表达数据	癌症生物学	乳腺癌	定量RT-PCR, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据, 测序数据	28个乳腺癌组织样本，基于已发表数据集的重新分析
59	2025-10-01	Rat Glioma 101.8 Tissue Strain: Molecular and Morphological Features 2025-Sep-15, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26188992 PMID:41009560	研究论文	本研究通过多组学方法表征了大鼠胶质瘤101.8组织移植株的分子和形态特征	首次系统表征了具有人类中枢神经系统肿瘤关键遗传畸变的大鼠胶质瘤模型，为精准治疗研究提供新工具	研究基于动物模型，与人类肿瘤仍存在物种差异	开发适用于差异诊断和个性化治疗的中枢神经系统肿瘤代表性模型	大鼠胶质瘤101.8组织移植株及其微环境	实验神经肿瘤学	胶质瘤	MRI, IHC, scRNA-seq, qPCR-RT	动物肿瘤模型	分子数据、影像数据	来自神经系统实验肿瘤收藏库的化学诱导可移植肿瘤样本
60	2025-10-01	Development and Validation of a Centrosome Amplification-Related Prognostic Model in Pancreatic Cancer: Multi-Omics Guided Risk Stratification and Tumor Microenvironment 2025-Sep-12, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17182983 PMID:41008826	研究论文	本研究开发并验证了一个胰腺癌中心体扩增相关预后模型，通过多组学分析揭示其在肿瘤微环境中的作用机制	首次系统整合多组学数据构建胰腺癌中心体扩增预后模型，结合单细胞测序和空间转录组学揭示其时空动态特征	研究样本量有限，需要更大规模的前瞻性验证	探索中心体扩增在胰腺癌中的预后价值及其在肿瘤微环境重塑中的作用机制	胰腺腺癌患者组织样本和基因表达数据	数字病理	胰腺癌	多组学分析、单细胞测序、空间转录组学、PCR验证	Cox回归模型、LASSO回归	基因组数据、转录组数据、临床数据	TCGA和GEO数据库的胰腺癌样本，患者来源的组织样本