单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-05-02	Autophagy disruption and mitochondrial stress precede photoreceptor necroptosis in multiple mouse models of inherited retinal disorders 2025-Apr-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59165-8 PMID:40301324	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了遗传性视网膜疾病（IRDs）中光感受器细胞死亡的共同分子通路	发现了不同遗传性视网膜疾病模型中自噬和线粒体损伤的共同早期缺陷，并证实这些缺陷会触发光感受器细胞的坏死性凋亡	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类患者中验证	寻找适用于多种遗传性视网膜疾病的广谱治疗方法	遗传性视网膜疾病（IRDs）中的光感受器细胞	分子生物学	遗传性视网膜疾病	单细胞转录组学	小鼠模型	转录组数据	多种遗传性视网膜疾病小鼠模型
42	2025-05-02	UHRF1-mediated epigenetic reprogramming regulates glycolysis to promote progression of B-cell acute lymphoblastic leukemia 2025-Apr-29, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07532-0 PMID:40301374	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术揭示了UHRF1在B细胞急性淋巴细胞白血病进展中的作用及其分子机制	发现UHRF1通过甲基化修饰抑制SFRP5表达，激活WNT5A-P38 MAPK-HK2信号轴促进糖酵解，揭示了表观遗传和代谢重编程在白血病复发和难治性中的作用	研究主要基于体外和动物模型，临床转化效果需进一步验证	探索B细胞急性淋巴细胞白血病进展的分子机制，寻找潜在治疗靶点	B细胞急性淋巴细胞白血病细胞	表观遗传学	B细胞急性淋巴细胞白血病	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	NA
43	2025-05-02	Single-cell transcriptome profiling of the human endometrium of patients with intrauterine adhesions 2025-Apr-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-97433-1 PMID:40301474	研究论文	通过单细胞RNA测序比较分析子宫内膜粘连患者和健康对照的子宫内膜组织，揭示子宫内膜微环境紊乱的分子机制	首次在单细胞分辨率下对子宫内膜粘连患者的子宫内膜组织进行转录组分析，发现特定成纤维细胞亚群和内皮细胞的功能异常	样本量较小（5例子宫内膜组织），需要更大规模研究验证发现	探究子宫内膜粘连的病理生理机制	人类子宫内膜组织	数字病理学	子宫内膜粘连	scRNA-Seq	NA	单细胞转录组数据	5例子宫内膜组织（患者和健康对照），55,308个细胞
44	2025-05-02	Integration of multi-omics data to unveil the molecular landscape and role of piRNAs in early-onset colorectal cancer 2025-Apr-29, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-025-04074-2 PMID:40301858	research paper	该研究通过多组学分析揭示了早发性结直肠癌（EOCRC）的分子特征，并探讨了PIWIL1相关piRNAs在调节EOCRC转移和侵袭中的作用	首次通过多组学方法揭示了EOCRC的分子特征，并发现PIWIL1/piRNA作为EOCRC的标志物，特别是FR019089作为潜在的预后生物标志物	样本量相对较小，特别是EOCRC病例仅69例，可能影响结果的普遍性	阐明EOCRC的分子机制，特别是其侵袭性和转移性的关键驱动因素	早发性结直肠癌（EOCRC）和晚发性结直肠癌（LOCRC）患者	digital pathology	colorectal cancer	multi-omics profiling, RNA-seq, scRNA-seq, DNA methylation analysis	NA	genomic, epigenomic, transcriptomic data	515例（69例EOCRC和446例LOCRC）
45	2025-05-02	Inhibition of adenosine/A2A receptor signaling suppresses dermal fibrosis by enhancing fatty acid oxidation 2025-Apr-29, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02210-2 PMID:40301970	研究论文	该研究探讨了腺苷/A2A受体信号通过增强脂肪酸氧化抑制皮肤纤维化的机制	揭示了腺苷代谢-A2A受体轴与脂肪酸氧化在系统性硬化症相关皮肤纤维化中的关键相互作用，提出了靶向A2A受体-FAO代谢轴的治疗策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床转化需要进一步验证	探索腺苷/A2A受体信号在皮肤纤维化中的作用机制	系统性硬化症患者的血浆样本、小鼠皮肤纤维化模型、人类真皮成纤维细胞	代谢研究	系统性硬化症	代谢组学分析、单细胞RNA测序、Seahorse分析	基因敲除小鼠模型	代谢组数据、RNA测序数据	35名系统性硬化症患者的血浆样本、BLM和HOCL诱导的小鼠皮肤纤维化模型
46	2025-05-02	Single-cell multi-dimensional data analysis decodes RNF19A-mediated drug resistance in rheumatoid arthritis fibroblast-like synoviocytes: mechanisms and biological insights 2025-Apr-28, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-025-05707-8 PMID:40293542	research paper	该研究通过单细胞多维数据分析，揭示了RNF19A在类风湿关节炎成纤维样滑膜细胞中介导药物耐药的机制及其生物学意义	首次发现RNF19A在耐药性成纤维样滑膜细胞中显著过表达，并通过泛素化降解MKP-1激活MAPK信号通路，形成正反馈循环促进药物耐药	研究主要基于公共单细胞转录组数据，实验验证部分可能受样本量限制	探索类风湿关节炎成纤维样滑膜细胞药物耐药的分子机制	骨关节炎和类风湿关节炎滑膜组织的单细胞转录组数据	生物信息学	类风湿关节炎	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据	公共数据库中的骨关节炎和类风湿关节炎滑膜组织样本
47	2025-05-02	FOXM1 could serve as a bridge mediating prognosis and immunity for clear cell renal cell carcinoma via single-cell and bulk RNA-sequencing 2025-Apr-28, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02438-x PMID:40293585	研究论文	本研究探讨了FOXM1在透明细胞肾细胞癌(ccRCC)中的预后和免疫调节作用	首次通过单细胞和批量RNA测序验证了FOXM1在ccRCC中作为预后和免疫调节桥梁的作用	研究主要基于公共数据库数据，需要更多实验验证	探究FOXM1在ccRCC预后和免疫治疗中的作用机制	透明细胞肾细胞癌(ccRCC)组织和患者	癌症基因组学	肾细胞癌	批量RNA测序, 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫组化, qRT-PCR	Cox回归分析	RNA测序数据, 临床数据	TCGA数据库中的ccRCC样本
48	2025-05-02	Mapping immune cell dynamics and macrophage plasticity in breast cancer tumor microenvironment through single-cell analysis 2025-Apr-28, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02419-0 PMID:40293603	研究论文	通过单细胞分析研究乳腺癌肿瘤微环境中免疫细胞动态和巨噬细胞可塑性	使用单细胞RNA测序技术和多种计算工具，全面分析乳腺癌中的免疫细胞亚群和巨噬细胞亚型，揭示了巨噬细胞亚型与乳腺癌细胞之间的潜在相互作用机制	NA	理解乳腺癌肿瘤微环境中免疫细胞与癌细胞之间的相互作用机制	乳腺癌肿瘤微环境中的免疫细胞和巨噬细胞亚型	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	Sc-Type, infercnv, CellChat, CytoTRACE, Monocle	单细胞RNA测序数据	NA
49	2025-05-02	A Germline Heterozygous Dominant Negative IKZF2 Variant Causing Syndromic Primary Immune Regulatory Disorder and ICHAD 2025-Apr-28, Journal of clinical immunology IF:7.2Q1 DOI:10.1007/s10875-025-01882-2 PMID:40295428	研究论文	本文详细描述了一名儿科患者的免疫学评估，该患者携带一种新发现的IKZF2基因变异，导致ICHAD综合征	首次报道了生殖系显性负性HELIOS缺陷的免疫表型，并在单细胞水平上扩展了对AIHA发病机制的理解	研究仅基于一名患者，样本量较小	研究IKZF2基因变异导致的免疫失调及其对淋巴细胞亚群功能的影响	携带IKZF2基因变异的儿科患者及其免疫细胞	免疫学	原发性免疫调节障碍	多参数流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	基因测序数据、流式细胞数据	1名儿科患者
50	2025-05-02	Epigenetic silencing of DNA sensing pathway by FOXM1 blocks stress ligand-dependent antitumor immunity and immune memory 2025-Apr-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59186-3 PMID:40295473	研究论文	研究揭示了转录因子FOXM1通过表观遗传沉默DNA感知通路，抑制应激配体依赖的抗肿瘤免疫和免疫记忆的机制	首次发现FOXM1通过DNMT1-UHRF1复合物表观遗传沉默STING蛋白，从而抑制ULBP1表达，影响肿瘤免疫微环境	未涉及FOXM1在不同癌症类型中的普遍性验证	探究FOXM1在肿瘤免疫微环境中的作用机制	肿瘤细胞及其微环境	肿瘤免疫学	癌症	单细胞测序	NA	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
51	2025-05-02	Strigolactones optimise plant water usage by modulating vessel formation 2025-Apr-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59072-y PMID:40295470	研究论文	研究揭示了独脚金内酯（SL）信号通路通过调节导管形成优化植物水分利用的机制	首次在单细胞水平上揭示了SL信号通路在导管形成中的负调控作用及其对植物水分利用的影响	研究仅限于拟南芥，未在其他植物物种中验证	探究植物维管组织发育调控机制及其与水分利用的关系	拟南芥的维管形成层干细胞（CSCs）及导管分子	植物生物学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
52	2025-05-02	Unveiling fine-scale spatial structures and amplifying gene expression signals in ultra-large ST slices with HERGAST 2025-Apr-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59139-w PMID:40295488	研究论文	提出HERGAST系统，用于超大规模和高分辨率空间转录组数据的空间结构识别和信号放大	设计了Divide-Iterate-Conquer框架处理超大规模空间转录组数据，构建异构图网络结合局部和全局空间关系	未明确提及	提升超大规模空间转录组数据的分析能力	超大规模和高分辨率空间转录组数据	空间转录组学	结直肠癌, 乳腺癌	空间转录组学技术	异构图网络	空间转录组数据	未明确提及
53	2025-05-02	Disulfidptosis in tumor progression 2025-Apr-28, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02495-9 PMID:40295497	review	本文系统阐述了二硫键凋亡在肿瘤代谢重编程中的关键作用，重点关注其分子机制及与其他细胞死亡途径的区别	通过整合多组学数据和单细胞转录组学，全面解析了二硫键凋亡相关基因的异质性表达模式及其与免疫微环境重塑的动态相互作用	NA	探讨二硫键凋亡在肿瘤进展中的作用及其在精准肿瘤学中的潜在应用	二硫键凋亡相关基因（DRGs）和二硫键凋亡相关长链非编码RNA（DRLs）	肿瘤学	肿瘤	多组学数据整合、单细胞转录组学	NA	多组学数据、单细胞转录组数据	NA
54	2025-05-02	Investigative needle core biopsies support multimodal deep-data generation in glioblastoma 2025-Apr-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58452-8 PMID:40295505	研究论文	本文探讨了立体定向针芯活检在胶质母细胞瘤（GBM）治疗反应监测中的可行性和效用，展示了通过常规活检进行多组学深度数据分析的潜力	首次系统性地利用常规立体定向针芯活检组织进行高分辨率多组学分析，并探索了其在构建患者来源异种移植（PDX）模型中的应用	研究样本量未明确说明，且活检组织获取的侵入性可能限制临床广泛应用	评估立体定向活检在胶质母细胞瘤治疗监测和基础研究中的价值	胶质母细胞瘤患者的立体定向针芯活检组织	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、代谢组学、蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学、T细胞克隆型分析、MHC I类免疫肽组学	患者来源异种移植（PDX）模型	多组学数据	NA
55	2025-05-02	DNA damage in proximal tubules triggers systemic metabolic dysfunction through epigenetically altered macrophages 2025-Apr-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59297-x PMID:40295524	研究论文	研究发现肾近端小管上皮细胞的DNA损伤通过表观遗传学改变的巨噬细胞引发全身代谢功能障碍	揭示了肾脏DNA损伤通过巨噬细胞的表观遗传学改变影响全身代谢的新机制	未明确DNA损伤如何具体导致巨噬细胞基因低甲基化的分子机制	探究肾近端小管上皮细胞DNA损伤对全身代谢功能的影响	肾近端小管上皮细胞、巨噬细胞、脂肪组织和肝脏	表观遗传学	代谢功能障碍	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
56	2025-05-02	Single-nucleus RNA sequencing reveals a preclinical model for the most common subtype of glioblastoma 2025-Apr-28, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08092-x PMID:40295632	研究论文	通过单核RNA测序技术，研究了一种免疫活性小鼠模型中胶质母细胞瘤（GBM）及其肿瘤微环境（TME）的特征，并验证了该模型与人类GBM中最常见亚型的相似性	利用单核RNA测序（snRNA-seq）和Visium空间转录组学技术，首次在免疫活性小鼠模型中详细描述了GBM及其TME的特征，并识别了与神经回路整合、免疫逃逸和免疫抑制相关的关键靶点	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证，且样本量有限	探索胶质母细胞瘤（GBM）的肿瘤微环境（TME）特征，为开发新的治疗方法提供临床前模型	免疫活性小鼠模型中的胶质母细胞瘤（GBM）及其肿瘤微环境（TME）	数字病理学	胶质母细胞瘤	单核RNA测序（snRNA-seq）、Visium空间转录组学	免疫活性小鼠模型	RNA测序数据、空间转录组数据	未明确说明具体样本数量，但涉及不同阶段和处理的GBM干细胞
57	2025-05-02	Integrated spatial and single cell transcriptomics identifies PRKDC as a dual prognostic biomarker and therapeutic target in hepatocellular carcinoma 2025-Apr-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-98866-4 PMID:40295654	research paper	该研究通过整合空间转录组学和单细胞转录组学，揭示了PRKDC作为肝细胞癌（HCC）的双重预后生物标志物和治疗靶点	首次整合空间转录组学、单细胞转录组学和批量RNA-seq技术，揭示了PRKDC在HCC中的新角色及其与肿瘤免疫微环境的关联	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	探索PRKDC在HCC预后和治疗中的潜在作用	肝细胞癌（HCC）组织和细胞系	digital pathology	liver cancer	spatial transcriptomics, scRNA-seq, bulk RNA-seq, CNV analysis	NA	RNA sequencing data, genomic data	HCC组织样本和细胞系（具体数量未明确说明）
58	2025-05-02	Unveiling the heterogeneity and immunotherapy potency of tumor-associated neutrophils in the tumor microenvironment of gastric cancer 2025-Apr-28, BMC gastroenterology IF:2.5Q2 DOI:10.1186/s12876-025-03920-0 PMID:40295944	研究论文	本研究通过单细胞转录组数据集分析了胃癌肿瘤微环境中肿瘤相关中性粒细胞（TANs）的异质性及其与恶性胃上皮细胞的相互作用	揭示了TANs在胃癌肿瘤微环境中的异质性及其与恶性胃上皮细胞的相互作用模块，并发现RGS2在N4亚群中高表达，可能成为免疫治疗的潜在靶点	样本量较小（12个样本），且仅基于转录组数据，缺乏功能实验验证	探究胃癌肿瘤微环境中TANs的异质性及其免疫治疗潜力	胃癌肿瘤微环境中的肿瘤相关中性粒细胞（TANs）和恶性胃上皮细胞	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	12个样本（包括胃原发肿瘤、非肿瘤组织和转移性肿瘤）
59	2025-05-02	Characterization of T cells in the progression of dry eye disease using single-cell RNA sequencing in mice 2025-Apr-28, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-025-02607-2 PMID:40296131	研究论文	利用单细胞RNA测序技术研究小鼠干眼病进展过程中T细胞的特征	首次使用单细胞RNA测序和CyTOF技术揭示干眼病中T细胞的动态变化及其功能状态	研究仅基于小鼠模型，结果可能无法完全适用于人类	阐明T细胞在干眼病进展中的调控作用	小鼠干眼病模型中的T细胞	免疫学	干眼病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 飞行时间质谱流式细胞术(CyTOF)	NA	基因表达数据	小鼠干眼病模型在不同时间点(D3和D7)的样本
60	2025-05-02	Cardiac endothelial cells and cardiomyocytes alter their communication properties in diabetic mice 2025-Apr-28, Biological research IF:4.3Q1 DOI:10.1186/s40659-025-00602-9 PMID:40296165	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探索了糖尿病小鼠心脏中心肌细胞和内皮细胞的异质性及其通讯特性	揭示了糖尿病心脏中内皮细胞和心肌细胞的异质性变化及其通讯网络的改变，特别是ANGPTL和SEMA4信号通路的增强	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类需要进一步验证	探索糖尿病心脏中心肌细胞和内皮细胞的异质性及其通讯特性	糖尿病小鼠心脏中的心肌细胞和内皮细胞	生物医学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	来自对照和链脲佐菌素诱导的糖尿病小鼠的心脏组织