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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
41 2026-06-17
CellBouncer, a unified toolkit for single-cell demultiplexing and ambient RNA analysis, reveals hominid mitochondrial incompatibilities
2026-Jun-10, Cell genomics IF:11.1Q1
研究论文 CellBouncer是一个用于单细胞解复用和背景RNA分析的综合工具包,揭示了人类与黑猩猩线粒体之间的不兼容性 开发了统一的计算工具包CellBouncer,能同时进行多物种和多个体细胞混合物的分离与定量,量化每细胞中的背景RNA污染,并推断个体对背景RNA库的贡献 未在文中明确提及局限性 开发和完善针对单细胞测序池化实验的解复用和背景RNA分析方法 单细胞测序数据(包括多物种、多个体细胞混合物,脂质偶联条形码,CRISPR单引导RNA等) 机器学习 NA 单细胞RNA-seq NA 基因表达数据 涉及十个细胞融合系 NA 单细胞RNA-seq NA NA
42 2026-06-17
Single-cell transcriptomics reveals differences between chorionic and basal plate cytotrophoblasts and 2D-cultured trophoblast stem cells
2026-Jun-10, Communications biology IF:5.2Q1
研究论文 单细胞转录组学揭示了绒毛膜和基底板细胞滋养层与二维培养滋养层干细胞之间的差异 首次通过单细胞RNA测序和空间转录组学系统比较了早期和晚期妊娠早期胎盘绒毛细胞滋养层(vCTB)以及基底板和绒毛膜区域CTB的转录多样性,并发现滋养层干细胞(TSC)最类似于EVT前体细胞,且TSC在体外培养过程中失去了体内初始状态标记 研究仅基于早期妊娠胎盘(6-14周),未涵盖更晚孕期或病理状态,且TSC系可能偏向于EVT谱系,未能完全代表所有CTB状态 探索早期妊娠胎盘绒毛细胞滋养层的转录多样性及其与滋养层干细胞的关系 早期妊娠胎盘的绒毛细胞滋养层、基底板CTB、绒毛膜CTB、以及从6-8周胎盘衍生的滋养层干细胞系 单细胞转录组学 NA 单细胞RNA测序,空间转录组学 NA 单细胞RNA-seq数据,空间转录组数据 早期(6-8周)和晚期(12-14周)妊娠第一期胎盘绒毛组织,三个滋养层干细胞系 10x Genomics, NanoString 单细胞RNA测序,空间转录组学 10x Chromium, GeoMx 10x Chromium Single Cell 3', GeoMx Digital Spatial Profiler
43 2026-06-17
Translational potential of GMP-grade human umbilical cord-derived mesenchymal stem cells (UC-MSCs) in traumatic spinal cord injury: a preclinical study in rat
2026-Jun-10, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 研究GMP级人脐带间充质干细胞在大鼠创伤性脊髓损伤中的治疗效果与机制 首次使用GMP级UC-MSCs在大鼠脊髓损伤模型中全面评估其疗效,包括高剂量(3×10⁷细胞/kg)的显著改善效果,并通过单细胞RNA测序和sRNA测序揭示其免疫调节、神经保护和抗炎机制 仅使用大鼠模型,缺乏临床人体试验证据;样本量相对较小(50只大鼠);未探讨最佳给药时间窗口 评估GMP级人脐带间充质干细胞在创伤性脊髓损伤中的治疗潜力和作用机制 50只Sprague-Dawley大鼠,建立T10级脊髓损伤模型 数字病理学 脊髓损伤 scRNA-seq、sRNA测序、ELISA、免疫荧光、MRI NA 影像、文本、组学数据 50只Sprague-Dawley大鼠 NA 单细胞RNA测序 NA NA
44 2026-06-17
Aberrant STAT signaling and T cell dysregulation define a targetable pediatric sepsis endotype
2026-Jun-09, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1
研究论文 该研究通过整合深度免疫表型分析、血浆蛋白质组学、单细胞转录组学和磷酸流式细胞术,在前瞻性队列中识别出儿科脓毒症的一种异常STAT信号和T细胞失调的内型 首次定义了由IL-6和IFN-γ驱动的儿科脓毒症T细胞功能障碍内型,并揭示JAK/STAT轴作为免疫调节治疗的潜在靶点 信息未明确提供 阐明儿科脓毒症中免疫异质性的机制并寻找可靶向治疗的内型 88名危重病患儿的免疫细胞和血浆样本 数字病理学 儿科脓毒症 血浆蛋白质组学、单细胞RNA测序、磷酸流式细胞术 无监督聚类(对血浆细胞因子进行聚类) 转录组数据、蛋白质组数据、流式细胞术数据 88名危重病患儿 NA 单细胞RNA测序 NA NA
45 2026-06-17
Single-cell spatial transcriptomics of formalin-fixed, paraffin-embedded biopsies reveals colitis-associated cell networks
2026-Jun-09, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1
研究论文 利用成像型单细胞空间转录组学对福尔马林固定石蜡包埋活检组织进行分析,揭示了与结肠炎相关的细胞网络 首次将成像型单细胞空间转录组学应用于临床福尔马林固定石蜡包埋黏膜活检样本,并识别出与维多珠单抗治疗反应相关的两种不同抗性原型 未提供 探究溃疡性结肠炎病理机制并识别治疗反应生物标志物 溃疡性结肠炎患者、免疫检查点抑制剂诱导性结肠炎患者和健康对照者的福尔马林固定石蜡包埋黏膜活检组织 数字病理学 溃疡性结肠炎 成像型单细胞空间转录组学 未提供 图像 包括溃疡性结肠炎患者、免疫检查点抑制剂诱导性结肠炎患者和健康对照者的福尔马林固定石蜡包埋黏膜活检样本 10x Genomics 单细胞空间转录组学 10x Xenium 自定义Xenium基因面板
46 2026-06-17
Rexiao Kuining decoction ameliorates ulcerative colitis by restoring immune homeostasis via the protein kinase C alpha-FMS-like tyrosine kinase 3 ligand axis: multi-omics evidence
2026-Jun-08, Journal of ethnopharmacology IF:4.8Q1
研究论文 本文通过整合多组学(包括UHPLC-MS、网络药理学、孟德尔随机化、转录组机器学习和单细胞RNA测序)及实验验证,发现热泻困宁汤通过调节PKCα-FLT3L轴恢复免疫稳态,从而改善溃疡性结肠炎 首次结合孟德尔随机化、转录组机器学习和单细胞RNA测序等多组学方法系统阐明热泻困宁汤治疗溃疡性结肠炎的分子机制,并发现PKCα-FLT3L轴在免疫稳态恢复中的关键作用 未提及明确局限性 研究热泻困宁汤对溃疡性结肠炎的治疗效果及其分子机制 溃疡性结肠炎患者、DSS诱导的小鼠结肠炎模型和LPS刺激的树突状细胞 自然语言处理(指转录组机器学习)、数字病理学(指标签注释) 溃疡性结肠炎 UHPLC-Q-Exactive Orbitrap MS、网络药理学、孟德尔随机化、转录组机器学习、单细胞RNA测序、分子对接与动力学模拟 机器学习模型(用于基因筛选) 转录组数据、单细胞RNA测序数据、质谱数据 训练集和验证集(AUC分别为0.97和0.93)涉及患者数据;小鼠和细胞实验样本量未明确说明 NA 单细胞RNA测序 NA NA
47 2026-06-17
Single-cell and spatial transcriptomics unveil myeloid-lymphoid cross talk and the dermal immune niche underlying palmoplantar pustulosis
2026-Jun, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1
研究论文 利用单细胞RNA测序和空间转录组学揭示掌跖脓疱病中髓系-淋巴系交叉对话及其皮肤免疫微环境 首次通过单细胞转录组与空间转录组联合分析,系统描绘PPP进展过程中的免疫动态网络,并鉴定出CCL19+真皮上层淋巴样免疫微环境及CXCL1/6/8-ACKR1信号在诱导中性粒细胞募集中的关键作用 样本仅来自足部病变,未涉及手掌部位;功能验证和药物预测尚需进一步实验证实 探究掌跖脓疱病的免疫微环境及其发病机制 掌跖脓疱病患者的脓疱及非脓疱足部病灶样本 数字病理学 掌跖脓疱病 单细胞RNA测序,空间转录组学 NA 单细胞转录组数据,空间转录组数据 来自PPP患者的脓疱及非脓疱足部病变组织样本 10x Genomics 单细胞RNA测序,空间转录组学 10x Chromium,10x Visium 10x Chromium单细胞3'测序平台用于单细胞RNA测序,10x Visium用于高分辨率空间转录组分析
48 2026-06-17
Matrix Stiffness Directs Early Injury and Ketogenesis Programs to Prime Kidney Repair
2026-Jun-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1
研究论文 通过整合空间转录组学和蛋白质组学,揭示基质刚度通过Mfap2-Esr2-Hmgcs2信号轴调控急性肾损伤修复中的酮体生成与力学代谢机制 首次发现微纤维相关蛋白2(Mfap2)作为核心基质组分的力学代谢调控作用,并揭示其通过非经典Hippo通路独立于YAP/TAZ效应器调控酮体生成的分子机制 研究主要基于动物模型,Mfap2-Esr2-Hmgcs2回路在人类AKI中的临床相关性需进一步验证 阐明细胞外基质通过力学信号调控急性肾损伤修复的分子机制 急性肾损伤小鼠模型中的成纤维细胞、周细胞及肾小管细胞 空间转录组学, 蛋白质组学 急性肾损伤 数据非依赖采集全局蛋白质组学, 磷酸化蛋白质组学, 空间转录组学 NA 空间转录组数据, 蛋白质组数据 NA 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium 10x Visium空间基因表达分析平台
49 2026-06-17
Spatially resolved ex vivo drug response profiling in SMARCB1-deficient sinonasal carcinoma
2026-Jun, EMBO molecular medicine IF:9.0Q1
研究论文 结合单核RNA测序、空间转录组学和离体患者来源组织切片培养,解析SMARCB1缺陷型鼻腔鼻窦癌的瘤内异质性、微环境组织及治疗脆弱性,并发现mTOR抑制剂Sapanisertib能诱导肿瘤坏死并消耗特定恶性细胞亚群 首次为SMARCB1缺陷型鼻腔鼻窦癌建立了综合性的离体药物反应图谱,结合单核RNA测序、空间转录组学和患者来源组织切片培养,揭示了肿瘤内异质性和微环境组织,并鉴定出对mTOR抑制剂Sapanisertib敏感的恶性细胞亚群 研究主要基于一个指标病例,虽然补充了12例回顾性队列,但样本量仍然较小,可能无法完全代表该罕见肿瘤的多样性 解析SMARCB1缺陷型鼻腔鼻窦癌的瘤内异质性和微环境组织,并评估其治疗脆弱性 SMARCB1缺陷型鼻腔鼻窦癌的肿瘤组织和细胞 数字病理学 鼻腔鼻窦癌 snRNAseq, 空间转录组学, 离体组织切片培养 NA 单核RNA测序数据, 空间转录组学数据, 组织切片培养数据 1例指标病例和12例回顾性队列 NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
50 2026-06-17
anndataR improves interoperability between R and Python in single-cell transcriptomics
2026-Jun-01, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 anndataR 提升了单细胞转录组学中 R 和 Python 之间的互操作性 提供了一个原生 R 包,允许 R 用户直接读取和写入 H5AD 文件,并轻松转换为 SingleCellExperiment 或 Seurat 对象,无需依赖 Python 环境 仅描述了对兼容性的严格测试,未明确提及潜在的性能瓶颈或功能局限性 解决单细胞转录组数据在 R 和 Python 之间互操作性困难的问题 H5AD 文件格式及 R 语言环境中的数据处理对象 生物信息学 NA 单细胞转录组学 NA NA NA NA 单细胞 RNA-seq NA NA
51 2026-06-17
CeSpGRN: inferring cell-specific gene regulatory networks from single-cell multi-omics and spatial data
2026-Jun-01, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 提出了从单细胞多组学和空间数据推断细胞特异性基因调控网络的方法CeSpGRN 利用核加权高斯图模型实现细胞级别的基因调控网络推断,能有效整合多组学和空间位置信息 未明确说明局限性,但可能对数据质量要求高且计算复杂度较大 开发可从单细胞RNA-seq、配对scRNA-seq与scATAC-seq或空间转录组数据中推断细胞特异性基因调控网络的方法 单细胞多组学和空间转录组数据中的基因调控关系 机器学习 NA 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq,空间转录组学 核加权高斯图模型 基因表达、染色质可及性和空间位置数据 模拟数据集和多个真实数据集 NA 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq,空间转录组学 NA NA
52 2026-06-17
Endogenously generated Dutch-type Aβ non-fibrillar aggregates dysregulate presynaptic neurotransmission in the absence of detectable inflammation
2026-Jun, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
研究论文 研究荷兰型Aβ非纤维聚集体在无炎症情况下对突触前神经传递的调控作用 首次发现内源性产生的荷兰型Aβ非纤维聚集体在不引发炎症的情况下即可导致突触前神经传递失调,并揭示其与线粒体复合物I活性降低和兴奋性神经元转录组变化相关 未明确阐述研究局限性 评估荷兰型Aβ非纤维聚集体积累对大脑生理、转录组、超微结构、组织学和代谢变化的影响 APPE693Q转基因小鼠的大脑 神经科学 阿尔茨海默病 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 APPE693Q转基因小鼠 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium NA
53 2026-06-17
Benchmarking plant single cell RNA-sequencing sample processing strategies
2026-Jun, The EMBO journal
研究论文 系统比较单细胞RNA测序样品处理策略,以植物拟南芥为模型,评估细胞富集技术和测序平台 首次系统比较传统流式细胞术、图像流式细胞术和磁珠分选等细胞富集技术,以及10X Genomics和BD Rhapsody两个单细胞RNA测序平台在植物单细胞研究中的应用 研究仅基于拟南芥根组织,未涵盖其他植物组织或物种,且未评估长期储存等更多实验条件的影响 评估和优化植物单细胞RNA测序的样品处理流程,减少细胞富集和测序中的偏差 拟南芥根细胞 单细胞转录组学 NA 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 拟南芥根组织样本,具体数量未提及 10x Genomics, BD Biosciences 单细胞RNA-seq 10x Chromium, BD Rhapsody 10x Chromium单细胞3'测序和BD Rhapsody单细胞分析系统
54 2026-06-17
Generation and Single-Cell Transcriptomic Analysis of Hepatocellular Carcinoma Organoids following Drug Treatment
2026-May-26, Journal of visualized experiments : JoVE
研究论文 开发了一种结合药物处理的肝细胞癌类器官生成与单细胞转录组分析的标准流程 建立了将类器官药物处理与下游单细胞转录组分析相连接的实用实验流程,并提供了提高可重复性和样本质量的关键技术注意事项 NA 建立肝细胞癌类器官药物处理前后单细胞转录组分析的工作流程 肝细胞癌类器官样本 数字病理学 肝细胞癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 NA 10x Genomics 单细胞RNA-seq 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3'
55 2026-06-17
Optimized Preparation of Whole Murine Tumor-Bearing Lung Tissue for Flow Cytometry and Single-Cell RNA-Sequencing
2026-May-22, Journal of visualized experiments : JoVE
研究论文 提出了一种从荷瘤小鼠肺组织中制备高质量单细胞悬液用于流式细胞术和单细胞RNA测序的优化方案 针对肿瘤形成过程中肺组织纤维化和异质性特点,优化了组织灌注、酶消化、机械解离等步骤,实现了>85%的细胞活性率,并有效分离tdTomato标记的肿瘤细胞 未提及 开发从健康及荷瘤小鼠肺组织中高效制备高活性单细胞悬液的标准化流程 Kras; tdTomato报告基因小鼠模型中的健康及荷瘤肺组织 单细胞转录组学 非小细胞肺癌 单细胞RNA测序, 流式细胞术 NA 单细胞转录组数据 Kras; tdTomato报告基因小鼠模型 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium NA
56 2026-06-17
Siglec-15 binds mucin-domain glycoproteins with extended glycans and marks an osteoclast-like, matrix remodeling myeloid state in human tumors
2026-May-22, Glycobiology IF:3.4Q2
研究论文 本研究揭示了Siglec-15与癌细胞表面表达延伸糖链的黏蛋白结构域糖蛋白结合,并在人类肿瘤中标记一种类破骨细胞、基质重塑的髓系细胞状态 首次通过免疫沉淀-质谱法在胰腺癌细胞系中鉴定出多个与Siglec-15结合的黏蛋白结构域糖蛋白,并明确复杂N-糖链和延伸型O-糖链对Siglec-15结合的作用,同时通过单细胞转录组数据关联Siglec-15表达与类破骨细胞及基质重塑髓系程序 研究主要在体外细胞系和公开数据集上进行,缺乏体内或临床样本验证,且THP-1共培养模型可能无法完全模拟体内肿瘤微环境 阐明Siglec-15识别癌细胞的分子基础,并探讨其表达在肿瘤相关髓系细胞中的转录和功能程序 人类胰腺癌细胞系AsPC-1、公开的单细胞RNA测序数据集中的肿瘤相关髓系细胞、THP-1单核细胞共培养模型 糖生物学与肿瘤免疫学 胰腺癌、多种人类肿瘤 免疫沉淀-质谱、单细胞RNA测序、基因表达分析 NA 质谱数据、单细胞转录组数据 单细胞数据集来自公开数据,具体样本量未提及;THP-1共培养模型使用一个细胞系 NA 单细胞RNA测序 NA NA
57 2026-06-17
Machine learning-based study on Xin-Pi simultaneous treatment formula via drug nanodelivery systems regulating macrophage polarization and TEAD2/PKM2 synergistic repair strategy in myocarditis
2026-May-17, SLAS technology IF:2.5Q3
研究论文 利用机器学习与药物纳米递送系统研究心脾同治法通过调控巨噬细胞极化和TEAD2/PKM2协同修复策略治疗心肌炎的分子机制 首次系统阐明心脾同治法结合纳米载药系统通过调控巨噬细胞M1/M2极化平衡和TEAD2/PKM2代谢重编程网络修复心肌炎损伤的分子机制,并整合机器学习、单细胞测序、空间转录组学等多维技术 研究仅在动物模型中进行,尚需在人类队列和临床试验中验证其临床转化可行性 分析心脾同治方纳米载药系统通过调控巨噬细胞极化和TEAD2/PKM2信号通路治疗心肌炎的分子机制 心肌炎小鼠模型 机器学习 心血管疾病 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 代谢组学, 蛋白质组学, 网络药理学 随机森林, 支持向量机, XGBoost 图像, 文本 心肌炎小鼠模型(具体样本数未提及) NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
58 2026-06-17
Spatiotemporal dynamics of adoptively transferred stem-like CD8+ T cells in the tumor microenvironment following vaccination
2026-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究开发了一种优化过继性T细胞疗法的方法,并利用空间转录组学揭示疫苗接种后干细胞样和效应CD8 T细胞在肿瘤微环境中差异介导肿瘤控制的机制 首次结合干细胞样CD8 T细胞过继转移与静脉疫苗接种,利用空间转录组学揭示肿瘤微环境的转录组重塑机制 NA 优化过继性T细胞疗法,解析干细胞样CD8 T细胞在肿瘤微环境中的空间动态调控机制 肿瘤特异性CD8 T细胞、肿瘤微环境 数字病理学 癌症 空间转录组学 NA 空间转录组数据 NA 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium 10x Visium空间转录组学平台
59 2026-06-17
Histone H3 lysine 18 lactylation-mediated SULF1 transcription promotes atherosclerosis by regulating endothelial-to-mesenchymal transition
2026-May-13, Cardiovascular research IF:10.2Q1
研究论文 该论文研究了组蛋白H3赖氨酸18乳酰化介导的SULF1转录通过调控内皮-间充质转化促进动脉粥样硬化的机制 揭示了氧化应激下代谢与表观遗传通过H3K18la和HDAC3的精确串扰调控SULF1转录及EndMT的新机制 未提及具体限制 探讨SULF1在氧化应激诱导的内皮-间充质转化及动脉粥样硬化中的作用机制 内皮细胞、动脉粥样硬化斑块、小鼠模型 数字病理学 动脉粥样硬化 单细胞转录组测序 NA 单细胞转录组数据 人类颈动脉粥样硬化核心样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
60 2026-06-17
δ-catenin controls layer-specific transcriptional maturation of astrocytes via Zbtb20
2026-May-13, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究鉴定了δ-连环蛋白通过Zbtb20控制星形胶质细胞层特异性转录成熟的机制 首次揭示δ-连环蛋白作为黏附连接组分连接细胞间相互作用与转录调控,协调神经细胞类型转录成熟,特别是星形胶质细胞的层特异性身份建立 未提及具体局限性 研究δ-连环蛋白在哺乳动物皮层回路发育中协调神经细胞类型转录成熟的机制 δ-连环蛋白、Zbtb20转录因子、星形胶质细胞、皮层回路 机器学习 神经发育障碍 单核RNA测序、空间转录组学 NA 基因表达数据 NA 10x Genomics 单核RNA测序、空间转录组学 10x Chromium 10x Chromium单核RNA测序和空间转录组学平台
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