单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-06-20	Integrative analysis of bulk and single-cell gene expression profiles to identify bone marrow mesenchymal cell heterogeneity and prognostic significance in multiple myeloma 2025-Jun-16, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06637-6 PMID:40524208	研究论文	通过整合大量和单细胞基因表达谱，识别骨髓间充质细胞的异质性及其在多发性骨髓瘤中的预后意义	发现了一种独特的HMGhMSC亚克隆，并构建了基于该亚群的预后模型	NA	研究多发性骨髓瘤中骨髓间充质干细胞的异质性及其在疾病进展中的作用	健康供体和多发性骨髓瘤患者的骨髓样本	生物信息学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（10X）、批量转录组数据分析、Seurat、SCENIC、CellChat、COX和LASSO回归	预后模型	基因表达数据	GSE4581和GSE136337数据集作为训练集和验证集
42	2025-06-20	Prognostic analysis of bladder cancer with neddylation-related genes 2025-Jun-16, Hereditas IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s41065-025-00463-y PMID:40524221	research paper	本研究探讨了neddylation修饰在膀胱癌（BLCA）进展中的作用及其预后意义	通过WGCNA、LASSO和Cox回归分析，识别出6个与neddylation相关的关键基因（CUL1、PUM2、UBE2D3、HIF3A、COPS2和DDB1），并构建了具有良好诊断效率的预后模型	研究依赖于TCGA数据库的数据，未进行大规模独立队列验证	探索neddylation在膀胱癌进展中的作用及其预后意义	膀胱癌（BLCA）患者	生物信息学	膀胱癌	WGCNA、LASSO回归、Cox回归分析、RT-qPCR、单细胞测序	预后模型	基因表达数据	TCGA数据库中的膀胱癌患者数据及临床样本
43	2025-06-20	Multi-omics analyses of the heterogenous immune microenvironment in triple-negative breast cancer implicate UQCRFS1 potentiates tumor progression 2025-Jun-16, Experimental hematology & oncology IF:9.4Q1 DOI:10.1186/s40164-025-00672-1 PMID:40524231	研究论文	本研究通过多组学分析探讨了三阴性乳腺癌（TNBC）中异质性免疫微环境的作用，并发现UQCRFS1基因促进肿瘤进展	揭示了TNBC中免疫微环境的异质性，鉴定了IL32high Treg对肿瘤逃逸的关键作用，并开发了基于五个关键基因的恶性细胞指数（MCI）模型	样本量较小（仅9名TNBC初治患者），需要在更大规模的队列中进行验证	解析TNBC中肿瘤免疫微环境的异质性及其与肿瘤进展的关系	三阴性乳腺癌（TNBC）患者的肿瘤免疫微环境	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、空间转录组、蛋白质组学、qRT-PCR、Western blotting	LASSO-Cox回归模型	RNA测序数据、蛋白质表达数据	9名TNBC初治患者的单细胞RNA测序数据
44	2025-06-20	Pollutant Distribution in Vertebrates Across Scales: Organs, Cells, and Organelles 2025-Jun-16, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987) DOI:10.1016/j.envpol.2025.126680 PMID:40532810	综述	本文系统回顾了脊椎动物中环境污染物在器官、细胞和亚细胞水平的多尺度分布研究进展	强调了污染物生物转化带来的不确定性，并比较了纳米材料与传统污染物在分布特性上的差异	大多数研究集中在血液、肠道、肝脏和鳃/肺中污染物的细胞分布，亚细胞水平的研究较为有限	通过连接宏观积累与微观毒性机制，推进环境健康风险评估和靶向干预	脊椎动物中的环境污染物	环境健康	NA	单细胞测序等高分率技术	NA	NA	NA
45	2025-06-20	Spatial transcriptomics of Hirschsprung disease resection margins marks differential gene expression in myenteric plexus 2025-Jun-16, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2025.06.012 PMID:40532828	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
46	2025-06-20	Artificial intelligence approaches for tumor phenotype stratification from single-cell transcriptomic data 2025-Jun-13, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.98469 PMID:40511682	研究论文	本文介绍了一种名为SCellBOW的新型计算方法，用于从单细胞转录组数据中有效识别和高质量可视化肿瘤细胞亚群，并进行风险分层	SCellBOW是受NLP领域文档嵌入技术启发的创新方法，能够识别未知的AR-/NE恶性亚群并评估其侵袭性	缺乏与肿瘤scRNA-seq研究相关的临床注释数据	开发计算框架以表征肿瘤表型异质性并进行风险分层	转移性前列腺癌中的恶性细胞亚群	自然语言处理	前列腺癌	scRNA-seq	SCellBOW（基于NLP嵌入技术）	单细胞转录组数据	包括内部生成的人类脾细胞和匹配的外周血单个核细胞(PBMC)数据集在内的多个scRNA-seq数据集
47	2025-06-20	Single-cell resolution uncovers neighboring cell subtypes that share steroidogenic capacity during fetal testis development 2025-Jun-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2501392122 PMID:40460128	研究论文	利用单细胞技术揭示胎儿睾丸发育过程中类固醇生成能力的细胞亚型及其空间分布	通过单分子荧光原位杂交和单细胞RNA测序技术，首次揭示了胎儿Leydig细胞在类固醇生成中的异质性和空间分布变化	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物的验证	探究胎儿睾丸发育过程中单个和集体Leydig细胞对雄激素产生的贡献	小鼠胎儿睾丸中的Leydig细胞及其他间质细胞	发育生物学	NA	sm-FISH, scRNA-seq	NA	基因表达数据, 空间分布数据	从小鼠胚胎期13天到围产期的睾丸样本
48	2025-06-20	Exploring the role of LFNG in hepatoblastoma using multiomics and raise a query in proof link 2025-Jun-09, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149604 PMID:40499700	研究论文	本研究通过多组学分析探讨LFNG在肝母细胞瘤中的作用，并验证其对肿瘤免疫微环境的影响	首次结合单细胞转录组数据揭示LFNG作为细胞间通讯靶点促进肝母细胞瘤发展的机制	研究仅基于两个数据集和HUH6细胞系，样本来源有限	鉴定肝母细胞瘤中异常表达的基因并探索影响肿瘤免疫微环境的细胞间通讯靶点	肝母细胞瘤组织及HUH6细胞系	肿瘤基因组学	肝母细胞瘤	多组学分析（包括GO/KEGG富集分析、PPI网络构建、单细胞转录组分析）	NA	基因表达数据（来自GSE133039和GSE180664数据集）	两个肝母细胞瘤数据集（具体样本量未明确说明）+ HUH6细胞系
49	2025-06-20	scMetaIntegrator: a meta-analysis approach to paired single-cell differential expression analysis 2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.04.657898 PMID:40501846	研究论文	提出了一种新的元分析方法scMetaIntegrator，用于配对单细胞RNA测序数据的差异表达分析	该方法考虑了生物学重复和细胞变异性，解决了传统方法在配对scRNA-seq数据分析中的高假阳性率和假阴性率问题	未明确提及具体局限性	改进配对单细胞RNA测序数据的差异表达分析方法	配对单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	元分析方法	单细胞RNA测序数据	使用了真实和合成数据集（具体数量未提及）
50	2025-06-20	Next generation genetic screens in kinetoplastids 2025-Jun-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf515 PMID:40530689	综述	本文综述了动质体寄生虫中的遗传筛选技术及其在编码和非编码基因组区域的应用	结合基于图像和单细胞测序技术的遗传筛选方法，为细胞功能和调控机制提供了前所未有的见解	NA	探讨遗传筛选技术在动质体寄生虫基因组研究中的应用及其潜力	动质体寄生虫的编码和非编码基因组区域	遗传学	寄生虫病	CRISPR-Cas, 单细胞测序, 基于图像的筛选	NA	基因组数据, 图像数据	NA
51	2025-06-20	Mesenchymal Stem Cells and Fibroblasts Contribute to Microvascular Proliferation in Glioblastoma and are Correlated with Immunosuppression and Poor Outcome 2025-Jun-04, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0743 PMID:40131028	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了胶质母细胞瘤中的微血管增殖（MVP）机制及其与免疫抑制和不良预后的关联	揭示了PDGFRB作为引导间充质干细胞向更成熟的血管/血管周围基质细胞（PVSC）分化的潜在驱动基因，并发现了PDGFRB+ PVSCs与免疫抑制性髓系细胞亚群之间的相互作用	样本量较小（16例原发性胶质瘤患者样本），且机制研究仍需进一步验证	探究胶质母细胞瘤中微血管增殖（MVP）的机制及其临床意义	胶质母细胞瘤患者的血管/血管周围基质细胞（PVSC）和免疫细胞	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA速度分析、数字空间分析	NA	单细胞转录组数据	16例原发性胶质瘤患者样本
52	2025-06-20	The release of NETs during SFTSV infection downregulates the specific inflammatory factors that lead to liver and spleen damage 2025-Jun-04, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiaf053 PMID:40275780	研究论文	本文研究了严重发热伴血小板减少综合征病毒（SFTSV）感染过程中中性粒细胞胞外诱捕网（NETs）的释放如何下调特定炎症因子，导致肝脏和脾脏损伤	揭示了SFTSV感染触发NETosis的新机制，并发现NETs通过下调特定炎症因子影响免疫反应和器官修复	研究主要基于细胞和动物模型，临床样本验证有限	探究SFTSV感染过程中NETs释放对炎症因子和器官损伤的影响机制	SFTSV感染患者、细胞模型（Thp-1细胞）和动物模型	传染病学	严重发热伴血小板减少综合征	单细胞测序、转录组测序	NA	测序数据、组织样本	未明确说明患者样本数量，使用细胞和动物模型
53	2025-06-20	Prehabilitation during neoadjuvant chemotherapy results in an enhanced immune response in esophageal adenocarcinoma tumors: A randomized controlled trial 2025-Jun-03, Journal of sport and health science IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.jshs.2025.101063 PMID:40499717	research paper	该研究探讨了在新辅助化疗期间进行预康复运动训练对食管腺癌患者肿瘤免疫反应的影响	首次通过随机对照试验证明预康复运动训练能增强食管腺癌肿瘤中的免疫反应，特别是CD8+淋巴细胞和自然杀伤细胞的浸润	样本量较小（n=22），且未观察到临床结局（如生存率）的显著差异	评估预康复运动训练作为新辅助化疗期间免疫佐剂的潜在效果	局部晚期食管癌患者	肿瘤免疫学	食管腺癌	高分辨率多光谱免疫组化（mIHC）和NanoString空间转录组学	NA	组织样本和心肺功能数据	22名患者（预康复组11人，对照组11人）
54	2025-06-20	DiSC: a statistical tool for fast differential expression analysis of individual-level single-cell RNA-seq data 2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf327 PMID:40444783	研究论文	介绍了一种名为DiSC的统计工具，用于快速分析个体水平单细胞RNA测序数据的差异表达	DiSC通过提取多种分布特征、联合测试它们与感兴趣变量的关联，并使用灵活的置换测试框架控制假发现率，提供了高效且统计功效高的差异表达分析方法	虽然DiSC是为scRNA-seq数据开发的，但其在其他类型单细胞数据中的应用仍需进一步验证	开发一种高效且统计功效高的方法，用于分析个体水平单细胞RNA测序数据的差异表达	单细胞RNA测序数据	生物信息学	COVID-19, 阿尔茨海默病	scRNA-seq, 流式细胞术	统计模型	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及多种外周血单核细胞和神经细胞
55	2025-06-20	BCAT1 Activation Reprograms Branched-Chain Amino Acid Metabolism and Epigenetically Promotes Inflammation in Diabetic Retinopathy 2025-Jun-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.6.59 PMID:40530920	research paper	研究BCAT1激活如何重塑支链氨基酸代谢并通过表观遗传学机制促进糖尿病视网膜病变中的炎症反应	揭示了BCAT1在糖尿病条件下通过调节支链氨基酸代谢和表观遗传修饰促进视网膜炎症的新机制，并提出了BCAT1抑制剂作为潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未在人类临床试验中验证BCAT1抑制剂的效果	探究支链氨基酸代谢重塑及其在糖尿病视网膜病变进展中的作用	Müller细胞和糖尿病小鼠视网膜	代谢组学与表观遗传学	糖尿病视网膜病变	单细胞测序、靶向代谢组学、染色质免疫沉淀(ChIP)、RNA测序、激酶筛选实验	糖尿病小鼠模型	基因表达数据、代谢物数据、表观遗传数据	未明确说明样本数量，但涉及糖尿病小鼠模型和高糖处理的Müller细胞
56	2025-06-20	Exosomal PKM2: A Noninvasive Diagnostic Marker Linking Macrophage Metabolic Reprogramming to Gastric Cancer Pathogenesis 2025-Jun, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70056 PMID:40126044	研究论文	本研究探讨了血浆外泌体PKM2作为胃癌非侵入性诊断标志物的潜力及其在胃癌发病机制中的作用	首次揭示了外泌体PKM2通过激活巨噬细胞中SREBP1相关脂质合成途径促进胃癌发展的机制	研究样本量相对有限(216例)，且机制研究主要在体外进行	评估外泌体PKM2作为胃癌诊断标志物的潜力并阐明其促癌机制	胃癌患者和健康捐赠者的血浆样本及肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤生物标志物研究	胃癌	单细胞转录组测序分析	NA	血液样本数据	216份血液样本(来自胃癌患者和健康捐赠者)
57	2025-06-20	Association of Obesity and Innate Immune Markers With Resistance to Biologic Therapy in Psoriasis 2025-Jun-01, JAMA dermatology IF:11.5Q1 DOI:10.1001/jamadermatol.2025.0288 PMID:40172874	研究论文	探讨肥胖和先天免疫标志物与银屑病生物疗法耐药性的关联	首次揭示了表皮中失调的先天免疫反应和增强的中性粒细胞活性可能是生物疗法治疗效果持续降低的原因	样本量较小（87例患者），且为横断面研究，无法确定因果关系	阐明影响严重银屑病患者持续治疗反应的炎症微环境因素	18岁及以上患有斑块型严重银屑病的患者	皮肤病学	银屑病	空间转录组学通路分析、免疫荧光分析	NA	临床数据、基因表达数据	87例患者（24名女性，63名男性）
58	2025-06-20	Mechanisms of hematopoietic clonal dominance in VEXAS syndrome 2025-Jun, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-025-03623-9 PMID:40195449	研究论文	本研究揭示了VEXAS综合征中造血克隆优势的机制，并提供了用于临床前研究的模型	首次揭示了VEXAS综合征中造血克隆优势的机制，并建立了人源化疾病模型	研究样本量较小（仅9名男性患者），可能限制结果的普适性	探究VEXAS综合征中造血克隆优势的致病机制	VEXAS综合征患者和通过碱基编辑生成的人源化模型	血液学	VEXAS综合征	单细胞转录组学、碱基编辑	人源化模型	转录组数据、表型数据	9名男性VEXAS综合征患者
59	2025-06-20	Fast Encapsulation of Microbes into Dissolvable Hydrogel Beads Enables High-Throughput Microbial Single-Cell RNA Sequencing of Clinical Microbiome Samples 2025-Jun, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.) DOI:10.1002/adma.202500481 PMID:40200683	研究论文	本文介绍了一种名为smGel-seq的高通量单微生物RNA测序方法，用于临床微生物组样本，通过水凝胶珠封装单个微生物以减少微生物损失和输入需求	smGel-seq采用新型微通道阵列装置封装单个微生物于可溶解水凝胶珠中，并结合优化的自动化微流控平台，显著提高了微生物回收率并降低了输入需求	NA	开发一种适用于临床微生物组样本的高通量单微生物RNA测序方法	临床微生物组样本中的单个微生物	微生物组学	NA	单细胞RNA测序（mscRNA-seq），微流控技术	NA	RNA测序数据	肠道微生物组样本和临床痰液微生物组样本
60	2025-06-20	Broad rim lesions are a new pathological and imaging biomarker for rapid disease progression in multiple sclerosis 2025-Jun, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-025-03625-7 PMID:40301560	研究论文	该研究通过组织学和空间转录组学分析，发现了一种新型多发性硬化病变类型，其广泛存在的髓系细胞边缘与疾病快速进展相关	首次发现并定义了具有广泛髓系细胞边缘的病变类型作为多发性硬化快速进展的生物标志物	研究主要基于尸检样本，可能无法完全反映活体患者的动态病理过程	探索多发性硬化疾病进展的潜在机制并寻找相关生物标志物	多发性硬化患者的尸检脑组织样本和活体患者PET影像数据	数字病理学	多发性硬化	空间转录组学、PET成像	NA	组织学图像、转录组数据、PET影像	尸检样本186例，PET研究114例