单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-05-06	Intercellular communication after myocardial infarction: macrophage as the centerpiece 2025-May-02, Ageing research reviews IF:12.5Q1 DOI:10.1016/j.arr.2025.102757 PMID:40320153	综述	本文综述了心肌梗死后巨噬细胞作为核心的细胞间通讯及其在损伤修复中的作用	揭示了巨噬细胞亚群的动态变化及其在心肌梗死后细胞间通讯中的核心作用，提出了以巨噬细胞为中心的新靶向治疗策略	NA	探讨心肌梗死后巨噬细胞在损伤修复和重塑过程中的作用及其治疗潜力	心肌梗死后巨噬细胞及其与其他心脏细胞的相互作用	心血管疾病	心血管疾病	单细胞测序	NA	基因表达谱	NA
42	2025-05-06	Human skeletal development and regeneration are shaped by functional diversity of stem cells across skeletal sites 2025-May-01, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.02.013 PMID:40118065	research paper	该研究通过整合人类骨骼干细胞（hSSCs）的前瞻性分离、功能实验和单细胞RNA测序分析，揭示了骨骼发育和再生过程中hSSCs的功能多样性及其与骨骼表型的关联	发现了hSSCs在发育过程中的软骨生成、骨生成、基质和纤维生成亚型，并揭示了这些亚型在不同骨骼部位的独特组成及其在体内的克隆动态	研究主要关注人类骨骼干细胞，可能无法完全代表其他物种或更广泛的骨骼疾病	探究人类骨骼干细胞的功能多样性及其在骨骼发育、再生和衰老过程中的作用	人类骨骼干细胞（hSSCs）	干细胞生物学	骨骼疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	来自十个骨骼部位的hSSCs样本
43	2025-05-06	Integrated molecular-phenotypic profiling reveals metabolic control of morphological variation in a stem-cell-based embryo model 2025-May-01, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.03.012 PMID:40245869	研究论文	该研究通过整合分子和表型分析，揭示了干细胞胚胎模型中形态变异的代谢控制机制	利用机器学习整合时间分辨单细胞RNA测序与基于成像的表型分析，识别出预测表型终态的早期特征，并揭示了氧化磷酸化和糖酵解的早期失衡导致形态异常和神经谱系偏好的机制	研究结果可能仅限于特定的干细胞胚胎模型，需要进一步验证在其他模型中的普适性	探究干细胞胚胎模型中表型变异的生物学基础并提高其可重复性	模拟胚胎躯干形成的个体结构的转录组状态和形态历史	干细胞研究	NA	单细胞RNA测序、成像表型分析	机器学习	转录组数据、图像数据	NA
44	2025-05-06	Pooled tagging and hydrophobic targeting of endogenous proteins for unbiased mapping of unfolded protein responses 2025-May-01, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2025.04.002 PMID:40273915	研究论文	开发了一种生成内源性标记蛋白质复合细胞池的方法，用于高通量可视化和扰动，以研究蛋白质组的组织、调控和功能	提出了一种新方法，通过内源性标记和配体诱导的蛋白质错误折叠，结合单细胞RNA测序，揭示了蛋白质质量控制的响应机制	未明确提及样本量或实验的具体限制条件	实现蛋白质组组织、调控和功能的系统水平理解	内源性标记的蛋白质及其在细胞中的定位和错误折叠响应	蛋白质组学	NA	高通量成像、原位条形码测序、单细胞RNA测序	NA	图像、RNA测序数据	NA
45	2025-05-06	Single-cell sequencing combined with bulk RNA seq reveals the roles of natural killer cell in prognosis and immunotherapy of hepatocellular carcinoma 2025-May-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-99638-w PMID:40312525	研究论文	结合单细胞测序和批量RNA测序技术，研究自然杀伤细胞在肝细胞癌预后和免疫治疗中的作用	首次结合单细胞测序和WGCNA分析，构建基于NK细胞相关基因的风险模型，用于预测HCC患者的预后和免疫治疗反应	研究样本量未明确说明，且模型验证可能需要在更大规模的临床队列中进行	探索NK细胞与肝细胞癌的关系，并构建预后预测模型	肝细胞癌患者和NK细胞	数字病理学	肝细胞癌	单细胞测序, 批量RNA测序, WGCNA, ssGSEA	LASSO + StepCox, Multicox分析	RNA-seq数据	NA
46	2025-05-06	Prognosis, immunological features and potential mechanisms of HKR1 in prostate cancer via single-cell and bulk RNA-sequencing 2025-May-01, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14230-9 PMID:40312663	research paper	通过单细胞和批量RNA测序研究HKR1在前列腺癌中的预后、免疫学特征及潜在机制	揭示了HKR1在前列腺癌中的表达、预后价值及其与免疫细胞浸润和信号通路的关联，并鉴定出两个新的lncRNA-RBP-HKR1调控轴	研究主要基于在线数据库和实验室验证，未涉及大规模临床试验	探索HKR1作为前列腺癌预后和免疫治疗反应的新型生物标志物的潜力	前列腺癌组织和细胞系	digital pathology	prostate cancer	bulk RNA-seq, scRNA-seq, qPCR	Cox回归分析	RNA测序数据	前列腺癌细胞系和组织样本
47	2025-05-06	Integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq unravels the molecular feature of tumor-associated neutrophils of head and neck squamous cell carcinoma 2025-May-01, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14179-9 PMID:40312694	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序和大块RNA测序数据，揭示了头颈部鳞状细胞癌中肿瘤相关中性粒细胞的分子特征	开发了一个基于肿瘤相关中性粒细胞特征基因的预后风险模型(NRS)，并验证了其在预测患者总体生存率方面的可靠性	研究主要基于TCGA和GEO数据库的回顾性数据，需要进一步的前瞻性研究验证	探索肿瘤相关中性粒细胞在头颈部鳞状细胞癌中的临床意义	头颈部鳞状细胞癌患者及其肿瘤相关中性粒细胞	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序, 大块RNA测序	预后风险模型(NRS)	RNA测序数据	来自TCGA和GEO数据库的HNSCC患者样本
48	2025-05-06	Habitat radiomics predicts occult lymph node metastasis and uncovers immune microenvironment of head and neck cancer 2025-May-01, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06474-7 PMID:40312725	研究论文	本研究通过建立基于瘤内、瘤周和栖息地区域的放射组学模型，预测头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）的隐匿性淋巴结转移（LNM），并揭示其免疫微环境特征	首次结合瘤内、瘤周和栖息地区域的放射组学特征，构建了预测隐匿性LNM的模型，并通过基因组和单细胞RNA测序揭示了模型的生物学机制	研究样本来自三个医疗中心，可能存在选择偏倚，且单细胞RNA测序样本量较小（n=6）	预测头颈部鳞状细胞癌的隐匿性淋巴结转移并探索其免疫微环境特征	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	放射组学分析、bulk RNA测序、单细胞RNA测序	Logistic Regression (LR)、Support Vector Machine (SVM)、Random Forest (RF)	影像数据、基因组数据、单细胞RNA测序数据	训练集330例，内部测试集154例，外部测试集183例，TCGA基因组数据集50例，单细胞RNA测序数据集6例
49	2025-05-06	Therapy-induced senescence is a transient drug resistance mechanism in breast cancer 2025-May-01, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02310-0 PMID:40312750	研究论文	该研究揭示了治疗诱导的衰老（TIS）作为乳腺癌中一种可逆的药物耐药机制	挑战了TIS不可逆的传统观点，证明TIS是一种可逆的药物耐药机制，并可能促进复发	研究主要基于体外细胞实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索治疗诱导的衰老在乳腺癌药物耐药中的作用机制	乳腺癌细胞系和三阴性乳腺癌小鼠模型	癌症生物学	乳腺癌	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、表面蛋白质组学	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质组数据	四种乳腺癌细胞系和一个三阴性乳腺癌小鼠模型
50	2025-05-06	Deep scSTAR: leveraging deep learning for the extraction and enhancement of phenotype-associated features from single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics data 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf160 PMID:40315434	研究论文	介绍了一种基于深度学习的工具Deep scSTAR，用于从单细胞RNA测序和空间转录组数据中提取和增强表型相关特征	开发了Deep scSTAR工具，能够识别与疾病表型相关的细胞亚群和分子特征，特别是在非小细胞肺癌、肾细胞癌和肝细胞癌中的应用	NA	提高从单细胞和空间转录组数据中提取表型相关特征的准确性和效率	单细胞RNA测序数据和空间转录组数据	生物信息学	非小细胞肺癌, 肾细胞癌, 肝细胞癌	单细胞RNA测序, 空间转录组学	深度学习	基因表达数据	NA
51	2025-05-06	Research on Peripheral Nerve Aging and Degeneration: Cellular Changes and Mechanism Exploration From the Perspective of Single-Cell Sequencing 2025-May, The European journal of neuroscience DOI:10.1111/ejn.70129 PMID:40317786	研究论文	本研究利用单细胞测序技术分析老年大鼠背根神经节和坐骨神经，探索外周神经系统衰老和退化的机制	首次通过单细胞测序揭示外周神经系统衰老过程中不同细胞类型的转录特征，并发现抗衰老蛋白PCDH9与雪旺细胞增殖分化的关联	研究仅基于大鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探索外周神经系统衰老和退化的细胞变化及分子机制	成年和老年大鼠的背根神经节(DRG)和坐骨神经(SN)	生物医学	老年疾病	单细胞测序	NA	基因表达数据	成年和老年大鼠的DRG和SN组织样本
52	2025-05-06	Endothelial-to-mesenchymal transition gene signature derived from single-cell transcriptomics of human atherosclerotic tissue associates with stable plaque histological characteristics 2025-May-01, Vascular pharmacology IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.vph.2025.107498 PMID:40318741	研究论文	本研究通过单细胞转录组学数据鉴定了人类动脉粥样硬化斑块中内皮-间质转化（EndoMT）的核心基因特征	利用单细胞转录组学数据和计算机谱系追踪技术，首次在人类动脉粥样硬化组织中鉴定了EndoMT过程的核心基因特征	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平的验证	阐明人类动脉粥样硬化中EndoMT的分子机制	人类动脉粥样硬化斑块组织	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, 计算机谱系追踪	NA	单细胞转录组数据	46例人类颈动脉样本（单细胞数据）+ 632例患者（批量RNA-seq数据）
53	2025-05-06	Organoid-Guided Precision Medicine: From Bench to Bedside 2025-May, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70195 PMID:40321594	综述	本文系统概述了类器官技术从实验室到临床的转化路径，强调其在精准医疗中的构建方法、关键调控因素及多方面的应用	类器官技术通过三维培养系统模拟组织特异性微环境，为精准医疗提供了动态平台，包括药物开发、再生策略和个体化治疗	类器官技术在标准化、血管化和伦理考量方面仍面临挑战	探讨类器官技术在精准医疗中的应用及其转化潜力	类器官技术及其在精准医疗中的应用	生物技术	肿瘤	三维培养系统、CRISPR功能筛选、空间转录组学	NA	NA	NA
54	2025-05-06	Systematic Ocular Phenotyping of Knockout Mouse Lines Identifies Genes Associated With Age-Related Corneal Dystrophies 2025-May-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.5.7 PMID:40323269	研究论文	本研究通过系统性的眼表表型分析，鉴定出与年龄相关性角膜营养不良相关的基因	发现了12个与角膜生物学相关的新基因，并揭示了它们与已知人类角膜疾病基因的相互作用	研究结果基于小鼠模型，需要进一步验证其在人类中的适用性	探索与年龄相关性角膜营养不良相关的基因，为人类角膜疾病治疗提供潜在靶点	8901个基因敲除小鼠系中的晚成年小鼠（49周以上）	遗传学	角膜营养不良	基因敲除技术、单细胞转录组学、蛋白质相互作用分析	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	8901个基因敲除小鼠系
55	2025-05-06	Tumor-infiltrating mast cells as potential chemoimmunotherapy enhancer in triple-negative breast cancer 2025-Apr-30, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011899 PMID:40306958	research paper	该研究探讨了肿瘤浸润性肥大细胞（TIMCs）在三阴性乳腺癌（TNBC）中作为化疗免疫疗法增强剂的潜在作用	揭示了TIMCs通过富集和激活多种免疫细胞群发挥独特的抗肿瘤作用，为TIMC靶向治疗与化疗免疫疗法联合应用提供了新思路	研究主要基于小鼠和人类单细胞测序数据，临床转化仍需进一步验证	探索TNBC肿瘤免疫微环境（TIME）中TIMCs的作用机制及其在化疗免疫疗法中的潜在应用	三阴性乳腺癌（TNBC）及其肿瘤免疫微环境中的TIMCs	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	整合了小鼠和人类的单细胞测序数据（具体样本量未提及）
56	2025-05-06	Histology-Based Virtual RNA Inference Identifies Pathways Associated with Metastasis Risk in Colorectal Cancer 2025-Apr-23, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.04.22.25326170 PMID:40313260	研究论文	本研究通过基于组织学的虚拟RNA推断技术，识别了与结直肠癌转移风险相关的通路	开发了虚拟RNA推断（VRI）技术，直接从H&E染色组织图像中获取空间转录组水平的分子信息，无需进行空间转录组测序	某些肿瘤相关通路仅通过组织学无法完全捕获	改进结直肠癌的筛查、预后评估、疾病管理和治疗方法	结直肠癌患者的肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	虚拟RNA推断（VRI），空间转录组学（ST）	UNI, ResNet-50, ViT, VMamba	H&E染色组织图像	45名患者，超过300,000个Visium点
57	2025-05-06	Construction of a Prognostic Model for Lysosome-dependent Cell Death in Gastric Cancer Based on Single-cell RNA-seq and Bulk RNA-seq Data 2025-Apr-20, Biomedical and environmental sciences : BES IF:3.0Q2 DOI:10.3967/bes2024.159 PMID:40320925	研究论文	基于单细胞RNA-seq和批量RNA-seq数据，构建了胃癌中溶酶体依赖性细胞死亡的预后模型	识别了与胃癌溶酶体依赖性细胞死亡相关的预后基因，并建立了具有强大预测能力的风险模型	研究依赖于特定数据集（TCGA和GSE183904），可能限制了结果的普遍适用性	识别与胃癌溶酶体依赖性细胞死亡相关的预后基因并构建预测模型	胃癌患者及其相关基因表达数据	数字病理学	胃癌	单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, WGCNA, Cox回归分析	风险模型	基因表达数据	TCGA数据集中的胃癌样本及GSE183904单细胞数据集
58	2025-05-06	A humanized mouse model system mimics prenatal Zika infection and reveals premature differentiation of neural stem cells 2025-Apr-16, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6033583/v1 PMID:40321761	研究论文	开发了一种人源化小鼠模型系统，模拟产前寨卡病毒感染并揭示神经干细胞的过早分化	首次开发了一种人源化、免疫活性小鼠模型系统，能够模拟从轻度到重度的产前寨卡病毒感染引起的脑损伤	模型系统虽然模拟了人类表型谱，但仍需进一步验证其临床转化潜力	建立一个可靠且具有临床转化潜力的实验系统，模拟人类产前寨卡病毒感染	人源化小鼠模型和寨卡病毒感染的脑组织	病毒学与神经科学	寨卡病毒感染	单细胞RNA测序	人源化小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但涉及小鼠模型和脑组织样本
59	2025-05-06	A visual-omics foundation model to bridge histopathology image with transcriptomics 2025-Apr-16, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5183775/v1 PMID:40321764	研究论文	本文介绍了一个名为OmiCLIP的视觉-组学基础模型，旨在整合组织病理学图像和转录组学数据	开发了OmiCLIP模型，首次将H&E图像与转录组学数据通过组织块进行整合，并构建了Loki平台提供多种功能	未明确提及具体限制，但可能涉及模型在更广泛数据集上的泛化能力	开发一个能够整合组织病理学图像和转录组学数据的计算模型	组织病理学图像和转录组学数据	数字病理学	NA	scRNA-seq, 空间转录组学(ST)	OmiCLIP	图像, 转录组数据	220万对组织图像和转录组数据，涵盖32个器官
60	2025-05-06	Practical microenvironment classification in diffuse large B cell lymphoma using digital pathology 2025-Apr-15, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102030 PMID:40112808	research paper	该研究利用数字病理学和免疫组织化学标记对弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）的微环境进行分类，提出了一种基于CD3、CD8、CD68、PD-L1和胶原的染色算法	开发了一种基于免疫组织化学标记和数字病理学的DLBCL微环境分类算法，与转录组分类的一致性超过80%，并验证了其与单细胞测序结果的一致性	未明确说明样本的具体数量或来源限制	将DLBCL的微环境分类整合到临床实践中，以指导精准医疗	弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）及其微环境	digital pathology	lymphoma	immunohistochemistry, digital pathology, single-cell sequencing	NA	image, sequencing data	NA