单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-09-30	Mechanism of sepsis regulation by ELANE via macrophage polarization 2025-Sep-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-18848-4 PMID:41006720	研究论文	本研究通过生物信息学分析和体外实验揭示了ELANE基因通过促进巨噬细胞M1极化加剧脓毒症的机制	首次系统性地将ELANE鉴定为脓毒症的核心免疫调控基因，并通过单细胞测序和功能实验证实其在巨噬细胞极化中的关键作用	样本量较小（20例患者和10例对照），且主要为体外实验结果，需要进一步体内验证	鉴定脓毒症的核心免疫调控基因ELANE并探索其通过巨噬细胞极化调控脓毒症的机制	脓毒症患者和健康对照者的外周血样本，以及LPS刺激的巨噬细胞	免疫学	脓毒症	RNA测序、生物信息学分析、单细胞测序、流式细胞术、ELISA、siRNA干扰	NA	RNA测序数据、单细胞测序数据、流式细胞数据、ELISA数据	20例脓毒症患者和10例健康对照
42	2025-09-30	BiAEImpute: a robust bidirectional autoencoder framework for High-fidelity dropout imputation in single-cell transcriptomics 2025-Sep-26, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11988-x PMID:41013245	研究论文	提出一种基于双向自编码器的单细胞转录组数据缺失值插补方法BiAEImpute	采用行向和列向自编码器协同学习细胞和基因特征，增强插补过程的鲁棒性和准确性	NA	解决单细胞RNA测序数据中的dropout事件对下游分析准确性的影响	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	双向自编码器(Bidirectional Autoencoder)	基因表达数据	四个真实scRNA-seq数据集
43	2025-09-30	Single-cell RNA sequencing of endometrium uncovers dynamic characteristics and dysregulation of perivascular CD9+SUSD2+ cells in thin endometrium 2025-Sep-26, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04658-y PMID:41013639	研究论文	通过单细胞RNA测序分析子宫内膜中CD9+SUSD2+细胞的动态特征及其在薄型子宫内膜中的失调机制	首次在单细胞水平揭示血管周CD9+SUSD2+细胞作为祖干细胞的特征，并发现其在薄型子宫内膜中细胞外基质重塑异常的新机制	样本量较小（正常组n=3，薄型子宫内膜组n=3），需要更大规模研究验证	探究薄型子宫内膜中血管周CD9+SUSD2+细胞的分子特征和病理机制	人类子宫内膜组织，特别是血管周CD9+SUSD2+细胞	单细胞组学	薄型子宫内膜	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，流式细胞术，集落形成实验，Western blotting，多重免疫荧光分析	NA	单细胞转录组数据，蛋白质表达数据，组织学图像数据	6例子宫内膜样本（3例正常，3例薄型子宫内膜），共59,770个细胞
44	2025-09-30	Adenine base editing rescues disrupted BCKDH function and reduces BCAAs toxic accumulation in maple syrup urine disease patient iPSC-hepatic organoids 2025-Sep-26, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04630-w PMID:41013826	研究论文	本研究利用腺嘌呤碱基编辑器ABE8e成功修复枫糖尿症患者iPSC来源肝类器官中的BCKDHB基因突变，恢复BCKDH酶功能并降低支链氨基酸毒性积累	首次在患者特异性iPSC来源肝类器官中应用ABE8e碱基编辑器精准纠正BCKDHB基因突变，实现高效安全的基因治疗	研究仅针对特定BCKDHB基因突变(T322I)，未验证对其他突变类型的适用性	开发枫糖尿症的基因治疗方法，修复BCKDH复合物功能缺陷	枫糖尿症患者诱导多能干细胞(iPSC)来源的肝类器官	基因编辑与再生医学	枫糖尿症	腺嘌呤碱基编辑(ABE8e)、qRT-PCR、Western blot、RNA测序、单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、全基因组测序(WGS)	iPSC来源肝类器官模型	基因测序数据、蛋白质表达数据、代谢功能数据	患者来源iPSC肝类器官与对照肝类器官
45	2025-09-30	Metabolic heterogeneity and survival outcomes in papillary renal cell carcinoma: insights from multi-datasets and machine learning analyses 2025-Sep-26, Hereditas IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s41065-025-00571-9 PMID:41013841	研究论文	本研究通过多数据集和机器学习分析揭示了乳头状肾细胞癌的代谢异质性，并建立了预后预测模型	整合90种机器学习算法构建代谢相关特征，首次在单细胞水平验证关键基因表达	研究基于回顾性数据，需要前瞻性研究进一步验证模型的临床适用性	探索肾乳头状细胞癌中代谢相关分子的特征并识别潜在预后生物标志物	肾乳头状细胞癌患者及其基因表达数据	机器学习	肾癌	加权基因共表达网络分析、差异表达分析、单细胞RNA测序、定量PCR、免疫组化染色	随机生存森林(RSF)、Cox回归	基因表达数据	TCGA-KIRP和GSE2748队列数据集
46	2025-09-30	Decoding Gujin Luyan Xuming decoction: How ancient wisdom meets modern science in promoting angiogenesis to ameliorate cerebral infarction 2025-Sep-26, Journal of ethnopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.jep.2025.120652 PMID:41016542	研究论文	本研究解析古今录验续命汤通过RAB11A调控Wnt5a/β-catenin信号通路促进脑梗死后血管生成的分子机制	首次系统鉴定XMD的入血成分并揭示其通过RAB11A靶点调控Wnt5a/β-catenin通路促进血管生成的新机制	分子机制尚未完全阐明，需要进一步研究验证	阐明古今录验续命汤促进脑梗死后血管生成的分子机制	脑梗死模型动物和血管生成相关细胞	中医药研究	脑梗死	HPLC-MS/MS、RNA-seq、单细胞测序、网络药理学、分子对接、分子动力学模拟	NA	基因表达数据、蛋白质数据、细胞图像数据	使用公共数据集GSE137482和GSE225948，具体动物和细胞样本数量未明确说明
47	2025-09-30	Single-cell mapping of TMZ-resistant glioma reveals CXCL2/3-CXCR2-associated neutrophil communication 2025-Sep-25, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152706 PMID:41016335	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了胶质母细胞瘤中与替莫唑胺耐药相关的肿瘤-中性粒细胞通讯机制	首次发现CXCL2/3-CXCR2趋化轴在胶质瘤耐药中的关键作用，并揭示了肿瘤细胞通过该信号通路与中性粒细胞建立特异性通讯	研究主要基于转录组数据分析，需要更多功能实验验证机制细节	探索胶质母细胞瘤中替莫唑胺耐药与肿瘤微环境的关联机制	胶质瘤细胞、肿瘤微环境中的免疫细胞（特别是中性粒细胞）	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、CellChat分析、功能验证实验	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据	基于已发表的大规模单细胞RNA-seq数据集
48	2025-09-30	Integrated Multiomics Analysis Identifies CDO1 as a Novel Therapeutic Target for Osteoarthritis 2025-Sep-25, Endocrine, metabolic & immune disorders drug targets DOI:10.2174/0118715303387442250918111006 PMID:41017094	研究论文	通过整合多组学分析鉴定CDO1作为骨关节炎的新型治疗靶点	首次通过整合单细胞RNA测序、批量RNA测序和WGCNA分析鉴定CDO1为骨关节炎的因果风险基因，并通过体内实验验证其治疗潜力	研究主要基于大鼠模型，需要在人类样本中进行进一步验证	识别骨关节炎进展中的关键基因和潜在治疗靶点	骨关节炎患者样本和大鼠骨关节炎模型	生物信息学	骨关节炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序、WGCNA、孟德尔随机化分析、siRNA敲低	大鼠骨关节炎模型	基因表达数据	7个公共OA数据集和大鼠体内验证模型
49	2025-09-30	Expression patterns of desmosome family members during tooth development and the role of Desmocollin-3 in cytodifferentiation of stratum intermedium 2025-Sep-24, Archives of oral biology IF:2.2Q2 DOI:10.1016/j.archoralbio.2025.106404 PMID:41016088	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析发现桥粒蛋白家族成员在牙齿发育中的表达模式，并揭示Desmocollin-3对中间层细胞分化和成釉细胞谱系定向的重要作用	首次通过单细胞RNA测序鉴定中间层细胞特异性标志物，并揭示Dsc3在维持中间层细胞完整性和支持成釉细胞分化中的新功能	研究主要使用细胞系模型，缺乏体内实验验证；样本数量有限，仅使用出生后12天磨牙	探究桥粒蛋白家族成员在牙齿发育过程中的表达模式及Dsc3在中间层细胞分化中的功能	小鼠磨牙牙齿发育过程中的中间层细胞和SF2牙上皮细胞系	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，基因敲低	NA	基因表达数据，细胞形态数据	出生后12天小鼠磨牙，SF2牙上皮细胞系
50	2025-09-30	Spatiotemporal profiling reveals the impact of caloric restriction in the aging mammalian brain 2025-Sep-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116165 PMID:40833855	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和空间转录组学技术，揭示了热量限制对衰老小鼠大脑的细胞和分子影响	首次结合单细胞转录组学和空间转录组学，在时空维度上系统解析热量限制对衰老大脑的影响机制	研究仅针对小鼠模型，结果向人类转化的有效性需要进一步验证	探究热量限制在哺乳动物大脑衰老过程中的保护作用机制	36只对照和热量限制处理的小鼠大脑，涵盖三个年龄组	生物信息学	衰老相关疾病	EasySci单核转录组学、IRISeq空间转录组学	NA	转录组数据、空间转录组数据	超过50万个细胞，36只小鼠大脑，12个脑切片
51	2025-09-30	gwSPADE: gene frequency-weighted reference-free deconvolution in spatial transcriptomics 2025-Sep-23, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf966 PMID:41002029	研究论文	提出一种名为gwSPADE的基因频率加权无参考空间转录组解卷积方法	无需依赖外部单细胞参考数据，通过主题模型中适当的加权方案准确恢复细胞类型转录谱及其空间比例	NA	开发无参考的空间转录组数据解卷积方法以解析细胞类型组成	空间转录组数据	空间转录组学	NA	空间转录组技术	主题模型	基因计数矩阵	NA
52	2025-09-30	Dihydroartemisinin inhibits histone lactylation through YAP1 to act as a 'hot' switch for 'cold' tumor in hepatocellular carcinoma 2025-Sep-23, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.157307 PMID:41016295	研究论文	本研究揭示双氢青蒿素通过抑制YAP1降低组蛋白乳酸化，将肝癌免疫冷肿瘤微环境转化为免疫热状态	首次发现双氢青蒿素通过YAP1-乳酸化正反馈环路调控肿瘤微环境免疫状态的新机制	研究主要基于小鼠模型，临床转化价值需进一步验证	探索双氢青蒿素将肝癌免疫抑制微环境转化为免疫刺激状态的具体机制	肝细胞癌小鼠模型和肝癌细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、多重免疫组化、Western blot、免疫荧光、代谢流分析、共免疫沉淀、趋化因子芯片、流式细胞术	NA	基因表达数据、蛋白质数据、细胞表型数据	多种免疫缺陷小鼠模型（NCG小鼠、BALB/c裸鼠、CD8+ T细胞清除小鼠）和肝特异性Yap1敲除小鼠
53	2025-09-30	Nodal Spread Prediction in Human Oral Tongue Squamous Cell Carcinoma Using a Cancer-Testis Antigen Genes Signature 2025-Sep-22, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26189258 PMID:41009820	研究论文	本研究开发了一种基于癌睾丸抗原基因特征的诊断工具，用于预测口腔舌鳞状细胞癌的淋巴结转移	首次整合多组学数据和机器学习算法，识别出4个与淋巴结转移高度相关的癌睾丸抗原基因标志物	验证队列样本量较小（16例患者），需要更大规模的前瞻性研究验证	开发能够准确预测口腔舌癌淋巴结转移的基因诊断工具，减少不必要的颈部清扫术	口腔舌鳞状细胞癌患者	数字病理	口腔舌鳞状细胞癌	微阵列、RNA测序、单细胞RNA测序、NanoString nCounter RNA分析	决策树、t-SNE、CNN	基因表达数据	公共数据集（GSE78060、TCGA、GSE103322）和16例临床患者样本
54	2025-09-30	Investigating the Development of Colorectal Cancer Based on Spatial Transcriptomics 2025-Sep-22, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26189256 PMID:41009818	研究论文	本研究利用空间转录组学技术探索结直肠癌的时空发展动态	首次应用空间转录组学解析结直肠癌发展过程中的时空异质性，发现新的潜在生物标志物和治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证依赖TCGA数据库的回顾性分析	探究结直肠癌发展的时空动态特征	小鼠肠道肿瘤组织和人类结直肠癌队列	空间转录组学	结直肠癌	空间转录组学(ST)、TCGA数据库分析	整合降维分析、伪时间轨迹分析	空间转录组数据、基因表达数据	小鼠多时间点样本和TCGA人类结直肠癌队列
55	2025-09-30	Size-Modulated Mesoderm-Endoderm Divergence and Myocardial Cavitation in Micropatterned Cardioids 2025-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.17.676874 PMID:41000917	研究论文	本研究利用微图案心脏类器官探索中胚层与内胚层协同发育机制	整合微图案心脏类器官、CRISPR工程报告系统、深层组织成像和单细胞RNA测序技术研究心脏-前肠协同发育	NA	探索中胚层与内胚层在早期胚胎发育中的协同信号交流机制	人类诱导多能干细胞衍生的心脏类器官	发育生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序、CRISPR基因编辑、深层组织成像	心脏类器官模型	单细胞转录组数据、成像数据	NA
56	2025-09-30	Alveolar Epithelial Cell Dysfunction in Acute Respiratory Distress Syndrome: Mechanistic Insights and Targeted Interventions 2025-Sep-19, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13092299 PMID:41007859	综述	本文系统总结了急性呼吸窘迫综合征中肺泡上皮细胞功能障碍的机制及靶向干预策略	整合单细胞测序与空间转录组学揭示细胞异质性，提出基于纳米载体的基因编辑和AI驱动多组学等创新治疗策略	存在纳米毒性、间充质干细胞异质性和基因编辑安全性等转化障碍	阐明ARDS发病机制并开发肺泡上皮细胞靶向的精准治疗方案	肺泡上皮细胞及其与免疫-内皮网络的相互作用	呼吸系统疾病研究	急性呼吸窘迫综合征	单细胞测序、空间转录组学、CRISPR-Cas9基因编辑、多组学分析	NA	NA	NA
57	2025-09-30	Single-Cell Transcriptome Reveals the Regulatory Role of STAT3 in Diquat-Induced Oxidative Stress in Piglet Hepatocytes 2025-Sep-19, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26189161 PMID:41009731	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序揭示了STAT3在敌草快诱导的仔猪肝细胞氧化应激中的关键调控作用	首次在仔猪敌草快氧化应激模型中应用单细胞转录组测序技术，揭示了细胞类型特异性响应和STAT3的关键调控机制	研究主要基于动物模型和体外细胞实验，需要进一步验证在临床环境中的适用性	阐明氧化应激诱导肝损伤的细胞和分子机制，探索STAT3在抗氧化防御和细胞存活中的调控作用	断奶仔猪肝细胞和小鼠肝细胞	单细胞转录组学	肝损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、基因敲低/过表达、活性氧检测、细胞凋亡检测	NA	转录组数据、生化指标数据、组织病理学数据	敌草快处理组和盐水对照组仔猪，具体数量未明确说明
58	2025-09-30	Machine Learning Identifies Shared Regulatory Mechanisms of Genes Associated with Ferroptosis in Major Depressive Disorder and Inflammatory Bowel Disease 2025-Sep-19, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes16091111 PMID:41010056	研究论文	本研究通过机器学习方法识别了重度抑郁症和炎症性肠病中铁死亡相关基因的共同调控机制	首次系统研究铁死亡相关基因在肠脑轴疾病中的共同作用机制，并利用多种机器学习算法识别关键生物标志物RPL8	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证	探讨铁死亡相关基因在重度抑郁症和炎症性肠病中的分子作用及潜在治疗策略	铁死亡相关基因、重度抑郁症和炎症性肠病患者样本	机器学习	精神疾病和消化系统疾病	机器学习算法、分子对接、分子动力学模拟、单细胞测序	多种机器学习算法	基因表达数据	正常和疾病样本的比较分析，识别出29个共同差异表达基因
59	2025-09-30	Monitoring the Biological Impact and Therapeutic Potential of Intermittent Fasting in Oncology: Assessing Strategies and Clinical Translational Challenges 2025-Sep-18, Diagnostics (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/diagnostics15182369 PMID:41008741	综述	本文评估了间歇性禁食在肿瘤学中的生物影响监测策略及临床转化挑战	提出了整合机制性监测与临床反应监测的双层监测框架，强调将先进研究工具与临床适用性诊断方法相结合	先进监测工具目前主要限于临床前或转化研究阶段，需要大规模随机试验验证标准化方案的疗效和安全性	评估支持间歇性禁食安全有效整合到肿瘤治疗中的诊断和监测策略	间歇性禁食在肿瘤治疗中的生物影响和临床效果	肿瘤学	肿瘤	单细胞RNA测序、蛋白质组学、代谢组学、循环肿瘤DNA检测、免疫表型分析	NA	文献数据、生物标志物数据、影像数据	NA
60	2025-09-30	Diversity, Functional Complexity, and Translational Potential of Glial Cells in the Central Nervous System 2025-Sep-18, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26189080 PMID:41009644	综述	本综述系统整合了中枢神经系统胶质细胞研究的最新进展，重点探讨其分子机制、成像方法和转化治疗策略	重新定义胶质细胞在神经系统中的主动调节功能，整合高分辨率活体成像、单细胞转录组学和基因编辑等前沿技术揭示胶质细胞异质性和功能可塑性	NA	弥合基础神经科学与临床应用之间的鸿沟，为下一代中枢神经系统治疗提供框架	中枢神经系统中的胶质细胞（包括星形胶质细胞、NG2胶质细胞和小胶质细胞）	神经科学	神经退行性疾病	高分辨率活体成像、单细胞转录组学、基因编辑	NA	分子机制数据、成像数据、转录组数据	NA