单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-09-08	Joint representation and visualization of derailed cell states with Decipher 2025-Jul-23, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03682-8 PMID:40702544	研究论文	提出一种名为Decipher的深度生成模型，用于整合和可视化正常与扰动单细胞RNA-seq数据中的基因表达和细胞状态	开发了能够联合建模和可视化跨条件单细胞基因组学数据的生成模型，揭示共享和中断的细胞状态动态	NA	整合跨条件的单细胞基因组学数据并表征从正常到异常细胞状态的转变	单细胞RNA测序数据	计算生物学	胰腺炎、急性髓系白血病、胃癌	单细胞RNA-seq	深度生成模型	基因表达数据	NA
42	2025-09-08	The Dual Molecular Identity of Vestibular Kinocilia: Bridging Structural and Functional Traits of Primary and Motile Cilia 2025-Jun-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.16.647417 PMID:40568142	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和免疫染色揭示了前庭毛细胞中动纤毛具有独特的分子特征，兼具初级纤毛和运动纤毛的特性	首次发现前庭动纤毛同时具有初级纤毛和运动纤毛的分子特征，并证实其具有自发运动能力	NA	阐明前庭动纤毛的结构、分子组成和功能特性	前庭毛细胞和耳蜗毛细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA测序、免疫染色、活体成像	NA	基因表达数据、图像数据	成年前庭和耳蜗毛细胞（包括牛蛙、小鼠、斑马鱼和人类样本）
43	2025-09-08	Prehabilitation during neoadjuvant chemotherapy results in an enhanced immune response in esophageal adenocarcinoma tumors: A randomized controlled trial 2025-Jun-09, Journal of sport and health science IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.jshs.2025.101063 PMID:40499717	研究论文	一项随机对照试验表明，新辅助化疗期间的运动预康复可增强食管腺癌肿瘤的免疫反应	首次通过随机对照试验证明运动预康复能显著增加肿瘤浸润淋巴细胞（尤其是CD8+ T细胞和NK细胞）并促进三级淋巴结构成熟	样本量较小（n=22），未观察到临床结局（如生存率）的显著差异	探究运动预康复是否增强新辅助化疗期间肿瘤的免疫浸润	局部晚期食管癌患者	临床医学	食管癌	多光谱免疫组化（mIHC）、NanoString空间转录组学、心肺功能测试（VO2peak）	NA	组织切片、基因表达数据、生理指标	22例患者（预康复组11人 vs 对照组11人）
44	2025-09-08	Characterization of hyperoxia-induced senescent lung macrophages in neonatal mice 2025-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.09.652066 PMID:40654880	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了新生小鼠高氧诱导的衰老肺巨噬细胞的异质性及其代谢重编程特征	首次在高氧诱导的肺损伤模型中系统表征衰老巨噬细胞的异质性、基因表达特征和代谢通路转换	研究基于小鼠模型，结果向人类早产儿支气管肺发育不良的直接转化需进一步验证	探究高氧暴露下新生小鼠肺组织中衰老巨噬细胞的分子特征和功能特性	新生小鼠肺组织中的巨噬细胞	生物医学研究	支气管肺发育不良	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	基因表达数据	基于数据集GSE207866的小鼠肺细胞样本（包含高氧组SD7、空气对照组AirD7和未分选衰老细胞的高氧组O2D7）
45	2025-09-08	Polymorphic tandem repeats influence cell type-specific gene expression across the human immune landscape 2025-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.02.621562 PMID:40291654	研究论文	本研究通过全基因组和单细胞RNA测序分析，揭示了人类基因组中多态性串联重复序列对免疫细胞类型特异性基因表达的关键调控作用	首次在大规模人群（1,925个体）和单细胞水平（540万细胞）系统分析串联重复序列对细胞类型特异性基因表达的影响，发现了62,000多个单细胞表达数量性状位点	研究主要基于血液来源的细胞，可能无法完全代表其他组织类型的调控机制	探索多态性串联重复序列对人类免疫细胞类型特异性基因表达的调控作用	1,925个人的540多万个血液来源细胞	基因组学	免疫相关疾病和血液疾病	全基因组测序、单细胞RNA测序	数量性状位点分析、精细定位	基因组序列数据、单细胞转录组数据	1,925个个体，540多万个细胞
46	2025-09-08	Transmembrane Serine Protease TMPRSS11B promotes an acidified tumor microenvironment and immune suppression in lung squamous cell carcinoma 2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.01.646727 PMID:40235980	研究论文	本研究揭示跨膜丝氨酸蛋白酶TMPRSS11B通过促进肿瘤微环境酸化和免疫抑制驱动肺鳞癌进展	首次发现TMPRSS11B在Krt13+ hillock样细胞中的特异性表达，并证实其通过调节乳酸代谢导致肿瘤微环境酸化和M2样巨噬细胞浸润	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究TMPRSS11B对肿瘤微环境及免疫系统的影响，寻找肺鳞癌治疗新靶点	肺鳞状细胞癌（LUSC）模型和免疫细胞	肿瘤免疫学	肺癌	RNA FISH、空间转录组学、超pH敏感纳米颗粒成像、代谢物分析	NA	分子表达数据、空间转录组数据、代谢物数据	免疫健全小鼠模型和SNL（Sftpc-Cre; Nkx2-1fl/fl; Trp53fl/fl）自体模型
47	2025-09-08	Astragalus polysaccharide reduces the severity of acute pancreatitis under a high-fat diet through enriching L. reuteri and propionate 2025-Apr, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140021 PMID:39837455	研究论文	本研究探讨黄芪多糖通过富集罗伊氏乳杆菌和丙酸盐减轻高脂饮食下急性胰腺炎严重程度的作用机制	首次揭示黄芪多糖通过肠道菌群-胰腺轴调控机制缓解急性胰腺炎，并发现罗伊氏乳杆菌与丙酸盐的协同治疗效应	研究局限于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探究黄芪多糖对高脂饮食诱导的急性胰腺炎的保护作用及机制	小鼠模型（高脂饮食诱导的急性胰腺炎）	消化系统疾病研究	急性胰腺炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq），肠道菌群分析	NA	基因表达数据，微生物组数据，生化指标数据	小鼠实验模型（具体数量未在摘要中说明）
48	2025-09-08	Genome-wide prediction of dominant and recessive neurodevelopmental disorder-associated genes 2025-Mar-06, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.02.001 PMID:40015282	研究论文	提出一种基于机器学习的计算方法，用于预测与神经发育障碍相关的显性和隐性遗传基因	整合单细胞RNA测序数据与300种正交特征，在半监督框架中训练遗传模式特异性模型，显著提升高风险基因预测效能	模型依赖现有数据质量，未明确说明外部验证结果	加速神经发育障碍风险基因的发现与鉴定	人类大脑皮层发育过程中的基因表达模式	机器学习	神经发育障碍	单细胞RNA测序, 蛋白质互作数据分析	mantis-ml (半监督机器学习框架)	基因表达数据	NA
49	2025-09-08	Single Cell Transcriptome Signatures of Sarcoidosis in Lung Immune Cell Populations 2025-Jan-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.20.633917 PMID:39896662	研究论文	通过单细胞RNA测序分析肺结节病患者和健康对照的BAL细胞，揭示免疫细胞亚群的转录组特征和细胞间互作差异	首次在单细胞水平系统鉴定肺结节病相关的巨噬细胞亚群及其基因表达特征，并发现疾病进展相关的分子变化	样本量较小（16例患者和14例对照），且仅限于BAL细胞分析	鉴定与肺结节病风险和进展相关的细胞特异性分子变化	肺结节病患者（进行性和非进行性）和健康对照的支气管肺泡灌洗（BAL）细胞	单细胞组学	肺结节病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	Seurat聚类分析，CellChat细胞通讯分析	单细胞转录组数据	16例肺结节病患者（8例进行性，8例非进行性）和14例健康对照
50	2025-09-08	A framework to mine laser microdissection-based omics data and uncover regulators of pancreatic cancer heterogeneity 2025-Jan-06, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaf101 PMID:40910795	研究论文	提出并验证了一个优化的RNA测序框架，用于挖掘胰腺癌异质性并揭示其调控机制	开发了空间分辨激光显微切割测序方法，在检测低表达基因和识别罕见肿瘤细胞群体方面优于单细胞RNA测序	NA	阐明胰腺导管腺癌的瘤内异质性分子机制并发现关键调控因子	胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤组织	生物信息学	胰腺癌	RNA-seq, 激光显微切割测序	NA	转录组测序数据	多个空间分辨的激光显微切割肿瘤区域
51	2025-09-08	Identification of sepsis biomarkers through glutamine metabolism-mediated immune regulation: a comprehensive analysis employing mendelian randomization, multi-omics integration, and machine learning 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1640425 PMID:40909263	研究论文	通过整合孟德尔随机化、多组学分析和机器学习方法，识别与谷氨酰胺代谢介导的免疫调节相关的脓毒症生物标志物	首次结合孟德尔随机化、单细胞RNA测序和多种机器学习算法，系统揭示谷氨酰胺代谢通过NK细胞免疫表型影响脓毒症风险的机制，并鉴定出四个关键分子标志物	研究主要基于公共数据库和回顾性数据，需要进一步实验验证和前瞻性临床研究确认生物标志物的临床应用价值	识别脓毒症的早期诊断生物标志物并阐明其免疫代谢机制	脓毒症患者和健康对照者的免疫细胞及血浆代谢物	生物信息学	脓毒症	孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、机器学习算法(CatBoost/XGBoost/NGBoost)、RT-qPCR	CatBoost, XGBoost, NGBoost	基因组数据、转录组数据、代谢组数据	多个公共数据集(GSE167363、GSE236713、GSE28750)包含1400种血浆代谢物、731种免疫细胞表型和脓毒症GWAS数据
52	2025-09-08	Identification of cuproptosis-related genes in chronic apical periodontitis based on bulk and single-cell RNA sequencing analyses and experimental validation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1559220 PMID:40909264	研究论文	本研究通过整合bulk和单细胞RNA测序分析及实验验证，识别了慢性根尖周炎中与铜死亡相关的基因	首次将铜死亡机制与慢性根尖周炎联系起来，并发现COL4A1-Fibro和APOE-Macro细胞间互作可能促进疾病发生发展	样本量较小（CAP和HC各3例用于scRNA-seq分析），需要更大规模研究验证	探究铜死亡相关基因在慢性根尖周炎中的作用机制	人类慢性根尖周炎组织样本和健康对照组织	生物信息学	口腔炎症疾病	bulk RNA测序, 单细胞RNA测序(scRNA-seq), qRT-PCR, 免疫组化染色(IHC)	ROC曲线分析	RNA测序数据, 基因表达数据	GEO数据库数据集(GSE237398, GSE223924, GSE171213)及临床样本(CAP=3, HC=3)
53	2025-09-08	Programmed cell death-driven remodeling of the melanoma microenvironment enables prognostic stratification and therapeutic prediction 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1612217 PMID:40909289	研究论文	本研究通过单细胞和批量RNA测序数据，全面分析了黑色素瘤中程序性细胞死亡（PCD）的异质性及其与肿瘤微环境、预后和免疫治疗反应的关联	首次在黑色素瘤中系统评估PCD活性跨细胞类型的分布，并开发了一个基于15个基因的预后特征模型，能够有效预测患者生存和免疫治疗反应	研究依赖于回顾性数据，需要进一步实验验证PCD机制的具体作用	全面表征黑色素瘤中PCD相关特征及其与肿瘤异质性、预后和免疫治疗结果的关系	黑色素瘤患者（皮肤和肢端亚型）的单细胞和批量RNA测序数据	计算生物学	黑色素瘤	scRNA-seq, bulk RNA-seq, AUCell评分, CellChat, ESTIMATE, CIBERSORT, TMB分析	LASSO, Ridge, XGBoost	基因表达数据	多个黑色素瘤队列（具体数量未在摘要中明确说明）
54	2025-09-08	Developing a prognostic model of glutamine metabolism-related genes associated with clinical features and immune status in melanoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1485006 PMID:40909968	研究论文	本研究通过生物信息学分析构建了与黑色素瘤临床特征和免疫状态相关的谷氨酰胺代谢相关基因预后模型	首次识别了八个关键谷氨酰胺代谢相关基因并构建风险模型，揭示了其与免疫细胞浸润和免疫检查点表达的关联	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅部分基因在A375细胞中得到确认	开发黑色素瘤的预后预测模型并探索谷氨酰胺代谢与免疫状态的关系	黑色素瘤患者基因表达数据和临床特征	生物信息学	黑色素瘤	生物信息学分析、scRNA-seq数据处理、RT-PCR验证	Cox回归风险模型、列线图	基因表达数据、临床数据	来自GEO和TCGA-SKCM数据库的黑色素瘤患者数据
55	2025-09-08	Csf1+ AD-MSCs promote stroke repair by activating the resident microglia 2025, Experimental biology and medicine (Maywood, N.J.) DOI:10.3389/ebm.2025.10611 PMID:40910104	研究论文	本研究探讨了Csf1+ AD-MSCs通过激活常驻小胶质细胞促进脑出血后组织修复的机制	首次发现Csf1亚群AD-MSCs通过抑制单核细胞浸润和激活常驻小胶质细胞实现治疗作用	研究基于大鼠模型，临床转化需进一步验证	探究脂肪来源间充质基质细胞治疗脑出血的作用机制	脑出血大鼠模型	神经科学	脑出血	单细胞转录组测序，组织病理学技术	NA	基因表达数据，组织学数据	脑出血大鼠模型
56	2025-09-07	EGCG-releasing nanofibrous scaffold enhances wound healing via γδ T cells modulation 2026-Feb, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2025.123543 PMID:40682946	研究论文	本研究探讨了EGCG释放纳米纤维支架通过调节γδ T细胞促进伤口愈合的作用	开发了具有定向拓扑结构的EGCG缓释纳米纤维支架，首次揭示其通过AREG-EGFR信号轴调控γδ T细胞促进伤口修复的机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床中验证	开发新型伤口管理材料并阐明其促进组织再生的机制	6-8周龄雄性C57BL/6J小鼠和免疫缺陷TCRδ-/-小鼠	组织工程	伤口愈合障碍	单细胞RNA测序，Cellchat分析，单克隆抗体抑制实验	NA	基因表达数据，组织形态学数据	使用C57BL/6J小鼠和TCRδ-/-小鼠的伤口模型
57	2025-09-07	Cancer-associated fibroblasts regulating nanomedicine to overcome sorafenib resistance in hepatocellular carcinoma with portal vein tumor thrombus 2026-Feb, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2025.123599 PMID:40774033	研究论文	开发靶向纳米载体通过调控肿瘤微环境克服肝细胞癌门静脉癌栓对索拉非尼的耐药性	首次设计靶向PVTT的纳米载体共递送siRNA和多激酶抑制剂，通过特异性下调CAFs中CXCL12表达重塑肿瘤微环境	研究目前仅限于小鼠模型，尚未进行临床试验验证	克服肝细胞癌门静脉癌栓对索拉非尼的耐药性	肝细胞癌门静脉癌栓模型和癌症相关成纤维细胞	纳米医学	肝细胞癌	单细胞RNA测序，RNA测序，纳米载体技术	NA	基因表达数据，体内实验数据	原位小鼠PVTT模型
58	2025-09-07	Evolution of comparative transcriptomics: biological scales, phylogenetic spans, and modeling frameworks 2025-Oct, Current opinion in genetics & development IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.gde.2025.102387 PMID:40774064	综述	本文讨论比较转录组学领域在技术发展、系统发育覆盖和建模框架三个方向的演变趋势	系统总结了单细胞与空间转录组技术带来的范式转变、更广泛的系统发育覆盖以及机器学习驱动的新建模框架	NA	探讨比较转录组学领域的演进方向和发展趋势	转录组数据与进化生物学研究	生物信息学	NA	RNA测序、单细胞转录组学、空间转录组学	机器学习	转录组数据	NA
59	2025-09-07	Restoring mitochondrial quantity and quality to reverse the Warburg effect and drive neuroblastoma differentiation 2025-Sep-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2502483122 PMID:40911595	研究论文	本研究通过恢复线粒体功能，利用视黄酸和线粒体解偶联剂协同促进神经母细胞瘤分化并抑制增殖	提出以线粒体为核心的治疗策略，首次证明通过协同增强线粒体生物合成和呼吸作用可驱动肿瘤分化	研究主要基于神经母细胞瘤模型，在其他肿瘤类型中的适用性尚需验证	探索恢复肿瘤中线粒体数量和质量的方法及其对肿瘤分化的影响	神经母细胞瘤细胞及原位移植瘤模型	肿瘤生物学	神经母细胞瘤	U-C-葡萄糖/谷氨酰胺同位素示踪、单细胞RNA测序、电子传输链抑制	NA	代谢数据、基因表达数据	原位神经母细胞瘤异种移植模型
60	2025-09-07	Inhibition of Macrophage ARID3A Alleviates Myocardial Ischemia-Reperfusion Injury After Heart Transplantation by Reducing THBS1/CD47 Signaling-Mediated Neutrophil Extracellular Traps Formation 2025-Sep-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202509952 PMID:40913516	研究论文	本研究探讨巨噬细胞ARID3A通过THBS1/CD47信号通路调控中性粒细胞胞外诱捕网形成，从而影响心脏移植后心肌缺血再灌注损伤的机制	首次揭示M1巨噬细胞通过THBS1/CD47-p38 MAPK轴促进NETosis的新机制，并发现4-OI可通过特异性抑制ARID3A减轻心肌损伤	机制研究主要基于小鼠模型，临床转化价值需进一步验证	探究心脏移植后心肌缺血再灌注损伤的细胞互作机制并寻找治疗靶点	心肌细胞、中性粒细胞、巨噬细胞	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序、分子对接分析、基因敲除小鼠模型	NA	基因表达数据、分子相互作用数据	髓系特异性ARID3A敲除小鼠模型