单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 31938 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2025-10-30 |
3D-generation of high-purity midbrain dopaminergic progenitors and lineage-guided refinement of grafts supports Parkinson's disease cell therapy
2025-Oct-27, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.10.001
PMID:41151578
|
研究论文 | 开发了一种三维分化方法SphereDiff，用于生成高纯度中脑多巴胺能祖细胞，并通过谱系引导优化提高帕金森病细胞治疗的安全性和有效性 | 开发了SphereDiff三维分化方法生成高纯度mDAPs；使用单细胞空间转录组学揭示移植后细胞分布模式；应用跨移植单细胞分裂条形码技术解析供体细胞克隆谱系命运 | 研究主要基于小鼠PD模型，人类临床应用效果仍需进一步验证 | 提高帕金森病细胞治疗中中脑多巴胺能神经元的生产效率和移植安全性 | 人类多能干细胞、中脑多巴胺能祖细胞、帕金森病模型小鼠 | 再生医学 | 帕金森病 | 单细胞空间转录组学, 跨移植单细胞分裂条形码技术 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 帕金森病模型小鼠 | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 42 | 2025-10-30 |
Discovery of disease-associated cellular states using ResidPCA in single-cell RNA and ATAC sequencing data
2025-Oct-27, HGG advances
DOI:10.1016/j.xhgg.2025.100538
PMID:41157948
|
研究论文 | 提出一种名为ResidPCA的稳健方法，用于在单细胞测序数据中发现与疾病相关的细胞状态 | ResidPCA方法在检测跨多种细胞类型表达的状态时，比传统PCA准确度高四倍以上，比基于NMF的方法高三倍以上 | NA | 推进对单细胞测序数据中疾病相关细胞异质性的理解 | 小鼠视觉皮层细胞和阿尔茨海默病队列样本 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序 | ResidPCA | 单细胞测序数据 | NA | NA | scRNA-seq, snATAC-seq, snRNA-seq | NA | NA |
| 43 | 2025-10-30 |
Unveiling metabolic pathway dysregulation in the malignant transformation of polyps to colorectal cancer: a single-cell analysis of epithelial cell trajectories
2025-Oct-27, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000003859
PMID:41159285
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示结直肠癌发展过程中上皮细胞代谢通路失调和细胞通讯变化 | 首次在单细胞水平构建结直肠癌上皮细胞分化轨迹，揭示脂肪酸和胆汁酸代谢通路失调与乳酰化修饰在癌变过程中的关键作用 | 研究样本量有限，需要更大队列验证发现；机制研究主要基于计算推断，需要实验验证 | 探究结直肠癌发展过程中代谢通路重编程和细胞通讯变化机制 | 正常结肠组织、息肉组织和结直肠癌组织中的上皮细胞 | 数字病理 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | 轨迹分析，细胞通讯分析，调控网络分析 | 单细胞转录组数据 | 包含正常、息肉和肿瘤结肠组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 44 | 2025-10-30 |
Matrix stiffness drives squamous cell carcinoma progression via a Piezo1-mediated mechanotransduction feedback loop
2025-Oct-26, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.10.041
PMID:41151627
|
研究论文 | 本研究揭示了基质硬度通过Piezo1介导的机械转导反馈环路驱动鳞状细胞癌进展的机制 | 首次发现Piezo1-RCC2-YAP轴将机械信号转化为促肿瘤信号，并形成自增强反馈环路 | 样本量相对有限，临床队列仅包含53例皮肤SCC患者 | 研究基质硬度如何通过Piezo1介导的机械转导驱动鳞状细胞癌进展及其临床意义 | 人类皮肤、口腔和肺鳞状细胞癌样本，SCC细胞系，异种移植模型 | 癌症生物学 | 鳞状细胞癌 | 原子力显微镜，空间转录组学，单细胞RNA测序 | 体外可调硬度凝胶模型，异种移植模型 | 组织样本，基因表达数据，临床数据 | 人类SCC样本（皮肤、口腔、肺），皮肤SCC临床队列53例 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 45 | 2025-10-30 |
Decidual cell invasion and decidualization at the trophoblast-decidual interaction in the progression of cesarean scar pregnancy
2025-Oct-25, Journal of reproductive immunology
IF:2.9Q2
DOI:10.1016/j.jri.2025.104747
PMID:41151220
|
研究论文 | 本研究探讨KISS1基因在剖宫产瘢痕妊娠中蜕膜细胞侵袭和蜕膜化过程中的作用机制 | 首次在单细胞水平揭示CSP中蜕膜细胞KISS1表达下调及其通过PI3K/AKT信号通路影响细胞侵袭迁移的机制 | 样本量有限，未涉及其他潜在信号通路的研究 | 阐明KISS1基因在剖宫产瘢痕妊娠进展过程中对蜕膜细胞侵袭过程的作用 | 剖宫产瘢痕妊娠和正常早孕宫内妊娠的蜕膜组织样本 | 单细胞测序分析 | 剖宫产瘢痕妊娠 | 单细胞RNA测序, 免疫组化, qRTPCR, Western blotting, RNA干扰, RNA-seq, 荧光素酶报告实验 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据 | CSP和正常早孕宫内妊娠的蜕膜组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, RNA-seq | NA | NA |
| 46 | 2025-10-30 |
Identification of key diagnostic and prognostic biomarkers for aortic valve stenosis with coronary artery disease through immunological profiling integrating proteomics, single-cell sequencing, and machine learning
2025-Oct-24, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152855
PMID:41151411
|
研究论文 | 通过整合蛋白质组学、单细胞测序和机器学习，系统识别主动脉瓣狭窄合并冠状动脉疾病的关键诊断和预后生物标志物 | 首次整合多组学数据识别FGL1作为AS-CAD的新型生物标志物，并通过单细胞测序解析其细胞来源 | 样本量有限，需要更大规模的多中心研究验证 | 系统识别AS-CAD的分子生物标志物并评估其临床预后价值 | AS-CAD患者组织样本、ApoE-/-小鼠动脉粥样硬化模型、RAW264.7巨噬细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | 蛋白质组学分析,单细胞RNA测序,机器学习,ELISA,免疫组化,Western blotting | LASSO回归 | 蛋白质组数据,单细胞转录组数据,临床数据 | AS-CAD患者组织样本，独立临床队列，多中心前瞻性TAVI患者队列 | NA | 单细胞RNA-seq,蛋白质组学 | NA | NA |
| 47 | 2025-10-30 |
Interrogation of the cellular hierarchies reveals neoplastic evolution and therapeutic vulnerability in craniopharyngioma
2025-Oct-24, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noaf249
PMID:41159376
|
研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学揭示颅咽管瘤的细胞层级结构和肿瘤演化过程 | 首次在单细胞和空间水平揭示颅咽管瘤的肿瘤编程和演化，识别出PCP和RCC之间的疾病谱系连续性 | 研究样本数量有限，动物模型结果需要进一步临床验证 | 阐明颅咽管瘤的发病机制和肿瘤演化过程 | 颅咽管瘤（包括ACP、PCP亚型）和Rathke裂囊肿 | 数字病理学 | 颅咽管瘤 | 单细胞RNA测序，空间转录组学，多重免疫组化，离体垂体培养 | NA | 单细胞转录组数据，空间转录组数据，组织学图像 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 48 | 2025-10-30 |
Acquisition of an immunosuppressive microenvironment after anti-CD19 CAR T-cell therapy is associated with T-cell dysfunction and resistance
2025-Oct-23, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-011768
PMID:41135951
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和光谱流式细胞术分析，揭示了抗CD19 CAR-T细胞治疗后肿瘤微环境获得免疫抑制特性与T细胞功能障碍和治疗抵抗的关联 | 首次在单细胞水平系统揭示了CAR-T治疗后肿瘤微环境的动态变化，发现髓系细胞激活、干扰素反应、缺氧和TGF-β信号通路在驱动免疫抑制中的关键作用 | 研究样本量有限，需要更大规模队列验证；机制研究主要在动物模型中进行，人类样本中的直接证据仍需进一步确认 | 探究CAR-T细胞治疗后肿瘤微环境的变化及其对治疗反应的影响 | B细胞急性淋巴细胞白血病患者和造血干细胞/祖细胞人源化小鼠模型 | 单细胞生物学 | B细胞急性淋巴细胞白血病 | 单细胞RNA测序, 光谱流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据 | B-ALL患者治疗前后骨髓样本，人源化小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 49 | 2025-10-30 |
TRIM28 drives immune evasion via PARP1 SUMOylation and NAD+ depletion in clear cell renal cell carcinoma
2025-Oct-23, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-013025
PMID:41135953
|
研究论文 | 本研究揭示了TRIM28通过调控PARP1稳定性和NAD+代谢重编程促进肾透明细胞癌免疫逃逸的新机制 | 首次发现TRIM28通过双重免疫代谢机制驱动免疫逃逸：稳定PARP1并促进其SUMO化，以及通过NAD+耗竭削弱CD8+ T细胞功能 | 研究主要基于临床前模型，尚未在人体临床试验中验证 | 探索肾透明细胞癌中免疫检查点阻断疗法疗效有限的机制 | 肾透明细胞癌细胞模型、CD8+ T细胞、患者来源异种移植模型 | 癌症免疫学 | 肾癌 | 单细胞转录组学、RNA-seq、代谢组学、质谱分析、虚拟筛选 | Geneformer | 转录组数据、代谢组数据、蛋白质相互作用数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | GSE159115数据集 |
| 50 | 2025-10-30 |
Immunosuppression of HMOX1 contributes to metastasis and poor prognosis in glioma
2025-Oct-22, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152848
PMID:41151408
|
研究论文 | 本研究探讨HMOX1在胶质瘤免疫抑制和转移中的作用机制 | 首次揭示HMOX1通过促进M2巨噬细胞极化介导胶质瘤免疫抑制和转移的分子机制 | 研究主要基于公共数据库和体外实验，需要更多临床样本验证 | 阐明HMOX1与胶质瘤免疫抑制的关联机制 | 胶质瘤患者样本和细胞系 | 生物信息学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序, 生物信息学分析, 细胞实验, 异种移植模型 | NA | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据 | CGGA数据库693例患者, TCGA数据库702例患者 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 51 | 2025-10-30 |
Heterochronic transcription factor expression drives cone-dominant retina development in 13-lined ground squirrels
2025-Oct-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.25.650540
PMID:40654702
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示了13线地松鼠视锥细胞优势视网膜发育的分子机制 | 发现视锥细胞不仅来源于早期神经源性祖细胞，还来源于晚期神经源性祖细胞，这一过程由转录因子表达的异时性转变驱动 | 研究仅针对13线地松鼠，未在其他物种中验证 | 探索视锥细胞优势视网膜发育的调控机制 | 13线地松鼠视网膜发育过程 | 发育生物学 | 视力障碍 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 52 | 2025-10-30 |
Enhanced RNA Preservation in Mouse Brain Tissue: A Strategy Combining Cardiac Perfusion with Hypersaline Immersion
2025-Oct-21, ACS omega
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acsomega.5c05379
PMID:41141763
|
研究论文 | 开发了一种结合心脏灌注和高渗盐水浸泡的策略，用于增强小鼠脑组织RNA保存效果 | 首次将心脏灌注与高渗盐水浸泡相结合，建立了标准化的RNA保存框架，显著延长了RNA在组织切片中的完整性保持时间 | 仅在小鼠脑组织中验证，未在其他组织类型或物种中测试 | 解决空间转录组学研究中RNA降解问题，建立标准化的RNA保存方法 | 小鼠脑组织 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学，RNA完整性检测 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 53 | 2025-10-30 |
Commentary: Toward a global atlas of ocular surface biology: Rationale, design, and clinical applications
2025-Oct-21, Experimental eye research
IF:3.0Q1
DOI:10.1016/j.exer.2025.110705
PMID:41130333
|
评论 | 提出构建全球眼表生物学图谱的倡议，通过整合多组学技术系统解析眼表组织在健康和疾病状态下的生物学特征 | 首次提出建立全球眼表生物学图谱，采用单细胞和空间组学技术系统解析眼表微环境动态，并制定了临床转化路线图 | NA | 构建全面的眼表生物学图谱，推动精准眼科诊断和治疗 | 眼表组织（角膜、结膜、泪膜装置）及其微环境 | 数字病理 | 眼科疾病 | 单细胞/单核RNA测序, ATAC测序, 空间转录组学, 泪液蛋白质组学/代谢组学 | NA | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 空间转录组学, 多组学整合 | NA | NA |
| 54 | 2025-10-30 |
Temporal Clonal Tracing Reveals Tumor-Intrinsic IFNγ-Dependencies Driving Niche Adaptation and Early Metastatic Colonization
2025-Oct-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.13.669778
PMID:40832237
|
研究论文 | 通过单细胞条形码和转录组分析揭示肿瘤细胞在转移生态位中的克隆动态和IFNγ信号通路的关键作用 | 开发了MetTag单细胞条形码技术，结合时间标记和CRISPR筛选，首次揭示了早期播散肿瘤细胞的IFNγ依赖性生态位适应机制 | 研究主要关注腹膜转移模型，其他转移部位的普适性需要进一步验证 | 解析肿瘤细胞在转移生态位中的克隆动态和分子决定因素 | 播散肿瘤细胞和转移生态位 | 单细胞生物学 | 癌症转移 | 单细胞RNA测序, CRISPR/Cas9筛选, RNA velocity分析 | NA | 单细胞转录组数据, 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 55 | 2025-10-30 |
Identification of Regulatory RNA-Binding Genes in Spermatogonial Stem Cell Reprogramming to ES-like Cells Using Machine Learning-Integrated Transcriptomic and Network Analysis
2025-Oct-20, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14201632
PMID:41148847
|
研究论文 | 本研究通过整合转录组学和网络分析，结合机器学习方法，揭示了精原干细胞重编程为ES样细胞过程中的关键RNA结合调控基因 | 首次将机器学习与转录组学和网络分析相结合，识别出精原干细胞重编程过程中的关键RNA结合调控基因Ctdsp1、Rest和Stra8 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类细胞中验证 | 探索精原干细胞重编程为多能干细胞的分子机制 | 小鼠精原干细胞及其重编程产生的ES样细胞 | 机器学习 | 生殖系统疾病 | RNA测序、单细胞RNA测序、免疫细胞化学、畸胎瘤实验 | 机器学习集成分析 | 基因表达数据、转录组数据 | 使用GEO数据库多个数据集（GSE43850、GSE38776、GSE149512）的小鼠精原干细胞和胚胎干细胞数据 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 56 | 2025-10-30 |
PPAR-γ Inhibits Chronic Apical Periodontitis by Facilitating Macrophage Efferocytosis
2025-Oct-19, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms262010157
PMID:41155449
|
研究论文 | 本研究阐明PPAR-γ通过促进巨噬细胞胞葬作用抑制慢性根尖周炎发展的机制 | 首次揭示PPAR-γ在慢性根尖周炎中调控巨噬细胞胞葬功能的作用机制 | NA | 探究PPAR-γ在慢性根尖周炎发病过程中对巨噬细胞胞葬作用的调控功能 | 临床标本、大鼠根尖周病变模型、体外CAP炎症环境模型 | 病理学研究 | 慢性根尖周炎 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学染色 | NA | 基因表达数据,组织染色图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 57 | 2025-10-30 |
The Interplay Between lncRNAs-microRNAs Network Dysregulation and Cellular Hallmarks of Thyroid Cancer
2025-Oct-18, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17203373
PMID:41154428
|
综述 | 本文综述了长链非编码RNA和微小RNA网络失调与甲状腺癌细胞特征之间的相互作用关系 | 系统总结了lncRNAs通过ceRNA机制、信号通路调控和表观遗传改变影响甲状腺癌特征的机制，并提出了靶向lncRNAs的治疗策略 | NA | 探讨lncRNAs和microRNAs网络失调在甲状腺癌发生发展中的作用机制 | 甲状腺癌中的长链非编码RNA和微小RNA | 分子生物学 | 甲状腺癌 | RNA干扰、反义寡核苷酸、CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 文献数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 58 | 2025-10-30 |
Single-cell and spatial transcriptomics reveal intratumor heterogeneity and immune evasion in natural killer/T cell lymphoma
2025-Oct-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.113626
PMID:41142990
|
研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学揭示自然杀伤/T细胞淋巴瘤的肿瘤内异质性和免疫逃逸机制 | 首次在NKTCL中鉴定出五个具有不同功能通路、分化轨迹和空间分布的恶性元程序亚群，并发现FABP5抑制剂可下调c-Myc抑制肿瘤生长 | NA | 探究自然杀伤/T细胞淋巴瘤的肿瘤内异质性和肿瘤微环境相互作用 | 自然杀伤/T细胞淋巴瘤患者组织样本 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 59 | 2025-10-30 |
OmniCellX: A Versatile and Comprehensive Browser-Based Tool for Single-Cell RNA Sequencing Analysis
2025-Oct-17, Biology
DOI:10.3390/biology14101437
PMID:41154840
|
研究论文 | 介绍OmniCellX——一款基于浏览器的单细胞RNA测序分析工具 | 开发了基于Docker安装的双模式操作工具，整合了完整的单细胞分析流程并支持百万级细胞数据的处理 | NA | 简化单细胞RNA测序数据分析流程，解决可访问性、可扩展性和可用性方面的挑战 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 支持数百万细胞的数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 60 | 2025-10-30 |
Integrative Single-Cell and Bulk Transcriptomic Analysis Identifies Macrophage-Related Gene Signatures Predictive of Hepatocellular Carcinoma in Cirrhosis
2025-Oct-15, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes16101213
PMID:41153430
|
研究论文 | 本研究整合单细胞和批量转录组数据，识别与肝硬化和肝细胞癌进展相关的巨噬细胞基因特征，并构建机器学习预测模型 | 首次整合单细胞和批量转录组数据识别巨噬细胞相关基因特征，并建立机器学习模型用于肝硬化患者向肝癌转化的风险预测 | 研究样本量有限，需要在更大队列中验证模型的泛化能力 | 开发基于巨噬细胞相关基因特征的早期肝癌风险预测模型 | 肝硬化患者和肝细胞癌患者的肝组织样本 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | Lasso回归, 随机森林, XGBoost | 基因表达数据 | 肝硬化患者和肝细胞癌患者的肝组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |