单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-05-30	Role of Galactosylceramide Metabolism in Satellite Glial Cell Dysfunction and Neuron-Glia Interactions in Painful Diabetic Peripheral Neuropathy 2025-03-07, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14060393 PMID:40136642	research paper	本研究探讨了半乳糖神经酰胺（GalCer）在糖尿病周围神经病变（DPN）进展过程中卫星胶质细胞（SGCs）功能障碍和神经元-胶质细胞相互作用中的作用	首次揭示了GalCer代谢在SGC功能障碍和神经元-胶质细胞相互作用中的核心作用，并识别出GalCer代谢作为潜在治疗靶点	研究仅基于大鼠模型，尚未在人类样本中验证	探究GalCer在糖尿病周围神经病变（DPN）进展中的作用机制	卫星胶质细胞（SGCs）和神经元-胶质细胞相互作用	神经科学	糖尿病周围神经病变	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、靶向质谱分析和免疫荧光分析	大鼠模型	RNA测序数据、质谱数据和图像数据	NA
42	2025-05-30	Lifting the curse from high-dimensional data: automated projection pursuit clustering for a variety of biological data modalities 2025-Jan-06, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaf052 PMID:40440093	research paper	提出一种名为自动投影追踪（APP）的无监督聚类方法，用于处理高维生物数据	通过将高维数据顺序投影到低维表示中，缓解了维度诅咒问题	NA	开发一种能够有效处理高维生物数据的无监督聚类方法	高维生物数据，包括转录组学、蛋白质组学、单细胞组学数据等	machine learning	NA	scRNA-seq, flow and mass cytometry, multiplex imaging, T-cell receptor repertoire analysis	automated projection pursuit (APP)	high-dimensional biological data	多种生物数据模态，包括流式细胞术数据、质谱细胞术数据、scRNA-seq数据、多重成像数据和T细胞受体库数据
43	2025-05-30	Identification of biomarkers associated with inflammatory response in Parkinson's disease by bioinformatics and machine learning 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0320257 PMID:40435035	研究论文	结合生物信息学和机器学习筛选与帕金森病炎症反应相关的生物标志物基因	使用LASSO、SVM-RFE和随机森林算法筛选生物标志物基因，并通过单细胞转录组数据分析验证这些标志物与特定细胞类型的关联	未提及样本量及具体实验验证过程	筛选与帕金森病炎症反应相关的生物标志物基因	帕金森病患者的基因表达数据	生物信息学	帕金森病	生物信息学分析、机器学习算法（LASSO、SVM-RFE、随机森林）、单细胞转录组分析	LASSO、SVM-RFE、随机森林	基因表达数据	NA
44	2025-05-30	Multihormone-producing capabilities of normal pancreatic islet cells-spatial transcriptomics analysis using Xenium 2025, Biomedical research (Tokyo, Japan) DOI:10.2220/biomedres.46.129 PMID:40436764	research paper	本研究通过空间转录组学分析探讨了成人胰岛细胞是否具有同时产生多种胰腺激素的能力	首次使用Xenium技术进行空间转录组学分析，揭示了成人胰岛细胞可能具有同时产生多种胰腺激素的基因表达能力	样本量较小，仅来自3名胰腺肿瘤患者的11个胰岛组织	阐明成人胰岛细胞是否具有同时产生多种胰腺激素的基因表达能力	成人胰岛细胞	空间转录组学	胰腺肿瘤	Xenium空间转录组学分析	NA	基因转录数据	3名患者的11个胰岛组织中的773个胰岛细胞
45	2025-05-30	Intercellular communication between FAP+ fibroblasts and SPP1+ macrophages in prostate cancer via multi-omics 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1560998 PMID:40438108	研究论文	通过多组学方法研究前列腺癌中FAP+成纤维细胞与SPP1+巨噬细胞之间的细胞间通讯	揭示了FAP+成纤维细胞与SPP1+巨噬细胞在前列腺癌中的独特互作模式，并识别了潜在的免疫抑制性肿瘤微环境相关信号通路	样本量相对较小（23个前列腺样本），且需要进一步的功能验证	探索前列腺癌肿瘤微环境中细胞间通讯的机制，以发现新的治疗靶点	FAP+成纤维细胞和SPP1+巨噬细胞	肿瘤微环境研究	前列腺癌	bulk RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、免疫组织化学和免疫荧光染色	NA	RNA测序数据、空间转录组数据、免疫染色图像	23个前列腺样本的23,519个单细胞RNA测序数据
46	2025-05-30	Unraveling the immune evasion mechanisms in the tumor microenvironment of head and neck squamous cell carcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1597202 PMID:40438103	综述	本文综述了头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）肿瘤微环境中的免疫逃逸机制，并提出了一个新的'三位一体'调控网络	提出了'三位一体'调控网络，涵盖代谢重编程介导的免疫检查点调控、基质细胞驱动的免疫功能障碍和表观遗传重塑促进免疫耐受	对特定免疫逃逸通路的理解不完全，缺乏个性化治疗策略	探讨HNSCC肿瘤微环境中的免疫逃逸机制，为开发多靶点联合疗法提供理论基础	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）的肿瘤微环境	肿瘤免疫学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞测序、空间转录组学	NA	NA	NA
47	2025-05-30	Tumor-infiltrating immune cell signature score reveals prognostic biomarkers and therapeutic targets for colorectal cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1583327 PMID:40438100	research paper	该研究探索了肿瘤浸润免疫细胞（TIIC）相关基因在结直肠癌（CRC）中的预后价值，旨在发现新的生物标志物和治疗靶点	利用机器学习方法（如RSF、LASSO和Cox回归）构建了一个基于五个关键TIIC-RNAs的预后模型，并在TCGA-CRC和外部验证数据集中表现出色，优于现有的22个预后模型	需要进一步研究评估TIIC特征评分的临床实用性，并确认其在不同人群和治疗背景中的相关性	探索TIIC相关基因在CRC中的预后价值，发现新的生物标志物和治疗靶点	结直肠癌（CRC）患者	digital pathology	colorectal cancer	scRNA-seq, NGS, gene set enrichment analysis (GSEA), copy number variation (CNV) analysis	Random Survival Forest (RSF), LASSO regression, Cox proportional hazards regression	transcriptome data, single-cell RNA sequencing data	来自公共数据库的CRC转录组数据
48	2025-05-30	Construction of a stromal cell-related prognostic signature based on a 101-combination machine learning framework for predicting prognosis and immunotherapy response in triple-negative breast cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1544348 PMID:40438115	研究论文	本研究基于101种机器学习框架构建了一个与基质细胞相关的预后特征，用于预测三阴性乳腺癌（TNBC）的预后和免疫治疗反应	首次结合单细胞转录组学和机器学习算法，开发了一个基于基质细胞标志基因的预后特征（MVPRS），并验证了FN1作为关键癌基因的作用	研究结果需要在更大规模的临床队列中进行验证	预测TNBC患者的生存结局和免疫治疗反应	三阴性乳腺癌（TNBC）	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq, WGCNA, qRT-PCR, 免疫组化, RNA干扰, CCK-8实验, 凋亡实验, 伤口愈合实验	101种机器学习算法组合	转录组数据	来自GEO数据库的scRNA-seq数据集和独立队列GSE91061
49	2025-05-30	nf-core/marsseq: systematic preprocessing pipeline for MARS-seq experiments 2025, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbaf089 PMID:40438146	research paper	本文介绍了一个针对MARS-seq实验的系统化预处理流程nf-core/marsseq，旨在标准化单细胞RNA测序数据的预处理和分析	改进了原有的MARS-seq2.0流程，使其能够在nf-core框架下实现，增加了实验元数据验证检查点和RNA速度估计的自定义工作流程	未明确提及具体的数据处理限制或适用范围限制	标准化MARS-seq分析流程并提高其在RNA速度分析中的适用性	MARS-seq实验产生的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	MARS-seq2.0, scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
50	2025-05-30	Single-cell transcriptome conservation in a multispecies comparative analysis of fresh and cryopreserved insulinoma cell lines 2025, Veterinary oncology (London, England) DOI:10.1186/s44356-025-00025-4 PMID:40438246	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术对多种胰岛素瘤细胞系进行了跨物种比较分析，并探讨了冷冻保存对胰腺β细胞单细胞转录组的影响	首次在跨物种水平上比较了胰岛素瘤细胞系的单细胞转录组特征，并验证了冷冻保存样本在单细胞研究中的可行性	研究仅针对细胞系进行分析，未涉及原代肿瘤组织样本	理解胰岛素瘤的单细胞转录组特征并评估冷冻保存对样本质量的影响	犬源和人源胰岛素瘤细胞系(canINS, CM, INS-1和MIN6)	单细胞组学	胰岛素瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Seurat	单细胞转录组数据	4种胰岛素瘤细胞系(新鲜和冷冻保存状态)
51	2025-05-30	Single-cell transcriptomic analysis of canine insulinoma reveals distinct sub-populations of insulin-expressing cancer cells 2025, Veterinary oncology (London, England) DOI:10.1186/s44356-025-00026-3 PMID:40438247	研究论文	首次对犬恶性胰岛素瘤进行单细胞转录组分析，揭示了胰岛素表达癌细胞的不同亚群	首次在犬胰岛素瘤中鉴定出两种转录不同的胰岛素表达肿瘤细胞群（INS和INSFOS），并揭示了它们的基因表达差异和潜在的肿瘤-免疫相互作用	样本规模较小，仅涉及两只拳师犬的三个肿瘤样本	探索犬恶性胰岛素瘤的单细胞转录组特征及其细胞异质性	犬恶性胰岛素瘤细胞	数字病理	胰岛素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	5,532个细胞，来自两只拳师犬的两个自发性胰岛素瘤和一个转移瘤
52	2025-05-30	Biomarker identification associated with M2 tumor-associated macrophage infiltration in glioblastoma 2025, Frontiers in neurology IF:2.7Q3 DOI:10.3389/fneur.2025.1545608 PMID:40438577	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别与M2型肿瘤相关巨噬细胞浸润相关的生物标志物，以预测胶质母细胞瘤的预后	结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别与M2型肿瘤相关巨噬细胞相关的预后基因，并构建预后特征	研究未提及样本的具体数量，且外部验证的细节未充分描述	识别与M2型肿瘤相关巨噬细胞浸润相关的生物标志物，以预测胶质母细胞瘤的预后	胶质母细胞瘤（GBM）患者	生物信息学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq），WGCNA，LASSO回归分析	LASSO回归	RNA-seq数据	NA
53	2025-05-29	Understanding psoriatic disease at single-cell resolution: an update 2025-Jul-01, Current opinion in rheumatology IF:5.2Q1 DOI:10.1097/BOR.0000000000001085 PMID:40160177	综述	本文回顾了单细胞技术在银屑病研究中的最新进展，包括单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学	揭示了银屑病中免疫细胞、角质形成细胞和成纤维细胞亚型的多样性及其在疾病进展中的关键作用，特别是通过空间转录组学发现了角质形成细胞中的代谢失调	NA	探讨单细胞技术在银屑病研究中的应用及其对靶向治疗的潜在影响	银屑病中的免疫细胞、角质形成细胞和成纤维细胞	数字病理学	银屑病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
54	2025-05-29	Impact of HLA alloimmunization on clinical outcomes of severe aplastic anemia treated with immunosuppressive therapy 2025-Jun-10, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024015301 PMID:40085951	research paper	该研究探讨了HLA同种免疫对接受免疫抑制治疗的严重再生障碍性贫血患者临床结果的影响	首次在大型iAA患者队列中研究了HLA同种免疫的临床相关性，并发现其与疾病预后相关	研究样本量有限，且来自特定临床试验队列	评估HLA同种免疫对iAA患者临床结局的影响	444名接受免疫抑制治疗的严重再生障碍性贫血患者	血液病学	再生障碍性贫血	单细胞RNA测序	NA	临床数据和RNA测序数据	444名患者（其中99名存在HLA同种免疫）
55	2025-05-29	Elevated Fcy receptor expression augments pro-inflammatory macrophage phagocytosis in systemic sclerosis and associated rheumatic diseases 2025-Jun-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keae688 PMID:39672802	research paper	本研究探讨了系统性硬化症（SSc）和其他风湿性疾病中巨噬细胞的促吞噬表型，揭示了FcγR表达巨噬细胞在吞噬作用和炎症反应中的驱动作用	通过单细胞RNA测序和体外实验，首次揭示了SSc和相关风湿性疾病中FcγR高表达巨噬细胞的促吞噬表型及其在炎症反应中的作用	研究主要基于体外实验和已有数据集分析，需要更多体内实验验证	探究SSc和其他风湿性疾病中巨噬细胞的促吞噬表型及其驱动机制	SSc、RA、PsA和axSpA患者的巨噬细胞	免疫学	风湿性疾病	scRNA-seq, 流式细胞术, Western blot, RT-qPCR	NA	基因表达数据, 蛋白质数据	来自健康对照和SSc患者的皮肤和肺巨噬细胞单细胞RNA测序数据集（GSE138669/GSE212109），以及来自HC、SSc、RA、PsA和axSpA患者的CD14+单核细胞分化的人单核细胞衍生巨噬细胞（hMDMs）
56	2025-05-29	Construction and validation of a regulatory T cells-based classification of renal cell carcinoma: an integrated bioinformatic analysis and clinical cohort study 2025-Jun, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands) DOI:10.1007/s13402-024-01030-9 PMID:39714755	研究论文	通过整合生物信息学分析和临床队列研究，构建并验证了基于调节性T细胞的肾细胞癌分类系统	首次定义了44个与Treg状态相关的预后基因，并构建了RCC-TSC分类系统，揭示了高免疫浸润RCC亚型的预后和治疗意义	研究主要依赖于回顾性数据，前瞻性验证仍需进一步研究	探索Treg与肾细胞癌异质性之间的关系，并建立预后分类系统	肾细胞癌患者	数字病理学	肾细胞癌	单细胞RNA测序、免疫组化染色	monocle2伪时间分析、多变量Cox比例风险回归分析	RNA-seq数据、临床数据	TCGA-KIRC队列的537个RNA-seq样本和新华队列的370名肾肿瘤患者
57	2025-05-29	Lung endothelial cell heterogeneity in health and pulmonary vascular disease 2025-Jun-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00296.2024 PMID:39772753	mini-review	本文探讨了肺内皮细胞在健康和肺血管疾病中的异质性，特别关注单细胞RNA测序技术的应用	利用scRNA-seq技术揭示了肺内皮细胞的异质性及其在肺动脉高压发病机制中的作用，发现了新的细胞类型如aerocytes和general capillary ECs	NA	研究肺内皮细胞异质性在肺血管疾病中的作用	肺内皮细胞	生物医学	肺动脉高压	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 单核RNA测序, 空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
58	2025-05-29	Decellularised Amniotic Membrane for the Neurogenic Expression of Human Mesenchymal Stem Cells 2025-Jun, Journal of biomedical materials research. Part B, Applied biomaterials DOI:10.1002/jbm.b.35588 PMID:40424302	研究论文	研究脱细胞羊膜（DAM）对人间充质干细胞（hMSCs）神经分化的诱导作用，以促进周围神经病变的神经再生	使用DAM诱导hMSCs神经分化，并通过空间转录组测序和网络药理学分析揭示其促进神经修复的机制	未提及具体样本量及实验设计的详细局限性	探究DAM在神经再生中的作用及其潜在治疗应用	人间充质干细胞（hMSCs）和脱细胞羊膜（DAM）	再生医学	周围神经病变	空间转录组测序、免疫荧光染色、网络药理学分析	NA	基因表达数据、细胞图像数据	NA
59	2025-05-29	Targeting Ferroptosis Alleviates Pulmonary Arterial Hypertension, Insights from Transcriptomic and Experimental Analyses 2025-May-28, Advanced biology IF:3.2Q3 DOI:10.1002/adbi.202500001 PMID:40432432	研究论文	本研究探讨了铁死亡在肺动脉高压（PAH）发展中的作用及其分子机制，并通过转录组和实验分析验证了靶向铁死亡对PAH的治疗潜力	首次揭示了铁死亡在PAH内皮细胞损伤和血管重塑中的关键作用，并发现HIF1α信号在铁死亡诱导中的重要性	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证有限	探究铁死亡在PAH发病机制中的作用并开发潜在治疗策略	肺动脉高压（PAH）患者和小鼠模型	分子病理学	肺动脉高压	转录组测序、单细胞RNA测序	PAH小鼠模型（缺氧+SU5416诱导）	基因表达数据、组织学数据	未明确说明患者样本量，使用小鼠模型进行实验
60	2025-05-29	Immunotyping the Tumor Microenvironment Reveals Molecular Heterogeneity for Personalized Immunotherapy in Cancer 2025-May-28, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202417593 PMID:40433880	research paper	开发了一种名为TMEclassifier的机器学习工具，用于将肿瘤微环境（TME）分类为三种亚型，以指导个性化免疫治疗	首次提出了一种高度可访问、高通量的方法来定义肿瘤微环境的异质性，并通过机器学习工具TMEclassifier对癌症进行分类	虽然在小鼠模型和前瞻性胃癌队列中验证了TMEclassifier的预测能力，但还需要在更广泛的癌症类型和更大样本中进行验证	研究肿瘤微环境的异质性，以指导个性化免疫治疗策略	肿瘤微环境（TME）及其在癌症免疫治疗中的作用	machine learning	cancer	bulk RNA sequencing, single-cell RNA sequencing	machine-learning tool (TMEclassifier)	RNA sequencing data	前瞻性胃癌队列（TIMES-001）及其他多样本队列