单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-09-25	The food-derived metabolite trimethylamine and trimethylamine-N-oxide promote colorectal cancer progression via SREBF1 2025-Sep-15, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118996 PMID:40912095	研究论文	本研究揭示食物源性代谢物TMA和TMAO通过调控SREBF1激活PI3K/AKT信号通路促进结直肠癌进展的机制	首次证实TMA和TMAO通过SREBF1介导的PI3K/AKT信号通路促进结直肠癌细胞增殖	机制研究主要基于细胞和动物模型，需进一步临床验证	探究TMA和TMAO对结直肠癌进展的影响及其分子机制	结直肠癌细胞系和小鼠肿瘤模型	癌症生物学	结直肠癌	实时PCR、Western blotting、细胞活力与迁移实验、凋亡分析、单细胞RNA测序、肿瘤异种移植模型	NA	分子生物学数据、基因表达数据、体内外功能实验数据	细胞实验和动物模型（具体样本量未明确说明）
42	2025-09-25	Decoding coal-induced pulmonary endothelial injury using single-cell omics 2025-Sep-15, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118989 PMID:40914082	研究论文	通过单细胞RNA测序技术解析煤尘暴露导致肺内皮细胞损伤的分子机制	首次在煤工尘肺模型中应用单细胞测序技术系统鉴定四种内皮细胞亚群的损伤差异	研究仅使用小鼠模型，未验证人类样本中的相关性	揭示煤尘诱导肺内皮细胞损伤的具体分子机制	煤工尘肺小鼠模型的肺组织内皮细胞	单细胞组学	煤工尘肺	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，CellChat分析	小鼠疾病模型	单细胞转录组数据	煤尘暴露组和对照组小鼠肺组织样本
43	2025-09-25	Integration of network toxicology, machine learning and single-cell sequencing reveals the effects of soil pollutants on prostate cancer 2025-Sep-15, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.119010 PMID:40925179	研究论文	整合网络毒理学、机器学习和单细胞测序技术研究土壤污染物通过关键分子靶点影响前列腺癌的机制	首次将网络毒理学、101种机器学习算法与单细胞测序技术相结合，系统揭示土壤污染物与前列腺癌的分子关联机制	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分有待进一步加强	探究土壤污染物促进前列腺癌发展的分子机制	前列腺癌患者样本和10种常见土壤污染物	生物信息学	前列腺癌	网络毒理学、单细胞测序、分子对接、机器学习算法	预后风险模型（包含101种机器学习算法）	基因组数据、蛋白质互作数据、临床预后数据	涉及242个潜在靶点，最终确定26个风险靶分子
44	2025-09-25	Spatial transcriptomics meets diabetic kidney disease: Illuminating the path to precision medicine 2025-Sep-15, World journal of diabetes IF:4.2Q1 DOI:10.4239/wjd.v16.i9.107663 PMID:40980298	综述	本微型综述探讨空间转录组学技术在糖尿病肾病研究中的应用与前景	首次系统阐述空间转录组学如何通过保留空间位置信息揭示糖尿病肾病的微环境异质性和细胞间通讯机制	空间分辨率有限、数据复杂度高、计算需求大	推动糖尿病肾病的精准医疗发展	糖尿病肾病患者的肾脏组织（肾小球和肾小管）	数字病理	糖尿病肾病	空间转录组学（Slide-seqV2）、单细胞RNA测序	机器学习、网络分析	空间基因表达数据	NA
45	2025-09-25	Spatial transcriptomics unravels the interactive network of aflatoxin B1-driven gastric cancer: Multi-omics integration of transcriptome and mendelian randomization 2025-Sep-15, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118919 PMID:40850114	研究论文	通过空间转录组学和多组学整合揭示黄曲霉毒素B1诱导胃癌的分子调控网络	首次构建AFB1诱导胃癌的多层次分子调控图谱，建立环境致癌物毒理机制研究的多组学整合新范式	NA	阐明黄曲霉毒素B1驱动胃癌恶性进展的分子机制	人胃癌组织样本及AFB1核心调控基因	生物信息学	胃癌	空间转录组学(10X Visium)、单细胞RNA测序、分子对接、多组学整合	NA	转录组数据、空间转录组数据	NA
46	2025-09-25	Polyethylene terephthalate microplastics promote pulmonary fibrosis via AKT1, PIK3CD, and PIM1: A network toxicology and multi-omics analysis 2025-Sep-15, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118954 PMID:40876188	研究论文	通过网络毒理学和多组学分析揭示PET微塑料通过AKT1、PIK3CD和PIM1蛋白加剧特发性肺纤维化的分子机制	首次结合网络毒理学、分子对接、孟德尔随机化和单细胞测序分析系统揭示PET微塑料致肺纤维化的新机制	研究主要基于生物信息学预测，需要实验验证核心靶点的功能机制	探究PET微塑料在特发性肺纤维化恶化中的作用机制	聚乙烯对苯二甲酸酯微塑料（PET-MPs）及其与肺纤维化的关联	毒理学	特发性肺纤维化	网络毒理学、分子对接、孟德尔随机化、单细胞测序分析、生物信息学数据库分析	NA	基因组数据、蛋白质互作数据、单细胞测序数据	从多个数据库获得120个潜在靶点和81个交叉靶点（基于GEO数据库的IPF基因集）
47	2025-09-25	Major PM2.5 components promote intracranial aneurysm via TP53: Insights from a comprehensive network analysis 2025-Sep-15, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118953 PMID:40886600	研究论文	结合网络毒理学和双样本孟德尔随机化分析PM2.5主要成分通过TP53基因促进颅内动脉瘤形成的机制	首次整合网络毒理学、孟德尔随机化、分子对接和单细胞RNA测序等多维度方法，揭示PM2.5成分通过TP53通路促进动脉瘤的新机制	NA	探究PM2.5主要成分影响颅内动脉瘤发展的潜在分子机制	六种PM2.5代表性成分（铅、镉、砷、苯并[a]芘、甲醛、苯）及其与TP53基因的相互作用	网络毒理学	颅内动脉瘤	网络毒理学、双样本孟德尔随机化、分子对接、分子动力学模拟、单细胞RNA测序、基因集富集分析	NA	基因组数据、蛋白质互作数据、单细胞转录组数据	NA
48	2025-09-25	Engineering Spatial and Molecular Features from Cellular Niches to Inform Predictions of Inflammatory Bowel Disease 2025-Sep-12, ArXiv PMID:40964085	研究论文	本研究开发了一种基于空间转录组学的可解释机器学习框架，用于区分炎症性肠病的两种亚型	首次将空间转录组学与可解释机器学习结合，通过识别细胞生态位特征实现IBD亚型分类	样本量有限，需要更大规模验证	开发可解释的IBD亚型分类模型并探索其生物学机制	健康对照、溃疡性结肠炎和克罗恩病患者的结肠黏膜组织	数字病理学	炎症性肠病	空间转录组学	多层感知机	空间转录组数据	包含健康对照、UC和CD患者的结肠黏膜样本
49	2025-09-25	Pathogenic Mechanism of the Lactylation-Related Gene DCBLD1 in Ulcerative Colitis: A Multi-Omics and Machine Learning Analysis 2025-09-11, Combinatorial chemistry & high throughput screening IF:1.6Q3 DOI:10.2174/0113862073403664250911055311 PMID:40947685	研究论文	通过多组学和机器学习方法探讨乳酰化相关基因DCBLD1在溃疡性结肠炎发病机制中的作用	首次将乳酰化修饰与UC发病机制联系，并采用SMR分析、单细胞测序和多种机器学习算法构建诊断模型	需要未来进一步研究DCBLD1通过乳酰化调控免疫代谢的具体机制	探索DCBLD1基因在溃疡性结肠炎发病中的致病机制和潜在治疗靶点	溃疡性结肠炎患者肠道组织样本和健康对照组织	生物信息学	溃疡性结肠炎	多组学分析、SMR、scRNA-seq、RNA-seq、qPCR、机器学习	CATboost、XGBoost、NGboost	基因组数据、转录组数据、单细胞测序数据	未明确具体样本数量，包含UC患者和健康对照的肠道组织样本
50	2025-09-25	Single-cell transcriptomic profiling reveals diet-dependent dynamics of glucosinolate sulfatases expression and cellular origin in the midgut of Plutella xylostella 2025-Sep-09, Insect biochemistry and molecular biology IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.ibmb.2025.104399 PMID:40930467	研究论文	通过单细胞转录组测序揭示小菜蛾中肠细胞在取食不同寄主植物时葡萄糖硫苷硫酸酯酶的表达动态及细胞起源	首次构建小菜蛾中肠单细胞图谱，解析特定细胞类型中GSS基因的饮食依赖性表达模式及分化轨迹	研究聚焦于中肠细胞，未涉及其他组织器官；仅比较两种寄主植物的影响	探究不同寄主植物如何调控小菜蛾中肠细胞GSS基因表达及细胞分化命运	小菜蛾幼虫中肠细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序、qRT-PCR、Western blot、免疫组织化学	伪时间轨迹分析	单细胞转录组数据	28,451个中肠细胞（分别取食萝卜和豌豆叶片）
51	2025-09-25	Single-cell profiling reveals immunoregulation of artemisinin on CD8+GZMB+ T cells via JAK2-STAT3 in malaria-infected mice 2025-Sep-08, Innovation (Cambridge (Mass.)) DOI:10.1016/j.xinn.2025.101080 PMID:40979296	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示青蒿素通过JAK2-STAT3通路调控CD8+GZMB+ T细胞的免疫调节作用	首次利用单细胞RNA测序技术系统描绘疟疾感染及青蒿素治疗下的免疫细胞图谱，并发现青蒿素通过JAK2-STAT3通路调控致病性CD8+GZMB+ T细胞的新机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证	探究青蒿素在疟疾感染宿主中的免疫调节机制	疟疾感染小鼠的肝脏、脾脏和外周血免疫细胞	免疫学	疟疾	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	241,837个细胞来自多个小鼠组织
52	2025-09-25	MitoScribe single-cell molecular recorder logs graded signaling dynamics into mitochondrial DNA 2025-Sep-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.05.674553 PMID:40949974	研究论文	介绍一种基于线粒体DNA的分子记录平台MitoScribe，能够将分级生物信号转化为稳定的线粒体DNA突变	首次利用线粒体DNA作为分子记录介质，通过碱基编辑器实现信号强度的分级记录，突破了传统基因组记录技术的灵敏度限制	NA	开发高灵敏度分子记录技术用于重建细胞历史状态	人类诱导多能干细胞（iPSCs）及其向中胚层分化过程	合成生物学	NA	单细胞RNA测序、线粒体转录富集、DdCBEs碱基编辑技术	NA	基因组测序数据、转录组数据	NA
53	2025-09-25	Targeting RPE Senescence Via Suppressing IL-6/IL-6R Signaling for Treating Retinal Degenerative Diseases 2025-Sep-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.12.44 PMID:40970669	研究论文	本研究通过抑制IL-6/IL-6R信号通路靶向RPE细胞衰老，为治疗视网膜退行性疾病提供新策略	首次揭示IL-6/IL-6R/STAT3信号轴在RPE细胞衰老中的关键作用，并验证托珠单抗的治疗潜力	研究主要基于NaIO3诱导的小鼠模型，人类临床应用效果需进一步验证	探索IL-6/IL-6R轴在RPE细胞衰老中的作用机制并评估其抑制剂的治疗效果	视网膜色素上皮细胞和NaIO3诱导的视网膜退行性病变小鼠模型	眼科疾病研究	视网膜退行性疾病	单细胞RNA测序、qPCR、Western blotting、免疫荧光染色、OCT、H&E染色、ERG	小鼠疾病模型	基因表达数据、影像学数据、电生理数据	NaIO3诱导的视网膜退化小鼠模型（具体数量未明确说明）
54	2025-09-25	Spatial omics enters the microscopic realm: opportunities and challenges 2025-Sep, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1 DOI:10.1016/j.tig.2025.05.002 PMID:40461389	综述	本文综述了显微分辨率空间转录组学（μST）的技术进展、当前挑战及未来发展方向	系统阐述了μST技术实现细胞和亚细胞尺度转录组图谱绘制的最新突破，并首次整合讨论了多组学整合和AI驱动分析等新兴解决方案	存在每个微米级空间单元转录本发现稀疏、跨平台数据碎片化等技术瓶颈	探讨显微分辨率空间转录组学领域的发展机遇与挑战	空间转录组学技术及其数据分析方法	空间组学	NA	测序和成像为基础的空间转录组学技术	人工智能（AI）驱动的空间分析方法	空间转录组数据	NA
55	2025-09-25	Zebrafish optic nerve injury results in systemic retinal ganglion cell dedifferentiation 2025-Sep, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011879 PMID:40971959	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究斑马鱼视网膜神经节细胞在视神经损伤后的去分化反应机制	首次发现斑马鱼所有RGC亚型均具有损伤耐受性，并揭示损伤引发RGC系统性去分化的新机制	研究结果基于斑马鱼模型，与哺乳动物的生物学响应可能存在差异	探索视神经损伤后视网膜神经节细胞的神经保护和再生分子机制	斑马鱼视网膜神经节细胞	神经科学	视神经病变	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	斑马鱼视神经损伤模型
56	2025-09-25	High-Fat and High-Sugar Diet Induces Murine Premature Ovarian Failure by Promoting Mitochondrial Oxidative Phosphorylation Response 2025-Sep, Food science & nutrition IF:3.5Q2 DOI:10.1002/fsn3.70973 PMID:40979580	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示高脂高糖饮食通过激活卵巢细胞线粒体氧化磷酸化通路诱导小鼠早发性卵巢功能不全的机制	首次应用单细胞RNA测序技术系统分析高脂高糖饮食诱导的小鼠卵巢细胞图谱，并验证氧化磷酸化信号通路在POF发生中的关键作用	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类临床验证	探究高脂高糖饮食诱导早发性卵巢功能不全的分子机制	C57BL/6品系小鼠的卵巢组织	分子病理学	早发性卵巢功能不全	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、酶联免疫吸附测定(ELISA)、免疫荧光染色、qPCR	NA	单细胞转录组数据、病理图像数据、分子实验数据	实验组与对照组小鼠卵巢组织样本（具体数量未明确说明）
57	2025-09-25	Integrative Single-Cell and Machine Learning Analysis Reveals Immune Microenvironment Remodelling in Lymph Node Metastasis of Lung Adenocarcinoma 2025-Sep, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70859 PMID:40988131	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习分析揭示了肺腺癌淋巴结转移中的免疫微环境重塑机制	整合单细胞测序与多组学特征开发了LNRScore风险预测模型，并鉴定出HMGA1作为转移进展的核心基因	NA	探究肺腺癌淋巴结转移对肿瘤微环境的影响并开发风险预测模型	转移性和非转移性淋巴结组织样本	数字病理	肺腺癌	单细胞RNA测序、多组学分析、机器学习	集成机器学习模型	基因表达数据	NA
58	2025-09-25	scHSC: enhancing single-cell RNA-seq clustering via hard sample contrastive learning 2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf485 PMID:40977264	研究论文	提出一种基于困难样本对比学习的深度学习方法scHSC，用于提升单细胞RNA测序数据的聚类效果	通过困难样本挖掘和对比学习，同时整合基因表达和细胞间拓扑结构信息，采用自适应权重策略结合ZINB模型	NA	提高单细胞RNA测序数据的聚类精度和细胞类型注释效果	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	对比学习模型、ZINB模型	基因表达数据	18个单细胞RNA测序真实数据集
59	2025-09-25	DeCoST: unveiling cell type heterogeneity in spatial transcriptomics based on inter-domain alignment and Gaussian kernel conditional autoregressive 2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf490 PMID:40991330	研究论文	提出一种名为DeCoST的新型空间转录组学反卷积计算框架，通过整合高斯核条件自回归模型和领域自适应技术解决空间分辨率限制和平台效应问题	首次将高斯核条件自回归模型与领域自适应技术结合用于空间转录组反卷积，充分利用空间上下文信息并解决单细胞与空间转录组数据间的平台差异	未明确说明方法对特定组织类型或数据质量的依赖性，以及计算复杂度方面的限制	开发高精度的空间转录组反卷积方法以解析组织微环境中的细胞类型异质性和空间组织	人类胰腺导管腺癌、小鼠嗅球和小鼠脑组织样本	生物信息学	胰腺癌	空间转录组学、单细胞测序、计算反卷积	高斯核条件自回归模型、领域自适应	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据	模拟数据集和真实数据集（包含人类胰腺癌、小鼠嗅球和脑样本）
60	2025-09-25	Assessing tissue-specific gene expression of essential genes from human and mouse 2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf487 PMID:40991328	研究论文	开发了一种基于单细胞RNA测序图谱评估人类和小鼠必需基因组织特异性表达的方法scEssentials	首次利用大规模单细胞组织图谱系统分析必需基因在不同细胞类型中的表达稳健性和特异性	方法主要基于转录组数据，未直接验证基因功能必要性	研究必需基因在组织特异性表达模式及其与生物学功能的关系	人类和小鼠的必需基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、CRISPR-Cas9	统计框架	单细胞转录组数据	超过60种细胞类型的人类和小鼠单细胞图谱数据