单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-04-25	Elucidating Cellular Senescence-related Genes in Benign Prostatic Hyperplasia through Mendelian Randomization and Single-cell RNA Sequencing 2025-Apr-23, The journals of gerontology. Series A, Biological sciences and medical sciences DOI:10.1093/gerona/glaf073 PMID:40269514	research paper	通过孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，研究良性前列腺增生中与细胞衰老相关的基因及其调控网络	首次结合孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，识别与良性前列腺增生因果关联的细胞衰老基因，并揭示其在不同前列腺细胞中的表达模式和调控网络	研究依赖于现有数据库的样本和数据，可能受到样本量和数据质量的限制	探究细胞衰老相关基因在良性前列腺增生中的因果作用及其分子机制	良性前列腺增生患者及前列腺细胞	生物信息学	前列腺疾病	孟德尔随机化(MR), 单细胞RNA测序(scRNA-seq), SCENIC分析	NA	基因表达数据	来自eQTLGen数据库、FinnGen Consortium和UKB数据库的样本
42	2025-04-25	Single-cell multiome reveals root hair-specific responses to salt stress 2025-Apr-23, The New phytologist DOI:10.1111/nph.70160 PMID:40269556	研究论文	利用单细胞测序技术，研究非结球白菜根尖在盐胁迫下的转录和染色质可及性变化	首次创建了非结球白菜根尖在正常和盐胁迫条件下的单细胞转录和染色质可及性图谱	研究仅针对非结球白菜，未涉及其他植物物种	探究植物对盐胁迫的响应机制	非结球白菜根尖细胞	植物分子生物学	NA	单细胞测序	NA	单细胞转录组和染色质可及性数据	未明确提及具体样本数量
43	2025-04-25	6-Gingerol, an active compound of ginger, attenuates NASH-HCC progression by reprogramming tumor-associated macrophage via the NOX2/Src/MAPK signaling pathway 2025-Apr-23, BMC complementary medicine and therapies IF:3.3Q1 DOI:10.1186/s12906-025-04890-2 PMID:40269843	研究论文	本研究探讨了生姜中的活性成分6-姜酚通过NOX2/Src/MAPK信号通路重编程肿瘤相关巨噬细胞，从而减缓NASH-HCC的进展	首次揭示了6-姜酚通过NOX2/Src/MAPK信号通路重编程肿瘤相关巨噬细胞，抑制肿瘤细胞增殖和迁移的机制	研究主要基于体外实验，尚需体内实验进一步验证	探索生姜活性成分6-姜酚在治疗NASH-HCC中的潜在作用和机制	非酒精性脂肪性肝炎相关肝细胞癌（NASH-HCC）	生物医学	肝癌	网络药理学、生物信息学、单细胞RNA测序分析、分子对接	NA	RNA测序数据、分子对接数据	NA
44	2025-04-25	An integrated machine learning model of transcriptomic genes in multi-center chronic obstructive pulmonary disease reveals the causal role of TIMP4 in airway epithelial cell 2025-Apr-23, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03238-1 PMID:40269868	research paper	本研究通过整合多中心慢性阻塞性肺疾病(COPD)患者的肺组织测序数据，利用机器学习方法识别出13个潜在致病基因，并构建了基于基因的模型来在分子水平上区分COPD	通过多中心数据整合和机器学习方法，识别出13个与COPD发病机制相关的核心基因，并验证了TIMP4在纤毛细胞中的关键作用	研究结果需要进一步在更大样本和更多中心进行验证，体外功能验证仍处于初步阶段	识别COPD发病机制中的核心基因并开发分子水平的诊断模型	COPD患者的肺组织样本和气道上皮细胞	machine learning	chronic obstructive pulmonary disease	weighted gene co-expression network analysis, single-cell sequencing, Mendelian randomization	gene-based model	transcriptomic data	来自两个中心的COPD患者肺组织样本
45	2025-04-25	Molecular characteristics of early- and late-onset ovarian cancer: insights from multidimensional evidence 2025-Apr-23, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-025-01664-9 PMID:40269926	research paper	本研究通过多维证据探讨了早发性和晚发性卵巢癌的分子特征	利用机器学习识别肿瘤特异性年龄相关基因，并通过生物信息学分析和单细胞测序探索这些基因在卵巢癌中的作用及免疫特征变化	研究仅基于GBD数据库和特定年龄分界点（55岁），可能忽略了其他潜在影响因素	揭示早发性和晚发性卵巢癌的分子机制差异及其与衰老的关系	卵巢癌患者及其分子特征	digital pathology	ovarian cancer	Mendelian randomization, machine learning, bioinformatics analysis, single-cell sequencing	machine learning models	genomic data, clinical data	NA
46	2025-04-25	Comprehensive single-cell RNA-sequencing study of Tollip deficiency effect in IL-13-stimulated human airway epithelial cells 2025-Apr-23, BMC research notes IF:1.6Q2 DOI:10.1186/s13104-025-07255-7 PMID:40269942	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了Tollip缺失对IL-13刺激的人气道上皮细胞的影响	首次在单细胞水平分析Tollip缺失效应及其与IL-13的相互作用	研究仅关注了人气道上皮细胞，未涉及其他细胞类型或体内模型	阐明Tollip在IL-13介导的气道上皮反应中的作用机制	原代人气道上皮细胞	单细胞转录组学	哮喘及相关过敏性疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量
47	2025-04-25	Serum C-C motif chemokine ligand 17 as a predictive biomarker for the progression of non-idiopathic pulmonary fibrosis interstitial lung disease 2025-Apr-23, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03237-2 PMID:40269953	研究论文	本研究旨在识别可预测非特发性肺纤维化间质性肺疾病（ILD）进展的临床可测量生物标志物	首次确定血清CCL17作为预测非IPF-ILD进展的临床可测量生物标志物，并通过独立队列验证其预后价值	研究样本量有限，且未在所有类型的ILD患者中进行验证	识别可预测ILD进展程度的临床可测量生物标志物	非特发性肺纤维化间质性肺疾病患者	生物标志物研究	间质性肺疾病	化学发光酶免疫测定、免疫印迹、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	血清样本、肺组织样本	发现队列252名患者，验证队列154名非IPF-ILD患者
48	2025-04-25	Single-cell sequencing reveals intracranial microvasculature-derived CXCL12 promotes CD8+ T-cell infiltration and blood-brain barrier dysfunction after subarachnoid hemorrhage in mice 2025-Apr-23, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03444-0 PMID:40270006	研究论文	本研究通过单细胞测序揭示了蛛网膜下腔出血后颅内微血管来源的CXCL12促进CD8+ T细胞浸润及血脑屏障功能障碍的机制	首次阐明颅内微血管通过CXCL12-CXCR4轴介导CD8+ T细胞浸润并加剧血脑屏障破坏的分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探究蛛网膜下腔出血后颅内微血管介导T细胞浸润对血脑屏障功能的影响机制	成年雄性C57BL/6J小鼠的脑白质区域	神经科学	蛛网膜下腔出血	单细胞RNA测序	小鼠血管内穿孔模型	基因表达数据	实验性蛛网膜下腔出血后1天和7天的小鼠样本
49	2025-04-25	Resolving the spatial organization of fetal liver hematopoiesis by SeekSpace 2025-Apr-22, Cell regeneration (London, England) DOI:10.1186/s13619-025-00234-0 PMID:40261503	研究论文	本研究利用SeekSpace高分辨率单核空间转录组平台，解析了胎儿肝脏中造血干细胞和多能祖细胞（HSC/MPPs）及其下游受限祖细胞（RPs）的空间分布	首次构建了胎儿肝脏造血的单细胞空间转录组图谱，揭示了HSC/MPPs和RPs在胎儿肝脏中的扩张行为与成人骨髓中的不同	研究仅针对胚胎13.5天的胎儿肝脏，未涵盖其他发育阶段	解析胎儿肝脏造血过程中HSC/MPPs和RPs的空间组织和分子机制	胎儿肝脏中的造血干细胞、多能祖细胞及其下游受限祖细胞	空间转录组学	NA	SeekSpace单核空间转录组平台	NA	空间转录组数据	胚胎13.5天的胎儿肝脏样本
50	2025-04-25	Mutual Regulation of Cardiovascular and Hematopoietic Development 2025-Apr-22, Current cardiology reports IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s11886-025-02236-5 PMID:40261519	综述	本文探讨了心血管和造血系统之间的相互调控关系，特别是心内膜造血在心脏发育和巨噬细胞形成中的作用	通过单细胞RNA测序技术揭示了心内膜细胞具有独立于已知造血器官的内源性造血程序，并阐明了心源性巨噬细胞在心脏形态发生中的独特作用	NA	探讨心内膜造血的起源、意义及其在心脏发育中的作用	心血管系统和造血系统的发育调控机制	发育生物学	心血管疾病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	转录组数据	NA
51	2025-04-25	High-resolution single-cell RNA-seq data and heterogeneity analysis of human ESCs and ffEPSCs 2025-Apr-22, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-05024-6 PMID:40263373	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术对人类无饲养层扩展多能干细胞（ffEPSCs）及其亲本人类胚胎干细胞（ESCs）进行了全面的转录组分析，为理解人类早期发育和多能性的细胞异质性提供了新的见解	利用Smart-seq2单细胞RNA测序比较了ESCs和ffEPSCs的基因表达谱，揭示了从ESCs到ffEPSCs的转变过程，并鉴定了调节多能性和发育转变的阶段特异性重复序列	NA	理解人类早期发育和多能性的细胞异质性	人类无饲养层扩展多能干细胞（ffEPSCs）及其亲本人类胚胎干细胞（ESCs）	干细胞生物学	NA	Smart-seq2单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
52	2025-04-25	Multi-omics analysis constructs a novel neuroendocrine prostate cancer classifier and classification system 2025-Apr-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-96683-3 PMID:40263498	研究论文	本研究通过多组学分析和机器学习构建了一种新型神经内分泌前列腺癌分类器和分类系统	结合多组学数据和多种机器学习算法，构建了NEP100模型，并揭示了四种不同的NEPC亚型	研究样本量相对有限，且未涉及大规模前瞻性临床验证	识别稳健的神经内分泌前列腺癌分类器并解决肿瘤内异质性问题	神经内分泌前列腺癌(NEPC)及其亚型	数字病理学	前列腺癌	多组学分析(包括批量转录组学、单细胞转录组学、空间转录组学)	随机森林(RF)	转录组数据	70个样本(包含196,309个细胞，其中9%为神经内分泌细胞)
53	2025-04-25	Sleep deprivation impacts the immunological milieu of epididymis leading to low sperm quality in rats 2025-Apr-22, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08091-y PMID:40263515	research paper	研究睡眠剥夺如何通过影响附睾的免疫微环境导致大鼠精子质量下降	首次揭示了睡眠剥夺通过改变附睾的转录组和免疫微环境，进而影响精子质量的机制	研究仅基于大鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究睡眠剥夺导致男性生殖功能障碍的潜在机制	十周大的雄性Sprague-Dawley大鼠	生殖医学	男性不育	Mendelian randomization analysis, bulk and single-cell RNA sequencing	NA	RNA序列数据	未明确说明具体数量，但涉及实验组和对照组的大鼠
54	2025-04-25	Identifying PSIP1 as a critical R-loop regulator in osteosarcoma via machine-learning and multi-omics analysis 2025-Apr-22, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03775-1 PMID:40264164	研究论文	本研究通过机器学习和多组学分析，识别了PSIP1作为骨肉瘤中关键的R-loop调控因子	首次构建了R-loop基因预后评分模型（RGPSM），并通过实验验证了PSIP1在骨肉瘤进展中的关键作用	研究样本量未明确提及，可能存在样本代表性不足的问题	探究R-loop在骨肉瘤（OS）发展中的作用及其与肿瘤免疫微环境（TME）的关系	骨肉瘤患者及其相关基因表达数据	机器学习	骨肉瘤	RNA-seq, scRNA-seq	RGPSM	RNA测序数据	NA
55	2025-04-25	The spatial and single-cell landscape of skin: Charting the multiscale regulation of skin immune function 2025-Apr-22, Seminars in immunology IF:7.4Q1 DOI:10.1016/j.smim.2025.101958 PMID:40267702	综述	本文综述了单细胞RNA测序和空间转录组学技术在揭示皮肤免疫功能的分子和细胞特征方面的应用	利用scRNA-seq和ST技术，系统性地研究了皮肤免疫的分子和细胞特征，揭示了维持稳态的细胞类型及疾病中异常的细胞间相互作用	NA	探讨皮肤免疫功能的分子和细胞特征及其在疾病中的作用	皮肤的免疫细胞及其空间组织	生物医学	皮肤病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	NA
56	2025-04-25	Latent epigenetic programs in Müller glia contribute to stress and disease response in the retina 2025-Apr-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.014 PMID:39753128	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序和单细胞转座酶可及染色质测序数据，揭示了Müller胶质细胞中潜在的染色质可及性与基因表达的关系	发现了Müller胶质细胞中存在转录沉默但染色质可及的基因启动子，这些基因被称为'可塑性基因'，有助于细胞快速响应视网膜损伤	研究主要基于人类和小鼠的发育数据，可能不适用于其他物种或疾病状态	探究视网膜发育过程中细胞类型特异的染色质结构变化及其功能意义	人类和小鼠的视网膜Müller胶质细胞	表观遗传学	视网膜疾病	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞测序数据	人类和小鼠的视网膜样本
57	2025-04-25	Glutathione accelerates the cell cycle and cellular reprogramming in plant regeneration 2025-Apr-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.019 PMID:39755116	研究论文	本文研究了谷胱甘肽（GSH）在植物细胞周期和细胞重编程中的作用	揭示了GSH在细胞周期G1期退出和细胞重编程中的关键作用，并提出了一个模型解释其在伤口附近的细胞快速分裂和重编程中的机制	研究仅限于拟南芥根部细胞，未在其他植物或组织中验证	探究细胞周期在细胞重编程中的作用	拟南芥根部细胞	植物生物学	NA	单细胞RNA测序和活体成像	NA	RNA测序数据和图像数据	拟南芥根部细胞样本
58	2025-04-25	NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S8 expression and functional significance in non-small cell lung cancer 2025-Apr-21, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07638-5 PMID:40258810	研究论文	本研究探讨了NDUFS8在非小细胞肺癌(NSCLC)中的表达及其功能意义	揭示了NDUFS8作为线粒体复合物I的关键亚基在NSCLC中的促肿瘤作用，并展示了通过基因沉默或过表达对NSCLC细胞功能的影响	研究主要基于体外细胞实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探究NDUFS8在NSCLC发生发展中的分子机制及其作为潜在治疗靶点的可能性	非小细胞肺癌细胞系、原代NSCLC细胞和小鼠移植瘤模型	肿瘤生物学	肺癌	shRNA沉默、CRISPR/Cas9基因敲除、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、细胞功能实验数据	多种NSCLC细胞系和裸鼠移植瘤模型
59	2025-04-25	Deconvolution of cell types and states in spatial multiomics utilizing TACIT 2025-Apr-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58874-4 PMID:40258827	research paper	该文章介绍了一种名为TACIT的无监督算法，用于空间多组学数据中的细胞类型和状态去卷积	TACIT是一种无需训练数据的无监督算法，通过无偏阈值区分阳性细胞与背景，专注于相关标记物识别多组学检测中的模糊细胞	尽管TACIT在五个数据集上表现优于现有无监督方法，但其在更广泛细胞类型和疾病中的应用仍需验证	解决空间生物学中细胞类型和状态识别的时间消耗大、易出错的问题	细胞类型和状态在空间多组学数据中的识别	空间生物学	炎症性腺体疾病	空间转录组学和蛋白质组学	无监督算法	空间多组学数据	5,000,000个细胞，51种细胞类型，来自三个生态位（脑、肠、腺体）
60	2025-04-25	Stereopy: modeling comparative and spatiotemporal cellular heterogeneity via multi-sample spatial transcriptomics 2025-Apr-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58079-9 PMID:40258830	research paper	介绍了一个名为Stereopy的灵活框架，用于建模和分析多样本空间转录组学中的比较和时空模式，并提供交互式数据可视化	提出了一个包含通用容器、范围控制器和集成转换器的框架，专门用于多样本多模态数据的存储、管理和处理	未明确提及具体限制	探索和理解复杂生物系统中的细胞动态变化，特别是在不同条件、时间和空间下的异质性	多样本空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	空间转录组学数据	未明确提及具体样本数量