单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-05-04	Systemic inflammation impairs myelopoiesis and interferon type I responses in humans 2025-May, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-025-02136-4 PMID:40251340	研究论文	该研究通过LPS诱导的系统性炎症模型，揭示了急性高炎症期和晚期免疫抑制期的机制，并提出了IFNβ作为潜在治疗选项	发现了一种炎症性单核细胞样亚群infMono，并揭示了IFNβ在恢复I型干扰素反应和促炎细胞因子产生中的作用	研究主要基于LPS诱导的模型，虽然在细菌性败血症和COVID-19患者中也有所发现，但需要更多临床验证	探究系统性炎症条件下急性高炎症期和晚期免疫抑制期的分子机制	人类系统性炎症模型及患者队列（细菌性败血症和COVID-19患者）	免疫学	细菌性败血症, 冠状病毒病	单细胞RNA测序	LPS诱导的系统性炎症模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
42	2025-05-04	Pooled tagging and hydrophobic targeting of endogenous proteins for unbiased mapping of unfolded protein responses 2025-May-01, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2025.04.002 PMID:40273915	研究论文	开发了一种新方法，通过内源性标记蛋白质生成复杂细胞池，用于高通量可视化和扰动，以研究蛋白质组的组织、调控和功能	提出了一种结合内源性标记、高通量成像和单细胞RNA测序的新方法，用于系统研究蛋白质组的动态、功能和稳态	未明确提及具体局限性	实现蛋白质组组织、调控和功能的系统水平理解	内源性标记的蛋白质及其在细胞内的定位和功能	蛋白质组学	NA	高通量成像、单细胞RNA测序、原位条形码测序	NA	图像、RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
43	2025-05-04	Unveiling the immune microenvironment of complex tissues and tumors in transcriptomics through a deconvolution approach 2025-May-01, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14089-w PMID:40307726	研究论文	开发了一个名为DOCexpress_fastqc的docker化工具包和mySORT网络应用，用于从转录组数据中解析肿瘤浸润白细胞的组成	提出了一个简化的两步工作流程，整合了hisat2-stringtie管道和定制脚本，并通过mySORT应用使用反卷积算法解析21种免疫细胞亚类	虽然验证了合成伪批量数据，但可能仍需进一步在真实临床数据中验证	提高从转录组数据中解析肿瘤浸润白细胞组成的准确性，以推进癌症免疫治疗策略	肿瘤浸润白细胞的组成	生物信息学	黑色素瘤,头颈癌	RNA-seq, scRNA-seq	反卷积算法	转录组数据	使用来自黑色素瘤和头颈癌患者的scRNA-seq数据集生成的合成伪批量数据进行验证
44	2025-05-04	Molecular landscape of atherosclerotic plaque progression: insights from proteomics, single-cell transcriptomics and genomics 2025-May-01, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-025-04058-2 PMID:40307879	研究论文	本研究通过蛋白质组学、单细胞转录组学和基因组学方法，深入分析了颈动脉粥样硬化斑块的分子特征，以识别潜在的生物标志物和治疗靶点	首次采用数据非依赖性采集（DIA）蛋白质组学、单细胞RNA测序和孟德尔随机化（MR）技术，对87例人类颈动脉斑块进行综合分析，揭示了斑块不同阶段的蛋白质表达谱	研究样本量相对较小（87例），且仅针对颈动脉斑块，可能无法完全代表其他部位的动脉粥样硬化病变	深入理解动脉粥样硬化斑块的分子特征，识别潜在的生物标志物和治疗靶点	87例人类颈动脉粥样硬化斑块（AHA IV-VI型）	分子生物学	心血管疾病	DIA蛋白质组学、单细胞RNA测序、孟德尔随机化（MR）	NA	蛋白质组数据、单细胞转录组数据、基因组数据	87例人类颈动脉斑块
45	2025-05-04	Inborn errors of immunity underlie clonal T cell expansions in large granular lymphocyte leukemia 2025-May-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI184431 PMID:40309770	研究论文	本研究探讨了先天性免疫缺陷（IEI）在T细胞大颗粒淋巴细胞白血病（T-LGLL）中的作用，揭示了免疫缺陷特征如何导致克隆性T细胞扩增	首次在T-LGLL患者中发现先天性免疫缺陷（IEI）的遗传变异，并揭示了这些变异与克隆性T细胞扩增的关联	样本量相对较小（92例患者），且研究结果需要更大规模的队列验证	研究T-LGLL中克隆性T细胞扩增的潜在免疫缺陷机制	T细胞大颗粒淋巴细胞白血病（T-LGLL）患者	血液肿瘤学	白血病	全外显子测序、单细胞RNA测序、TCR测序	NA	基因组数据、转录组数据	92例T-LGLL患者（来自271例的队列）
46	2025-05-04	CXCL12+ fibroblastic reticular cells in lymph nodes facilitate immune tolerance by regulating T cell-mediated alloimmunity 2025-May-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI182709 PMID:40309773	research paper	研究探讨了淋巴结中CXCL12高表达的纤维网状细胞（FRCs）在通过调节T细胞介导的同种免疫反应促进免疫耐受中的作用	首次揭示了CXCL12hi FRCs在淋巴结微环境中通过表达免疫调节基因促进心脏移植耐受的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类淋巴结数据有限，需要进一步验证	探究特定FRC亚群在控制同种免疫反应中的作用及其机制	小鼠和人类淋巴结中的CXCL12hi FRCs	免疫学	器官移植	scRNA-Seq	NA	基因表达数据	小鼠和人类淋巴结样本
47	2025-05-04	Single-cell sequencing combined with bulk RNA seq reveals the roles of natural killer cell in prognosis and immunotherapy of hepatocellular carcinoma 2025-May-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-99638-w PMID:40312525	研究论文	本研究结合单细胞测序和批量RNA测序技术，揭示了自然杀伤细胞在肝细胞癌预后和免疫治疗中的作用	首次构建基于NK细胞相关基因的风险模型，用于预测肝细胞癌患者的预后和免疫治疗反应	研究样本量未明确说明，且模型验证需要更多独立队列数据	探索NK细胞在肝细胞癌中的作用并构建预后预测模型	肝细胞癌患者和NK细胞	生物信息学	肝细胞癌	单细胞测序, 批量RNA测序, WGCNA, ssGSEA	LASSO + StepCox, Multicox分析	RNA-seq数据	NA
48	2025-05-04	Prognosis, immunological features and potential mechanisms of HKR1 in prostate cancer via single-cell and bulk RNA-sequencing 2025-May-01, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14230-9 PMID:40312663	研究论文	通过单细胞和批量RNA测序研究HKR1在前列腺癌中的预后、免疫特征及潜在机制	揭示了HKR1在前列腺癌中的表达特征及其与预后、免疫细胞浸润和相关信号通路的关联，并鉴定出两个新的lncRNA-RBP-HKR1调控轴	研究主要基于在线数据库和实验室验证，未涉及大规模临床样本验证	探索HKR1作为前列腺癌预后和免疫治疗反应的新型生物标志物的潜力	前列腺癌组织和细胞系	数字病理	前列腺癌	批量RNA测序和单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	Cox回归分析	RNA测序数据	前列腺癌细胞系和组织样本（具体数量未明确说明）
49	2025-05-04	Integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq unravels the molecular feature of tumor-associated neutrophils of head and neck squamous cell carcinoma 2025-May-01, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14179-9 PMID:40312694	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，揭示了头颈部鳞状细胞癌中肿瘤相关中性粒细胞的分子特征	开发了一个基于肿瘤相关中性粒细胞特征基因的预后风险模型（NRS），并验证了其在预测患者总体生存中的可靠性能	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本来源和数量的限制	探索肿瘤相关中性粒细胞在头颈部鳞状细胞癌中的临床意义及其对预后的影响	头颈部鳞状细胞癌患者及其肿瘤相关中性粒细胞	数字病理	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序，批量RNA测序，CCK-8，Transwell，伤口愈合实验	预后风险模型（NRS）	RNA测序数据，临床数据	来自TCGA和GEO数据库的头颈部鳞状细胞癌患者数据
50	2025-05-04	Habitat radiomics predicts occult lymph node metastasis and uncovers immune microenvironment of head and neck cancer 2025-May-01, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06474-7 PMID:40312725	研究论文	本研究通过建立基于肿瘤内、肿瘤周围和栖息地区域的放射组学模型，预测头颈部鳞状细胞癌的隐匿淋巴结转移，并揭示其免疫微环境特征	首次结合肿瘤内、肿瘤周围和栖息地区域的放射组学特征，构建预测隐匿淋巴结转移的模型，并通过基因组和单细胞RNA测序揭示其生物学机制	样本量相对有限，且来自不同医疗中心的数据可能存在异质性	预测头颈部鳞状细胞癌的隐匿淋巴结转移并探索其免疫微环境特征	头颈部鳞状细胞癌患者	数字病理	头颈部鳞状细胞癌	放射组学、RNA测序、单细胞RNA测序	Random Forest (RF)、Logistic Regression (LR)、Support Vector Machine (SVM)	影像数据、基因组数据	训练集330例，内部测试集154例，外部测试集183例，基因组数据集50例，单细胞RNA测序数据集6例
51	2025-05-04	Deep scSTAR: leveraging deep learning for the extraction and enhancement of phenotype-associated features from single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics data 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf160 PMID:40315434	research paper	介绍了一种基于深度学习的工具Deep scSTAR（DscSTAR），用于从单细胞RNA测序和空间转录组数据中提取和增强表型相关特征	提出了DscSTAR工具，能够识别与表型相关的特征，并在多种癌症中揭示了新的细胞亚群及其与免疫治疗抵抗的关联	未明确提及具体的技术限制或数据局限性	开发一种工具以增强和提取单细胞和空间转录组数据中的表型相关特征，以更好地理解疾病机制和治疗抵抗	非小细胞肺癌、肾细胞癌和肝细胞癌中的特定细胞亚群及其与免疫治疗抵抗的关系	digital pathology	non-small cell lung cancer, renal cell carcinoma, hepatocellular carcinoma	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics	deep learning	RNA sequencing data, spatial transcriptomics data	NA
52	2025-05-04	Transcriptome associated with single-cell analysis reveal the role of S-palmitoylation in coronary artery disease 2025-Apr-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-99648-8 PMID:40307438	研究论文	本研究通过生物信息学方法探讨了S-棕榈酰化在冠状动脉疾病中的作用，并鉴定了关键的棕榈酰化相关基因	首次通过单细胞测序和生物信息学分析揭示了S-棕榈酰化在冠状动脉疾病中的关键作用，并确定了三个核心基因CXCL12、KRTAP4-7和PPP2R2B	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	阐明S-棕榈酰化在冠状动脉疾病中的作用机制	冠状动脉疾病相关基因和细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞测序、WGCNA、PPI网络分析、CIBERSORT免疫浸润分析	机器学习算法	基因表达数据	GSE113079和GSE121893数据集
53	2025-05-04	Single-cell sequencing unveils the transcriptomic landscape of castration-resistant prostate cancer-associated fibroblasts and their association with prognosis and immunotherapy response 2025-Apr-30, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14212-x PMID:40307786	研究论文	通过单细胞测序揭示了去势抵抗性前列腺癌相关成纤维细胞的转录组学特征及其与预后和免疫治疗反应的关系	首次通过单细胞RNA测序揭示了CRPC-CAFs与PCa-CAFs的转录组差异，并发现TGF-β信号阻断可增强免疫治疗效果	研究样本量未明确说明，且体外模型可能无法完全模拟人体内复杂环境	探究去势抵抗性前列腺癌相关成纤维细胞的分子特征及其在肿瘤微环境中的作用	去势抵抗性前列腺癌相关成纤维细胞(CRPC-CAFs)	数字病理学	前列腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	皮下PCa模型	RNA测序数据	NA
54	2025-05-04	Multiple-omics analysis of aggrephagy-related cellular patterns and development of an aggrephagy-related signature for hepatocellular carcinoma 2025-Apr-30, World journal of surgical oncology IF:2.5Q1 DOI:10.1186/s12957-025-03816-z PMID:40307857	研究论文	通过多组学分析聚集自噬相关细胞模式并开发肝细胞癌的聚集自噬相关特征	首次系统地分析了聚集自噬相关基因（AGGRGs）在肝细胞癌（HCC）中的调控机制和临床意义，并构建了风险预测模型	研究主要基于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探索聚集自噬在肝细胞癌中的调控机制及其临床意义	肝细胞癌（HCC）患者及其肿瘤微环境中的细胞	癌症研究	肝细胞癌	RNA-seq, scRNA-seq, 组织微阵列	LASSO回归, 单细胞转录组分析	RNA测序数据, 单细胞转录组数据, 组织微阵列数据	TCGA和GEO数据库中的HCC患者数据
55	2025-05-04	Universal fibroblasts across tissues can differentiate into niche cells for hematopoietic stem cells 2025-Apr-30, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115620 PMID:40315055	研究论文	本文证明了存在于所有组织中的通用成纤维细胞可以分化为造血干细胞（HSC）的特定生态位细胞	首次提供了直接证据，证明通用成纤维细胞可以在远距离位置分化为特定组织成纤维细胞，如CAR/LepR细胞	未明确说明通用成纤维细胞分化为特定生态位细胞的具体分子机制	研究通用成纤维细胞分化为造血干细胞生态位细胞的潜能	CD248通用成纤维细胞（来自肺、结肠和肌肉）和造血干细胞生态位细胞（CAR/LepR细胞）	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
56	2025-05-04	A tumour necrosis factor-α responsive cryptic promoter drives overexpression of the human endogenous retrovirus ERVK-7 2025-Apr-30, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.108568 PMID:40316021	研究论文	本文揭示了人类内源性逆转录病毒ERVK-7在肺腺癌中的过表达机制及其调控方式	发现了ERVK-7的两个新转录本ERVK-7.long和ERVK-7.short，并阐明了它们在肺腺癌中的细胞类型特异性起源和炎症信号调控机制	研究主要关注肺腺癌，未广泛验证其他癌症类型中ERVK-7的调控机制	探究ERVK-7在肺腺癌中的过表达机制及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力	人类内源性逆转录病毒ERVK-7及其在肺腺癌中的表达调控	分子生物学	肺腺癌	单细胞转录组测序、表观遗传图谱分析	NA	RNA测序数据、表观遗传数据	肺腺癌患者样本和小气道上皮细胞(SAECs)
57	2025-05-04	DSG2 attenuates gemcitabine efficacy through PTX3 in lung adenocarcinoma 2025-Apr-30, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167881 PMID:40316058	研究论文	本研究探讨了DSG2在肺腺癌中对吉西他滨疗效的调节作用及其机制	首次揭示了DSG2通过PTX3/NFκB/STAT3信号轴调节吉西他滨耐药性的机制	研究主要基于体外实验，需要进一步的体内实验验证	探索DSG2在肺腺癌中对化疗药物疗效的影响及其分子机制	肺腺癌细胞和组织	肿瘤学	肺腺癌	单细胞测序、KEGG和GSEA多组学数据库分析、体外实验	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	TCGA数据库中的肺腺癌组织样本
58	2025-05-04	Distinct transcriptional changes in hematopoietic progenitor subsets upon LPS-induced emergency granulopoiesis 2025-Apr-30, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2025.104792 PMID:40316244	研究论文	研究探讨了在LPS诱导的紧急粒细胞生成过程中，不同多能祖细胞（MPPs）的转录变化及其对粒细胞生成的影响	揭示了LPS暴露如何影响淋巴偏向的MPP4的移植能力，并通过单细胞RNA测序发现非谱系定向的MPPs向髓系和红系偏向祖细胞的转录重编程	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类或其他动物模型	探究在细菌感染模拟条件下，不同多能祖细胞在紧急粒细胞生成中的贡献	野生型小鼠中的多能祖细胞（MPPs）	免疫学	感染性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	控制组和LPS挑战组小鼠的MPPs
59	2025-05-04	Unveiling the spatiotemporal strategies of plants in response to biotic and abiotic stresses:A comprehensive review 2025-Apr-29, Plant physiology and biochemistry : PPB IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.plaphy.2025.109967 PMID:40315636	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）在植物应对生物和非生物胁迫研究中的应用与发展	首次全面探讨了scRNA-seq和ST技术在植物环境胁迫细胞水平研究中的应用	未具体说明这些技术在特定植物种类或胁迫类型中的应用限制	解析植物在生物和非生物胁迫下的细胞特异性反应及细胞间复杂互作机制	植物细胞和组织	植物生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据, 空间转录组数据	NA
60	2025-05-04	Low T cell diversity associates with poor outcome in bladder cancer: A comprehensive longitudinal analysis of the T cell receptor repertoire 2025-Apr-29, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102101 PMID:40315845	research paper	该研究探讨了膀胱癌患者T细胞受体（TCR）多样性与临床结果的关系	首次全面纵向分析了TCR库在膀胱癌中的临床意义，并发现低TCR多样性与不良预后相关	研究样本可能不足以代表所有膀胱癌患者亚群	评估TCR多样性作为膀胱癌预后生物标志物的潜力	膀胱癌患者的T细胞受体库	肿瘤免疫学	膀胱癌	单细胞测序	NA	基因序列数据	未明确说明具体样本数量，但包含早期和晚期膀胱癌患者