单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-06-15	Inhibition of SIRT1/HSF1 pathway contributes to doxorubicin-induced nephrotoxicity in ovarian tumor-bearing mice 2025-Jun, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-025-02122-z PMID:40347321	研究论文	本研究探讨了SIRT1/HSF1通路在多柔比星（DOX）诱导的卵巢肿瘤小鼠肾毒性中的作用	揭示了SIRT1/HSF1信号通路在DOX介导的肾毒性中的关键作用，并发现SIRT1激动剂RSV可以逆转这一过程	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探究DOX诱导肾毒性的分子机制	卵巢肿瘤小鼠模型和鼠足细胞	分子病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、生物信息学分析	动物模型（小鼠）	基因表达数据、组织病理学数据	未明确说明小鼠数量，但涉及DOX处理组和对照组
42	2025-06-15	Microglial MS4A4A Protects against Epileptic Seizures in Alzheimer's Disease 2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202417733 PMID:40349168	研究论文	研究发现微胶质细胞中的MS4A4A基因在阿尔茨海默病中对抗癫痫发作具有保护作用	首次揭示了MS4A4A基因在微胶质细胞中的表达与癫痫发作的关联，并提出了通过LNP-Il4诱导Ms4a4a表达的治疗策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索阿尔茨海默病中癫痫发作的潜在治疗靶点	阿尔茨海默病小鼠模型和癫痫患者脑部病变组织	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞测序	Aβ驱动的AD小鼠模型	基因表达数据	NA
43	2025-06-15	Influenza A virus dissemination and infection leads to tissue resident cell injury and dysfunction in viral sepsis 2025-Jun, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105738 PMID:40367638	research paper	本研究通过建立小鼠模型，探讨了甲型H1N1流感病毒在病毒性脓毒症（VS）中如何通过血液传播并感染肺外器官，导致细胞死亡和器官功能障碍	首次详细描述了H1N1流感病毒通过血液传播并感染肺外器官的机制，以及其对不同器官细胞的影响	研究仅使用了小鼠模型，结果可能需要进一步在人类样本中验证	探究H1N1流感病毒在病毒性脓毒症中的传播机制及其对肺外器官的影响	C57BL/6J雄性小鼠	病毒学	病毒性脓毒症	单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体数量，但涉及多个实验组的小鼠
44	2025-06-15	Autophagy-related gene SQSTM1 predicts the prognosis of hepatocellular carcinoma 2025-Jun, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110358 PMID:40378566	研究论文	本研究通过结合生物信息学和实验方法，构建了一个基于自噬相关基因的预测模型，以预测肝细胞癌（HCC）的预后，并筛选出核心基因SQSTM1作为潜在的治疗靶点	构建了一个新的基于自噬相关基因的风险预测模型，并验证了其优于现有模型的效果，同时通过单细胞测序数据确定了核心基因SQSTM1在肿瘤相关巨噬细胞中的分布	研究主要依赖于公开数据集，缺乏独立临床队列的验证	阐明自噬途径在肝细胞癌中的作用，并识别潜在的治疗靶点	肝细胞癌（HCC）患者	生物信息学	肝细胞癌	生物信息学分析、单细胞测序、药物敏感性分析	机器学习结合蛋白质-蛋白质相互作用网络分析	基因表达数据、单细胞测序数据	TCGA、GEO和ICGC数据集中的HCC样本
45	2025-06-15	Integrating Spatial and Single-Nucleus Transcriptomic Data to Assess the Effects of Intrauterine Hyperglycemia on Fetal Pancreatic Development 2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202411126 PMID:40387171	research paper	该研究通过整合空间转录组学和单核RNA测序数据，评估了宫内高血糖对胎儿胰腺发育的影响	首次结合单核RNA测序和空间转录组学技术，揭示了母体PGDM条件下胎儿胰腺细胞的异质性、代谢应激反应及细胞间通讯的改变	研究仅针对E16.5和E18.5两个时间点的胎儿胰腺，未覆盖更广泛的发育阶段	探究母体PGDM对胎儿胰腺细胞功能和细胞间通讯的具体影响	母体PGDM条件下的胎儿胰腺（E16.5和E18.5）	digital pathology	diabetes	single-nucleus RNA sequencing, spatial transcriptomics (ST)	NA	RNA-seq data, spatial transcriptomic data	胎儿胰腺样本（E16.5和E18.5两个发育阶段）
46	2025-06-15	Cell simulation as cell segmentation 2025-Jun, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02697-0 PMID:40404994	研究论文	提出了一种名为Proseg的概率分割方法，用于从单细胞空间转录组数据中快速推断形态学上合理的细胞边界	采用从头细胞模拟方法，提出Proseg方法，在细胞分割准确性和计算效率上优于现有方法	NA	提高单细胞空间转录组数据中细胞分割的准确性	单细胞空间转录组数据中的细胞边界	数字病理学	肾细胞癌	单细胞空间转录组学	概率分割模型(Proseg)	空间转录组数据	来自三种商业平台生成的数据集及肾细胞癌患者样本
47	2025-05-25	Confronting the challenge of cell segmentation in spatial transcriptomics 2025-Jun, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02717-z PMID:40410420	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
48	2025-06-15	DeepDeconUQ estimates malignant cell fraction prediction intervals in bulk RNA-seq tissue 2025-Jun, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013133 PMID:40465796	研究论文	本文介绍了一种名为DeepDeconUQ的深度神经网络模型，用于基于bulk RNA-seq数据估计恶性细胞比例的预测区间	DeepDeconUQ首次将不确定性量化整合到癌细胞比例的预测中，通过结合单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据和符合性分位数回归来生成可靠的预测区间	NA	提高癌症组织中恶性细胞比例估计的准确性，并为临床和研究应用提供不确定性量化	癌症组织中的恶性细胞比例	数字病理学	癌症	bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	深度神经网络, 分位数回归神经网络	RNA测序数据	模拟和真实癌症数据集
49	2025-06-15	Novel PAP-targeted CAR-T therapy enhances antitumor efficacy through CoupledCAR approach 2025-May-31, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011238 PMID:40449956	research paper	该研究提出了一种新型的PAP靶向CAR-T疗法，通过CoupledCAR方法增强抗肿瘤效果	首次证明PAP是前列腺癌CAR-T疗法的特异性靶点，并开发了CoupledCAR平台技术，无需肿瘤抗原即可扩增肿瘤靶向CAR-T细胞	研究主要基于体外和体内实验，尚未进行临床试验验证	开发针对前列腺癌的新型CAR-T疗法，解决现有疗法靶点缺乏和CAR-T细胞扩增受限的问题	前列腺癌细胞和CAR-T细胞	肿瘤免疫治疗	前列腺癌	scRNA-Seq, 免疫组化染色	CAR-T	基因表达数据, 免疫组化数据	NA
50	2025-06-15	Essential role of CD56dimNKG2C+ NK cells trained by SARS-CoV-2 vaccines in protecting against COVID-19 2025-May-30, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.05.031 PMID:40450518	research paper	该研究探讨了SARS-CoV-2疫苗通过训练特定NK细胞亚群在预防COVID-19中的关键作用	揭示了灭活COVID-19疫苗通过训练CD56dimNKG2C+ NK细胞和M2样巨噬细胞在先天免疫保护中的新机制	研究发现老年参与者在加强接种后这些适应性细胞存在缺陷，可能导致保护不足	评估疫苗在先天免疫层面的保护效果	NK细胞、巨噬细胞和T细胞在SARS-CoV-2感染中的保护作用	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序、飞行时间质谱流式细胞术	NA	单细胞转录组数据、流式细胞数据	使用恒河猴模型和人类参与者进行研究
51	2025-06-15	Chaperonin containing TCP1 subunit 5 as a novel pan-cancer prognostic biomarker for tumor stemness and immunotherapy response: insights from multi-omics data, integrated machine learning, and experimental validation 2025-May-27, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04071-7 PMID:40423850	研究论文	本研究通过多组学数据和机器学习方法，揭示了CCT5在泛癌中的预后价值和免疫治疗响应预测作用	首次全面评估CCT5在33种癌症类型中的表达模式，并开发了基于CCT5的免疫治疗响应预测模型CCT5.Sig	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证	探究CCT5在泛癌进展中的作用及其作为免疫治疗响应预测标志物的潜力	33种癌症类型的肿瘤组织	生物信息学	泛癌	多组学分析（包括bulk RNA-seq、scRNA-seq和空间转录组学）	机器学习模型	多组学数据	23个免疫检查点阻断队列（n=1394），涵盖8种癌症类型
52	2025-06-15	Analyses of single-cell RNA sequencing uncover the role of intratumoral Helicobacter pylori in shaping tumor progression and immunity in gastric cancer 2025-May-24, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04048-6 PMID:40411560	研究论文	通过单细胞RNA测序分析揭示了肿瘤内幽门螺杆菌在胃癌中塑造肿瘤进展和免疫的作用	使用SAHMI流程系统地恢复和去噪人类临床组织中的微生物信号，并在单细胞转录组水平上检查肿瘤-微生物相互作用	研究仅针对胃癌，未涉及其他类型的肿瘤	探究肿瘤内微生物群与胃癌发生和发展的关系	胃癌组织中的幽门螺杆菌及其与宿主细胞的相互作用	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序、荧光原位杂交、免疫组织化学	NA	RNA测序数据、图像数据	大型胃癌队列
53	2025-06-15	Dynamic Expression and Functional Implications of the Cell Polarity Gene, Dchs1, During Cardiac Development 2025-May-24, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14110774 PMID:40497950	研究论文	本研究探讨了细胞极性基因Dchs1在心脏发育过程中的动态表达及其功能意义	首次生成了Dchs1-HA敲入小鼠模型，揭示了Dchs1在非心肌细胞谱系中的动态表达模式及其在心脏发育中的潜在分子机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类心脏发育中的适用性需要进一步验证	阐明Dchs1在心脏发育过程中的功能作用和分子机制	Dchs1基因及其在心脏发育过程中的表达模式	发育生物学	先天性心脏病	免疫组织化学、Western blotting、单细胞转录组学	Dchs1-HA敲入小鼠模型	基因表达数据、蛋白质定位数据	不同发育阶段的小鼠心脏组织样本
54	2025-06-15	Low-Strength Type I Interferon Signaling Promotes CAR T-Cell Treatment Efficacy 2025-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.13.653878 PMID:40463198	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了I型干扰素（IFN-I）信号在CD19导向的CAR T细胞治疗中的关键作用，并提出了一种通过低强度IFN-I信号增强CAR T细胞疗效的新策略	首次发现低强度IFN-I信号可以增强CAR T细胞的细胞毒性和体内疗效，而高强度IFN-I信号则会产生负面影响，这一发现为改进CAR T细胞治疗提供了新思路	研究样本量较小（仅8名患者），需要在更大规模的临床试验中验证	探索提高CD19导向CAR T细胞治疗复发/难治性弥漫大B细胞淋巴瘤（r/r DLBCL）疗效的方法	复发/难治性弥漫大B细胞淋巴瘤患者和CAR T细胞	免疫治疗	弥漫大B细胞淋巴瘤	单细胞转录组学	NA	转录组数据	8名r/r DLBCL患者
55	2025-06-15	Longitudinal single-cell analysis reveals RUNX1T1 as an early driver in treatment-induced neuroendocrine transdifferentiation 2025-May-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.14.653660 PMID:40463134	研究论文	通过纵向单细胞分析揭示RUNX1T1作为治疗诱导神经内分泌转分化早期驱动因子的作用	首次在腺癌向神经内分泌前列腺癌(t-NEPC)转分化的患者来源异种移植(PDX)模型中，利用纵向单细胞转录组测序(scRNA-seq)技术，发现了一个新的早期中间过渡细胞状态，并鉴定出RUNX1T1作为NEPC转分化的关键转录调控因子	研究仅基于单一的PDX模型(LTL331/331R)，需要在更广泛的临床样本中验证RUNX1T1的作用	探究治疗诱导神经内分泌前列腺癌(t-NEPC)发展过程中的时间动态和分子驱动机制	腺癌向神经内分泌前列腺癌(t-NEPC)转分化过程	数字病理学	前列腺癌	scRNA-seq	PDX模型	单细胞转录组数据	7个时间点的纵向样本(从去势前到复发的NEPC)
56	2025-06-15	ARHGDIB as a prognostic biomarker and modulator of the immunosuppressive microenvironment in glioma 2025-May-15, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04063-7 PMID:40372473	研究论文	本研究探讨了ARHGDIB作为胶质瘤预后生物标志物及其在免疫抑制微环境中的调节作用	首次揭示了ARHGDIB在胶质瘤免疫抑制微环境中的关键作用，并证实其作为肿瘤相关巨噬细胞的新型标志物	研究主要基于公共数据库和体外实验，需要更多临床样本验证	探究ARHGDIB在胶质瘤免疫微环境中的调控机制及其预后价值	胶质瘤患者样本和细胞系	肿瘤免疫学	胶质瘤	qPCR, IHC, 单细胞测序, 免疫荧光	LASSO-Cox回归	mRNA表达数据, 蛋白质表达数据	公共数据库数据+自建队列样本
57	2025-06-15	Din Oversees Mesenchymal Stem Cell Homeostasis in Mouse Incisors 2025-May-14, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6568233/v1 PMID:40470223	research paper	该研究揭示了预测基因Din在小鼠门牙间充质干细胞（MSCs）稳态中的关键作用	通过新开发的敲除小鼠模型，首次发现Din基因对MSCs稳态的调控作用及其在干细胞特性、运动性、衰老和分化潜能中的多重影响	研究仅限于小鼠门牙模型，尚未验证在其他组织或人类中的普适性	探究维持小鼠门牙间充质干细胞稳态的分子机制	小鼠门牙中的间充质干细胞（MSCs）	干细胞生物学	NA	基因敲除模型、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组学、蛋白质组学、GLISA检测	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明样本数量，使用基因敲除小鼠模型进行研究
58	2025-06-15	Integrating spatial transcriptomics and snRNA-seq data enhances differential gene expression analysis results of AD-related phenotypes 2025-May-05, HGG advances DOI:10.1016/j.xhgg.2025.100447 PMID:40329537	研究论文	该研究通过整合空间转录组学（ST）和单核RNA测序（snRNA-seq）数据，增强了阿尔茨海默病（AD）相关表型的空间信息差异基因表达（DGE）分析能力	首次整合ST和snRNA-seq数据进行空间信息的细胞类型特异性（CTS）DGE分析，显著提高了AD相关表型的基因检测能力	ST数据样本量较小可能影响分析效力	增强AD相关表型的空间信息差异基因表达分析能力	阿尔茨海默病（AD）相关表型（β-淀粉样蛋白、缠结密度和认知衰退）	生物信息学	阿尔茨海默病	空间转录组学（ST）、单核RNA测序（snRNA-seq）	线性混合模型	基因表达数据	436个死后大脑的背外侧前额叶皮层（DLPFC）组织中的约150万个细胞
59	2025-06-15	Clinical efficacy and chemoresistance analysis of precision neoadjuvant chemotherapy for borderline resectable pancreatic cancer: a prospective, single-arm pilot study 2025-May-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002342 PMID:40146255	研究论文	本研究评估了基于患者来源类器官（PDOs）的新辅助化疗（NAC）在临界可切除胰腺癌（BRPC）中的临床疗效和安全性	利用PDOs进行药物敏感性测试以调整NAC方案，并探索了吉西他滨耐药的潜在机制	单臂试验设计且样本量较小（19例患者）	评估PDOs指导的NAC在BRPC患者中的疗效和安全性，并探索吉西他滨耐药的分子机制	临界可切除胰腺癌（BRPC）患者	数字病理	胰腺癌	scRNA-seq, 患者来源类器官（PDOs）培养	NA	临床数据、单细胞转录组数据	25例筛查患者中19例符合条件（最终16例接受手术）
60	2025-06-15	scATD: a high-throughput and interpretable framework for single-cell cancer drug resistance prediction and biomarker identification 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf268 PMID:40501071	research paper	提出了一种名为scATD的高通量、可解释的单细胞癌症耐药性预测和生物标志物识别框架	scATD框架利用大型语言模型进行高通量药物敏感性预测，无需针对不同患者单细胞数据集进行模型微调，提高了预测速度和临床适用性	未明确提及具体局限性	开发一个能够快速预测单细胞水平癌症药物敏感性的高通量框架	单细胞RNA测序数据	digital pathology	cancer	single-cell RNA sequencing	scATD-sf, scATD-gf, scATD-sf-dist (基于scFoundation和Geneformer大型语言模型)	单细胞基因表达数据	未明确提及具体样本量