本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2026-05-28 |
Hexokinase 3 promoted cytokine production of monocytes by targeting metabolic reprogramming and histone lactylation in sepsis
2026-Apr-10, Clinical epigenetics
IF:4.8Q1
DOI:10.1186/s13148-026-02129-6
PMID:41964014
|
研究论文 | 研究了己糖激酶3(HK3)通过代谢重编程和组蛋白乳酰化促进脓毒症中单核细胞细胞因子产生的机制 | 首次发现HK3作为代谢检查点,通过H3K18乳酰化依赖性激活IL-6和TNF-α基因增强炎症反应,并鉴定HK3为脓毒症的有前景治疗靶点 | 研究主要基于体外LPS诱导模型,未在体内模型中验证;样本量有限且缺乏临床验证 | 阐明糖酵解相关调控基因HK3在脓毒症发病中的作用及其分子机制 | 脓毒症患者外周血单核细胞及LPS诱导的单核细胞模型 | NA | 脓毒症 | 单细胞RNA测序, 基因表达分析, ROC曲线分析, 免疫细胞浸润分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | GEO数据库中的脓毒症患者样本(具体数量未明确提及) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 分析GEO数据库中的单细胞RNA测序数据 |
| 42 | 2026-04-11 |
Single-cell and spatial transcriptomics analyses reveal tumor microenvironment-driven proliferation of NF2-associated vestibular schwannomas
2026-Apr-09, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-026-03799-y
PMID:41957607
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 43 | 2026-04-11 |
Integrating single-cell and spatial transcriptomics to reveal the spatiotemporal dynamics of retinal cells during ischemia-reperfusion injury progression in rats
2026-Apr-09, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-026-01571-6
PMID:41957682
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 44 | 2026-05-28 |
Integrating single-cell transcriptomics and epigenetics in a multi-omics MR framework identifies PARK7 as a causal gene in streptococcal septicemia
2026-Apr-05, Epigenetics & chromatin
IF:4.2Q1
DOI:10.1186/s13072-026-00673-2
PMID:41937214
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 45 | 2026-04-06 |
Integration of machine learning-based screening approaches and single-cell sequencing technique to identify cancer stemness genes associated with radiotherapy resistance in lung adenocarcinoma
2026-Apr-04, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04873-w
PMID:41934581
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 46 | 2026-05-28 |
Helicobacter pylori-linked gene CFAP73 rewires epithelial programs and shapes the gastric cancer microenvironment
2026-Apr-04, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04891-8
PMID:41934579
|
研究论文 | 该研究揭示了HP感染相关基因CFAP73通过重编程上皮程序并塑造胃癌微环境,促进肿瘤抑制和免疫激活的作用 | 首次发现CFAP73作为HP感染过程中进行性下调的肿瘤保护基因,并明确其通过抑制增殖、EMT和激活p53/凋亡通路来维持上皮抑癌状态,同时通过配体-受体分析和空间转录组学揭示其重塑纤维细胞和T细胞状态以维持抗肿瘤免疫微环境的机制 | 研究主要基于公共数据库和体外/体内实验,尚需更大规模的前瞻性队列验证CFAP73作为生物标志物的临床价值,且CFAP73在HP感染早期下调的具体分子机制有待进一步阐明 | 探究胃上皮细胞在HP感染过程中逐渐紊乱的分子程序,并寻找与恶性转化相关的关键基因 | HP感染相关的胃黏膜上皮细胞和胃癌微环境中的免疫细胞、成纤维细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | RNA-seq | 随机森林 | 文本 | 多个公共数据集(GSE60662、GSE60427、TCGA-STAD)及单细胞RNA-seq数据集GSE249874 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 47 | 2026-05-28 |
Pulmonary fibroblast activation during Aspergillus fumigatus infection enhances lung defense via immunomodulation and tissue remodeling
2026-03-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-71027-5
PMID:41917025
|
研究论文 | 研究揭示了烟曲霉感染过程中肺成纤维细胞的激活通过免疫调节和组织重塑增强肺部防御 | 首次利用细胞谱系追踪、靶向细胞消融和单细胞RNA测序探究烟曲霉感染引起的肺成纤维细胞动态响应,发现其免疫调节保护作用 | 未明确说明研究局限性 | 探究烟曲霉感染引起的肺组织损伤中成纤维细胞的功能响应 | 烟曲霉感染后的肺成纤维细胞 | 数字病理学 | 侵袭性曲霉病 | 单细胞RNA测序、细胞谱系追踪、靶向细胞消融 | NA | 基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 48 | 2026-05-28 |
Cell neighborhood topology directs rare cell population identification
2026-Mar-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-71180-x
PMID:41912521
|
研究论文 | 介绍了一种名为RareQ的快速可扩展框架,通过评估单细胞组学数据中每个细胞的k近邻团度来检测罕见细胞群 | 提出基于细胞邻域拓扑结构的团度评估方法,能同时识别模态特异性和共享罕见细胞,并在模拟和真实数据集上展现卓越的准确性、灵敏度和效率 | NA(摘要未提及局限性) | 开发高效方法识别复杂生物系统中关键但低丰度的罕见细胞群 | 模拟和真实单细胞组学数据,包括空间转录组学数据 | 单细胞组学 | NA(摘要未指定具体疾病) | 单细胞组学技术(包括空间转录组学) | 图论中的团度分析 | 单细胞组学数据(包括空间转录组数据) | NA(摘要未提及具体样本量) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 49 | 2026-05-28 |
NT-I7, a long-acting interleukin-7, increases lymphocyte counts and induces CD8+ T cell clonotype expansion in patients with newly diagnosed high-grade gliomas
2026-Mar-25, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-2953
PMID:41880597
|
research paper | NT-I7是一种长效白细胞介素-7,能增加新诊断高级别胶质瘤患者的淋巴细胞计数并诱导CD8+ T细胞克隆型扩增 | 首次在人类新诊断高级别胶质瘤患者中评估NT-I7的安全性、最大耐受剂量及其对免疫细胞的影响,并发现其选择性诱导CD8+ T细胞克隆型扩增 | 仅探讨了NT-I7单药治疗的效果,未涉及与其他免疫疗法的联合应用;样本量较小且仅在一部分患者中进行了单细胞RNA测序分析 | 评估NT-I7在高级别胶质瘤患者中的安全性、最大耐受剂量及对淋巴细胞的影响 | 新诊断高级别胶质瘤患者 | NA | 高级别胶质瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 新诊断高级别胶质瘤患者,部分患者进行了单细胞RNA测序(具体数量未提供) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 50 | 2026-05-28 |
Spatial transcriptomics from pancreas and local draining lymph node tissue reveals a lymphotoxin-β signature in human type 1 diabetes
2026-Mar-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117144
PMID:41875135
|
研究论文 | 利用空间转录组学技术揭示1型糖尿病胰腺和局部引流淋巴结组织中的淋巴毒素β特征 | 首次通过多细胞分辨率空间转录组学在人类1型糖尿病中识别出淋巴结滤泡和胰岛炎病变中的LTB上调及下游趋化因子特征 | 未提及,样本量可能有限 | 探索1型糖尿病自然病程中胰腺和胰腺淋巴结的炎症反应 | 无糖尿病个体、自身抗体阳性风险个体及1型糖尿病供体的胰腺和胰腺淋巴结组织 | 空间转录组学 | 1型糖尿病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 多例供体组织样本(无糖尿病、自身抗体阳性及1型糖尿病供体) | NA | 空间转录组学 | NA | 多细胞分辨率空间转录组平台及正交亚细胞分辨率空间转录组平台 |
| 51 | 2026-05-28 |
Gene regulatory network determinants of rapid recall in human memory CD4+ T cells
2026-Mar-20, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117103
PMID:41865369
|
研究论文 | 利用单核多组学测序技术,研究人类记忆CD4+ T细胞快速回忆的基因调控网络决定因素 | 通过单核多组学测序同时分析基因表达和染色质可及性,首次重建了CD4 T细胞动态激活过程中的基因调控网络,并识别出五个与记忆相关的转录因子(MAF、PRDM1、RUNX2、SMAD3和KLF6)可能调控快速回忆过程 | 转录因子与靶基因的结合预测需要进一步通过ChIP-seq验证,且记忆相关转录因子活性在独立单细胞RNA测序研究中的复制仍需更多验证 | 阐明记忆CD4+ T细胞快速回忆的基因调控机制,以及这些机制在免疫介导疾病遗传风险中的作用 | 人类CD4+ T细胞的记忆和初始亚群及其快速回忆反应 | 机器学习 | 免疫介导疾病 | 单核多组学测序(基因表达和染色质可及性)、染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)、全基因组关联研究(GWAS) | 基因调控网络 | 基因表达数据、染色质可及性数据 | NA | 10x Genomics | 单核多组学 | 10x Chromium | 单核多组学测序同时分析基因表达和染色质可及性 |
| 52 | 2026-05-28 |
Prussian blue analogue-mineralized ginseng-derived vesicles promote PPARγ nuclear translocation to suppress tumor vasculogenic mimicry and reverse the immunosuppressive microenvironment
2026-Mar-18, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-026-04263-y
PMID:41851872
|
研究论文 | 通过仿生纳米平台GDVs@CuPBA-iRGD抑制肿瘤血管生成拟态并逆转免疫抑制微环境 | 首次将铜基普鲁士蓝类似物矿化于人参来源囊泡上,结合靶向肽iRGD,实现肿瘤微环境响应性药物释放,并通过促进PPARγ核转位抑制血管生成拟态,同时诱导铜死亡和铁死亡,并激活抗肿瘤免疫 | 未提及具体限制 | 开发一种新型仿生纳米平台,用于抑制肿瘤血管生成拟态并改善免疫抑制微环境 | 肝细胞癌(HCC)细胞及小鼠模型 | 机器学习和生物医学工程结合,数字病理 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,仿生纳米材料合成 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 53 | 2026-05-28 |
Platelet hyperactivation drives oxidized mitochondrial DNA-induced neutrophil extracellular traps formation in biliary atresia
2026-Mar-18, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2026.101832
PMID:41856250
|
research paper | 该研究揭示了血小板过度活化在胆道闭锁中驱动氧化线粒体DNA诱导的中性粒细胞胞外陷阱形成的作用 | 首次阐明了血小板过度活化通过释放氧化线粒体DNA促进中性粒细胞胞外陷阱形成,在胆道闭锁病理过程中形成自我放大的免疫循环,并验证了靶向S100A8/A9的治疗潜力 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,缺乏大规模人类临床验证;未详细探讨其他潜在免疫细胞类型在该通路中的作用 | 研究血小板过度活化在胆道闭锁中促进NET介导炎症的机制,并评估靶向S100A8/A9的治疗潜力 | 胆道闭锁患者和小鼠模型中的血小板与中性粒细胞 | machine learning | geriatric disease | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 435名胆道闭锁患者(54.2%血小板计数升高)及RRV注射小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 54 | 2026-03-16 |
Single-cell spatial transcriptomics reveals clonal smooth muscle cell heterogeneity and programs associated with atherosclerotic plaque calcification
2026-Mar-14, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-026-02090-x
PMID:41832370
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 55 | 2026-05-28 |
Therapeutic translation of traditional Chinese medicine Huangqi derived exosome like nanoparticles: targeting prostate cancer through ferroptosis activation, immune reprogramming, and microbiome modulation
2026-Mar-11, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-026-04160-4
PMID:41814394
|
研究论文 | 本研究从传统中药黄芪中提取类外泌体纳米颗粒,通过单细胞测序、16S rDNA测序和bulk RNA测序等多组学整合方法,系统探究其通过铁死亡激活、免疫重编程和微生物群调控治疗前列腺癌的机制 | 首次报道中药来源类外泌体纳米颗粒用于治疗前列腺癌,并创新性地构建了siGPX4装载的纳米颗粒实现增强的铁死亡治疗效果 | 未详细说明临床转化中的安全性评估和长期疗效数据,且机制探索主要基于小鼠模型 | 探究黄芪来源类外泌体纳米颗粒治疗前列腺癌的效应及其分子机制 | 前列腺癌细胞、小鼠模型及肠道微生物群 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞测序, 16S rDNA测序, bulk RNA测序 | NA | 测序数据, 图像 | 体外细胞实验与体内小鼠模型 | Illumina | 单细胞RNA测序, 16S rDNA测序, bulk RNA测序 | Illumina NovaSeq | 单细胞测序、16S rDNA测序和bulk RNA测序平台 |
| 56 | 2026-05-28 |
Molecular subtypes in pancreatic cancer: from academic promise to clinical reality
2026-Mar-09, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-026-02614-9
PMID:41796340
|
综述 | 总结胰腺导管腺癌分子亚型的研究进展,并探讨其从学术概念向临床应用转化的关键障碍与可行路径 | 整合多组学、单细胞RNA测序和空间转录组学的最新发现,提出以GATA6免疫组化检测为核心的简化临床实施路线图,强调治疗诱导分子可塑性的影响 | 部分亚型分类标准仍存在争议,治疗过程中分子亚型的动态变化增加了生物标志物的不可靠性,临床验证样本有限 | 综述胰腺癌分子亚型的研究现状,分析转化障碍,并提出走向临床的实用策略 | 胰腺导管腺癌及其分子亚型(经典/祖细胞型、基底样/鳞状型) | 自然语言处理 | 胰腺癌 | 转录组学分析,免疫组化,单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 转录组数据,组织切片图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 57 | 2026-05-28 |
Engineering Tregs-mediated immune tolerance via foxp3a overexpression to evade allograft transplantation barriers in zebrafish
2026-Mar-02, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao
DOI:10.1016/j.jgg.2026.02.024
PMID:41780749
|
研究论文 | 通过过表达foxp3a工程化Treg介导的免疫耐受,实现斑马鱼异体移植屏障的规避 | 首次在斑马鱼中通过全身过表达Foxp3a构建Tg(CMV:foxp3a)品系,利用单细胞RNA测序揭示免疫景观重塑,并成功加速性腺移植和生殖系干细胞移植,提供了一种基于Treg的免疫缺陷宿主替代方案 | 研究主要集中于斑马鱼模型,其免疫系统与哺乳动物存在差异,可能限制向哺乳动物移植应用的直接转化;另外,foxp3a过表达的长期安全性及潜在副作用未充分探讨 | 开发一种基于Treg的实用策略,通过foxp3a过表达诱导免疫耐受,以替代免疫缺陷宿主,用于斑马鱼的基因组操作和移植 | 斑马鱼(Danio rerio)的Tg(CMV:foxp3a)品系及其体内免疫细胞效应 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序、转录组分析、原位杂交 | NA | 基因表达数据 | 斑马鱼样品(具体数量未在摘要中明确) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 58 | 2026-05-28 |
Hypoxia-activated scleraxis a mediates epicardial progenitor differentiation into a unique cardiac perivascular cell type
2026-Feb-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.02.26.708296
PMID:42124670
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学、遗传谱系追踪和心脏损伤模型,发现缺氧激活的Scleraxis a介导心外膜祖细胞分化为一种独特的心脏血管周围细胞类型,并揭示了Scxa-Col18a1a轴在冠状动脉血管发育和再生中的作用 | 首次鉴定Scleraxis a作为心外膜祖细胞分化的关键调控因子,发现其响应缺氧/Hif1a信号并驱动心外膜细胞向血管支持性命运分化,定义了一类新的心外膜源性血管周围间充质细胞(Epi-PMCs) | 研究主要基于斑马鱼模型,其发现向哺乳动物或人类心脏的转化仍需进一步验证 | 阐明心外膜祖细胞命运决定的分子机制,特别是缺氧信号在冠状动脉血管发育和心脏再生中的作用 | 斑马鱼心脏发育和再生过程中的心外膜祖细胞及其分化产物 | 自然语言处理 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学、遗传谱系追踪、心脏损伤模型 | NA | 基因表达数据、图像 | 斑马鱼胚胎和成体心脏样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 59 | 2026-05-28 |
Predictable clonal hierarchies from restricted progenitors provide a framework for cell type-specific therapies in glioblastoma
2026-Feb-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.02.21.707071
PMID:42124710
|
研究论文 | 通过整合高通量组合DNA条形码与单细胞转录组学,研究胶质母细胞瘤中克隆层级组织及其对细胞类型特异性治疗的影响 | 首次在人类肿瘤微环境中实现谱系分辨的前体细胞组织映射,揭示多前体细胞群体而非单一主导群体驱动肿瘤生长,并基于此提出层级指导的联合治疗策略 | NA | 解析胶质母细胞瘤中细胞谱系随时间组织的动态机制,为细胞类型特异性联合治疗提供框架 | 来自9名IDH1野生型胶质母细胞瘤患者的235,155个恶性细胞 | 机器学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞转录组学、组合DNA条形码 | NA | 单细胞转录组数据 | 9个肿瘤样本,共235,155个恶性细胞 | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium单细胞3'测序,Illumina NovaSeq测序平台 |
| 60 | 2026-05-28 |
Local Tumor Microenvironment Niches Correlate With Survival And Immunotherapy Response In Human Glioblastoma
2026-Feb-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.02.23.707276
PMID:42124719
|
研究论文 | 整合空间转录组学、单细胞RNA测序和组织学数据,对25个胶质母细胞瘤肿瘤的微环境进行空间解析,发现六种独特的TME生态位,其组成与患者生存和免疫治疗反应显著相关 | 首次通过空间转录组学与单细胞RNA-seq结合,系统描绘胶质母细胞瘤肿瘤微环境的六种空间生态位,并揭示其与患者生存和PD-1抑制剂治疗反应的临床关联 | 样本量有限(25个肿瘤),需更大队列验证;生态位分类基于空间转录组学斑点分辨率,可能遗漏亚细胞层面细节;免疫治疗反应数据来自外部公开数据集,缺乏前瞻性验证 | 解析胶质母细胞瘤肿瘤微环境的空间异质性,并评估其与患者生存和免疫治疗反应的关系 | 25个胶质母细胞瘤肿瘤组织的空间转录组学、单细胞RNA-seq和组织学数据 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 组织学分析 | NA | 空间转录组学数据, 单细胞RNA-seq数据, 组织学图像, 批量RNA-seq数据 | 25个胶质母细胞瘤肿瘤,超过46,000个55微米宽的斑点 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |