单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-06-19	Tissue-origin transcriptomic interactions as indicators of inflammatory aging and aging gene discovery 2025-Jun-16, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110534 PMID:40527241	研究论文	该研究通过将单细胞RNA测序数据转换为语义上有意义的图像表示（称为“基因组图谱”），揭示了与衰老相关的基因互作模式变化，并构建了高精度的组织特异性炎症衰老时钟	提出了一种新的方法，通过空间编码转录组互作将scRNA-seq数据转换为图像表示，从而揭示衰老相关的基因互作模式变化，而非仅关注基因表达谱的变化	NA	识别精确的免疫遗传衰老标志物，并构建高精度的组织特异性炎症衰老时钟	衰老过程中的基因互作模式	生物信息学	衰老相关疾病	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
42	2025-06-19	Elevated CD14 in B cells associates with reduced ovarian cancer risk via CD80 + dendritic cell interaction: a multi-omics study 2025-Jun-15, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02956-8 PMID:40517355	研究论文	通过多组学研究探讨B细胞中CD14升高通过CD80+树突状细胞相互作用降低卵巢癌风险的机制	首次揭示了CD14在B细胞中的表达与卵巢癌风险降低的关联，并发现CD80在髓系树突状细胞中作为中介分子	研究样本量未明确说明，且机制研究仍需进一步实验验证	探究B细胞及免疫分子对卵巢癌风险的影响机制	卵巢癌患者和健康捐赠者的外周血单个核细胞(PBMCs)	多组学分析	卵巢癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、孟德尔随机化(MR)分析、中介分析	NA	单细胞转录组数据、eQTL和pQTL数据库数据	NA
43	2025-06-19	Identification of lactylation-related hub genes as novel therapeutic and diagnostic targets for thoracic aortic dissection 2025-Jun-15, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111944 PMID:40527360	研究论文	本研究通过整合分析鉴定出与乳酸化相关的关键基因，揭示了它们在胸主动脉夹层中的重要作用，并提出了潜在的治疗靶点和诊断标志物	首次系统研究了乳酸化在胸主动脉夹层中的作用，并鉴定出12个乳酸化相关枢纽基因，其中LDHA抑制剂在小鼠模型中显示出显著的治疗效果	研究主要基于小鼠模型和有限的人类组织样本，需要更大规模的临床验证	探索乳酸化在胸主动脉夹层发病机制中的作用并寻找潜在治疗靶点	胸主动脉夹层患者组织样本和BAPN诱导的小鼠模型	心血管疾病研究	胸主动脉夹层	scRNA-seq, WGCNA, ROC分析	BAPN诱导的小鼠模型	基因表达数据	人类主动脉组织和两个GEO数据库中的scRNA-seq数据集
44	2025-06-19	Artificial intelligence approaches for tumor phenotype stratification from single-cell transcriptomic data 2025-Jun-13, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.98469 PMID:40511682	研究论文	介绍了一种名为SCellBOW的新型单细胞RNA测序分析框架，用于有效识别和高质量可视化单细胞亚群，并评估其与疾病预后的关联	SCellBOW是一种受自然语言处理领域文档嵌入技术启发的创新计算方法，能够精确表示表型不同的细胞类型，并估计肿瘤细胞亚群的相对风险	缺乏与肿瘤单细胞RNA测序研究相关的临床注释	开发一种能够有效识别和评估肿瘤单细胞亚群风险的计算方法	单细胞RNA测序数据中的肿瘤细胞亚群	自然语言处理	前列腺癌	scRNA-seq	SCellBOW	单细胞转录组数据	包括内部生成的人类脾细胞和匹配的外周血单个核细胞(PBMC)数据集在内的多个scRNA-seq数据集
45	2025-06-19	A Prognostic Lysine Crotonylation Signature Shapes the Immune Microenvironment in Hepatocellular Carcinoma 2025-Jun-13, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673381518250529110617 PMID:40525440	研究论文	本研究通过分析赖氨酸巴豆酰化相关基因（CRGs）在肝细胞癌（HCC）中的表达，建立了一个8基因风险评分模型，用于预测HCC患者的预后和免疫微环境特征	首次揭示了CRGs在HCC中的预后价值及其与肿瘤免疫微环境的关联，并开发了一个结合风险评分和列线图的预测模型	需要开发标准化的巴豆酰化测量方法，并在不同病因的HCC中进行验证，同时需要进一步研究巴豆酰化调节剂的功能影响	探索CRGs在HCC中的预后和治疗相关性	肝细胞癌（HCC）患者	肿瘤学	肝细胞癌	转录组分析、单细胞测序、CIBERSORT、OncoPredict	Cox和LASSO回归分析	转录组和临床数据	来自TCGA和GEO数据库的HCC患者数据
46	2025-06-19	Systematic Pan-Cancer Analysis of the Oncogenic and Immunological Function of Stanniocalcin-1 (STC1) 2025-Jun-13, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673358794250531003706 PMID:40525442	研究论文	本研究通过多组学分析和实验验证，系统性分析了STC1在泛癌中的致癌和免疫学功能	首次系统性揭示了STC1作为新型泛癌因子的双重作用：既通过EMT和干性调控促进肿瘤进展，又参与免疫微环境重塑	实验验证部分仅针对胃腺癌(STAD)进行了组织芯片和细胞系验证，其他癌症类型的实验证据不足	确立STC1的泛癌预后意义并阐明其与免疫特征的关联	33种癌症类型(TCGA泛癌数据集)和胃腺癌(STAD)组织样本	癌症基因组学	泛癌研究(重点关注胃腺癌)	多组学分析(UALCAN/cBioPortal/HPA/GTA)、多重荧光染色、Western blot、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、蛋白质组数据、组织芯片图像数据	TCGA泛癌数据集+30例STAD组织芯片+STAD细胞系
47	2025-06-19	DNA damage repair (DDR) related prognostic risk model in multiple myeloma based on single-cell and bulk sequencing 2025-Jun-13, DNA repair IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.dnarep.2025.103857 PMID:40527059	研究论文	基于单细胞和批量测序数据，构建了多发性骨髓瘤中DNA损伤修复相关基因的预后风险模型	首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据筛选DDR基因，并构建了多发性骨髓瘤的预后模型，发现了关键的DDR相关基因	研究结果需要进一步实验验证，样本量可能有限	研究多发性骨髓瘤中DNA损伤修复基因的作用及其对疾病预后的影响	多发性骨髓瘤患者	基因组学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序, 批量RNA测序, WGCNA, 差异表达分析	预后风险模型	RNA测序数据	训练和验证队列中的多发性骨髓瘤患者样本
48	2025-06-19	Single-cell resolution uncovers neighboring cell subtypes that share steroidogenic capacity during fetal testis development 2025-Jun-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2501392122 PMID:40460128	research paper	该研究利用单细胞技术揭示了胎儿睾丸发育过程中类固醇生成细胞的异质性及其在雄激素生产中的协作机制	首次在单细胞水平上揭示了胎儿睾丸中间质细胞亚型在类固醇生成能力上的异质性，并提出了邻近类固醇生成细胞协作完成最佳雄激素生物合成的新观点	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类组织中验证	探究胎儿睾丸发育过程中单个和集体Leydig细胞对雄激素生产的贡献	小鼠胎儿睾丸中的Leydig细胞和其他间质细胞	发育生物学	NA	单分子荧光原位杂交(sm-FISH)和单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据和空间分布数据	小鼠胚胎期13天至围产期睾丸样本
49	2025-06-19	scMetaIntegrator: a meta-analysis approach to paired single-cell differential expression analysis 2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.04.657898 PMID:40501846	research paper	提出了一种新的元分析方法scMetaIntegrator，用于处理配对单细胞RNA测序数据中的差异基因表达分析	该方法考虑了生物学重复和细胞变异性，提供了稳健的效应大小估计和可重复的p值	未明确提及具体局限性	改进配对单细胞RNA测序数据中的差异基因表达分析方法	配对单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	meta-analysis	单细胞RNA测序数据	使用了真实和合成数据集，但未明确提及具体样本数量
50	2025-06-19	Multi-omics characterization of prognostic signature and novel molecular subtypes associated with anoikis and in vitro validation of CDKN2A in thyroid carcinoma 2025-Jun-08, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156956 PMID:40527061	研究论文	本研究通过多组学方法分析了甲状腺癌中与失巢凋亡相关的基因，并验证了CDKN2A在其中的关键作用	首次建立了甲状腺癌的多组学分子亚型，并提供了失巢凋亡在甲状腺癌中的全面调控框架	研究主要基于TCGA数据库，需要进一步实验验证	探索甲状腺癌中失巢凋亡相关基因的调控机制及其在分子分型和治疗中的应用	甲状腺癌患者	生物信息学	甲状腺癌	多组学分析（转录组、甲基化、miRNA）、单细胞测序	风险评分模型	多组学数据	TCGA数据库中的甲状腺癌患者样本
51	2025-06-19	Macrophage polarization, inflammatory monocytes, and impaired MDSCs are associated with murine and human immune aplastic anemia 2025-Jun-04, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiaf073 PMID:40411822	research paper	该研究探讨了骨髓衰竭（BMF）中髓系细胞的作用，特别是巨噬细胞极化、炎症性单核细胞和功能受损的髓系来源抑制细胞（MDSCs）在免疫性再生障碍性贫血（AA）中的关联	研究发现CSF-1R抑制加剧BMF，促进M1巨噬细胞极化，而JAK抑制剂baricitinib则减轻BMF，促进M2极化，揭示了髓系细胞在BMF中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，可能无法完全反映人类疾病的复杂性	探索髓系细胞在免疫性再生障碍性贫血（AA）中的作用及潜在治疗策略	小鼠模型和人类免疫性再生障碍性贫血（AA）样本	免疫学	再生障碍性贫血	流式细胞术、细胞因子分析、单细胞RNA测序	小鼠BMF模型	基因表达数据、细胞群体数据	小鼠模型和人类AA样本（具体数量未提及）
52	2025-06-19	Adulthood outcomes of thymic transplantation in a case of congenital athymia due to FOXN1 mutation 2025-Jun, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.02.006 PMID:39956280	research paper	本文报告了一例因FOXN1突变导致先天性无胸腺症患者接受胸腺移植后的长期临床和免疫学结果	首次报道了同种异体胸腺移植后19年的长期随访结果，揭示了移植胸腺中T细胞的独特生物学特性	仅为一例个案研究，样本量有限	评估先天性无胸腺症患者胸腺移植后的长期免疫重建效果	一名R255X纯合FOXN1突变导致的先天性无胸腺症成年患者	免疫学	先天性免疫缺陷	高维光谱流式细胞术、单细胞RNA测序、T细胞受体测序	NA	临床数据、免疫学数据、测序数据	1例患者+年龄匹配对照
53	2025-06-19	Association of Obesity and Innate Immune Markers With Resistance to Biologic Therapy in Psoriasis 2025-Jun-01, JAMA dermatology IF:11.5Q1 DOI:10.1001/jamadermatol.2025.0288 PMID:40172874	研究论文	本研究探讨了肥胖和先天免疫标志物与银屑病生物治疗抵抗的关联	揭示了表皮中失调的先天免疫反应和增强的中性粒细胞活性可能是生物治疗反应持续性降低的原因	横断面研究设计限制了因果关系的推断	阐明影响严重银屑病患者持续治疗反应的炎症微环境因素	87名18岁及以上患有斑块型严重银屑病的患者	皮肤病学	银屑病	空间转录组学通路分析、免疫荧光分析	NA	临床数据、基因表达数据	87名患者（24名女性，63名男性）
54	2025-06-19	Machine learning approach to single cell transcriptomic analysis of Sjogren's disease reveals altered activation states of B and T lymphocytes 2025-Jun, Journal of autoimmunity IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.jaut.2025.103419 PMID:40318561	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示Sjögren病患者B和T淋巴细胞的异常激活状态	首次在Sjögren病患者外周血单核细胞中发现B和T淋巴细胞的独特基因表达模式，特别是Th1细胞的激活状态	研究样本仅限于外周血单核细胞，未涉及唾液腺等直接受累组织	探究Sjögren病的发病机制	Sjögren病患者和对照组的B和T淋巴细胞	数字病理学	自身免疫性疾病	单细胞转录组分析	非负矩阵分解(NMF)	基因表达数据	Sjögren病患者和对照组的外周血单核细胞样本
55	2025-06-19	Low-dose interleukin-2 induces clonal expansion of BACH2-repressed effector regulatory T cells following acute coronary syndrome 2025-Jun, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00652-y PMID:40461772	研究论文	研究低剂量白细胞介素-2（IL-2）在急性冠状动脉综合征患者中诱导BACH2抑制的效应调节性T细胞克隆扩增的机制	结合单细胞转录组学和T细胞受体分析，揭示了IL-2在急性冠状动脉综合征患者中克隆扩增效应T细胞的机制，并发现BACH2作为T效应程序的抑制因子	研究样本可能有限，且未详细讨论IL-2治疗在其他免疫介导疾病中的潜在副作用	探索IL-2在心血管疾病中的免疫调节作用及其治疗潜力	急性冠状动脉综合征患者的T细胞	免疫学	心血管疾病	单细胞转录组学、T细胞受体分析	NA	单细胞RNA测序数据	急性冠状动脉综合征患者
56	2025-06-19	Perinatal Exposure to Lead or Diethylhexyl Phthalate in Mice: Sex-Specific Effects on Cardiac DNA Methylation and Gene Expression across Time 2025-Jun, Environmental health perspectives IF:10.1Q1 DOI:10.1289/EHP15503 PMID:40315424	研究论文	研究探讨了围产期暴露于铅或邻苯二甲酸二乙基己酯对小鼠心脏DNA甲基化和基因表达的性别特异性影响	首次研究了心脏转录组和表观基因组在雄性和雌性小鼠生命周期中的变化，以及早期化学暴露对这种编程的影响	需要进一步研究来确认表观遗传和转录差异如何影响心血管健康，特别是在老年时心血管疾病风险显著增加的情况下	研究围产期暴露于铅或邻苯二甲酸二乙基己酯对心脏DNA甲基化和基因表达的影响	小鼠	表观遗传学	心血管疾病	增强型简化代表性亚硫酸氢盐测序(ERRBS), RNA-Seq	NA	DNA甲基化数据, 基因表达数据	每组每个性别至少5只小鼠，分别在3周、5个月和10个月龄时收集心脏样本
57	2025-06-19	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Macrophage-Endothelial Cell Crosstalk in Viral Myocarditis 2025-Jun, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.70440 PMID:40525609	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示了病毒性心肌炎中巨噬细胞与内皮细胞的相互作用	首次使用单细胞RNA测序技术系统分析了病毒性心肌炎中免疫细胞与基质细胞的相互作用，特别是发现了巨噬细胞通过VEGFA信号通路促进血管生成的心脏保护机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	阐明病毒性心肌炎中免疫细胞与基质细胞的相互作用机制	CVB3诱导的病毒性心肌炎小鼠模型	单细胞组学	心肌炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠疾病模型	单细胞转录组数据	不同时间点的病毒感染小鼠心脏组织和外周血单个核细胞(PBMCs)
58	2025-06-19	Single-Cell Analysis Reveals Fibroblast-Derived Migrasomes as CXCL12 Carriers Promoting Skin Wound Repair 2025-Jun, Journal of extracellular vesicles IF:15.5Q1 DOI:10.1002/jev2.70112 PMID:40527746	research paper	该研究揭示了成纤维细胞来源的迁移体作为CXCL12载体促进皮肤伤口修复的机制	首次报道了迁移体在组织修复中的作用，并发现其通过传递CXCL12促进伤口愈合	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体临床试验中验证	探究迁移体在皮肤伤口修复中的作用及其机制	人类和大鼠皮肤、口腔黏膜中的成纤维细胞及迁移体	细胞生物学	皮肤创伤	超分辨率共聚焦显微镜、聚焦离子束扫描电子显微镜、多重免疫荧光染色、活细胞成像、单细胞测序	NA	显微镜图像、测序数据	人类和大鼠皮肤及口腔黏膜样本
59	2025-06-19	Identification of core genes in acute kidney injury: evidence from multi-omics human transcriptomic data and in vivo models 2025-May-30, Translational andrology and urology IF:1.9Q3 DOI:10.21037/tau-2024-677 PMID:40529024	研究论文	通过整合多组学数据和实验验证，识别急性肾损伤（AKI）的核心基因并探索其机制	结合多组学数据与实验验证，首次揭示了SUGCT在AKI中的关键作用及其与线粒体代谢和免疫平衡的关联	样本量相对较小（67例AKI患者和20例对照），且仅在小鼠模型中进行了验证	识别AKI的核心基因并探索其机制，为诊断和治疗提供潜在靶点	急性肾损伤（AKI）患者和小鼠模型	生物信息学	急性肾损伤	RNA-seq, WGCNA, CIBERSORT, RT-qPCR, Western blot, 免疫组化, snRNA-seq, 空间转录组学	nomogram模型	转录组数据	67例AKI患者和20例对照
60	2025-06-19	Development of a prognostic model for overall survival in neuroblastoma based on Schwann cell-specific genes, clinical predictors, and MYCN amplification 2025-May-30, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-2048 PMID:40530123	research paper	开发了一个基于雪旺细胞特异性基因、临床预测因子和MYCN扩增的神经母细胞瘤总体生存预后模型	首次整合了肿瘤微环境中的特定细胞类型（雪旺细胞）基因表达、临床因素和分子标记来预测神经母细胞瘤的总体生存	模型在测试集中的表现（AUC=0.777）略低于训练集（AUC=0.832），可能需要进一步验证	提高神经母细胞瘤患者总体生存预测的准确性和临床相关性	神经母细胞瘤患者	digital pathology	neuroblastoma	scRNA-seq, WGCNA, UMAP, Cox回归分析	预后预测模型	基因表达数据、临床数据	训练集238例（GEO数据库），测试集106例（TARGET数据库），单细胞数据16例患者（160,910个细胞）