单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-08-11	Thor: a platform for cell-level investigation of spatial transcriptomics and histology 2025-Aug-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62593-1 PMID:40764306	研究论文	介绍了一个名为Thor的综合平台，用于细胞级别的空间转录组学和组织学图像分析	Thor平台采用抗收缩马尔可夫扩散方法从点级数据推断单细胞空间转录组，有效结合基因表达和细胞形态	未提及具体样本量的限制或数据类型的局限性	开发一个能够整合空间转录组学和组织学图像分析的平台	空间转录组学数据和组织学图像	数字病理学	心力衰竭、乳腺癌	空间转录组学技术（ISH、MERFISH、Xenium、Stereo-seq）	抗收缩马尔可夫扩散方法	基因表达数据、图像数据	NA
42	2025-08-11	Role of T cell exhaustion and tissue-resident memory T cells in the expression and prognosis of colorectal cancer 2025-Aug-05, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-14409-x PMID:40764738	研究论文	探讨T细胞耗竭和组织驻留记忆T细胞在结直肠癌表达和预后中的作用	首次通过单细胞测序数据分析了结直肠癌患者T细胞亚型的免疫景观，并揭示了Tex和pf-Trm细胞在不同临床阶段的功能变化	研究主要基于单细胞测序和流式细胞术数据，未涉及体内功能验证实验	阐明T细胞耗竭和组织驻留记忆T细胞在结直肠癌发展和预后中的作用	结直肠癌患者的T细胞亚群	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞测序, 流式细胞术	NA	单细胞测序数据, 流式细胞术数据, TCGA数据库	结直肠癌患者临床队列
43	2025-08-11	Epithelial characteristics of ovarian clear cell carcinoma at single-cell resolution 2025-Aug-05, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08617-4 PMID:40764744	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，建立了卵巢透明细胞癌(OCCC)的转录组图谱，并分析了恶性上皮细胞的特性	首次在单细胞分辨率下描绘了OCCC的恶性上皮细胞特征，并鉴定了173个与OCCC相关的候选因子及6个关键转录因子	样本量相对有限，且主要关注转录组层面的变化，未涉及蛋白质组或表观遗传学的深入分析	探究卵巢透明细胞癌中恶性上皮细胞的分子特征及其在癌症发生和复发中的作用	正常卵巢组织、卵巢子宫内膜异位症组织、原发性OCCC组织和复发性OCCC组织	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	未明确说明具体样本数量，包含多种卵巢组织类型
44	2025-08-11	Hyperactivation of the m6A demethylase FTO to down-regulate SLC7A11/xCT-mediated redox homeostasis and epigenetic remodeling in facial infiltrating lipomatosis 2025-Aug-05, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2025.08.001 PMID:40769313	研究论文	本研究探讨了FTO介导的m6A去甲基化在面部浸润性脂肪瘤病（FIL）中的作用机制及其通过SLC7A11/GSH/SIRT6轴调控脂肪生成的分子途径	首次揭示了FTO通过m6A依赖性抑制SLC7A11，破坏氧化还原平衡并调控SIRT6-H3K9ac介导的表观遗传重编程以促进脂肪生成的机制	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人体临床试验中验证	探索FIL的分子机制并寻找潜在治疗靶点	面部浸润性脂肪瘤病（FIL）的脂肪组织和脂肪干细胞及前体细胞（ASPCs）	分子生物学	面部浸润性脂肪瘤病	Western blotting, qPCR, 免疫组化, 单细胞RNA测序, MeRIP-seq, RIP-qPCR, 荧光素酶报告基因检测, ATAC-seq, ChIP-qPCR	异种移植模型, AAV8介导的SLC7A11过表达模型	分子生物学数据, 表观遗传学数据	未明确说明样本数量
45	2025-08-11	Single-cell RNA-sequencing as a potential approach for studying intratumor heterogeneity in pleural mesothelioma 2025-Aug-05, Lung cancer (Amsterdam, Netherlands) DOI:10.1016/j.lungcan.2025.108679 PMID:40782703	research paper	该研究旨在利用单细胞RNA测序技术研究胸膜间皮瘤的肿瘤内异质性	使用单细胞RNA测序技术对多部位肿瘤样本进行肿瘤内异质性分析	研究样本为罕见且致死率高的胸膜间皮瘤，样本获取可能受限	探索胸膜间皮瘤治疗反应差的原因	胸膜间皮瘤的多部位肿瘤样本	digital pathology	lung cancer	scRNA-seq	NA	RNA-seq data	NA
46	2025-08-11	PTEN restrains SHH medulloblastma growth through cell autonomous and nonautonomous mechanisms 2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.31.667996 PMID:40766638	research paper	该研究探讨了PTEN基因通过细胞自主和非自主机制抑制SHH型髓母细胞瘤生长的作用	揭示了PTEN基因在SHH型髓母细胞瘤中的双重作用机制，包括细胞自主和非自主效应	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	阐明PTEN基因在SHH型髓母细胞瘤生长调控中的作用机制	SHH型髓母细胞瘤小鼠模型和小脑颗粒细胞前体细胞(GCPs)	癌症生物学	髓母细胞瘤	scRNA-seq	小鼠肿瘤模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多种基因型小鼠模型
47	2025-08-11	Adverse prognosis gene expression patterns in metastatic castration-resistant prostate cancer 2025-Aug, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.70001 PMID:39985777	研究论文	本研究通过分析1012个mCRPC组织样本，探讨了基因表达通路与临床结果及肿瘤异质性的关联	首次全面分析了mCRPC中预后不良的基因表达通路，并识别了五个关键通路簇	生存数据仅来自272名患者，样本量相对有限	探索mCRPC中基因表达通路与临床预后的关系	769名患者的1012个mCRPC组织样本	数字病理学	前列腺癌	scRNA-seq, 基因集变异分析	NA	基因表达数据	1012个组织样本（来自769名患者）
48	2025-08-11	Spatial transcriptomics reveals human cortical layer and area specification 2025-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09010-1 PMID:40369074	研究论文	利用MERFISH技术和深度学习核分割方法，研究人类胎儿皮层分子、细胞和细胞结构的发育，揭示皮层分层和区域特化的早期建立过程	发现皮层区域特化的两种不同模式，挑战了中孕期皮层区域化仅涉及梯度样转变的观点	研究仅涵盖胎儿发育阶段，未涉及出生后皮层发育	探究人类大脑皮层分层和区域特化的分子基础	人类胎儿皮层	数字病理学	NA	MERFISH, 单核RNA测序	深度学习	空间转录组数据	超过1800万个单细胞，涵盖7个发育时间点的8个皮层区域
49	2025-08-11	Taurine from tumour niche drives glycolysis to promote leukaemogenesis 2025-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09018-7 PMID:40369079	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了骨髓基质微环境中的牛磺酸-牛磺酸转运体(TAUT)轴在促进白血病干细胞(LSCs)生长和白血病发生中的关键作用	首次系统性地描绘了白血病进展过程中基质信号的动态变化，并鉴定出牛磺酸作为髓系恶性肿瘤的关键调节因子	研究主要聚焦于髓系白血病，对其他类型白血病的适用性尚需验证	探索骨髓微环境信号在白血病发生发展中的作用机制	白血病干细胞(LSCs)和骨髓基质细胞	肿瘤微环境研究	急性髓系白血病(AML)	单细胞RNA测序(scRNA-seq), CRISPR筛选, 多组学分析	TAUT基因功能缺失小鼠模型	单细胞转录组数据, 患者来源的AML细胞数据	患者来源的AML细胞和小鼠模型
50	2025-08-11	Association of DNA damage response signals and oxidative stress status with nivolumab efficacy in patients with Head and Neck Squamous Cell Carcinoma 2025-Aug, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03032-2 PMID:40410274	研究论文	研究DNA损伤反应信号和氧化应激状态与头颈部鳞状细胞癌患者对nivolumab疗效的关联	首次在头颈部鳞状细胞癌患者中，通过外周血单核细胞（PBMCs）测量DNA损伤反应信号和氧化应激状态，发现这些指标与免疫检查点抑制剂的疗效相关	样本量较小（50名患者），需要进一步验证	探索DNA损伤反应信号和氧化应激状态作为预测头颈部鳞状细胞癌患者对nivolumab疗效的生物标志物	头颈部鳞状细胞癌患者和健康对照者的外周血单核细胞（PBMCs）及组织活检样本	肿瘤免疫学	头颈部鳞状细胞癌	空间转录组学	NA	RNA原位数据和PBMCs测量数据	50名头颈部鳞状细胞癌患者和26名健康对照者
51	2025-08-11	Temporal control of progenitor competence shapes maturation in GABAergic neuron development in mice 2025-Aug, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01999-y PMID:40629142	研究论文	本研究探讨了小鼠胚胎中GABA能神经元发育过程中祖细胞能力的时间控制如何影响其成熟和分化	揭示了神经发生的时间进程如何影响神经节隆起祖细胞的成熟能力，以及染色质重塑和转录因子NFIB及其靶基因如何调控晚期出生神经元的成熟能力	研究仅限于小鼠模型，未涉及其他物种	理解GABA能神经元发育过程中祖细胞能力的时间控制机制	小鼠胚胎中的GABA能投射神经元和中间神经元	神经发育生物学	NA	单细胞转录组学、染色质可及性分析、谱系追踪、出生日期标记、跨发育阶段移植和扰动测序	NA	转录组数据、染色质可及性数据	小鼠胚胎
52	2025-08-11	A molecular cell atlas of mouse lemur, an emerging model primate 2025-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09113-9 PMID:40739356	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术创建了小鼠狐猴的转录组图谱，定义了超过750种分子细胞类型及其基因表达谱	首次系统地描述了小鼠狐猴的细胞和分子生物学特征，并发现了数十种以前未识别或描述不足的细胞类型	研究仅基于四只捐赠者的样本，样本量相对有限	为研究这种新兴的灵长类模型生物提供细胞和分子基础	小鼠狐猴的27个器官中的226,000个细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA测序（droplet-based和plate-based）	NA	转录组数据	来自四只小鼠狐猴捐赠者的27个器官中的226,000个细胞
53	2025-08-11	Mouse lemur cell atlas informs primate genes, physiology and disease 2025-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09114-8 PMID:40739355	研究论文	该研究通过大规模单细胞RNA测序构建了鼠狐猴细胞图谱，揭示了其基因、生理和疾病特征	首次构建了鼠狐猴的细胞图谱，发现了数千个新基因和剪接位点，并系统探索了其免疫系统特征	研究主要基于鼠狐猴，结果向其他灵长类动物的推广性需要进一步验证	探索鼠狐猴的基因特征、生理功能和疾病机制	鼠狐猴的27个器官的细胞	基因组学	子宫内膜癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	27个器官的细胞
54	2025-08-11	Multi-omics profiling identifies TNFRSF18 as a novel marker of exhausted CD8⁺ T cells and reveals tumour-immune dynamics in colorectal cancer 2025-Aug, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70425 PMID:40770837	研究论文	该研究通过多组学分析揭示了结直肠癌(CRC)中CD8⁺ T细胞耗竭的动态模式及其与肿瘤免疫逃逸的关系	首次发现TNFRSF18作为CD8⁺ T细胞耗竭的新标志物，并揭示了核糖体干性在肿瘤免疫逃逸中的作用	样本量较小(仅6名患者)，需要在更大队列中验证	探究结直肠癌中CD8⁺ T细胞耗竭的动态演变及其临床意义	结直肠癌患者肿瘤组织和癌旁组织中的CD8⁺ T细胞	肿瘤免疫学	结直肠癌	scRNA-seq, scVDJ-seq, 空间转录组学, 免疫荧光	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 免疫组化数据	6名CRC患者的20个组织样本(涵盖不同TNM分期)
55	2025-08-11	scCOSMIX: A Mixed-Effects Framework for Differential Coexpression and Transcriptional Interactions Modeling in Single-Cell RNA-Seq 2025-Aug, Statistics in medicine IF:1.8Q1 DOI:10.1002/sim.70213 PMID:40772737	研究论文	本文提出了一种混合效应框架scCOSMiX，用于在单细胞RNA测序数据中建模差异共表达和转录相互作用	scCOSMiX框架考虑了单细胞实验中常见的多主体层次设计，通过基于copula的方法允许零膨胀、边缘和关联参数作为协变量的函数建模，并包含主体级随机效应	未明确提及具体局限性	开发一个能够系统研究单细胞分辨率下基因-基因相互作用的统计框架	单细胞RNA测序数据中的基因共表达和转录相互作用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	混合效应模型	基因表达数据	两个scRNA-seq数据集(GSE266919和GSE108989)
56	2025-08-11	CXCL16 Producing Tumor Clones Are Shaping Immunosuppressive Microenvironment in Squamous Cell Carcinoma via CXCR6 Regulatory T Cell 2025-Aug, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.71060 PMID:40776410	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组分析，揭示了鳞状细胞癌中CXCL16产生肿瘤克隆通过CXCR6调节性T细胞塑造免疫抑制微环境的机制	首次发现SCC特异性COL6A1+/ITGA5+癌细胞产生CXCL16，并通过CXCL16/CXCR6轴招募Tregs形成免疫抑制微环境	样本量较小（5例BCC、3例SCCIS和2例SCC），需要更大规模验证	探究鳞状细胞癌肿瘤演化的详细机制和免疫微环境形成	皮肤鳞状细胞癌（cSCC）和基底细胞癌（BCC）	肿瘤免疫学	鳞状细胞癌	scRNA-seq, TCR克隆分析, 空间转录组分析(GeoMx DSP)	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	5例BCC、3例SCCIS和2例SCC样本，共计117,663个细胞
57	2025-08-11	Molecular Subtypes and Risk Prediction Model Based on Malignant Cell Differentiation Trajectories in Breast Cancer 2025-Aug, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70680 PMID:40778650	研究论文	基于乳腺癌恶性细胞分化轨迹的分子亚型和风险预测模型研究	整合单细胞RNA-seq、空间转录组和大块RNA-seq数据，构建了新的乳腺癌分层系统和预后模型	模型的预测准确度中等（AUC=0.708），需要进一步验证	解析乳腺癌的分子景观，开发新的分子分层和预后预测方法	乳腺癌患者及其恶性细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA-seq、空间转录组、大块RNA-seq	LASSO回归	RNA-seq数据	1097例TCGA-BRCA队列样本和2493个恶性位点
58	2025-08-11	Tranquillyzer: A Flexible Neural Network Framework for Structural Annotation and Demultiplexing of Long-Read Transcriptomes 2025-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.25.666829 PMID:40766630	research paper	介绍了一种名为Tranquillyzer的灵活神经网络框架，用于长读长转录组的结构注释和解复用	采用混合神经网络架构和全局上下文感知设计，能够精确识别结构元素，即使在元素移位、部分降解或由于测序噪声或文库构建变异性重复时也能处理	未明确提及具体限制，但可能依赖于用户定义的标签模式进行训练，且需要标准GPU支持	开发一个灵活、可扩展的框架，用于处理长读长单细胞RNA测序数据	长读长单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	Oxford Nanopore Technologies (ONT) 长读长单细胞RNA测序	混合神经网络	RNA测序数据	NA
59	2025-08-11	Impact of integration on persistent homology clustering and biological signal detection in scRNA-seq data 2025-Jul-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.24.666637 PMID:40766507	研究论文	本研究探讨了在单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中，数据整合对持久同调聚类和生物信号检测的影响	利用拓扑数据分析（TDA）中的持久同调（PH）技术，为高维数据中的结构模式提供了一个变形不变的框架，并评估了数据整合对拓扑特征和生物可解释性的影响	研究仅基于八种组织类型的scRNA-seq数据集，可能无法涵盖所有生物条件和实验协议	评估数据整合对scRNA-seq数据拓扑特征和生物信号检测的影响	八种组织类型的scRNA-seq数据集	生物信息学	NA	scRNA-seq, 持久同调（PH）	NA	scRNA-seq数据	八种组织类型的scRNA-seq数据集
60	2025-08-11	Integrating 12 Spatial and Single Cell Technologies to Characterise Tumour Neighbourhoods and Cellular Interactions in three Skin Cancer Types 2025-Jul-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.25.666708 PMID:40766555	研究论文	整合12种空间和单细胞技术，对三种皮肤癌类型的肿瘤微环境和细胞相互作用进行表征	首次整合12种互补的空间单细胞技术，构建正交验证的细胞特征、空间图谱和相互作用组，并发现CD44-FGF2作为潜在治疗靶点	研究主要聚焦于三种皮肤癌类型，可能不适用于其他癌症类型	深入理解皮肤癌微环境及其细胞相互作用	皮肤鳞状细胞癌(cSCC)、基底细胞癌(BCC)和黑色素瘤	数字病理学	皮肤癌	空间转录组学、蛋白质组学、糖组学、Opal Polaris、RNAScope、邻近连接分析	NA	空间单细胞数据、遗传关联数据	超过500,000个体的遗传关联数据