单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-07-23	Single cell immune profiling in ankylosing spondylitis reveals resistance of CD8+ T cells to immune exhaustion 2025-Jul-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112715 PMID:40687839	研究论文	本文通过单细胞免疫分析揭示了强直性脊柱炎中CD8+ T细胞对免疫耗竭的抵抗机制	发现了一种在强直性脊柱炎滑液中克隆扩增的CTL亚群，该亚群表达抑制性受体但保持效应功能，且下调了典型的耗竭标志物	研究样本仅限于强直性脊柱炎患者，未涉及其他慢性炎症性疾病	探究强直性脊柱炎中T细胞耗竭抵抗的机制	强直性脊柱炎患者的CD8+ T细胞	免疫学	强直性脊柱炎	质谱流式细胞术和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞基因表达数据和蛋白质表达数据	NA
42	2025-07-23	Integrative spatial omics reveals distinct tumor-promoting multicellular niches and immunosuppressive mechanisms in Black American and White American patients with TNBC 2025-Jul-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61034-3 PMID:40675986	研究论文	本研究通过整合空间组学技术，揭示了非裔美国人和白人三阴性乳腺癌患者中不同的肿瘤促进多细胞生态位和免疫抑制机制	首次结合成像质谱流式和空间转录组学，系统比较了不同种族TNBC患者的肿瘤微环境差异	样本量相对有限，且仅针对美国黑人和白人患者群体	探究三阴性乳腺癌临床结局种族差异的生物学机制	自我认同为非裔美国人(BA)和白人(WA)的三阴性乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	成像质谱流式、空间转录组学	NA	空间多组学数据	BA和WA TNBC患者队列
43	2025-07-23	Chronic alcohol consumption enhances the differentiation capacity of hematopoietic stem and progenitor cells into osteoclast precursors 2025-Jul-17, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2025.06.010 PMID:40683559	研究论文	研究长期酒精摄入如何增强造血干细胞和祖细胞向破骨细胞前体的分化能力	首次揭示了长期酒精摄入通过改变造血干细胞和祖细胞的转录组和表观基因组，增强其向破骨细胞前体的分化能力	研究基于恒河猴模型，结果是否适用于人类需进一步验证	探究长期酒精摄入对造血干细胞和祖细胞向破骨细胞分化的影响	造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及其分化的破骨细胞	细胞生物学	骨质疏松症	光谱流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	恒河猴自愿乙醇摄入模型	细胞、基因表达数据	恒河猴模型中的HSPCs
44	2025-07-23	Barcoded monoclonal embryoids are a potential solution to confounding bottlenecks in mosaic organoid screens 2025-Jul-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.23.655669 PMID:40475436	研究论文	探讨使用条形码单克隆胚胎体解决嵌合体器官筛选中的混杂瓶颈问题	开发了一种可扩展的方案，通过单克隆来源和遗传条形码标记的胚胎体来更好地量化转录因子扰动的影响	生物重复间的结果不可重复性，以及EB分化过程中的细胞瓶颈限制了统计功效	加速基因组学与发育生物学交叉领域的发现	小鼠胚胎干细胞（mESCs）和胚胎体（EBs）	发育生物学	NA	CRISPR筛选、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	NA
45	2025-07-23	PIEZO1 Overexpression in Hereditary Hemorrhagic Telangiectasia Arteriovenous Malformations 2025-Jul-16, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.073630 PMID:40665909	研究论文	本研究探讨了PIEZO1在遗传性出血性毛细血管扩张症动静脉畸形中的过度表达及其作用机制	发现PIEZO1在ALK1缺陷型内皮细胞中表达和信号传导升高，并通过遗传和药理学抑制PIEZO1减轻动静脉畸形形成	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究ALK1变异导致的信号传导改变及寻找更有效的动静脉畸形治疗靶点	ALK1敲除小鼠视网膜内皮细胞和人类2型遗传性出血性毛细血管扩张症病变组织	血管生物学	遗传性出血性毛细血管扩张症	单细胞RNA测序	Alk1敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量
46	2025-07-23	Excitatory synaptic transmission is differentially modulated by opioid receptors along the claustro-cingulate pathway 2025-Jul-16, eNeuro IF:2.7Q3 DOI:10.1523/ENEURO.0219-25.2025 PMID:40670155	research paper	研究阿片受体如何调节前扣带回皮层（ACC）与屏状核（CLA）之间的谷氨酸能信号传导	揭示了KOR、MOR和DOR阿片受体在CLA-ACC通路中对兴奋性突触传递的不同调节作用，特别是KOR的独特作用	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他动物模型	探索阿片受体如何调节控制疼痛和情绪的脑回路	小鼠的CLA-ACC神经回路	神经科学	疼痛和情绪障碍	空间转录组学、脑片电生理学、光遗传学和药理学方法	NA	电生理数据	小鼠（性别未明确说明数量）
47	2025-07-23	Cluster-independent multiscale marker identification in single-cell RNA-seq data using localized marker detector (LMD) 2025-Jul-16, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08485-y PMID:40670619	研究论文	介绍了一种名为局部标记检测器（LMD）的新工具，用于在单细胞RNA-seq数据中识别细胞标记，以多分辨率和细粒度的方式表征细胞多样性	LMD通过构建细胞-细胞亲和图并在细胞图上扩散基因表达值，基于扩散动力学为每个基因分配分数，从而识别'局部基因'，这些基因在高度相似的细胞群中特异性表达	NA	开发一种工具来准确识别单细胞RNA-seq数据中的细胞标记，以更好地理解细胞多样性和功能	小鼠骨髓和毛囊真皮凝聚物数据集中的单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	局部标记检测器（LMD）	基因表达数据	十个单细胞RNA测序数据集，包括小鼠骨髓和毛囊真皮凝聚物数据集
48	2025-07-23	SMURF Reconstructs Single-Cells from Visium HD Data to Reveal Zonation of Transcriptional Programs in the Intestine 2025-Jul-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.28.656357 PMID:40502153	研究论文	本文介绍了一种名为SMURF的新型软分割算法，用于将空间转录组学数据中的mRNA映射到单个细胞，并揭示了肠道中基因表达程序的区域化	开发了SMURF算法，能够将mRNA从条形码捕获点映射到附近的细胞核，并将复杂组织结构中的细胞展开到标准笛卡尔坐标系中	未明确提及算法的适用范围或与其他方法的比较	研究肠道中基因表达程序的区域化及其调控机制	肠道中的细胞及其基因表达程序	空间转录组学	NA	空间转录组学	SMURF算法	空间转录组数据	未明确提及具体样本数量
49	2025-07-23	cytoKernel: robust kernel embeddings for assessing differential expression of single cell data 2025-Jul-14, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf399 PMID:40658464	研究论文	介绍了一种基于核嵌入的稳健方法cytoKernel，用于评估单细胞数据的差异表达	利用核嵌入方法评估单细胞RNA测序和高维流式或质谱流式数据的全概率分布模式，能够检测到传统方法忽略的多模态特征变化	未提及具体局限性	开发一种更全面的单细胞数据差异表达分析方法	单细胞RNA测序和高维流式或质谱流式数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序, 质谱流式	核嵌入方法	单细胞RNA测序数据, 质谱流式数据	模拟和真实数据集（未提供具体数量）
50	2025-07-23	Interleukin-27-producing cells in gram-negative neonatal sepsis display diverse phenotypes and functions in the liver 2025-Jul-14, ImmunoHorizons DOI:10.1093/immhor/vlaf026 PMID:40682363	研究论文	研究揭示了在革兰氏阴性新生儿败血症中，肝脏内产生IL-27的细胞具有多样化的表型和功能	首次在单细胞水平上分析了新生儿败血症中IL-27产生细胞的表型和功能多样性	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究新生儿败血症中IL-27产生细胞的特性及其在疾病中的作用	新生儿败血症小鼠模型中的IL-27产生细胞	免疫学	新生儿败血症	流式细胞术、单细胞RNA测序	IL-27p28eGFP报告基因小鼠	单细胞转录组数据	使用表达荧光素酶的K1-荚膜大肠杆菌感染的新生儿败血症小鼠模型
51	2025-07-23	Inhibition of Glutamine Metabolism Attenuates Tumor Progression Through Remodeling of the Macrophage Immune Microenvironment 2025-Jul-13, Advanced biology IF:3.2Q3 DOI:10.1002/adbi.202400738 PMID:40653724	研究论文	该研究探讨了通过抑制谷氨酰胺代谢来重塑巨噬细胞免疫微环境，从而减缓肿瘤进展的效果	开发了一种选择性在癌组织中生物激活的谷氨酰胺拮抗剂前药JHU083，并发现其不仅能直接靶向依赖谷氨酰胺的癌细胞，还能改变M1/M2巨噬细胞的比例，促进免疫刺激微环境	研究仅使用了小鼠肿瘤模型，尚未在人体中进行验证	评估谷氨酰胺拮抗剂对肿瘤细胞和免疫微环境的影响	小鼠肿瘤模型和巨噬细胞	癌症治疗	肿瘤	单细胞RNA测序	小鼠肿瘤模型	基因表达数据	两种免疫完整的小鼠癌症模型
52	2025-07-23	Protocol for predicting single- and multiple-dose-dependent gene expression using deep generative learning 2025-Jul-11, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103932 PMID:40650899	研究论文	本文提出了一种使用深度生成学习预测单剂量和多剂量依赖性基因表达的协议	开发了scVIDR（单细胞剂量反应变分推断）模型，这是一种专门用于模拟单细胞基因表达对化学剂量依赖扰动的VAE	需要依赖Docker容器化应用来访问代码和数据，可能对部分用户造成技术门槛	预测单细胞在化学剂量扰动下的基因表达变化	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	VAE（变分自编码器）	基因表达数据	NA
53	2025-07-23	Shared Lineage, Distinct Outcomes: Yap and Taz Loss Differentially Impact Schwann and Olfactory Ensheathing Cell Development Without Disrupting GnRH-1 Migration 2025-Jul-09, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.70057 PMID:40631762	research paper	本研究探讨了Yap和Taz缺失对雪旺细胞和嗅觉鞘细胞发育的不同影响，以及这些变化对GnRH-1神经元迁移的影响	揭示了Yap和Taz在嗅觉鞘细胞和雪旺细胞发育中的不同作用，并发现这些变化不影响GnRH-1神经元的迁移	研究仅基于小鼠模型，结果可能无法完全适用于人类	探究Yap和Taz在神经嵴衍生物发育中的作用及其对嗅觉系统和GnRH-1神经元迁移的影响	小鼠胚胎鼻组织中的嗅觉鞘细胞、雪旺细胞和GnRH-1神经元	developmental biology	NA	单细胞RNA测序	Sox10-Cre小鼠模型	RNA测序数据	小鼠胚胎鼻组织
54	2025-07-23	OmicsTweezer: A distribution-independent cell deconvolution model for multi-omics Data 2025-Jul-08, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100950 PMID:40675159	研究论文	开发了一种名为OmicsTweezer的分布无关细胞反卷积模型，用于多组学数据的细胞类型比例估计	通过结合最优传输和深度学习，OmicsTweezer在共享潜在空间中对齐模拟和真实数据，有效缓解数据偏移和组学间分布差异	NA	研究组织微环境和疾病中的细胞类型比例	多组学数据（包括RNA-seq、蛋白质组学和空间转录组学）	生物信息学	前列腺癌和结肠癌	RNA-seq、蛋白质组学、空间转录组学	深度学习	多组学数据	模拟和真实世界数据集
55	2025-07-23	Single-cell transcriptomics reveal individual and cooperative effects of trisomy 21 and GATA1s on hematopoiesis 2025-Jul-04, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102577 PMID:40680731	研究论文	通过单细胞转录组学揭示21三体和GATA1s对造血功能的个体及协同效应	揭示了GATA1s如何独立于染色体背景改变谱系特异性转录程序的时间调控，并发现早期多能造血祖细胞中的异质性和谱系启动	研究主要基于体外诱导的多能干细胞和原代细胞，可能无法完全模拟体内环境	解析21三体和GATA1s对造血发育的影响	人类诱导多能干细胞、原代人类胎儿和新生儿细胞	分子生物学	唐氏综合征相关血液疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	未明确提及具体样本数量
56	2025-07-23	Heterogeneous pericoerulear neurons tune arousal and exploratory behaviours 2025-Jul, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08952-w PMID:40335695	research paper	该研究揭示了大脑蓝斑核（LC）周围异质性GABA能神经元在调节觉醒和探索行为中的作用	首次鉴定出LC周围转录、空间和功能多样的GABA能神经元群体，并阐明其通过调节LC放电模式来控制全局觉醒水平和相关行为	研究主要基于小鼠模型，人类相关性的验证仍需进一步研究	探究局部神经调节输入如何控制LC功能及其在觉醒和行为调控中的作用	小鼠蓝斑核（LC）及周围GABA能神经元	神经科学	神经精神疾病	病毒示踪、单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据、神经电生理数据、行为数据	NA（未明确说明样本数量）
57	2025-07-23	MatriCom, a single-cell RNA-sequencing data mining tool to infer cell-extracellular matrix interactions 2025-Jul-01, Journal of cell science IF:3.3Q3 DOI:10.1242/jcs.263927 PMID:40501363	研究论文	介绍了一个名为MatriCom的网络应用和R包，用于从单细胞RNA测序数据推断细胞外基质（ECM）组分之间以及不同细胞群体与ECM之间的通讯	开发了MatriComDB数据库，包含超过25,000个经过整理的涉及基质组分的相互作用，用于从表达数据中推断相互作用，并首次构建了人类肾脏基质通讯网络	NA	推断细胞外基质（ECM）组分之间以及不同细胞群体与ECM之间的通讯	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA测序数据	46个健康成人组织的scRNA-Seq数据集
58	2025-07-23	Dynamic WT1 expression during gastrulation specifies peritoneal smooth muscle fate independently of mesothelial fate 2025-Jul-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204332 PMID:40554754	研究论文	本研究揭示了WT1在小鼠原肠胚形成过程中动态表达，独立于间皮细胞命运指定腹膜平滑肌细胞命运的新机制	首次发现WT1在原肠胚形成阶段表达，并独立于间皮细胞形成指定平滑肌细胞命运	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他物种中验证	探究WT1在平滑肌细胞发育谱系中的作用机制	小鼠胚胎发育过程中的平滑肌前体细胞	发育生物学	NA	他莫昔芬诱导的遗传谱系追踪、单细胞RNA测序、共聚焦显微镜	NA	基因表达数据、显微镜图像	小鼠胚胎（E7.5-E12.5阶段）
59	2025-07-23	Alevin-fry-atac enables rapid and memory frugal mapping of single-cell ATAC-seq data using virtual colors for accurate genomic pseudoalignment 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf234 PMID:40662809	research paper	介绍了一种新的伪对齐方案，用于快速且内存高效地处理单细胞ATAC-seq数据	提出了一种基于'虚拟颜色'的改进伪对齐方案，显著提高了处理速度和内存效率	未提及具体的技术局限性	开发一种快速、内存高效且准确的单细胞ATAC-seq数据处理方法	单细胞ATAC-seq数据	生物信息学	NA	单细胞ATAC-seq	伪对齐算法	基因组序列数据	NA
60	2025-07-23	Prediction of gene regulatory connections with joint single-cell foundation models and graph-based learning 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf217 PMID:40662821	研究论文	提出了一种名为scRegNet的新框架，利用单细胞基础模型和基于图的联合学习进行基因调控链接预测	结合大规模预训练的单细胞基础模型（scFMs）和基于图的联合学习，显著提高了基因调控链接预测的准确性和鲁棒性	监督学习方法需要大量已知的TF-DNA结合数据，这些数据实验成本高且数量有限	解决基因调控链接预测问题，提高基因调控网络（GRN）推断的准确性和可靠性	单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据和转录因子-DNA结合数据	机器学习	NA	scRNA-seq	scFMs, 基于图的学习	基因表达数据	七个scRNA-seq基准数据集