单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-06-14	C5a/C5aR pathway blocking promoted CuS-mediated cancer therapy effect by inhibiting cuproptosis resistance 2025-Jun-08, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011472 PMID:40484643	研究论文	本研究探讨了C5a/C5aR通路在乳腺癌中对铜死亡抵抗的作用，并提出了一种结合CuS纳米颗粒和C5a受体拮抗剂的新型治疗策略	首次证明了C5a/C5aR通路通过Wnt/β-catenin通路上调ATP7B表达介导铜死亡抵抗，并提出了克服该抵抗的联合治疗策略	研究主要基于体外和动物模型，临床转化效果尚需验证	探究乳腺癌中铜死亡抵抗机制并开发新型治疗策略	乳腺癌细胞和动物模型	癌症治疗	乳腺癌	单细胞RNA测序、RNA测序、生物信息学分析、ELISA、Western blot、实时定量PCR	异种移植小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明具体样本数量，涉及体外细胞实验和动物模型
42	2025-06-14	Targeting TBK1 potentiates oncolytic virotherapy via amplifying ICAM1-mediated NK cell immunity in chemo-resistant colorectal cancer 2025-Jun-08, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011455 PMID:40484646	研究论文	本研究探讨了在化疗耐药结直肠癌中，通过靶向TBK1增强溶瘤病毒治疗的疗效，特别是通过放大ICAM1介导的NK细胞免疫	揭示了TBK1抑制剂与溶瘤病毒联合治疗在化疗耐药结直肠癌中的协同作用机制，特别是通过ICAM1激活NK细胞	研究主要基于体外、体内和患者来源的类器官模型，临床样本验证仍需进一步研究	探索化疗耐药结直肠癌对溶瘤病毒治疗的敏感性及TBK1抑制剂的作用机制	化疗耐药结直肠癌细胞、患者来源的类器官模型和临床样本	肿瘤免疫治疗	结直肠癌	RNA测序分析、免疫组织化学、单细胞RNA测序、流式细胞术、体内中和实验	体外、体内和患者来源的类器官模型	基因表达数据、免疫细胞表型数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多种模型和临床样本
43	2025-06-14	Preclinical and clinical evaluation of intratumoral injection of an IL-12 expressing SKV-012 oncolytic virus for advanced solid tumors 2025-Jun-08, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011642 PMID:40484644	研究论文	评估表达IL-12的溶瘤病毒SKV-012在晚期实体瘤中的临床前和临床效果	SKV-012是一种新型工程化溶瘤病毒，结合了溶瘤疱疹病毒和IL-12，能够重塑肿瘤微环境并增强抗肿瘤免疫反应	样本量较小，且仅为I期临床试验，需进一步验证其安全性和有效性	评估SKV-012在晚期实体瘤中的安全性和有效性	晚期实体瘤患者和动物模型	肿瘤免疫治疗	晚期实体瘤	溶瘤病毒疗法、多路免疫组化、单细胞转录组分析	NA	临床数据、实验数据	I期临床试验中的患者（具体数量未明确提及）和动物模型
44	2025-06-14	OrthologAL: a Shiny application for quality-aware humanization of non-human pre-clinical high-dimensional gene expression data 2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf311 PMID:40392208	research paper	介绍了一个名为OrthologAL的Shiny应用程序，用于将非人类临床前高维基因表达数据质量感知地转换为人类同源基因数据	开发了OrthologAL工具，能够高效地将非人类物种的单细胞、单核及空间转录组数据转换为人类同源基因数据，同时保留原始数据的维度架构	需要依赖BioMart和Ensembl数据库进行基因集访问，可能受限于这些数据库的覆盖范围和更新频率	促进非人类转录组数据的人类同源基因转换，并将药物转录组数据库应用于临床前研究模型	单细胞、单核及空间转录组数据，包括髓母细胞瘤患者源性原位异种移植模型、小鼠和大鼠脊髓损伤模型的数据	生物信息学	髓母细胞瘤、脊髓损伤	单细胞转录组学、空间转录组学	Shiny应用程序	基因表达数据	包括GSE129730、E-MTAB-11720、GSE213240和GSE234774等多个数据集
45	2025-06-14	SLC6A6-Mediated Taurine Uptake Sustains Corneal Epithelial Stem/Progenitor Cell Function to Counteract Age-Related Dysfunction 2025-Jun-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.6.25 PMID:40478558	research paper	本研究探讨了SLC6A6介导的牛磺酸转运在维持角膜缘干细胞/祖细胞功能中的作用及其对年龄相关角膜伤口愈合的影响	揭示了SLC6A6介导的牛磺酸摄取在角膜缘干细胞/祖细胞功能维持中的关键作用，并提出了针对年龄相关角膜疾病的治疗策略	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	阐明SLC6A6介导的牛磺酸转运对角膜缘干细胞/祖细胞功能维持的机制及其在年龄相关角膜功能障碍中的作用	小鼠角膜缘干细胞/祖细胞(LSPCs)和TKE2细胞系	细胞生物学	角膜疾病	LC-MS/MS, 单细胞RNA测序, 定量PCR, 免疫荧光	NA	基因表达数据, 蛋白质数据	C57BL/6J小鼠和TKE2细胞系
46	2025-06-14	Combined spatially resolved metabolomics and spatial transcriptomics reveal the mechanism of RACK1-mediated fatty acid synthesis 2025-Jun, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.13752 PMID:39425259	研究论文	该研究通过结合空间分辨代谢组学和空间转录组学，揭示了RACK1通过AKT/mTOR/SREBP1信号通路促进宫颈癌细胞中脂肪酸合成的机制	首次整合空间分辨代谢组学和空间转录组学技术，揭示了RACK1在宫颈癌细胞脂质合成中的调控作用及其分子机制	研究主要基于体外细胞实验和有限的临床样本，需要更多体内实验和更大样本量验证	探究RACK1在宫颈癌细胞脂质代谢调控中的作用机制	宫颈癌细胞和临床样本	癌症代谢研究	宫颈癌	空间分辨代谢组学、空间转录组学、染色质免疫沉淀、免疫共沉淀、Western blotting	NA	代谢组数据、转录组数据、蛋白质相互作用数据	未明确说明样本数量，使用宫颈癌细胞系和临床样本
47	2025-06-14	Age-Dependent Clonal Expansion of Non-Sperm-Forming Spermatogonial Stem Cells in Mouse Testes 2025-Jun, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70019 PMID:39985763	研究论文	研究探讨了生理衰老对小鼠睾丸中精原干细胞克隆命运行为的影响	揭示了老年小鼠睾丸中非精子形成的精原干细胞克隆的空间扩张现象及其对精子生产和遗传多样性的潜在影响	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他哺乳动物中验证	阐明生理衰老对睾丸开放微环境中精原干细胞克隆命运行为的影响	小鼠睾丸中的精原干细胞	生殖生物学	NA	单细胞RNA测序、谱系追踪和活体实时成像	NA	基因表达数据和影像数据	老年和年轻小鼠的睾丸组织
48	2025-06-14	Single-cell technology grows up: Leveraging high-resolution omics approaches to understand neurodevelopmental disorders 2025-Jun, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2025.102990 PMID:40036988	review	探讨利用单细胞和高通量组学技术研究神经发育障碍的病因	结合突变模型和高通量组学方法，系统性地在细胞分辨率下定义神经发育障碍的病因	需要大规模应用这些技术以最大化洞察并促进可重复性	理解神经发育障碍的病因	神经发育障碍基因突变模型和人类组织	基因组学	神经发育障碍	单细胞和空间转录组学	NA	基因组数据	NA
49	2025-06-14	A Single-Cell Transcriptome Atlas Characterizes the Immune Landscape of Human Testes During Aging 2025-Jun, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70032 PMID:40051066	研究论文	利用单细胞RNA测序技术，研究人类睾丸在衰老过程中的免疫细胞变化	首次在人类睾丸中描述了衰老对免疫细胞的影响，并揭示了与年龄相关的免疫细胞亚型和分子机制的变化	样本量相对较小（33例），且未探讨这些免疫变化对生殖功能的具体影响	理解衰老对人类睾丸免疫细胞的影响及其分子机制	人类睾丸组织	单细胞组学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	33例人类睾丸样本（年龄21-69岁）
50	2025-06-14	Macrophage Subpopulation Promotes Skeletal Muscle Regeneration Through HGF/MET Signaling-Mediated Skeletal Muscle Stem Cell Proliferation 2025-Jun, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70042 PMID:40132988	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了巨噬细胞亚群Mac_1通过HGF/MET信号通路促进骨骼肌干细胞增殖的机制，并探讨了衰老过程中骨骼肌再生能力下降的原因	首次明确了Mac_1巨噬细胞亚群通过HGF/c-Met信号通路调控骨骼肌卫星细胞增殖的具体机制，并发现衰老相关肌肉再生障碍与Mac_1亚群HGF表达下降有关	研究主要基于小鼠模型，人类骨骼肌再生机制可能存在差异；外源性HGF治疗仅部分恢复肌肉再生功能	阐明骨骼肌再生的细胞分子机制，为骨骼肌疾病的防治提供新思路	年轻(8周龄)和老年(24月龄)小鼠的骨骼肌组织、肌肉卫星细胞(MuSCs)和巨噬细胞亚群	细胞生物学	肌肉萎缩症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、3D肌肉类器官模型	小鼠模型、3D器官模型	基因表达数据	年轻和老年小鼠的骨骼肌组织样本
51	2025-06-14	Genetic and genomic insights into male reproductive tract development 2025-Jun, Fertility and sterility IF:6.6Q1 DOI:10.1016/j.fertnstert.2025.03.024 PMID:40174856	综述	本文综述了男性生殖道（MRT）发育的遗传和基因组学见解，重点介绍了单细胞测序带来的细胞类型和细胞过程的新发现	利用单细胞测序技术发现了MRT发育中的新细胞类型和过程，并系统性地整理了与MRT发育相关的表型术语和基因	小鼠数据与人类数据在表型术语和基因关联上存在差异，需要进一步的知识协调	理解MRT发育的遗传基础及其缺陷与成年后医学结果的关系	男性生殖道发育相关的基因和细胞类型	基因组学	男性生殖系统疾病	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	涉及269个独特基因和35个表型术语
52	2025-06-14	Embryological cellular origins and hypoxia-mediated mechanisms in PIK3CA-driven refractory vascular malformations 2025-Jun, EMBO molecular medicine IF:9.0Q1 DOI:10.1038/s44321-025-00235-1 PMID:40234712	研究论文	本研究探讨了PIK3CA驱动的难治性血管畸形的胚胎细胞起源和缺氧介导机制	揭示了Pik3ca在心脏咽中胚层(CPM)中表达导致头颈部血管异常的机制，并通过单细胞RNA测序发现Pik3ca通过HIF介导的缺氧信号上调Vegf-a的表达	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究血管畸形的发病机制，为治疗提供新靶点	小鼠模型和人类血管畸形样本	血管生物学	血管畸形	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体数量，涉及小鼠模型和人类样本
53	2025-06-14	Peripheral blood neutrophils contribute to Claudin18.2-specific CAR-T cell treatment resistance in advanced gastric cancer 2025-Jun, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03015-3 PMID:40246985	研究论文	本研究探讨了中性粒细胞与淋巴细胞比率（NLR）在Claudin18.2特异性CAR-T细胞治疗晚期胃癌中的预后价值，并揭示了治疗抵抗的分子机制	首次发现循环中性粒细胞亚群（NE-3）与疾病进展相关，并揭示了其通过表达促肿瘤因子（如MMP-9）和IL-17信号通路富集介导治疗抵抗的机制	需要进一步验证和探索减轻中性粒细胞诱导的免疫抑制的策略	评估NLR在CAR-T细胞治疗中的预后价值并阐明治疗抵抗的分子机制	接受CLDN18.2特异性CAR-T细胞治疗的晚期胃癌患者	肿瘤免疫治疗	胃癌	单细胞RNA测序	NA	临床数据和单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及接受CAR-T治疗的胃癌患者
54	2025-06-14	Single-cell transcriptomics reveals the interaction between fibroblasts and activated immune cells: an exploratory bioinformatics study of pro-inflammatory mechanisms in slow transit constipation 2025-Jun-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002415 PMID:40265474	研究论文	通过单细胞转录组学揭示成纤维细胞与活化免疫细胞之间的相互作用，探索慢传输型便秘的促炎机制	首次鉴定出STC特异性的XCL2+CD8+T细胞，并揭示其与其他免疫细胞及肠道基质细胞的广泛细胞间通讯	样本量较小（6例STC患者和6例对照），且机制研究仍需进一步实验验证	阐明慢传输型便秘患者的免疫微环境特征及特定免疫细胞类型的作用机制	慢传输型便秘患者和对照组的肠道组织样本	生物信息学	肠道疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	6例STC患者和6例对照
55	2025-06-14	Single-cell profiling in ovarian germ cell and sex cord-stromal tumours 2025-Jun, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03012-6 PMID:40269311	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究卵巢生殖细胞肿瘤和性索间质肿瘤的肿瘤微环境	首次构建了卵巢生殖细胞肿瘤和性索间质肿瘤的单细胞RNA测序蓝图，揭示了其免疫和基质景观	样本量相对较小，仅包含12个新鲜肿瘤样本	理解卵巢生殖细胞肿瘤和性索间质肿瘤的免疫和基质微环境	卵巢生殖细胞肿瘤（OGCT）和性索间质肿瘤（SCST）	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序	NA	RNA测序数据	12个新鲜肿瘤样本，共66,919个细胞
56	2025-06-14	Exploring the Mechanisms of Microenergy Acoustic Pulse Therapy for the Treatment of Female Stress Urinary Incontinence-Part II 2025-Jun, Neurourology and urodynamics IF:1.8Q3 DOI:10.1002/nau.70048 PMID:40338807	research paper	本研究探讨了微能量声脉冲（MAP）疗法在治疗女性压力性尿失禁（SUI）中的作用机制，特别是在单细胞分辨率下对阴道分娩损伤诱导的SUI大鼠模型的影响	首次在单细胞分辨率下研究MAP疗法对SUI大鼠尿道修复和肌肉再神经支配的影响，揭示了MAP通过调节细胞衰老和改善肌肉再神经支配促进尿道修复的机制	研究基于动物模型，结果可能无法直接外推到人类	探索MAP疗法在SUI治疗中的作用机制	阴道分娩损伤诱导的SUI大鼠模型	生物医学	压力性尿失禁	单细胞测序、漏尿点压力测量、肌电图、电生理学研究	SUI大鼠模型	单细胞测序数据、功能评估数据	未明确提及样本数量，使用SUI大鼠模型
57	2025-06-14	The transcriptomes, connections and development of submucosal neuron classes in the mouse small intestine 2025-Jun, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01962-x PMID:40442499	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了小鼠小肠黏膜下神经丛中神经元的组成、连接及发育过程	发现了两个潜在的分泌运动神经元类别和一个先前未被识别的黏膜下内源性初级传入神经元类别，并揭示了它们与肠嗜铬细胞的意外紧密关联	研究仅限于小鼠模型，人类肠道神经系统的可比性尚待验证	阐明肠道黏膜下神经丛的神经元组成、连接模式和发育机制	小鼠小肠黏膜下神经丛神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序、病毒介导标记、谱系追踪	NA	转录组数据、形态学数据	NA（未明确说明样本数量）
58	2025-06-14	DeepDeconUQ estimates malignant cell fraction prediction intervals in bulk RNA-seq tissue 2025-Jun, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013133 PMID:40465796	研究论文	该研究开发了一个名为DeepDeconUQ的深度神经网络模型，用于基于批量RNA测序数据估计恶性细胞比例的预测区间	DeepDeconUQ首次将不确定性量化整合到癌细胞比例的预测中，利用单细胞RNA测序数据和符合性分位数回归方法生成可靠的预测区间	NA	提高癌症组织中恶性细胞比例估计的准确性，并为临床和研究应用提供不确定性量化	癌症组织中的恶性细胞比例	生物信息学	癌症	批量RNA测序(bulk RNA-seq), 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	分位数回归神经网络	RNA测序数据	模拟和真实癌症数据集
59	2025-06-14	Identification and Mapping of Human Lymph Node Stromal Cell Subsets by Combining Single-Cell RNA Sequencing with Spatial Transcriptomics 2025-Jun, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202451218 PMID:40498289	研究论文	该研究通过结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，鉴定了人类淋巴结基质细胞的亚型并绘制了它们的空间分布	首次全面定义了10种人类淋巴结基质细胞亚型的基因特征，并通过空间转录组学预测了它们在淋巴结组织中的定位	研究仅基于13个淋巴结供体的数据，样本量相对有限	揭示人类淋巴结基质细胞的异质性及其空间分布特征	人类淋巴结基质细胞(LNSCs)	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 空间转录组学	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	9267个淋巴结基质细胞，来自13个淋巴结供体
60	2025-06-14	T2T-CHM13 versus hg38: accurate identification of immunoglobulin isotypes from scRNA-seq requires a genome reference matched for ancestry 2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf074 PMID:40503052	研究论文	本文探讨了使用不同基因组参考（T2T-CHM13与hg38）在单细胞RNA测序中准确识别免疫球蛋白同种型的重要性	揭示了基因组参考的祖先匹配性对免疫球蛋白同种型准确识别的影响，并展示了T2T-CHM13在欧洲样本中的优越性能	T2T-CHM13在东亚样本中未能满足'一个细胞一个抗体'的原则	研究基因组参考的祖先匹配性对单细胞RNA测序中免疫球蛋白同种型识别的影响	B细胞和抗体分泌细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及欧洲和东亚的样本