单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-07-06	scCompass: An Integrated Multi-Species scRNA-seq Database for AI-Ready 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202500870 PMID:40317650	研究论文	介绍了一个名为scCompass的综合多物种单细胞RNA测序数据库，旨在为AI模型训练提供标准化和高质量的数据资源	提出了一个集成和标准化处理的多物种单细胞RNA测序数据库，支持AI模型训练和预训练检查点	未提及具体的技术验证或应用案例	构建一个大规模、多物种、模型友好的单细胞数据集合，以支持单细胞生物学研究	来自13个物种的近1.05亿个单细胞的转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	近1.05亿个单细胞
42	2025-07-06	Immunotyping the Tumor Microenvironment Reveals Molecular Heterogeneity for Personalized Immunotherapy in Cancer 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202417593 PMID:40433880	research paper	开发了一种名为TMEclassifier的机器学习工具，用于将肿瘤微环境（TME）分类为三种亚型，以指导个性化免疫治疗	首次提出TMEclassifier工具，能够将肿瘤微环境分为三种亚型，并通过单细胞RNA测序和体内实验验证其分类效果及免疫治疗反应差异	未明确说明样本的具体数量及多样性，可能影响分类器的普适性	开发一种高可及性、高通量的方法来定义肿瘤微环境的异质性，以指导个性化免疫治疗	肿瘤微环境（TME）及其在癌症免疫治疗中的作用	machine learning	cancer	bulk RNA sequencing, single-cell RNA sequencing	machine-learning tool (TMEclassifier)	RNA sequencing data	前瞻性胃癌队列（TIMES-001）及其他多样化队列，具体数量未明确
43	2025-07-06	Inhibitor of DNA-Binding 3 Is a Novel Regulator of Limbal Epithelial Cell Migration Via the EphA2/Akt Signaling Pathway 2025-Jul-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.9.2 PMID:40590805	研究论文	本研究揭示了ID3通过EphA2/Akt信号通路调控角膜缘上皮细胞迁移的新机制	首次发现ID3通过EphA2/Akt信号轴调控角膜上皮伤口愈合	研究仅使用体外细胞模型，未进行体内验证	探索角膜伤口愈合过程中细胞迁移的调控机制	角膜缘上皮细胞	细胞生物学	角膜损伤	scRNA-seq, bulk RNA-seq, siRNA转染, 划痕实验	hTCEpi细胞模型	RNA测序数据, 细胞迁移数据	未明确说明样本数量
44	2025-07-06	Epitenon-derived progenitors drive fibrosis and regeneration after flexor tendon injury in a spatially-dependent manner 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60704-6 PMID:40593535	研究论文	本文通过遗传谱系追踪和单细胞RNA测序技术，揭示了腱外膜细胞在肌腱损伤后对周围纤维化和肌腱再生的重要作用	首次确定腱外膜细胞是肌腱损伤后纤维化和再生的主要细胞来源，并发现其与人类周围瘢痕组织中的成纤维细胞具有转录相似性	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	探索肌腱损伤后纤维化和再生过程中的关键细胞群体	小鼠和人类的肌腱组织	组织再生	肌腱损伤	遗传谱系追踪，scRNA-seq，免疫荧光染色	NA	基因表达数据，组织样本	小鼠肌腱损伤模型和人类周围瘢痕组织样本
45	2025-07-06	Axon targeting of transcriptionally distinct pioneer neurons is regulated by retinoic acid signaling 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61044-1 PMID:40593691	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了斑马鱼后侧线感觉神经元中先驱神经元和跟随神经元在转录水平上的差异，并发现视黄酸信号在先驱神经元轴突正确靶向中的关键作用	首次证明先驱神经元和跟随神经元是转录不同的群体，并揭示视黄酸信号下调对先驱神经元轴突靶向的重要性	研究仅针对斑马鱼后侧线感觉神经元，结果在其他神经系统中的普适性需要进一步验证	探究神经系统发育过程中先驱神经元和跟随神经元的转录差异及其调控机制	斑马鱼后侧线感觉神经元	神经科学	NA	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	斑马鱼后侧线感觉神经元样本
46	2025-07-06	α7 nicotinic acetylcholine receptors regulate radial glia fate in the developing human cortex 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61167-5 PMID:40593693	研究论文	本研究阐明了尼古丁乙酰胆碱受体（nAChRs）在人类皮质发育过程中对祖细胞和放射状胶质细胞（RG）的作用	发现了CHRNA7和人类特有的CHRFAM7A在SOX2+祖细胞和神经元中的表达，以及CHRFAM7A在RG端足中的富集，揭示了尼古丁通过nAChR信号调控RG增殖和神经元分化的机制，并识别了YAP1作为关键下游效应分子	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序，可能无法完全反映体内复杂环境	探究尼古丁乙酰胆碱受体在人类皮质发育中的细胞机制	人类皮质发育中的祖细胞和放射状胶质细胞（RG）	神经发育生物学	神经发育障碍	单细胞RNA测序、器官型切片培养、分散培养	NA	基因表达数据、细胞培养数据	NA
47	2025-07-06	Dissecting crosstalk induced by cell-cell communication using single-cell transcriptomic data 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61149-7 PMID:40593827	研究论文	本文介绍了一种基于机器学习的SigXTalk方法，用于分析单细胞RNA-seq数据中的细胞间通讯（CCC）诱导的调控网络，特别关注通路间的串扰	提出了一种新的机器学习方法SigXTalk，首次系统地分析了细胞间通讯通路间的串扰，并通过超图学习方法编码了受体、转录因子和靶基因之间的高阶关系	方法主要依赖于scRNA-seq数据，可能忽略了其他层面的调控机制	分析细胞间通讯诱导的调控网络，特别关注通路间的串扰效应	细胞间通讯通路及其下游靶标	生物信息学	NA	scRNA-seq	超图学习	单细胞转录组数据	模拟数据和真实世界数据（具体数量未提及）
48	2025-07-06	Spatial profiling of chromatin accessibility in formalin-fixed paraffin-embedded tissues 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60882-3 PMID:40595535	研究论文	介绍了一种名为spatial FFPE-ATAC-seq的方法，用于在存档的组织中原位分析染色质可及性	克服了福尔马林诱导的交联挑战，实现了在保留组织架构的同时进行高分辨率的染色质景观图谱绘制	NA	开发一种方法以利用FFPE样本进行表观基因组研究	小鼠和人类组织，包括脑和胸腺，以及人类黑色素瘤	表观基因组学	黑色素瘤	spatial FFPE-ATAC-seq, 单细胞RNA测序	NA	染色质可及性数据	小鼠和人类组织样本，包括脑、胸腺和黑色素瘤
49	2025-07-06	Facilitate integrated analysis of single cell multiomic data by binarizing gene expression values 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60899-8 PMID:40595539	研究论文	本文提出了一种通过二值化基因表达值来促进单细胞多组学数据整合分析的方法	直接拼接二值化的scRNA-seq数据和标准scATAC-seq数据进行垂直整合聚类分析，避免了将scATAC-seq数据转换为基因活性评分的需求	需要配对多组学技术收集的两种数据模态	促进单细胞多组学数据的整合分析	单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq, TF-IDF, LSI	NA	基因表达数据, 表观遗传数据	NA
50	2025-07-06	Modulating immune-stem cell crosstalk enables robust bone regeneration via tuning compositions of macroporous scaffolds 2025-Jul-01, NPJ Regenerative medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41536-025-00421-2 PMID:40595820	研究论文	通过调节大孔支架的组成，增强免疫干细胞间的相互作用，实现稳健的骨再生	开发了一种可调节明胶（Gel）和硫酸软骨素（CS）比例的大孔微带支架，无需外源生长因子或细胞即可促进内源性骨再生	研究仅在小鼠临界尺寸骨缺损模型中进行，尚未在人体中进行验证	探索通过调节免疫干细胞相互作用增强骨再生的方法	巨噬细胞（Mφ）和间充质干细胞（MSC）	生物材料	骨缺损	单细胞测序（scRNAseq）、CellChat分析	3D MSC/Mφ共培养模型	基因表达数据	小鼠临界尺寸骨缺损模型
51	2025-07-06	Distinct follicular T cell subsets regulate lymphoma progression and outcomes 2025-Jul-01, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.06.013 PMID:40614737	研究论文	该研究通过多组学分析揭示了滤泡性淋巴瘤(FL)中滤泡T细胞的异质性及其在肿瘤进展中的作用	发现了转录和空间上独特的非T滤泡辅助T细胞亚群，这些亚群具有增强的抗肿瘤特性并形成独特的空间生态位	未明确说明样本量大小，且机制研究仍需进一步验证	探索滤泡性淋巴瘤中滤泡T细胞的异质性及其临床意义	滤泡性淋巴瘤患者的滤泡T细胞	肿瘤免疫学	淋巴瘤	单细胞多组学分析、空间分辨单细胞转录组学、多重蛋白分析	NA	单细胞转录组数据、蛋白质组数据	NA
52	2025-07-06	The NF-κB/LY6E axis promotes oral squamous cell carcinoma stemness by responding to interaction with macrophages 2025-Jun-27, Experimental cell research IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.yexcr.2025.114661 PMID:40582585	研究论文	本研究探讨了NF-κB/LY6E轴在口腔鳞状细胞癌（OSCC）干细胞特性中的作用及其与巨噬细胞相互作用的机制	揭示了NF-κB/LY6E轴作为巨噬细胞与OSCC细胞相互作用的关键信号枢纽，促进癌症干细胞特性	研究主要基于体外实验和动物模型，临床样本验证不足	探索调控OSCC癌症干细胞特性的关键信号轴及其与免疫细胞的相互作用机制	口腔鳞状细胞癌（OSCC）细胞和巨噬细胞	肿瘤生物学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CytoTRACE分析	NA	基因表达数据	NA
53	2025-07-06	Developmental cues from epicardial cells simultaneously promote cardiomyocyte proliferation and electrochemical maturation 2025-Jun-25, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102572 PMID:40614731	研究论文	研究探讨心外膜细胞如何同时促进心肌细胞增殖和电化学成熟	通过共培养hiPSC-CM与EPCs及EPD-FBs，揭示了心肌细胞增殖与成熟之间的新关系	3D-EHTs中的增殖效果有限，且研究未涉及体内环境验证	探究心外膜细胞对心肌细胞增殖和成熟的影响	人类诱导多能干细胞衍生的心肌细胞(hiPSC-CMs)和心外膜细胞(EPCs)	细胞生物学	心血管疾病	单细胞转录组学、2D共培养、3D工程心脏组织(EHTs)	NA	基因表达数据、电生理数据	NA
54	2025-07-06	Early multiple sclerosis activity associated with TBX21+CD21loCXCR3+ B cell expansion resembling EBV-induced phenotypes 2025-Jun-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.188543 PMID:40359016	研究论文	该研究通过单细胞表达分析探讨了EB病毒（EBV）感染与多发性硬化症（MS）早期活动之间的关联	发现早期MS患者外周血中非典型B细胞（ABCs）显著富集，且这些细胞表现出与EBV相关的表达特征	未检测到ABCs直接感染EBV的证据	探讨EBV在多发性硬化症发病机制中的潜在作用	早期多发性硬化症患者的外周B细胞	免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和流式细胞术	NA	单细胞表达数据	来自免疫耐受网络STAyCIS试验的纵向收集的早期MS患者样本
55	2025-07-06	Tumor suppressors in Sox2-mediated lung cancers promote distinct cell-intrinsic and immunologic remodeling 2025-Jun-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.171364 PMID:40327401	研究论文	本研究探讨了肿瘤抑制基因Trp53和Pten在SOX2介导的非小细胞肺癌（NSCLC）中的协同作用及其对肿瘤微环境的影响	揭示了Trp53和Pten在SOX2介导的NSCLC肿瘤进展中的协同作用，并发现CD38+肿瘤相关炎症单核细胞亚群在LN2A模型中显著富集	研究主要基于小鼠模型，结果在人类NSCLC中的适用性需要进一步验证	探究Trp53和Pten肿瘤抑制基因在SOX2介导的NSCLC肿瘤进展中的作用	小鼠模型中的非小细胞肺癌（NSCLC）细胞	肿瘤学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	小鼠遗传模型	基因表达数据	多种遗传背景的小鼠模型（SNL、SNL-Trp53、SNL-Pten、LN2A）
56	2025-07-06	Resident memory T cell development is gradual and shows AP-1 gene expression in mature cells 2025-Jun-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.187381 PMID:40548376	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和ATAC-seq分析，揭示了AP-1转录因子家族成员在组织驻留记忆T细胞（TRM）发育和功能中的关键作用	定义了跨皮肤和小肠上皮内淋巴细胞的TRM时间特征，并首次揭示了AP-1转录因子家族在成熟TRM中的重要作用	研究主要关注CD8+ TRM细胞，未涵盖其他类型的TRM细胞	阐明TRM细胞分化和效应功能启动的分子机制	皮肤和小肠上皮内淋巴细胞中的CD8+ TRM细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序, ATAC-seq, 循环免疫荧光(CyCIF)	线性模型	基因表达数据, 染色质可及性数据, 组织成像数据	10个发育时间点的单细胞RNA测序数据
57	2025-07-06	Tumoroid model recreates clinically relevant phenotypes of high grade serous ovarian cancer (HGSC) cells, carcinoma associated fibroblasts, and macrophages 2025-Jun-19, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6614892/v1 PMID:40585272	研究论文	该研究开发了一种异质性三组分肿瘤模型，模拟了高级别浆液性卵巢癌（HGSC）的关键临床表型	开发了包含HGSC细胞、原代MSC和U937来源的M2样巨噬细胞的异质性三组分肿瘤模型，能够模拟HGSC的化疗耐药性、癌症干细胞富集、迁移、侵袭和EMT等关键表型	模型仅包含三种主要细胞类型，可能无法完全模拟体内肿瘤微环境的复杂性	研究HGSC肿瘤微环境中不同细胞类型的相互作用及其对癌症表型的影响	高级别浆液性卵巢癌（HGSC）细胞、癌相关成纤维细胞（CAFs）和巨噬细胞	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术	3D肿瘤模型	基因表达数据、荧光标记图像	使用OVCAR3、OVCAR4、OVCAR8三种HGSC细胞系、原代MSC和U937来源的M2样巨噬细胞
58	2025-07-06	STAMP: Single-cell transcriptomics analysis and multimodal profiling through imaging 2025-Jun-17, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.05.027 PMID:40532697	研究论文	介绍了一种名为STAMP的新方法，用于通过成像平台进行单细胞转录组学分析和多模态分析	STAMP方法通过结合转录组学和蛋白质组学成像平台，消除了测序成本，实现了数百万细胞的高效单细胞基因组学分析，并支持多模态（RNA、蛋白质和H&E）分析，同时保留细胞结构和形态	NA	克服单细胞RNA测序在可扩展性、高成本和细胞破坏方面的限制	外周血单个核细胞、细胞系和干细胞	单细胞基因组学	NA	转录组学和蛋白质组学成像	NA	RNA、蛋白质和H&E图像数据	10,962,092个高质量细胞/核和6,030,429,954个转录本
59	2025-07-06	Oncogene aberrations drive medulloblastoma progression, not initiation 2025-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08973-5 PMID:40335697	研究论文	本研究利用单细胞技术探讨了3/4组髓母细胞瘤中癌基因畸变和拷贝数变异在肿瘤进化和治疗抵抗中的作用	首次在单细胞水平揭示了3/4组髓母细胞瘤中大规模染色体畸变是早期肿瘤起始事件，而单基因致癌事件发生在晚期并通常为亚克隆	研究仅针对已知MYC、MYCN和PRDM6基因改变的3/4组髓母细胞瘤病例	阐明3/4组髓母细胞瘤中癌基因畸变和拷贝数变异在肿瘤进化和治疗抵抗中的作用机制	3/4组髓母细胞瘤患者样本	数字病理学	髓母细胞瘤	单核RNA测序(snRNA-seq)、单核转座酶可及染色质高通量测序(snATAC-seq)和空间转录组学	NA	单细胞测序数据和空间转录组数据	一组已知MYC、MYCN和PRDM6基因改变的3/4组髓母细胞瘤病例
60	2025-07-06	Concurrent loss of the Y chromosome in cancer and T cells impacts outcome 2025-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09071-2 PMID:40468066	研究论文	该研究探讨了Y染色体缺失（LOY）在癌症和T细胞中的并发缺失对预后的影响	首次全面分析了LOY在人类和小鼠肿瘤中的分布及其与免疫细胞的关系，并建立了LOY在免疫细胞和恶性细胞之间的联系模型	研究主要基于RNA测序数据，可能未涵盖所有LOY相关的分子机制	探究LOY在PBMCs、免疫细胞和癌细胞之间的关系及其对癌症死亡率的影响	29种人类肿瘤类型的批量及单细胞RNA测序数据，以及自体和同基因小鼠模型	癌症研究	上皮癌	RNA测序	NA	RNA测序数据	29种人类肿瘤类型的数据及小鼠模型